3TRQA

Crystal structure of native rabbit skeletal calsequestrin
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
353
structure length
353
Chain Sequence
b'EEGLDFPEYDGVDRVINVNAKNYKNVFKKYEVLALLYHEPPEDDKASQRQFEMEELILELAAQVLEDKGVGFGLVDSEKDAAVAKKLGLTEEDSIYVFKEDEVIEYDGEFSADTLVEFLLDVLEDPVELIEGERELQAFENIEDEIKLIGYFKNKDSEHYKAFKEAAEEFHPYIPFFATFDSKVAKKLTLKLNEIDFYEAFMEEPVTIPDKPNSEEEIVNFVEEHRRSTLRKLKPESMYETWEDDMDGIHIVAFAEEADPDGYEFLEILKSVAQDNTDNPDLSIIWIDPDDFPLLVPYWEKTFDIDLSAPQIGVVNVTDADSVWMEMDDEEDLPSAEELEDWLEDVLEGEINT'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Calsequestrin-1
publication title Glycosylation of Skeletal Calsequestrin: IMPLICATIONS FOR ITS FUNCTION.
pubmed doi rcsb
molecule tags Calcium-binding protein
total genus 104
structure length 353
sequence length 353
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-09-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3trqA03
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3trqA01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3trqA02
2PVQA 1ZCPA 2PERA 3HKRA 4EUYA 2L6CA 3RAZA 3U5RE 3L4NA 4K7NA 1ERVA 3D21A 4K1FA 4KE3A 1SJIA 4PNFA 2RM6A 1SKWB 2X8HA 4HU9A 2VCXA 4BVYA 2ZCTA 4N30A 3H79A 4E8EA 5EL8A 2DJ0A 1PKZA 1AQXA 5B6NA 2JZTA 1FVKA 1YDKA 4LA1A 5KN0A 3JCML 2CQ9A 2WB9A 4FYBA 2LV3A 1GH2A 4XRAA 2H1DA 2DJKA 3TJJA 3KTBA 4TRXA 5HFGA 3RPPA 2X64A 1SD9A 3HY2A 1A24A 2FWFA 3MWHA 1GTUA 5JWQB 1QMVA 1ILOA 4NAXA 5G1LA 4OCEA 3HJMA 1JLWA 5ECKB 2H8LA 3FKFA 2PPTA 2R37A 4XS4B 4YQMA 5AIXA 1GLQA 2VD1A 3D4MA 1EWXA 1B4QA 4IN0A 5B6MA 3L9SA 3QMXA 2HYXA 4O5RA 3KD0A 3IOSA 1Z6NA 1T4YA 1O81A 4IW9A 4OWYA 5ABRA 5FT3A 2H76A 4PQ1A 1QUWA 2LKUA 2OKAA 1UC7A 1GLPA 3FZ9A 1TI1A 3IA1A 3FHKA 5COHA 2LJAA 4TR0A 1GRXA 1PRXA 6GSYA 