The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
92
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structure length |
92
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Chain Sequence |
PPDTVLEMGAFLHPCEGDIVCRSINTKIPYFNAPIYLENKTQVGKVDEILGPLNEVFFTIKCGDGVQATSFKEGDKFYIAADKLLPIERFLP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Reconstitution and structural analysis of the yeast box H/ACA RNA-guided pseudouridine synthase
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4
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| molecule tags |
Isomerase/protein binding
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| total genus |
17
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| structure length |
92
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| sequence length |
92
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-10-02 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Probable tRNA pseudouridine synthase domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3U28 C; 2EY4 C; 2RFK C; 3MQK C; 3UAI C; 2HVY B; 2EQN A; 2V3M A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1DWC H; 4ISL A; 2QN5 T; 2ZGH A; 2FDA A; 1DUE A; 1E1R D; 2I6S A; 1V2L T; 4ZUH A; 3ATM A; 1TFX A; 1IOE A; 1CHO F; 1SLX B; 1C2L A; 1RGQ A; 3HPT B; 1W12 U; 4ABH A; 3WW7 A; 1VGC B; 2PTN A; 1ZMN A; 3QTO H; 4O3T A; 4UON A; 1G3E A; 2GZ8 A; 1UHB A; 2FX6 A; 2JET B; 1O2T A; 3T26 A; 1OWH A; 2QF3 A; 4J2Y B; 3QWC H; 1SGC A; 1NM6 A; 4GVU A; 1P0S H; 3PTN A; 1QJ6 B; 3T5F H; 4YTA A; 3GOV B; 2TGA A; 1L0Z A; 4ZKR U; 1YPH C; 1DOJ A; 1AFE H; 4AZ2 B; 5C94 A; 1THR H; 4YOJ A; 1EZX C; 5FCR A; 3ATW A; 4K8B A; 1CT0 E; 3PM3 A; 1QL8 A; 4FU7 A; 3RXR A; 3SJO A; 4FUH A; 2BDH A; 1P9U A; 1AKS B; 1EZQ A; 1GJ6 A; 3SU0 A; 1NFW A; 3EAJ A; 3OU0 A; 3NCL A; 2IJO B; 3LC3 A; 4FET A; 1YKT A; 2UUJ B; 1P57 B; 2FOC A; 1WTG H; 2O8T