3TKGA

Crystal structure of hiv model protease precursor/saquinavir complex
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
103
structure length
103
Chain Sequence
SFNFPQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Terminal interface conformations modulate dimer stability prior to amino terminal autoprocessing of HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 19
structure length 103
sequence length 103
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3tkgA00
2NPHA 2ZHTA 2WEAA 3UPJA 3EL9A 4QJ7A 4M8XA 5P7VA 3VV8A 4Y54A 1EC1A 5ENKA 1N49A 1EBYA 5T4SA 3PSGA 5P0EA 4DJOA 1VIJA 1DPJA 5OZ9A 4A6CA 2AOEA 4FGXA 3HVPA 1ENTE 5OYQA 4DJXA 5P68A 3FV3A 3G70A 4Z2ZA 5P1GA 1T6GA 2G27A 2G1YA 2HC0A 2QI1A 5P3PA 5OZ4A 2PSVA 1HTGA 4LXMA 4J1EA 4RLDA 4Y9WA 5OYTA 1HPSA 4I8ZA 5P4PA 3OWNA 5P4FA 5P12A 5P8UA 5SY3A 1META 1FQ7A 4NJSA 1E80E 4R95A 2WF4A 5P1PA 3OUDA 5OZWA 4Z50A 1SBGA 4U7QA 3TOFA 2XFKA 5P69A 1HVHA 5P49A 4J0TA 4DJYA 2WHHA 5P4JA 2FIVA 2SAMA 5OZQA 3AIDA 1EPQE 5HDVA 2FDPA 3QPJA 4M8YA 1C70A 1MSNA 2QMGA 5P2UA 3S45A 5HDZA 5P3LA 1BBSA 4CPUA 3B80A 4GJBA 4OD9B 5P2QA 4Y3WA 1DAZC 1GVWA 4EWOA 5I3VA 2BPWA 1W5XA 3EKXA 1B6LA 4Y57A 4Y37A 1BV9A 4NPTA 4JOOA 4CP7A 2BKSA 3L38A 4ZPFA 2R3TA 3UF3A 5OZDA 3S2OA 5AHCA 5P36A 4DQCA 2VIEA 4A6BA 4DJVA 1W5VA 1B6PA 1SIVA 1IZDA 1SGZA 1MRWA 2QNNA 1SDUA 4Z22A 2V00A 1W50A 2NTRA 4AZYA 3MSJA 3OAGB 4L7GA 4OBZA 5P8RA 4Y56A 2CEJA 2FS4A 1HIIA 2IGXA 3GGVA 1EC3A 4BELA 4Y45A 5P6CA 5P6KA 5P4HA 4DH6A 4DJRA 3NDWA 4Y5PA 5P17A 4LBTA 3RSXA 1BDRA 1D4KA 1TQFA 2HS2A 3EL1A 1LEEA 1QBUA 1K6PA 3PBZA 3VYFA 4Y3HA 2OHRA 4GB2A 3OQ7A 3M9FA 4YCKA 5P8CA 1QS8A 5E5JA 3OU3A 1T7KA 3NSHA 3SA8A 3F9QA 4GYEA 1AJXA 1RPIA 4DJPA 2FGVA 5P1OA 5P4IA 3O9LB 1HTFA 2AODA 4CPRA 1D4LA 1QDMA 1TCXA 3LIQA 4FRJA 1PPLE 2QNPA 4DUSA 