3U6FA

Mouse trex1 d200n mutant
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
228
structure length
217
Chain Sequence
PHGHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENSQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQARKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGNVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Defects in DNA degradation revealed in crystal structures of TREX1 exonuclease mutations linked to autoimmune disease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Mus musculus
molecule keywords Three prime repair exonuclease 1
total genus 69
structure length 217
sequence length 228
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2011-10-12
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3u6fA01
1C6VA 3SQ1A 4OLBA 3AVKA 1RT7A 4CF1A 1GOAA 3PY8A 4AILC 1L3TA 5DMRA 3SCXA 1JL1A 2DFFA 1S1XA 5KRTA 4CJLA 4DQPA 1RDDA 1KVCA 1ASVA 4B8AB 4B3OA 3AVMA 1NJYA 3V1OA 3AVGA 4JRQA 4E7IA 2G8UA 2P5OA 4EZ6A 3RWUA 3SNNA 2RPIA 4RG8A 1LAVA 3ZSVA 4KHNA 1EKEA 4KHYA 2F8TA 1VSJA 2X78A 4CERA 3VA0A 2OPRA 4Z4HA 3RTVA 1RCHA 2B4JA 4Z4EA 1ZBHA 1SKSA 4B9TA 5JS2A 3L2UA 4GW6A 3AO3A 4CEBA 1VSHA 4FLZA 3ZT3A 4CJVA 3V9WA 1TGOA 1D9DA 3C94A 4Z0UA 1RDBA 3TI0A 4CEEA 3HP6A 1HPZA 1B9FA 1NJXA 1RBRA 1TK8A 4CF8A 4J2BA 3DM2A 3PO5A 2X6NA 2GV9A 4DTRA 1J53A 1HMVA 3KLHA 5FRMA 2G8IA 5KGXA 1TAUA 4CJ5A 4HTUA 2YHAA 4XIUA 1L3SA 3QETA 3AO4A 4RW4A 1LW0A 2FC0A 4E19A 3OYKA 4KV8A 4B9SA 3VQQA 3RMAA 4FLVA 3DOKA 3RMCA 1IKYA 4KHQA 1WSIA 4CJRA 2W42A 3THVA 1LWEA 3AVCA 4LY7A 2DY4A 1TV6A 2ETJA 4C8NA 4ZHRA 4CCHA 2Z1JA 3ZSQA 1RBSA 3KLIA 5HP1A 1NK8A 1C0UA 4CHQA 3TAPA 3I8DA 1LAWA 1S1TA 2JLEA 3DMJA 2E4LA 1QHTA 2F96A 2Y1JA 1RILA 3TR8A 2XHBA 1U4BA 3VQ6A 1FK9A 2KQ2A 4QAGA 4C8KA 4OPJA 2KFNA 3KK1A 3RMDA 