3TRQA

Crystal structure of native rabbit skeletal calsequestrin
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
353
structure length
353
Chain Sequence
EEGLDFPEYDGVDRVINVNAKNYKNVFKKYEVLALLYHEPPEDDKASQRQFEMEELILELAAQVLEDKGVGFGLVDSEKDAAVAKKLGLTEEDSIYVFKEDEVIEYDGEFSADTLVEFLLDVLEDPVELIEGERELQAFENIEDEIKLIGYFKNKDSEHYKAFKEAAEEFHPYIPFFATFDSKVAKKLTLKLNEIDFYEAFMEEPVTIPDKPNSEEEIVNFVEEHRRSTLRKLKPESMYETWEDDMDGIHIVAFAEEADPDGYEFLEILKSVAQDNTDNPDLSIIWIDPDDFPLLVPYWEKTFDIDLSAPQIGVVNVTDADSVWMEMDDEEDLPSAEELEDWLEDVLEGEINT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Glycosylation of Skeletal Calsequestrin: IMPLICATIONS FOR ITS FUNCTION.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Calsequestrin-1
molecule tags Calcium-binding protein
total genus 104
structure length 353
sequence length 353
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-09-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3trqA03
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3trqA01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3trqA02
3KTBA 2LRNA 2B7KA 2E7PA 2YWOA 3F9UA 3W8JA 2H71A 4MZWA 1LBKA 1H4OA 1G7EA 3ZVJD 2LUSA 3HY2A 4PURA 1K3OA 1VRSD 4ML6A 5ENUA 5HFKA 2YPMA 2GVPA 4IP1A 2LJAA 5IMAA 1XVWA 4J2FA 4OCEA 2B5EA 4PNFA 1UC7A 2AUVA 2OE1A 3VWUA 5D9WA 2JZSA 2VOCA 4ZL9A 3MWHA 4MF6A 2R4VA 1TI3A 4KA0A 4POLA 1J0FA 2YNXA 2HSHA 1XFLA 3BOAA 5CRWA 4HJ2A 4KDXA 5IO0A 3ZMKA 6GSYA 4IGJA 2CV4A 4IW9A 2IFQA 1AAZA 2L6DA 1IYIA 4WF5A 1Z6MA 1K0MA 3C1RA 2PGTA 4WXTA 4OFMA 3O3TA 3C8EA 3MAKA 1A2MA 4V2LA 1B48A 4PQHA 1B4PA 3FR6A 3M0FA 1ACVA 3UMAA 1GWCA 4DEJA 3QOUA 4WKWA 2F8FA 2IMFA 1Z6NA 1G6WA 1FB6A 3HKRA 1DSBA 4KH7A 5DBQA 5HQPA 3VI5A 2MYGA 2EIRA 3ZRDA 4ZL7A 2CX3A 4WR4A 3IA1A 4OMVA 5A4WA 1XBSA 2A2RA 