3TR2A

Structure of a orotidine 5'-phosphate decarboxylase (pyrf) from coxiella burnetii
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
229
structure length
219
Chain Sequence
DPKVIVAIDAGTVEQARAQINPLTPELCHLKIGSILFTRYGPAFVEELMQKGYRIFLDLKFYDIPQTVAGACRAVAELGVWMMNIHISGGRTMMETVVNALQSITLKEKPLLIGVTILTSLDGSDLKTLGIQEKVPDIVCRMATLAKSAGLDGVVCSAQEAALLRKQFDRNFLLVTPGIRRVMTPRAAIQAGSDYLVIGRPITQSTDPLKALEAIDKDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Coxiella burnetii
publication title Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 66
structure length 219
sequence length 229
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2011-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3tr2A00
1EP2A 1KFKA 1EWEA 1IIHA 3LHUA 2BXVA 2Z2UA 3W7JA 2Q3OA 3L0GA 4JTLA 2VEKA 1R30A 2V2DA 1FCVA 3IV3A 5E0KA 1WA3A 3O8AA 3C8FA 4IXHA 3BLIA 1GEQA 5AB3A 3DBPA 2F7FA 1YPFA 5KINA 4LU0A 5CZSA 1GOXA 2YDAA 3ATZA 3KRSA 2DORA 1SO6A 1TTIA 5D32A 3P8IA 1FWNA 3BLEA 3W7RA 1GTHA 2C19A 3ATYA 3HPZA 4BF9A 4MY9A 3GR8A 5KITA 2XN1A 4RZ4A 1F7BA 2X1UA 5HWNA 3K30A 4GFSA 3U6WA 3NZ1A 4DXVA 3ABRA 4JIQA 5K7JA 3IIPA 1SZEA 3H55A 4NXKA 3GLCA 4XKYB 2Y88A 3HO8A 3NPVA 2CFFA 3GKFA 1KA9F 1HFBA 3EKLA 1H7RA 4JYEA 5EYWA 3C2FA 4LS2A 4BR1A 5C2XA 2NX3A 2Y70A 2AGKA 5LZLA 1FDZA 3L2IA 3W1QA 2A2IA 1FWRA 4DELA 2V8ZA 4A22A 1ADOA 2QCDB 5IBXC 2QJIA 5D03A 1VYRA 3MP4A 3UNDA 2WOQA 1OYCA 1R46A 3QM3A 3TA6A 3PVFA 4AF0B 1QMLA 4E38A 4N2YA 5CGQA 2WV8A 5F1UA 1K8XA 1JCXA 4UTTA 1NAL1 2NX1A 5L9FA 1W5OA 4LNYA 4CCEA 1K8ZA 4IMCA 1TV7A 5KZEA 2E09A 4PEKA 3RK8A 2YW3A 1YLVA 3C61A 3NQ7A 1H1YA 5D2TA 3MMTA 4N9BA 4O8RA 2J9YA 5EBUA 2CLLA 2WNNA 1YDVA 1OFEA 4UTHA 4TO8A 3S6DA 4EIVA 5D2VA 3L9CA 5HR6A 3UXAA 2OZ0A 4N4QA 4MZ8A 4NZJA 4UR8A 3TXZA 3SIZA 3W1NA 1SO3A 2C13A 3NVTA 1R47A 3C2RA 5AFDA 1R2SA 2R91A 1PL9A 5K4XA 4O4VA 