3TODA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with 1-butyl-1h-pyrazole-5-carboxylic acid at 1.38 a resolution
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine lactoferrin Complexed with 1-Butyl-1H-Pyrazole-5-carboxylic acid at 1.38 A Resolution
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 116
structure length 335
sequence length 335
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-09-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3todA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3todA02
2YPNA 4QFLA 4R2BA 2PT1A 4R9GA 2VOZA 1B1HA 1JW4A 4RPNA 2F6PA 3EHTA 1LAHE 1LBCA 1Y3NA 4KI0E 1B51A 2VP1A 1JQFA 3T9UA 1NNTA 2OLBA 4F31B 4OFLA 1FQAA 3PPOA 4Q30B 1MPDA 4H5GA 3USDA 2ANJA 5JTYB 5H8FA 4KPTA 2AIXA 1BLFA 2DXYA 4YB7A 4NEDA 3O6IA 4X9TA 5AA4A 1FQBA 4MH5A 4POXA 5TPAB 3MQ9A 4RPOA 4OEVA 1MXZA 1IITA 1GV8A 4TLMB 3FVNA 1QJMA 1XS5A 3N26A 2ONKE 3GBAA 3OSQA 2GHAA 2Q89A 2XD2A 3PUVE 2ZMBA 3S4UA 3RLFE 5KDTA 1MQDA 4U22A 4OQOA 3OELA 3A09A 1MQHA 1KWHA 4LATA 1SYHA 2UYFA 3PUWE 1IXGA 3O28A 4OHNA 3KZGA 3IB0A 4GL0A 1A99A 2DQVA 3HPIA 3O6GA 4ESWA 1MXYA 4K3FA 1ZKBA 4ELRA 1MY4A 5KCJA 3VXBA 3T66A 3TTNA 3O2AA 3O6HA 3MUQA 2DS9A 2Z8DA 3BKIB 4OFJA 3LBSA 3QAXA 1M5EA 5I57A 1B1XA 4G77A 1USYE 1S9TA 4KHZE 1A7LA 3VVFA 4TLLB 4PFWA 1B32A 3THIA 2ZXTA 1LCTA 4HTGA 4QFNA 2O7IA 4Q0CA 5CMCA 2VGQA 3RUMA 1R9LA 2QL3A 1AH5A 4H65A 1ZTYA 2VHAA 2GH9A 3BBRA 4I62A 1JETA 4KD5A 2XX9A 1JVYA 2V3QA 4ZZEA 3U94A 1S50A 1B3LA 1LCFA 4FORA 1ANFA 1B3GA 3IB2A 3EHUA 4EQBA 5TP9B 1NNKA 1P1UA 2XXRA 2BJJX 1Y1ZA 3G3FA 2ALUA 4FJPA 3U92A 1UQWA 3JZJA 4QFOA 1B4HA 2ZYKA 5CM6A 3MVXA 1WVJA 3KN8A 1UTHB 1LFIA 1NL5A 4BDQA 5K2XA 4IY6A 1RYXA 2ZNSA 3TTKA 2OWSA 3H06B 3B6WA 3OOAA 2YLNA 2PT2A 