The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
41
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sequence length |
186
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structure length |
186
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Chain Sequence |
SLFKDDIQLNEHQVAWYSKDWTAVQSAADSFKEKAENEFFEIIGAINNKTKCSIAQKDYSKFMVENALSQFPECMPAVYAMNLIGSGLSDEAHFNYLMAAVPRGKRYGKWAKLVEDSTEVLIIKLLAKRYQVNTNDAINYKSILTKNGKLPLVLKELKGLVTDDFLKEVTKNVKEQKQLKKLALEW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
How a DNA polymerase clamp loader opens a sliding clamp.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Dna binding protein/dna
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| source organism |
Enterobacteria phage t4
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| molecule keywords |
DNA polymerase accessory protein 44
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| total genus |
41
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| structure length |
186
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| sequence length |
186
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-10-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF16790 | Phage_clamp_A | Bacteriophage clamp loader A subunit |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 | Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3U61 A; 3U5Z A; 3U60 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1MJG M; 4LF6 M; 1SXJ A; 2YNM D; 3HGI A; 3VKG A; 3B74 A; 1D0K A; 2V6Z M; 1L1Z A; 4OW0 A; 2AHM A; 3ZC7 B; 2V1U A; 3ZCB B; 1JR3 D; 3GQ3 A; 1UFZ A; 2QPA A; 3JR4 A; 3R8F A; 2JWS A; 3WHL A; 4YY3 M; 2RKO A; 3J80 S; 4LJ8 A; 3SFZ A; 1PGY A; 1XMO M; 4DV0 M; 4DR3 M; 2DEN A; 1IXS B; 1IBL M; 3L28 A; 2QEN A; 1J09 A; 3U6D A; 3JAM S; 3D8B A; 3E9S A; 4IBB A; 3A98 B; 3F92 A; 2R65 A; 4GHA A; 1K82 A; 2LWX A; 4NRW A; 2J7O A; 1DGH A; 2R44 A; 5EP3 A; 4Z6Y A; 5KQ8 A; 4MB7 A; 1ZAE A; 3AOE C; 1G4A E; 2CHV A; 1H6U A; 4PDG A; 3SMP A; 4JV5 M; 4X64 M; 4GH9 A; 4NOO B; 1N77 A; 3GPX A; 4PD2 A; 4IBK A; 3J81 S; 5FTM A; 2WSF F; 5FTJ A; 3T15 A; 2V1C A; 3GQ4 A; 4AW4 A; 1HJP A; 4LGM A; 3NBX X; 5DYI A; 4M9Z A; 3J7A S; 2JY7 A; 4GRI A; 2KNZ A; 4MGZ E; 1GKI A; 1I94 M; 4IJF A; 4GIT A; 3ILK A; 4GIP A; 4Y28 F; 4D82 A; 4MGY E; 1G59 A; 3NWL A; 3W0L B; 4X62 M; 2DHR A; 5IWA M; 3M7G A; 3HU2 A; 3FTC A; 1VEG A; 2XFS A; 3BOS A; 4FWH A; 4JYA M; 5EP1 A; 