3OS0A 4B9LA 3ZSXA 3OYEA 3UIQA 4LH4A 1HNIA 4IG0A 1TKXA 4ELVA 4DMNA 5DK5A 3VA3A 3T19A 4DSLA 4CJSA 4DS4A 2NUBA 4HUEA 3VQPA 4FJNA 5HBMA 1VSIA 3HP9A 4DG1A 1YTUA 1HQUA 3S3OA 3KLEA 1RTIA 1TVRA 1C1AA 2BANA 3AA5X 3NF8A 4CJFA 3OYDA 3P83D 3S3MA 3HJFA 1UA0A 4F3OA 3HXMA 1LV5A 4H4OA 4CEQA 5J2NA 3KKRA 1XC9A 2RF2A 4F8RA 1JLFA 2HNZA 3MEGA 3HL8A 4OLAA 3EY1A 1SL0A 2HVHA 2KW4A 2A1SA 2IAJA 3KK3A 4B9UA 1SV5A 4FCYA 4DU1A 3KIOA 3QEXA 4AHTA 1N5YA 5FRNA 4AH9A 2X74A 5SZTA 3V9ZA 4I2QA 1JLAA 2LSNA 1KVAA 3PO4A 3PV8A 3TAQA 5E41A 4RW7A 4ICLA 1U47A 1UAXA 1HYSA 3ZT4A 4CEZA 5FROA 3ALYA 3AVHA 3I0RA 4HUGA 3TAGA 4DSIA 3TAFA 2HMIA 1TL1A 3QESA 3VQ8A 5KGWA 1KFSA 1S9EA 4FJLA 4Z4FA 1RT6A 4CJWA 4CEAA 4DTUA 3OJUA 4HCBA 3QEPA 2HHUA 1SL1A 4Z4CA 3TWHA 4IDKA 2HNDA 4FJ9A 4W5NA 4R5PA 3L3UA 4MFBA 4DFMA 5HRPA 3IRXA 1SKRA 4C8LA 4DSFA 1REVA 1C1BA 4CESA 3U3YA 1RDCA 5KTQA 4DU4A 4FJMA 2P51A 3QLHA 1CXQA 1U48A 2PYJA 3V9UA 3O3FA 4DFJA 2OPPA 3CG7A 3VQEA 1JLQA 4KPYA 2YHBA 3QEVA 4W5OA 2YKMA 3SUNA 3K5MA 3P5JA 3JSMA 3VQCA 4KB0A 3TAMA 1N6QA 1IKVA 3LP3A 1NK0A 2HHSA 3KLFA 1XWLA 3C6UA 4OJRA 4K8XA 1JXEA 4FLTA 3NAEA 4N76A 3AO5A 4FVMA 1SKWA 1BGXT 1KRPA 3ULDA 2F8SA 3HK2A 4H8KA 4FXDA 3AVNA 3SUQA 4KAZA 1J9AA 2GBZA 3V1QA 5J2MA 4DQIA 2BE2A 4M41A 3HPOA 4KHWA 2KFZA 4DFPA 5CZ2A 1IH7A 3FFIA 3TAEA 3LWMA 3D45A 1GOCA 3QIOA 3K5OA 4KB1A 4O5BA 2E6MA 1K6YA 3DRRA 4CJ4A 3PX4A 4IKFA 4PY5A 1Q8IA 2Z1IA 5C25A 3IAYA 3DLEA 4DQSA 3OY9A 2AJQA 2XO7A 1A5XA 3VQ7A 3AO1A 4FJJA 2IGIA 2WOMA 4OKEA 1WNSA 2VG6A 3HO1A 2X6SA 3NCIA 5JS1A 3K5NA 3OYNA 5J1EA 1R0AA 1FKOA 1VRTA 4BWJA 4IFVA 3QERA 1BHLA 4B8CA 4CGGA 4LSLA 1L3UA 1VSDA 1BIZA 1C0TA 3MEDA 3NHGA 2A1RA 2PYLA 4O4GA 4DWIA 1B9DA 4QOZB 2HW3A 2R7YA 1S1VA 4J2EA 1HNVA 2QXFA 5C24A 1QQCA 4CFBA 3NE6A 4JS5A 1YTAA 2HVIA 4E0DA 4DLGA 3OYHA 4CJPA 3PX0A 