3U6AA

Rational design and synthesis of aminopiperazinones as beta secretase (bace) inhibitors
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
388
structure length
374
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVESQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Rational design and synthesis of aminopiperazinones as beta-secretase (BACE) inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 96
structure length 374
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-10-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3u6aA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3u6aA02
5P4BA 4NPUA 2VIZA 1HIHA 5AH6A 3APRE 1SGUA 1GNOA 2I4VA 3KYRA 5P5GA 1D4KA 5OYYA 3TKGA 2O4LA 5COOA 5P1QA 3NU6A 5P00A 1ZPKA 3OHFA 5EZZA 3O9EA 3VLAA 1VIKA 5P1LA 3LIYA 3O9HA 2QCIA 3VUCA 3PI5A 4ACUA 4QJ7A 3ZKXA 4R91A 3URIA 2FDPA 2AZCA 4AUCA 4OD9B 2IGYA 5OZ0A 3NDXA 3NXNA 4B70A 4J0VA 5OZ4A 3F9QA 5P34A 4Y3FA 4Y3WA 3TPLA 3GGUA 5HD0A 3KN0A 5AH9A 1KJ7A 5P8JA 1D4YA 4XX4A 3M9FA 1NPWA 3O9IA 1W6IA 3OXCA 5OZTA 5P0JA 2OHSA 2AOHA 3PSUA 3QROA 2FDEA 1UH7A 3K5CA 5P2UA 2PH8A 4IVTA 4MC9A 2FS4A 2V00A 3R1GB 2F3FA 1BWAA 3DUYA 5P8OA 5P6AA 3EC0A 5P3UA 5OZOA 2F81A 3L5CA 1HPVA 5DR3A 4ZSRA 5FIVA 4Y41A 3PBDA 4L7GA 3QP0A 2AQUA 5P11A 3DV5A 2Q11A 3K5FA 1EBYA 4BEKA 1SP5A 5P1PA 4Y4JA 6APRE 2AVOA 5P71A 4TRZA 3KFRA 3QBFA 1HSIA 1BWBA 5P2ZA 5P1SA 5P8MA 4RZ1A 1SDVA 5PEPA 1AVFA 3WB5A 4H3IA 5P1AA 5DQ2A 3ZKNA 3SKFA 5KR1A 5P4CA 5P67A 4YOBA 5P2KA 1GNNA 4YD4A 3K5DA 5I70A 5P5VA 2VJ6A 4Y3DA 5DR1A 1ENTE 2QAKA 2VIJA 1HVIA 1HOSA 2OHMA 5P45A 2PH6A 3UFNA 4EJ8A 3EL0A 2NXDA 2ZJHA 4RYGA 5OZGA 1AAQA 1TCXA 5P6MA 3ZOVA 5P7PA 2V0ZC 3PSYA 5OZPA 2VIEA 5P2AA 5DQCA 2ZHRA 3ER5E 3QRSA 4RCFA 4DJYA 1KJHA 1OEWA 1DMPA 3FX5A 1MESA 3HAWA 3SPKA 3UCBA 4E43A 5P36A 3VG1A 2JE4A 5P16A 3BGCA 3VF3A 