3TL9A

Crystal structure of hiv protease model precursor/saquinavir complex
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Terminal interface conformations modulate dimer stability prior to amino terminal autoprocessing of HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-08-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3tl9A00
5P2HA 4Y50A 4PEPA 5P7PA 5P01A 2BBBA 1G35A 3A2OA 2QI4A 3DCKA 5P5SA 2HB3A 5P0RA 3L5FA 2NNKA 3S85A 3ER5E 5KR0A 3BVBA 1FMBA 4Y3DA 4AUCA 5OZ8A 2G1SA 5P3EA 2H6SA 1IZIA 1VIKA 4OBKA 5P2WA 3ZOVA 3ZPSA 4QLHA 3BUHA 2JJJA 2QHCA 5P2LA 3Q70A 2OHNA 5P7AA 1LF4A 5P63A 2NMZA 3SO9A 2AVVA 2ZJIA 2Q54A 3INHA 4RYGA 1HTFA 5P6KA 3HVPA 2JJIA 4D8CA 4APEA 2QI5A 4J0PA 1DIFA 3OUBA 5P05A 5KOSA 1BDQA 5P1ZA 5P83A 5P76A 2AQUA 5P5VA 3ZPTA 5P4LA 3ZKGA 1E82E 4LHHA 4U7VA 5P18A 5OZOA 5JFUA 5JODA 4IVTA 5P2XA 5P23A 5OZDA 4DUSA 4ZLSA 2CEJA 2P8HA 3QIHA 3UQWA 1EBYA 4I0IA 5P73A 1ZPKA 1HSHA 5P0AA 4Y4JA 5P8GA 5P12A 3UQUA 5P4EA 2Q15A 1QS8A 5OZHA 5P0EA 1B6MA 5P4DA 4OBHA 3PJ6A 5C9DA 2VA6A 2QP8A 5SXNA 3D1YA 1MSNA 4KUPA 4Q1WA 4ACXA 1B6PA 5T4SA 3BUFA 4YD5A 1Z1HA 4RCDA 1HIVA 4ZIPA 3IA9A 4HEGA 5P6DA 2OHRA 2RKFA 3EKQA 4B00A 1EAGA 1LYWB 1YTIA 4YD6A 5P79A 4Y5KA 2FXEA 2PQZA 4DPFA 3EKPA 4NJUA 3UDYA 4Q1YA 1HIHA 2A1EA 2ZJHA 5AH6A 4YCKA 4B1DA 5P2AA 4EQJA 5P6LA 1MTRA 3Q5HA 3NYGA 5P0UA 4ER4E 4I0DA 5P2EA 4RLDA 5P1XA 4TRYA 1RQ9A 4LXMA 4MC9A 3URJA 3GI6A 1T6GA 5P4BA 3MXEA 4WTUA 5P2DA 2BPVA 1HVIA 3FSMA 5P8DA 4MC1A 2AOJA 5DQ4A 1NPAA 2VNNA 4Y4GA 5OZ4A 1BDRA 2P3BA 2V12C 5P20A 2FS4A 2IGXA 3OUAA 3UF3A 3WB4A 2OAHA 1T3RA 5P03A 5P07A 2AOGA 5P8AA 5P7DA 2JE4A 4RCFA 1BBSA 3S8IA 1GNNA 2HAHA 2B7FA 2O40A 5P1HA 5OZRA 2QK5A 4J0YA 3HBOA 5OZJA 2WF1A 4L1AA 2P3AA 5P2JA 3HDKA 5P5GA 2QZXA 2G27A 5OYZA 4ER2E 1D4KA 5KQFA 1APUE 3PHVA 1IZEA 2WL0A 3IXKA 5OZNA 2ZDZA 3CKPA 4DJOA 1JLDA 3EKXA 1B5FA 5P55A 1ODYA 2XYEA 2XFKA 4J1HA 2WF3A 1NH0A 2FNSA 2G20A 4CKUA 2XYFA 1G2KA 5OZBA 2QI1A 3O9EA 5AGZA 2G94A 4Y3EA 4EJDA 5KR8A 3L5DA 