3PPQA 1MQIA 3CG1A 3H6VA 2FNCA 1URDA 3LUYA 2O1LA 3K1PA 4GLIA 3SDFA 3IR1A 2I3VA 5F7VA 1SW1A 2I58A 2I6EA 3VVEA 2F36A 2Q9TA 2B3FA 3HHGA 4YKPA 1I69A 2E0SA 5IAIA 3FJ7A 4DCYA 1AOVA 3VE1B 4NE4A 4F3SA 3FZVA 4ZEKA 1MRPA 2OJTA 4NMYA 4ECFA 4XKRA 2XXTA 2XX8A 3TDJA 4H5FA 3OXNA 1Y1MA 1H43A 1FTOA 1MG1A 3R7XA 3LR1A 3M3FA 1QUJA 5L9SA 3IK6B 3UGWA 4U4SA 2DWHA 2HZLA 1JNFA 1B6HA 1SBPA 4GVOA 3TAJA 3FATA 3AXFA 3PGFA 2R71A 4BDOA 3O29A 1ATGA 3QK6A 3KJ7A 3C35A 5DVJA 3K0VA 4YMAA 1ZMGA 3OD7A 4YAHX 2DWIA 1DMBA 3O97A 5I59B 2UVIA 2HXWA 2RINA 4R6YA 3HSTA 3E3KA 1US5A 1AL3A 1A8EA 3D4CA 4R75A 1POTA 1HSJA 3MZBA 4F39A 5CI5A 1JVXA 2IEEA 3H6UA 4YKIA 5H8NB 4O3AA 1P99A 1DPPA 3CRBA 5JTYA 2Z8EA 1NFTA 3RGYA 3TKDA 3PMVA 2Z8FA 1IUDA 3U8QA 4PFUA 4RK9A 4ELQA 5CMKA 4ZEBA 4Q8RA 2QMXA 3ZKLA 3MAMA 4N6PA 5H8SA 2HAVA 5B7DA 3RN8A 3MVYA 3OO8A 3CIJA 3K6WA 1M5CA 3CG3A 3EN3A 1XVXA 3GLBA 4PP0A 4F1UA 3KOSA 1MH3A 4F1YA 1ELJA 2XXIA 5DEXB 3RNNA 2F97A 5K2YA 1LFHA 1QVSA 3OMBA 4EXLA 2NUVA 3LSFB 3QXMA 1B0HA 3K1NA 4F3GA 2NWJA 4OYVA 2G29A 3OSRA 1DPEA 1N04A 5L8DA 4R6HA 2F7CA 1N3WA 1ZBMA 1F9BA 4AB5A 3U93A 1OVBA 2WKYA 3SEUA 3IOUA 2E1SA 1PBPA 5H8HB 4ELPA 1B5HA 3MPKA 3TZAA 2M8CA 4G68A 4O3BA 1AMFA 4ZE8A 4BDLA 3CSGA 3IJXB 3BFTA 4BLAA 4ONYA 4R72A 1MPBA 3HV1A 1VR5A 2RC9A 1MM7A 1SI0A 4ZZAA 4KYEA 2XX7A 4RNSA 2Q2CA 1QULA 4R6KA 4QSCA 4OVJA 3TUSA 3SKPA 4YICA 3C31A 1D4NA 4GFRA 2H5YA 3C36A 3F11A 4UACA 4LA9A 3G7WA 1M5FA 1IXHA 4XIGQ 3DP4A 3I6VA 3KN7A 4PE5B 1BKAA 1QW0A 2PX1A 3IO4A 1QUIA 1GR2A 2A5TB 4IO7A 1LB8A 4OESA 3FV1A 4R73A 4Q5TA 2DWAA 4NF5A 1BTJA 4PFTA 1DSNA 1YTVA 2P0SA 3M8UA 3C33A 1MXUA 4IY5A 4F22A 2UVJA 3TTMA 4JBZA 4KYDA 4BDNA 1SVXB 3MZ9A 3TODA 5A5XA 5I58A 1MY0A 3DM0A 3EPEA 4HCWA 2XXHA 2OZZA 2XXYA 4FATA 4FE8A 3W15C 1PEBA 