A; 4AX9 H; 1C1U H; 3RU4 E; 2KCO A; 1AHT H; 2PSX A; 3PO1 C; 1OWE A; 1IAU A; 5C3N A; 1DLK B; 1TIO A; 3EE7 A; 1FNI A; 1P3E A; 4ISH H; 5EST E; 1TNH A; 4CHA B; 2ANY A; 2XBV A; 1T8M A; 1AN1 E; 1Z1J A; 4DW2 U; 1TYN A; 3IG6 B; 1Y3Y A; 3URC A; 5ABW A; 3UNS A; 1E0F D; 1J8A A; 1BUI A; 1GJ4 H; 1O2R A; 4ABA A; 1O2M A; 2J92 A; 1ETT H; 1O2X A; 1IQN A; 2BDC A; 4B71 A; 2XCF A; 3M7U A; 1E1Q D; 2AHM E; 2BDB A; 2ZO3 H; 1TBR H; 2FXR A; 3U98 H; 1RTK A; 2XC4 A; 5CHA B; 1BRA A; 2H1U A; 2BYA X; 2GT7 A; 1C5S A; 1C2D A; 1ZPB A; 3TH2 H; 2PUQ H; 2ILN A; 1SKY E; 4XBC A; 1NBM E; 3BTF E; 1GDQ A; 4X6O A; 1RD3 B; 2UUF B; 1QB9 A; 5DPA A; 2ZCL P; 1QBN A; 1P2O A; 3EST A; 3K9X B; 3RLY H; 2P3T B; 1FY5 A; 1W8B H; 2GV7 A; 1XUH A; 2A0Q B; 1OP8 A; 1W2K H; 3PV4 A; 4XD7 D; 2VGC C; 4NFF A; 5L6N H; 1SGQ E; 3BF6 H; 3GCT G; 1UK3 A; 1C5O H; 1MAX A; 1VCQ A; 3V0X A; 1DSU A; 1MBQ A; 1JRS A; 5JYI A; 2ANK H; 2W7U A; 1ZHR A; 3H7T A; 3SU4 A; 1BA8 B; 1AFQ B; 4GPG A; 1Y5A T; 3MO9 A; 4DUR A; 4M7G A; 5HGG A; 1LQE A; 1XM1 A; 1S0R A; 1F2S E; 2G4U A; 2XRC A; 7EST E; 1EZU C; 1GHA G; 2KAI B; 4I33 A; 4IN2 A; 5DG6 A; 1RJX B; 3OSY A; 1QJ7 B; 4H4F A; 4RI0 A; 1GMH G; 1YWU A; 2A4R A; 4TT3 D; 1Y3V A; 1KY9 A; 3MO6 A; 1AZZ A; 1C5L H; 1DAN H; 3RXA A; 4FUI A; 2A5I A; 3FP7 E; 5H4I B; 1SGY E; 4D76 A; 1CVW H; 1W11 U; 4AN7 A; 1ABJ H; 1AU8 A; 2Q6D A; 3A8A A; 4F55 A; 4JZE H; 1D3P B; 4HG6 A; 4KTC A; 1HCG A; 2QXG A; 3M36 A; 3AK5 A; 4Y79 A; 1NO9 H; 1MU6 B; 2R3U A; 1WYK A; 1T8N A; 2J98 A; 1J16 A; 1W0K D; 7GCH G; 2F9N A; 1P03 A; 2P95 A; 1KIG H; 1UTM A; 2BY5 X; 4SGA E; 3LDX H; 3E0P B; 2WIN I; 3UR6 A; 4WH8 A; 2FOB A; 4BAH B; 1SGT A; 4WVP E; 2XC5 A; 3KQB A; 1C1W H; 2FM2 A; 3KNX A; 2GGV B; 1DVA H; 2PWX A; 1NES E; 3MTY A; 3AW1 A; 2WV4 A; 4GCH F; 4Y11 E; 3LJJ A; 2F43 B; 1YBW A; 3D23 A; 3A85 A; 3ZVD A; 3N99 A; 3ZZ5 A; 4UE7 H; 4DT4 A; 1LMW B; 1FI8 A; 2C8X B; 1FAX A; 4BTT B; 2VH6 A; 4K69 A; 3F1S B; 4Q7X