3TPRA

Crystal structure of bace1 complexed with an inhibitor
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
387
structure length
368
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Flexibility of the flap in the active site of BACE1 as revealed by crystal structures and molecular dynamics simulations
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 91
structure length 368
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-09-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3tprA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3tprA02
1HIHA 4Q1WA 1DW6C 1IZDA 5OYWA 5P1NA 5P0RA 1APWE 5P3LA 5JG1A 4Y9WA 4GJAA 5KAOA 5AHCA 5OZFA 4PZWA 3QROA 1UH8A 3PMUA 5OZ9A 5P1PA 2OHSA 3FSMA 4I12A 4RVJA 2FNTA 4DQEA 3UDNA 2VA6A 1YM4A 1K6CA 2NR6A 3BHEA 3IAWA 2QZXA 2CENA 4MC1A 3D1YA 1IBQA 2AIDA 3ZPSA 3NDXA 5P71A 1EC0A 3OU4A 2HC0A 4LAPA 2FXDA 5P44A 4DPIA 5P1QA 2ER9E 2WKZA 3ZMGA 2OHQA 3ST5A 3EKWA 5P29A 3S2OA 2NNKA 2O40A 1QBTA 4Y3YA 5I3VA 1ZSRA 3WB4A 5P2RA 5P6QA 4PYVA 4CPQA 2RSPA 3ZOVA 2G21A 5P4NA 5OZKA 1MT8A 3D91A 3QS1A 3VV7A 5P69A 2RKFA 2UXZA 3DOXA 5DQ2A 1SIVA 5P4PA 4K8SA 1G6LA 5P8TA 4Y50A 3JW2A 1PPME 2OHPA 1QBUA 4MC2A 3INDA 4PHVA 3HZCA 3QPJA 4D83A 4OD9B 4DQGA 3IXOA 5OYTA 3KMXA 5P4EA 2JE4A 3KA2A 1FQ6A 4J1CA 2FS4A 4EQJA 3EBZA 3PCZA 5OYYA 3WZ7A 2RKGA 3DJKA 4F74A 4Y3HA 1TZSA 5P5TA 1APUE 3K1WA 5KQXA 5P6ZA 1NPVA 3S8IA 3FV3A 1XL2A 5P5XA 4YBIA 3KFPA 5P3CA 5DGWA 5KQZA 4FM8A 5P28A 4R95A 1DPJA 1AIDA 4EPJA 2O4NA 1XE5A 5AH8A 3L59A 1UH7A 1FKNA 4Y4BA 1LEEA 5P5HA 3H0BA 5P2HA 2VS2A 2NXDA 2ANLA 2WF3A 3G6ZA 5AGZA 5P1LA 1M43A 5P79A 1E80E 1GNOA 4YD5A 5P6YA 1EPME 1WBMA 3GGVA 4GJ7A 4L7JA 4Y3NA 1ZTZA 1A9MA 5P35A 2VIJA 5COOA 2VIEA 3AUPA 2QAKA 2VNNA 5KR1A 4YE3A 5P1KA 1OD1A 4RROA 4Y3SA 3OQDA 4I0JA 1SGUA 3R4BA 5P3PA 3ZKNA 5BS4A 2PK6A 1HTGA 4RVIA 1UH9A 1K1UA 1TQFA 4RYGA 2R43A 4TRWA 2IQGA 5P2EA 4M8XA 4EYRA 5OZVA 3IVHA 1D4LA 4J1EA 3SLZA 4GJ6A 4QGIA 1FGCC 3IA9A 3S45A 4APRE 4Y54A 5P12A 4DJVA 3GI4A 3PRSA 1HEGE 1LYAA 4DQHA 6UPJA 1FMBA 5P0BA 3O99A 2B7FA 