1GVUA 1CZIE 4RYGA 1J71A 3CYWA 4Q1YA 3N4LA 5P0BA 2QI4A 5P4RA 2ZJMA 3QRSA 3KDCA 4K4QA 1E81E 1MT7A 4YA8A 1D4HA 3ZPUA 5P48A 1BXQA 3S7LA 4YD4A 5P5ZA 4Y3LA 4A4QA 4YD7A 4PHVA 3TKGA 3HDKA 3L5DA 4F73A 4I0IA 1A9MA 4YE3A 5DQ2A 5P89A 1HWRA 5P1IA 1E82E 2NR6A 1GVTA 1Q9PA 2IL2A 4Y35A 5UPJA 8HVPA 3UQPA 5P6NA 1BVGA 3OXVA 4Y5NA 1MVPA 5P3MA 5P0PA 5P54A 4J1HA 5P1JA 4DJWA 3SA3A 4HDPA 4OBFA 3L58A 1FEJC 3QAAA 4I0HA 2PSUA 5OZJA 3PMYA 3JW2A 4PZWA 4NJUA 5P24A 2PK5A 5OYZA 4H3IA 3KDBA 3L3AA 4Y3RA 5P23A 3CIDA 4DVFA 5EZXA 4LHHA 5P38A 4Y4UA 2FNTA 5P3OA 4EYRA 3TTPA 5OZXA 5P0RA 5P2KA 3L5FA 5IS4A 2NXMA 5P39A 4U7VA 4IVSA 5DR0A 2J9JA 1MERA 2O4SA 4I0DA 2Z54A 1GVVA 3HZCA 5P8JA 3SKGA 5P0VA 2I0AA 1XE5A 5OZ6A 2PYMA 2WEBA 4FCOA 3UDMA 3MWSA 1KJHA 4KE1A 3UQRA 3IN3A 4RCDA 4LC7A 3L5BA 1FIVA 4DJUA 2B7ZA 3VFBA 4YBIA 5P6HA 4Y3PA 3NDTA 5P0DA 4D8CA 4BFDA 4CPTA 1WBKA 4NJVA 4DI2A 5P6UA 4FE6A 1OEXA 5P8NA 2B60A 3CYXA 3EKTA 3IN4A 5OZLA 1HIVA 5P30A 4DQFA 3AUPA 1JLDA 3BVBA 3I7EA 2BKTA 5P6VA 4Q1NA 5P8BA 3CKPA 1HSIA 5P47A 4RROA 1D4IA 5P2ZA 4Y3TA 2ZJLA 1PSNA 5IVTA 5P4XA 2JJJA 3S43A 3ST5A 5IVSA 4I0GA 2A1EA 5P71A 4I0JA 2I4VA 1BILA 5HE4A 5P70A 4EJKA 1GNNA 2VS2A 3NU9A 1HVLA 3LITA 5HTZA 4NKKA 1HXWA 3N3IA 3FSMA 1HPVA 4OBKA 4J0VA 4QJ2A 3TPRA 2QZKA 4I0ZA 5P51A 3DOXA 4R91A 4TRYA 3SM1A 4Z4XA 4FRIA 5JFPA 2AOHA 1OHRA 3HVGA 1EC0A 3DCRA 5P42A 3NWXA 5P3WA 1LYBA 5DPZA 1APTE 2QZLA 4Y3ZA 1ZP8A 4ZPEA 5P3YA 5P7IA 3OTYA 5P1DA 3TPLA 1HTEA 3UDQA 5P3HA 4GJDA 2HM1A 1NPWA 1ZJ7A 2ER9E 4RYCA 5P25A 4I0FA 4KUPA 4I8WA 1A8GA 2QCIA 2BPXA 5P7CA 5P8LA 5P2YA 3VF3A 4Y3XA 1ODXA 5P41A 1G35A 3U6AA 3Q3TA 4FAEA 2QK5A 2WJOA 3FNTA 3K4VA 5P00A 1G2KA 5AH9A 5I3WA 3EKYA 5DQ4A 5P6PA 1BIMA 2ANLA 4K8SA 5SZ9A 2HB2A 3KA2A 2WKZA 5P0LA 4J5JA 1A94A 2ER7E 5P7JA 5P5NA 1LYAB 3NDUA 2ZHSA 3APPA 3PWMA 3VLAA 2BQVA 