3TKWA

Crystal structure of hiv protease model precursor/darunavir complex
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Terminal interface conformations modulate dimer stability prior to amino terminal autoprocessing of HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-08-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3tkwA00
2NMZA 2J9KA 4F74A 3K1WA 1EPLE 3UFNA 3WSJA 1W6HA 5OZLA 4LHHA 5OZDA 5OZIA 5P0GA 5P1TA 5P77A 4Y58A 5P6KA 4Y38A 3O9LA 2PC0A 5DQ2A 5ENKA 3QVIA 1Z1RA 4GYEA 4Y35A 5DQCA 5P1FA 3PMYA 5P8DA 5P07A 4YE3A 3GGXA 4TRZA 3S54A 2VA6A 3INFA 3TNEA 5OZBA 1HVCA 2ZJJA 3TLHA 1EPQE 1DAZC 5P5JA 1QBTA 5P8TA 5P56A 3DM6A 3NSHA 1K6PA 2QI1A 1PSNA 2AZBA 1A8GA 2FDDA 1K1TA 1WBKA 3UQPA 1FQ4A 2CENA 5P2LA 3OXVA 2QCIA 2OAHA 1MSNA 3EKWA 3IN3A 4K8SA 3L3AA 5P5AA 5P7BA 3JW2A 3VG1A 4YCYA 2ER7E 3A2OA 5P1AA 3APPA 4F76A 4F73A 3RTNA 3VF5A 3LZVA 3S2OA 5P4FA 2WEZA 5P0WA 4GJ6A 3S7LA 4Y3AA 2HB4A 3UDHA 2Q11A 3OQFA 1RPIA 4Y4TA 2ZHVA 2QNPA 3KMYA 3OQAA 4B72A 4NJTA 4QJAA 5COOA 4Y5EA 3DV1A 3K5FA 5P6MA 5P74A 3URLA 4H3IA 6UPJA 4MC2A 4NJVA 1EC3A 1FMXA 5P5KA 2VIZA 4Y3YA 4EP2A 3DUYA 4MC9A 4PEPA 1PFZA 4GJBA 5P44A 3KDBA 2QI3A 4TVHA 2G1NA 4DJWA 5OZMA 3NDUA 4J5JA 3OUBA 4Y41A 3ECGA 2RSPA 1UH7A 3PLLA 2QZXA 3EKYA 2QI5A 3SA7A 3VV8A 5P76A 1NH0A 3GW5A 4K4PA 3PSUA 4Y56A 5P35A 5DGUA 3VF7A 2I4DA 4Y48A 3OTSA 3RU1A 2IEOA 5P42A 1BDLA 5P2AA 5OZXA 5P8BA 3AIDA 3SM2A 3LNKA 2B7FA 5P15A 5P08A 1B5FA 1RV7A 4D8CA 2RKGA 4WY1A 3SA8A 1LZQA 1TSQA 5P1SA 3KN0A 3SM1A 4BFDA 1W5VA 3S43B 5P12A 1EPME 1T7KA 3INEA 1APTE 2UY0A 5P4ZA 5P8UA 2AOEA 5P4LA 3URIA 5P3UA 5P7PA 5P8EA 4B0QA 3HD8A 3EL4A 2G69A 4ZSPA 2FGVA 3UDPA 1SBGA 3H0BA 5P24A 4L1AA 3TOFA 4EJKA 2AOFA 5P87A 2HPFA 5P89A 5P4TA 3CYWA 5P41A 5T4SA 4YDGA 4Y9WA 1T6GA 1EPNE 2PWCA 