1E94 E; 2X8A A; 1VG5 A; 4IJE A; 3HZJ A; 5L8R F; 1R6B X; 2DAM A; 3TWK A; 4KT0 F; 2CP8 A; 3MK6 A; 3E4R A; 2QZ4 A; 2WSE F; 3HY5 A; 5EP4 A; 4LF9 M; 2XSZ D; 4G4Q A; 1N33 M; 1ZQ9 A; 3HHX A; 3RC8 A; 1QDT A; 1HNX M; 2KNV A; 1V34 A; 4FCW A; 4AKH A; 1QDR A; 3AOE A; 3B9P A; 1XXH E; 1D0L A; 2QSF X; 3I01 M; 3DFZ A; 1N34 M; 1VEJ A; 4MGH A; 3U5Z B; 2ZTD A; 1V92 A; 5ITT A; 3GPY A; 2L4E A; 3FUU A; 2L6O A; 2FH0 A; 3IG5 A; 1PJS A; 2W82 A; 1HT2 E; 2CRU A; 4FVM A; 3E21 A; 1TH2 A; 5ITQ A; 4AG5 A; 1IXZ A; 3H4J A; 4HLQ A; 1Y8G A; 3L29 A; 1QVR A; 2DVW B; 3EIH A; 2CWB A; 3QAU A; 4LZJ A; 8CAT A; 5LMU M; 4HL4 A; 1G41 A; 1WXQ A; 4W5W A; 3SAV A; 1QAO A; 1IN4 A; 4GC9 A; 2BWE A; 4A3V B; 2G5G X; 3NBI A; 4CIZ A; 3W67 A; 3FRH A; 4DV4 M; 2I7P A; 3W68 A; 3CF6 E; 2LVA A; 2DAI A; 3K8Z A; 3Q8X A; 4NC6 A; 3GPP A; 4G4O A; 3IEC A; 4CJ6 A; 4B3M M; 3GRV A; 3QYB A; 4LZZ A; 5FLX S; 1ZV1 A; 3FD9 A; 2QCU A; 3B7Q A; 4LJA A; 1NJG A; 1NY5 A; 2QW6 A; 5ITY A; 3ES5 A; 4AI6 A; 1TF0 B; 4I81 A; 2Y0Q A; 4DR6 M; 4QNR A; 3GLI A; 2ERC A; 4MGK E; 2R45 A; 5DYG A; 1EIJ A; 1A5T A; 2JY5 A; 3AFH A; 4X65 M; 2LVQ D; 2OO9 A; 1GL6 A; 2ZAM A; 2XZF A; 4XK8 F; 5IT9 S; 2VQE M; 3U6M A; 1C1K A; 4JI8 M; 4II7 A; 4LJ6 A; 4FWD A; 2LNH C; 4L78 A; 3I51 A; 3HHY A; 3GLH E; 3C9P A; 4B7H A; 1HR0 M; 1NHW C; 4K0K M; 3GLG A; 3SYL A; 1GJS A; 5KO3 A; 1KSF X; 4S12 A; 4P17 A; 1TDH A; 3LQQ A; 1XNR M; 2JZ0 A; 4Z8X A; 3KFU G; 4GEW A; 1W5S A; 4GMQ A; 1T3T A; 3SHG B; 3T6P A; 1QAM A; 2XLJ A; 3TL4 X; 3KP0 E; 2BJW A; 4L8R C; 3KOZ E; 1PJT A; 3K9O A; 4L4U A; 1QYR A; 2FNA A; 1IN5 A; 1RU3 A; 2DAG A; 3T1Y M; 2R4J A; 4LF4 M; 3BGE A; 1TH3 A; 1ZMV A; 2MRO B; 3GLH B; 2RGH A; 1I4W A; 2JY8 A; 1HT1 E; 3K1J A; 4UN2 B; 1R4G A; 1NNJ A; 2KRU A; 4M9S A; 1QZE A; 2JY6 B; 1EFU B; 2ZAN A; 4G6Z A; 3GLF A; 2D7E A; 2I7N A; 3I4Y A; 4AKG A; 1KYI A; 1QUS A; 1VDD A; 1T43 A; 4R7G A; 2XH9 A; 3VKH A; 2K0B X; 3THG A; 3SAS A; 1X37 A; 3M0E A; 4LJ9 A; 1K3W A; 2Q2E B; 1NSF A; 4KO8 A; 2R46 A; 4JI3 M; 2L7I A; 4JI7 M; 4TUW A; 4AQY M; 1NJF A; 4FWG A; 3PNV A; 3U61 B; 2DWN A; 3KDS E; 1SXJ B; 1MU5 A; 1VEK A; 2KZS A; 2Z4R A; 4PT5 A; 1LTM A; 2FE8 A; 3LQR A; 4L15 A; 2Y0T A; 1IBM M; 4LF8 M; 5BR8 M; 1E9R A; 1VQ1 A; 2NQ8 C; 1WJ7 A; 3CF2 A; 3HU3 A; 5EXT A; 2QQ8 A; 5EXX A; 1IN8 A; 2C98 A; 3RFW A; 5KPR A; 4B3T M; 1IFY A; 1N36 M; 3QYE A; 1TGU A; 2O01 F; 3DA1 A; 5EQT A; 2MGW A; 3B89 A; 3Q8G A; 2H5X A; 1R5L A; 2OOB A; 4AKI A; 2MJ5 B; 2CUZ A; 4KHP M; 2Z8Y M; 4WP2 A; 2JNH