3IN4A 1EBZA 1SMEA 1ZSFA 5P32A 5P8PA 1PSAA 2QI0A 5P59A 2PWCA 1IDBA 5P47A 1LYBA 4B1DA 1G0VA 4Y4XA 2FMBA 5OZZA 2PMAA 4Y5BA 5P5CA 5KOQA 4YBFA 2B60A 4GB2A 3MSJA 5AHBA 4ZSMA 3URJA 2P4JA 5OZGA 3VSXA 5I3WA 5OZ0A 2QP8A 2Q3KA 5P83A 3LNKA 4U7VA 2PSUA 2AOCA 5P1ZA 3EKQA 2I4WA 5P87A 1OHRA 4FSLA 2AOJA 5P8IA 5HU0A 1XN3A 1A8KA 4R5NA 3L38A 3RTMA 1SP5A 3O9FA 1BBSA 5E5KA 1NPAA 5P34A 5KOSA 4I0EA 3FKTA 3SA3A 3PWRA 4U7QA 3I25A 3GI0A 4H3GA 4TVHA 3FIVA 4RCEA 5P7FA 2CEMA 5SY3A 4Q1XA 5P7LA 2Q54A 2QI3A 3RU1A 5P8BA 2QZLA 2PH8A 2R5QA 5BRYA 3K4VC 3KT5A 1FMUA 4NJUA 3DM6A 4JPCA 5P7NA 1GVVA 1YTHA 3SM1A 2SAMA 5P8JA 4LHHA 3EKXA 5HE7A 5APRE 1K2BA 1D4YA 4A6CA 3CIDA 1BWBA 4FRJA 4FCOA 1IDAA 4OBZA 3GGUA 2O4SA 4KB9A 3IXKA 4EJDA 5P3YA 5P0VA 4ER2E 5P2MA 4I8WA 4COEA 2HS2A 3OU1A 2ER7E 3CKRA 3OADB 5AHAA 3ZPTA 1E82E 2F80A 5P0LA 5P57A 1KJFA 4QJ9A 5P2SA 5P63A 4CPSA 4ER4E 5P3UA 1KJHA 5AH6A 4LL3A 4B77A 1HBVA 3NSHA 1TCXA 4LC7A 5KR0A 3Q6YA 4S1GA 5P1AA 5P4UA 4GJBA 1LS5A 3SQFA 2Q5KA 4Y53A 4CPWA 5TOLA 4EHCA 2J9JB 1ZP8A 2OHNA 3EKVA 4Y3EA 1MRXA 2G20A 5P40A 5P89A 3Q5HA 5P7HA 1PROA 4Y4GA 2ZHVA 5OZHA 3OHHA 5P4BA 3PSYA 5P6GA 4Y39A 3UQPA 5P3WA 3QVCA 2HIZA 4RCDA 5P4ZA 1K6TA 2O4PA 5KQFA 2FLEA 4NKKA 2AOFA 2ZJHA 3RTHA 4Y5AA 3VEUA 3BUFA 5P8QA 2IRZA 1YM2A 4B78A 5P6IA 5OZSA 5P0SA 3RVIA 4ZPEA 2BKTA 2I1AA 2VA5A 2F3KA 2O4LA 4DQFA 5P8LA 5P26A 5P3XA 3HBOA 4J1KA 5OZAA 3NLSA 1EPNE 4EXHA 4HDPA 5OZWA 2BPZA 4Z22A 3WSJA 2QU2A 5P5AA 4GMIA 3D3TA 3NWQA 5COKA 2FDDA 4HEGA 3RTNA 3KFRA 3OXWA 3SPKA 2NXLA 4GZFA 3URIA 5OYZA 3HAWA 5P65A 1FQXA 3LPKA 4L7HA 2PH6A 1AXAA 4JECA 3BRAA 5P6JA 5P45A 2ZHRA 3O9IA 3IGBA 2G22A 4DJYA 4BELA 2FGUA 1W5YA 3KDCA 5P20A 4LXAA 2QHZA 3LZSA 4Y3MA 4JOOA 4DQCA 5P3SA 3EMYA 5P7TA 3QVIA 5HCOA 4NJVA 5P5VA 1XL5A 4Y35A 5I3YA 2VIZA 3NU4A 2PQZA 4Y38A 5P3FA 5KR2A 6APRE 4DJXA 1MESA 4OBDA 5P0ZA 3PM4A 1LF2A 5P5FA 3UDRA 3EL4A 4B72A 5P0OA 3KFNA 5P8KA 5P3JA 5P8NA 2AODA 5P4LA 2QI7A 4FRIA 4BFDA 2FIVA 3EM3A 5DQ1A 2AVQA 3HW1A 3VSWA 4J5JA 5OZ1A 2PWRA 5P3GA 4XX3A 5DPZA 4A6BA 1FQ8A 2QI4A 3PMYA 2WF0A 2V0ZC 