3N2MA 4BWLC 2JK2A 2OT1A 1MEIA 3LGEA 1OK4A 3VNDA 1HO4A 4CNOA 3ZWSA 3W75A 4A21A 4UC5A 3RLVA 1K3UA 4UFHA 4H6KA 3RFAA 4MFEA 1TPB1 2ZTKA 3ABQA 3GX9A 3P60A 3STGA 2G95A 1FCQA 2I1OA 2B0MA 2V2CA 1GZGA 2E77A 3C2VA 3W7LA 4N6FA 5FF7A 4AEOA 3W7NA 1TB3A 1SW0A 1K8YA 3UWVA 4CNNA 5K3VA 3R5EA 1TJPA 3CLMA 1ZCOA 2CW6A 4MJZA 3M0ZA 4O1CA 2NWSA 2BTMA 3MI2A 3N9RA 4ML9A 1YTEA 4M7TA 1TV8A 3HPSA 1FXQA 4NJKA 1KFBA 2ATSA 1IGSA 5AYXA 5CPNA 3ZR4A 1YPIA 5HNRA 1SW3A 2RHGA 2V5BA 1O5KA 3FYOA 3W70A 1XL9A 5D04C 3L68A 1GVFA 1NSJA 1TYGA 1FCBA 3S5ZA 4GJ1A 3W1TA 4DF1A 3TROA 4YLWA 2ISVA 4N9CA 2Y7EA 3ANYA 4UIOA 2Y61A 1GQNA 1X1ZA 1DV7A 2FFCA 3OG3A 3HGSA 2TMDA 4UTWA 2CZDA 1I2OA 1RPXA 3WJWA 4OHQA 2BWGA 5MHBA 3OVPA 4H4IA 1JRBA 3E96A 4M6VA 4AB4A 3M43A 4MZ1A 2NV1A 4K39A 1EP3A 4LV4A 2KZHA 3QPZA 4JEQA 1QO5A 3N73A 3LM7A 3HMJG 1TIMA 4UTUA 4KFPA 4Y8FA 2JBMA 3QSRA 3LCGA 1O95A 2IQTA 3TSMA 1GVSA 3O6CA 3MUXA 2WNQA 4I9AA 3LI1A 5KTLA 3NXFA 1WXJA 3EX2A 2JGQA 5AHEA 3RNDA 2C14A 2Y7DA 1VC4A 2Y89A 2PRHA 1T8XA 2R94A 1VPXA 5G2IA 2CU0A 1A50A 1JUBA 3USBA 1K7EA 3HGJA 3L0KA 5G4WA 4Q4KA 3STEA 3NM3A 3S1XA 1W5NA 1P1XA 3IVSA 1QPOA 1IXQA 5LKYA 2VFHA 3KVLA 4O28A 2QCNA 3G1YA 5EL1A 2E6DA 3B4UA 3M9YA 2C18A 1K02A 3C56A 3SSJA 3LV6A 4D2JA 4KWWA 1G4PA 2FTPA 3TUUA 3L0NA 1H62A 4S1FA 2RDTA 1OX5A 2FJKA 1MXSA 4HKPA 4JICA 5CPOA 1XM3A 5SWUA 2ZZ3A 2CLHA 3HGRA 2E5DA 4IMDA 4AWTA 1XDMA 4Y6GA 3LCIA 1G4TA 1OFBA 3UY8A 4M19A 1FUYA 3GKAA 3DI1A 3LCWA 2HSAA 1IF2A 3KVJA 1ZALA 1NFBA 1CI1A 1SZNA 2EGZA 4IQLA 1UUOA 4N6EA 4WQ6A 4Y90A 2Y7FA 4QNWA 3W22A 1NF7A 3I68A 1N7KA 3S0CA 3SGZA 1YDNA 2Y62A 3TFXA 3W2NA 3Q2DA 5D02A 2CZEA 4DF0A 4JN6A 2FPTA 4MVAA 3LRKA 1H51A 4Z1DA 1DORA 3GAYA 4RLIA 1NVMA 2VFDA 3EXSA 2V5LA 3LCFA 3O16A 1RZMA 5EA9A 3R13A 1VHNA 4PODA 3O1NA 2H6RA 3W1XA 1VLWA 5K9CA 3A5VA 5FEPA 5J5DA 4NJGA 1XUZA 1R2RA 4AWUA 4NZFA 1JQXA 3E02A 