3TNEA

The crystal structure of protease sapp1p from candida parapsilosis in complex with the hiv protease inhibitor ritonavir
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
339
structure length
339
Chain Sequence
DSISLSLINEGPSYASKVSVGSNKQQQTVIIDTGSSDFWVVDSNAQCGKGVDCKSSGTFTPSSSSSYKNLGAAFTIRYGDGSTSQGTWGKDTVTINGVSITGQQIADVTQTSVDQGILGIGYTSNEAVYDTSGRQTTPNYDNVPVTLKKQGKIRTNAYSLYLNSPSAETGTIIFGGVDNAKYSGKLVAEQVTSSQALTISLASVNLKGSSFSFGDGALLDSGTTLTYFPSDFAAQLADKAGARLVQVARDQYLYFIDCNTDTSGTTVFNFGNGAKITVPNTEYVYQNGDGTCLWGIQPSDDTILGDNFLRHAYLLYNLDANTISIAQVKYTTDSSISAV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Secreted aspartic protease
publication title The crystal structure of protease Sapp1p from Candida parapsilosis in complex with the HIV protease inhibitor ritonavir.
pubmed doi rcsb
total genus 86
structure length 339
sequence length 339
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.24: Candidapepsin.
pdb deposition date 2011-09-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3tneA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3tneA01
5OZ4A 3GGVA 5P8KA 4FSEA 4PZXA 5P1NA 5AGZA 5BWYA 4GJBA 2G27A 1A94A 3ZLQA 2BKTA 5P3BA 4LP9A 2ZGAA 3SQFA 5APRE 1DAZC 5P55A 4EXGA 5P8JA 5OYYA 5P5TA 1EBYA 2G1YA 1VIKA 3BXRA 4LL3A 5P41A 2WF3A 4IVTA 4RGHA 3NU9A 8HVPA 3JW2A 3OK9A 2FS4A 2ZJNA 3T6IA 4Y43A 3SO9A 5T4SA 1NPVA 2HPEA 4TRWA 3ZKGA 5P0EA 5P37A 1RQ9A 3IGBA 3SA9A 5P3IA 1QDMA 2QI1A 3IXJA 1HEFE 5HU1A 2HAHA 5P6PA 2VIJA 2FXDA 3C9XA 5P03A 1W5XA 3OU1A 1WKRA 5HDUA 3TH9A 3TLHA 4Y3QA 4D83A 4HE9A 2QZXA 5P6TA 2ER9E 5P24A 7UPJA 2IGXA 2Q64A 3KFPA 5P14A 5F01A 1UH9A 3OTSA 4Y51A 5P6QA 3K5DA 3UDMA 2VJ6A 3IN3A 5P78A 5AHCA 1ZP8A 3OUAA 3EKQA 3WSJA 1WBKA 2AZBA 5P4RA 1ZLFA 4MC2A 4DJOA 5HU0A 1LF4A 4I11A 2ZJJA 5JFPA 5P4MA 3MXDA 1APVE 1T7KA 5DGWA 3DM6A 3PCZA 2AOEA 5P7CA 4WY6A 5P1HA 1LYAA 3D20A 3LIVA 4ZLSA 4EPJA 5EZXA 3ZPSA 2F3EA 3NUJA 