A; 5EQR A; 1Z7K A; 1G3C A; 4Q7Y A; 1UK4 A; 1MTN C; 2VIV A; 1UTP A; 3BEU A; 1V6D A; 2VB0 A; 1TAB E; 1ELD E; 1K1N A; 1TX7 A; 1C2M A; 3PYH A; 2ZFP H; 1Z1I A; 1S5S A; 4O3U A; 2PSY A; 4AFS A; 5EIY A; 3QZQ A; 1HAV B; 4OS1 A; 1EJA A; 2O9Q A; 3OE7 D; 1YPH E; 3F2G A; 1NRN H; 3RXT A; 3EGK H; 2A32 A; 1A0J A; 4OS7 A; 3VB6 A; 4NZL A; 2Z7F E; 2ZF0 H; 4UFG H; 1SQA A; 3P70 B; 2V0B A; 3SGB E; 1YCP M; 3RXQ A; 4K1E A; 1AND A; 1C1P A; 1GBE A; 2GCT C; 1CBW C; 1P04 A; 2FOE A; 2VBC A; 2Y5G A; 4RT1 A; 4ZXX H; 5EW2 H; 2G4T A; 4ACB A; 4B6F A; 1KSN A; 1TRN A; 4NFE A; 2Y5F A; 1E35 B; 2QF4 A; 2A7C A; 1WQS A; 4YLU A; 3ZVF A; 3UQO A; 3ZIA D; 3U1J B; 1GVL A; 1HJA B; 2QXJ A; 1HGT H; 4X1N U; 1YGC H; 1F5L A; 1S81 A; 1SHY A; 4HI3 A; 1S0Q A; 4MPX A; 2W5E A; 1NS3 A; 1O3P B; 4JK6 A; 4AYY B; 1HAI H; 2RG3 A; 3TH4 H; 3AAV A; 3T27 A; 2QY0 B; 3QGJ A; 2VH0 A; 1GGD B; 1MCV A; 1GCT B; 5JBT A; 4IN1 A; 2F9B H; 1EQ9 A; 3TNS A; 2GD4 B; 2H5D A; 1UVS H; 4JYT A; 5A0B A; 1LVB A; 3U69 H; 1H8I H; 5DK1 A; 2Z94 A; 3MU5 A; 5AFY H; 5B6L A; 2IPH A; 1C1T A; 1EAI A; 1WV7 H; 2ZKS A; 2BD3 A; 3P8F A; 5GJ4 B; 3STJ A; 4NWL A; 1GBL A; 5EG4 A; 2QF0 A; 3NUM A; 3VB3 A; 3E1X B; 3ATK A; 1ZSL A; 1AQ7 A; 2UUY A; 3FKS D; 4ABE A; 2PHB A; 4YZU A; 6CHA C; 4MNX A; 1A5I A; 3PTB A; 1EAW A; 8GCH F; 5C5O A; 5EXN A; 4LK4 A; 1RTF B; 4AB8 A; 1E37 B; 4ACA A; 3UNR A; 1FLE E; 1N8O C; 3F2F A; 5F8X A; 3SQH E; 5C1Y A; 5F8Z A; 3T2N A; 1HRT H; 1XKB C; 4TSF D; 4NZQ A; 5E8E H; 4OS6 A; 1DWE H; 3MWI U; 4JZF H; 1OWK A; 3BTT E; 3DSG A; 2BVR H; 2CMY A; 3M7Q A; 3GDU A; 5HM9 A; 1O3D A; 3SUG A; 1V2T T; 2OBO A; 1SI5 H; 3L6P A; 3B9F H; 4WH6 A; 4B2A A; 2BDI A; 1AY6 H; 5DP6 A; 1O34 A; 1TPA E; 1UTN A; 1ZGI A; 2GCH F; 3TU7 H; 2A7J A; 2PFE A; 3LGU A; 4FUB A; 3U1I B; 3LON A; 4AG2 A; 4TY6 A; 1GJ5 H; 1EPT A; 4INK A; 1O35 A; 2Y7X A; 1U6Q A; 2GJG A; 3SU1 A; 1WDI A; 1ZLR A; 2J97 A; 5DSF A; 5HYO A; 2BD9 A; 1G37 A; 2ZFT A; 