4Y38A 1YT9A 3OADA 2QNPA 1ZPAA 5P1EA 4Y3ZA 3L5BA 3K4VA 4U7QA 4RYCA 5P1GA 2V0ZC 4Z4XA 3PSGA 1XDHA 5OZEA 3IVHA 1A94A 3OHFA 3PSYA 5HTZA 4Y37A 4J1IA 2I4VA 1FG8C 4QJ9A 4Y3AA 1TCXA 3U7SA 5P1JA 5P33A 1D4HA 5P7HA 3LITA 4H1EA 5P42A 5P0TA 2Q3KA 4ZSRA 2PSUA 1ZP8A 3L3AA 1MESA 3M9FA 5P3GA 3EKVA 5P11A 5P8NA 5TOLA 2NMYA 5OZ7A 3PM4A 4EP3A 5P3DA 2VIJA 5P3RA 4GMIA 4DJPA 1W5XA 5IVQA 3BGBA 1TW7A 2HS1A 2V10C 5P14A 5P0GA 2ZJLA 3R1GB 4LXKA 4HE9A 4PPHA 5P43A 2OHQA 3R4BA 1HVKA 1MERA 5P6VA 2VJ9A 3BGCA 5OZVA 2I0AA 3S56A 1Q9PA 4NPUA 3NU4A 4K9HA 2B8VA 3UDRA 3O9DA 1ODXA 1YX9A 3GGVA 5P59A 4QJAA 2AOIA 2UY0A 2EWYA 3EL9A 5P6NA 1E5OE 2QD8A 3HD8A 5FIVA 4Y35A 4E43A 2QMFA 5P2SA 5P5ZA 5P77A 4YBFA 1GVTA 3PI5A 5P1SA 3FNSA 4EWOA 3VSXA 4XX4A 1LF3A 5DR7A 2AVSA 3OTSA 1A9MA 3TLHA 3NU5A 5P6WA 3QBFA 2JXRA 1FQ7A 4OBZA 1MVPA 1ENTE 3OU1B 4GIDA 4COEA 4HDPA 5P0JA 3EBZA 1BVGA 3OUDA 4J0VA 2UXZA 3LPJA 4ZSPA 1C6YA 1C6ZA 5P22A 5P68A 3PWMA 2A4FA 5P6HA 3VF7A 1HPOA 4HDBA 2I4UA 5P44A 5P6PA 1A8GA 3CIBA 1MPPA 2WF4A 4DJXA 4BELA 4N00A 2OHPA 5KQYA 4F75A 4CPQA 3PLLA 4CPUA 5HU0A 5P75A 4Y45A 4QJ6A 5P6FA 4FAFA 3GGAA 2MIPA 3NSHA 5P5CA 5P2TA 5P8EA 5I70A 1FGCC 3CKRA 3LIQA 4FRJA 4Y4AA 3L58A 4NKKA 2WJOA 1EC0A 1OD1A 4EHCA 2P3DA 5HCTA 4S1GA 5P3JA 3B7VA 2V13A 5P0LA 4LAPA 5P2GA 1VIJA 2NTRA 5P7UA 3PWRA 5P2FA 1HTEA 5P1YA 1LYAA 2RSPA 4DVFA 3VUCA 2BKSA 1LEEA 1M4HA 3O9FA 4HLAA 3ZPUA 4EJKA 1UPJA 5P4OA 4Y3YA 4D88A 3UDHA 3EKTA 2QHYA 4Z22A 1MRWA 2RMPA 5P17A 3PEPA 2PWCA 5P2ZA 3PWWA 1N49A 1LS5A 3ZKMA 5OZWA 5ER1E 3BVAA 5P1LA 1KZKA 3JVYA 1EC2A 1FQ5A 5P1KA 5P7JA 1QDMA 2P3BB 5EZXA 3H5BA 3NDUA 1XN3A 5OZXA 5P66A 1FMUA 3KT2A 2IGYA 4Y3GA 2IRZA 1GNOA 4L1AB 2QZLA 2WEDA 4B72A 5P87A 5P2VA 2ZJJA 2ASIA 4KE0A 1EBKC 3KDDA 4DFGA 5P4PA 3U71A 5P2CA 2IENA 2OHSA 3EL1A 5P4GA 5ER2E 3O9GA 5KOQA 3ZKNA 5P4XA 5OZ6A 5P26A 5P5EA 4Y4EA 1YTGA 5DGWA 7HVPA 2R8NA 5P5AA 3INFA 4AZYA 1XE5A 1XE6A 4HZTA 4B0QA 1CMSA 1M0BA 4A4QA 3OTYA 5J25A 4Y3HA 3PLDA 2WEAA 5I3YA 3TPJA 2QNNA 3O9IA 5DR4A 3LZUA 