3IE3A 1HNBA 3D22A 4ZIJA 3F8UA 2B5EA 2X8GA 3TJKA 2PWJA 3GFKA 1SENA 1TTZA 4DSQA 2VLVA 4GQCA 3HVSA 5FWGA 4NHWA 2CVBA 2NDOA 4NMUA 4OD7A 1THOA 4X43A 3APQA 5IMVA 1KNGA 3RHCA 2QSIA 2DIYA 3KZQA 3GSSA 1BX9A 3DRNA 1A0FA 3CYNA 5HR1A 2HRNA 4EF0A 2EIOA 2HLSA 2LTKA 1HQOA 1IYIA 4RI7A 4WF4A 1X9MB 1ABAA 3D4TA 3TKRA 4I5QA 4BWSA 11GSA 2DBCA 2CZ3A 2GLRA 4HDEA 1GSUA 3TDGA 5GSTA 1ZYEA 2GSRA 1BEDA 1T7PB 3GA4A 3H4KA 2PU9C 4ML1A 2J9HA 4F0BA 3KTLA 1R5PA 1A8LA 4ILFA 1EP8A 4K8MA 7GSSA 3ZL5A 2AJQB 2L57A 1JZDA 5AN1A 2PBJA 4QL7A 2MZCA 4G19A 4XRDA 4I6XA 2YV9A 1V57A 3TJFA 2B5YA 4HZ4A 2HXKA 3DMLA 1VF2A 1J0FA 1ZMAA 1O73A 4EDYA 4HOJA 2YZHA 2R6KA 4K7IA 4K9ZA 4TR4A 3FEUA 3ZMLA 3WD6A 1DE2A 2OA7A 2V6KA 2K8SA 3CBUA 1K0BA 3QFBC 2PN8A 5ECRB 1TKDB 4MABA 1TK0B 3G7YA 3L9VA 1V58A 3ZZXA 1KBNA 1C72A 4TXVA 4GRFA 4AGSA 4HJMA 1EEJA 1XWGA 4V2MA 6GSTA 5IOXA 2YWOA 4HUAA 5DQYA 1M2DA 2A4VA 1PL2A 3FZ5A 1K3YA 2YPMA 4J57E 3QAVA 4KSOA 4WETA 1JFUA 2G0FA 4GSSA 2F51A 1ML6A 4Q5QA 3GX8A 3PH9A 3GKNA 3CRUA 4WBJA 3F3QA 4GSNA 5DVBA 3H1NA 2GSTA 3UVHA 2HI7A 2I4AA 3HXSA 3ISOA 4TVEA 1A23A 1T8EB 1DE1A 1X5EA 1B8XA 1WMJA 2ZUPA 1XOBA 2WULA 4NV5A 3TUEA 4ACSA 4EL1A 3UVTA 1GNWA 3GTUA 1THXA 5KN3A 3HZ4A 3W6GA 1VF3A 5FHIA 3U6VA 1VGLA 2CAQA 1PA3A 3IR4A 3LQ7A 3ZVJD 1Z7RA 3GH9A 4POKA 5J3RA 3HYPA 3VWXA 2DMLA 2ON5A 3IC4A 2GT6A 2CVKA 4IQ1A 4FH8A 3GKKA 1XW9A 3P2AA 2OBIA 4KDUA 3UIWA 2LRNA 5AISA 3IDVA 3TJGA 4KGIA 1ERUA 1ERTA 2MMOA 4EDZA 1TDIA 2P5QA 1YY7A 5INYA 3SBCA 5J4UA 2YJ7A 3VWUA 2QGVA 3G7JA 3A2WA 5ELGA 3C7MA 1FOVA 1O8WA 2LJRA 2I81A 1RK4A 1TK5B 5IMFA 3IK7A 1WRYA 2YOIA 3GTUB 4OO4A 3C1SA 2WFCA 2JADA 1LJRA 4WR5A 4JU5A 4IKHA 1A2MA 1SYRA 2VM2A 2RM5A 2KHPA 1AC1A 4LL1B 2FCHA 1ON4A 2OADA 3IBHA 3HZ8A 2DJ1A 2FD3A 12GSA 5CRWA 3QDNA 4OFTA 4KNDA 5ECPB 