3TOFA

Hiv-1 protease - epoxydic inhibitor complex (ph 6 - orthorombic crystal form p212121)
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
publication title Developing HIV-1 Protease Inhibitors through Stereospecific Reactions in Protein Crystals.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-09-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3tofA00
1T7KA 2ZHRA 4S1GA 2J9JA 5J25A 5C9BA 5ISKA 3EC0A 5P5QA 1ZP8A 3Q4BA 2R3TA 5OYUA 5P6YA 3S85A 1W5XA 3EL4A 5P8KA 2BPYA 4B1DA 3MXDA 3H5BA 5P2NA 5P4JA 3VLAA 2NXLA 2PH6A 4RVIA 2P4JA 3INDA 4FS4A 5P7IA 4KE0A 2JJJA 2I4XA 4CPTA 4DJQA 4L7GA 5P8GA 4J1FA 3BRAA 3PRSA 4OBFA 3FV3A 3IXKA 3QBFA 3VCMA 5B18A 4QJ2A 5I3XA 4CPQA 5P3IA 3ZPTA 5P4SA 5P12A 1GVTA 5OZKA 6FIVA 1AM5A 5SXNA 4QJ6A 5I70A 2QD7A 5P2SA 3OUAA 3TLHA 5P0KA 2VA5A 3DJKA 1PPKE 1Z1RA 3OTYA 3R2FA 1EC3A 3VF3A 3PSYA 1TW7A 2AOJA 3G70A 5P7OA 3VV8A 3BGCA 5OZ5A 1VIKA 3FNTA 4GMIA 3O9DA 5P2AA 1FMUA 3K5GA 1W6IA 3EM3A 3N4LA 5OYZA 4CP7A 5OZ2A 3L58A 3D3TA 5P6HA 1MT9A 2BBBA 3OQAA 1HSGA 3OTSA 1HHPA 4WY1A 4Y3HA 1A30A 2J9KA 5P18A 3SM2A 4DVFA 1MT8A 1E82E 1LF2A 5OZOA 3RTHA 5OZ0A 3GI0A 3QVCA 4Y4BA 5P68A 3VF5A 3B7VA 4AMTA 2OHSA 3SA4A 4H3JA 1E81E 4H3FA 3OOTA 1WBMA 2P3AA 1YM4A 3GW5A 2VJ7A 4GB2A 5P3AA 4WTUA 1B6JA 2ZJIA 1EPRE 5P6XA 2PK6A 5P1BA 1DP5A 5P5ZA 3OUDB 3PJ6A 1IDAA 3WB5A 3TPJA 1GVVA 4HE9A 5OZAA 3PHVA 5OZWA 3D1XA 1EAGA 1EPOE 3G6ZA 5P86A 5P3ZA 1Z8CA 3PLLA 2AZ8A 3ZKIA 4J54A 4Y3GA 3URJA 5P3XA 4DQHA 2UXZA 5P4FA 4RCDA 5P1GA 4XXSA 4PHVA 4Y54A 4OBJA 5OYSA 5P7DA 4HA5A 5P5HA 2P3DA 2VNMA 5P56A 1MRXA 5P54A 4DJWA 3HAUA 4L7HA 2R43A 5P8JA 1IIQA 2AOFA 2BPWA 1OEWA 3LIXA 4NKKA 5P6JA 4PZWA 4KB9A 3OU1A 5P8SA 5P7EA 1K6CA 5KQZA 5P7JA 5P71A 5P4QA 3UFLA 3I25A 5P41A 5OZNA 1ZJ7A 1AJVA 1HIIA 5P2QA 1YX9A 5BS4A 1LV1A 5P6KA 5P4YA 1FEJC 3SPKA 2WF2A 4J1CA 1HPXA 2NXDA 4B77A 4Y50A 4EYRA 