The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
92
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structure length |
92
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Chain Sequence |
b'PPDTVLEMGAFLHPCEGDIVCRSINTKIPYFNAPIYLENKTQVGKVDEILGPLNEVFFTIKCGDGVQATSFKEGDKFYIAADKLLPIERFLP'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Reconstitution and structural analysis of the yeast box H/ACA RNA-guided pseudouridine synthase
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4
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| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| molecule tags |
Isomerase/protein binding
|
| total genus |
17
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| structure length |
92
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| sequence length |
92
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-10-02 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Probable tRNA pseudouridine synthase domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2RFK C; 3UAI C; 3U28 C; 2V3M A; 2EY4 C; 2HVY B; 2EQN A; 3MQK C; #chains in the Genus database with same CATH topology 5EST E; 4FU9 A; 3T2N A; 2ASU B; 2BD2 A; 1J15 A; 1D3D B; 4BNR A; 1BRU P; 1O33 A; 4DVA U; 5EU8 A; 1ZGV A; 2C8X B; 1BTY A; 5E2O A; 1PQ5 A; 3QDZ B; 3E0N B; 4UFE H; 1T8O A; 2FPZ A; 4KKD A; 4IMQ A; 2ZHD A; 1K2I 1; 3TGK E; 2AGE X; 2HNT C; 2QAA A; 1SGI B; 2CXV A; 2FS9 A; 3ATI A; 4AG2 A; 1SG8 B; 3FP8 E; 4TPI Z; 3MTY A; 3A80 A; 1BCU H; 1W2K H; 1UMA H; 1F5L A; 4IC5 A; 4RKJ B; 4B2A A; 2QGR A; 3PYH A; 3ZZ8 A; 4B2C A; 2ZDV H; 1YY3 A; 2WPK S; 3ATL A; 3PLP A; 3RC5 A; 3RP2 A; 2A7C A; 5DJ7 A; 3T26 A; 1UVU H; 1D4P B; 1TNJ A; 3MI4 A; 1VJ9 U; 3BTE E; 4DOQ A; 1OPH B; 2ZG0 H; 1SHY A; 1QUR H; 1RXP A; 4F49 A; 3RLW H; 3HK6 B; 2F9U A; 1UCY H; 3F68 H; 1GHY H; 1HAY B; 2BVS H; 2VGC C; 2D1J A; 3SU6 A; 1RIW C; 