2B6MA 4K7OA 1SK0A 4MJBA 2DLXA 1IYHA 1OC9A 4HI7A 1YF0A 2DJ3A 2F8AA 1BAYA 1RQMA 1V40A 4ZB8A 2JU5A 2EIRA 1GULA 1NSWA 1YKCA 4ZL8A 2YWIA 2VAFA 2WJUA 1I9DA 2H0IA 1QXHA 3EINA 1XWKA 1ERWA 3TGZA 3F0IA 2WRTA 3LJRA 3FY7A 3ME7A 4EXJA 3F6DA 1JZRA 4DVCA 1UN2A 2V41A 4ZBBA 5JWRB 2GT5A 5HQPA 1WJKA 5JWOB 5LCZA 2DSAA 1AUCA 5D9TA 4I2TA 3C1RA 1OE8A 4I97A 3SWLA 1XXUA 3PR8A 4I2UA 1X5DA 2LUSA 4JE1A 2PUKC 3ERFA 3UEMA 4WKWA 1KTEA 4JRRA 5KEJA 4L0UA 4WF5A 2IWTA 3P8WA 1JZOA 4IBPA 4MK3A 1OC9B 2GGTA 2IIYA 1WP0A 1TRWA 1CQGA 3ZTLA 3BBYA 2GQLA 5HR2A 1M2BA 3KCMA 1SK2A 3GHAA 1U87A 2N5BA 4LMWA 3IV4A 2LEGA 1MDKA 3FK8A 4KDYA 3F6FA 1XWCA 2FA8A 3VI5A 3TRQA 2VO4A 1VF4A 3VK9A 3Q74A 4MZBA 4Q5FA 1TU8A 4GCIA 5IMDA 5B8AA 2GSSA 4HZ2A 4F0CA 2FY6A 2GDRA 3QD9A 5E4WA 5B7CA 1GTIA 3CXGA 4CHSA 2MMAA 2L6DA 4XCSA 4ISDA 3QR6A 1N2AA 2H1BA 3DXBA 3AY8A 1HYUA 1A0RP 2H0HA 3ZRDA 3A3TA 2RLIA 3UBLA 3HVXA 1NM3A 1XFLA 3GL3A 4RQRA 4IQAA 3BCIA 5GZZB 4KA0A 1OKDA 4GLTA 3M9JA 4JZQA 2VL9A 1S3AA 1TRUA 1Z6MA 1M9AA 5KN2A 3R2QA 2JL4A 2CA8A 1BQ7A 5D93A 2ZNMA 1ZGNA 2E7PA 1GUMA 3C71A 4NHZA 6GSUA 4MMMA 2WCIA 1G6WA 4PUAA 1ZL9A 3EE2A 2MYGA 4V1Ap 2YNXA 5ECSA 2NPBA 4FYUA 5JCWA 3PGTA 4KCEA 1JZWA 2TRXA 3VURA 3UBKA 1BG5A 2I3YA 2GZYA 1OC3A 5DJLA 5KN1A 1WE0A 1N8JA 3FR9A 2L5OA 4IVFA 2XBIA 4ECJA 1A8YA 2XPDA 5H5SA 3ZVJA 2CV4A 4ULXA 4Q5RA 3J7Yk 4AJ6A 5JCGA 4WBRD 3CSIA 3N5OA 2H73A 3ZLPA 1WWJA 3ZFLA 2OJLA 1F3AA 3Q18A 1MEKA 1GP1A 3P90A 2RIIA 4LL4B 2K6VA 2IJYA 4HQSA 2YZUA 4RI6A 2VLTA 3QOUA 5ECMB 2LRCA 2RUEA 2XC2A 3IAS2 1T3BA 3UJ1A 3I9V2 4LMVA 4QL9A 1GSYA 3QCPA 4IS0A 1Q98A 2CX3A 1YEPA 1F6MC 4MH2A 1EV9A 2HSHA 2FGXA 4DSRA 2C0DA 1PKWA 1R5AA 2VUPA 3MAKA 2C8UA 1ACVA 3TOTA 2B5XA 1OC8A 1USBA 1GNEA 3UARA 10GSA 1NHOA 3QAWA 4YAVA 1GWCA 1FAAA 3CSJA 5AIVA 1MD3A 