3S9YA 3R2GA 3EEGA 4A3UA 3FKRA 3NQFA 2WNZA 3P62A 4DO4A 5DXXA 2NUWA 2D73A 2TYSA 3W7MA 4NNBA 5IM51 4UFLA 3BG5A 1TREA 3A5FA 3TK7A 1SFJA 4MLJA 1OF6A 3TU9A 3IGUA 5LGZA 4L4LA 4UFJA 1HL2A 3W85A 5LHEA 3EXTA 1GVOA 1M7PA 5I3JA 2ZA2A 3PF3A 3NM1A 3I7RA 4ZQCA 4GE8A 1UUMA 3NYZA 4NVTA 2FLIA 1XFBA 3S5YA 1VQTA 3GDTA 1Q6LA 3I6RA 1OYAA 3PG9A 1BWKA 3B05A 1EX5A 1KFLA 1LRNA 2GOUA 3G3MA 2VOMA 4CLMA 2Q8LA 2WQPA 3GR7A 1MO0A 3WK0A 5DN1A 3QRHA 3RF9A 3LHTA 2NZLA 1JUEA 1D9EA 3M41A 1J5TA 3FIGA 3VE9A 1EPXA 1H7NA 4IMFA 1ONRA 5CPMA 5A8GA 4IWWA 4QM1A 2CLOA 3F03K 3SGUA 3WK2A 3HOJA 2DJXA 5KZDA 3E9AA 4O19A 1TPFA 4AHQA 4UTIA 1QWGA 1B57A 3P84A 1LM1A 4TX9A 1W3TA 1YXCA 1A5CA 4HNUA 3PBUA 4POCA 1W3IA 5D38A 2DZWA 2X16A 2QCLA 1F74A 2F84A 3OEXA 1L6SA 2Q8ZA 2W79A 5EY5A 2WJZA 4R53A 1RV8A 3S5NA 2ZFAA 4BI6A 2Y7GA 1X1OA 5EKYA 4PCFA 4X9SA 3B0PA 1KM2A 3M5ZA 2A7NA 2ATMA 3R89A 3LTPA 5CZJA 4IMGA 1EEPA 1NEYA 3NGJA 3CB8A 3H53A 4WY0A 2A21A 3WK3A 3GVGA 1TQXA 1Z44A 3DFOA 1G69A 3TSBA 1ML1A 3PY2A 1VCGA 2G96A 4TMCA 4JTKA 2BZNA 3KRUA 4GUFA 4R7JA 1BTMA 1EWDA 2Y6ZA 2YR1A 1B4EA 3PS7A 3TQVA 2Y85A 3CIXA 4NX0A 4AVFA 2JKPA 5LSMA 4UFKA 3BGJA 3NG3A 3O6YX 1WAUA 1RD5A 4LC8A 2J9ZA 2HS8A 3NQEA 2FDSA 3UZ5A 1TQJA 1KFCA 4ZZ9A 1IIGA 2DJLA 3NEVA 4XKYA 4R34A 4UTKA 1YXDA 3P61A 4DQWA 1FXPA 3W1LA 3PBVA 5CZ0A 3Q37A 4HHPA 2I14A 4FX6M 5H2ZA 1Q6OA 1GWJA 2H90A 2QCDA 3LB0A 3NDOA 4DO6A 5G2HA 1OFPA 4XTIA 3P74A 4HSNA 1EIXA 4UXDA 4NQ1A 4UNLA 3PBYA 4FEZA 1JUKA 3A22A 3EX6A 3PB2A 4AF0A 4M7SA 5EMUA 4OU1A 1GT8A 3EWXA 3A21A 4GWEA 1VRDA 3WJZA 3SZ8A 4EVZA 2ZRVA 1M5WA 1VS1A 1WV2A 3SY5A 3WFAA 1W31A 3KOFA 3MHFA 4MFDA 2QDGA 1XBZA 2Z6IA 3TC6A 2O7QA 3BPWA 2NUYA 5C5YA 3T55A 5HINA 3G3DA 1AMKA 3BW4A 3EWZA 3LHYA 3U8GA 3F1QA 3EB2A 5G1TA 3GXTA 5HWMA 4X22A 3OVRA 4OT7A 3W2KA 3NPXA 3OBKA 3DFTA 1U83A 5AHLA 1AW2A 4JXCA 3L5LA 3HBLA 3PSWA 4HNTA 1PS9A 