3GDS A; 3RXM A; 3RXI A; 5JPM H; 3D49 H; 2ANY A; 3BTG E; 1LKB A; 1QB9 A; 3IIT A; 4ZKO U; 1NRS H; 3MNB A; 1C4U 2; 4Y8Z A; 4WME A; 1O2S A; 1SLW B; 1BBR E; 4IMZ A; 3HKJ B; 3PMA B; 3URC A; 3RLY H; 2FOD A; 1QRZ A; 3UNS A; 3ZVG A; 3A86 A; 4D8N A; 2QE7 D; 2ZEB A; 3K65 B; 1GHA G; 1OYT H; 1T8M A; 1O3J A; 3PMH B; 4WH6 A; 1D3Q B; 1Y5A T; 2KZ4 A; 2EY4 C; 5LH8 A; 3MNC A; 1BMA A; 3SND A; 1DIC A; 1EAS A; 2DE8 A; 5HMA A; 2QXJ A; 2VIP A; 3DSO A; 3UAI C; 1ELF A; 1CBW C; 4NA9 H; 1LPK B; 3GCO A; 1OP2 A; 4OS5 A; 1DDJ A; 1ZTL A; 3MU4 A; 4KTS A; 1A5H A; 3AVZ A; 2PR3 A; 3RXQ A; 1JBU H; 4X8U H; 2J4I A; 3FP7 E; 1P12 E; 1LMW B; 3UB0 A; 1F0R A; 3TH4 H; 3EDX B; 1S6F A; 1K22 H; 1SHH B; 2OC1 A; 4M9F A; 1EPT A; 1LHD H; 1QHR B; 4XOJ A; 1SGF G; 5FX6 A; 3SJI A; 1BRC E; 2FTL E; 5JB9 S; 5C1U A; 1G3E A; 1UTN A; 5E0H A; 5FPY A; 1O2Z A; 1WOF A; 1UTJ A; 4YO9 A; 2UUY A; 5EPY A; 1P3E A; 1QQ4 A; 2XC0 A; 3P92 A; 2GZ9 A; 4I32 A; 1GJ4 H; 2D26 C; 5F53 A; 1ZMN A; 1NY2 2; 1VKY A; 1EPT C; 2Z7F E; 2ZC9 H; 1UCY E; 3SJK A; 3E1X B; 1OP8 A; 2SGE E; 4NIY A; 3RXR A; 5A8Y A; 2ZFT A; 1AKS B; 1HPG A; 5KGO A; 1GJB B; 1BJV A; 1HAH H; 1K1N A; 5B6O A; 4ASH A; 1UHB B; 2XW9 A; 3P8F A; 5DP3 A; 1QB1 A; 5FPS A; 1HGT H; 3UWI A; 4UON A; 2ZGH A; 2EEK A; 4M7G A; 3RXB A; 3LGY A; 1H8D H; 3SUD A; 2ZU5 A; 1G32 B; 8EST E; 1FY1 A; 2JH0 D; 5DN6 D; 1G9I E; 1O2X A; 3LGV A; 4ACB A; 1OKX A; 1BJU A; 4HFP B; 1YPH C; 1H8H D; 3LT3 A; 1S5S A; 1H9H E; 2WV9 A; 3BTQ E; 1BTZ A; 1C5P A; 3H7T A; 3N7O A; 3RUO A; 1AE5 A; 1GHB F; 3BEF B; 1FXY A; 1GHZ A; 4XFQ A; 1C1N A; 3BTK E; 1GG6 B; 1P06 A; 2UWO A; 4THN H; 3OFN D; 1M9U A; 5GCH F; 2HRV A; 2PTN A; 3DA9 B; 2C90 B; 3PWC A; 1RRK A; 4YZU A; 1YF4 A; 1PQ7 A; 2HPQ H; 4E06 H; 4AYV B; 1KSN A; 7GCH G; 3QX5 H; 2ZWL H; 1V2L T; 4MNX A; 1GI6 A; 2OIN A; 2PLX A; 1MD7 A; 2TPI Z; 3F9H A; 3M35 A; 1TBR H; 1XUH A; 4K1E A; 3O8D A; 5JB8 S; 5DSF A; 2CGA A; 2ZO3 H; 1EAX A; 1TAW