4EXGA 3WZ8A 5P7NA 4QGIA 5P2FA 3D1ZA 5DQ5A 4ER2E 2QHYA 2I4UA 4TRZA 3GI4A 1KJ4A 1XN3A 5P5VA 5P1MA 5P57A 5DR7A 5ISJA 3BUHA 1EPME 1LYWA 2P3BB 5P6VA 2QD6A 4Y4UA 1FG6C 2G21A 4Y44A 5P2MA 2QU3A 1TCXA 4Y3MA 5P2EA 1WBKA 2ZJJA 5P23A 3U6AA 5P58A 2AVOA 2QHCA 2FGVA 2QMGA 5P0MA 2PYNA 1B6LA 4XX3A 1NH0A 1EBWA 1HIVA 4EJDA 5P1SA 2QI6A 3KDBA 5P4XA 2ER6E 1K6PA 1M4HA 5P6PA 1MVPA 3L5CA 3GGUA 1D4JA 4B78A 5P06A 3A2OA 2AVSA 3SACA 5P8OA 5I3WA 5AH7A 3IA9A 2VNNA 5P1UA 4ZPGA 2Z54A 2QZKA 5P55A 2O4PA 3SKFA 4UPJA 2IRZA 2OHNA 5DQ4A 4I0HA 3NXNA 2UY0A 2WJOA 5P4NA 3APPA 5ENMA 5EZZA 3OU4B 5IVRA 2O4KA 3QRSA 1OEXA 4CPRA 1SDUA 2FDDA 3RTMA 1HEFE 1EPQE 4Y5AA 1GNMA 3UF3A 1KJHA 3OU3A 5P2GA 3NR6A 5P0DA 1HBVA 4K9HA 4Z50A 3HAWA 2SAMA 4Y3WA 3CIBA 3NYGA 5OZJA 3VYEA 1FIVA 3DOXA 5E5JA 3FNUA 5OZIA 5OZHA 3L5DA 2Q15A 5P3JA 5P3UA 4Y4WA 4Y3LA 1QDMA 2Q54A 3APRE 3NU9A 4Y6MA 4AA9A 2QNPA 5OZ9A 2QZLA 5P1CA 5OZ7A 5P1JA 2PQZA 2OHPA 3OQDA 1C6ZA 3Q3TA 4K4QA 5P6BA 4FAEA 5P47A 2CEJA 4R8YA 5OYTA 4CMSA 5P4ZA 4YCTA 4ZSRA 2IGYA 2F3EA 5P7MA 5P45A 3PB5A 5JFPA 3TKWA 5P2VA 1ODWA 4GJ6A 3R0YA 3L5FA 1ZAPA 4R93A 3ZKMA 3Q70A 1D4KA 5P6DA 5P5OA 4M8XA 3VF7A 1QBSA 4K4RA 3LNKA 4I0ZA 1FGCC 3QROA 5P5WA 2WKZA 2G27A 2P83A 5P3GA 1DAZC 4J55A 2B8VA 1PROA 4Y53A 4JECA 3LZYA 5P7GA 5DGUA 5P29A 2R38A 4ZLSA 4MC6A 4PEPA 3EKVA 2EWYA 1HVKA 2FDPA 8HVPA 1D4SA 4DJYA 2G20A 3LZUA 2G22A 5ER1E 2A1EA 1MRWA 3D20A 4DV9A 1LZQA 4LBTA 5P37A 4J17A 5OZVA 1J71A 5P05A 3K1WA 1QBUA 2ZJKA 1LF3A 3OUDA 2BKSA 1EBKC 1EPNE 2F3KA 5OZEA 1KJFA 5P6ZA 1NPAA 4YE3A 5P5DA 1WKRA 5P0NA 5P7VA 2QCIA 3PVKA 3SA6A 3O9FA 4Y3SA 4RGHA 4ZSQA 5P20A 3PMYA 4RYCA 5P8DA 3FX5A 5DR1A 1HTRB 2NNPA 5P8TA 5P3DA 4D88A 3OK9A 4BEKA 2OAHA 5HCTA 4Y3FA 7UPJA 2IENA 3VLBA 5P60A 2FXDA 3NSHA 4Z4XA 1EC1A 4ZSMA 5P5KA 3PLDA 1F7AA 1W5YA 4J0YA 3FKTA 5P5AA 4D8CA 2R5PA 4RROA 3EL1A 5DR4A 3GI5A 4FLGA 5SY2A 3SO9A 