3C2OA 5GVJA 1Q6RA 3NQVA 4L4MA 4AAJA 4XWUA 3TQKA 3W2UA 3C3NA 4LY8A 4I7VA 3TKFA 2QAPA 3M44A 5BMWA 1G4EA 1WOBA 5T26A 1OFDA 3HG5A 3SR7A 1SW7A 4MZYA 1KM6A 4RXFA 4RZ6A 2RDUA 1SZFA 2A6LA 2FQIA 4RKAA 2CLEA 2XN2A 3B8DA 3C6CA 2X1SA 5AHIA 2PRLA 4RV8A 3U2OA 2WO5A 3HJZA 5AHMA 1FWTA 2GQAA 3QQ0A 5A5WA 1IXNA 4M6QA 1TPH1 4UTMA 1T99A 3R12A 4MY1A 1ZAJA 1FQ0A 1H7XA 4TU1A 4H3DA 3TQ0A 4QJ1A 1DHPA 1Z42A 1G7UA 1G6CA 4JY8A 4TIMA 5FEWA 3STFA 1QPRA 3UPWA 3CWNA 2ZDRA 3CEPA 1K7XA 4XBKA 4O13A 3PM6A 5D30A 4FX7A 2R14A 3EXRA 2UV8G 3B03A 3AJXA 2QCFA 3TW6A 2PCQA 3W7CA 4Z1AA 5KSWA 1QDSA 4QNEA 2X2GA 3NQDA 3LTSA 5F4SA 1YXYA 3CHVA 4O16A 3GNDA 1XI3A 3MI3A 2AQWA 3DI0A 4XTDA 3EX1A 4LOCA 2WSRA 1J2WA 3NPWA 3NA8A 3LHWA 1FX6A 2R8WA 3JR2A 1C29A 3NQMA 4BK9A 4O18A 2VFGA 4ZMGA 1F76A 1JR1A 3FA5A 1N8FA 1E51A 5AYYA 4NJJA 1LCOA 3B04A 2RDWA 3W07A 4LVBA 2TPSA 4UUIA 3MO7A 2VEPA 1ME9A 4YWIA 5D33A 5LNSA 3P5ZA 3NOEA 2YFNA 2CLFA 2B7PA 3GNNA 2YXGA 5D2YA 2ZA1A 1DL3A 5LNUA 5C54A 1H61A 1BWLA 1F2JA 3NNTA 4MYAA 5D37A 3W2LA 4LWWA 4CNPA 3IIZA 4O1BA 2O7SA 1VYSX 4FF7A 3LI0A 3DHFA 2QUVA 3LRMA 3TCEA 4R33A 4IPJA 5HUPA 1TPC1 1WBHA 1H50A 2VFEA 1ZAHA 1TPWA 2EHHA 4NJIA 1TO3A 3P5YA 1MSSA 2ZTJA 4LVFA 3QPYA 3JRKA 3PAJA 4GUHA 3QMTA 5IBXA 4QAIA 2YW4A 4P61A 2NXHA 4BI7A 4JTHA 3W7GA 2Z0IA 3EWWA 1X7FA 3GIYA 4FNUA 1PV8A 1RVGA 3GXPA 2JKAA 4Z08A 2DZTA 4PC8A 1A5SA 3QYQA 4BI5A 1F05A 4IGHA 4WZHA 1S3HA 1XC4A 2B7NA 3C4UA 3WJSA 3L5MA 4OQVA 3OVQA 1LORA 1T0OA 3LXBA 3F4NA 2JGYA 1JULA 4O12A 3IGSA 2ZYFA 3THQA 1GG0A 3QC3A 3P8JA 3PB0A 2J27A 2H8ZA 3NAVA 1OABA 1LTDA 4PL2A 4WXYA 3IEBA 1LDCA 2FIQA 2GQ8A 4FNSA 1UASA 5KMYA 1LBLA 3P81A 3BARA 3DENA 3IVUA 4O1AA 4UFMA 1LLZA 4LTSA 2E6YA 3CM4A 4MJMA 1KTBA 3LXCA 1TV5A 3QJAA 3H54A 5I3HA 4BWLA 3W7QA 4E2DA 1OFAA 4LUJA 5DY2A 1OYBA 2ZZ7A 2E1DA 3THAA 4JX4A 1L9WA 2QR6A 3LXAA 2BLEA 2Z1BA 2ZRUA 4RZ5A 