A; 1DPO A; 1JXP A; 1MTN B; 3D65 E; 3F0P A; 1L0Z A; 3M5M A; 4SGB E; 1QBV H; 1NRP H; 3F9E A; 5FPT A; 2GV6 A; 4AFS A; 1N8O B; 1AE8 H; 3RXP A; 4YOJ A; 3KQ5 A; 1V6D A; 3K6Y A; 2VB0 A; 2FOF A; 2DE9 A; 4D76 A; 1GI1 A; 1WSS H; 2Z9J A; 4A1V A; 1BIT A; 2BDG A; 2FTM A; 5DO4 H; 1LVB A; 2V0B A; 2BD9 A; 7GCH F; 4LZ4 B; 4D7G A; 1EP6 A; 1HB0 B; 1AI8 H; 4I86 A; 4NSV A; 1YPL H; 4OS4 A; 1K1L A; 1FAK H; 1L1J A; 4H42 U; 1HIA B; 4X1Q U; 5TCA A; 5I46 H; 2FOB A; 2ZTZ A; 2QA9 E; 1JMO H; 1QL9 A; 1Z8G A; 5GPI B; 1A3E H; 2UUJ B; 4I8L A; 4ZXX H; 2FX6 A; 4GHT A; 3BG8 A; 1WBG B; 1OX1 A; 2Y80 A; 3U8R H; 1LPG B; 3A81 A; 4BXW A; 1O5F H; 3U8O H; 1BIO A; 3A88 A; 1QBN A; 3CNR A; 5EGM A; 2RA0 A; 1O36 A; 2YMS D; 1TBZ H; 1EST A; 2BX4 A; 3BTH E; 5FHT A; 1HAV A; 3BG4 C; 2WUC A; 1NTP A; 2XBV A; 1FJS A; 2V3H H; 4CRF A; 2G5N A; 1BHX B; 2ILN A; 4ZCN A; 2AGG X; 1GBT A; 2FWW A; 3SBK A; 3SNC A; 5L2Y H; 3UTU H; 1SLV B; 2NU3 E; 3U1J B; 2FOC A; 4UFG H; 4FOU C; 1KTT B; 2WPM S; 1AKS A; 2BXT H; 1F2S E; 1LHE H; 4D7F A; 4DCD A; 1ELE E; 1IQH A; 1O3H A; 1ETS H; 1W12 U; 3B8J A; 3M7U A; 4NA8 A; 3GCH C; 1MUE B; 4BAN B; 2BLQ A; 2GKV E; 1V2U T; 3I77 A; 2QXI A; 2Z6B D; 2WSS D; 2OQ5 A; 3C27 B; 1YP9 A; 1YCP K; 5L2Z H; 2WPJ S; 2ZDM A; 1FY4 A; 1S85 A; 1IQE A; 1VIT G; 2J5U A; 1P9U A; 2VWN A; 5G4B A; 3K2U A; 2BMG B; 2ZIQ H; 4AFQ A; 1DE7 H; 4RSP A; 3VFE A; 4YXW D; 3UOU A; 2H9E H; 2EI7 A; 5KED A; 1HJ8 A; 2ZP0 H; 3BIV H; 1MTS A; 1AFE H; 1P3C A; 1CU1 A; 1EZS C; 1Z8I B; 1GJ9 B; 4H4F A; 5EOD A; 3LOX A; 4BAK B; 2V35 A; 5E0J A; 1HAI H; 3TK9 A; 3MO6 A; 1VIT F; 5ETX A; 3HGN A; 3RDZ A; 1O3E A; 4JYV H; 4ISN A; 2WZQ A; 1UTO A; 4B73 A; 1WTG H; 1C1W H; 4IN2 A; 2CMY A; 4NFE A; 3SV8 A; 3ZYE A; 2BD3 A; 1ELC A; 1DUE A; 2P3U B; 4WH8 A; 4NCY A; 5T6D A; 4ABA A; 5E8E H; 2GCT C; 5H4I B; 1YKT A; 3KQB A; 4ABH A; 2FI4 E; 1UK3 A; 1KTS B; 1W7G H; 1TAL A; 2FOM B; 1C1V H; 1QJ1 B; 1MTN C; 1TIO A; 5EG4 A; 3ZIA