1AJXA 3EKXA 2JYSA 1HIIA 1SMRA 3ZKMA 5P2EA 1EBYA 4AUCA 3U6AA 1XE6A 3SA9A 5ER2E 3LITA 1C6XA 1MIQA 5APRE 3BUHA 5OZTA 2I4WA 3L59A 2WKZA 4GJAA 1XL5A 3GGVA 2VIJA 2QK5A 1DIFA 5P53A 3FNTA 1LYBA 4Y6MA 2JXRA 5P4OA 5P8SA 3CMSA 2WEDA 4Y3JA 4ZSRA 4FE6A 5P13A 2I0DA 5OYVA 5J25A 2VA5A 3VCMA 1B6PA 3O9CA 4M8XA 1MSMA 3NUOA 2P83A 3FIVA 3EMYA 1HEFE 2IQGA 4U7VA 1OD1A 2F8GA 2MIPA 2V16C 2QD8A 3BRAA 5JODA 3SO9A 4I0IA 3KMXA 3D3TA 1HWRA 5KQFA 4CMSA 3NWXA 3T7XA 5P7YA 5P6XA 5P4IA 3PI0A 3RTHA 4KE0A 4B00A 3PM4A 1WKRA 4N00A 5P6SA 1TW7A 3OQDA 4L7GA 2F81A 3KT5A 5KOQA 3SABA 4Y5LA 3KYRA 5DR1A 1META 3S8IA 2AQUA 4Y44A 4YDFA 4HE9A 4YBFA 4DJPA 4DQHA 3B80A 3GGUA 1HIHA 2QU2A 2R38A 1HTGA 3ZKXA 2VJ7A 5P46A 2VIEA 1HSHA 2ER0E 1TSUA 2OHSA 4GZFA 5HDVA 2ZDZA 5P6TA 5P6RA 2ZGAA 4Y57A 4Y3GA 3OADA 4Y4DA 7UPJA 3KM4A 5HTZA 3PJ6A 2H6TA 3R2FA 5P06A 4J0TA 5I3WA 5P0EA 5P7HA 4DJUA 5OZWA 5P4SA 5P48A 3VV6A 4R91A 5OZFA 4I10A 2XFKA 3URJA 5P0SA 4YD3A 5P31A 3TKWA 4GMIA 5P6UA 3KFPA 5P8IA 3PMUA 5P3AA 1HPVA 4RCFA 3HDKA 4M8YA 3PSGA 1NPWA 3PWRA 5BWYA 1HTFA 3KFSA 4EJLA 3INDA 5P5UA 5P5ZA 5AH6A 2FLEA 3PEPA 5P0VA 4DQCA 1KJHA 2ZHRA 2IKOA 2V00A 1HSGA 2QI7A 5OZNA 2G20A 4Y43A 5HCOA 1B6JA 1G35A 5P5SA 3VYDA 2O4LA 5P16A 4LC7A 1XN3A 3KT2A 5P04A 1HVHA 1ER8E 3OU4B 1Z1HA 4R93A 5P7IA 5P2QA 3S56A 2QNNA 4I0GA 4YA8A 3QBHA 5IVQA 2ZJNA 5KOSA 1FQ7A 3T6IA 2FS4A 2V13A 5HDXA 3OXXA 5P8NA 9HVPA 5P29A 5P6OA 3SA3A 2PK5A 5P5GA 2PH8A 3G70A 3VUCA 2FNTA 1LYWB 2G94A 1QBRA 3F9QA 1KJ7A 1QDMA 3T7QA 5JFPA 5I3YA 4YCKA 4LAPA 4DQGA 2R5QA 4Y3PA 3H5BA 5COPA 5P1WA 5P7CA 2WJOA 2PQZA 5P2HA 1T3RA 2BPXA 3R0YA 1PSAA 1YM2A 4Y3FA 4GJCA 1SDUA 1K6CA 4A6CA 3SQFA 4DQEA 1IZIA 2ZJLA 4BFBA 3TPLA 4OD9B 2F3EA 1NSOA 3PWWA 4KE1A 1EPPE 5HCTA 5P2KA 5PEPA 4DJVA 2J9JA 5OZ8A 5P80A 1SDTA 3LPIA 5P8LA 1BVGA 