5ELAA 4ECBA 1UVZA 3ED3A 1AW9A 3RBTA 2REMA 1PN9A 2E2GA 4ZBAA 2BJXA 3HHVA 1OYJA 5DCGA 2WS2A 2L4QA 1B9XC 3RDWA 3APOA 1K0MA 5J41A 3VFIA 3I43A 2V1MA 3VI7A 3ZIVA 1S3CA 1Y25A 1E2YA 1GSQA 1K0CA 5A4WA 1Z3EA 2GS3A 2J23A 2OBKA 5LD0A 1S3DA 3O76A 1TRSA 2C0FA 3TRXA 5ECLB 4TXOA 1MTCA 1PGTA 3GNJA 1K0DA 2H70A 2H1AA 2C3QA 3F3RA 3VWVA 2H6ZA 4OFNA 3A5WA 4N0VA 1Y6EA 1W89A 2K9FA 1NHYA 3FR6A 5CO3A 2V2GA 3TOUA 1J9BA 1R26A 4JBBA 1EGRA 3D0ZA 4F03A 4BWQA 2H72A 2WGRA 4WR4A 3D6IA 3KH9A 1EOHA 2C3NA 4EVMA 3DKSA 3L9UA 4F9ZA 3M3MA 5ID2A 2H19A 2A2SA 2FWGA 2CT6A 3A2VA 5ECOB 5IOWA 4L5OA 3I6AA 5G31A 4GTUA 2H75A 3UOMA 5IQYA 4PQHA 2A2RA 5CRDA 4PX1A 2AAWA 1SL0B 4L0WA 3GH6A 3M9KA 1DBYA 1QQ2A 1O6JA 1YQ1A 5DALA 3ZYWA 3DVWA 4KX4A 2FA4A 4LLRA 4MDCA 4KCAA 3O3TA 6GSVA 1BJXA 1MDIA 1URMA 1F2EA 4J56E 3GURA 3HJOA 2LSTA 2EC4A 4K0GA 1PMTA 2JZRA 2IMDA 3KMOA 6GSWA 3OR5A 1TP9A 1SYXA 2IMFA 1G6YA 2LNTA 1YZXA 4G2EA 4ECCA 4YQVA 1CQHA 3KIJA 1U88A 5ID2B 3GUSA 2B3SA 2AYTA 4PURA 2H71A 3BCKA 5HR3A 5DQSA 3WYWA 3KP8A 1ZOFA 1X9WB 2BMXA 2M80A 3LFLA 4V2LA 4Z7XA 17GSA 2R2JA 2EIQA 3WT2A 4NPBA 2DC5A 4XTSA 3F4TA 4POBA 1ZZYA 1G7OA 1VRSD 5IPHA 18GSA 4HEA2 4AJ7A 5AGYA 5F05A 5IMZA 13GSA 3GSTA 4ZB6A 1XZOA 1FG4A 3GKMA 1Z9HA 1K3OA 1X5CA 3IHQA 3M1GA 3KGKA 1E6BA 3WGDA 1X9SB 2VIMA 5DJMA 19GSA 2YP6A 2YWNA 2HZEA 5H5RA 2H0GA 3O6TA 1B4PA 2H30A 5HFKA 2XPEA 1QK8A 1PSQA 1XPVA 3VWWA 4MJCA 3W8JA 4GSTA 2KLXA 3D5JA 2KUCA 3TKQA 1U3IA 2Z9SA 1FW1A 2FWHA 2OACA 4ML6A 3DWVA 1HNAA 1G7EA 1TU7A 1AAZA 4FO5A 3UL3A 2LRTA 3GIXA 3EMXA 1XWBA 4TKYA 3TKSA 2FLSA 1EZKA 2V6OA 4ZXGA 1UA5A 6GSSA 2N5AA 3IXRA 4XS1A 3GYKA 2VCQA 1MD4A 3PINA 4PGTA 4HJ2A 3E3EA 2VD0A 3UMAA 3ZMKA 2CAIA 3DGQA 4X1UA 4DSSA 1R4WA 1TI3A 3S9FA 1GTAA 4IJ3A 2HNLA 3MDKA 4POLA 4K2DA 4V2NA 1TOFA 2HZEB 1U6TA 