3O9EA 5C9FA 3L38A 4I12A 1ZPKA 1G6LA 1UH7A 4TRWA 4QJAA 5P7XA 3DCRA 4DJRA 3S56A 2HPEA 5P4VA 5P1QA 2QI3A 2IKUA 4ZE6A 2QI1A 2OHQA 5P44A 5HD0A 1CPIA 1XE6A 2G94A 5P19A 1UPJA 1OHRA 5P6MA 2RKFA 4TVHA 4Y4DA 3BXSA 5P26A 3NDXA 4GJBA 3QVIA 3SA3A 5P7WA 3PM4A 2AZ9A 5SZ9A 2Q11A 2VIZA 5AHCA 4Z22A 5OZBA 3T3CA 1M0BA 2P3BA 4RLDA 2HM1A 5KAOA 2HC0A 3ZLQA 2AOIA 2V13A 4X2LA 2HS2A 6APRE 5P84A 3KMXA 1EBYA 5DR0A 4Y36A 5COPA 5IVSA 4DJXA 4GJ7A 2HB4A 4Y41A 2ER7E 5COOA 5P2IA 1G35A 2QD8A 4Y5PA 5P8CA 4WY6A 1TQFA 5P79A 2RKGA 3NU5A 5P5BA 3ZKSA 3GI6A 5AH6A 4A4QA 5KQXA 3CIDA 1MTRA 2WF4A 1ENTE 3BUFA 5P8MA 1MEUA 5P8IA 3ZL7A 4YOBA 3I8WA 2O4SA 5P2YA 3WB4A 5P4RA 3H0BA 5P67A 4FGXA 5P6FA 5P5XA 2PC0A 3QI1A 5OZDA 2AIDA 5P1VA 1UH9A 5P7CA 2I0DA 3OU4A 4I0EA 3SQFA 2F81A 3KFNA 3EXOA 4FM8A 5KQFA 4YHQA 5COKA 3CMSA 4Y4ZA 5P8PA 5P0WA 5P0JA 5P87A 1FMXA 2IGXA 3INHA 4PYVA 3CKRA 4YCYA 2XYEA 4F76A 1HTGA 4I8ZA 2FMBA 4Y43A 4R91A 5I3VA 4HDBA 3HD8A 4OBGA 2H6SA 5P1LA 4MC9A 4Y3DA 3KT2A 4Y5EA 2RMPA 3T6IA 3TOGA 4ER4E 2NMYA 5P4EA 4RZ1A 1IZEA 4EJLA 3ER5E 4ACXA 5P8VA 5DR8A 3DV1A 3TH9A 4BELA 2ZHVA 5P22A 4I10A 3EKTA 4U7VA 2VKMA 3UDNA 1SDVA 3TPLA 4Y3AA 3TTPA 4IVTA 5P3OA 3ZKNA 3K5CA 2PMAA 2WF1A 4MC1A 1LEEA 2IDWA 4Y4JA 1RPIA 1W51A 3OHFA 5P1PA 1HPVA 5OZRA 1T6GA 4YDFA 4ZPFA 1K1TA 5IVQA 5OYYA 3O99A 5P64A 1ZPAA 1G2KA 5P6WA 3VUCA 1QRPE 2RSPA 4LP9A 1BV7A 5P5UA 4LXAA 5P5SA 2QMPA 5P5RA 3D1YA 5OYQA 3KM4A 4Y4XA 1APTE 1AVFA 3O9AA 1ME6A 2IQGA 4IVSA 2Q63A 5P2DA 3ECGA 2QK5A 3LPJA 4E43A 5P1FA 4FIVA 2QI0A 1BIMA 3NUJA 1PPME 5P4DA 3PEPA 3IN3A 3S45A 3KN0A 5AH8A 2WEDA 3OOZA 2PK5A 3EL0A 1EBZA 5P35A 4DUSA 1HIHA 1IVQA 5OYRA 1FB7A 5P2KA 2QI7A 2IL2A 5P33A 5P2TA 3TPPA 1GNOA 1C6XA 7HVPA 4Q1NA 3PSGA 3UPJA 3JVYA 2OF0A 3PBDA 2B60A 4NPUA 5P7ZA 5P1WA 3QN8A 1D4HA 2FS4A 2NXMA 1XL2A 3U71A 3QIHA 3OGPA 4Q1WA 2A4FA 5P4IA 5P0QA 4FE6A 1BBSA 4PPHA 3NDWA 