1FQXA 3OXWA 5P1DA 3VFBA 3SA9A 3LIYA 2G1RA 1EC1A 1MSMA 5P4RA 5P2NA 2V00A 2I0DA 5OZFA 5OZ0A 4GYEA 3T11A 1B6LA 5P2RA 4D89A 1BXOA 2FMBA 5P7ZA 5P8OA 5OYVA 3SM2A 2NXLA 3MSKA 3SM1A 1MEUA 3K5DA 4B05A 3SA4A 4YA8A 4Y3PA 3U6AA 5HDZA 3SLZA 3TKWA 2WF2A 2PYMA 3Q4BA 5KQXA 3R2FA 5OZSA 4RRNA 4EJ8A 2IKOA 3PCWA 3T7QA 2G26A 5P4ZA 3KT5A 5P50A 4I0HA 5P37A 3TPLA 1MRXA 4Y4WA 3BUGA 5P0CA 4L7GA 3EMYA 2R9BA 4Y3JA 2P3CA 5P4UA 1LYBA 2HPEA 4AA9A 5P3QA 5HDVA 5P6BA 4DJUA 2XFIA 2PYNA 5COOA 3SA7A 4QJ8A 4RGHA 2F80A 1ER8E 4FLGA 4Y44A 1YG9A 3FNTA 4GJ6A 5P6MA 2R38A 3KDCA 4R95A 2BPYA 5P10A 5KR1A 3KM4A 5P61A 3EL5A 3LPIA 4Y4BA 4L6BA 5P84A 4CPXA 4Y48A 5DPZA 5AH9A 3KN0A 2FXDA 5P48A 1BIMA 1EPRE 3K5CA 4DQEA 5AHAA 5P6RA 2R3TA 3GGXA 5P4JA 5P5XA 4GJAA 5P4QA 4OBZB 3K5FA 3S54A 5OZ3A 3QRVA 3UDPA 2FDEA 5P5DA 3FX5A 1EPOE 3LNKA 5P41A 1GNMA 1HEFE 3QRSA 4FE6A 5P3HA 1AIDA 4MC6A 2F3EA 5P1FA 3MSLA 5P7NA 5P2YA 6APRE 1DMPA 5ENMA 4LP9A 5P08A 3MWSA 3O9AA 3UFNA 6FIVA 2HIZA 2ZHVA 5HE5A 4AA8A 3B80A 2I4XA 5P0YA 5P54A 5P3SA 2G1NA 1HXWA 5PEPA 5P4CA 3OUCA 4RVXA 2FGUA 3T7PA 3HW1A 5E5KA 4Y4ZA 3NXNA 4Y51A 5P47A 4I10A 1MT9A 2F81A 2FDPA 3SACA 4J0ZA 2AIDA 3O9LA 5P81A 4I12A 5P8UA 5P3KA 5P4SA 1W5YA 4LXAA 1HPVA 5P7SA 1YM2A 4Y5MA 1LYAB 3NLSA 2AOEA 5P5IA 2Q11A 3ZKSA 3NUOA 5P3NA 5OZGA 5OZLA 5AH7A 5P4KA 3VG1A 1DAZC 3RU1A 5OYSA 1HEGE 4F73A 3OWNA 4TVHA 3SA3A 3OQ7A 3EXOA 5P7QA 1XL2A 2OF0A 5P80A 5P3OA 2H6TA 2ZHUA 1E81E 2HB4A 3TH9A 3LIXA 5P69A 2SAMA 5P46A 2AODA 4UPJA 5P25A 5P3MA 3VF3A 1UH7A 1XL5A 1T6EX 2ZHTA 3GI5A 3NWQA 5P5TA 2Q63A 3LIVA 1WBMA 1EBZA 1AXAA 5P27A 1ZBGA 3VEUA 5P6TA 2ZHSA 1GVWA 5P7RA 2FGVA 2HPFA 5P56A 1AJVA 3PCZA 1SDVA 1MTBA 5P0BA 5P71A 1ZSFA 4GJ7A 3KFPA 4DQBA 5P7EA 5P0HA 4EP2A 4OD9A 4Y5CA 3L5EA 3TL9A 2PK5A 5P45A 5P29A 5P2UA 2HM1A 5HCOA 2BKTA 1OEWA 4H3JA 3SA8A 5P5BA 3OU4A 1HPSA 3GI0A 3O9HA 5DGUA 3OQAA 3BXRA 5P28A 4CPTA 3NU9A 4H3GA 4FRKA 2F3FA 1D4SA 2O4KA 2O4PA 5P2KA 3KDBA 4I0JA 1SDUA 4IVSA 3AIDA 1HVCA 5I3VA 5P7YA 3SAAA 5P7LA 2Z54A 3G72A 3NDWA 