3TMUA

X-ray radiation damage to hewl crystals soaked in 100mm sodium nitrate (undosed)
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
publication title Can radiation damage to protein crystals be reduced using small-molecule compounds?
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3tmuA00
1CJ7A 4NSGA 8LYZA 1NQIA 2D6BA 1GB9A 5HMJA 1LMQA 208LA 2DQJY 2EIZC 1V7SA 1VDSA 2DQAA 2BQJA 2H9KA 4NG8A 2BLXA 1GDWA 4LYBA 2BQEA 3A8ZA 1CKHA 3HFMY 4N0JA 3W6CA 2YSSC 1HF4A 3RT5X 4ETAA 2G4PA 3TXBA 2XBRA 1WTNA 3GXKA 3WYHA 2YBNA 4LT3A 2Z2FA 3W6DA 2ZWBA 1GF8A 4LYMA 5B06A 5LVIA 3ATOA 1TAYA 4OW1A 5B05A 1NDGC 1H87A 1F0WA 3IJUA 5KXZA 1IWXA 1GF0A 2F4AA 2LYZA 3CT0A 1D0LA 1JJ3A 4HP0A 1WQRA 4L41A 1INUA 4UWVA 1BB5A 3N9AA 5B1GA 1JSFA 2D4KA 1EQEA 1GFEA 1GXV2 2YBIA 1BVKC 4WG7A 4LFPA 3LYTA 4WM6A 3A3RX 1IEEA 2IHLA 4XJHA 5LAFA 5APDA 1JJ0A 1UACY 4OWCA 2MECA 1G7HC 2HEFA 1DZBX 2ZIJA 4H92A 1KIPC 2F2NA 1GFGA 2ZIKA 1W08A 4NSHA 1WVUA 2BQDA 1YKYX 2DQDY 1LZ8A 5FDJA 1B7NA 1G7IC 1LHMA 1DKKA 4KXIA 5LVHA 4H8ZA 4ZIXA 2A7DA 1B5VA 4HV1A 3WL2A 4D9ZA 1HENA 2HEEA 1IP7A 1XGRC 1D6QA 2EPEA 1F6RA 133LA 2I25L 3AZ4A 1XSFA 5DN4A 2XJWA 4GCBA 1JPOA 1WQQA 2A7FA 4H94A 1NKHA 2IFFY 3D3DA 4WOAA 3WULA 1D6PA 1RI8B 4HTKA 1RCMA 1JWRA 1KIQC 1LZ9A 5FCPA 1WQMA 2N5ZA 2NWDX 2CGIA 1RFPA 3LN2A 4FJRA 4J7VA 3WPKA 5LA8A 1NWGA 4CFPA 4DD2A 1UIDA 2VB1A 4WMGA 3QE8A 3HBHA 1D9UA 4ET8A 1IWUA 2MEGA 4WO6A 2LZ2A 3AGHA 5F14A 1B2KA 5FSTA 4W96A 1C7PA 1CKDA 4NY5A 7LYZA 1BWHA 4MR1A 1F10A 1REZA 4ETBA 4WLDA 5LYTA 4NHPA 193LA 1YL0X 1QDRA 1IP2A 1OUJA 1REMA 2MEDA 4H9BA 1QTKA 1YAOA 1HSXA 4CJ2A 3A67Y 1HFXA 4H8XA 1P2CC 1LZ5A 5K7OA 3TMXA 2Z2EA 1GBSA 1QIOA 2PC2A 4LYZA 4GN5C 2ZYPA 4OOOA 4WG1A 5I53A 1GB8A 2MEIA 3ATNA 4UWNA 4RW2A 4RLNA 4MCKA 3WUMA 1FKVA 3B6LA 5HMVA 4XJGA 1B7LA 1GXXA 1OUFA 3KAMA 1TBYA 4N9RA 3HBEX 1LSDA 4LZTA 