5OZ1A 5P01A 5P5LA 4OBGA 5P5WA 4TVGA 3LPJA 5P2WA 3UDMA 2OHQA 1DMPA 5TOLA 3VV7A 3L5DA 3S45A 5C9DA 1W6IA 5P4KA 2JE4A 1JLDA 2B8LA 3QRSA 5P0KA 1DW6C 1MERA 5HDUA 4B78A 4GJ9A 4FRSA 1HXBA 3IVHA 4I0JA 5P7GA 1GVTA 1D4LA 2QHCA 1ZTZA 5P68A 5P39A 5P8HA 4J1CA 1ME6A 3IXJA 3NLSA 5P4MA 3I8WA 5P73A 2ER6E 3K5CA 2G26A 1EBWA 1TQFA 1QS8A 3FX5A 4B1CA 5P25A 3DCRA 1FQ6A 3HBOA 3TL9A 3LIVA 3QIHA 5P5FA 4CKUA 3CICA 3U71A 2Q5KA 4B05A 4J0ZA 4XKXA 4Q1WA 3OU3A 5OZ2A 5P0LA 5P8OA 4ACXA 5P72A 3DCKA 3DOXA 3T3CA 1FG6C 1EC2A 5KQXA 4FS4A 5OZQA 1ZPKA 1PPLE 4I0ZA 5P30A 5P3GA 3UDJA 3NYGA 4LXKA 5P0NA 3FKTA 5DGWA 1AAQA 2B7ZA 5AHBA 2B8VA 2B60A 5P1PA 2G1YA 4FGXA 1SGZA 1SDVA 1MPPA 3ZKIA 2XFIA 1ODXA 5P6HA 1PPME 3EL0A 5P2MA 3BVBA 5P1VA 3L5CA 5OYXA 4RVXA 2QMFA 1G2KA 5P1XA 4I8WA 5P62A 2G21A 3VYFA 3CKTA 2G1RA 4HLAA 3JVYA 4H3JA 3OQKA 5P3MA 3PVKA 4UPJA 4FSEA 1DPJA 4A4QA 3I6OA 5P2FA 3CYXA 1FLHA 5P5IA 3OGPA 2QMPA 3LIYA 5P59A 1Z8CA 3FV3A 3ZKSA 1HVJA 1TCWA 4LXMA 4R5NA 5DQ4A 1D4JA 4YCTA 4DJQA 2XFJA 4J55A 3UPJA 4Y37A 5HE7A 5P8RA 3UQWA 5P7VA 2UPJA 1RL8A 3QPJA 2V12C 4QJ6A 5P7UA 5P7OA 2WECA 4QJ8A 1ZSFA 4Y3DA 5UPJA 2ZJHA 3UQUA 2ZHTA 2R8NA 3QRMA 5IVTA 5SZ9A 4B77A 1HOSA 3QAAA 2HB3A 1EEDP 5P3PA 3WB5A 4LBTA 3LINA 1F7AA 4YBIA 4DPFA 5P7JA 4AMTA 4RGHA 1TCXA 4Y54A 5P6BA 3LHGA 1FQ8A 5P85A 1A30A 4Q1NA 4NJUA 3S43A 2PYMA 3PCZA 5KQYA 1C6ZA 2OHUA 2G1OA 2PK6A 4PZWA 5P47A 3NWQA 3UDYA 4J54A 3OXWA 2FXDA 3MXDA 2NNPA 3ZLQA 4Y3TA 5P3TA 2FDPA 5E5JA 3L58A 3NU6A 2P8HA 1XDHA 5P1ZA 2OHNA 4Z22A 5P32A 1YX9A 3CKPA 3IXOA 2VKMA 3D1XA 5P82A 3MWSA 1C6YA 1VIJA 5P0MA 5P7EA 3NDWA 2OHKA 4J1KA 3PHVA 1XL2A 2IGXA 2O4PA 4Y47A 5P4HA 2BPVA 3EXOA 5P4NA 5P4BA 5P5PA 3EKVA 3R0WA 2QZWA 4J17A 4D89A 1FKNA 3FNUA 1PROA 4EPJA 5OZKA 2I4VA 5ISKA 2I4XA 3MXEA 3NU9A 2F3FA 3PB5A 4Y5AA 