2LAOA 4F3BA 2ONRA 4YKJA 4ND9A 1Y4CA 2CMOA 2I4BA 1MXVA 4GXSB 3SEWA 4DXBA 3K02A 3K4UA 2HEUA 3MJNA 2H4IA 2O69A 1MM6A 2F7BA 1PB9A 1FQDA 3TQLA 4ZDMA 3KOTA 3IX1A 1B7UA 3ZS6A 4LONB 3S9EA 3M3LA 4U1ZA 1SI1A 1B58A 2DE3A 4F18A 3ZKKA 3KG2A 3MC2A 1MQGA 2Q8JA 3U72A 3EHSA 4H8IA 4IO3A 3PPPA 4U4XA 2Q88A 1EZOA 1TFDA 4QHQA 4HW8A 4KQPA 3FXRA 3RPWA 2ESNA 3TPAA 2AL4A 1QUKA 3B6QA 5EYFA 4FIMA 3K1MA 3ODBA 2AYSA 5DVIA 2Z23A 1ZLQA 4P0IA 5J1DA 2O1MA 2R6GE 2I4CA 3CFXA 4X48A 3E4RA 3B6TA 4GWOA 1MDQA 1Z7ME 2X7QA 3IOTA 3FUZA 5ITOA 5ELVA 3K6UA 3S2VA 1ZJLA 1JW1A 4R9FA 1US4A 5ITPA 1NNFA 4U23A 2O6AA 1RKMA 1PB7A 1BIYA 4LQ2A 2QSXA 3TFLA 2Y7KA 2Z22A 1H76A 3HO7A 4LZ7A 4NF4A 3C32A 3ONMA 3CR9A 4DDDA 2HQ0A 3A3CA 5I2NB 4X1BA 1B4ZA 4MFIA 1B5IA 1M5DA 4G8NA 2Y7WA 4OZ9A 1SW5A 4NF8B 1URSA 3CSBA 4O3CA 4G8HA 2O51A 2UVHA 1AIVA 2O68A 1VFDA 3MP1A 2D3IA 4RYAA 5DEXA 5AA2B 4F19A 2Y7IA 4GOTA 2IA4A 1N3XA 5JEIA 4GL8A 2F8DA 4LUBA 2RC8A 4HCYA 1D9YA 1Y4TA 5DT6A 3UP9A 1JEVA 1FTMA 1IQ7A 5CMBA 3FJMA 2THIA 4X1DA 4P11A 4MF3A 3TCHA 4NF6A 3H4ZA 5H8HA 2XXXA 1FQCA 5AA2D 5CMMA 2CZLA 2DYXA 3K6XA 5EHSA 1XOCA 2DVZA 4IO5A 1GVCA 4AB6A 4MLVA 1NH8A 2OWTA 4IO6A 2RC7A 1B3FA 4C1UA 4JXIA 3FVKA 3WAFA 4EF1A 1H3DA 2RCBA 1GTKA 3MZ1A 2RCAA 1O64A 5DYHA 3KFMA 3EF7A 2HZKA 4THIA 2H98A 4GF8A 3PMWA 1B7ZA 2ONSA 3TTLA 1B2HA 1VSOA 1I6BA 2I0BA 3OO9A 4E0XA 1NMUA 4KYSA 4EXKA 3V5AA 1P1WA 4WKMA 3EQ1A 1LBBA 3KSXA 3TEPA 4OXVA 2DOJA 1UTBA 5KDTB 2KLFA 3E9XA 1T0KA 3TMGA 3OO6A 3N6TA 4F1VA 1OIBA 3T9VA 3FV2A 5I2KB 2V84A 1GGGA 2D5WA 2REJA 4ZS9A 1MY3A 1CE2A 2R9JA 5DTBA 4UA8A 2NVUB 3N6UA 3MBPA 3R26A 4IB2A 2V3TA 2GFEA 3HN0A 5FHMA 1ZU0A 3G3HA 4MLQA 1IZ1A 4KR5A 5TU0A 4PETA 5TPAA 1I6QA 3SETA 2PMSA 3H6TA 1LFGA 2I3WA 3SEXA 1D3KA 1L5TA 5ICQA 4DCXA 2P2AA 4DZ1A 