3PM4A 5P5EA 3GW5A 3JVYA 4NPTA 1BVEA 4Y3ZA 5P29A 1D4JA 4CPSA 5ENKA 3DCRA 2HPFA 5P5KA 4B0QA 5P3XA 1YX9A 2I0AA 3QAAA 4H3GA 3HAUA 2NR6A 5P75A 2WHHA 2BPXA 1BWBA 5P4BA 5P8QA 3LPKA 5P7ZA 2HB2A 5AH6A 1Z1RA 1IZHA 3PHVA 4DQFA 3VV6A 1B11A 5P4LA 1HWRA 5KR1A 1FMUA 1GNOA 2PYMA 5P1FA 5P6DA 5BRYA 2QZLA 4WTUA 3OOTA 1B6JA 5P3KA 4Y4WA 1SDVA 2AOHA 5P86A 3CKPA 2QU2A 3DV1A 2PWRA 5P3MA 2IRZA 2ZJIA 2VA5A 4RVJA 5P85A 2G24A 1FB7A 5P0ZA 3OXVA 1YG9A 3ZKNA 5OZ1A 5P69A 3OU3A 1SMEA 5P0NA 4B05A 2ER0E 4KE1A 4ZPEA 5P4YA 1FG6C 2V11C 4Y38A 1J71A 4TVHA 1HSGA 5ER1E 5P3PA 3PBZA 1EBWA 3EM3A 5P2KA 3WZ6A 4DJRA 4CPWA 5P38A 5C9DA 5P5VA 4JPEA 1G2KA 5P70A 5P8CA 5P1KA 4Y3YA 4ZPGA 4YE3A 5OZVA 3EL0A 4Y5KA 4GZFA 5JG1A 4R8YA 2WEBA 1B6MA 3R1GB 5DQ2A 1MPPA 3EL1A 5P44A 2WJOA 1XL5A 2IKOA 5P58A 2CENA 5OYZA 5P3LA 5AH8A 2R5PA 4LAPA 2QAKA 4DQBA 3LZSA 1EEDP 5P36A 4ACXA 3URLA 3I8WA 2P4JA 5P7JA 3HD8A 5P7BA 2IEOA 3QIHA 4EQJA 2I4XA 5OZRA 4YD7A 4J1EA 3PLLA 1QBTA 1TW7A 2Q15A 3S2OA 1FQ8A 3OAGB 1PSNA 2AODA 5P4ZA 5P1CA 5P8EA 4I0JA 2BPWA 5P2JA 4Y5LA 4Y3XA 3TPPA 3OUBA 4Y3HA 3EKXA 1ODXA 4TVGA 2O4SA 4RRSA 3IVHA 4I0FA 4Y9WA 1ME6A 3OUDA 3INHA 3PJ6A 1F34A 5OZHA 2AZ8A 3VV7A 3PVKA 7HVPA 6APRE 1HVCA 2AZCA 4FRKA 4Y3EA 2R9BA 3Q3TA 3WB5A 5OZ0A 3ZKXA 4Y4GA 1FFIC 2FGUA 1HTEA 2ZYEA 3TOGA 5P17A 5P2RA 1OHRA 5KQFA 2XFJA 4PPHA 5P4JA 3HZCA 1E81E 3DJKA 5P66A 3D1YA 3CICA 5C9BA 2AZ9A 3PWWA 5I3YA 2ZJLA 5HDVA 5P57A 4DPFA 3R2FA 2ZJMA 3ZKSA 1EPPE 2IQGA 5P19A 4YD4A 5P07A 5P2NA 3JVWA 4R93A 3BXSA 5P3DA 3D91A 3OTYA 3KDCA 3FV3A 4YDGA 2ZE1A 2XFIA 3TPJA 3UPJA 4Z2ZA 3GGAA 4GJ7A 3UF3A 3BUGA 5COOA 2RSPA 1NSOA 1A9MA 2Q3KA 1KJ4A 4JECA 2UY0A 5P0LA 3VFAA 2QK5A 4DV9A 5HVPA 2P3BB 3OXXA 3KA2A 4KUPA 1MTRA 2ASIA 3UQUA 2QMGA 4Y5MA 3SA3A 1MRXA 1T6GA 1QBSA 4ZSQA 3VG1A 5OYTA 3UQWA 4B1EA 1SBGA 5P72A 5KAOA 5OZQA 1HOSA 1OD1A 3K4VC 1ER8E 1HTGA 4QJ9A 1B5FB 2R38A 4U7QA 1SGZA 5DQ4A 3NYGA 4BFBA 3UQXA 3QRVA 1YTGA 5OZJA 2OHMA 4J1KA 5P2WA 