5AGZA 5HVPA 5P8JA 2PH6A 5CLMA 3Q70A 4Y3LA 1GNMA 5P5HA 1LEEA 4I1CA 5P27A 1BV9A 2QU3A 1B6LA 2WF1A 4I11A 3GI4A 3UQXA 2BKTA 3OOTA 3L5BA 3HLOA 4EWOA 3PLDA 3EL1A 1KJ4A 2APRA 4WY6A 5HE5A 4RRSA 5P09A 3CKRA 4OBDA 5OZCA 5P0TA 5P2ZA 5P4UA 2IENA 1A8KA 2QD7A 1HSIA 3IGBA 3MSJA 5P1CA 1KJGA 1IVPA 1LYAB 5SY2A 1RNEA 4NPUA 2ZJMA 3BGCA 5BRYA 5DR7A 1GVXA 2QHYA 5P52A 1XE5A 5P1YA 3OUCA 3QRVA 4FRIA 3SLZA 2BQVA 1HTEA 4GIDA 1HIVA 3ZMGA 3KDCA 3I2LA 3C9XA 5KR2A 4ZSMA 5P4AA 4EYRA 4AA9A 6APRE 4DJXA 1D4HA 3OUAA 2PWRA 4CP7A 5P8VA 5P2OA 1FFFC 3EM6A 3Q5HA 4Y4ZA 5P4DA 4XXSA 5IS4A 1HRNA 4HZTA 2RKFA 3EKTA 3TPPA 5OYSA 1YT9A 3BUFA 5P65A 1IDAA 3EL9A 1UH9A 3IA9A 3HVPA 2AZCA 5P2VA 1XN2A 3LIZA 5P5YA 5P0RA 4FRKA 4DPIA 4JP9A 5P7DA 4RVIA 5OZGA 5P6DA 2ZJKA 1YTHA 5OZEA 1YTIA 4GB2A 5DR3A 1ZAPA 2BPWA 2AZ8A 5P4QA 1PSOE 2R9BA 5P5OA 5P8GA 3WZ6A 5P63A 4Y5KA 4J1HA 3ZKGA 5FIVA 5P4XA 5JG1A 1MT7A 2R3WA 5P6PA 4Y51A 5P2YA 1BILA 1EBZA 4Y5GA 3OU4A 5P5NA 3ZPTA 2Q15A 2BKSA 3B7VA 5KAOA 1ZP8A 2HS2A 4CPQA 1HHPA 5I70A 1SMEA 1LV1A 3EL5A 2FDEA 5SY3A 5P5XA 5KQZA 5P2XA 5KR1A 4DVFA 3OUDB 5OZVA 5C9BA 1K6VA 2F3KA 2IS0A 1K6TA 1EAGA 5P0HA 5P3CA 1IBQA 1SP5A 4Y53A 1MRWA 2O4KA 4FAFA 2PSVA 5I3VA 4Y3WA 1T7IA 5P4GA 4IVTA 4Y5PA 5P8CA 5P54A 4Y3MA 1NPVA 5EZZA 2AVOA 5OYTA 5OZ0A 4TRWA 3QBFA 3SA6A 3FSMA 3I7EA 5OZ3A 5P64A 3K4VA 1SIVA 4NJSA 4Y4GA 3BHEA 1BXQA 5P81A 4Z2ZA 3PBZA 5SXNA 5P1OA 1OEWA 5P19A 4I0DA 5P6YA 1E82E 4JECA 5P58A 1SH9A 2VIYA 2ASIA 1AVFA 1FIVA 2BJUA 1AJVA 4K9HA 4Y3XA 5DR4A 3T7PA 5P03A 2AOJA 5P6ZA 2V0ZC 4PHVA 4DQBA 3PSYA 4QJ7A 5P20A 5P1QA 4J1EA 3PRSA 4RZ1A 2NMYA 3HAUA 1B11A 4YHQA 2ZE1A 3U7SA 5DPZA 4R8YA 3TH9A 5OZZA 3LIXA 5P61A 4DUSA 3EKPA 2I4QA 4Y5BA 5DQ1A 2P3BB 5OZOA 5P2BA 4EXGA 3PWMA 2CEJA 3PGIA 1MT8A 4OBFA 5P34A 5OYRA 2O4SA 3D1YA 3HVGA 2WF0A 