1KJGA 5P8PA 5OYUA 5P87A 4EP2A 3PRSA 3GGUA 1DP5A 1EPOE 1FQ5A 1ZLFA 3OQAA 5P46A 1W6IA 2BPYA 5P7FA 1T7IA 1T6EX 5P7EA 1IZHA 1QRPE 1B6MA 4KB9A 4HZTA 4QJAA 1FMBA 5P0OA 5OZBA 4L7HA 1CMSA 4Y4AA 4YHQA 4FS4A 3FX5A 5P5PA 1YM4A 3VV7A 3GI5A 5OYYA 2ER6E 1YTGA 5P2FA 4DQHA 1LYWA 5P8QA 5P5TA 1FMUA 3PSYA 5PEPA 3PCWA 4XX4A 5P60A 4GJ8A 1MEUA 3T7QA 3T7XA 1AVFA 3OQDA 3VLBA 5P6AA 2V0ZC 3S7MA 1G0VA 3R0YA 3LIZA 4HA5A 1NSOA 3S85A 5P8FA 3NDXA 4FSLA 5P1CA 5P4SA 4Y5KA 2XFIA 5OYSA 2QNQA 3ER5E 5P40A 2I0DA 5P7OA 3K5FA 3OUDB 4TRZA 3BUFA 3UDNA 5P7ZA 4XX3A 2QD6A 2Q54A 5P20A 2QI3A 2G26A 3UDJA 5IVRA 2OHTA 3FNUA 4J0YA 4Y3AA 1T7JA 5P3DA 3Q70A 3UQWA 3DV1A 1B6KA 4Y5BA 2ZJHA 3NU6A 4CPQA 5P8HA 4YCTA 1HPOA 3LHGA 1FQXA 5P82A 1IDBA 5P1RA 5OYXA 3L5CA 3S53A 1MUIA 5P32A 4EJ8A 4PYVA 1IVPA 1FFIC 5HDXA 5P22A 3Q4BA 4YDGA 3RU1A 1TSUA 1FB7A 2CEMA 4JECA 2ER0E 2VJ7A 3O9FA 4B05A 5P6FA 5KR8A 1AJVA 2ZHRA 2P3AA 4Y50A 2F3KA 1HEFE 2OF0A 3G6ZA 5OZYA 1PSAA 3QBFA 3NYGA 1UH8A 4OBZB 5P7AA 4Y4JA 3SA5A 5OZUA 4EP3A 4YD5A 4OBGA 1HVIA 1YTIA 1K6VA 5OZGA 3WZ8A 4EQ0A 3O9CA 4GJ6A 1EAGA 4Y4XA 4ZSQA 3R2FA 4Y3EA 3KN0A 3SKFA 3LIXA 3QVCA 3G72A 4Y51A 5P6TA 4QLHA 5P4AA 2QAKA 1WKRA 1EBZA 4RRNA 3IVHA 4RVXA 2V16C 4Y47A 2ZYEA 5P1ZA 1FGCC 1C6XA 5P4WA 2VA6A 5OYRA 2I4DA 5COOA 3SLZA 3WSJA 4LXKA 3OQKA 4DQBA 5P03A 2VA5A 3T11A 1HSGA 5P2GA 1FLHA 5P43A 3OADA 5P4VA 2AOJA 4OC6A 4AA8A 1EBKC 1FQ6A 2F81A 3VF5A 1AXAA 3URIA 3Q6YA 5P8GA 1PFZA 4XKXA 5P6OA 2OHKA 1K2CA 2FXEA 3PVKA 2WF0A 3IXKA 3ZMGA 2WL0A 5COPA 4J1IA 1B5FA 2O4NA 2VNMA 4XXSA 4Y5MA 1F34A 1ZBGA 3CMSA 3PI5A 4EJDA 3L5EA 3NWQA 2HB3A 1XL2A 4Q1XA 3QRMA 3O9EA 2BPVA 2QU3A 3RTHA 2UXZA 2P8HA 4D89A 1D4YA 1DIFA 3EKWA 5J25A 5IE1A 3ZKGA 3IAWA 5P1TA 3RTNA 1FMXA 1HHPA 5P2TA 3TL9A 2PMAA 3NU4A 4ACUA 3VF7A 4D85A 5KOSA 4S1GA 5KOQA 5KR1A 1BDQA 1FQ4A 2OAHA 2QI6A 