3SJI A; 2OUA A; 5EJZ A; 3DUX H; 5F53 A; 3TK5 A; 3ATI A; 1FPH H; 1QQ4 A; 2RFK C; 2Q6G A; 4A1V A; 5F6M A; 4X2W A; 1HV7 A; 2JDI D; 4K60 A; 3URE A; 2SNV A; 3ZZ4 A; 1SC8 U; 1PJP A; 4F48 B; 2XBY A; 3E6P H; 3SJ8 A; 2IOT A; 4YT7 H; 3LGV A; 3SGQ E; 3PRB A; 3OTJ E; 3QK1 A; 1DIC A; 1JWT A; 3Q00 A; 5A8Z A; 1LCY A; 1C5Z B; 3LGT A; 1LKB A; 2XWA A; 2HNT F; 1VR1 H; 1GJC B; 3CS7 A; 4JYV H; 4WY3 A; 5FPY A; 1PPF E; 2SGE E; 2RA0 A; 2OLG A; 4RN6 A; 4TWW A; 3RC4 A; 5FAH A; 3MNB A; 1AVW A; 2P16 A; 3BTE E; 3BEF B; 4E06 H; 2JKH A; 4CH2 B; 1BJV A; 1HDT H; 1VKY A; 3QO6 A; 1K1J A; 4ZHL U; 1KYN A; 1HFD A; 1GMC F; 2XC0 A; 1Z71 A; 1C1Q A; 1ZJK A; 2B9L A; 1MKX H; 2PUX B; 3SUE A; 3QN7 A; 1NRR H; 4NGA H; 2BX3 A; 5GDS H; 1F0R A; 2B5T B; 1GMD G; 1PPB H; 2THF B; 1RTL A; 5GCH G; 3UY9 A; 1GI7 B; 1FMG A; 4AGK A; 1V2M T; 3PV2 A; 1ZTJ A; 1UVO A; 1AB9 C; 1SR5 C; 3TGK E; 2HPP H; 1G32 B; 3PRO A; 1K1I A; 1WOF A; 1MAB B; 4XRN A; 1EB1 H; 1B5G H; 2P3F H; 1P01 A; 1QA0 A; 2Q6F A; 3GCH B; 2PKS C; 2IPQ X; 2L74 A; 2FX4 A; 3M35 A; 3P92 A; 3K6Y A; 1FY4 A; 1GI0 A; 4LXB H; 1C5U A; 1NFU A; 1NRQ H; 3S0N A; 2F3C E; 1TPS A; 4RKJ B; 2Z9G A; 2YMS C; 3ZZA A; 1WTH D; 1GBF A; 1YPL H; 3S7K B; 1O5B B; 3RXV A; 1KXB A; 2BY8 X; 1INC A; 1HPG A; 1GJ9 B; 3MH5 A; 5LPR A; 2QXH A; 3A84 A; 3LKW A; 4M9F A; 1FON A; 1TGN A; 2EI7 A; 3L33 A; 3RMO H; 4I32 A; 5K7R A; 1O2J A; 1O2L A; 3M3S A; 4ZRO A; 3VGC B; 1C4V 2; 1TGS Z; 4BOH A; 5A8Y A; 1XXF A; 5KED A; 2A31 A; 1UHB B; 1GJ8 B; 5J4S A; 4CRE A; 2J95 A; 1BTW A; 1ELG A; 3SHC H; 3SOR A; 3BV9 B; 3UTU H; 3MU1 A; 2FP7 B; 2AER H; 4IMQ A; 3UQV A; 5EU8 A; 3SJ9 A; 1O3M A; 3ZZD A; 4MNV A; 4Y10 E; 3UUZ A; 4X8T H; 3LH1 A; 2GZ7 A; 1IQI A; 2G8T A; 5DP5 A; 2ODQ A; 2BZA A; 3DSO A; 1NU7 B; 2CHA C; 3SJK A; 5EXL A; 4TYD A; 3SU5 A; 1OP2 A; 5FXL A; 2Z9K A; 1GBI A; 4ISN A; 1C2J A; 2FS8 A; 1OHH D; 2Q1J A; 1K22 H; 1NRO H; 1Q3X A; 1HJ8 A; 2VWM A; 1H9I E; 1A3B H; 1CT2 E; 