3TTMA

Crystal structure of spud in complex with putrescine
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
341
structure length
341
Chain Sequence
DNKVLHVYNWSDYIAPDTLEKFTKETGIKVVYDVYDSNEVLEAKLLAGKSGYDVVVPSNSFLAKQIKAGVYQKLDKSKLPNWKNLNKDLMHTLEVSDPGNEHAIPYMWGTIGIGYNPDKVKAAFGDNAPVDSWDLVFKPENIQKLKQCGVSFLDSPTEILPAALHYLGYKPDTDNPKELKAAEELFLKIRPYVTYFHSSKYISDLANGNICVAIGYSGDIYQAKSRAEEAKNKVTVKYNIPKEGAGSFFDMVAIPKDAENTEGALAFVNFLMKPEIMAEITDVVQFPNGNAAATPLVSEAIRNDPGIYPSEEVMKKLYTFPDLPAKTQRAMTRSWTKIKSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Basis of Substrate Binding Specificity Revealed by the Crystal Structures of Polyamine Receptors SpuD and SpuE from Pseudomonas aeruginosa
pubmed doi rcsb
molecule keywords Polyamine transport protein
source organism Pseudomonas aeruginosa
molecule tags Transport protein
total genus 122
structure length 341
sequence length 341
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ttmA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ttmA02
3MW0A 1SW4A 5EHSA 3TFLA 3C31A 3UORA 2I58A 3CRBA 3OO9A 4EQBA 4KD5A 4R72A 1N76A 1Q1KA 5CMMA 4U21A 1UIUA 4QFLA 4FATA 1LFIA 3TQWA 4IO3A 3R7XA 2XX8A 4R6HA 1MXZA 4GL8A 3TUSA 5I59B 1N0TA 3MP1A 2Z23A 5A5XB 3HSTA 2PBWA 4RA1A 3K0VA 4QFNA 1SVXB 2F7AA 5B7DA 2XD2A 4QFOA 2DWIA 3H4ZA 4ESXA 4KYSA 1PB7A 2QMXA 3T93B 5I2NA 1B32A 3K6WA 4XKRA 1IXGA 1SD3A 4BDLA 4QSDA 4TLLB 1AL3A 3DP8A 3H6UA 3JYRA 2XXQA 2XXRA 1FTKA 3T66A 4MLQA 1IXCA 2RF1A 4KYEA 3O6HA 4JXIA 1SYIA 3OO7A 2GRVA 4QF9A 1IXIA 2AL4A 2DP8A 3MUQA 4F3SA 1SW1A 3O2AA 3MBPA 1TWYA 4FIMA 3Q28A 4OFJA 2HZKA 1S9TA 1O64A 5FHMA 5AA4A 3KGCA 1L5TA 2O68A 2V3QA 2RC9A 4YMBA 3PPNA 2Z8FA 1LB8A 2X26A 1O7TA 2DSFA 3HO7A 4KPTA 1P1OA 5I2NB 1PDAA 3CFZA 4GLIA 4AB6A 2UVGA 3KJ7A 5CMKA 3OO6A 1NKXA 2X7PA 2O6AA 1OQHA 3W15C 3I5OA 2OWTA 1UQWA 2O1LA 2PVUA 3Q29A 5EYFA 3N94A 4F22A 2H99A 4BDOA 3G3HA 3TZAA 4YICA 1MM6A 3ONMA 3IX1A 3C35A 2I0CA 5ICTA 2PT1A 3SERA 2AIXA 4DE8A 3MPLA 4IO2A 1A54A 1GTKA 3T9VA 3VVEA 5FHNA 3OEKA 1OQGA 3KN8A 2DWHA 2G29A 2PYYA 4X1DA 1N04A 