3TTMA

Crystal structure of spud in complex with putrescine
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
341
structure length
341
Chain Sequence
DNKVLHVYNWSDYIAPDTLEKFTKETGIKVVYDVYDSNEVLEAKLLAGKSGYDVVVPSNSFLAKQIKAGVYQKLDKSKLPNWKNLNKDLMHTLEVSDPGNEHAIPYMWGTIGIGYNPDKVKAAFGDNAPVDSWDLVFKPENIQKLKQCGVSFLDSPTEILPAALHYLGYKPDTDNPKELKAAEELFLKIRPYVTYFHSSKYISDLANGNICVAIGYSGDIYQAKSRAEEAKNKVTVKYNIPKEGAGSFFDMVAIPKDAENTEGALAFVNFLMKPEIMAEITDVVQFPNGNAAATPLVSEAIRNDPGIYPSEEVMKKLYTFPDLPAKTQRAMTRSWTKIKSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Basis of Substrate Binding Specificity Revealed by the Crystal Structures of Polyamine Receptors SpuD and SpuE from Pseudomonas aeruginosa
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Pseudomonas aeruginosa
molecule keywords Polyamine transport protein
total genus 122
structure length 341
sequence length 341
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ttmA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ttmA02
2ONRA 4H65A 2HZKA 4R9GA 2RC8A 3RNNA 1SDXA 3O66A 4IO6A 3Q26A 1QKBA 1JW5A 3TCFA 4GWOA 1H45A 2Y7PA 4F2OA 1LAGE 4NF4A 4LATA 1ANFA 4OFOA 3B6WA 4U1OA 3CI8A 3MP6A 1MPCA 2AYSA 2QSXA 2M8CA 1LCFA 3RTWB 4R72A 4G2ZA 1IXCA 2HAVA 3IO4A 4BDRA 4F3SA 5F7VA 5IAIA 1Y4CA 2P2AA 1A7LA 3W9VA 5I2KB 4K3FA 1PB9A 4G68A 2UVJA 2D21A 4YZZA 2GH9A 4GOTA 3CG1A 1URDA 4R2FA 4DXBA 4YMAA 1SW2A 4P11A 3S9NC 1MQJA 1Z7ME 4P0IA 3KGCA 3TEPA 4H0WA 3O6HA 3IB1A 3M8UA 1YPNA 4PFUA 1FTLA 3Q28A 4IO5A 3L6HA 4O3CA 4ZE8A 1BIYA 3OELA 5IKBA 3JZJA 4DCXA 1UQWA 3H6UA 2IA4A 4QFOA 4ZE9A 3UP9A 2OJTA 1NH8A 1RYOA 3UGWA 5KCJA 5L8DA 1ELJA 4I62A 2X7PA 3OEMA 1M5BA 1DTGA 2QJEA 3CG3A 4R9FA 3FGSA 3A09A 4NWDA 1EH3A 1XS5A 3AXFA 3C33A 1UTHA 2ZYMA 4C1TA 3VLUA 3MUQA 3KJTA 5EYFA 1R1NA 1NNFA 3G3FA 2DWJA 4NF5B 1IQ7A 4R6KA 4R74A 1FQAA 1N84A 4FEBA 3FVKA 1MXVA 1N0TA 4EF1A 4U21A 3FJGA 1B0HA 5HPQA 2DWAA 3FVNA 5H8NA 4ZEDA 1GGGA 1SW1A 1B3EA 4ZEBA 4QRZA 3KJ7A 3T9HB 3EPEA 1Y1ZA 2OZZA 4AB6A 1PEBA 3HCQA 4IY5A 3VXBA 1JETA 2I4CA 1HSEA 3O29A 1IZ1A 4H6DA 3EQ1A 