2PSUA 4GZFA 3SKGA 5P8FA 1FQ7A 2JJIA 5P4HA 5P16A 2AZCA 5IE1A 1K6TA 3R1GB 5OZMA 4H3IA 2OHUA 3S7LA 4B00A 1BDRA 4Y35A 3VFAA 3Q5HA 5OZ6A 3VSXA 3UQXA 3BUGA 2P3CA 3CYXA 1G0VA 5OZXA 3HLOA 3LIQA 3NU6A 1SGUA 2I4VA 5P42A 1FF0C 2Z4OA 5OZYA 4ZEAA 5P3CA 5P04A 4J0PA 4MC2A 5P6SA 1PSOE 2AZBA 2V10C 3EL9A 4EXHA 4APRE 4D89A 3S53A 1HVSA 2O4NA 1YG9A 2P8HA 5P7YA 1META 2ZJHA 2O4LA 2G1YA 4GJDA 3KFRA 4Y4EA 4LHHA 2IS0A 3PCZA 1MTBA 5JG1A 3HDKA 2B7FA 3K4VA 3UHLA 2FDEA 5P8AA 3GGVA 3HW1A 2WHHA 4Y5KA 3O9BA 3UQUA 5P75A 1C70A 5P0AA 3ST5A 4DQEA 1LYAB 1PSNA 5P43A 4Q1XA 2JXRA 4FRJA 4ZIPA 1AAQA 3I6OA 5P7PA 2OHLA 3C9XA 4B72A 3D91A 5P5YA 4OBDA 1B5FB 4RCFA 3IGBA 1DPJA 3VV7A 5KOSA 3LPIA 5P4LA 4KUPA 1SMRA 1NSOA 2ER9E 5KR1A 3URLA 4QJ9A 1IZDA 4L7JA 5KQYA 4B05A 5P03A 5P59A 5P38A 5P51A 5P1XA 4I11A 4Y4TA 5P4TA 5P0TA 2XFJA 4J1EA 1U8GA 4RRSA 5OYWA 3B80A 2FNTA 3UQRA 5OZSA 5P83A 2WEBA 1QS8A 4TVGA 3SLZA 1BXQA 3F9QA 4EJKA 4RVJA 3KDDA 3ZOVA 1FQXA 4Y58A 2QNQA 3IXOA 4L1AB 5AHAA 1FQ6A 1TSUA 1BV9A 3PWWA 1K6VA 3DM6A 5P1TA 3EMYA 3UDQA 5IVTA 3VG1A 1B6PA 5P4UA 4Y4AA 5P3PA 2FNSA 3OXVA 1HEGE 2R9BA 3S43B 1D4IA 5P0EA 2BPVA 6UPJA 4Z2ZA 2B8LA 5OZ3A 5P2CA 4Y9WA 1T3RA 4I0FA 3LPKA 2ZJNA 5EZXA 1MSNA 2QHZA 1XS7D 5IS4A 5P8BA 4D85A 2V00A 3L5BA 5OZ4A 2G69A 5P4PA 3UDHA 5P82A 1HVIA 3HVPA 5P5CA 4EP3A 5DGWA 2H6TA 5P4CA 1W50A 2FIVA 3NU3A 4Q5MA 2G24A 5P69A 3G72A 2F8GA 1CZIE 4Y47A 5P77A 5P1ZA 1SIVA 3INEA 5P5IA 3NLSA 4LXMA 5HDXA 5P2HA 5F00A 4EJ8A 4BFDA 2Q3KA 5P4OA 1NPVA 5P4WA 5P89A 1T7JA 3T11A 2AVQA 4YOAA 3JVWA 1W5WA 3PSUA 3EKQA 4DJPA 2PSVA 1Q9PA 5P40A 4EPJA 5P08A 4X7IA 3CYWA 4J0TA 5P4MA 2BJUA 3TOHA 2R8NA 3SA7A 2PSGA 3QPJA 2HS1A 5P3TA 5OZ1A 3WZ7A 1NPWA 4YCKA 3JW2A 3S54A 3DCKA 4Y3PA 4ZPEA 3HVGA 4YD7A 2ZHTA 4I1CA 3BXRA 3PCWA 5P3BA 5P6TA 4AZYA 1MPPA 2BB9A 1W6HA 5FIVA 1YTIA 2VJ9A 3KMYA 1SMEA 1B6KA 3KFPA 4FM6A 5DR3A 4FL8A 1HTFA 