4DTJA 4NCBA 4O55A 3SQ0A 3MECA 1LWFA 3CFPA 3LZIA 2HB5A 4FZZA 3CYMA 1QSYA 3MXIA 4FJ8A 2YKNA 1TKZA 3AVAA 3DYAA 1KVBA 5HROA 3OYAA 1X9MA 2KZZA 4E7JA 2IS3A 4LD0A 1NK5A 4C8MA 1JLBA 3MAQA 1NK7A 2HNYA 2D0CA 2FBXA 4FM2A 4G1QA 3CM5A 3V81A 4FK4A 2XY5A 3DLHA 1F21A 4DS5A 3AV9A 1NK9A 1J5OA 2PZSA 1B92A 1JLGA 3NF9A 3QO9A 4CGDA 4BE0A 3U6FA 1T03A 1L5UA 2BGGA 5HRNA 2HHWA 3DLGA 3OVNA 3LALA 5CYQA 1FXXA 4O44A 1YT3A 2D5RA 2FBVA 2I5JA 3MEEA 4CJTA 3SPZA 3AO2A 3DLBA 1BI4A 1ZBIA 4BWMA 4Q0BA 4O0IA 1QSLA 2PY5A 4L8RB 4CF9A 4FZXC 1ZBUA 3QIPA 3K2PA 3L2VA 4DSEA 3K57A 1S1UA 4CJEA 1RBVA 4BACA 2EX3A 3NH2A 3K5LA 2EHGA 4DTSA 2OZSA 1G15A 4CJQA 4RW6A 4FLUA 1DLOA 1RBUA 4FJ5A 2VWKA 1KTQA 4IFYA 4CE9A 1VSMA 3VN5A 3NGZA 4FJIA 3ZT0A 3H08A 3HM9A 5J2QA 4FJGA 3CFOA 1TAQA 3KK2A 4DFKA 5I42A 2G8KA 4GMJB 3M8SA 2GUIA 4M3TA 5HRRA 3HVRA 1NKEA 4PQUA 1JXBA 2YNHA 2YNIA 3OS1A 4CFAA 1BQNA 4CGHA 4AHSA 4CHNA 1U49A 1NKBA 3ASMA 3AA2A 1Y97A 3OYCA 4DTPA 4YFUA 4Z4IA 1NOYA 3ZCMA 3EYZA 2P5GA 3U3GA 4KFBA 3LAKA 1NK6A 1QE1A 4Q5VA 4GVMA 3LP0A 1U04A 2OPQA 2Z1HA 3DI6A 4E89A 5SWMA 3IG1A 4BDZA 1RT4A 5HLFA 1HYVA 1UWBA 4CGJA 4J2DA 4CHOA 4I9QA 4CFDA 4JRPA 4Y1CA 3SI6A 4OKJA 3OS2A 3L2RA 1WSFA 4HUFA 4CIEA 1VSKA 2G8FA 1KSPA 2OZMA 2IC3A 4FJXA 1EP4A 1HQEA 3HPHA 3IS9A 3CQ8A 1W9HA 4DTXA 4RW9A 3NH1A 1KFDA 4J2AA 4FLWA 4H4MA 2HHTA 2G8VA 3VQ4A 4PUOA 2RN2A 4N5SA 1QTMA 1S6QA 3LP2A 4FW1A 1HYZA 1W0HA 3AVJA 3OJSA 1WSHA 3KLGA 4ID1A 4I9LA 5K14A 4B9NA 1CZBA 1KCFA 4OGCA 2VG7A 5T7BA 3KD1E 4KHSA 3AVIA 1RT3A 1BQMA 1BCOA 1EETA 3SZ2A 3SYZA 4M3WA 4FK2A 3OYLA 1BCMA 1CZ9A 3NGYA 4E7LA 3SUPA 4E7KA 3ZT1A 1HJRA 3VQBA 4IG3A 3AA3A 4NCAA 3KKSA 1A5VA 1O1WA 1NJZA 3WNGA 1XHZA 1U45A 1CLQA 3LZJA 4KTQA 4UQGA 4DTMA 4E1NA 1CXUA 3SJJA 3ZSYA 1ASWA 1WSJA 2D0BA 1IO2A 3G0ZA 3NFAA 3TABA 1S5JA 2DTUA 1Z26A 