5H8FA 3RUMA 2D5WA 2RINA 1GTKA 3G3IA 1USYH 4U2RA 1UIVA 3LSFB 4N13A 1YCJA 2X26A 1BLFA 1US4A 3FUZA 1DOTA 1CE2A 2I58A 4E0XA 3O6IA 3FVOA 1Y4TA 2F34A 3SEXA 4NMYA 3OO6A 1SYHA 2X7QA 3U94A 2PT2A 2CMOA 3O97A 3HO7A 3PUZE 4JSDA 1IXHA 4M1VA 4DIGA 3PV0E 1Y9UA 4U1ZA 4FJPA 3V8XB 1LB9A 1A8FA 4NWCA 3IX1A 4EQ9A 2RCBA 4JSOA 5AA2D 5I2NB 4C1UA 4KCDA 3SDFA 4F1VA 3TCGA 2F6GA 2NVUB 3I3VA 4TLLB 4WEDA 2VHAA 3K6UA 1DPEA 3JV9A 2OCUA 1POY1 2YLNA 3L6GA 3RQTA 2XXWA 3C34A 4KFQA 1P1UA 2DXYA 3C9HA 3RGYA 3LBSA 3QAXA 1S7YA 2RC7A 4NF4B 1JW1A 3LUYA 3LR1A 2QS3A 1LSTA 3RY3A 5FTIA 3PPQA 4I9DA 3KZGA 1QJMA 3VVFA 3MC2A 3DP8A 5CMBA 4JWXA 2F5XA 2KLFA 1R6ZA 3K02A 3BBRA 3EN3A 1VFDA 2V25A 2ANJA 1B6HA 4M4GA 2AL4A 2NOOA 3CRBA 4KI0E 4H5FA 1J1NA 2O51A 1RKMA 3IJOB 4H1XA 4GRKA 3DP4A 3ZS6A 4BDOA 4LP2B 5DVFA 5KDTA 1LAHE 2V93A 4G8HA 4QFNA 4H5GA 2VD3A 5K2XA 1MY0A 2I4BA 2H98A 3TCHA 3RT6B 2RF1A 4GXSB 3O2AA 4RXLA 1UIUA 3O9PA 3VLWA 1B5HA 1I69A 1B3FA 4RJZA 2H25A 3H6WA 5AA4A 5DTBA 1MQIA 1TFAA 1B7HA 1OLAA 4UACA 3K0VA 4GLIA 3ECRA 3CVGA 4IO7A 4U4XA 4FEDA 1LFHA 1B5IA 3USDA 3OO8A 2HQ0A 3HHGA 4G8NA 4KR5A 2I0CA 1UTHB 2DOJA 3PPOA 4RK9A 1B9JA 1AH5A 2DE3A 3H06B 1MH3A 3N26A 3MVWA 2I48A 2Y7IA 2E0SA 3IOUA 1B1HA 1XVYA 5I56B 1OLCA 3H4ZA 5H8NB 4WXJA 1MDQA 1HSLA 4EUOA 5I57A 5H8HA 2ZYKA 3A3CA 5JTYA 1YAEA 4U23A 2XX8A 2XXQA 3FD3A 2Q2AA 3KSXA 3FXUA 1JEUA 2Y7WA 4OESA 3IK6B 4QFLA 2DE2A 3E9XA 2F7AA 4MF3A 3K2DA 2I49A 4BDLA 2V84A 1USYE 3FZVA 1LFGA 4G77A 1MM6A 5BUUA 4H67A 4LZ8A 1P1WA 3PU5A 4NF6A 1ZKBA 4XKPA 3U1OA 4GF8A 4R75A 3GXAA 3G3HA 3TTLA 2ZNUA 3VV5A 1SI1A 1LBBA 1B5JA 2OK2A 2ONKE 4GIZA 3TQWA 1MM7A 3UA8A 3DM0A 4YU0A 3D4CA 1H3DA 2GHBA 5CBRA 1FTKA 2ESNA 3GLBA 2YPNA 2Q88A 4EXKA 2DQVA 4KYSA 4F3BA 3OMBA 2O6AA 1MQGA 4KYDA 5FHOA 3V83A 3FV1A 3KN8A 4NEDA 3CSBA 1MH4A 1LB8A 1NNPA 4AQ4A 4RPNA 1O63A 3IOTA 1AIVA 2P1SA 1N3WA 1OVBA 3HV1A 5DVIA 3OD7A 5I58A 4POWA 2VOZA 3RPWA 2IEEA 4FECA 4YB6A 4GXAA 1II5A 3B7DA 4ND9A 3R6UA 3DP6A 1R9QA 1FQCA 3H6TA 2FA7A 4POXA 2RC9A 3QYTA 4QHQA 3MW0A 4R6HA 4YKJA 1B51A 3CR9A 1B4HA 1TXFA 4BDQA 1FTMA 3C36A 