4Y96A 3NL3A 3WK1A 4A29A 4K8HA 3W2MA 3MBFA 3EX3A 1Z48A 1XCFA 4RX0A 5CG7A 1W56A 4S2BA 1SO4A 5LNWA 3TJLA 1DBTA 3EWYA 3QQ1A 3MBDA 4M6PA 2VELA 1TPUA 1PHQA 3N2XA 5ABTA 2A7PA 2J88A 1D3HA 1H63A 3W1UA 4IUOA 1JCJA 2BSLA 4O15A 5U4NA 3W7PA 1L6YA 4Z1CA 1ME8A 1ZHAA 2X30A 4HPXA 4IJBA 4MOZA 1JQVA 2PC4A 1ZNNA 2P1FA 3G0SA 1OG0A 2Y63A 2A1YA 1VJIA 2YZRA 1FWSA 3TC7A 2EAWA 3KAOA 3DFQA 1Y0EA 4JR5A 4N9DA 4U28A 4JTFA 4WD0A 3TAKA 4ORMA 4HIBA 1QFEA 5TIMA 4ALDA 2E5BA 3PUDA 4XBSA 1LLWA 4RXGA 2NX9A 3T4CA 1MEHA 5DLCA 3OIXA 3L67A 3NQ2A 4M5PA 2QCGA 2QJHA 4TMBA 5F4XA 3DKLA 1H60A 1ME7A 1RQEA 2VEIA 3QF0A 3G8EA 4NUWA 4ZQNA 4K38A 3VE7A 3G1XA 4AXKA 2OT0A 1FCUA 1JCMP 3D0CA 1M6JA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3WH7 A;  1IIH A;  3O6A A;  2VRQ A;  1W9B M;  1OGB A;  4KWU A;  2J25 A;  2Z2U A;  3W7J A;  4Q4M A;  4UQE A;  5I7G A;  5AC4 A;  3GR4 A;  2GUY A;  1V0N A;  3ERP A;  1T6M A;  1Y5V A;  3KCL A;  3L0G A;  3ALF A;  2VEK A;  3UYI A;  3O8A A;  3C8F A;  3PFM A;  3NTY A;  5HQL A;  3THD A;  5AB3 A;  3PZN A;  3KTX A;  2W63 A;  3SAZ A;  2ZWY A;  4HHH A;  3ARZ A;  3LSC A;  4LU0 A;  3KW3 A;  2OSX A;  3WLI A;  1SO6 A;  1TTI A;  3IJ8 A;  5ABG A;  3F5K A;  2HVM A;  3W7R A;  3HPZ A;  4BF9 A;  4MY9 A;  1FTX A;  4O1F A;  2XN1 A;  3NSX A;  4Z2I A;  2X1U A;  2EXO A;  5HWN A;  3K30 A;  3VIM A;  1PKM A;  4P7O A;  4EPK A;  4NXK A;  5HK4 A;  1V6W A;  3ZR5 A;  3VGF A;  2I9U A;  4XKY B;  3G77 A;  4WSK A;  3NPV A;  4AW7 A;  2CFF A;  1KA9 F;  3V36 A;  1HFB A;  2ZX8 A;  4JYE A;  5EYW A;  4LS2 A;  3TP4 A;  4BR1 A;  1SJA A;  4IH3 A;  1NWU A;  4A22 A;  1ADO A;  5GJP A;  5IBX C;  2QJI A;  5D03 A;  1VYR A;  2VGB A;  4C6K A;  3UND A;  1OQF A;  4DUV A;  1IZK A;  1OYC A;  3TA6 A;  1V6V A;  3H2F A;  1QML A;  4EAY A;  1FWD C;  4HMC A; 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