1NNTA 2QS4A 3IK6B 1BTJA 4F3PA 3O28A 4AQ4A 4KCDA 4ZS9A 2Q2AA 3C33A 3VE1B 4OENA 2Z22A 1A8FA 2ONKE 2I3WA 2VP1A 4E0XA 4NWCA 2NWJA 1IIWA 3OENA 4HTGA 4O3CA 1PB9A 3MQ9A 4RY1A 3VLUA 5BUUA 3M3KA 2LAOA 1S50A 4GRKA 1P1QA 1QUIA 1UTHA 2A5TA 3CSBA 3TEPA 1FTMA 3IR1A 2DE4A 4OYVA 3A09A 2XXVA 1MPBA 2QPQA 4OHNA 3MZ1A 3PPOA 2XX7A 2F7BA 4I62A 3TMGA 1B05A 2H98A 2P0SA 4DCXA 1PB8A 2CMOA 3KBRA 5F1QA 3EHSA 2QL3A 4IO7A 3V83A 4PFUA 1HSJA 4ZEDA 3BFUA 1LB9A 3CIJA 4G8HA 4NF8A 4R9GA 1QVSA 2G93A 1USYE 4OQOA 3K1NA 4XTCQ 3PUZE 5K2YA 3UN6A 3CSGA 1MXUA 4F2OA 2V25A 4QSCA 4OZ9A 3WAEA 3W9WA 5J1DA 4FJPA 1B5HA 4LZ5A 3C32A 1B0LA 1LFGA 1UTHB 2A5TB 2ZMBA 1MXWA 2UXAA 4GL0A 1AMFA 5KDTA 3S9EA 1B7UA 1D4NA 3MZBA 3FVNA 1Y3QA 1P99A 3EPEA 1MQIA 2I49A 3FVOA 2HCAA 4H0WA 1QKAA 2XXHA 4UA8A 4R9FA 2R6GE 1ZU0A 3K00A 4H6DA 3IB2A 4I8CA 2Z8EA 1GGGA 1VFDA 3AXFA 1WVJA 3IAZA 2UYEA 3WAFA 1IZ1A 3TTRA 3TYHA 4OETA 4H67A 1US4A 5FHOA 4F19A 4NF8B 3OSQA 4N6PA 3IORA 4NWDA 1LAGE 4YKPA 3U8QA 3V89B 2Y7WA 4ZE8A 4DDDA 5CBRA 1TFDA 3V5AA 5I2KA 2F5XA 2VD3A 4G4PA 2QSXA 2V3TA 4EF1A 1EZOA 1B3LA 5KDTB 1H44A 5CMBA 3FZVA 2HQ0A 2RCAA 1D3KA 3PD8A 1QULA 2ONRA 2DXYA 3H06B 1POY1 4JB7A 4NF5B 3SESA 3L6GA 3TPAA 3K1MA 3D4CA 5KCJA 2REJA 3MC2A 2F97A 4POXA 3M3LA 3IJXB 1IITA 3ODBA 2ZXTA 3TCGA 2HAUA 4GQOA 4RNSA 4FEDA 4R74A 3P7IA 3OD7A 5L9OA 3I3VA 4M4GA 4JWYA 4KCCA 3FD3A 2DOJA 2XXWA 3T9XB 4MH5A 3EQ1A 3KJTA 4LP2B 1T0KA 1FQBA 3CG3A 5AA3A 5I2KB 1R6ZA 3EN3A 5M2VA 4U1ZA 4IGRA 2O69A 3GBBA 3E4RA 3RY3A 3ECRA 3C34A 2HEUA 2XXXA 4FE8A 2XXPA 1MH3A 1USYH 1FQDA 3Q27A 3LSWA 1FQFA 3MVYA 3IO4A 2Y7RA 3K01A 3PMWA 1BLFA 3R6UA 2PX1A 1JQFA 1XVXA 3FJ7A 5KCJB 3M8UA 4FORA 5H8QA 3TCHA 1NNKA 4XKNA 4Q30B 4EUOA 4RK2A 3RUMA 1NNPA 2P2AA 5H8FA 4U1OA 2GHBA 4ISUA 2RC8A 4ZDMA 2ZYMA 1MY0A 2O51A 1Y3NA 2O84X 3MJNA 4DXUA 3H6VA 4XIGQ 3QSLA 3QXMA 1ANFA 3EHTA 3VDFA 3LR1A 2XXTA 3S9NC 1JVXA 4F29A 1S7YA 2NVUB 4JWOA 3BFTA 3FJMA 3TTMA 1FQAA 1WDNA 3OELA 5TU0A 3L6HA 2B3BA 4U22A 4OEUA 1AIVA 1LAFE 3PMXA 2NXOA 1I6QA 3HCQA 1SI0A 3SEUA 3K6UA 3HPIA 3RTWB 5H8QB 1B51A 3G3FA 4NF4A 3EF7A 5H8FB 