2ZYMA 3IJOB 3OEMA 4JWYA 1FQEA 4G2ZA 3UN6A 3T9HB 3KN3A 1MQJA 3IB1A 3FXQA 1DOTA 4OEUA 2F78A 3MWBA 4LZ5A 3KSJA 2HCAA 4U1OA 2NOOA 4OTEA 2F34A 1YAEA 3SEYA 3B7DA 1OMPA 1B5JA 3QIMA 3RTWB 4FECA 4POWA 1Y9UA 2Y7RA 4G4PA 4U21A 3UK4A 2QS1A 2Y7PA 1YPNA 3Q26A 1VE4A 3QSLA 4H6DA 3VXCA 1FCKA 4M4GA 1LGBC 2W7YA 4NTLA 5ISUA 5DVFA 3DP8A 1NKXA 3G3KA 1B0LA 1I6AA 1Y20A 3SERA 2QS4A 1N7WA 5I2NA 1IIWA 3OENA 2D21A 4OETA 3Q27A 4EQ9A 1FW0A 3MW0A 4EF2A 5TP9A 3D4GA 1P1NA 1TFAA 1HSLA 1SW4A 1MXXA 1B40A 3E13X 2V3UA 1SYIA 4ZEFA 3KGCA 3OEKA 1IXIA 3N5LA 3MP8A 5FHNA 5EHMA 1Z7NE 1UTHA 1MY1A 3RQTA 1LAXA 1MY2A 2DVCA 3VDFA 4QSEA 4DXUA 3H6WA 4OERA 2Q2AA 1SQYA 2ZYNA 1WDNA 1OQHA 4IO4A 2XXVA 2OBGA 3FASA 3O9PA 1FTJA 1XVYA 4F29A 3K2DA 3UIFA 5KZTA 4WEPA 1TT1A 3FJGA 3MPLA 4Z7EA 4QFKA 2X26A 1N7XA 4KCDA 3VFJA 2UVGA 1N0TA 1XT8A 4N13A 4DXCA 3FVOA 1MDP1 5L9MA 4IGRA 3DP6A 3PPNA 3FGSA 4OMBA 3V89B 2UYEA 4IGTA 4JB7A 2QRYA 2FYIA 2AL5A 2GHBA 3QUFA 4OWDA 1R1NA 4GQOA 3UA8A 4H1XA 4YMBA 2P1SA 3R6UA 4GD5A 4ZEIA 1RYOA 3RTFB 3MVZA 3OO7A 3IOWA 5H8QB 2PYYA 4E0WA 1XHYA 2XXQA 1NNPA 4XKNA 1H45A 5AA1A 3IAZA 4H67A 1M5BA 4WEDA 3P7IA 4R2FA 4OENA 1MS7A 5AA3A 5I59A 1UIUA 4JDFA 3IORA 3CFLA 2QS2A 2I48A 4QRZA 5I2KA 1LAFE 2DXRA 2XXWA 5I56B 5H8NA 5BWJA 4XTCQ 3GBBA 4LVQA 2FA7A 2VD2A 3WAEA 3CI8A 4G8MA 3Q29A 2I49A 4F3PA 4RY1A 3C9HA 4ESXA 5CBRA 2Y84A 4TQUQ 1JEUA 3ILTB 2XD3A 1S7YA 2A5SA 3LC8A 1LAGE 3VLVA 3PUXE 1POY1 1MXWA 3T93B 4LQ5A 5HPQA 1EH3A 3IO6A 5L9OA 1LSTA 4G68B 5CBSA 4JSOA 3H7MA 2ABHA 2QPQA 4RJZA 3I5OA 2O84X 2NXOA 4NWDA 3W9WA 4YZZA 4XXUA 5M2VA 3T96B 4JSDA 1B46A 5FHOA 3S9MC 2H25A 1SDXA 4C0RA 3TQWA 4ELOA 3CFZA 2XXPA 1DTGA 1TWYA 1O63A 5ICTA 4BDRA 3KJTA 3PUYE 4DLDA 2ZYOA 3JYRA 1PB8A 1B9JA 1A8FA 5HBCA 3QYTA 1Y3PA 3U1OA 1JW5A 