3TTLA

Crystal structure of apo-spue
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
b'SLHIYNWTDYIAPTTLKDFTKESGIDVSYDVFDSNETLEGKLVSGHSGYDIVVPSNNFLGKQIQAGAFQKLDKSKLPNWKNLDPALLKQLEVSDPGNQYAVPYLWGTNGIGYNVAKVKEVLGDQPIDSWAILFEPENMKKLAKCGVAFMDSGDEMLPAALNYLGLDPNTHDPKDYKKAEEVLTKVRPYVSYFHSSKYISDLANGNICVAFGYSGDVFQAAARAEEAGKGIDIQYVIPKEGANLWFDLMAIPADAKAADNAYAFIDYLLRPEVIAKVSDYVGYANAIPGARPLMDKSVSDSEEVYPPQAVLDKLYVSAVLPAKVLRLQTRTWTRIK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Basis of Substrate Binding Specificity Revealed by the Crystal Structures of Polyamine Receptors SpuD and SpuE from Pseudomonas aeruginosa
pubmed doi rcsb
molecule keywords Polyamine transport protein
source organism Pseudomonas aeruginosa
molecule tags Transport protein
total genus 111
structure length 335
sequence length 335
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ttlA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ttlA02
3K02A 4NF8A 5KCJB 1URSA 1LAFE 2XX7A 3ILUB 1R1NA 5HPQA 2Q88A 2DE2A 3ILTB 4XKQA 1B2HA 3FATA 4ZEIA 2OK2A 3FXUA 1II5A 2XXXA 4GVOA 2UVIA 3O97A 4U21A 3RLFE 5BWJA 3B6WA 3T96B 1DPEA 4TOZA 4OVJA 3IJOB 5IKBA 2XXUA 3H4ZA 4F1UA 4YB5A 3W9WA 3BKIB 1SI1A 3QUFA 2XD3A 2DWAA 3VXBA 4GQOA 4G8NA 3VVDA 4FEDA 5DVIA 4QFPA 3K1PA 3K6WA 5L8DA 4FATA 4H67A 1MY0A 4IO7A 3EN3A 2RKMA 3TQWA 3M8UA 1FQCA 2OCUA 3ZKLA 4YMAA 2H5YA 1N3WA 2PT1A 1MY2A 1US5A 2I6EA 1XVYA 4G8MA 1MPBA 2I0BA 3MBPA 1MDP1 3JYRA 4HW8A 3CSBA 3Q26A 2QMWA 2X7QA 1DSNA 3N6TA 1QUJA 4OWDA 1B6HA 4EUOA 1TXFA 4N6PA 5I57A 1LFGA 4QSCA 1I6QA 3KSJA 2X7PA 3CR9A 3SEWA 1JW4A 2RINA 3RN8A 4F31B 4M4GA 4MBPA 1GVCA 1ZJLA 5ICQA 1BIYA 1QUKA 4KYSA 4U23A 4FECA 2XXWA 1YCJA 2AL4A 3PPQA 1JW5A 1RYXA 1B40A 3HSTA 4R9FA 4JSDA 3UN6A 3O6GA 5AE4A 1Z7NE 2DYXA 2RCAA 1B5JA 1UTBA 3JZJA 3G3IA 5TP9A 1M5BA 1OVBA 