The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
87
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structure length |
87
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Chain Sequence |
VYAPLVLRDPVSNPNNRKIDQDDDYELVRRNMHYQSQMLLDMAKIALENAKNADSPRHVEVFAQLMGQMTTTNKEMLKMHKEMKDLA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure and function of the small terminase component of the DNA packaging machine in T4-like bacteriophages.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Terminase DNA packaging enzyme small subunit
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| molecule tags |
Viral protein
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| source organism |
Aeromonas phage 44rr2.8t
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| total genus |
31
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| structure length |
87
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| sequence length |
87
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H, I, J, K
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-09-23 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | ESAT-6-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3HR0 A; 3Q4H A; 4I0X B; 4LWS A; 3G80 A; 3ZBH A; 2AZ0 A; 3FAV B; 3GWK C; 3FD9 A; 2KG7 A; 3TXQ A; 3TXS A; 1WA8 A; 4GZR B; 3Q4H B; 4LWS B; 2B9Z A; 4ABM A; 3GVM A; 4I0X A; 2AZ2 A; 1WA8 B; 2KG7 B; 2VS0 A; 3OGI B; 2VRZ A; 3FAV A; 2DE0 X; 3O9O A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4LCU C; 2Q9L A; 5GON B; 3JAR B; 4DV7 O; 5BR8 O; 4H37 A; 3D36 A; 4DR3 B; 1UFI A; 3IC7 A; 2EIJ B; 4ZI7 B; 2EZP A; 4JI5 O; 4O2B B; 4DV3 O; 1QBZ A; 2QGN A; 3EVK A; 3CRC A; 2F43 G; 5H5N A; 3C90 A; 4U3F H; 4DV1 B; 3ABL B; 4KUM A; 4R50 A; 5JJE B; 3CRA A; 1NH2 D; 1WN7 A; 4RWU A; 3H1H H; 4WFE A; 3CP1 A; 4ZKI A; 2Q6A A; 2WLI A; 1IBL O; 4O4L A; 2XAG A; 2YUA A; 4PDL A; 5H6R A; 3EHB B; 3CRQ A; 4LH7 A; 5LMN B; 1G1X B; 1QU7 A; 3BVO A; 1WNS A; 2OYQ A; 1GK9 A; 3SYC A; 1MZE A; 1PNM A; 4K0K B; 4R6Z A; 2JGD A; 1TGO A; 4PDM A; 1R3K C; 5B1O A; 3E35 A; 1NTZ H; 1ZTE A; 3F5W C; 1M4U A; 1VF6 C; 5BY1 A; 4UB8 Z; 4DV4 O; 3ASO B; 4MT8 A; 3W7T A; 1N0N A; 5L3C A; 3SPC A; 4DUZ B; 3JAR A; 2DYS C; 2UU9 O; 4ZI7 A; 2ETN A; 1QQC A; 2AHZ A; 4X89 A; 3RN4 A; 4DR6 B; 3G6B A; 5CMU A; 2Q7E A; 4H33 A; 1FJG O; 4Z2W A; 4HZ3 A; 1F7Y A; 1JCH A; 1GMG A; 1S77 D; 