D; 2GV7 A; 2NU4 E; 1ZHM A; 1W11 U; 1HIA A; 1RS0 A; 1IQF A; 1N8O C; 1F0S A; 1YPM H; 3GY4 A; 4BOH A; 1PQA A; 1RD3 B; 1C5O H; 1O2J A; 2ZQ1 A; 3MYW A; 1CGH A; 1FDP A; 2ZI2 H; 3MO9 A; 3I29 A; 2BQ7 B; 2Z9L A; 1DAN H; 3P8O A; 2FOA A; 2O8U A; 5FCK A; 1FUJ A; 1P10 A; 4KP0 A; 1MKX K; 4KGA A; 2PUX B; 1FV9 A; 1ORF A; 3RU4 D; 3QTO H; 3KYF A; 5EPN A; 1K1J A; 4BXS A; 3JZ2 B; 3TGJ E; 1SFI A; 2H9H A; 3LGU A; 4XSK U; 3UY9 A; 1ABI H; 5C3N A; 3Q00 A; 2I6S A; 1YCP H; 2J92 A; 1W3C A; 4ISL A; 4ABJ A; 2CF8 H; 1DWE H; 4GPG A; 1L2E A; 2A32 A; 2G5V A; 1SGD E; 1ZTK A; 1SLX B; 4Y8X A; 4JZD H; 7KME H; 2JH6 D; 2O8W A; 1GJ6 A; 4TWW A; 3SUE A; 3O8R A; 2OCV B; 2Y6T A; 5EXL A; 2PTC E; 1MZA A; 3V13 A; 2YMS B; 1AQ7 A; 3H5C B; 4R8T B; 4D9Q A; 2W7U A; 3B23 B; 5A8X A; 4FUF A; 1PJP A; 1YCP M; 1G36 A; 1YWU A; 5LGO A; 1UTM A; 1XMN B; 3PMB B; 1LKA A; 4UDW H; 1O3I A; 1P03 A; 1J8A A; 3GY2 A; 1GI0 A; 3MU5 A; 3F9F A; 4WWY A; 3LU9 B; 5HM9 A; 1TB6 H; 2QY0 B; 2B0F A; 1WU1 A; 3TNT A; 2F9B H; 3RMO H; 3OX7 U; 2G4U A; 1YC0 A; 1D3T B; 1DOJ A; 1GMD G; 1L1N A; 1BOQ A; 1OWD A; 2OP9 A; 2W6I D; 1PPE E; 1C2D A; 3KQC A; 2W6J D; 2UWL A; 4XBD A; 1NU7 B; 1P2M A; 4CRC A; 5I25 A; 1LHG H; 1KIG H; 1DWD H; 1YGC H; 1GBM A; 1AGJ A; 4Y71 A; 1W10 U; 2ZDA H; 3ZZ4 A; 1MCT A; 5GWZ A; 1MAB B; 1UTP A; 1OWE A; 2GZ7 A; 2P8O B; 1WXR A; 1ARC A; 2ZKS A; 1P2O A; 2KCP A; 5BPE A; 1AWF H; 1ZSL A; 1MKX H; 2A45 B; 3SZN A; 2J9N A; 4NGA H; 1SQT A; 3VEQ B; 3ZVE A; 4MVN A; 1V2O T; 2Z3C A; 1F5K U; 1E38 B; 2AIQ A; 3OTP A; 2ODP A; 3VGC C; 2H5D A; 1DSU A; 4CRD A; 1BB0 B; 3SNA A; 1S84 A; 3WY8 A; 1GGD C; 4FUB A; 2H2Z A; 1GI4 A; 1RJX B; 3RU4 T; 1QJ7 B; 3AK5 A; 5EW2 H; 4WXV A; 5C5O A; 3LGT A; 2XCN A; 3RMM H; 1GDU A; 3MH4 A; 2AFQ B; 1THP B; 4HI3 A; 2HPP H; 1BTW A; 2ZU4 A; 1ESB A; 4Q4L A; 2C93 B; 4Q63 A; 1O0D H; 1O5A B; 3CP7 A; 2A2X H; 2UWP A; 2Q6G A; 2VGC B; 2FIR H; 1Y5B T; 2ZNK H; 1ESA A; 3RXS A; 3M5O A; 2CN0 