1DDJ A; 1AIX H; 2YNB A; 1IHS H; 3SYJ A; 4Y0Z E; 1O5A B; 5TCC A; 1KLT A; 1BHX F; 2P8O B; 1ZTK A; 1GG6 B; 7KME H; 3RU4 D; 1LHG H; 1V2P T; 1BMM H; 2AEI H; 3KQC A; 5HXF A; 3I78 A; 1FX0 B; 3RXB A; 2FPZ A; 1KTS B; 1O3H A; 4WME A; 1XVO A; 4AOQ A; 1HNE E; 1E79 D; 1MD7 A; 2O8U A; 1F5R A; 2WPM S; 2GT8 A; 1THP B; 2YOL A; 3TIU A; 1H8D H; 1V2S T; 5HMA A; 2ZGC A; 2Z6B D; 1XUI A; 2BD7 A; 2ZFF H; 2ZHQ H; 4Q63 A; 1SMF E; 1ANE A; 1GBD A; 1D3D B; 1NFY A; 3GCO A; 2AGG X; 3BTQ E; 4MDS A; 2FOH A; 1ELF A; 2ALP A; 4UFF H; 5A0C A; 1KXA A; 1BRB E; 5PTP A; 4IS5 A; 3MQK C; 5FBE A; 1BQY A; 2H5C A; 1QB1 A; 5ETX A; 1Q31 A; 1SQR A; 1C5X B; 2AGE X; 2VVU A; 1EAX A; 2ZG0 H; 3M7T A; 2WUB A; 1YPE H; 2WPJ S; 1OPH B; 3CNR A; 2AYW A; 3LJO A; 5C67 A; 1GI4 A; 1DY8 A; 1P8V C; 4AOR A; 1HJ9 A; 1L2E A; 4UEH H; 1P2J A; 5AF9 H; 1WUN H; 4B75 A; 3GY8 A; 1MU8 B; 1QRX A; 2JH5 D; 4UFE H; 2J38 A; 1FY3 A; 1O39 A; 1TPO A; 1W0Z U; 3MI4 A; 1S6H A; 4KGA A; 3SZE A; 3RMN H; 1HAX B; 3FAN A; 2Z3C A; 1TGT A; 1BCU H; 2ANW A; 1P2I A; 3ODF A; 5DJ7 A; 1FN6 A; 4LZ1 H; 5T3H A; 2TGT A; 1ELV A; 2W26 A; 1IQJ A; 3FP6 E; 1DST A; 5T6G A; 1P2K A; 2BOK A; 4YLQ H; 1J17 T; 5LH8 A; 4BTI B; 2Y5H A; 3B8J A; 1BOQ A; 2W3K A; 3MHW U; 1A1R A; 4XBD A; 3JZ1 B; 1H9L B; 1LVM A; 2DE9 A; 2BXU H; 4FUF A; 1Z8J B; 1AGJ A; 5EW1 H; 2GMT C; 1C1O A; 4Y7B A; 1EAU A; 3RXO A; 1GI6 A; 1BTP A; 5AVD A; 2J98 B; 1UTK A; 3ZYD A; 3MNS A; 3BTM E; 1BRU P; 2WPH S; 1Y5U T; 3GY3 A; 1GHY H; 2O8L A; 1O2N A; 4ASH A; 1TPP A; 1GHV H; 5EOK A; 1BMF D; 2BY9 X; 2BXT H; 2CGA A; 5ESB A; 1TRY A; 2BY7 X; 1C2E A; 1MKW K; 3TJU A; 2FS9 A; 2QIQ A; 1J14 A; 3F9F A; 2V6N A; 5EJ1 A; 1ZJD A; 1DLE A; 2O8W A; 4HFP B; 5FL7 D; 4ABI A; 1UTL M; 3HGP A; 2VNT A; 1QFK H; 3QTV H; 3I77 A; 2ZCK P; 2LNC A; 3W95 A; 1QL7 A; 3D49 H; 3RXK A; 1O2P A; 4X8S H; 1LPG B; 1TBZ H; 1LDT T; 2ULL A; 2VIQ A; 4CRC A; 2OP9 A; 1C2G A; 2ANM H; 1CA0 B; 1XUF A; 1BML A; 3RXU A; 