3QRSA 4I0ZA 3TOFA 3OQFA 4YD3A 4Y3JA 1E5OE 1K6VA 5P4MA 5P8UA 5P2GA 5P0EA 2G26A 3OAGB 4JP9A 4F75A 4OC6B 3OGPA 2ER0E 2R5PA 5P6PA 2PYMA 4FLGA 1Z8CA 2JJIA 4RYCA 4PPHA 3NU5A 2IGYA 1F34A 3OQ7A 4L6BA 5E5JA 3I6OA 1D4SA 5P3BA 3BUGA 5P4FA 1BV9A 5B18A 5P05A 4FGXA 4XKXA 5P1OA 1HVIA 4RZ1A 5P5ZA 5P04A 2O4KA 4DJRA 4Y3TA 3SA7A 5HDUA 5P7KA 4R92A 4DJWA 3T7XA 3TPJA 1LF3A 3QBFA 5P77A 4B05A 3INFA 5P36A 4Y5LA 3UF3A 5HE5A 5P5RA 5P6SA 5P11A 3LZYA 2QMGA 1HVSA 3KDBA 4ZIPA 5P6CA 2IGXA 3TLHA 3S43A 5OZNA 1SDUA 2PYNA 4GJDA 3S56A 2BBBA 3C9XA 5P4DA 3DK1A 1IZIA 3JVWA 1HRNA 4WY6A 4DQBA 1EBKC 4UPJA 3S53A 3VFAA 4QJ8A 1T3RA 3I8WA 3OU4B 4Y3QA 1W6IA 2WJOA 3VF7A 2QD8A 5P4XA 1EBYA 1ZPKA 2BPXA 5P3EA 3UFNA 2OHTA 5OYUA 3R0WA 6FIVA 5P4RA 1RQ9A 5P2ZA 2V00A 2ER6E 2AVMA 5P0DA 3VG1A 1HXWA 5P4AA 1HWRA 2AOHA 5OZPA 2ZHSA 5P53A 4Y56A 2Z54A 1A8GA 5KQYA 5P1UA 3VYEA 1RPIA 2AZBA 4OBJA 2R3TA 2Q55A 8HVPA 5CLMA 1QS8A 2VJ6A 2V11C 2QD7A 3PSUA 1DMPA 3N3IA 3SA4A 2NTRA 4QJ2A 5BWYA 3ZPUA 5ISJA 2VA7A 4IVSA 5P0TA 1GKTA 4M8YA 1C6XA 3EL0A 5P1SA 1HPSA 2BKSA 3GW5A 4OBFA 2ZE1A 3HVGA 2G1OA 3TPRA 3QN8A 4NPTA 2ZDZA 1HEFE 5P4QA 2IKUA 1Z1HA 1B6JA 2APRA 3KT2A 2AQUA 2B8VA 1RL8A 5P2FA 1W5WA 3QBHA 4QJ7A 4Y3XA 2IDWA 1F7AA 3BGCA 4YA8A 5P0CA 3H5BA 5P6OA 1HOSA 5P3RA 3KYRA 2ZGAA 3O9BA 2QMDA 2XYFA 1MERA 5F01A 1HSGA 1BVGA 3L5EA 1ER8E 1MSNA 3O9EA 1B5FA 5P6NA 2ZJLA 2QNQA 2WF4A 3OK9A 3PHVA 5OZMA 5P2AA 4FAFA 5P3MA 4XX4A 2AZ9A 3OUCA 2WEZA 5DQCA 1SH9A 4CKUA 2G1SA 1MT9A 3DV1A 3NUOA 5P72A 5P6BA 5P3OA 3VUCA 1FFIC 1XDHA 1SIPA 3SFCA 5P2LA 4K4PA 5P08A 2QCIA 3FNUA 2R9BA 2CEJA 5P4IA 4TVGA 3LIQA 3HDKA 1N49A 2B8LA 4J0VA 4Y3PA 1FIVA 5P5PA 5P6EA 1HXBA 4N00A 4I10A 3APRE 3IVIA 4J0ZA 4D8CA 2P3CA 1VIJA 1MUIA 2WEBA 1YX9A 2JXRA 5P7BA 1JLDA 5P56A 4QJAA 1LYAB 4I0FA 5P8EA 4Y37A 4YD4A 5P8OA 2H6SA 5OZQA 3VF5A 5P0QA 3UDQA 3O9LB 5DR3A 3O9AA 1CMSA 3MSLA 1K2CA 4HDFA 4YD6A 1K1TA 3S7MA 3SACA 4Y4ZA 1LYBB 5P84A 4E43A 5P0YA 4H3IA 5P7GA 4I0GA 3TOHA 4DJPA 1W6HA 5DR8A 1HPXA 5DR1A 1K6PA 3OU3A 4EJKA 5P6DA 3PI5A 4PEPA 5P5DA 1B11A 4RGHA 4Y43A 3MXDA 