H; 3D23 A; 2O8L A; 3SHA H; 3VB6 A; 3SV7 A; 4CBN A; 6EST A; 1ZSK A; 1FN8 A; 4INL A; 3OEE D; 2BY5 X; 3F0O A; 1K1I A; 2GCH G; 3FOA A; 2HGT H; 5T3H A; 2HWL B; 1W0J D; 1C1P A; 2NU1 E; 1C1Q A; 1TBQ H; 5JBA S; 4AOQ A; 5HGG A; 2KCA A; 1CHG A; 1FPC H; 1PPC E; 4X1N U; 3EYD A; 2TRM A; 1THR H; 3MWI U; 1KY9 A; 2YNA A; 1AY6 H; 4B6E A; 2K8I A; 3M36 A; 4HZH A; 1XXD A; 1IHS H; 4DT7 B; 3S9C A; 4ISO A; 4CHA B; 2Z94 A; 4DGJ A; 1S81 A; 3TK5 A; 1JRS A; 1O3C A; 1C5Y B; 2YMS C; 1MCV A; 5DP6 A; 1F7Z A; 4DUR A; 2VWM A; 1V2S T; 2B9L A; 1GI9 B; 1DT2 A; 4F4O C; 1EXF A; 2Y5F A; 3KYG A; 2CHA B; 5E2P A; 2PSY A; 1CHO G; 2QF5 A; 6CHA B; 4QT8 C; 3MH7 A; 1HXF H; 1O3F A; 3BTF E; 1GBJ A; 1TGS Z; 4FVD A; 3P8N A; 3QGJ A; 1AUT C; 3SNE A; 3ZVC A; 1IHT H; 3K9X B; 1TMT H; 4OS6 A; 5EXM A; 3H7O A; 3EGK H; 3SUF A; 2XWA A; 4FUD A; 2PKA A; 1FNI A; 5F8X A; 4X6M A; 1C5Q A; 8GCH G; 2QF0 A; 2OBO A; 1XVM A; 4JK5 A; 1KXD A; 2SFA A; 2PKS B; 3VXF H; 3GS9 A; 1KDQ B; 4NIW A; 3BTM E; 4AGK A; 1SQA A; 3Q3K A; 1CA0 B; 1O38 A; 2H9T H; 3AW0 A; 1C5X B; 1VGC B; 2F83 A; 3LJO A; 1QGF A; 1ABJ H; 1DIT H; 1O3B A; 1GJ5 H; 5EOK A; 3AAS A; 4TY6 A; 8GCH F; 1DX5 M; 1XKA C; 1NFW A; 1XXF A; 3UR9 A; 1BDA A; 3V7T A; 2OBQ A; 1KYN A; 4WMF A; 1OWI A; 4XD7 D; 1GJ7 B; 5J4S A; 2AS9 A; 2Q1J A; 2BQ6 B; 1MTW A; 2SGQ E; 1XUF A; 4AFZ A; 4CBO A; 1G30 B; 3E3T A; 2BDA A; 2I6Q A; 4WF8 A; 5HM2 A; 1TQ7 B; 5EJL A; 4BTU B; 1GHX H; 1BTX A; 1GCD A; 3Q3Y A; 2LEL A; 3TU7 H; 1QFK H; 4I7Y H; 1ETR H; 1NT1 A; 1G3C A; 1W0K D; 3Q3X A; 4K5Z A; 3QN7 A; 2Z3E A; 4OM9 A; 1P09 A; 3RXL A; 1FI8 A; 1ACB E; 3KN2 A; 8LPR A; 2TGT A; 1C9T A; 1TE0 A; 5LPE A; 2ZPS A; 3OTJ E; 5TJX A; 4MPV A; 2QIQ A; 1GBA A; 4TYD A; 3DSP A; 3GIS B; 4O97 A; 5A0A E; 5DP8 A; 1TRY A; 3GYL B; 3U1I B; 3N99 A; 1ZRB A; 3KID U; 1A46 H; 1C4V 2; 2VIV A; 2EI8 A; 4P02 A; 1DUA A; 1SGR E; 4IN1 A; 3QZQ A; 4LOY H; 1ZPB A; 3L33 A; 4Y6D A; 3MO3 A; 3PWB A; 4DJZ B; 2FEQ H; 4AYY B; 1NS3 A; 1C5V A; 2VVU A; 4Y0Z E; 1RTK A; 3M5N A; 1TWX B; 1A0J A; 1TOM H; 4ABB A; 3P17 H; 2AMD A; 2KAI B; 3C1K A; 4MPX A; 3OE7 D; 4CHA C; 5GDS H; 5HIY A; 1QL7 A; 1ZTJ A; 5T1V A; 4OS2 A; 1AMH A; 2XND D; 4K69 A; 4AZ2 B; 1B0F A; 1L1G A; 3MOC A; 3ITI A; 3UQO A; 1V3X A; 3EE0 B; 6LPR A; 1C5L H; 3PV5 A; 5EJZ A; 4ASU D; 3BG4 B; 3TLO A; 2CHA C; 1GHA F; 3JZ1 B; 3U98 H; 1GMC G; 1SGY E; 1ELG A; 6CHA C; 1ZPC A; 1WDI A; 2EST E; 4J1Y A; 1C1S A; 2QV1 A; 4MPU A; 2FOE A; 1KDQ A; 1E1R D; 3SU0 A; 1T7C A; 4ZKS U; 1P9S A; 1GBB A; 1AVW A; 1TMU H; 2RFK C; 2WYJ A; 1FIW A; 3GCH B; 3KF2 A; 4DIH H; 1OXG A; 4XDE A; 2FOG A; 1FY8 E; 1NPM A; 3RXU A; 4NA7 A; 4E05 H; 2PKS C; 1NO9 H; 1YPJ H; 2M2A A; 2Z3D A; 1CGJ E; 1KLI H; 1CE5 A; 2ANK H; 1ELB A; 1MQ6 A; 1SBW A; 2HLC A; 1KXA A; 1CA0 C; 2V3O H; 2FI5 E; 2UUF B; 1P57 B; 2XBW A; 1VGC C; 4KTU A; 2KM0 A; 3A83 A; 1FY5 A; 2WPD D; 3TVJ B; 5B6L A; 2GTB A; 3SI3 H; 4AOR A; 2BZA A; 2RA3 A; 2OK5 A; 1TA2 A; 2SGF E; 4ZRO A; 5CE1 A; 5JYI A; 5EJ1 A; 3E91 A; 3BF6 H; 1C5T A; 2B8O H; 3GY5 A; 2FP7 B; 4MNW A; 5PTP A; 4DW2 U; 5ABW A; 5LPR A; 2ZGC A; 4CH2 B; 2BQW B; 4I31 A; 2VU8 E; 1N1L A; 3RXK A; 1YBW A; 2P93 A; 2VIW A; 1TAB E; 3ATK A; 3L3T A; 2C8Z B; 1ZR0 A; 1K9O E; 3QK1 A; 1RGQ A; 4D9R A; 1XUG A; 3QO6 A; 5JBC S; 4MDS A; 1QL8 A; 1S83 A; 3PTN A; 1HJA C; 5C67 A; 3M61 U; 5F6M A; 3LC3 A; 1TQ0 B; 1BRA A; 4F48 B; 4RKO B; 2A1D B; 2GCT B; 1GI8 B; 1E35 B; 2HNT E; 1A7S A; 2BOK A; 3LKW A; 5ESB A; 4XBB A; 3A7T A; 3UNQ A; 1EOJ A; 1NFU A; 2HVY B; 4ACA A; 3V12 A; 1GJC B; 1NES E; 5EW1 H; 2A4Q A; 3VB7 A; 1T31 A; 1BML A; 4NIX A; 1P2Q A; 3LGW A; 2NU2 E; 1CGI E; 3MFJ A; 3P8G A; 2BD5 A; 1T8L A; 1QA0 A; 4JMY A; 3ZZ9 A; 4NSY A; 5DP9 A; 1MBM A; 2KAI A; 1DVA H; 2ZPR A; 2BLO A; 2BY6 X; 1ANC A; 2FYR A; 1PPZ A; 2AH4 X; 2F91 A; 4RI0 A; 1IQI A; 2PHB A; 3MQK C; 1QZ8 A; 3RM0 H; 2ALV A; 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