1US5A 3MVYA 4G8MA 4G68C 1MQHA 3PGFA 4FATA 2OWTA 4IO2A 1P1NA 3Q25A 3KG2A 4X1DA 3QXMA 4QSCA 3B6TA 4MFIA 2HXWA 4MLVA 4ZEKA 2ONSA 3MVZA 3BKIB 2DS9A 1MY1A 3VXCA 4OMBA 3RT8A 5HBCA 2THIA 3HN0A 3MZBA 4MH5A 3V5AA 1T0KA 1EZPA 3TQLA 3IAZA 4E0WA 5H8QA 5AA4B 3TDJA 2DVZA 4OYVA 2ZXTA 3T96B 3MVXA 3QUJA 2DWIA 4YICA 4JXIA 2Q2CA 4GQOA 3MPKA 2XXYA 2F35A 2D3IA 3PPNA 3OXNA 5AA2B 2V3TA 1SI0A 4FORA 3EHUA 4H8IA 5L9MA 4I8CA 4DDDA 3MZ9A 1AOVA 5LOMA 3T22A 4EXLA 4ELPA 3IB2A 1B3GA 5EHMA 5DEXB 5EHSA 3RTFB 2ZYNA 4OFLA 3FASA 3HSTA 4F22A 3EHTA 3KBRA 4IY6A 3PUVE 1AL3A 5DVJA 1N76A 1M5FA 1GR2A 3ZKLA 1M5CA 2VP1A 5CI5A 2NXOA 5I57B 1B46A 5JTYB 4N6PA 4C0RA 3MPLA 1Z7NE 4DCYA 1PBQA 1ATGA 3PUYE 1O64A 4DZ1A 4ZEFA 1UTBA 1IXGA 3EHSA 4DE8A 4AB5A 4ELQA 1XOCA 1JVYA 4NF8B 4KYEA 1H44A 1LLSA 3Q29A 2FYIA 4ELRA 3SEYA 3E13X 1NNTA 4Q0CA 1N3XA 4IGTA 2QS1A 2XXVA 3PD9A 4OXVA 4NF6B 4ECFA 1TT1A 4I1DA 1MXUA 4LZ7A 2UYEA 2PVUA 3K1MA 1I6QA 2XXIA 3UN6A 2HZLA 2OLBA 3F11A 2DE4A 1PDAA 3N5LA 2HEUA 3SEVA 4DXUA 1TWYA 2I3VA 3QK6A 2Z23A 1FQFA 3TPAA 4JB7A 3LSWA 3PPRA 2Q8JA 4ZEIA 2Z8EA 4KHZE 2XD3A 3TTKA 3O6GA 4O3AA 5JK4A 1B32A 3KEIA 3TTNA 1VSOA 2QMWA 4G68B 3C31A 5AA1A 4JBZA 1KWHA 1LAXA 4QFPA 1B0LA 1DPPA 5CRYA 2B3BA 3MBPA 4KQPA 2REGA 1MQDA 4OTEA 1JQFA 3PUXE 4FE8A 1LAFE 3FV2A 4EQBA 2VD2A 3S9LC 3UK4A 3CFLA 3K00A 1POTA 5AE4A 5L9SA 3H6VA 3JYRA 1NKXA 1A55A 3SKPA 4FIMA 1FQBA 3FATA 1FTOA 2H5YA 1Y1MA 4R73A 2F36A 3QUFA 3KOSA 3M3FA 4LVQA 1EU8A 5KCJB 5L9OA 3TMGA 5FHNA 2UVIA 2PMSA 4IO4A 4F29A 5DT6A 3PMWA 3WAFA 4XXUA 2R71A 1M5DA 4TQUQ 4EQ7A 2H4IA 3Q27A 1B3HA 1FQEA 1FTJA 1EZOA 4IGRA 4O3BA 3T9XB 2H99A 4Z0IA 4HCWA 5CMCA 1LGBC 1CB6A 1SQYA 1BKAA 2I6EA 2PT1A 3OO7A 4ZZAA 4EDPA 3VE1B 4F31B 4U22A 1F9BA 5ITPA 4PE5B 5H8QB 4HCYA 3QSLA 3TELA 2NUVA 1IITA 4Q8RA 4JDFA 5ELVA 1OIBA 3SERA 1I6BA 1Q35A 2V3QA 2QL3A 1MS7A 2O7IA 4GD5A 5I59A 1MY4A 1ZLQA 3W15C 1MY2A 1PC3A 2O7UA 1Y20A 1B05A 3CFXA 1BP5A 1WODA 5H8FB 3MJNA 4OERA 4X1BA 5TP9A 5FHMA 3MWBA 1MXZA 2FNCA 3PUWE 2RCAA 4OHNA 1PB8A 3FJMA 3OO9A 4LONB 1DSNA 3R7XA 2PX1A 1N04A 2XHDA 3N94A 3MAMA 4GVOA 