4WEDA 4XKQA 4NE4A 5DYHA 1FQCA 4U23A 4OFOA 5DVIA 3FXQA 4Z7EA 4QFKA 3FATA 4ECFA 5H8SA 3B6QA 3O9PA 1LBBA 4ELPA 3U72A 2B3FA 1Y3PA 4MFIA 4LQ2A 2V93A 2H25A 1II5A 2F6GA 4GXSB 1P1NA 1AOVA 2Y7PA 2ZNUA 3VFJA 4DIGA 3VXCA 2DVCA 1PC3A 4X1BA 1OLCA 2I4BA 2F34A 3SEXA 4O3BA 1SQYA 3IOTA 1CB6A 5KZTA 3TTLA 1Y9UA 2Z8DA 5F7VA 3KSXA 1B9JA 4R6KA 1GV8A 1B5JA 5DEXA 1MPDA 4LZ8A 3PPPA 2OK2A 4NMYA 4YB7A 5FTIA 1MQDA 2F8DA 4BLAA 4NF4B 3JZJA 4EXLA 3IOUA 4IO6A 3ILUB 1M5FA 1QJMA 1B2HA 1MXVA 3G3GA 3LC8A 2I3VA 4I9DA 4ZZEA 1LGBC 1Y20A 4MF3A 4H8JA 4F18A 2BJJX 1NH7A 5ICQA 4F1VA 2VHAA 5EHMA 4LZ7A 3H3GA 5IAIA 4QSEA 4LA9A 5L8DA 3O6IA 4IY6A 4Z0IA 5AA4B 2Q9TA 1B0HA 1URGA 4RPNA 2QMWA 3U93A 3O6GA 5JK4A 4ND9A 3UK4A 4G68C 1OLAA 4JBZA 4FECA 4X48A 1VR5A 1LCFA 4OXVA 3Q26A 5CM6A 1MQGA 3S9MC 1VE4A 3DP4A 5DEXB 4PE5B 2D5WA 2OWSA 4U4SA 2DWJA 3PGFA 5DVJA 4GOTA 3LBSA 1FCKA 1IXHA 1QKBA 3H03A 1URDA 4GVOA 5DTBA 2I4CA 4KQPA 4OVJA 2QS2A 1PBPA 4U2RA 1LAXA 4BDRA 1OVTA 4L17A 3TODA 1BKAA 4YKKA 3OO8A 2DE2A 2Q88A 1JNFA 1MXYA 2R9JA 3TCFA 4ZE9A 1DTZA 5AA1A 3QUFA 5JEIA 4LATA 4EQ7A 1P1WA 3K6VA 2DQVA 2OLBA 4OEVA 1EU8A 4NTLA 4IY5A 4G68A 3QIMA 4O3AA 3TKDA 1DPEA 3R26A 2ABHA 2O7IA 3UIFA 4F3BA 3MPKA 2P1SA 1OMPA 1ZJLA 1IUDA 2DS9A 3SDFA 2I6EA 1B3EA 2VD2A 3C4MA 3G7WA 2GFEA 2HFBA 1Y4CA 4R73A 1ZTYA 3MAMA 4DCYA 3PU5A 4G8MA 4Q8RA 1B52A 3TTNA 4RPOA 3RTFB 4KYDA 3FIRA 3QAXA 2NOOA 1MXXA 3UA8A 1BIYA 1UTBA 2ZYOA 1IEJA 3ZS6A 3IB0A 4BDQA 1A55A 3TDJA 2AYSA 3RT6B 1N3XA 1NFTA 2VGQA 2F78A 2F6PA 2A5SA 1PBQA 5AA2D 1AH5A 3W9VA 3FJGA 2UYFA 3S9LC 3SKPA 4BDMA 3UGWA 1NNFA 4F1YA 1B4HA 4PP0A 2M8CA 1F9BA 2XHDA 2Q2CA 4G68B 1H76A 5DVFA 1YTVA 5TP9A 2FNCA 1UIVA 4PFWA 2ZNTA 5CC2A 4PETA 3KG2A 3O97A 4KR5A 3F11A 3RNNA 2HAVA 1J1NA 5LOMA 4U4XA 3GXAA 5BWJA 5I56A 4F1UA 2O1MA 1Z7NE 3DP6A 2OZZA 4E0WA 3PUYE 4XXUA 4YMAA 4BDNA 2I48A 1NH8A 4N13A 1ELJA 5I57A 1HSEA 5ITPA 1UTBB 2CZLA 4ELRA 3T9HB 2ONSA 3KZGA 3PMVA 1M5BA 1D9VA 2ESNA 4HCYA 4OMBA 1JW5A 1N7XA 1MDP1 2XXIA 4RK9A 4ZEIA 3OOAA 3SEWA 2FA7A 4JWXA 2DVZA 5L9MA 4LUBA 5TP9B 1R1NA 4EQ9A 3PUXE 3FVGA 2ZYNA 3FVKA 3GZGA 4QRZA 3PUWE 1XS5A 2QRYA 4AB5A 5I58A 1YPNA 4KHZE 5I56B 3K02A 5HPQA 1Y1MA 3IB1A 5IKBA 3FXRA 2Y7IA 4DLDA 3N5LA 5FTHA 4WKMA 1B7ZA 4M1VA 1O63A 2IA4A 3QK6A 3PV0E 2O7UA 4R75A 4EXKA 4LVQA 4OERA 1LCTA 4JSDA 1ZIUA 1SDXA 3CFLA 5H8NA 3H6TA 3IL1B 4WXJA 4RYAA 1B46A 1MM7A 3KSJA 3U92A 1ZMGA 1OIBA 4IGTA 4NF6A 1B3GA 2DE3A 2AL5A 3D4GA 4RXLA 1SBPA 4ZEFA 3SEYA 1I69A 3HN0A 5ITOA 1M5DA 4C1TA 1TT1A 4DXBA 2F36A 3T22A 1B58A 5I58B 2E0SA 4LONB 3IO6A 4P0IA 2HZLA 3U1OA 3HHFA 2PMSA 4POWA 1A7LA 4IB2A 1Q35A 4H65A 4C0RA 3PUVE 1DOTA 5AA2A 2VOZA 4K3FA 3O29A 3KEIA 4XKPA 3N6UA 1RKMA 3K1PA 5I84A 2YPNA 4EDPA 1DTGA 3KOTA 1XC1A 3CFXA 4Q0CA 2H9BA 2RC7A 4P0GA 1MH4A 3MWBA 4P11A 4H8IA 4GFRA 1ZLQA 3KOSA 5H8NB 1JEUA 4R2FA 4ELQA 4OESA 3PPQA 3U94A 3E9XA 3LSFB 2OBGA 5ISUA 2E1SA 1EH3A 4NF6B 1LAHE 3H6WA 1EZ9A 1A40A 2YJPA 5K2XA 2YLNA 2NUVA 2Q89A 2Y84A 1B3HA 1B5IA 2W7YA 3CR9A 4JSOA 3T9UA 3FGSA 3T96B 3RGYA 4TOZA 1B1XA 1MQJA 2XXYA 5AA2B 4ZZAA 4H1XA 4HW8A 1B40A 2KLFA 4H5GA 1XVYA 3FASA 1H3DA 1N84A 4KFQA 1N3WA 3MZ9A 3FXUA 3LUYA 3PPRA 1PEBA 3BBRA 5L9SA 2UVIA 2ALUA 3N6TA 3B6TA 1SI1A 3RT8A 4DXCA 5H8HA 1DMBA 1FW0A 3MVWA 3I6VA 1YAEA 3K2DA 4YKJA 1JEVA 2THIA 3TAJA 1VSOA 2XX9A 1XOCA 3EHUA 3VV5A 1NL5A 2ZNSA 1POTA 4TLMB 4TQUQ 1P1UA 4H5FA 1D9YA 2X7QA 3A3CA 3OEMA 3O66A 1OVBA 4ELOA 2XXUA 5AE4A 3S4UA 4YZZA 4R2BA 1H45A 5HM4B 3VVFA 1B7HA 4R6YA 1B3FA 2DXRA 3UP9A 1H43A 5B70A 4PFTA 1LBCA 4HCWA 3IJOB 3B6WA 4YKIA 1SYHA 3FUZA 1TFAA 1MY4A 2F35A 3DLNA 4Q5TA 4X9TA 4FAJA 4YB5A 2B65A 4RJZA 3SETA 1DPPA 5H8HB 4ZECA 3KN3A 4G77A 3M3FA 4JDFA 1MY3A 3KN7A 1M5EA 2RCBA 3ILTB 1BP5A 1LFHA 2QJEA 3ZSFA 1I6AA 3PD9A 5JTYA 5CI5A 3IOVA 1Z7ME 4LQ5A 5CBSA 5ELVA 4GIZA 3SEVA 1NMUA 4ZEKA 3G3JA 3ZKLA 1EZPA 1CE2A 3G3KA 4IO5A 5DT6A 1US5A 3E3KA 2H5YA 4C1UA 1MDQA 4F2QA 2Y7KA 4GF8A 1HSLA 1JW4A 2D3IA 4OWDA 2IEEA 1A8EA 3BKIB 3K6XA 4MBPA 4WEPA 5TPAA 1JVYA 1MS7A 2QS3A 3V8XB 1MG1A 3CG1A 5CMCA 3C36A 1QUKA 1VFEA 4F31B 2XD3A 3RPWA 1A99A 4KI0E 4QHQA 4G8NA 4PQJA 3MP6A 1SW5A 3KFMA 4F3GA 3CI8A 3HV1A 5JTYB 4GD5A 1GVCA 3MVZA 4N07A 1R9QA 3GBAA 4IO4A 3TTKA 