3IOVA 4QSDA 1MH4A 4I1DA 2DE4A 1SW2A 4LP2B 1YCJA 1Y3QA 2QS3A 1OVTA 2QJEA 3V8XB 4NF5B 3FD3A 2PBWA 3MP6A 2V25A 4WXJA 2DWJA 4FEDA 4G68C 1MPCA 1B3EA 4U2RA 1LLSA 3S9LC 1B52A 5A5XB 3VLWA 5I58B 2X7PA 1HSEA 5LOMA 3C34A 1O7TA 4HS7A 1QKAA 2OK2A 1FTLA 3O66A 5H8FB 4OFOA 2DSFA 4TOZA 4I8CA 2VD3A 1OLCA 4YB5A 4RXLA 3M3KA 4ZECA 5AA4B 2F5XA 5F1QA 2XXUA 1XC1A 4F2OA 3PMXA 4ZE9A 4M1VA 4EQ7A 5CRYA 1FTKA 3PD8A 1EZ9A 4JWXA 1WODA 4GRKA 2A5TA 3KEIA 2G93A 4EUOA 3TELA 4L17A 3TYHA 4GIZA 4FAJA 1B05A 3BFUA 1J1NA 1IEJA 2QMWA 4F2QA 4ZEDA 1VFEA 2B65A 1Q35A 3G3JA 1UIVA 4BDMA 2XHDA 2OCUA 4DE8A 2O7UA 4NWCA 3PD9A 3HHFA 2DE2A 2RF1A 4GXAA 2PVUA 5FTIA 1OLAA 3L6GA 2HAUA 1N76A 5KCJB 1EU8A 1QKBA 4DIGA 3UORA 4LZ8A 1LB9A 3HCQA 3S9NC 1Q1KA 2RKMA 5IKBA 5I57B 4QFPA 3ZSFA 1R6ZA 4RK2A 1P1OA 5HM4B 5I84A 3FXUA 1DTZA 2H99A 2HFBA 3SEVA 1D9VA 1PBQA 3MVWA 2ZNTA 3IL1B 3TCGA 3QUJA 1USYH 3RT8A 3GXAA 3K00A 5CC2A 3V83A 1H44A 5H8QA 3N94A 4ISUA 3W9VA 4NF4B 4N07A 4Z0IA 3FVGA 3K6VA 5FTHA 3VLUA 4QF9A 2F35A 3H03A 4RA1A 3SESA 4KCCA 4PQJA 1IXCA 3JV9A 1FQFA 3RT6B 3GZGA 3A3UA 2B3BA 2I0CA 1OQGA 3DLNA 5I56A 3LSLA 1A55A 4MBPA 2UXAA 1A40A 1NH7A 3DELB 3CVGA 4C1TA 4KFQA 2H9BA 3FIRA 3Q28A 4H0WA 3TCFA 3ECRA 3Q25A 1R9QA 1A54A 5AE4A 4R74A 4YB6A 3ILUB 1PDAA 1EZPA 4NF6B 1B3HA 2YJPA 1ZIUA 3C4MA 5JK4A 3H3GA 4PFYA 1TXFA 1P1QA 4FEBA 4EDPA 2F7AA 4IO2A 4YKKA 3RY3A 3LSWA 3T9XB 3PPRA 2F6GA 1B7HA 2ZNUA 4P0GA 3TTRA 4NF8A 3VV5A 3KBRA 1URGA 3VVDA 3LSXA 4YU0A 1II5A 2GRVA 4H8JA 5AA2A 5BUUA 3G3GA 3G3IA 3PUZE 4XKQA 1CB6A 1PC3A 2REGA 1SD3A 1N84A 2V93A 1BP5A 3T22A 3I3VA 4JWOA 4XKPA 4AQ4A 4I9DA 3L6HA 3PU5A 2DP8A 3K01A 3PV0E 5B70A 1UTBB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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