1A2YC 1WVVA 1VDTA 4QDNA 2Z19A 1BB4A 1IX0A 2CJLA 3CB7A 4RW1A 3QNGA 1GAZA 2EQLA 1GE4A 1WQNA 1ALCA 1T3PA 4NHSA 1C43A 4WM2A 4HJVA 2LHMA 1IC5Y 1BB3A 1JISA 1LJFA 1HFYA 4NFVA 5LVJA 5D5CA 1AKIA 4TX7A 1YAPA 1CJ8A 5C6LA 4HV2A 2YBHA 1HEQA 1GHLA 5D5FA 1XGPC 1FLUA 4J1BA 4N8ZA 4XYYA 1B7RA 1NHEA 4CHXA 4ZEEA 1LKSA 1B5ZA 1BQLY 1JKDA 1HEMA 2FYDA 5E4PA 3TMVA 1ZMYL 2BQBA 1YKXX 2MEEA 1YL1X 3WMKA 1HC0A 1LJNA 1LZ4A 2DQCY 2B5ZA 2MEFA 4G4HA 1C08C 4NEBA 4HPEA 1HNLA 3TXJA 4B4IA 1JSEA 4PRUA 1LSAA 4TWSA 1JIYA 1TCYA 2ZNXY 4W94A 1MELL 1JTTL 1GFAA 4LYCA 4XADA 1B0DA 3BKHA 1ZV5L 3AZ5A 1IO5A 2YBJA 1JKCA 1GDXA 3A34A 1UA6Y 5I4WA 1WTMA 3P65A 207LA 2YVBA 3WUAA 1LSPA 1GFTA 1QQYA 4ETEA 3ULRA 5I4XA 1IP1A 1JHLA 2BQMA 3B0OA 3J6KA 1OUBA 1OUAA 1Z55A 5DN5A 1NMMA 5F9XA 3LYMA 5A3EA 1LYYA 1YROA 3G3BB 1KXWA 4ZFPA 1IR7A 3AW6A 4WM3A 5B07A 1FLQA 4GCDA 3IWRA 4FDYA 5ILFA 1AT6A 4LYOA 1LJ3A 1LYSA 3E3DA 3B72A 5KXYA 5F9UA 4YENA 4H1PA 5L9JA 5LVKA 3T36A 3TXFA 3WXUA 5KXTA 2BLYA 1DQJC 1GE0A 4R6CA 3P64A 4NIJA 1JUGA 1LZYA 3A93A 4LFXA 1GFUA 2DBTA 2Z37A 4XENA 1QUTA 1XEJA 2I6ZA 2W1LA 5EBHA 4NGIA 4C3WA 4DC4A 1LHHA 5KJ9A 1UIGA 4XN6A 1IY3A 1G7LC 1GWDA 1FKQA 1LSEA 1VATA 1G7JC 3W3EA 3A95A 2BQFA 4B4JA 1GB0A 4U3XB 5T3FA 4HJYA 4G4CA 1UICA 3SP3A 4M4OA 5FHWA 4LYTA 3WH1A 4DD1A 4GN3A 2HU3A 1HFZA 4BAPA 3WVYA 4NGLA 3MGWA 4IASA 1UIHA 4XJBA 4NGWA 5A3ZA 3BKVA 1NBZC 4DDAA 1BB6A 1O23A 1GE1A 1XEIA 1QTEA 1GFJA 1OP9B 3A94A 2ZQ4A 4NHQA 5KXPA 1I56A 1FN5A 3T6UA 4G9SA 5KXKA 3FE0A 1FBIX 1B7PA 3WU9A 1LAAA 1LZTA 4KL7A 5KKIA 1LMPA 5KXNA 1IOCA 3LZ2A 4TUNA 1BHZA 3WVXA 5KXRA 1UIFA 1TDYA 2XTHA 4J1AA 4QGZA 4Z98A 4LT2A 3WPLA 1VDQA 2GV0A 4WL6A 3WXTA 4GLVA 1VEDA 5IELA 2CDSA 2ZNWY 2X0AA 4WO9A 4H93A 1B7SA 3TXKA 6LYTA 1GF6A 3TXIA 5J7CA 1LMTA 1IVMA 1LSBA 1HHLA 3RNXA 4I0CA 5APEA 1AM7A 4H9IA 4N5RA 3TXHA 1GE2A 4PJ2C 1HEPA 1GEVA 1BWJA 