2WF1A 3PHVA 4ER2E 1NH0A 1LF4A 3EM6A 3S54A 5C9FA 1MPPA 2G1SA 5P4ZA 3LIYA 2J9JB 5JG1A 3EBZA 4L1AA 1EPNE 3ZKNA 2CENA 2ZJIA 5BWYA 4QJ9A 3D1XA 4Y58A 3GI4A 5F01A 3UDPA 5P79A 3BVAA 2IS0A 4RVIA 3SABA 5OZEA 2G1NA 2BJUA 2ZJNA 3B7VA 1ZSRA 1UH7A 2HPFA 4HVPA 2R9BA 3WB4A 4AUCA 4NJTA 4X2LA 5P37A 5DR8A 5P08A 2QMDA 1TW7A 4FM6A 5P31A 3SPKA 5P67A 4X7IA 4CPXA 4B78A 1YG9A 3R4BA 4KE0A 3L59A 3WZ7A 4ER1E 4HEGA 5P7PA 4ACXA 5P62A 5P3XA 2R43A 4I1CA 1ODWA 3RTMA 5OZIA 4JPEA 2RKFA 4H3FA 5P7NA 3ZPSA 1RV7A 3EKPA 4Y3FA 3UDRA 3UDHA 2FLEA 2IKUA 5P0JA 1LS5A 4FRKA 1DMPA 3S43B 4YOBA 5OZ3A 5OZCA 2UY0A 5P4QA 5SY2A 3FIVA 4ZEAA 5DGUA 2AZBA 5P6WA 5P5UA 1UPJA 5P3JA 4COEA 4Y4BA 1TSQA 3WZ6A 3LZSA 2XYEA 3NU5A 2NNPA 4JP9A 4PEPA 2NXLA 2NXDA 3HAUA 5P2RA 3ZKQA 2BB9A 1E5OE 2I1AA 4J0ZA 2IQGA 1FQ8A 2EWYA 4ER4E 4ZSPA 4HLAA 5BS4A 3O9DA 5ER1E 5DQ1A 2JXRA 1BWBA 2WEDA 3VSXA 2R8NA 5P57A 5OYWA 1A8KA 5P8VA 1RL8A 2OHSA 2VJ9A 1LYBB 5P2VA 5P1AA 1NPAA 5OZOA 5P0UA 1XN3A 2JJIA 1K1UA 4Y44A 3TNEA 4RGHA 1APUE 4B70A 1M43A 3OXCA 2OHQA 2WEZA 4R5NA 2FDEA 4GJAA 3SFCA 5P80A 3PBDA 3MXDA 5P4DA 1YTJA 3DCKA 5OZSA 5P15A 2G21A 3ZKXA 2HIZA 5P2OA 4Y41A 2QD7A 5P0SA 3CICA 5P2MA 1HVJA 2Q15A 4Y36A 1XL5A 5I3XA 5P8MA 5CLMA 2G24A 5P86A 3CKTA 1XE6A 3LINA 3GW5A 5KQYA 2ZE1A 4K9HA 3VYDA 3UQXA 3PSUA 3SAAA 3BUHA 3EXOA 5P6LA 5DGWA 5P2WA 5P7XA 3SA7A 5P7BA 4J54A 3GGAA 5P2CA 2P3BB 1MT8A 3LZVA 3BGCA 4EQJA 5P3QA 3OXXA 1SP5A 5OZVA 4Y3GA 5P7RA 5P6IA 1ZPKA 5HU1A 1PSOE 4WY1A 5KQXA 3RSVA 1MT9A 4MC6A 3UFLA 4MC9A 1ZAPA 3ZLQA 1SDVA 3IA9A 2OHPA 1AM5A 5P74A 5P88A 2PWRA 4Y3YA 5P7UA 1EPPE 4QGIA 1D4SA 3KYRA 1A30A 1UH9A 3ECGA 2ZJKA 5P7QA 1HVKA 4F74A 3BXRA 2APRA 5P8IA 1SMEA 3I8WA 5P19A 4DPIA 1QBTA 5P4MA 3GGXA 3VV6A 1EEDP 1HBVA 1SDTA 4FL8A 5P3SA 5P28A 2F8GA 5P6JA 3QBHA 1YM2A 1LYWB 1B6JA 3JVYA 2ZGAA 5P0YA 5P6YA 