1DTZA 1QULA 3UIFA 1SW4A 1A54A 5I84A 2O84X 1H76A 2XX9A 1YTVA 5ITOA 3T9UA 4PP0A 4PFWA 1UTBB 4QFKA 3ONMA 2QS2A 3H03A 3CFZA 2R9JA 2DWHA 1AMFA 2UYFA 5A5XA 2VGQA 1D3KA 1I6AA 4ESWA 3D4GA 4RNSA 3T9VA 5BWJA 3TYHA 3HPIA 1GVCA 3MP8A 2F8DA 1MPBA 2Y84A 1B1XA 3KSJA 3IORA 2GFEA 1URSA 1FW0A 4EF2A 1M5EA 3C4MA 4ZDMA 4BLAA 2F6PA 3OENA 5B7DA 5FTHA 1DMBA 3LC8A 4XTCQ 3LSXA 3K4UA 1S9TA 3VVDA 2B3FA 2UVGA 4F19A 1OMPA 1LBCA 5TU0A 2AIXA 3TTRA 3TZAA 5K2YA 3QIMA 1NH7A 2QRYA 3C32A 1B2HA 3FXRA 4JWOA 2UVHA 4U4SA 4YAHX 1Y3QA 2XXTA 4ELOA 3N6TA 4PETA 4Z7EA 1P1OA 2DYXA 2WKYA 3E3KA 3TTMA 3TFLA 4OENA 3FVGA 1WVJA 1B52A 3W9WA 4RY1A 4IB2A 2R6GE 5KDTB 2ZNSA 3KOTA 2F78A 2QPQA 2A5TA 4RA1A 5KZTA 2OWSA 3DLNA 2A5SA 4THIA 2XXRA 1ZBMA 1Q1KA 4LQ5A 2E1SA 4JWYA 3V89B 2W7YA 3K1PA 3G7WA 2QS4A 2F7CA 1IXIA 1Y3NA 4H8JA 5TPAA 4P0GA 3VVEA 3S9MC 1XHYA 1TFDA 3U93A 2I0BA 4QSDA 3U8QA 5CM6A 2OBGA 3IB0A 3LSLA 2UXAA 3TUSA 4YKPA 4OVJA 3I6VA 3S2VA 1XT8A 1JEVA 2G93A 3IR1A 1QUJA 2G29A 3M3LA 5CC2A 3B6QA 4NE4A 1PBPA 4OEVA 1QW0A 5I56A 5JEIA 4N07A 3OOAA 2O1LA 5F1QA 4YMBA 5B70A 3S9EA 4OQOA 1NMUA 3H7MA 3KN3A 1D4NA 4XKNA 4R2BA 3GBBA 2B65A 1MDP1 1VE4A 3IL1B 3E4RA 4F39A 1JW4A 1R9LA 2PBWA 3O28A 3I5OA 2I3WA 4F3GA 2BJJX 1XVXA 1P1QA 5I59B 1EZ9A 1VR5A 5DYHA 4PFYA 5H8HB 2ZNTA 4KD5A 5AA3A 2F97A 3ZSFA 3CSGA 4Q5TA 2P0SA 1N7WA 4YB5A 3K6XA 2DVCA 4F1YA 3FJ7A 3PMVA 4OETA 5TP9B 4ZZEA 2DP8A 3VFJA 1WDNA 3KN7A 3T93B 4F1UA 3T66A 1B7UA 4XIGQ 2ABHA 1MPDA 2LAOA 4X48A 1BTJA 4XKRA 4F18A 2O68A 4TOZA 4Q30B 5ISUA 4DXCA 5H8SA 3MZ1A 5CMKA 1ZTYA 4YKIA 2ZYOA 4G4PA 3U72A 4RPOA 2HFBA 2O69A 1B3LA 2ALUA 2XX7A 2XXPA 5I2KA 5ICQA 3FXQA 4ONYA 4NTLA 1N7XA 2O1MA 3K6VA 1D9YA 1SYIA 1OQGA 1P99A 1IEJA 4ZECA 4GL0A 1HSJA 3G3JA 5A5XB 4GL8A 3THIA 1A8EA 3FIRA 5CBSA 3RN8A 2F7BA 1QUIA 4QF9A 3P7IA 4UA8A 2GRVA 4OFJA 1GV8A 4YB7A 3ZKKA 2ZMBA 3OSRA 3R26A 3KFMA 1B58A 1SW5A 1NNKA 1H43A 2XD2A 4LQ2A 3C35A 4XKQA 3K1NA 2V3UA 1LFIA 5I58B 1QUKA 3VLVA 2YJPA 1MXYA 2HAUA 3WAEA 3IOVA 1L5TA 2NWJA 4ISUA 2HCAA 3EF7A 3UORA 2DSFA 4F2QA 3OSQA 1A99A 2REJA 2H9BA 3GZGA 1IIWA 3G3GA 