4RCDA 2OHKA 5P1EA 1CPIA 1BAIA 4Y47A 1YTHA 3BVBA 4ZSMA 2RENA 3R0YA 4ZSPA 3WZ7A 4NJUA 4Y41A 5P60A 2ZHUA 1MUIA 3WB4A 4Q1XA 5SXNA 1IDAA 5HE7A 3VF3A 3AUPA 2OHUA 1FMXA 3ER5E 2WF0A 3OOZA 4GJ8A 2O4NA 3NU3A 4D89A 1NPAA 3S7LA 1T6EX 4X7IA 4Y4TA 4ER4E 1BIMA 5P6CA 5P6EA 5P5AA 1LYWB 1YTIA 3OHHA 3GI4A 4K4QA 4Y37A 2O4PA 5P8SA 1SGUA 5HTZA 5KR0A 2O40A 3S56A 2NNKA 3UHLA 2ZHVA 5P5MA 4CPQA 4DJQA 4GMIA 1FQXA 3H5BA 3INEA 3VFBA 4J0TA 2G1OA 3B7VA 4Y5CA 5P3JA 2FXEA 2FMBA 2FNTA 4OC6A 1ZJ7A 5OZZA 3OQFA 1MESA 2WECA 5OZFA 4EQ0A 4Y50A 5BS4A 4OBGA 3QN8A 2VA7A 3PMYA 3ZKMA 5P00A 2QNQA 1FQ4A 5P8BA 5KR2A 5OZ9A 4Y5EA 1FGCC 4AUCA 5ISKA 2IDWA 4YOBA 2OHPA 5FIVA 5P1YA 1YM4A 3L5FA 5P0QA 3FX5A 1FIVA 1GVVA 5P34A 4YDFA 4XXSA 4JP9A 3NR6A 3QRMA 2IENA 5P65A 5P7MA 5P6SA 1EC3A 3O9EA 3LZYA 2QZWA 4Z4XA 3TTPA 4Y4UA 3O9FA 5COKA 3O9IA 2MIPA 4H1EA 3KF0A 1TSQA 4FSLA 5P7VA 5P3TA 1E5OE 3PMUA 3SLZA 3UDRA 3LIXA 3RTNA 5P7GA 4Y4JA 1IBQA 3S7MA 3QS1A 1T3RA 4Y4XA 4GYEA 4I12A 5OZWA 4DVFA 4YA8A 5DQ1A 3QVIA 2AVQA 4GJCA 5P0RA 2PSGA 5P04A 5P6XA 1XL2A 5P1OA 2IGYA 1W50A 2QI3A 4DQHA 1HSHA 1META 3UDNA 1AIDA 5P10A 4CMSA 3SA6A 3G72A 2J9KA 4YD3A 5P7OA 1MSNA 3APPA 1BILA 5P8LA 5P7QA 4JOOA 1F7AA 4Y3PA 2I4WA 2PWCA 1FKNA 3QP0A 5P5ZA 1K2CA 4QJAA 3KMYA 5P48A 3G70A 3K4VA 3ZPUA 2P3AA 5P8DA 1W6IA 3TPLA 5P0KA 5P8OA 5OYQA 3UDPA 3AIDA 5P84A 1KJGA 3EXOA 1PROA 3S45A 4M8XA 1YM2A 2ZDZA 5P7DA 2QMDA 2BPZA 3UCBA 3OADB 4Q5MA 5IVSA 3HAWA 5P47A 2WEAA 5P5DA 2QNNA 4HEGA 3TL9A 1ENTE 5P50A 2EWYA 4H3FA 5OZ8A 4YBFA 2RKGA 4Y6MA 4GIDA 3SPKA 5P2YA 5HCTA 4FM8A 2PSVA 1TZSA 2Q63A 2AOJA 5P1JA 5P6UA 3U6AA 3NUOA 2XFKA 3K5FA 4LXKA 3EL4A 4LC7A 2IKUA 5P2OA 3ST5A 5OYWA 3NXEA 5P26A 2ZHSA 5KQYA 5P30A 4YCTA 2XYFA 4IVSA 4OBHA 4ER1E 2R3TA 1PPKE 2PH8A 3KMXA 1BWAA 5HE5A 5P77A 4FAFA 3ZMGA 1AM5A 4I0DA 2NTRA 5P8VA 1LYBB 5AH7A 5P3AA 3U71A 4R5NA 5P4GA 5P63A 1KJHA 1MVPA 3Q6YA 1GVWA 4RZ1A 1LYWA 4Y3MA 1BV7A 3VSWA 4B1CA 4J5JA 5HDXA 5P2MA 5P6FA 