1TXFA 3USDA 4NEDA 4NF5A 4OTEA 1RYOA 4OFLA 3ZKKA 3LSLA 4THIA 2GH9A 4YAHX 3IOWA 4EF2A 3OSRA 2R71A 3QUJA 1JW1A 1DSNA 4UACA 1R9LA 2OCUA 2Q8JA 5TPAB 3S2VA 3VXBA 4FEBA 3RQTA 3G3IA 1FTOA 1B4ZA 1ZBMA 3FV1A 3QYTA 1MY2A 2RINA 1URSA 1QW0A 3TQLA 2H4IA 3VVDA 2DWAA 3H7MA 3GLBA 1XT8A 2UVHA 2WKYA 3A3UA 3FV2A 1SW2A 1QUJA 3RN8A 1WODA 3JV9A 2HXWA 5HBCA 4PFYA 2UVJA 3LSXA 3Q25A 3DELB 4QFPA 2I0BA 1FQEA 1GR2A 3TELA 1MY1A 4GXAA 3CVGA 4G2ZA 4I1DA 2D21A 3C9HA 3OXNA 2PT2A 1Y4TA 1MRPA 3K4UA 1LLSA 1B1HA 1KWHA 2OJTA 4ZEBA 1ZKBA 5CRYA 1XHYA 1B6HA 3B7DA 2V84A 5I59A 1LSTA 2REGA 1N7WA 1Y1ZA 5I57B 1FTLA 1ATGA 2GHAA 5A5XA 4YU0A 1I6BA 4DZ1A 3E13X 3OMBA 2F7CA 4GWOA 3MVXA 2QS1A 1M5CA 3THIA 4HS7A 1YCJA 4MLVA 2V3UA 2DYXA 4F39A 2FYIA 3N26A 3DM0A 1FTJA 2ANJA 1MPCA 2RKMA 1MQHA 4ONYA 4YB6A 1RYXA 3MP8A 1JETA 3HHGA 3RLFE 2ZYKA 3VLVA 1IQ7A 4ESWA 3VLWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MW0A 1SW4A 5EHSA 3TFLA 3C31A 5ET7A 3UORA 2I58A 3CRBA 2CZKA 3OO9A 4EQBA 4KD5A 4R72A 1N76A 1Q1KA 5CMMA 2XWKA 3BIGA 4U21A 1UIUA 4QFLA 3IFCA 4FATA 1LFIA 3A29A 3TQWA 3PTYA 4IO3A 3R7XA 2XX8A 4R6HA 1MXZA 4GL8A 3TUSA 5I59B 1N0TA 3MP1A 4PE3A 2CEXA 2Z23A 5A5XB 3HSTA 2PBWA 4RA1A 3K0VA 1RDZA 4QFNA 1SVXB 2F7AA 5B7DA 1FPJA 2XD2A 1IMEA 4QFOA 2DWIA 3H4ZA 4ESXA 4JVDA 4KYSA 1PB7A 4P56A 2QMXA 2XWVA 3T93B 5I2NA 1B32A 3K6WA 4XKRA 1IXGA 5EQ9A 1SD3A 4X04A 4BDLA 4QSDA 4TLLB 3KC0A 1AL3A 3DP8A 3H6UA 3JYRA 2XXQA 2XXRA 1FTKA 3T66A 4MLQA 1IXCA 2RF1A 4KYEA 3O6HA 4JXIA 1SYIA 3OO7A 4GWUA 2GRVA 4PFBA 4QF9A 1IXIA 2AL4A 2DP8A 1FPIA 3MUQA 1G0IA 4F3SA 1SW1A 3O2AA 3MBPA 1TWYA 4FIMA 4JVIA 1JP4A 3Q28A 4OFJA 2HZKA 1S9TA 4AS4A 1O64A 5FHMA 2QVRA 5AA4A 3KGCA 1L5TA 2O68A 2V3QA 2RC9A 4YMBA 2PCRA 3PPNA 2Z8FA 1LB8A 2X26A 1O7TA 2DSFA 3HO7A 4KPTA 1P1OA 5I2NB 1PDAA 3CFZA 4GLIA 4AB6A 2UVGA 3KJ7A 5CMKA 3OO6A 1NKXA 2X7PA 2O6AA 1OQHA 3W15C 3I5OA 2OWTA 3U65A 4N8GA 1UQWA 2O1LA 2PVUA 3Q29A 5EYFA 3N94A 5I5PA 4F22A 2H99A 4BDOA 3G3HA 3TZAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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