4GZFA 3QAAA 2WKZA 1GVXA 1U8GA 3LHGA 4FCOA 5P2OA 3T3CA 2QU2A 2NXMA 4OC6A 3UDKA 5P09A 1W5WA 4R92A 2VNMA 3HZCA 1AZ5A 2VS2A 5P4NA 3PMYA 4JPEA 1LV1A 2I1AA 1B6JA 3EKWA 3DK1A 4YD3A 2F8GA 5P65A 2NNPA 5P2IA 3PSUA 3S43A 5P3IA 1GVUA 3HVGA 4PZXA 5P58A 3H0BA 4LL3A 5P16A 4YOBA 1HWRA 3ZKXA 5HD0A 5P8RA 1A30A 4B77A 1BDLA 4ZE6A 1LYBB 3LZYA 3DUYA 2HC0A 1PSAA 4JP9A 4K4RA 1EPLE 1HVSA 2AZCA 5P52A 1ODWA 1CZIE 4Q1NA 1EC3A 2CEMA 2J9JA 2QAKA 5JG1A 3OOTA 3URLA 5P7OA 5OZQA 4M8XA 5P1WA 5I3XA 3IAWA 4PZWA 5P0OA 1APWE 1D4YA 5P40A 4R8YA 5P6AA 5P1BA 5P3TA 1W51A 3T6IA 1DW6C 2RKGA 3S45A 5P0SA 4I8WA 4Z50A 4Q5MA 5P67A 3VYDA 4YHQA 4ACUA 5P7WA 3EL4A 5P4YA 5OYRA 2HS2A 3UHLA 1ZLFA 3URIA 1D4IA 2AOHA 5IVSA 5P70A 3PRSA 1XS7D 4HDFA 4XKXA 5P1PA 3QPJA 5P8VA 1HXBA 2OHLA 4YBIA 1LYWA 1WBKA 5UPJA 3IN3A 4R5NA 3DOXA 2AOCA 4PHVA 1SGUA 4J54A 3PGIA 4Y5AA 1SP5A 2PMAA 5OYUA 5P3VA 4YCYA 4F74A 1HOSA 2JYSA 5OZMA 1FQ4A 5P3CA 4I0ZA 4DV9A 5P8QA 5OYYA 4ER1E 4LC7A 4M8YA 3TOGA 2HB2A 2ZE1A 5P6UA 4FSEA 2R5QA 4Y6MA 3OU3A 3O9CA 3QI1A 4FRIA 1A8KA 1SDTA 4AMTA 5P15A 5P0KA 5P5OA 3UDJA 5P3AA 4OBJA 5P82A 2CENA 5COPA 4EJLA 1CPIA 5P4WA 1MT7A 2I4DA 4Y5BA 3BC4A 4NJSA 2Q55A 3VLBA 5ISJA 3RTHA 4CPWA 1META 2I4WA 5P5LA 3CIDA 4FRSA 1AJXA 5OZIA 1HSIA 3ECGA 4YD7A 3RTMA 3I8WA 5EZZA 5OZUA 1BVEA 8HVPA 4KE1A 4Y54A 3INDA 2VIEA 3EM4A 4DJYA 1NPWA 1TZSA 4I0GA 3VF5A 2ER7E 3UQRA 1MIQA 1F7AA 4Y9WA 5P1NA 2G1YA 3HLOA 3KYRA 3IXOA 6UPJA 1HVRA 3R0YA 2OHMA 5P3WA 4EQ0A 1Z8CA 1IZDA 5P8LA 1B5FB 5P7VA 4LBTA 2AVOA 2QMGA 4Y3RA 9HVPA 1EEDP 4Y53A 4Y4XA 2J9KA 4YOAA 4YD4A 2WECA 4FSLA 1WKRA 1C70A 1IDBA 4Y5GA 3Q6YA 3OADB 1ZSRA 2VJ7A 3SPKA 1F34A 2QI7A 3JVWA 3QVCA 5P86A 2AVMA 3K4VC 2BQVA 3UFLA 3LINA 1EBWA 4NPTA 3ST5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2H A;  4Y50 A;  4PEP A;  5P7P A;  5P01 A;  2BBB A;  1G35 A;  3A2O A;  2QI4 A;  3DCK A;  5P5S A;  2HB3 A;  5P0R A;  3L5F A;  2NNK A;  3S85 A;  3ER5 E;  5KR0 A;  3BVB A;  1FMB A;  4Y3D A;  4AUC A;  5OZ8 A;  2G1S A;  5P3E