4ZOL B; 1IXB A; 5AG2 A; 1N36 B; 3ZIA G; 1K97 A; 4JF3 A; 5JJJ B; 1JA8 A; 1R1B A; 2AHY A; 5HFM A; 1K33 A; 1XHZ A; 4JTC B; 1WP8 A; 4ZHQ B; 2WWW A; 4I5S A; 2M6Y A; 3GWK C; 4X1I A; 2IW5 A; 1M5I A; 2EIN B; 3Q4H B; 4YHH B; 3LSS A; 2EIK C; 2LFR A; 3S3W A; 4DR3 O; 1P7G A; 5KA6 A; 2A06 H; 2H94 A; 1XI1 A; 3ZHQ A; 3HKB B; 3X2Q C; 2QE7 G; 2QA4 V; 4TV8 A; 2ZD9 A; 5B1N A; 2OIG A; 4DV1 O; 3MDS A; 2IH3 C; 1JJO A; 2YXL A; 3D36 C; 1RFY A; 1SZX A; 3OAA G; 1CP9 A; 1H2K A; 3ICX A; 3OMI B; 1Y66 A; 3EXA A; 3FYI B; 5GW7 A; 2ZNI A; 1AP6 A; 2OT5 A; 2NNU A; 3CD6 V; 1GO3 F; 3SYP A; 4IYI A; 1COW G; 5LMN O; 2H3O A; 3CC7 V; 1NT2 B; 5JWP A; 3CCQ V; 1GN3 A; 1L0L H; 2ZE5 A; 4K0K O; 5E79 Z; 1ZSP A; 4ZHQ A; 2DOS A; 4YJ3 A; 5KMG B; 4GT1 A; 1JFF B; 3OFN G; 3Q4H A; 2WLH A; 5FNV B; 4DUZ O; 1BZK A; 4PDV A; 5C8Y A; 4X1K B; 3QO5 A; 4TSF G; 3VQV A; 2EJR A; 3SYO A; 3HKB A; 4UCO A; 1AR1 B; 4RUF A; 1K92 A; 4LP8 A; 4NR1 A; 4YY3 B; 4DR6 O; 3ABT A; 5DEC A; 5ITZ B; 1GRJ A; 2YIA A; 2ZE7 A; 2GHY A; 1N4C A; 4E4E A; 1FS0 G; 3QG5 A; 4X65 B; 1PPJ H; 4LNU B; 2Q7G A; 1N36 O; 1K34 A; 1QR8 A; 2ZR2 A; 2EIJ C; 1J5E B; 2JK5 C; 3ZRX A; 2IJK A; 4PI2 A; 5JQG B; 4IIJ A; 5EIB C; 2HR3 A; 4JTA B; 2V1D A; 2UXN A; 3KCX A; 4BIO A; 3ZHS A; 4YHH O; 4LFB B; 4QPK A; 2ZE8 A; 3CCL V; 2WLK A; 5IYZ B; 2KKW A; 4RO2 A; 2P4V A; 3SJA C; 4NYK A; 4JYB A; 3HB3 B; 1YIJ V; 4LWS B; 3OD4 A; 5KMG A; 2WAM A; 1EN5 A; 4P9P A; 2QWP B; 1YXB A; 1Z5V A; 4X1K A; 2PGG A; 4OGQ B; 4QJF B; 5KUK A; 2L6L A; 4UCT A; 2ZR3 A; 1K5Q A; 5JH7 B; 4H13 B; 3ZRW B; 5FPR A; 4W4L A; 2BTO A; 4AHC A; 3ASO C; 2UUB B; 3CXH F; 1CXZ B; 1VF7 A; 2Q4P A; 2CH7 B; 3G71 V; 4WBN A; 3I55 V; 2GUZ B; 3ZHT A; 4NXM B; 1XUQ A; 4Q6G A; 1AVM A; 1V55 B; 2YS8 A; 3CB2 A; 1BCC H; 5JQG A; 1H8H G; 1FFX B; 3RWR D; 3T1C A; 4F4L A; 1I5X A; 4DR5 B; 3JAW B; 1V9P A; 3FB5 C; 1XHX A; 1M56 C; 2JEU A; 3VBB A; 4LFC B; 1E1Q G; 4DYL A; 5IYZ A; 4JI1 B; 5J9P C; 3U11 A; 3CCU V; 2W6J G; 1JR9 A; 3AG4 C; 3ZHU A; 1LUV A; 3K08 A; 4YY3 O; 4LWS A; 2EIN C; 5GTH Z; 2X6B A; 2PI5 A; 2EBO A; 3JD3 A; 4JZG A; 3SJQ C; 3GB7 C; 4X65 O; 4HYO A; 1J5E O; 3ZMV A; 5EC1 C; 5IJ9 B; 1KP3 A; 1XRE A; 3FB7 C; 5JH7 A; 3E22 B; 3L73 H; 1JQ0 A; 2OCH A; 3ZRW A; 5CN0 A; 4X1Y A; 2Q8V A; 4O4J B; 3UT5 B; 2HJD A; 1VF5 B; 3FKS G; 1KUQ A; 1SQQ H; 4J11 A; 3AK3 A; 1R6T A; 1W59 A; 4LFB O; 2ZCE A; 4GX5 A; 1SQV H; 5JVD B; 3I5D A; 2F95 B; 1D5A A; 3RVZ A; 4EB6 A; 4FFB B; 4J7J A; 