3HO7A 5AA4B 1Y20A 3G3GA 3O6HA 4YMBA 3VDFA 3DELB 3FIRA 1S7YA 2XXRA 3K6XA 3OSQA 1Y1ZA 2A5TB 2QMXA 3MP1A 4GL8A 1J1NA 1T0KA 4GXAA 3B6TA 4PETA 3E9XA 3H7MA 3AXFA 4BLAA 3HV1A 1P1NA 3TUSA 4G68C 5LOMA 1ZU0A 2B65A 3G3HA 3Q25A 3USDA 4R75A 4HTGA 3IK6B 3OD7A 3GLBA 3C33A 4O3BA 3FZVA 4YB6A 2FYIA 3OO9A 4NMYA 2M8CA 3A09A 4FEBA 4NF4B 3TQLA 1NH8A 1Z7ME 2OJTA 4MLQA 4P11A 1F9BA 1GV8A 3T93B 1MY3A 2RF1A 4AB6A 2XHDA 3CRBA 4F3GA 3KG2A 1N3XA 1B58A 3SDFA 4IO3A 5K2XA 5KZTA 4ESXA 1MXZA 1B05A 5B70A 3M3LA 3SEVA 1NNPA 3LSWA 4ECFA 1Y1MA 1QUIA 1B51A 1MPCA 4R9GA 1VSOA 3RQTA 4EXLA 1N76A 4C1TA 3IB1A 4ZEDA 3G3KA 2ZNUA 1D9VA 1WDNA 3C31A 3OO6A 1H43A 3PUWE 1UTHB 4RK2A 5I2KA 5EHSA 5JTYA 3U72A 2R9JA 4AB5A 2DWHA 2B3FA 3KBRA 2XX9A 1B4ZA 4NF6A 3RPWA 2P0SA 3MP8A 2PX1A 3PUZE 3U93A 1OVTA 4OFLA 2V3QA 1MQHA 5H8QB 3O9PA 3KZGA 1D9YA 1OIBA 4ISUA 3HCQA 1O63A 4UA8A 3RY3A 3HPIA 2AL5A 3IO6A 3TDJA 2UXAA 3T22A 3RUMA 4R2FA 3H6UA 5H8HA 1LFIA 1EZOA 5I56B 4DXUA 4I1DA 4JWYA 5TPAB 5CMKA 3CVGA 4IGTA 1ZLQA 4DCXA 2HAUA 1VFDA 1P1QA 4G68A 4OFJA 3TAJA 4GRKA 2O1MA 3FXRA 4R6KA 2P1SA 3IB2A 4WEPA 1DTGA 5L9SA 4ZE9A 2DVCA 3VLVA 1P99A 3VE1B 1N7WA 1NNKA 1SW1A 4OQOA 4EF1A 1IEJA 1TFAA 5H8NA 4ELRA 3OEMA 3TTLA 5I58B 2Z23A 1JETA 3GXAA 1LBBA 4BDMA 1MXVA 1NH7A 1B0LA 4YU0A 3MP6A 4XIGQ 5DYHA 3TYHA 4Z0IA 1B7ZA 1POTA 2QL3A 5H8FB 4F3BA 2R71A 3EQ1A 1PC3A 3FV1A 1R6ZA 2Q8JA 1LFHA 1MS7A 4G4PA 3TMGA 2Y7PA 1JEUA 1URGA 4NE4A 4QSEA 3QAXA 4XKNA 2XXYA 2NXOA 4XKRA 2GHAA 3CG1A 3K4UA 1AIVA 3CG3A 1LAHE 2Z8DA 4ZZAA 4NWDA 4QSDA 4EF2A 4KCCA 4PFUA 2PVUA 1PDAA 3EHUA 2I4CA 3BFUA 3KOTA 5FHNA 3EF7A 3U8QA 4ZECA 3C9HA 3DM0A 4X48A 2VHAA 4DZ1A 1FQBA 1MQGA 3Q27A 3ZKKA 1FCKA 1LLSA 1M5EA 1DPPA 4BDQA 1MY4A 4TLMB 2NVUB 1ZTYA 4YB7A 4ONYA 4OESA 3K6VA 4KQPA 1DMBA 4F22A 3PUXE 3TELA 4HCWA 4NWCA 3CSGA 5ELVA 2VGQA 3OOAA 1EZPA 3C4MA 2NWJA 4BDRA 