4FW2A 4DF4A 4CF0A 4I2PA 4KI4A 3AA4A 3KJVA 4KKOA 1S1WA 3P1GA 4DQRA 1IG9A 4F3TA 1T7PA 5HRSA 2VWJA 2KTQA 2P1JA 2HHVA 4DSJA 4OKKA 3NF7A 3L8BA 3QEIA 1UA1A 4C8OA 4BE2A 3T3FA 1XHXA 3F9KA 4MQ3A 1WSEA 1WAJA 4KTZA 3V4IA 1T8EA 4HVJA 4CEOA 3QEWA 3DRPA 3DLKA 5I3UA 1UOCA 3C95A 4B08A 2O4GA 4AHRA 2ITGA 3O3GA 3S3NA 1VRUA 3OYJA 1KLNA 4F2SA 4EZ9A 1ZBLA 1LW2A 4NYFA 1X1PA 1VSFA 1JKHA 2JGUA 1VSEA 3ZSOA 2XY7A 4BDPA 4CEDA 4I7FA 1C0MA 4LH5A 3M8RA 3JYTA 3AVBA 2QK9A 1TKDA 4K8ZA 3F73A 1GOBA 2IOCA 4KO0A 1IKWA 2B6AA 4CJ3A 4CF2A 4CK1A 1WN7A 4DQQA 1Q9YA 4M42A 4CEFA 2O4IA 3M8QA 2OYQA 1EX4A 4W5TA 1RT5A 1S6PA 3K59A 1D9FA 4YNQA 5KI6A 3ZT2A 4CIFA 4KREA 4FM0A 1VK0A 4FLYA 3MXJA 4QCLA 3NBPA 4HHTA 3ISNC 3CFRA 1BI4B 4CHPA 3O3HA 4ELUA 4CFCA 3QNNA 3LDSA 4DTOA 3L2QA 3VQ9A 3B6PA 3HSTB 3LP1A 5FDLA 2RKIA 4KTWA 4AHVA 2YNFA 4M3RA 2XRIA 4FJ7A 3HYFA 1BL3A 2XY6A 1S9GA 1I39A 3V6DA 3RMBA 3VQ5A 2E6LA 3SV4A 3AVFA 2QKKA 2HHXA 3OYGA 1XI1A 1RBTA 4CGFA 3LWLA 4F2RA 4EP4A 3LPUA 3DRSA 3NDKA 3OYFA 3VQDA 3RRHA 1A5WA 3NF6A 1RTHA 1LWCA 4N41A 4FLXA 4BDYA 2ATQA 1X9SA 4M3YA 3VQAA 4CGIA 4ZTFA 1EXQA 3ZSZA 4ELTA 4W5QA 1RDAA 4E7HA 3RRGA 4PWDA 1ITGA 3BGRA 1ASUA 4FM1A 5D3GA 5J2PA 2B5JA 4M45A 4E1MA 3TARA 3HT3A 1TL3A 3KTQA 2OA8A 1DTQA 1FKPA 4FK0A 4KI6A 3A2FA 4CHYA 3AVLA 4OGEA 1BIUA 4F4KA 4Z4GA 4EP5A 4DF8A 4KHUA 1J54A 4M3UA 3SPYA 4WE1A 1WAFA 3OYMA 1QS4A 4DLEA 5KRSA 3V9XA 4CIGA 4CJUA 3OYBA 4FYDA 4B9VA 3OYIA 2QKBA 1ZBFA 4OPKA 4AHUA 5CZ1A 1KLMA 3SV3A 3B6OA 4JS4A 1Q9XA 1D8YA 2Q3SA 4KRFA 3V9SA 2XY8A 1NKCA 4HCCA 3WNHA 1VSLA 2YNGA 4AHCA 3C6TA 3PUFA 4RW8A 5CY4A 4CJKA 3EZ5A 1ZYQA 4M3ZA 1QSSA 3RR7A 2Z1GA 3L3VA 4FJKA 3LANA 3SQ2A 1HRHA 3DOLA 2OPSA 1RTJA 4DU3A 1RNHA 3E01A 4PA1A 4CECA 1WSGA 1RT2A 2KZMA 1Z25A 1JLEA 4Y1DA 3L2WA 1JLCA 5EU7A 4NCGA 3K58A 4OVLA 4E3SA 3G10A 3QNOA 