4TSBA 1CJ9A 1J1OY 2Z12A 1I20A 1LZAA 4QY9A 1LMAA 4TSCA 1LJJA 1ZVHL 1OUGA 4H9HA 2Q0MX 1UBZA 1YAMA 1VAUA 2MEBA 1HMKA 1GB2A 1A4VA 3EMSA 5II3A 5LINA 2BQLA 5IHGA 5I4YA 1BGIA 1IWZA 1GBYA 2D4IA 1GEZA 5ILCA 2W1YA 5DL9A 5E9RA 5LIOA 1B7QA 2BQNA 4OWBA 3W6EA 2I26L 4TTDA 3AW7A 1GF3A 1LMOA 1FLYA 1GF7A 3AJNA 5B59A 154LA 2BQGA 1NBYC 4MSTA 4B0DA 2DKVA 2YBLA 3TXGA 3W6AA 4H8YA 3ZVQB 2BQIA 1GFKA 1IOQA 1LJ4A 4IJ4A 1UUZC 1LCNA 1LSGA 3M18B 1W6ZA 2DQIY 3QY4A 4NGZA 3FI7A 4PRQA 3A96A 3CT1A 3P66A 3AB6A 5DM9A 1IOTA 1GF9A 3WW5A 2BQOA 4DT3A 1XGUC 1LPIA 1LZDA 4YF2A 135LA 1IP4A 5KXLA 1LZ6A 4XJIA 1GBOA 4G4BA 1XFPL 5HLLA 4E3UA 1QUSA 1LZ1A 2BQHA 2MEAA 1LHJA 3AYQA 2W1XA 1J1PY 2BPUA 1PS5A 4KPMA 4GCFA 1LZGA 4A7DA 1GF4A 1AZFA 3N9CA 4YEOA 4H91A 4ETDA 1REYA 5LXWA 1UC0A 4PPOA 4NWEA 2W1MA 4GCEA 1D0MA 1DI3A 1IP6A 1GBZA 4XJFA 5KY1A 3A90A 4RDSA 1F6SA 1IWYA 1DKJA 1HERA 4DDBA 2F4GA 4LT1A 5KXOA 1LKRA 1BVXA 1GAYA 5KXSA 1DPWA 1PZYA 4NHIA 3WPJA 3TMUA 4DYGA 3K3TA 4H9FA 1LSFA 4HTNA 4DD9A 4EMNA 1DI5A 3TXEA 4Z46A 4HTQA 4KT3A 2EKSC 1B5UA 4OWHA 1WQPA 4NSJA 2Y8PA 1LZBA 2D91A 153LA 3F6ZA 194LA 2Z39A 4WL7A 1CKFA 4NG1A 1LMCA 1VDPA 1B5YA 4HSFA 2YBMA 1KXXA 4M6DA 1EQ4A 3WU8A 3B0IA 5JENB 3RZ4A 2D4JA 1CNSA 2C8OA 4GCCA 2DQFC 1JTOL 2H9JA 3TMWA 4CGEA 4PHIA 1LJIA 1OUEA 2DQGY 2G4QA 3ZVQA 4CFOA 4NGJA 1B7OA 3CSRA 3M3UA 1B9OA 5APFA 1UCOA 4DD7A 5C6IA 4ML7A 1DPXA 3W6BA 1LJGA 4PGJB 1JITA 1LOZA 3P4ZA 2DQHY 1JEFA 2Z38A 5HNLA 1EL1A 5AMYA 4B1AA 1HEOA 5B1FA 4G49A 4WLYA 9LYZA 1BB7A 1GFVA 132LA 1RE2A 2BQCA 3HBDA 4UWUA 1GB3A 3GXRA 1KIRC 1B5XA 1GFHA 1HMLA 1OUIA 1LTMA 2C8PA 3CT5A 4NGVA 4ETCA 5L3HA 2HEDA 4OWEA 4XJDA 5APCA 1YQVY 1LZEA 1QSAA 1E8LA 1YILA 1SQ2L 4B49A 2WARA 1C46A 1EQ5A 1IIZA 2BQAA 1IP5A 1LJKA 1GE3A 1ZVYB 2HEAA 3A92A 6LYZA 2FBBA 4BAFA 1GPQC 1N4FA 2ZYCA 1LZRA 5L3IA 4II8A 1LYZA 3EXDA 1LSNA 1VFBC 4QEQA 4AGAA 