4ELOA 3T66A 4MFIA 4QFOA 1OLAA 2OWTA 1TWYA 1MQJA 4GOTA 5AA2B 3R6UA 3VXCA 4N07A 4WXJA 2DS9A 5TU0A 1L5TA 3IORA 3IJXB 1CB6A 3FVOA 3M3KA 3KGCA 5I84A 4LZ5A 1JNFA 2GHBA 1R9LA 1B52A 2O51A 1B3LA 1FTOA 3U94A 1TFDA 3KN7A 3OELA 2DOJA 5AA3A 1FTJA 1QKBA 3KFMA 5HBCA 5CMCA 2XXPA 3MC2A 2I3WA 2A5SA 2I49A 4EXKA 3E13X 5JEIA 2V84A 4LATA 4LQ5A 3I6VA 4DDDA 3TFLA 2ESNA 4P0GA 4Q30B 4YZZA 4F39A 2ABHA 1XT8A 3FGSA 4U22A 3O6IA 4NF8B 3B6QA 4H1XA 3PUYE 1HSLA 2REGA 3L6HA 3FASA 4FORA 3QK6A 2W7YA 4DXCA 1QKAA 3C32A 1IUDA 2H25A 3TCGA 4IO5A 2HZLA 1PBPA 3PPPA 4RNSA 1SDXA 3UORA 1Y4TA 3CFZA 3PPRA 3OO8A 3R7XA 4RPNA 1Q1KA 1OQHA 2OWSA 4F1YA 4F1VA 1B4HA 3C35A 3PD8A 1HSEA 1LCFA 2V3UA 2Z22A 1OMPA 1B1HA 3UP9A 1QVSA 1UIUA 4YKJA 2QPQA 1VE4A 4LVQA 4QHQA 3PPNA 4FIMA 4KYDA 3P7IA 3KJTA 3LSXA 1B3FA 1MY1A 2XD2A 3TKDA 3SEXA 3EHSA 3H3GA 1Y3NA 3UIFA 1ZMGA 5CRYA 4U1ZA 4OZ9A 3GZGA 4GD5A 4R73A 1LAGE 3TTNA 3EHTA 4LQ2A 3G3JA 1D4NA 2OBGA 2O68A 3I3VA 2Q9TA 4H8JA 2F8DA 1M5FA 4OTEA 4ESWA 5I2NA 2AIXA 4NF4A 1H45A 2B3BA 2Y84A 2ZYOA 5A5XA 1SW2A 1QW0A 4G2ZA 3KOSA 4KPTA 1WVJA 5CM6A 1ELJA 4ZE8A 3ECRA 3RT8A 1I6BA 4BDOA 5ISUA 4X9TA 5I57B 4RJZA 2Z8FA 3G3FA 5FHOA 2ONRA 3ZSFA 1CE2A 4H5FA 4QF9A 1B9JA 2DWIA 5DEXB 3IOVA 3OXNA 2O7UA 2UVHA 2NOOA 3FJ7A 1HSJA 3H6TA 4PQJA 4Q5TA 1A7LA 4Z7EA 1IQ7A 1JVXA 3LSFB 4X1BA 1IXHA 2UVJA 1LCTA 5KDTA 1LBCA 3N5LA 4C1UA 2O69A 3FJGA 1MQDA 5F1QA 3LUYA 1UTBB 4OERA 3T9XB 5L9OA 3FD3A 3TPAA 5CBSA 1USYH 4K3FA 2THIA 1QULA 2ZYKA 3FV2A 1TT1A 2YJPA 1R9QA 4EQBA 1SBPA 1VFEA 5J1DA 4H5GA 2IEEA 2Q2AA 2CMOA 1EU8A 5H8SA 1H3DA 2O84X 3MUQA 1ZBMA 1MQIA 1OQGA 1BTJA 4GXSB 3H06B 3RGYA 4FAJA 2QS1A 4KCDA 5M2VA 2UYFA 2ZNTA 2F7AA 4NF5A 3GBAA 2DWJA 1BLFA 2DP8A 4LA9A 3RNNA 1BKAA 2NUVA 4JSOA 4XTCQ 3N94A 5EHMA 5BUUA 2I3VA 3SEYA 3ZS6A 4RA1A 3TODA 4KR5A 3TTMA 1I69A 1FQFA 2ZNSA 2VD3A 3KN8A 2YPNA 2IA4A 