1GKF A; 3JAW A; 4IT5 A; 4LR3 A; 3DSQ A; 2QTS A; 1Q81 W; 1BQ0 A; 4EFB A; 1VQ5 V; 2QTO A; 3TXS A; 1ZL8 B; 2CUG A; 3M8A A; 1Q7Y W; 4G27 B; 3WU2 Z; 3N2G A; 4TT3 G; 4OX9 B; 3JAS B; 3OM3 B; 4FZ1 A; 1KBH A; 3H9V A; 2UUB O; 3CCJ V; 1YEW A; 1SS3 A; 4F6E A; 2WA3 A; 2HP8 A; 3HR0 A; 4I4T B; 5EYP B; 3B2E E; 4NXM O; 5IYB O; 3LDE A; 2ITD C; 3ABM C; 4MSW C; 4JTD B; 1PNL A; 5HFL A; 5IJ9 A; 1AI4 A; 5CB4 A; 4O4J A; 1NQT A; 4DR5 O; 4RAI A; 2E74 B; 1Z2G A; 1QCE A; 4NB5 A; 1VQN V; 1CEZ A; 1NKD A; 3OGI B; 4E2L A; 1NVP B; 2DYR B; 3BCC H; 1K3E A; 5IWA B; 4O2A A; 4WFH A; 2UXC B; 2JRI A; 1ENV A; 4JAV A; 1KC8 W; 5LHI A; 3VQX A; 4LFC O; 5B66 Z; 2E5L B; 1K4D C; 2ZIM A; 4JI1 O; 2DN9 A; 4X64 B; 4FFB A; 3E2E A; 1MG1 A; 4F6R B; 3HKD B; 2WPD G; 2YC0 A; 1SER A; 2IH1 C; 4O4H B; 4X8A A; 4JYA B; 3K9S A; 4U7N A; 5IJ0 B; 3J7A U; 1SES A; 1ZL8 A; 1M1K W; 3UCS C; 3R66 A; 3VQY A; 4YIO A; 3KZI Z; 3JAS A; 3K04 A; 4TUY B; 1IUR A; 3B8N A; 3AK1 A; 2E3C A; 2UUA B; 1HP8 A; 5L3G A; 2RQ6 A; 3RBZ A; 4J10 A; 4D6T H; 1TAE A; 4JAU A; 1FXK B; 5H6Q A; 2Y4T A; 5KHH A; 3ZRV A; 3OT7 A; 2CK3 G; 4EEQ A; 4UV9 A; 3M99 B; 4QIW F; 1R3J C; 3RGB A; 2YDE A; 5KAI Z; 2VQF O; 3G4S V; 3RW0 A; 2KSD A; 4LBE C; 3STL C; 1VEW A; 3CEI A; 4YXW G; 1N33 B; 1V55 C; 3UO3 A; 1PM9 A; 2CGN A; 4I9Q A; 3OMA B; 1XL6 A; 5D5Q A; 1NJI W; 4OX9 O; 2G38 A; 4F6R A; 1KP2 A; 2X7R B; 4PHZ A; 3HKC A; 4LF7 B; 1NH2 B; 1SQX H; 3ZMT A; 1H2L A; 5EBW C; 2V7Q G; 1AR5 A; 1EM1 A; 5FLX N; 3PJS K; 3ETG A; 1I94 B; 2FB5 A; 4KHP B; 4WFG A; 2VWK A; 4N23 A; 4FM0 A; 4O4L B; 1HDJ A; 3AG2 B; 1VMG A; 4QPJ A; 1Q90 D; 5IWA O; 3ABK B; 1FXK A; 5CA1 B; 2E5L O; 2L35 A; 2QWO B; 4FK5 C; 3TK1 A; 3E8H A; 3OTO B; 4X64 O; 1JOY A; 1TA8 A; 2E75 B; 4NVP A; 4GKK B; 2OCC B; 1L1F A; 3L9D A; 3P3N A; 4JYA O; 1SC5 B; 1M57 B; 1P7B A; 1YJW V; 1ROP A; 2RJZ A; 1GN2 A; 1KQS U; 5L3F A; 5JCO A; 2ITC C; 3B8M A; 3QTC A; 2Q0A A; 4CC6 A; 2FTK A; 1F4M A; 4JPR A; 2Z3Y A; 4PV1 B; 2ZXW C; 2JDI G; 2FL4 A; 2UUA O; 1NBM G; 1RP3 B; 2QWR B; 1H38 A; 5CBG A; 1W0J G; 4JI2 B; 3SYQ A; 3KCY A; 2QKS A; 1VIB A; 3JAT B; 1WPX A; 2CGO A; 2IJJ A; 3IFX A; 3RYF A; 4X1I B; 5IE9 A; 1XNQ B; 5KX5 B; 1IVS A; 1N32 B; 1WB8 A; 3UM7 A; 3CHX A; 2CTQ A; 5CA1 A; 1N33 O; 4JI4 B; 4C7U A; 2PI4 A; 3APO A; 4HAM A; 2Q69 A; 4LF4 B; 4RQF A; 1GH6 A; 4TV8 B; 1SKV A; 2DYR C; 2IBZ H; 4LF7 O; 5TIS Z; 4X20 A; 4JGS A; 4ZIB A; 4IHJ B; 3CX5 F; 5A2Q N; 4O4I B; 3JAK A; 4CS4 A; 