1O85A 2GQKA 2LQQA 1F9MA 1OKTA 1XW5A 3EYTA 3DEXA 2XHFA 3FZ4A 4YQUA 2AHEA 1GSFA 3VPQA 4KSMA 2VCTA 4E8HA 2MMZA 2C80A 3GKXA 4POMA 2LS5A 4G10A 1GUKA 4TN8A 3NOFA 2VL2A 4O32A 4IHUA 4TR1A 1WPIA 3UAPA 2FWEA 5EY6A 2QKEA 3KXOA 2B1KA 2IL3A 1DSBA 5GAPD 2X99A 3NIVA 4L8EA 3FRCA 4F2IA 4IP1A 4XS4A 2YANA 3G7IA 2HT9A 1O8XA 2O89A 4YAPA 4KAEA 2V32A 2C4JA 4MZWA 4DSSB 3L0HA 4ZL9A 4PUFC 2WDUA 4CDOA 4N11A 3KEBA 5JCUA 3TCOA 4JR6A 3HD5A 2YN1A 5G2ZA 5F07A 4XS6A 5CRHA 1YKAA 2VCVA 4Q5NA 1XIYA 2JACA 4HU7A 4MF6A 1R7HA 2HFDA 3ERGA 3EU3A 5D9XA 5HR0A 1T4ZA 2H6XA 1G0TA 2ALBA 1XWAA 5CREA 1PL1A 5ECIB 4BVXA 1ST9A 1TK8B 5G5EA 4AJ8A 1M0UA 2P31A 1FB6A 2AV4A 2P5RA 3HCZA 1GTBA 4TR1B 1EGOA 3VPTA 3TRPA 2C0EA 3K8NA 5A5KA 2GVPA 2H6YA 3GL5A 3HDCA 2C1YA 2O8VB 6GSXA 1YJ6A 3F9UA 4HS1A 5D8IA 2GTUA 5J5NA 4GXZA 3LYPA 2B7KA 3IK9A 2OE3A 1FB0A 3A2XA 4GF0A 1M99A 3RHBA 5F06A 4MJEA 5IMAA 1Q4JA 3LXTA 3L78A 2H66A 4PNGA 2LQOA 4ECIA 2PVOC 4RUVA 3IRAA 1K3LA 3EWLA 4NV2A 2C0GA 1WIKA 8GSSA 4MH3A 1EV4A 1TRVA 5IO0A 1SL1B 2IN3A 1FVJA 2D2ZA 3Q6OA 3KP9A 5DCHA 1B48A 4IELA 3C73A 1SJ6A 4K6XA 5CYYA 1SD8A 4TOPA 3F4SA 2L5LA 3LSZA 5C00A 3QFAC 2X8CA 4GWRA 1RW1A 2RUFA 1F3BA 1T1VA 4MLYA 2R5GA 5HFIA 3Q19A 2DMMA 3NZNA 1HD2A 2DIZA 14GSA 3APSA 5ENUA 4V1Ag 5G1KA 2K8VA 4IP6A 1SL2B 2IPAA 2JSYA 3HA9A 2YJHA 3E0UA 3TJBA 2MBTA 1XOAA 5EVOA 1FO5A 5A4UA 1PQNA 4PXOA 1EP7A 3P7XA 5H5QA 4MPFA 4IJIA 4KDXA 1SJZA 3C8EA 5ECNB 4MPGA 5ECHB 3GRXA 2H74A 1GSSA 3DYRA 2GZZA 2E0QA 3GMFA 4D73A 2HSYA 2PGTA 3BOAA 5IIZA 5IM9A 3QPMA 5E59A 5B8BA 2L4CA 4KH7A 2BTOT 3CMIA 3H8QA 2OE0A 3US3A 2G2QA 1LU4A 1T00A 5ECQB 4KB3A 5CNWA 4XHMA 5D9WA 3CTFA 1DUGA 3M0FA 1H4OA 3ZFBA 1GSEA 1A2LA 1SKSB 4KW6A 2CZ2A 1XVWA 2F3MA 1AQVA 1OVNA 2VL3A 3LEFA 2DJ2A 1U3AA 3EU4A 3CSHA 1PX7A 4WXTA 5IPGA 