3GI4A 4HDBA 2BPZA 5P8CA 3T3CA 5P8NA 4DQGA 2FNSA 1XE6A 2QI3A 4Y48A 5P24A 2O4PA 4CMSA 2ZJJA 5P1XA 3I8WA 1FMBA 1LF2A 2Q64A 3OADA 5P4PA 5P4RA 1DIFA 1MSMA 4Y4GA 4QJ2A 1XN2A 3WSJA 2J9KA 3H0BA 3TNEA 3QRMA 4J1KA 5P05A 3OTYA 5APRE 3PVKA 5P1CA 3HDKA 1EBWA 5KR2A 2G20A 4F74A 2B8LA 2O4NA 2FGVA 5P5XA 2ZGAA 1SIPA 5P3GA 3LIVA 1KJFA 2F8GA 2I1AA 1MT8A 3S54A 5P43A 5OZ8A 1YTHA 1MIQA 1NH0A 4Y38A 4EJLA 5P12A 3NSHA 1K2BA 3R0YA 3UDPA 2R3TA 5P8EA 5OZBA 4Y4BA 1AZ5A 2BKTA 2FLEA 3G70A 4OBZB 4ZSPA 3LIZA 5P2BA 4Y4EA 4DJQA 5P0UA 5P8GA 3VSWA 3O9GA 5P3QA 3FIVA 4JPEA 5DPZA 4Y3XA 1IDAA 5P3KA 3SA7A 5P6SA 1BAIA 3U7SA 5P7AA 4Y4XA 5P3ZA 3LZSA 2QU3A 2WL0A 4ER1E 3RTNA 4Y5LA 3OOZA 4NPTA 3QI1A 5P8UA 4OD9A 4YBIA 1WBMA 3BGBA 2G21A 1T6EX 3KT2A 5P72A 4Y58A 1JLDA 1FQ7A 3VV7A 2Q5KA 1B6PA 3OOTA 4DJUA 1ZBGA 5P8SA 3INDA 3KFSA 5SXNA 3VV8A 4DJRA 5P5IA 4GIDA 1FQ8A 4H3FA 3OGQA 5JFUA 2NMYA 5P49A 4CPSA 5P5EA 1ZAPA 4EJKA 2QZLA 5P69A 1GVUA 1K6VA 1BXQA 4OBDA 4LC7A 3IA9A 4HE9A 5I3VA 4ZPFA 3R2FA 5P3JA 4FRIA 2ZE1A 4J1CA 3LNKA 4Y5NA 5P27A 5P5WA 5P7CA 3UDHA 1EC1A 4ZEAA 5P0YA 3VYFA 4Z4XA 5P6BA 2QK5A 2XFKA 4JP9A 5P18A 5AGZA 4J54A 4EQJA 5P3CA 5IE1A 5P5RA 4I0FA 4OBKA 5P7HA 1RQ9A 1MRWA 3AIDA 5KQFA 5P09A 4DFGA 4YD3A 5P4SA 4K4RA 3CKTA 2RKGA 4K8SA 5P0DA 3PCZA 4D8CA 4MC6A 1YT9A 3K4VC 5P0PA 4FIVA 1G6LA 5P0AA 2ZJIA 4ZSQA 1TQFA 1AJXA 3PLDA 1FIVA 2VNMA 4EQ0A 3BUFA 3RSXA 3ECGA 1GVXA 4K9HA 1META 3L5DA 5F00A 4Y3HA 1A30A 2WF1A 3MSKA 1QBRA 4QLHA 3QAAA 2JYSA 4I10A 5HTZA 1HXWA 3CYXA 2QNQA 5P6UA 3R0WA 3U6AA 1HPSA 2XFIA 3CYWA 4J0YA 1W5VA 4Y3GA 4Z2ZA 3S43B 5BWYA 1SDTA 2F3EA 1FGCC 3PI0A 5P01A 2QMPA 4KE1A 1GVTA 2CENA 2WEBA 5P77A 1HSHA 4YCYA 4J0TA 1BIMA 5P64A 2I0AA 5P40A 4Q1XA 2FNTA 4Y3EA 2ZHTA 5P5MA 5P65A 4Y53A 5HDUA 1T7KA 3NYGA 5P6ZA 3B80A 4DQEA 4Q1YA 2RENA 4FM6A 1BBSA 5ISJA 4RROA 2HPFA 1EPOE 5P1TA 4R93A 