1D0KA 1LZSA 2ZQ3A 1UIEA 1GD6A 1YKZX 4N1EI 3LZTA 5F81A 1IORA 4H9EA 1LHKA 4NSIA 4P2EA 1LZCA 4X3BA 5HNCA 1KXYA 1GB7A 4NGKA 2XBSA 4Z41A 1JKBA 1HELA 1LYOA 3RW8A 1J1XY 1HSWA 4H90A 3CSQA 1JKAA 1C10A 3RU5A 3WU7A 1IY4A 1QSWA 5C6JA 4LT0A 1JJ1A 4WM4A 1GF5A 3G3AB 4Z3MA 1NF5A 1OUDA 4O34A 4YM8A 4DDCA 4HPIA 1MLCE 1C45A 1XGTC 4C5FA 1FDLY 2RSCA 4WLTA 4NGYA 1UIBA 2HEBA 4WM5A 3D9AC 1LJEA 4EOFA 1DI4A 4DD3A 2LYOA 3CQLA 4R0FA 1LHLA 3AGGG 1IR8A 4WLXA 3WUNA 2BQKA 2FBDA 5FELA 3LHMA 1REXA 1RJCB 1CKCA 5DLAA 5LA5A 4NHTA 1FLWA 3AZ7A 1V7TA 1I1ZA 1IOSA 1YANA 3AGIA 1QDTA 4H9CA 4N1CC 4NWHA 1T6VL 1IP3A 4HJZA 1GBXA 4IATA 4RLMA 4NGOA 5KXMA 3J4GA 1YIKA 4DD0A 1IWTA 3A6CY 2MEHA 1YAQA 2F30A 3WW6A 4B4EA 5KKJA 4GLAA 1GB6A 4YEMA 2Z18A 1IC4Y 1XEKA 5KXXA 1OUCA 1H6MA 3A3QA 4ANRA 1CJ6A 1UIAA 5LYMA 1IWVA 2AUBA 1SLYA 2ZILA 3AZ6A 2BAAA 3LYOA 1JTPL 3A91A 1LSZA 5HQ1A 4J0LA 1BWIA 1DXJA 3P68A 5M1YA 1B7MA 5LVGA 1WQOA 2H5ZA 5IDDA 1AT5A 134LA 2LYMA 3OJPA 2HUBA 4BADA 1XGQC 4GN4A 2HECA 4WM1A 4ET9A 5FEKA 5LAGA 1NDMC 1LMNA 2YDGA 2HTXA 1HEWA 4H9AA 1OUHA 4LGKA 1TEWA 1IWWA 4OWAA 5KXWA 1LSMA 4YOPA 1LJHA 1GB5A 4DWXA 1LZNA 1B5WA 3IJVA 1IR9A 1OQMA 3EO5A 3N9EA 3OK0A 3TXDA 1IC7Y 1GBWA 2DQEY 1LHIA 4BS7A 5I5QA 5I54A 3ZEKA 3CSZA 4I8SA 3W6FA 1LSCA 2G4NA 1G7MC 2FYCA 2CWIA 2LZTA 5F16A 5LYZA 3B0KA 4OOTA 2HU1A 3EBAB 1CKGA 1GFRA 1LSYA 4AXTA 3A6BY 3VWOA 3LYZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
8LYZA 2D6BA 1LMQA 173LA 2EIZC 1V7SA 2H9KA 176LA 2BQJA 4NG8A 4LYBA 2BQEA 3A8ZA 3HFMY 4LT3A 1GF8A 4LYMA 5LVIA 1G0LA 3G3VA 5B05A 4OW1A 1F0WA 3IJUA 5KXZA 2RB0X 1L15A 1I6SA 5B1GA 1C67A 2IGCA 2YBIA 1BVKC 3A3RX 1IEEA 1C6NA 1JJ0A 1UACY 1P64A 1G7HC 1KIPC 2F2NA 2DQDY 1LHMA 1G1VA 2A7DA 4D9ZA 1OV7A 2HEEA 1PQDA 1XGRC 133LA 123LA 4E97A 1XSFA 2XJWA 1WQQA 4WOAA 1RI8B 1RCMA 3HH4A 2NWDX 1P37A 5LA8A 2OTYX 236LA 4CFPA 