1N2AA 2A4VA 4N0ZA 2O85A 1A2LA 2YZUA 4MJEA 1Y25A 1GRXA 5FWGA 3WT1A 3FR3A 3LSZA 1ERWA 1SJZA 4IQ1A 5L71A 3S9FA 2H6XA 5B8BA 2VCVA 4ZXGA 1Z9HA 3GN3A 1USBA 2C0FA 1XPVA 1YJ6A 1TJDA 4XHMA 4K0NA 1M2AA 2YZHA 4ISDA 4GRFA 2H72A 2NBSA 2FNOA 4IVFA 4JZQA 2VCWA 1EZKA 2FA8A 2C3QA 3I9V2 2D2ZA 5GAND 2H76A 1A0RP 4F2IA 3UVHA 1QK8A 1EV4A 6GSVA 4I2TA 3GFKA 5JCGA 3SBCA 3P2AA 2O89A 1V40A 2R5GA 5G1KA 4DSSA 3EYTA 3LG6A 3KMOA 3TJBA 4OFNA 1K0AA 2V32A 2RUEA 4TW5A 2WRTA 3TOUA 3MNGA 2YOIA 2WFCA 1O8XA 1HNCA 3KZQA 2B6MA 1F3BA 2L6CA 4GF0A 3VWWA 5D9TA 2GSRA 2AYTA 2B1KA 3APSA 4BWQA 4PQIA 1ERUA 2V41A 1GSYA 2LQOA 1GULA 1U3IA 3PH9A 1HD2A 4YAVA 5HR0A 3FW2A 1SD9A 4BPYA 1ZYEA 3GTUA 3HDCA 2ZCTA 2K9FA 5DCHA 2O7KA 2KLXA 1AQVA 4G19A 5G5FA 1OC3A 3GA4A 20GSA 1X9SB 1SL0B 4GXZA 1MDKA 3WGEA 1YEXA 4LL4B 4RQXA 3Q74A 3ZMLA 5ECIB 3KP8A 4MDCA 3HVSA 4G2EA 1ZCPA 4YAPA 2OA7A 1CQHA 3DXBA 4O32A 1O6JA 4XCSA 1PRXA 2YV9A 3IK9A 3ERFA 2H70A 5ECPB 2P31A 3C73A 3DMLA 3TKSE 2B5XA 5DALA 3GV1A 3TJGA 3DVXA 5DJMA 1SL1B 3UJ1A 3F4TA 3N5OA 1TRUA 3JCML 3UOMA 2H6ZA 3O6TA 6GSTA 3GTUB 1SENA 1KEBA 3FEUA 3CSJA 3FR9A 1TRVA 1EGOA 3EU3A 3A5WA 1XXUA 4MABA 1WWJA 5D73A 1GSEA 2EIQA 3HA9A 3IC4A 4HUAA 1DUGA 1RQMA 1NSWA 3GUSA 2LQQA 2AJQB 3TRPA 3I69A 3LQ7A 3G9BA 2H6YA 2FWFA 3G7IA 1K0CA 2QKEA 2J9HA 1O81A 4KE3A 2L5OA 4IKHA 2GZPA 3NZNA 2DMLA 3WGXA 3EMXA 2DJ2A 3IR4A 2E2GA 3L0HA 1KNGA 2H73A 3M1GA 5DALB 5CRDA 1EEJA 5ID2A 2C3TA 3Q19A 1XZOA 2HSYA 4TXVA 4FO5A 1Z5YE 4AF2A 5AGYA 2DIZA 2B1LA 5KN3A 3VURA 1SJ6A 3LEFA 2DC5A 4N10A 4TR1A 1PKZA 2WDUA 3VWXA 3C71A 2RUFA 4KUNA 1FB0A 2OE3A 4GSTA 1V57A 2H1DA 4RQRA 5ECRB 1VF4A 3O76A 3QDNA 2P5RA 1G0TA 2IMIA 4MH3A 4E8EA 3F63A 4TR3A 1LU4A 1HNBA 1N8JA 2A2SA 2CZ3A 3ZZXA 5COHA 3GRXA 1RW1A 1UA5A 2VD1A 4NV2A 2O8VB 3A2XA 2VL9A 