1SD3A 2O7IA 2F78A 3H03A 3JV9A 3K00A 3FJMA 2H99A 2PYYA 4QRZA 3OMBA 3I5OA 4H6DA 3RT6B 1JEVA 2H4IA 2OLBA 4FJPA 1LB9A 4C0RA 3E4RA 3TCHA 3ODBA 1MPDA 1FW0A 4E0XA 1SYHA 1AMFA 4ZS9A 4XKPA 2HQ0A 3DLNA 2V93A 1PBQA 4ZEFA 1AOVA 1N04A 2QRYA 3CFLA 4LZ8A 4JB7A 3N6UA 3HN0A 5I59A 3RTWB 4RYAA 2QS4A 1IZ1A 4U2RA 4IGRA 2V3TA 3O66A 2ZXTA 4YKPA 5I2KB 5JTYB 4ELQA 2Q2CA 3CI8A 2ZMBA 4NF6B 5ICTA 3MVWA 2DVZA 1SYIA 1KWHA 1LSTA 2XXQA 3H6WA 1FTKA 3B7DA 4F2QA 3IOTA 1B46A 4KI0E 4RPOA 4JXIA 1QJMA 3SESA 4M1VA 1O64A 4R74A 4TQUQ 2H98A 2Z8EA 3OENA 1POY1 1IXCA 4RK9A 1MXWA 3VFJA 5KCJA 1MM7A 2ANJA 1SW5A 1B5IA 2P2AA 5H8HB 2UVGA 4IB2A 1M5CA 2DE4A 4PP0A 4OMBA 4GL0A 1IITA 1IXGA 5B7DA 4DIGA 4G68B 2Q89A 1M5DA 3D4CA 3ONMA 3SKPA 3OSRA 5CMMA 1MXUA 3V83A 3TTKA 1LAXA 1OLCA 4MH5A 3VVFA 4BDNA 2ONKE 1NNFA 3PU5A 3FUZA 4HS7A 4YICA 2F6GA 2DXRA 1Y9UA 4MF3A 1Y3PA 3SETA 1NMUA 1EH3A 3VLUA 1H76A 1US4A 3PMXA 2Y7KA 2AYSA 4KHZE 4DE8A 3W15C 2DE3A 4IY5A 2YLNA 2RC8A 3K6UA 4XXUA 5IAIA 5AA2D 1A8EA 2QS3A 3IAZA 4OFOA 4ZDMA 1S50A 4UACA 1D3KA 3HHFA 4F29A 5JK4A 4DXBA 1NNTA 4PFYA 4Q0CA 1SVXB 1IIWA 1JQFA 2O6AA 3MVXA 2QJEA 3QSLA 3KEIA 2ALUA 4GF8A 3MZBA 1ATGA 3SERA 2F97A 3LC8A 4GIZA 2FNCA 1LB8A 1URDA 4L17A 4IO4A 4THIA 1GGGA 4G77A 2DQVA 4ND9A 1YPNA 3PD9A 4R6HA 3EPEA 1B3EA 3FXQA 3S9LC 3THIA 3MPKA 3DP6A 2WKYA 1N84A 1DTZA 3HHGA 3S9EA 1Q35A 2HZKA 2VD2A 3C34A 3IOWA 1MH3A 4F3SA 4ZEKA 2I48A 1ANFA 4POXA 4FE8A 1GTKA 3L6GA 4F19A 3A3UA 5FTIA 5AA4A 1FQDA 2GRVA 1B7HA 1B5HA 2D3IA 4POWA 5HM4B 5DTBA 1P1UA 2G29A 4QFNA 2XXIA 4OETA 3KN3A 1NL5A 2PT2A 2A5TA 1JW1A 3BBRA 3MZ9A 3MJNA 3WAFA 1XHYA 4U4SA 4JWXA 2DXYA 1P1WA 1IXIA 3IO4A 1I6AA 3U1OA 1MG1A 3K01A 1RYOA 1XS5A 4KYEA 4R6YA 3MAMA 4MLVA 5CMBA 5DEXA 2XXTA 2GH9A 3MQ9A 4EQ7A 1PB9A 4U1OA 3RTFB 4EQ9A 2BJJX 4IO2A 3PPOA 1GR2A 4GWOA 1B1XA 3VV5A 2RC9A 4GFRA 2VOZA 4G8HA 1A99A 