A; 4QHS A; 3RGP A; 1DO0 A; 2QBY A; 2L09 A; 2YR0 A; 4PCZ A; 3T38 A; 3E46 A; 5FTN A; 1QUT A; 2KEB A; 2Y21 A; 4D81 A; 2KHH A; 2XSZ A; 2XEP A; 1VDL A; 2BWB A; 2OOA A; 1XC8 A; 3TWM A; 1YE9 A; 3U6C A; 1DGH B; 2DZO B; 1ORY B; 4RF0 A; 2L4F A; 4MH0 E; 1GJT A; 4DV2 M; 2LBC A; 4F1I A; 2DZN B; 4B3R M; 3UK6 A; 1E32 A; 3AJI B; 1NV9 A; 3MJ5 A; 5ITX A; 2VDB B; 4BB9 A; 3RGS A; 2M5Z A; 2GNO A; 1IQP A; 2BNK A; 1AUA A; 4LJ4 A; 1OAI A; 2M60 A; 3GPU A; 2EUC A; 3C3E A; 1LV7 A; 3U6S A; 3I04 M; 5BPV A; 1NNU C; 1YSY A; 3GRY A; 3KXE C; 4G4N A; 2XGN A; 4P16 A; 3VK8 A; 3HHZ A; 1C7Y A; 1DV0 A; 3SHF A; 5IRE B; 2LH0 A; 3AL0 C; 3DZD A; 5IZ7 D; 4OU7 A; 1EE8 A; 3KP1 E; 5EJC A; 2EKF A; 2CV2 A; 4NRV A; 5JI2 E; 4B7F A; 1IN7 A; 2CV1 A; 1Q39 A; 1UM8 A; 2WSC F; 3U6L A; 1FJG M; 4LF7 M; 2DAE A; 5FTL A; 2QHO B; 4HEO A; 4LFB M; 3QWL A; 2C5R A; 1N32 M; 2HCB A; 3KSX A; 4EIW A; 4WUR A; 4NSR A; 2HWJ A; 4KLN A; 4JI5 M; 5FTK A; 2DHY A; 1D2N A; 2DWL A; 3D8L A; 3L2A A; 4JI1 M; 1YUB A; 4CHT B; 2LHC A; 3KW6 A; 4F2L A; 4RF1 A; 2D7H A; 1XXH A; 2HAK A; 2CV0 A; 1MN3 A; 2J5Y A; 3HX3 A; 3FUT A; 3FTF A; 1CUK A; 4M0D A; 1D0M A; 2XF3 A; 2KA6 B; 2HL7 A; 3HU1 A; 2G8L A; 5E26 A; 1FNN A; 4JN6 A; 3FUW A; 4XBO A; 3UMM A; 5ITU A; 3PFI A; 4NSO B; 1R2Z A; 4DR5 M; 1IXR C; 2CE7 A; 5EXP A; 4LFC M; 4DR2 M; 4I8O A; 1PJQ A; 1E9S A; 2B3T A; 3FYC A; 4GHL A; 1Z5C A; 5ITR A; 2RGO A; 2CHG A; 4BBA A; 1J5E M; 1QQW A; 5DFL A; 1ZMU A; 3PXG A; 1W5T A; 3B7Z A; 2CEA A; 4R3D A; 4JI2 M; 4FD2 A; 1GL7 A; 2Y20 A; 4L6V 6; 4LGY A; 2A5Y B; 5EXS A; 4B08 A; 5C1B A; 5A2Q S; 1NV8 A; 2X4A A; 1IBK M; 2O25 A; 3HKP A; 1S3S A; 3LCU A; 2DAK A; 4OVZ A; 3GLG E; 3KOY E; 1Z6T A; 3SAR A; 1JB0 F; 2UXC M; 1Q02 A; 2K47 A; 4IBI A; 2J7N A; 2Z4S A; 3U60 A; 5EP2 A; 1PJJ A; 2JP7 A; 4QOS A; 3SC3 A; 1GVN A; 1P3Q Q; 4B7G A; 1L2C A; 3LVV A; 1JR3 E; 2FS1 A; 3GLI B; 3M6A A; 2ZM6 M; 2G3Q A; 3FTD A; 4AG6 A; 1PJI A; 2KNA A; 1L1T A; 2FFJ A; 4JI0 M; 3CTD A; 3FRI A; 3FUX A; 2H1R A; 1WGL A; 4QNM A; 3VK7 A; 4DUZ M; 3CF0 A; 2R18 A; 1IM2 A; 1SXJ E; 3K2L A; 4NXN M; 1OJL A; 4LJ5 A; 2CHQ A; 3W0F A; 4LRT A; 1V33 A; 1XWI A; 2O5R A; 1F4I A; 3LMM A; 3EIE A; 2KRK A; 3L25 A; 3MMP A; 2LVP C; 2R4E A; 1BVS A; 2UUB M; 3GLG B; 4LJ7 A; 2LTU A; 3PVS A; 3JR5 A; 1N75 A; 1HQC A; 4DV3 M; 3A45 A; 3GLF E; 2C96 A; 4I5S A; 1G8P A; 4JXJ A; 2OPF A; 2R0I A; 4AZF A; 4X66 M; 1XMQ M; 2F4V M; 2CFO A; 2WZJ A; 4YHH M; 4IBC A; 1IXS A; 4GC5 A; 5KPZ A; 2K6B A; 2RRU A; 2DKL A; 2ZTC A; 