1OC9B 3KTLA 2VCZA 5CO3A 4BVYA 4WR5A 5G1LA 4TN8A 1JLWA 3TKRA 5ID2B 1ML6A 1G6YA 3IDVA 4NV5A 3AY8A 3FKFA 3VPTA 2BTOT 3KIJA 2PVOC 5D8IA 1VF1A 2ZUPA 1DE2A 5DJLA 1O73A 5DQYA 4EF0A 10GSA 1GLPA 2IN3A 4PQ1A 2NPBA 1XCCA 4K7NA 1PL1A 2BJXA 9GSSA 5C04A 1OKTA 2HLSA 3E9JB 3Q6OA 5EY6A 2IWTA 1PKWA 1GSUA 3F3QA 3DVWA 3GYKA 3H8QA 2X64A 2GQLA 1R26A 2R2JA 2GZZA 4X1UA 2M72A 3WYWA 2B5YA 5B6NA 2HRFA 2GTUA 2Z9SA 1TDIA 3I6AA 4MZCA 4F9ZA 4HEA2 4HS1A 5A5KA 2IPAA 4I8BA 3TRXA 4NPBA 2GSSA 3M3MA 1C72A 4E8HA 1THOA 1GL8A 2RIIA 3UEMA 1B8XA 4X43A 1B9XC 4ECBA 3EURA 5AIVA 1JHBA 2FD3A 3WD6A 3ZLPA 4V1Ap 4L0UA 2YWIA 1JZDA 4O5RA 5GZZB 3LGCA 1QXHA 3RPNA 2FWEA 3D4MA 5JCWA 4LMWA 4XS6A 1SK2A 2YWMA 2CQ9A 1ST9A 1HYUA 2ON7A 4K9ZA 6GSSA 2IJYA 5J9BA 3GIXA 3TKPA 4GQFA 1S3DA 4AJ8A 3TKSC 4ZIJA 4JR4A 5IIZA 2H8LA 1M9BA 1QFNA 1T8EB 5IO2A 2BMXA 3CSHA 3GX8A 2I4AA 4XS1A 3KP9A 4WBRD 16GSA 1PA3A 2PWJA 2YJHA 2H1AA 5A4UA 4WF4A 5ECLB 4MA9A 5F07A 4N0VA 2TRXA 1K0BA 1ZL9A 3VPQA 2OJLA 3LYKA 1XWBA 1VGLA 1EWXA 4X0XA 4EL1A 2LSTA 5DCGA 2CVBA 1ZGNA 2E2MA 3UIWA 1X0RA 4POKA 1F2EA 1GTIA 2LRCA 3TUEA 4EE0A 3BBYA 4DVCA 3ISOA 2LNTA 3F6FA 1MDJA 2VD0A 3HZ8A 2O87A 5ECSA 1V58A 1U3AA 3H1NA 1DE1A 3KH7A 1Q98A 4BA7A 5GAPD 5J41A 4YQMA 2J23A 4KGIA 4G9HA 4K1FA 2PMTA 1GSDA 3GSSA 1A8LA 1XWAA 3OR5A 5CREA 4K6XA 5D9VA 3KD0A 5DVBA 4NMUA 2B7JA 3L78A 1GNWA 3FY7A 1S3CA 3U5RE 3TDGA 4OO5A 5HR1A 3ZFBA 4CHSA 1K3LA 1BEDA 4K8MA 1BQ7A 2YN1A 2H01A 1X9MB 1Y6EA 3E3EA 4RI6A 4PUAA 3UVTA 5DAKA 2LJKA 4IP6A 1SKSB 4MJCA 5IMFA 4AGSA 1ZMAA 5IOXA 3GURA 3TRQA 5ELGA 4TVEA 1X5EA 2JL4A 1OC8A 2VLUA 2VO4A 2IMKA 2GDRA 4TR0A 3EWLA 5CRGA 1WJKA 5C00A 2JU5A 3Q18A 3QFAC 4PXOA 2IIYA 1Q4JA 2XC2A 1YY7A 4TR4A 1XW5A 5G2ZA 2RM6A 2KP2A 4XS4A 1DBYA 1FAAA 2X8CA 1K0NA 3CTGA 4MPFA 1Z7RA 1M99A 1R7HA 