3NU3A 5P3TA 1IZIA 5P55A 2O40A 3KFPA 3OU4B 1GNOA 4Y6MA 4Y3NA 3DM6A 5P7WA 5P7LA 5P02A 2J9KA 3UTLA 2QD8A 2P3BA 3LPJA 4H3JA 3D1YA 3OTSA 5P3BA 1ODYA 5P61A 2ZDZA 3PWRA 1SGUA 3A2OA 5CONA 5P2XA 1OEWA 4Y4ZA 1ER8E 3MXEA 5DR7A 2ZJJA 4MC1A 3OHFA 2NMYA 5P18A 4TRWA 4OBJA 2Q63A 3HLOA 4CPSA 4Q5MA 5FIVA 3EL4A 4U8WA 1BXOA 1FFFC 1QBRA 5P5XA 1HPXA 2PYNA 2QU2A 3SA4A 3BHEA 2A4FA 5P7YA 4QJ6A 2P4JA 5P2BA 5OZHA 4RRSA 2VA7A 4Y5LA 3K5GA 5BRYA 3R0WA 5P7DA 2FXDA 6APRE 5AHBA 6UPJA 1XDHA 2F80A 2Q5KA 2R3WA 4I12A 5DR3A 3O9AA 1LF3A 5ENMA 3TPPA 3UDYA 5P4CA 3D91A 3NXEA 5P5JA 3OU4A 1BVEA 4Y43A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2NPH A;  2ZHT A;  2WEA A;  3UPJ A;  3EL9 A;  4QJ7 A;  4M8X A;  5P7V A;  3VV8 A;  4Y54 A;  1EC1 A;  5ENK A;  1N49 A;  1EBY A;  5T4S A;  3PSG A;  5P0E A;  4DJO A;  1VIJ A;  1DPJ A;  5OZ9 A;  4A6C A;  2AOE A;  4FGX A;  3HVP A;  1ENT E;  5OYQ A;  4DJX A;  5P68 A;  3FV3 A;  3G70 A;  4Z2Z A;  5P1G A;  1T6G A;  2G27 A;  2G1Y A;  2HC0 A;  2QI1 A;  5P3P A;  5OZ4 A;  2PSV A;  1HTG A;  4LXM A;  4J1E A;  4RLD A;  4Y9W A;  5OYT A;  1HPS A;  4I8Z A;  5P4P A;  3OWN A;  5P4F A;  5P12 A;  5P8U A;  5SY3 A;  1MET A;  1FQ7 A;  4NJS A;  1E80 E;  4R95 A;  2WF4 A;  5P1P A;  3OUD A;  5OZW A;  4Z50 A;  1SBG A;  4U7Q A;  3TOF A;  2XFK A;  5P69 A;  1HVH A;  5P49 A;  4J0T A;  4DJY A;  2WHH A;  5P4J A;  2FIV A;  2SAM A;  5OZQ A;  3AID A;  1EPQ E;  5HDV A;  2FDP A;  3QPJ A;  4M8Y A;  1C70 A;  1MSN A;  2QMG A;  5P2U A;  3S45 A;  5HDZ A;  5P3L A;  1BBS A;  4CPU A;  3B80 A;  4GJB A;  4OD9 B;  5P2Q A;  4Y3W A;  1DAZ C;  1GVW A;  4EWO A;  5I3V A;  2BPW A;  1W5X A;  3EKX A;  1B6L A;  4Y57 A;  4Y37 A;  1BV9 A;  4NPT A;  4JOO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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