2R4VA 2GZPA 5CAXA 3LXZA 2YWMA 1JHBA 1JLVA 4CW9A 4RQXA 3N9JA 1VF1A 3HVVA 2ON7A 5A4VA 2FHEA 1TXXA 4JEDA 3LYKA 4GQFA 2VM1A 4D73B 3HJPA 1ZYQB 4J2FA 3MSZA 4O7HA 3F63A 2CVDA 1KEBA 1YF1A 2B7JA 1V98A 1EOGA 4O92A 2VCWA 2KP2A 3WGEA 5C04A 2I1UA 2VOCA 2PMTA 3DIEA 2R3XA 4TXOB 1TJDA 4WEYA 22GSA 2MMNA 3FZAA 4FYCA 5CRGA 3VLNA 2F9SA 5DBQA 2GSQA 2K18A 2FUG2 3KH7A 2O7KA 3IAM2 2E2MA 4FIWA 4ZL7A 4ZBDA 3ERWA 5J9CA 5IO2A 2B1LA 2LNSA 4X0XA 4EE0A 2IMKA 1XCCA 3M8NA 1PD21 4G9HA 5DAKA 5L71A 2P0GA 3EURA 1BYEA 3DVXA 4EO3A 3FR3A 2QC7A 2JZSA 2IFQA 3ZIJA 4OFMA 3I69A 1XVQA 2KOKA 2IMEA 3LORA 2IMIA 3LWAA 4TR3A 4OO5A 1LBKA 5D96A 3WT1A 3LG6A 2H1GA 5J9BA 1EEMA 4NWYA 4F82A 1OE7A 3TB2A 4I8BA 4N10A 3FW2A 4NXIA 1YEXA 1FHEA 3GN3A 3KM6A 2XBQA 2O87A 5DALB 1AQWA 3TKPA 1B9YC 1GL8A 3ME8A 16GSA 1H75A 4BA7A 2AUVA 5F8BA 5D9VA 4ZB9A 3EVIA 1M7TA 2HRFA 1M2AA 2O85A 3J7Yb 4KUNA 5G5FA 2YV7A 9GSSA 3W8SA 4N0ZA 1GUHA 3V1WA 1WOUA 4MCUA 1MDJA 4P3YB 5DAKB 2FNOA 4L5LA 2HZFA 3GV1A 2M46A 2C3TA 4EKZA 4AF2A 1Z7PA 5CP1A 4BPYA 1K0AA 2AB6A 3QAGA 3DD3A 2IFQB 2ES7A 5G30A 1X0RA 3WGXA 3EMPA 2F8FA 3BD2A 5F0GA 3TKSE 4EC0A 4ID0A 4MJAA 3CTGA 1W4VA 4PQIA 5D73A 2LJKA 3FYGA 1OAZA 1AIUA 3G9BA 1V2AA 4OCFA 5EPFA 2I9HA 1HNCA 2MBSA 1F37A 4JR4A 1Z5YE 2H01A 4MF5A 1AXDA 3TKSC 5GAND 3EC3A 3F4RA 1K0NA 1I5GA 3RPNA 4H86A 4BL7A 1M9BA 3IPZA 4HQZA 1QFNA 2KP1A 3E9JB 1XBSA 2OE1A 2VCZA 2DJJA 3H93A 4QQ7A 3LGCA 3CRTA 1SU9A 2N5FA 3GX0A 1SK1A 2L59A 2TIRA 2CX4A 5GSSA 2TRCP 3ZREA 2NTOA 4MF7A 4K0NA 2VLUA 1J08A 4MZCA 3ZITA 2GQMA 3MNGA 4IGJA 2NVLA 2NBSA 3KMNA 2M72A 5LNKe 4MA9A 4OMVA 4XIHA 1TW9A 4TW5A 1GSDA 4YH2A 2YCDA 2WZ9A 1A2JA 1QGVA 3BJ5A 1XW6A 1NW2A 2HE3A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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