4Q5RA 2DMMA 4EDYA 2NDOA 2VL2A 2AAWA 3TKQA 1WOUA 3H79A 4GQCA 5DAKB 1MD4A 3TB2A 2KHPA 2QGVA 4ZBDA 7GSSA 5B8AA 1AW9A 1PN9A 1V98A 5KN0A 5B7CA 3M9KA 2C1YA 1FVJA 1YDKA 5FT3A 1FVKA 1O7UA 2KOKA 5F05A 3G7JA 4BVXA 3L9VA 4BL7A 14GSA 3GH9A 1A23A 1OE7A 4I5QA 5ELAA 5KN1A 2VCXA 1BAYA 2L57A 2GZYA 1LJRA 4FYUA 1EV9A 5ECOB 3LORA 5F0GA 5ECNB 6GSXA 1XW6A 4ULXA 3RPPA 3APQA 4L8EA 4QL9A 4EUYA 4XS4B 3N9JA 3HJOA 5AISA 3H4KA 3F4SA 4TKYA 2IMDA 1SYXA 1EP7A 3A3TA 1ZOFA 3W6GA 2WZ9A 3F4RA 3PR8A 2C4JA 3HVXA 2GLRA 2QC7A 4IN0A 1UVZA 1PMTA 4Q5QA 2JSYA 1R5PA 2B3SA 4ECJA 3M8NA 3US3A 1EGRA 1ILOA 3HHVA 1SYRA 2PVQA 5IMVA 2V6KA 3ZIVA 4KSOA 2GSQA 5ABRA 2HT9A 3GMFA 4IELA 3EVIA 1FW1A 3PINA 1YF0A 2REMA 1JFUA 1W89A 3EMPA 4MZBA 3F6DA 5EL8A 1M9AA 1PX7A 3ZITA 1EOGA 2QSIA 5DDLA 2LTKA 5KEJA 5IPGA 4KW6A 2GT5A 1HQOA 4KAEA 3J7Yb 3FYGA 3TOTA 3GL3A 18GSA 1T4YA 1ON4A 2N5FA 2CX4A 3FK8A 3QCPA 1GTUA 5ECHB 2DLXA 1QUWA 1PGTA 3LYPA 4LMVA 4K0GA 2X99A 3FZ4A 4XRDA 1YQ1A 4MK3A 2MMZA 3R2QA 4MP4A 1R4WA 2G0FA 6GSUA 3CMIA 4G10A 22GSA 1YKAA 3APOA 2DJ0A 1R5AA 2KP1A 3IRAA 3WT2A 3CXGA 1OC9A 3HZ4A 3E0UA 3K8NA 5LNKe 2VLVA 2K6VA 3LXTA 3C7MA 2H1GA 1XWCA 2VUPA 2OBKA 3CYNA 4HU7A 3UBLA 4JEDA 2WULA 5CYYA 4HI7A 4HOJA 1JZOA 4IS0A 5JCUA 2H30A 19GSA 5IOWA 5D93A 4LLRA 2E0QA 3GX0A 3IAM2 2H0IA 4QQ7A 4PX1A 1VF3A 3F8UA 4DSRA 1GUHA 3ERWA 1WE0A 4V2NA 5GSTA 2P0GA 2VL3A 1PX6A 3IBHA 4JRRA 2FWGA 4AJ6A 2H66A 5JWQB 1NM3A 2CA8A 4FH8A 5HR3A 3LXZA 3L4NA 6GSWA 3VK9A 3ERGA 2VL2C 3F3RA 2I81A 4YH2A 2AV4A 2M46A 1SL2B 1ZZYA 1ERVA 3IXRA 3D4TA 4LL1B 2EIOA 1XOAA 3D5JA 2X8GA 2R3XA 2C80A 3P90A 5ECQB 3CRUA 4PUFC 1V2AA 2LV3A 2OACA 1XIYA 3ED3A 1OAZA 12GSA 4QL7A 5HFIA 2YP6A 4I2UA 4KDUA 2HYXA 3FHKA 3FZ9A 3TJJA 3MSZA 2P5QA 4NAXA 3NOFA 1URMA 2VAFA 4ZB6A 1EP8A 3BCIA 1WIKA 1WP0A 