A;  2H6S A;  1IZI A;  1VIK A;  4OBK A;  5P2W A;  3ZOV A;  3ZPS A;  4QLH A;  3BUH A;  2JJJ A;  2QHC A;  5P2L A;  3Q70 A;  2OHN A;  5P7A A;  1LF4 A;  5P63 A;  2NMZ A;  3SO9 A;  2AVV A;  2ZJI A;  2Q54 A;  3INH A;  4RYG A;  1HTF A;  5P6K A;  3HVP A;  2JJI A;  4D8C A;  4APE A;  2QI5 A;  4J0P A;  1DIF A;  3OUB A;  5P05 A;  5KOS A;  1BDQ A;  5P1Z A;  5P83 A;  5P76 A;  2AQU A;  5P5V A;  3ZPT A;  5P4L A;  3ZKG A;  1E82 E;  4LHH A;  4U7V A;  5P18 A;  5OZO A;  5JFU A;  5JOD A;  4IVT A;  5P2X A;  5P23 A;  5OZD A;  4DUS A;  4ZLS A;  2CEJ A;  2P8H A;  3QIH A;  3UQW A;  1EBY A;  4I0I A;  5P73 A;  1ZPK A;  1HSH A;  5P0A A;  4Y4J A;  5P8G A;  5P12 A;  3UQU A;  5P4E A;  2Q15 A;  1QS8 A;  5OZH A;  5P0E A;  1B6M A;  5P4D A;  4OBH A;  3PJ6 A;  5C9D A;  2VA6 A;  2QP8 A;  5SXN A;  3D1Y A;  1MSN A;  4KUP A;  4Q1W A;  4ACX A;  1B6P A;  5T4S A;  3BUF A;  4YD5 A;  1Z1H A;  4RCD A;  1HIV A;  4ZIP A;  3IA9 A;  4HEG A;  5P6D A;  2OHR A;  2RKF A;  3EKQ A;  4B00 A;  1EAG A;  1LYW B;  1YTI A;  4YD6 A;  5P79 A;  4Y5K A;  2FXE A;  2PQZ A;  4DPF A;  3EKP A;  4NJU A;  3UDY A;  4Q1Y A;  1HIH A;  2A1E A;  2ZJH A;  5AH6 A;  4YCK A;  4B1D A;  5P2A A;  4EQJ A;  5P6L A;  1MTR A;  3Q5H A;  3NYG A;  5P0U A;  4ER4 E;  4I0D A;  5P2E A;  4RLD A;  5P1X A;  4TRY A;  1RQ9 A;  4LXM A;  4MC9 A;  3URJ A;  3GI6 A;  1T6G A;  5P4B A;  3MXE A;  4WTU A;  5P2D A;  2BPV A;  1HVI A;  3FSM A;  5P8D A;  4MC1 A;  2AOJ A;  5DQ4 A;  1NPA A;  2VNN A;  4Y4G A;  5OZ4 A;  1BDR A;  2P3B A;  2V12 C;  5P20 A;  2FS4 A;  2IGX A;  3OUA A;  3UF3 A;  3WB4 A;  2OAH A;  1T3R A;  5P03 A;  5P07 A;  2AOG A;  5P8A A;  5P7D A;  2JE4 A;  4RCF A;  1BBS A;  3S8I A;  1GNN A;  2HAH A;  2B7F A;  2O40 A;  5P1H A;  5OZR A;  2QK5 A;  4J0Y A;  3HBO A;  5OZJ A;  2WF1 A;  4L1A A;  2P3A A;  5P2J A;  3HDK A;  5P5G A;  2QZX A;  2G27 A;  5OYZ A;  4ER2 E;  1D4K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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