5P4UA 4H3JA 2EWYA 5P37A 4Y3MA 3CIDA 3CICA 4Q5MA 1A8GA 3KFPA 5IVTA 2I4UA 5ENKA 1HRNA 5OZ3A 4MC2A 5P2IA 4OBZA 4Z50A 5P63A 5JG1A 2B7FA 5C9BA 2VA5A 4CPXA 3NU5A 2HB2A 5P0TA 5P32A 4EXHA 4GJ9A 1W50A 2V16C 3UDNA 4Y5AA 4DJOA 2UPJA 1RV7A 2O40A 3NU3A 3Q5HA 5KR0A 3EMYA 2OHPA 2WHHA 5P0SA 4GMIA 1IZEA 3ZKMA 3KMYA 4GJ6A 5P1MA 1AJVA 5P7DA 4X7IA 3OQFA 1APVE 5P6DA 5P6LA 3OUAA 4TVHA 5C9DA 3LZUA 4RGHA 5P0GA 4XX3A 5P7LA 2MIPA 3SKGA 2R38A 2Q54A 2AVVA 4B1EA 3PMYA 5P5CA 3Q6YA 3UTLA 2P3BB 5P2MA 2IKOA 5P0EA 3Q4BA 5SY3A 1A9MA 1MTBA 5P4XA 2JXRA 2QI0A 5P1KA 3PWWA 1SIVA 5P78A 1LYWB 5I3WA 1HBVA 4Y6MA 1GNMA 1C6YA 2AZ8A 5IS4A 3QN8A 3BUHA 1EC3A 5P4MA 3EKPA 5P2TA 4LXAA 1EPNE 2ER7E 5P1RA 3OXVA 1QDMA 3DOXA 3QVCA 5P1OA 5P8RA 2B42A 2R5QA 2QD7A 1G35A 4RLDA 3EKXA 4PZWA 5P6RA 3O9BA 5P10A 4Y4TA 3WZ7A 3BXSA 4K4QA 3S85A 4UPJA 5P53A 5P0VA 5P4NA 4HZTA 3EKYA 5P5AA 3G6ZA 1ZPAA 3RTMA 5KR8A 2R8NA 5P51A 5P0KA 5P5TA 5P7YA 2QNNA 3IGBA 3KFNA 1FG8C 5OZUA 4YBFA 1C6ZA 1HVSA 2JJJA 1B6LA 5OYVA 3O9LB 1FQ5A 1BDLA 3RSVA 3GI6A 3D3TA 3IAWA 5P55A 3PWMA 4Y54A 4YD6A 2Z54A 3HW1A 3DV1A 5P0FA 4A6BA 1FB7A 4I8WA 5P1UA 5OZDA 2P8HA 3JVYA 2P3AA 5HE5A 2VJ7A 1RL8A 2I4QA 4FS4A 1HIIA 5P3VA 2AIDA 5AHAA 4RRSA 5P8DA 5P47A 5P4GA 5P8AA 2O4SA 5ER2E 5P8KA 4DV9A 2G69A 1B6MA 3HVGA 5P5HA 1IVQA 1SMRA 1A8KA 3S43A 4Y3RA 1A94A 1K6PA 3QS1A 1LV1A 5P08A 5P5UA 1T3RA 5P6YA 1PPKE 3QVIA 4D83A 1YTIA 3LZVA 5P7MA 3L38A 2ER9E 4FGXA 5P6WA 4HDPA 4I11A 5P4OA 5P0MA 1QS8A 4FRSA 3VV6A 5OZEA 5OZ9A 5P5QA 5P22A 1LZQA 1CMSA 5P20A 4FSEA 1EAGA 4LXMA 1HVLA 2RMPA 3I2LA 3OK9A 5P38A 4L7JA 1LF3A 2A4FA 5P41A 3U71A 5T4SA 3LINA 5HDXA 2NXLA 1E81E 4DQCA 3VEUA 5P3IA 4J17A 1N49A 3T7QA 3TOGA 2UY0A 5P1IA 1HTGA 1EPME 2J9JB 1M4HA 2NXMA 1B5FB 1EBZA 3TPRA 5P4JA 2F80A 1ZTZA 4J5JA 1GVWA 3S45A 4J0ZA 2HS2A 4NJVA 3D91A 5P4DA 5JFPA 5OZXA 2Q55A 3NU9A 5P29A 1YM2A 