5P0FA 1DP5A 1N49A 1D4IA 5E5JA 3BRAA 1FF0C 3TKWA 1HVLA 2VJ9A 1HXBA 3VYEA 1BXOA 4N00A 4RCFA 3S8IA 1NH0A 4QGIA 2AVVA 1KZKA 3VF5A 2CEMA 2I4DA 2V16C 3L59A 1XN2A 4YOAA 3UDYA 1MERA 3QPJA 2BPYA 5P2XA 5P35A 2G26A 5I70A 4ACUA 1FG8C 4CPXA 5P7UA 3UQRA 4Y4AA 5P5WA 5P1TA 3URIA 2B7FA 1AZ5A 2H6TA 1SP5A 5P2AA 3KDBA 4I8WA 5P3NA 5OZGA 5P0WA 4L1AB 2B7ZA 3L5CA 4EXHA 1AJXA 3VEUA 2Q11A 3FKTA 1A30A 4F74A 1FLHA 5JFUA 1ZPKA 2QHYA 3O9GA 4DPIA 5P2VA 5P2QA 3KM4A 5P8TA 1ZAPA 5P12A 1VIJA 3ZKIA 1C6XA 1QBUA 2V13A 3UDKA 2QD8A 3O9LA 5P4PA 2BKSA 3BGCA 3ZPTA 1KJ7A 4FS4A 1QS8A 1DW6C 5CONA 5P0SA 5P3SA 1HTFA 3PSYA 4EP3A 5P16A 4BFDA 2P3DA 2BPVA 3BUHA 1EAGA 1FFFC 5P7FA 2AOGA 4Y48A 1GVXA 3SACA 5DR8A 3CKTA 4K4RA 2F80A 1EPOE 4DJXA 2QI4A 3G6ZA 4Y3NA 2Q54A 4YD6A 2FLEA 5P46A 5P8HA 2PC0A 1RNEA 5OZEA 3PEPA 1Q9PA 3LHGA 4APRE 5P7NA 1D4LA 4FGXA 3FNUA 5SY3A 2ZJHA 4M8YA 2QHZA 5P4NA 5P7KA 1FQ5A 3NWQA 5AHBA 5P1XA 5P51A 1W6HA 3SA8A 4XKXA 1HPVA 5P0GA 4L7JA 4APEA 4YCKA 5P1SA 4CP7A 5UPJA 3ZKQA 5P3GA 1MSMA 1PPME 5P0VA 2NMYA 1EPLE 1AJVA 5P0YA 5P6KA 4J17A 5P5GA 5P5SA 4RYGA 5DQCA 4Y3FA 1YTJA 5P3EA 3HVPA 1RPIA 3LPJA 4I0IA 2FDPA 4Y3TA 3KFSA 1FQ6A 3INFA 4LXAA 4Q1NA 2FIVA 1K1UA 4Y57A 3IAWA 1DMPA 4J1FA 4OBZB 1SH9A 3QRSA 3QROA 1HPSA 5I3XA 2AOFA 5P2ZA 4FM6A 2R3WA 3OADA 1PSAA 5P7YA 5P5IA 5P31A 1LS5A 4EYRA 2V00A 2VNNA 3Q5HA 2OHNA 2QZKA 5P54A 1HIHA 4Y54A 5P49A 4QJ7A 4D88A 4DJUA 1SDUA 3EKVA 5P3FA 2I4QA 5OZ6A 2ANLA 3KFRA 3LIYA 3QI1A 2G22A 3HDKA 4Y3SA 1MT7A 1IIQA 5P40A 5P5LA 2G69A 2G21A 4ER2E 2AQUA 4K8SA 3PI0A 4YHQA 4PEPA 4Q1YA 4H3JA 5P5NA 5P5XA 3HVGA 2G94A 4FAEA 1K6PA 1EPQE 3PWRA 5P5UA 3K1WA 4DQCA 1HVSA 4OBFA 4OBKA 4J0ZA 5P0DA 2QD6A 5P2GA 2VA6A 2F3FA 1G0VA 6UPJA 5OZCA 5P2UA 2BJUA 3APRE 5P8MA 1EC0A 5HDZA 1EC2A 4EJLA 5P7LA 4TRZA 5OZUA 3D1XA 5J25A 3S43B 1FMBA 1DIFA 4Y4ZA 4COEA 3OU1B 2WEDA 5P1AA 5P42A 4I10A 2QI0A 5P4QA 2HB3A 5P6GA 5P87A 4A6CA 5P81A 3FIVA 4S1GA 4Z22A 5P2FA 1XDHA 4Y5GA 5OZ2A 