5DQ2A 5P3WA 5C9DA 5P46A 4DPIA 5P88A 1EPPE 4FRKA 4JPEA 5P8QA 3TL9A 5BRYA 4QLHA 1BVGA 5P70A 4FCOA 3OXWA 2BPZA 1HXBA 3OXXA 1A8GA 2FLEA 1ZSFA 5CONA 3RSXA 4Y3TA 5P34A 1YTGA 5ER2E 3QAAA 4Y3QA 1T7IA 1B11A 1K2CA 3ER3E 5OZQA 1XE5A 3KT5A 4J0ZA 4TRYA 3NWXA 4Y5CA 5AHBA 2F80A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1T7K A;  2ZHR A;  4S1G A;  2J9J A;  5J25 A;  5C9B A;  5ISK A;  3EC0 A;  5P5Q A;  1ZP8 A;  3Q4B A;  2R3T A;  5OYU A;  5P6Y A;  3S85 A;  1W5X A;  3EL4 A;  5P8K A;  2BPY A;  4B1D A;  3MXD A;  3H5B A;  5P2N A;  5P4J A;  3VLA A;  2NXL A;  2PH6 A;  4RVI A;  2P4J A;  3IND A;  4FS4 A;  5P7I A;  4KE0 A;  2JJJ A;  2I4X A;  4CPT A;  4DJQ A;  4L7G A;  5P8G A;  4J1F A;  3BRA A;  3PRS A;  4OBF A;  3FV3 A;  3IXK A;  3QBF A;  3VCM A;  5B18 A;  4QJ2 A;  5I3X A;  4CPQ A;  5P3I A;  3ZPT A;  5P4S A;  5P12 A;  1GVT A;  5OZK A;  6FIV A;  1AM5 A;  5SXN A;  4QJ6 A;  5I70 A;  2QD7 A;  5P2S A;  3OUA A;  3TLH A;  5P0K A;  2VA5 A;  3DJK A;  1PPK E;  1Z1R A;  3OTY A;  3R2F A;  1EC3 A;  3VF3 A;  3PSY A;  1TW7 A;  2AOJ A;  3G70 A;  5P7O A;  3VV8 A;  3BGC A;  5OZ5 A;  1VIK A;  3FNT A;  4GMI A;  3O9D A;  5P2A A;  1FMU A;  3K5G A;  1W6I A;  3EM3 A;  3N4L A;  5OYZ A;  4CP7 A;  5OZ2 A;  3L58 A;  3D3T A;  5P6H A;  1MT9 A;  2BBB A;  3OQA A;  1HSG A;  3OTS A;  1HHP A;  4WY1 A;  4Y3H A;  1A30 A;  2J9K A;  5P18 A;  3SM2 A;  4DVF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3ZPS A;  3AID A;  1DW6 C;  1MES A;  3O9I A;  3LHG A;  1ZBG A;  1PPL E;  5P8H A;  1HVC A;  3Q6Y A;  5P0V A;  1YTJ A;  3AUP A;  1KJG A;  3PGI A;  2JE4 A;  4DQC A;  2HIZ A;  2ANL A;  3UCB A;  4OBZ B;  1EC2 A;  5P0Z A;  3TPR A;  2ZGA A;  4FSE A;  1IDB A;  3UQP A;  5P8R A;  5OZG A;  4AUC A;  4YD5 A;  5P0X A;  2BKT A;  1N49 A;  5P8U A;  4F73 A;  5P50 A;  1AZ5 A;  5E5K A;  4L1A A;  1T6E X;  3I7E A;  3TNE