4WKMA 1B40A 3PPPA 5CMMA 1MXWA 3IO6A 4HTGA 1NFTA 5M2VA 1MG1A 2Z8DA 4FAJA 3BFTA 3PD8A 5J1DA 3TAJA 1URGA 2Q89A 1LCTA 4NF5A 2GHAA 2AL5A 4KPTA 4PQJA 3MP1A 3TODA 4HW8A 4F3PA 1PB7A 2A5TB 3BFUA 4R6YA 4LZ5A 3K6WA 4L17A 1SD3A 4IO3A 2CZLA 1FCKA 1SBPA 4GFRA 2Y7KA 3HHFA 3RLFE 4YKKA 2Z8FA 1IUDA 4WEPA 3IOWA 2PYYA 1XC1A 3DELB 2Q9TA 5TPAB 4RYAA 4RK2A 3OEKA 1MY3A 1JVXA 4DLDA 3CIJA 5AA2A 4LA9A 3SEWA 1JNFA 1B7ZA 4OZ9A 2XXXA 3K01A 3PMXA 3N6UA 1O7TA 3S4UA 3ILUB 2DXRA 5DEXA 1OQHA 3H3GA 1S50A 3M3KA 4X9TA 4BDMA 3SESA 3GBAA 1MRPA 1QVSA 5ICTA 1ZU0A 1SVXB 2RKMA 3IJXB 4KCCA 4QSEA 3A3UA 4BDNA 1NL5A 3MQ9A 3U92A 4ESXA 4MBPA 4ZS9A 4MLQA 2Y7RA 2Z22A 3G3KA 4PFTA 2XXHA 1ZJLA 4HS7A 1OVTA 1ZMGA 3SEUA 1QKAA 5HM4B 1A40A 3TKDA 1FQDA 1D9VA 1RYXA 3ODBA 4NF8A 3VDFA 5I2NA 1VFEA 3ILTB 4TLMB 4LUBA 4OWDA 2QMXA 1B4ZA 1ZIUA 4OEUA 2XXUA 1MXXA 3SETA 1Y3PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ONRA 4MNPA 4H65A 2HZKA 2WYPA 2B4LA 4R9GA 2RC8A 3RNNA 1SDXA 3O66A 4IO6A 3Q26A 1QKBA 1JW5A 3TCFA 4GWOA 1H45A 2Y7PA 4F2OA 1LAGE 4NF4A 4LATA 1ANFA 4OFOA 1INPA 3B6WA 4U1OA 3CI8A 3MP6A 1MPCA 1FPBA 2AYSA 2QSXA 4PAFA 2M8CA 1LCFA 5EYGA 4P47A 3RTWB 4R72A 4G2ZA 1IXCA 2HAVA 3IO4A 1IMCA 4BDRA 4F3SA 5F7VA 5IAIA 3E79A 1Y4CA 2P2AA 2XA5A 5IGAA 1A7LA 3W9VA 5I2KB 1NV2A 4K3FA 1PB9A 4G68A 4NAPA 2UVJA 2D21A 4YZZA 2GH9A 4GOTA 3CG1A 1URDA 4MIJA 4R2FA 4DXBA 4YMAA 1SW2A 4P11A 3S9NC 1MQJA 1Z7ME 4P0IA 3KBZA 3KGCA 5EQ8A 3TEPA 4H0WA 3O6HA 3IB1A 4PCDA 3M8UA 1YPNA 4PFUA 1FTLA 3Q28A 4IO5A 5EQ9A 3L6HA 4O3CA 4ZE8A 1FPLA 1BIYA 3OELA 5IKBA 3JZJA 4DCXA 1UQWA 3H6UA 2IA4A 4QFOA 4ZE9A 3UP9A 2OJTA 1NH8A 1RYOA 3UGWA 5KCJA 4O8MA 5L8DA 1ELJA 4I62A 2X7PA 3OEMA 2FIEA 4PGNA 1M5BA 1DTGA 2QVVA 4MNIA 2QJEA 3CG3A 4R9FA 3FGSA 3A09A 4NWDA 1EH3A 1XS5A 3AXFA 3C33A 1UTHA 2ZYMA 4C1TA 1EYIA 3VLUA 2GQ1A 3KC0A 3MUQA 1YYZA 3KJTA 5EYFA 1R1NA 1NNFA 3G3FA 2DWJA 4NF5B 1IQ7A 4R6KA 4R74A 1FQAA 1N84A 4FEBA 3FVKA 1MXVA 1N0TA 4EF1A 4U21A 5T3JA 3FJGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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