3SFCA 4CPTA 5P4FA 5P88A 3VLBA 3SA4A 5P76A 2QCIA 3KDDA 4I0EA 5OZSA 5P4VA 2R5QA 4Y3WA 3IVIA 3K5CA 1EPME 4D8CA 1D4SA 2WEZA 3O9DA 1IZEA 2I4VA 2VS2A 3UFNA 1YT9A 2Q55A 4FM7A 4Z50A 3UQPA 2WF2A 5DGUA 1LF3A 1PFZA 1CZIE 1C6ZA 3RVIA 4F76A 3PCWA 3RTMA 4Y3RA 5KOSA 3SM1A 5P27A 1EPRE 5AHAA 2OHLA 4D85A 5P6LA 5P5OA 1HTRB 5P4HA 1APTE 4Y39A 3L5EA 4Y56A 1Z1HA 2ZHTA 3D1ZA 5P08A 4L7GA 5P6BA 4Y3AA 5P09A 1FEJC 3N4LA 1HSIA 1BVGA 3OGPA 2A1EA 3BUFA 3GGUA 4DJVA 1EBZA 5OZLA 4F75A 3KFNA 5P1MA 3OQKA 1HRNA 4HVPA 3UFLA 2PK5A 5AH9A 3BHEA 1E80E 1SIVA 4WY1A 4AA8A 2B8LA 2PMAA 3URJA 4BEKA 2ER7E 4GJAA 1XE6A 5P7EA 2QD7A 4YBIA 5OZNA 2JJIA 1MT9A 3IN4A 1LEEA 1GVUA 5P0JA 5P01A 4DJPA 3OAGA 4MC1A 1QBRA 4LXMA 5P7PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZ4 A;  3GGV A;  5P8K A;  4FSE A;  4PZX A;  5P1N A;  5AGZ A;  5BWY A;  4GJB A;  2G27 A;  1A94 A;  3ZLQ A;  2BKT A;  5P3B A;  4LP9 A;  2ZGA A;  3SQF A;  5APR E;  1DAZ C;  5P55 A;  4EXG A;  5P8J A;  5OYY A;  5P5T A;  1EBY A;  2G1Y A;  1VIK A;  3BXR A;  4LL3 A;  5P41 A;  2WF3 A;  4IVT A;  4RGH A;  3NU9 A;  8HVP A;  3JW2 A;  3OK9 A;  2FS4 A;  2ZJN A;  3T6I A;  4Y43 A;  3SO9 A;  5T4S A;  1NPV A;  2HPE A;  4TRW A;  3ZKG A;  5P0E A;  5P37 A;  1RQ9 A;  3IGB A;  3SA9 A;  5P3I A;  1QDM A;  2QI1 A;  3IXJ A;  1HEF E;  5HU1 A;  2HAH A;  5P6P A;  2VIJ A;  2FXD A;  3C9X A;  5P03 A;  1W5X A;  3OU1 A;  1WKR A;  5HDU A;  3TH9 A;  3TLH A;  4Y3Q A;  4D83 A;  4HE9 A;  2QZX A;  5P6T A;  2ER9 E;  5P24 A;  7UPJ A;  2IGX A;  2Q64 A;  3KFP A;  5P14 A;  5F01 A;  1UH9 A;  3OTS A;  4Y51 A;  5P6Q A;  3K5D A;  3UDM A;  2VJ6 A;  3IN3 A;  5P78 A;  5AHC A;  1ZP8 A;  3OUA A;  3EKQ A;  3WSJ A;  1WBK A;  2AZB A;  5P4R A;  1ZLF A;  4MC2 A;  4DJO A;  5HU0 A;  1LF4 A;  4I11 A;  2ZJJ A;  5JFP A;  5P4M A;  3MXD A;  1APV E;  1T7K A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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