A;  3FNS A;  4Y51 A;  3M9F A;  5HE5 A;  5P3S A;  4H1E A;  4LAP A;  5P8L A;  2R3W A;  1ZSR A;  3PWM A;  3R0W A;  3MWS A;  3TKG A;  1FKN A;  3OGQ A;  5P0C A;  5OZU A;  3BHE A;  3S43 A;  3ZPU A;  4F74 A;  5P6I A;  2JYS A;  4N00 A;  3ZKG A;  4D83 A;  1HSI A;  3SA8 A;  5P24 A;  1DIF A;  3K4V C;  3L5E A;  5P80 A;  3T7Q A;  4B70 A;  4Y57 A;  2OHK A;  4GJC A;  4YD4 A;  5P31 A;  1RNE A;  5HCO A;  4RYG A;  4FRS A;  4Y3J A;  5P76 A;  3OXC A;  4Y5N A;  1BDL A;  1Z1H A;  5P7R A;  3L59 A;  4YBF A;  5P2X A;  5UPJ A;  4DFG A;  4Y3N A;  4DQB A;  5JFU A;  5P6Q A;  5P0S A;  1MIQ A;  5P7U A;  5KR0 A;  1SP5 A;  5P6U A; 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 5OZZ A;  3LIT A;  1K2B A;  4RVX A;  5P1E A;  5P3F A;  1SBG A;  4K4P A;  5P3M A;  2AVM A;  3OAD A;  4YD3 A;  1APU E;  1MUI A;  4RCE A;  1HVJ A;  2AOE A;  3CKP A;  4B1E A;  5P36 A;  4GJA A;  2B7Z A;  4DQG A;  5P1I A;  2ZHS A;  2NTR A;  4GYE A;  5P09 A;  2BPX A;  5KR8 A;  4Y39 A;  3S2O A;  4AA8 A;  5CLM A;  1HVR A;  2PWR A;  3QS1 A;  2PH8 A;  5P0I A;  4ACU A;  1FFF C;  5P73 A;  5P6G A;  1RQ9 A;  2APR A;  1B6M A;  5P1R A;  3QP0 A;  5P07 A;  1JLD A;  5P5J A;  3OU1 B;  5PEP A;  3HZC A;  3LIV A;  3PWR A;  1BAI A;  1GVX A;  3EKP A;  2BQV A;  5P0L A;  4Y3Y A;  3EKW A;  5P39 A;  1PSA A;  2WEZ A;  5P7B A;  4OC6 A;  5P7Q A;  1PFZ A;  1XDH A;  4DQF A;  2OHM A;  3RSV A;  2AOC A;  3K5D A;  5P7F A;  5SY3 A;  3O9L A;  3OY4 A;  2VS2 A;  2R5Q A;  4Y5L A;  1YTH A;  5HVP A;  2Q55 A;  1A9M A;  4YD6 A;  4DJU A;  5P6E A;  1HVL A;  1BVE A;  5P3Q A;  5P5E A;  5DQC A;  3UFN A;  1APW E;  2XFK A;  3VYF A;  5T4S A;  2CEM A;  3OQ7 A;  4FRI A;  1QBT A;  5P5P A;  5P52 A;  5P63 A;  1LYW B;  3KYR A;  3UDR A;  2ER0 E;  3SFC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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