1BDLA 1ZLFA 1EC1A 1B6KA 2PC0A 4ER1E 4Y5NA 2HB3A 3O9GA 2OHUA 3LIVA 5P19A 4YOBA 4APEA 3VLBA 7UPJA 5P09A 4KUPA 5P7RA 3K5GA 3KFSA 5P1CA 5P5SA 4Y48A 1ZJ7A 5EZZA 4RCFA 1FMXA 5P8RA 4FIVA 4NPUA 3HAUA 1HIVA 5P6FA 1HVHA 3OQAA 1AZ5A 3CMSA 1TCWA 5P0HA 2XYEA 5P37A 4LBTA 5P0UA 5P7SA 1ODXA 4ZSQA 3R1GB 2WECA 2NMZA 1BXOA 3BVAA 1D4HA 4ZSPA 3PVKA 4GJ9A 4B70A 3LIXA 3GI5A 3OY4A 4D89A 5P27A 3PLDA 2QI1A 2ZHUA 1FB7A 4FRSA 5P1JA 5P3QA 3ZKXA 4R91A 5DGUA 2BPWA 5J25A 1BDRA 3NR6A 4J0YA 4OBZB 5ISKA 2ZJJA 5OZJA 4L1AA 5P82A 4ZSRA 5P2IA 5P7UA 1C6YA 4FE6A 3OU1B 2WL0A 4Z2ZA 5IVTA 4Z4XA 5P0AA 3HVPA 4DH6A 2Z4OA 3QRMA 5P14A 4GJCA 5P76A 4U8WA 1YTJA 1A30A 1DAZC 5IS4A 5P6RA 3TTPA 4EP2A 5P1FA 2P83A 4DUSA 3PCWA 2VIYA 3QP0A 4Y3FA 5P7IA 3HLOA 1RV7A 4X2LA 4ACXA 4J1IA 5P6WA 4B1EA 3SAAA 5P5JA 5SY2A 2P3BB 4Y3ZA 1GVXA 4FRKA 2F81A 2BQVA 3SKFA 2IEOA 3T7QA 5P0MA 1NPWA 5OZ7A 5P61A 2G69A 3SA6A 4HDBA 3LITA 5P8VA 4Y3WA 1HTFA 5P86A 4HA5A 1ME6A 1PSNA 4CPXA 1TW7A 4FM6A 5P8CA 5P41A 4Y3GA 5SXNA 1YG9A 5DQ5A 3OUAA 4HVPA 2JJJA 3PJ6A 3OUBA 5IVRA 4XXSA 3UPJA 4NJTA 3MSKA 1HVRA 5JODA 2OHKA 3K5FA 1C6ZA 5P55A 5DR4A 5P1HA 3VCMA 3EL1A 4I8ZA 5P8GA 4J0PA 3OXCA 5P54A 2NMYA 3TKGA 2QI6A 1HSIA 1KZKA 2QHCA 1IVPA 3OOTA 5OZ3A 1XS7D 4Y51A 2Q15A 1EPLE 1QBRA 4AUCA 1WKRA 2IKOA 3OUDA 2G1NA 1HVLA 5P17A 3OTSA 5P8DA 5DR7A 1WBKA 2PSGA 4RVXA 3LIYA 4DV9A 3QAAA 1W50A 2QI5A 3BUHA 1AJXA 5P5GA 3T6IA 1BV7A 3GI6A 3PBZA 3ZKGA 3L5FA 5P0PA 1A94A 5P4GA 1W51A 5P15A 5P3ZA 5P6MA 5P6UA 5P5EA 1B6PA 1TSUA 3MXEA 2QHYA 2PK5A 4Y3LA 4DVFA 3KM4A 5P8AA 2ZJNA 5P3NA 1SBGA 5P1WA 2AVVA 3ZKSA 5P46A 3EKPA 2J9KA 3VV6A 1T7KA 5KR8A 1QBSA 1M4HA 1BILA 5P7CA 4MC9A 4HZTA 2QU3A 5P68A 2P3AA 5P3HA 4AZYA 5OYQA 2HAHA 3BXSA 2EWYA 3NU6A 1PSOE 5OZXA 5P4VA 1SDVA 3NU9A 4F73A 5P7MA 2IENA 1FG8C 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HIH A;  4Q1W A;  1DW6 C;  1IZD A;  5OYW A;  5P1N A;  5P0R A;  1APW E;  5P3L A;  5JG1 A;  4Y9W A;  4GJA A;  5KAO A;  5AHC A;  5OZF A;  4PZW A;  3QRO A;  1UH8 A;  3PMU A;  5OZ9 A;  5P1P A;  2OHS A;  3FSM A;  4I12 A;  