1M43A 4I0HA 2RKFA 4Y3LA 5P1VA 5P2YA 3CKRA 4BELA 5P7SA 5P8VA 5P5OA 5P0HA 5P68A 3OUDA 2WF2A 2V10C 3EL5A 5KQYA 5P3SA 4Y5CA 4DJWA 1YG9A 4I1CA 3PBZA 2IDWA 5P28A 3O9FA 5AHCA 3VSXA 5P8TA 4ZSMA 2QMFA 1BV7A 5P1ZA 4YOAA 5E5JA 2HB3A 4FRKA 2AZ9A 1HHPA 1Z8CA 2I4DA 3NLSA 4KB9A 3UDJA 4GJAA 1MTRA 2BQVA 4NJSA 4CKUA 3FNSA 4L6BA 2QD6A 1APUE 2H6TA 3G72A 5DQ1A 3DCKA 5OZQA 2PQZA 2B7ZA 2AVMA 4HA5A 5HU0A 3UDQA 5P0ZA 4I12A 3NDTA 5P5ZA 5P0BA 2Q3KA 4NJTA 2P3BA 5E5KA 4B00A 5OZZA 5P5YA 4OC6B 9HVPA 1HVRA 1OEXA 4Y4DA 4DVFA 5P4FA 3CMSA 5OZVA 1PPME 1YTGA 5P02A 1YX9A 5P7UA 1XE5A 5P8QA 1YTJA 3N4LA 1ER8E 5P74A 5P1FA 1W51A 5HE7A 5P61A 3Q3TA 1LYBB 4APRE 1G2KA 5P7RA 4D88A 5P87A 3INFA 3WZ6A 3QBHA 3GI5A 4DI2A 2ZJMA 5P3YA 3L5BA 5OZHA 3ZMGA 4I0DA 5P39A 2BKSA 3FNUA 1BDRA 4YD5A 3HD8A 1HWRA 3PWRA 2HIZA 5P0IA 3KDDA 5P6OA 4Q1NA 1BV9A 4CPRA 5P4AA 4TVGA 2WF3A 4OBHA 4Y45A 3NXEA 5HDVA 4ACXA 5OYTA 4B78A 2OHKA 5P6NA 5P7NA 3GGAA 5P03A 2QMGA 5P7XA 1C6XA 5P3BA 3SM2A 3IN3A 5KQZA 1IZHA 3O9LA 2NNKA 4Q1WA 1XS7D 3ZL7A 5DQ5A 5DR0A 4EPJA 1NSOA 2ZHUA 3DM6A 4DUSA 2HS1A 5P7JA 1ZP8A 4YE3A 3UQPA 1MERA 5UPJA 3EKTA 4XKXA 2PYMA 7UPJA 8HVPA 5P6EA 3O99A 5IVRA 4AZYA 3SACA 2QI7A 4YDGA 3BC4A 5SY2A 2G1RA 3UFLA 3DK1A 5P4EA 5P88A 5HDZA 2ER6E 5J25A 1MPPA 2B60A 4YHQA 5P1DA 2R9BA 4APEA 2XYEA 4HDFA 4TRWA 5DGUA 2G24A 5P3DA 1U8GA 3H5BA 5P2HA 4AA8A 5P73A 4HEGA 3PM4A 3VFAA 5JODA 4GB2A 5OZIA 2WF4A 4ZE6A 5OZNA 2QP8A 4LXKA 2PC0A 3S7MA 5P75A 1MUIA 3OQKA 1AM5A 5ENMA 1UH8A 4GJBA 5P3FA 3PLLA 1SH9A 5COPA 5P8IA 3TL9A 4JOOA 1W6HA 3N3IA 1IBQA 5P46A 2HM1A 2J9JA 4BFBA 3LPJA 1B5FA 4J1IA 5C9FA 2PSVA 1LF4A 2HPEA 5P7KA 1Q9PA 1ZLFA 1HVHA 3EL9A 3S56A 2G94A 3VCMA 1FF0C 5OZ2A 2WEAA 5P06A 3SAAA 4DH6A 4K4PA 4ZPEA 4RYCA 1QRPE 2NNPA 5P7ZA 2AOIA 3KF0A 4OBFA 5F01A 1ZJ7A 1HPOA 5P31A 2ANLA 5KOQA 1BVEA 5P33A 4I0EA 5P85A 2OHTA 5P54A 3EL4A 