4Y4BA 1AXAA 5P2UA 1XS7D 1FGCC 3OHFA 1HXWA 5P6LA 5P7MA 4MC6A 1MTRA 4FRJA 5AHAA 3UHLA 1FMUA 4FCOA 5P0YA 5P88A 2P3CA 4HA5A 2AIDA 3FNSA 1APWE 5P55A 5OZ4A 3NR6A 4GJ8A 4WTUA 4AZYA 5P4JA 5P0FA 3QS1A 1OEXA 5P36A 5OZRA 1ZLFA 5P4EA 1M0BA 4X2LA 2JJIA 5P5CA 5IVSA 4EQJA 1FFIC 3LPKA 4NPTA 1LF4A 5OZAA 3R4BA 1T6EX 1ZJ7A 4OBJA 5P7XA 2QD6A 4ER4E 1LS5A 2P3DA 4H1EA 1KZKA 1M4HA 3KFRA 4XX4A 2VNMA 3NXEA 5P79A 5P6VA 1SIPA 2OHMA 4HDPA 5F00A 5P2CA 5P2GA 3RTMA 5P5QA 1G6LA 5P6CA 4JPEA 1ZPAA 5P51A 2NPHA 1HVLA 3L5EA 3HZCA 1SGUA 5P0QA 3OOZA 2V10C 1BWBA 5P50A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2NMZ A;  2J9K A;  4F74 A;  3K1W A;  1EPL E;  3UFN A;  3WSJ A;  1W6H A;  5OZL A;  4LHH A;  5OZD A;  5OZI A;  5P0G A;  5P1T A;  5P77 A;  4Y58 A;  5P6K A;  4Y38 A;  3O9L A;  2PC0 A;  5DQ2 A;  5ENK A;  3QVI A;  1Z1R A;  4GYE A;  4Y35 A;  5DQC A;  5P1F A;  3PMY A;  5P8D A;  5P07 A;  4YE3 A;  3GGX A;  4TRZ A;  3S54 A;  2VA6 A;  3INF A;  3TNE A;  5OZB A;  1HVC A;  2ZJJ A;  3TLH A;  1EPQ E;  1DAZ C;  5P5J A;  1QBT A;  5P8T A;  5P56 A;  3DM6 A;  3NSH A;  1K6P A;  2QI1 A;  1PSN A;  2AZB A;  1A8G A;  2FDD A;  1K1T A;  1WBK A;  3UQP A;  1FQ4 A;  2CEN A;  5P2L A;  3OXV A;  2QCI A;  2OAH A;  1MSN A;  3EKW A;  3IN3 A;  4K8S A;  3L3A A;  5P5A A;  5P7B A;  3JW2 A;  3VG1 A;  4YCY A;  2ER7 E;  3A2O A;  5P1A A;  3APP A;  4F76 A;  4F73 A;  3RTN A;  3VF5 A;  3LZV A;  3S2O A;  5P4F A;  2WEZ A;  5P0W A;  4GJ6 A;  3S7L A;  4Y3A A;  2HB4 A;  3UDH A;  2Q11 A;  3OQF A;  1RPI A;  4Y4T A;  2ZHV A;  2QNP A;  3KMY A;  3OQA A;  4B72 A;  4NJT A;  4QJA A;  5COO A;  4Y5E A;  3DV1 A;  3K5F A;  5P6M A;  5P74 A;  3URL A;  4H3I A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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