4RVJ A;  2FNT A;  4DQE A;  3UDN A;  2VA6 A;  1YM4 A;  1K6C A;  2NR6 A;  3BHE A;  3IAW A;  2QZX A;  2CEN A;  4MC1 A;  3D1Y A;  1IBQ A;  2AID A;  3ZPS A;  3NDX A;  5P71 A;  1EC0 A;  3OU4 A;  2HC0 A;  4LAP A;  2FXD A;  5P44 A;  4DPI A;  5P1Q A;  2ER9 E;  2WKZ A;  3ZMG A;  2OHQ A;  3ST5 A;  3EKW A;  5P29 A;  3S2O A;  2NNK A;  2O40 A;  1QBT A;  4Y3Y A;  5I3V A;  1ZSR A;  3WB4 A;  5P2R A;  5P6Q A;  4PYV A;  4CPQ A;  2RSP A;  3ZOV A;  2G21 A;  5P4N A;  5OZK A;  1MT8 A;  3D91 A;  3QS1 A;  3VV7 A;  5P69 A;  2RKF A;  2UXZ A;  3DOX A;  5DQ2 A;  1SIV A;  5P4P A;  4K8S A;  1G6L A;  5P8T A;  4Y50 A;  3JW2 A;  1PPM E;  2OHP A;  1QBU A;  4MC2 A;  3IND A;  4PHV A;  3HZC A;  3QPJ A;  4D83 A;  4OD9 B;  4DQG A;  3IXO A;  5OYT A;  3KMX A;  5P4E A;  2JE4 A;  3KA2 A;  1FQ6 A;  4J1C A;  2FS4 A;  4EQJ A; 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 5P4R A;  1RQ9 A;  5P2Z A;  2V00 A;  2ER6 E;  2AVM A;  5P0D A;  3VG1 A;  1HXW A;  5P4A A;  1HWR A;  2AOH A;  5OZP A;  2ZHS A;  5P53 A;  4Y56 A;  2Z54 A;  1A8G A;  5KQY A;  5P1U A;  3VYE A;  1RPI A;  2AZB A;  4OBJ A;  2R3T A;  2Q55 A;  8HVP A;  5CLM A;  1QS8 A;  2VJ6 A;  2V11 C;  2QD7 A;  3PSU A;  1DMP A;  3N3I A;  3SA4 A;  2NTR A;  4QJ2 A;  5BWY A;  3ZPU A;  5ISJ A;  2VA7 A;  4IVS A;  5P0T A;  1GKT A;  4M8Y A;  1C6X A;  3EL0 A;  5P1S A;  1HPS A;  2BKS A;  3GW5 A;  4OBF A;  2ZE1 A;  3HVG A;  2G1O A;  3TPR A;  3QN8 A;  4NPT A;  2ZDZ A;  1HEF E;  5P4Q A;  2IKU A;  1Z1H A;  1B6J A;  2APR A;  3KT2 A;  2AQU A;  2B8V A;  1RL8 A;  5P2F A;  1W5W A;  3QBH A;  4QJ7 A;  4Y3X A;  2IDW A;  1F7A A;  3BGC A;  4YA8 A;  5P0C A;  3H5B A;  5P6O A;  1HOS A;  5P3R A;  3KYR A;  2ZGA A;  3O9B A;  2QMD A;  2XYF A;  1MER A;  5F01 A;  1HSG A;  1BVG A;  3L5E A;  1ER8 E;  1MSN A;  3O9E A;  1B5F A;  5P6N A;  2ZJL A;  2QNQ A;  2WF4 A;  3OK9 A;  3PHV A;  5OZM A;  5P2A A;  4FAF A;  5P3M A;  4XX4 A;  2AZ9 A;  3OUC A;  2WEZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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