1M2DA 1TRSA 1GUKA 1NHYA 2CAIA 1BX9A 3TCOA 3IV4A 4PNGA 2YCDA 1CQGA 3QMXA 2H19A 4ZBBA 3G7YA 2C0GA 4Q5FA 5J3RA 4BWSA 3D6IA 1QMVA 4I97A 3LFLA 1TXXA 4OWYA 5J9CA 4KCAA 2NTOA 5D96A 3QAGA 1FHEA 4L5LA 1JZWA 2XHFA 1TW9A 2WJUA 4NXIA 2MBTA 3F0IA 4O7HA 3HYPA 4TOPA 5KN2A 3FZ5A 1UN2A 2X8HA 4JBBA 5FHIA 5H5QA 3ME7A 3IPZA 1SD8A 2JSZA 3KM6A 1ERTA 1G7OA 1WMJA 4WBJA 3VLNA 1AXDA 1K0OA 1TK0B 1Z7PA 4EKZA 5H5RA 2VLTA 4RI7A 3M9JA 2K18A 3MDKA 5IM9A 1PSQA 1GUMA 1A24A 1F3AA 2GQMA 2H0GA 2CZ2A 2V2GA 5CP1A 2H74A 4L5OA 2LKUA 2MMAA 1T00A 1YEPA 4KX4A 2GQKA 3LJRA 3I43A 3EE2A 4IBPA 3D21A 5IPHA 2L5LA 2H75A 1TOFA 3VWVA 1A2JA 3NIVA 3BJ5A 2CAQA 4EO3A 1M0UA 3TGZA 4HU9A 1A0FA 2DJ3A 3EC3A 2TIRA 5E4WA 4ML1A 1PQNA 2CT6A 3IHQA 3TJKA 4IQAA 1F37A 3IAS2 1JLVA 4HZ2A 2TRCP 4GCIA 5EPFA 4DSQA 3HVVA 1O85A 2ES7A 1XW9A 2PU9C 3H93A 4IJIA 4KCEA 2DSAA 1A8YA 2HZEA 3HD5A 1SKWB 3QPMA 2I3YA 2PN8A 2YJ7A 4MCUA 4MJAA 1FO5A 1OE8A 2HNLA 2GSTA 1K0DA 1GSFA 5ECMB 1T4ZA 2FWHA 3CRTA 2V6OA 4LA1A 1AUCA 3GKXA 2N5BA 1K3YA 2LNSA 2LJRA 5B6MA 4O92A 3TJFA 2I9HA 4FIWA 1NHOA 2WGRA 3J7Yk 2H0HA 4OCFA 2F9SA 3DEXA 3QR6A 2IL3A 2G2QA 1J9BA 5IMZA 2LS5A 4XTSA 2N5AA 2XPDA 2MMOA 3UAPA 4ZB8A 4ZBAA 3EINA 3RBTA 1AIUA 2IFQB 3CTFA 1O8WA 5H5SA 4I6XA 2EC4A 2L59A 2M80A 2OKAA 3IE3A 4ACSA 2FY6A 4ZL8A 1T3BA 4KDYA 4Q5NA 2HZEB 2OE0A 1M2BA 1EOHA 3GHAA 4EDZA 3RDWA 3VFIA 3KGKA 2DBCA 3L9SA 3RHCA 4GLTA 1AC1A 3D0ZA 2XPEA 1AQXA 1KBNA 1YKCA 1GP1A 1E6BA 3C1SA 3VI7A 1BJXA 1M7TA 1MEKA 1QQ2A 5DQSA 2NVLA 4CDOA 4EVMA 4JU5A 4FYCA 5HR2A 1HNAA 1TP9A 4EXJA 5IQYA 4MPGA 3HJPA 2GS3A 1JZRA 5HFGA 3W8SA 1NW2A 2FCHA 2ALBA 3HCZA 1MDIA 2VM2A 3ZL5A 1X5CA 1TKDB 1GH2A 2WB9A 5AIXA 1SK0A 1VF2A 2RM5A 1I9DA 3ZFLA 2K8SA 2YV7A 2ZNMA 2HI7A 4J57E 1GNEA 3IK7A 3DD3A 1TK5B 1XWKA 1IYHA 1AQWA 2RLIA 1WRYA 