1JQUA 2VB1A 3V2YA 4ET8A 3AGHA 1CKDA 4NY5A 4MR1A 1F10A 4NHPA 1YL0X 1OUJA 1REMA 4H9BA 4H8XA 3C80A 243LA 5K7OA 3TMXA 209LA 4WG1A 163LA 3WUMA 1L13A 1OUFA 112LA 1WVVA 3CB7A 170LA 1IX0A 1L18A 1GAZA 2EQLA 3QNGA 4ARQA 1ALCA 1L25A 2LHMA 1HFYA 1KS3A 1L32A 5C6LA 4HV2A 3DN6A 4DQJA 4J1BA 1NHEA 1HEMA 111LA 1ZMYL 1LJNA 2B5ZA 4G4HA 1HNLA 1JSEA 2ZNXY 1JTTL 1MELL 1B0DA 4W59A 1ZV5L 1L57A 1JKCA 1GDXA 2YVBA 3WUAA 1CV1A 1OUBA 3LYMA 5A3EA 3NY8A 3G3BB 1IR7A 4WM3A 1AT6A 5KXYA 3GUJA 5LVKA 2Q9DA 3LZMA 3GUKA 4R6CA 2LZMA 253LA 3C8SA 1QUTA 2I6ZA 5EBHA 172LA 1UIGA 4LZMA 1L0JA 3HU9A 1FKQA 1VATA 1DYEA 140LA 165LA 4HJYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CJ7 A;  4NSG A;  8LYZ A;  1NQI A;  2D6B A;  1GB9 A;  5HMJ A;  1LMQ A;  208L A;  2DQJ Y;  2EIZ C;  1V7S A;  1VDS A;  2DQA A;  2BQJ A;  2H9K A;  4NG8 A;  2BLX A;  1GDW A;  4LYB A;  2BQE A;  3A8Z A;  1CKH A;  3HFM Y;  4N0J A;  3W6C A;  2YSS C;  1HF4 A;  3RT5 X;  4ETA A;  2G4P A;  3TXB A;  2XBR A;  1WTN A;  3GXK A;  3WYH A;  2YBN A;  4LT3 A;  2Z2F A;  3W6D A;  2ZWB A;  1GF8 A;  4LYM A;  5B06 A;  5LVI A;  3ATO A;  1TAY A;  4OW1 A;  5B05 A;  1NDG C;  1H87 A;  1F0W A;  3IJU A;  5KXZ A;  1IWX A;  1GF0 A;  2F4A A;  2LYZ A;  3CT0 A;  1D0L A;  1JJ3 A;  4HP0 A;  1WQR A;  4L41 A;  1INU A;  4UWV A;  1BB5 A;  3N9A A;  5B1G A;  1JSF A;  2D4K A;  1EQE A;  1GFE A;  1GXV 2;  2YBI A;  1BVK C;  4WG7 A;  4LFP A;  3LYT A;  4WM6 A;  3A3R X;  1IEE A;  2IHL A;  4XJH A;  5LAF A;  5APD A;  1JJ0 A;  1UAC Y;  4OWC A;  2MEC A;  1G7H C;  2HEF A;  1DZB X;  2ZIJ A;  4H92 A;  1KIP C;  2F2N A;  1GFG A;  2ZIK A;  1W08 A;  4NSH A;  1WVU A;  2BQD A;  1YKY X;  2DQD Y;  1LZ8 A;  5FDJ A;  1B7N A;  1G7I C;  1LHM A;  1DKK A;  4KXI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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