1I3AA 1WLJA 3MXMA 1TK5A 1RTDA 3ITHA 4ID5A 4M3XA 5CYMA 4JLHA 1DTTA 2G8WA 4CK3A 2ZE2A 2HHQA 1T05A 3S9HA 1C1CA 3D0PA 1JL2A 3O4QA 3WNFA 4BE1A 2ZD1A 3ZSRA 4CHZA 1NJWA 2G8HA 4IBNA 3V1RA 3ZSWA 1BISA 3I0SA 3HVTA 2DFEA 4DTNA 4FZYA 3TANA 4DSKA 1RT1A 2DFHA 2YV0X 3WNEA 1YVUA 3CM6A 1X9WA 4B9MA 2FBYA 2IDOA 2WONA 3HPGA 3O4NA 2VG5A 1SUQA 3QINA 1NOZA 3LAMA 4CK2A 3RR8A 1D5AA 1TKTA 1TK0A 2Y1IA 2BDPA 3BDPA 3PX6A 1IKXA 3DLRA 3LPTA 1L3VA 3T1AA 5C42A 3KD5E 3NGIA 3M8PA 4FJHA 4W5RA 4N47A 1NK4A 4LSNA 4O0JA 1MU2A 3NH0A 2D0AA 2FBTA 3SUOA 4ZTJA 3SQ4A 4TSXA 4N56A 1SL2A 4NYNA 2ZQBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2NLXA 2P9IB 4IO8A 2EWSA 4ISEA 4AILC 4FOIA 5DMRA 1S1XA 4KH5A 5AQFA 5JVGL 1NJYA 3V1OA 1VQLN 4E7IA 5AQPA 2RPIA 4RG8A 1LAVA 1EKEA 4B1ZA 2RHKA 2OPRA 3C6HA 1QVFM 1SKSA 1VQKN 5JS2A 1CZAN 3WXLA 1VSHA 4FLZA 3V9WA 3C7NA 1TGOA 3AGRA 3VGLA 3HM8A 3LDOA 4Z0UA 3VEVA 3DM2A 4DTRA 1HMVA 1L3SA 3F5TA 4RW4A 2FC0A 4E19A 4KV8A 3RMAA 5IWAK 1YJ9N 1IKYA 2HOEA 1LWEA 2DY4A 1TV6A 2ETJA 4ZHRA 3VEWA 3D2FA 4KH6A 3TPQA 4BG8A 2IVOA 3OTOK 4CHQA 1NGBA 4IWVA 1QQMA 4FWQA 3TR8A 2XHBA 4OPJA 2NRRA 1Q82O 1NMDA 1Q18A 2A40A 2HHHK 3OS0A 3ZSXA 4LH4A 1YJNN 4ELVA 5DK5A 3T19A 4NO7A 4LF8K 3IKMA 2P9SA 2HHUA 1RTIA 3NF8A 4JKEA 4CJFA 4FZXC 4CBWA 1UA0A 4XEIA 4CEQA 3N4QA 1XC9A 3O80A 2RF2A 3D6RA 3CCRN 1R59O 3HL8A 3S41A 3EY1A 2HVHA 3KK3A 4FWSA 4FCYA 4DU1A 4AHTA 5FRNA 5AZJB 4YOWA 3PV8A 4YORA 3TAQA 4RW7A 3LDNA 1UAXA 3ZT4A 4DSIA 3AVHA 4WQ4C 3P4IA 2NRHA 2HMIA 3M5RA 4PKIA 4JKBA 4Z4CA 4IDKA 1ZBSA 4IEEA 5GIPA 4JI2K 1YXQA 1XNQK 3QLHA 1CXQA 1U48A 3VQEA 5AQKA 2YKMA 5AQRA 4XH4A 4B3RK 4KB0A 3TAMA 1HR0K 1YI2N 1N6QA 2GEMA 4BVOA 1OH8A 1SKWA 3ULDA 2E5LK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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