3KXOA 2DIYA 1V9WA 5CNWA 2FUG2 2PERA 4NHWA 1FG4A 4MJBA 2DJ1A 2F51A 3QAWA 1ABAA 4WETA 5F06A 1EEMA 1PL2A 2JZRA 2WS2A 2CVDA 2FHEA 3KJYA 2FGXA 3P7XA 4JR6A 5CAXA 3U6VA 4F0CA 3SWLA 5IMCA 4F03A 4ILFA 2HE3A 1U88A 5G30A 11GSA 4MLYA 3IOSA 1SU9A 1GTBA 4NHZA 3RAZA 4NWYA 4DSSB 3EU4A 1MD3A 4YQUA 1TI1A 2IMEA 2YWNA 3GNJA 2PPTA 2VCQA 4FYBA 4D73A 5LCZA 4POBA 1S3AA 5GSSA 5EVOA 1BYEA 5AN1A 4XIHA 4ID0A 2OBIA 1GLQA 2MMNA 4GWRA 3WGDA 1SJIA 2HFDA 2L4QA 5IMDA 17GSA 3ZVJA 3DWVA 2PBJA 3A2WA 3DGQA 2VIMA 1OKDA 2LRTA 1YF1A 3LWAA 4Z7XA 4OO4A 4HQZA 2PUKC 2VCTA 3TKSA 5F8BA 3HXSA 1U87A 3V1WA 3DRNA 5G31A 4AJ7A 3ZREA 2K8VA 2LEGA 2H1BA 4D73B 2DJKA 5INYA 4MH2A 1B9YC 4F82A 3FRCA 1TTZA 1ZYQB 1OVNA 3UARA 4ECIA 2JACA 2MBSA 1TRWA 2XBIA 4CW9A 3DYRA 3ME8A 4WEYA 4TXOA 4RUVA 2AHEA 1I5GA 3CSIA 2FA4A 1TU7A 1T1VA 3PGTA 3ZIJA 2HZFA 1OYJA 4HQSA 1BG5A 13GSA 5D9XA 2R37A 4V1Ag 2DJJA 3ZYWA 4YQVA 4MF5A 4K7IA 3QD9A 4OFTA 1WPIA 1J08A 1RK4A 3FZAA 4HZ4A 2AB6A 2C3NA 3ZTLA 4K7OA 2R6KA 2YANA 5E59A 2JADA 1E2YA 2C0EA 2GT6A 1H75A 2XBQA 1KTEA 4JE1A 4XRAA 1PD21 2V1MA 4HJMA 5JWOB 2L4CA 3GKNA 4P3YB 4TRXA 2CVKA 1THXA 2I1UA 1SK1A 2C0DA 3KH9A 2KUCA 1GTAA 3GKMA 1FOVA 1XVQA 2C8UA 4TXOB 4KSMA 3BCKA 4ZILA 5J5NA 3RHBA 1W4VA 4ZB9A 4GTUA 4L0WA 3QAVA 2F8AA 1XWGA 1X9WB 4MF7A 4PGTA 3KCMA 2MZCA 4TR1B 3P8WA 4N30A 3A2VA 4KNDA 1F9MA 3KEBA 3UBKA 8GSSA 4EC0A 3HJMA 3DKSA 1YZXA 1B4QA 3L9UA 4GSNA 2OADA 2WCIA 2HXKA 3DIEA 5CRHA 3CBUA 4MMMA 4IJ3A 4N11A 4F0BA 4HDEA 2GGTA 2FLSA 1GSQA 3BD2A 3GSTA 5ECKB 1GSSA 3UL3A 1TU8A 4GSSA 4V2MA 3GH6A 1F6MC 5A4VA 4H86A 5G5EA 5LD0A 4POMA 4K2DA 4OD7A 1XOBA 3D22A 2ON5A 1X5DA 4ECCA 1QGVA 1Z3EA 4KB3A 1TK8B 3GKKA 1T7PB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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