1O2K A; 1SGF G; 5CMX H; 2ZDV H; 2R0K A; 4B2C A; 2G55 A; 1VIT H; 3SNC A; 4GHT A; 2V7Q D; 3A86 A; 1B7X B; 1K2I 1; 3O8B A; 1FQ3 A; 2IN2 A; 3S7H B; 3TK9 A; 1AMH A; 3RXE A; 4WMD A; 1KMH B; 4I86 A; 2CN0 H; 3UWI A; 5HKK D; 1ZML A; 1Z6E A; 1EB2 A; 1PQ7 A; 3DFJ A; 1TAL A; 3A7T A; 4NCY A; 3T62 A; 1W13 U; 4IBL H; 3PWB A; 2BX4 A; 2R2M B; 3VB4 A; 1AO5 A; 3PRD A; 2QV1 A; 1V2J T; 3TK6 A; 2UUK B; 3Q76 A; 2FIR H; 3AAU A; 3F9G A; 1QL9 A; 1O3O A; 3RXF A; 3KQD A; 1IQG A; 5LGO A; 4X1R U; 2FO9 A; 2KFW A; 2LEL A; 1XMN B; 1MQ5 A; 1F0U A; 2VWL A; 1GBC A; 3HK6 B; 1YLN A; 2K8I A; 2XYA A; 3DCL A; 4O97 A; 5C2Z A; 2WPI S; 1F5K U; 4MNY A; 2BDY A; 3ZVB A; 2OC8 A; 5IYT A; 2FZZ A; 2R0L A; 1JXP A; 1F0S A; 5K0H A; 1HXF H; 3D62 A; 2BD4 A; 1E36 B; 1O5D H; 1S85 A; 3E90 B; 4CBN A; 4OS2 A; 1EAT A; 3UB0 A; 2VIW A; 3RDZ A; 3RXH A; 2AS9 A; 1GBH A; 1UTQ A; 1EP6 A; 1PPZ A; 2XTT B; 3FOA A; 3PV5 A; 4ISO A; 1HAG E; 1LO6 A; 2D26 C; 3F0P A; 1LQD B; 1V3X A; 2BMG B; 1C1R A; 1D4P B; 3SHA H; 1TMB H; 2F9O A; 2FOG A; 3BIU H; 2OC1 A; 2HNT C; 2KM0 A; 1GI3 A; 1IQF A; 4ISI H; 4JK5 A; 1GDN A; 1BTU A; 2H6M A; 6GCH G; 1GCD A; 1AE5 A; 1FZZ A; 3A8C A; 3GCT F; 1QR3 E; 2NU0 E; 3SNB A; 2BDG A; 2FI4 E; 3Q3Y A; 4TWY A; 2J34 A; 1EXF A; 2R9P A; 1GL0 E; 1OYT H; 3GY2 A; 4K1T A; 1EST A; 4WXI A; 2J4I A; 2OIN A; 3LT3 A; 5IDK A; 3F6U H; 1PPH E; 1CGH A; 1OKX A; 2QCY A; 3ZZC A; 1ARB A; 1O2G H; 1GHA F; 1BTY A; 2CF9 H; 2BZ6 H; 3M5L A; 3V13 A; 1GMH F; 4FUD A; 1BB0 B; 2G81 E; 3URD A; 3F68 H; 4ASU D; 3UNQ A; 5HIZ A; 1N6Y A; 1O2Q A; 1TX6 A; 1HB0 B; 5DGJ A; 2H9E H; 2GP9 B; 1FXY A; 2Z3E A; 3SW2 B; 1Y3U A; 2ZDN A; 1VZQ H; 2ZZU H; 4UDW H; 1ANC A; 3TJV A; 1S83 A; 4VGC C; 2ZCH P; 4Z0K A; 5I46 H; 3W94 A; 1RIW C; 4O9V A; 2TIO A; 4IMZ A; 4Y8Y A; 3M3T A; 3SN8 A; 1XXD A; 7GCH F; 3BG4 C; 1O30 A; 3MMG A; 1EPT B; 2ZFS A; 2ZPQ A; 2EA3 A; 1CO7 E; 2V35 A; 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