3I25A 4QJ6A 2FXDA 1IVPA 3O9DA 2R3WA 4WY1A 4A6CA 4Y4AA 3PB5A 4LAPA 4KUPA 3UF3A 4EXGA 2G22A 1TZSA 2ZJKA 5P25A 3WZ8A 1BVGA 3L5EA 5P0QA 3PEPA 2ER0E 2QD8A 4WTUA 5KQXA 1ZSFA 5P7VA 4EHCA 4Y3NA 3K5GA 4YCTA 1OD1A 1DPJA 3L59A 3S8IA 4CPUA 4Y5MA 5P0NA 2AZBA 5IVSA 2R43A 3B7VA 3UPJA 2QI6A 4N00A 1T6GA 5P3WA 4B77A 4J1EA 1EBKC 3EXOA 1HPXA 1SDUA 3NUJA 1LYBA 1PSNA 1LYAB 5OZLA 2HAHA 3GGXA 2BPVA 5P23A 5P7EA 3L5FA 2IS0A 5P52A 5P3OA 3EM4A 5P8BA 5P4VA 4F75A 1MT9A 5P1NA 3ZPTA 1FLHA 5DQ4A 1HXBA 1OHRA 4B72A 2AODA 3TPPA 4B1CA 5P5LA 5P59A 3UQUA 4NKKA 5P2WA 4HVPA 5P80A 3A2OA 5P48A 4QJ9A 4CP7A 3SA8A 4Y50A 3FV3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P4B A;  4NPU A;  2VIZ A;  1HIH A;  5AH6 A;  3APR E;  1SGU A;  1GNO A;  2I4V A;  3KYR A;  5P5G A;  1D4K A;  5OYY A;  3TKG A;  2O4L A;  5COO A;  5P1Q A;  3NU6 A;  5P00 A;  1ZPK A;  3OHF A;  5EZZ A;  3O9E A;  3VLA A;  1VIK A;  5P1L A;  3LIY A;  3O9H A;  2QCI A;  3VUC A;  3PI5 A;  4ACU A;  4QJ7 A;  3ZKX A;  4R91 A;  3URI A;  2FDP A;  2AZC A;  4AUC A;  4OD9 B;  2IGY A;  5OZ0 A;  3NDX A;  3NXN A;  4B70 A;  4J0V A;  5OZ4 A;  3F9Q A;  5P34 A;  4Y3F A;  4Y3W A;  3TPL A;  3GGU A;  5HD0 A;  3KN0 A;  5AH9 A;  1KJ7 A;  5P8J A;  1D4Y A;  4XX4 A;  3M9F A;  1NPW A;  3O9I A;  1W6I A;  3OXC A;  5OZT A;  5P0J A;  2OHS A;  2AOH A;  3PSU A;  3QRO A;  2FDE A;  1UH7 A;  3K5C A;  5P2U A;  2PH8 A;  4IVT A;  4MC9 A;  2FS4 A;  2V00 A;  3R1G B;  2F3F A;  1BWA A;  3DUY A;  5P8O A;  5P6A A;  3EC0 A;  5P3U A;  5OZO A;  2F81 A;  3L5C A;  1HPV A;  5DR3 A;  4ZSR A;  5FIV A;  4Y41 A;  3PBD A;  4L7G A;  3QP0 A;  2AQU A;  5P11 A;  3DV5 A;  2Q11 A;  3K5F A;  1EBY A;  4BEK A;  1SP5 A;  5P1P A;  4Y4J A;  6APR E;  2AVO A;  5P71 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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