3RC3 A; 4LF5 M; 1JQJ C; 1OFI A; 1SG9 A; 3BXW A; 3UGJ A; 2DZL A; 3U61 A; 4LCB A; 1TTE A; 3FE3 A; 3WHK A; 3KS8 A; 5F3W A; 4OX9 M; 2C9C A; 3IHP A; 3IG8 A; 4IBE A; 2QP9 X; 4FCV A; 2DXI A; 2UU9 M; 2KXE A; 1XHB A; 3KS4 A; 2QNJ A; 5GKN A; 2N35 A; 3RE8 A; 2L7H A; 2BJV A; 3L27 A; 3GLF B; 3GQ5 A; 2OQ4 A; 4REZ A; 4JI4 M; 3J27 B; 2K9D A; 1SXJ D; 1IN6 A; 2FOI C; 2JA2 A; 3PNY A; 4RKU F; 1QAQ A; 3V76 A; 4DV5 M; 3J2P B; 4WW0 A; 4DV7 M; 1PM5 A; 3OTO M; 4FW9 A; 1G71 A; 1Q3B A; 1Z5B A; 3K9P A; 3LVW A; 3TPZ A; 1L8Q A; 3MHV C; 3GO8 A; 1KFV A; 4JI6 M; 3LCV B; 2HKJ A; 1XNQ M; 2YQZ A; 1MX0 A; 1QAN A; 3KOW E; 4IBJ A; 4IBD A; 3CGW A; 1GO5 A; 3C3D A; 4DUY M; 4ITQ A; 1OFH A; 4GKK M; 5E6J A; 2F5N A; 4L16 A; 1XB2 B; 1WIV A; 3LW5 F; 5ITX E; 3HJQ A; 4CHD A; 3UZU A; 1YLA A; 2VQF M; 3UJN A; 3GRR A; 3HJ8 A; 3KOX E; 4M9X A; 1DGB A; 3SAU A; 2QBY B; 4LFA M; 4DBG B; 2LVN C; 1GAB A; 2JUJ A; 1OAO C; 4IBG A; 4DR1 M; 3U6Q A; 5KQD A; 2E5L M; 3AOG A; 5C18 A; 2F5P A; 4CIS A; 3U5Z A; 2JXN A; 4IIW A; 3ZQJ A; 1OIZ A; 2C99 A; 4DV6 M; 2DWZ B; 3J7B A; 2L2D A; 4FCT A; 3FYD A; 3KVW A; 4I4L A; 1IY1 A; 4MGI E; 2ZBK B; 3R9X B; 2XFT A; 3BBZ A; 1Z59 A; 3U6E A; 1GLN A; 2F5Q A; 2EKK A; 3SMS A; 1OKS A; 4LG2 A; 4DR7 M; 1DO2 A; 4CGY B; 4G4R A; 3U6O A; 1J7K A; 2LVO C; 3SBJ A; 2UXD M; 2Z7J A; 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2R9G A; 4ANR A; 5JI3 E; 3U60 B; 4PDI A; 3VFD A; 1JR3 A; 3HHW A; 1L2D A; 3AV0 A; 1R2Y A; 5H37 D; 1QZM A; 4KOD A; 3ZH9 B; 1K3X A; 1HQY E; 1R7R A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4LF6 M; 1SXJ A; 2YNM D; 3HGI A; 3VKG A; 2V6Z M; 1L1Z A; 4OW0 A; 2AHM A; 3ZC7 B; 2V1U A; 3ZCB B; 1JR3 D; 3GQ3 A; 2QPA A; 3JR4 A; 3R8F A; 3WHL A; 4YY3 M; 2RKO A; 3J80 S; 4LJ8 A; 3SFZ A; 1XMO M; 4DV0 M; 4DR3 M; 1IXS B; 1IBL M; 3L28 A; 2QEN A; 1J09 A; 3U6D A; 3JAM S; 3D8B A; 3E9S A; 4IBB A; 3A98 B; 2R65 A; 4GHA A; 1K82 A; 2LWX A; 4NRW A; 2J7O A; 1DGH A; 5EP3 A; 4Z6Y A; 5KQ8 A; 4MB7 A; 1ZAE A; 3AOE C; 1G4A E; 2CHV A; 1H6U A; 4PDG A; 3SMP A; 4JV5 M; 4X64 M; 4GH9 A; 4NOO B; 1N77 A; 3GPX A; 4PD2 A; 4IBK A; 3J81 S; 5FTM A; 5FTJ A; 3T15 A; 2V1C A; 3GQ4 A; 4AW4 A; 4LGM A; 5DYI A; 4M9Z A; 3J7A S; 4GRI A; 4MGZ E; 1GKI A; 1I94 M; 4IJF A; 4GIT A; 3ILK A; 4GIP A; 4D82 A; 4MGY E; 1G59 A; 3NWL A; 3W0L B; 4X62 M; 2DHR A; 5IWA M; 3M7G A; 3HU2 A; 3FTC A; 2XFS A; 3BOS A; 4FWH A; 4JYA M; 5EP1 A; 1E94 E; 2X8A A; 4IJE A; 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