4MVR A; 1VQP V; 2KB1 A; 1I94 O; 3OGC C; 2X0L A; 3W7U A; 1H2S B; 4KHP O; 3SPI A; 2NN4 A; 2Q0O C; 3C3S A; 2DWE C; 4OPA A; 1KB9 F; 1G8M A; 4JI6 O; 1YJN V; 3JAM N; 2UXB B; 1M56 B; 4GLX A; 1DK1 A; 2LQT A; 1XL4 A; 4K35 A; 3MAQ A; 3IJ4 A; 4A5U B; 3OTO O; 3AG4 B; 4HNA B; 4IGG A; 3JAT A; 2EUL A; 3K5L A; 4GKK O; 5KLV H; 4YJ3 B; 4R8C A; 5KX5 A; 3NR7 A; 3U10 A; 4EKW A; 4RUE A; 3SJC C; 4B7K A; 4IL6 Z; 1HNX B; 1FXK C; 3GVM A; 1H2G A; 3SPH A; 1OCR B; 5C8Y B; 4I50 B; 4BIU A; 2F1M A; 4HBN A; 3B40 A; 2P5O A; 1BE3 H; 4CS2 A; 4JAS A; 1BT8 A; 1MA1 A; 2ZM6 B; 4B3S B; 2V4D A; 4IHJ A; 4IYH A; 4O4I A; 1NTM H; 2QSA A; 2LGW A; 5JCO C; 3AG3 B; 3D3Q A; 4JI2 O; 2ZE6 A; 3ZS8 C; 2QM7 A; 2M7W A; 1DF5 A; 4IIJ B; 2CE4 A; 1Y67 A; 2XOK G; 3J80 N; 1YDX A; 1KD1 W; 2F66 C; 2K1E A; 1XNQ O; 1N32 O; 4JYY A; 1VQ7 V; 5J2T B; 5KHG A; 3MHH C; 3QVN A; 3R65 A; 2X6A A; 3MHS C; 1R6N A; 1VP7 A; 4JI4 O; 2ZDI A; 3L74 H; 2OTL V; 4UCS A; 1XQ8 A; 2N05 A; 1Q86 W; 1I7F A; 4L87 A; 3T1Y B; 1WA8 B; 4HNA A; 3WB1 A; 3QNE A; 1YZB A; 3AG2 C; 4DR1 B; 4LF4 O; 5LL6 Y; 3BY6 A; 2A9H A; 4BW9 A; 3ABK C; 3B4S A; 4LFA B; 3OW2 U; 2LW7 A; 5LP6 B; 3B09 A; 3AK2 A; 4U3J A; 3AG1 B; 3OR6 C; 4FMT A; 4I50 A; 2GBO A; 4MVM A; 3E8B A; 3ABM B; 4Z1V A; 1WLE A; 3CRM A; 1MSD A; 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4ICG A; 3RYH A; 2Q68 A; 3T1H B; 3N2G B; 4DXW A; 1UJW B; 1B04 A; 4PEL A; 1KEC A; 1GM7 A; 3CCE V; 4DW0 A; 5KAF Z; 3CC2 V; 4FPP A; 2Y4U A; 2DQ0 A; 2Z5U A; 4MVZ A; 2JJ1 G; 1S0V A; 4PA3 A; 2A0L A; 1OCR C; 3VQW A; 4LF8 O; 1YVW A; 1AJN A; 1MMM A; 3IAY A; 1Q82 W; 3JYC A; 4MTF A; 5LGU A; 4J9Z B; 5CB4 B; 4I0X B; 1MSW D; 1D5N A; 1IXM A; 5B5E Z; 1GM8 A; 1EN4 A; 4K8Z A; 3T4D A; 4O2A B; 4J7Z A; 3AG3 C; 4FM1 A; 4B3T B; 3A0B Z; 2PZS A; 1WPB A; 2RN9 A; 1YI2 V; 2HG5 C; 2BTQ A; 1VQ4 V; 3P3P A; 1N0J A; 3ZX6 A; 4J9Y B; 1UPG A; 5LA6 B; 1HNZ B; 1WP7 A; 1BMF G; 1HNW O; 1ZAU A; 2ZXW B; 1R3L C; 2E76 B; 3QO7 A; 5LGN A; 1N8R W; 3M7M X; 4X9Q A; 2XAQ A; 3P30 A; 1DTO A; 5KHK A; 1JJ2 U; 1Q8I A; 3CWB H; 1MNG A; 4B7E A; 2R72 A; 3WB2 A; 4AQY B; 4JI3 O; 3QO8 A; 4MTO A; 1LUW A; 5LBQ A; 1FD9 A; 2LGQ A; 2XAS A; 5LP6 C; 1IBM B; 1OZ0 A; 3AG1 C; 1L0N H; 2OIE A; 2QEX V; 2A7W A; 4KP4 A; 2RMK B; 5K1P A; 2KQX A; 3P32 A; 1BHB A; 1US6 A; 2B1I A; 3WG7 B; 4J41 A; 3CJH B; 3ML0 A; 1V54 C; 1SZT A; 1OCO B; 4UVB A; 4I0X A; 2F93 B; 3H1K H; 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