2X26A 4ELPA 3MVZA 1B3GA 3U92A 2E1SA 4H8IA 3S9MC 5ITPA 2HEUA 3O28A 2LAOA 3PGFA 4P0IA 2HXWA 1NKXA 4R72A 3IX1A 3PUVE 3T9UA 3S2VA 4O3AA 3T9VA 1BP5A 3A3CA 4OYVA 2GFEA 2V25A 1A54A 2PMSA 2ZYMA 3K0VA 3MVYA 3FVNA 1SQYA 3UA8A 1P1OA 3TTRA 1N0TA 4QFKA 4LP2B 3LBSA 2RC7A 2F35A 4N13A 1PEBA 5CI5A 4F2OA 4GLIA 1AH5A 1UTHA 2I0CA 1PB7A 5TP9B 4JDFA 1ZKBA 4OENA 5I2NB 3W9VA 4LZ7A 3M3FA 2Y7IA 3IL1B 3VLWA 2O1LA 1UQWA 4TLLB 2F34A 1Y4CA 1UIVA 5H8QA 3PMWA 5A5XB 4EDPA 1JVYA 1MXXA 2Y7WA 3K2DA 2FA7A 2UYEA 2HAVA 3KSXA 4KFQA 3G7WA 3UGWA 3TZAA 4NEDA 1MM6A 4U4XA 3Q29A 5I56A 2G93A 5TPAA 4H0WA 1A40A 1FQEA 4O3CA 3QXMA 2ONSA 2QSXA 1SI0A 4H65A 4RXLA 4LUBA 5K2YA 1N7XA 3OO7A 2XX8A 2Y7RA 3T9HB 4WEDA 4X1DA 5KDTB 5DVFA 2F7CA 4JWOA 3GBBA 4R2BA 3C36A 2VP1A 4DLDA 1WODA 5F7VA 5DT6A 5I58A 1MDQA 4OEVA 1VR5A 2ZYNA 3QUJA 4F3PA 3CIJA 3VVEA 3TCFA 1FQAA 4E0WA 5L9MA 1MH4A 3DP8A 4I62A 5H8FA 1MXYA 3PMVA 2DSFA 3D4GA 4LONB 4AQ4A 1FTMA 3V89B 2R6GE 4I9DA 3V8XB 1S9TA 2RCBA 4BDLA 1MRPA 1A8FA 5CC2A 4Q8RA 4NF5B 5DVJA 1H44A 4PFTA 4KD5A 3IB0A 4IY6A 1LGBC 2I4BA 3MPLA 4YAHX 2F36A 1AL3A 2PBWA 3WAEA 1B3HA 1O7TA 1B32A 1FTLA 3IR1A 2OZZA 4DCYA 1SW4A 3TEPA 4YKIA 1Y3QA 1YAEA 1B0HA 1PB8A 3O2AA 2F5XA 4OEUA 3DP4A 5FTHA 1USYE 2F6PA 1RKMA 4I8CA 3K1NA 2D21A 3N26A 3Q28A 3SEUA 2XXHA 3O29A 2D5WA 2HCAA 3FVKA 3S4UA 4YKKA 4JBZA 1DOTA 3R26A 3MW0A 5ITOA 1EZ9A 4QFLA 2E0SA 2H9BA 3F11A 3E3KA 2F7BA 2QS2A 3QIMA 5AA2A 3V5AA 1ZIUA 3BFTA 5FHMA 4HCYA 4PE5B 2REJA 3FVGA 4OHNA 4IO6A 1XC1A 1XVXA 4ZZEA 4WKMA 5I59B 1NFTA 3S9NC 3H6VA 2KLFA 3MWBA 3KJ7A 3LR1A 3OEKA 2I58A 5H8NB 4OXVA 3K1MA 1XOCA 3IOUA 3QYTA 3CFXA 1B7UA 3PV0E 1YTVA 2CZLA 5EYFA 2XXVA 4PFWA 2HFBA 4RY1A 5AA1A 3LSLA 4NTLA 3MZ1A 4ZEBA 4F18A 3UK4A 5CBRA 1A55A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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