3U6FA

Mouse trex1 d200n mutant
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
228
structure length
217
Chain Sequence
PHGHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENSQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQARKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGNVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Three prime repair exonuclease 1
publication title Defects in DNA degradation revealed in crystal structures of TREX1 exonuclease mutations linked to autoimmune disease.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 69
structure length 217
sequence length 228
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2011-10-12
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3u6fA01
3HYFA 1KCFA 3CM6A 1TKTA 3H08A 4W5RA 3DLGA 4FLTA 3QEPA 4CCHA 1NK7A 4M3RA 1U45A 4DU3A 3V4IA 4B3OA 3C6UA 4OPJA 3C95A 4DTRA 3K58A 4DTJA 3CG7A 5I42A 2OZSA 2OYQA 4FZYA 1RDCA 3L3UA 1UWBA 4KHSA 1WSEA 4LY7A 1U4BA 5HP1A 2ITGA 4FM0A 4FJ9A 1LW0A 5DMRA 1SKRA 4M42A 2G8KA 1SUQA 4H4MA 4CEDA 3KLFA 4AHSA 4DU1A 4I2PA 1S6QA 4BE2A 1L3VA 4CFDA 4CFCA 3O3HA 4NCGA 1CLQA 1S6PA 4FW1A 4OVLA 4N76A 4DQRA 4CEQA 1BISA 3WNHA 4Z4FA 1RT5A 2P5OA 3PUFA 1RT7A 3O3GA 1QHTA 2EX3A 4DU4A 4EZ6A 2E4LA 2ATQA 3OYGA 2G8VA 3OY9A 3I8DA 4F4KA 2KFNA 5FDLA 3HK2A 5FRMA 5J2NA 3IRXA 4FK4A 3DOLA 4PUOA 3IG1A 5HRRA 4CK1A 4KHUA 3SUPA 5HRNA 1NK4A 3DMJA 1B9DA 3ASMA 3V9SA 2HHVA 3KK3A 1RT3A 3LALA 2RKIA 3RWUA 3V6DA 3KK2A 3TAEA 4DSJA 2HHTA 4O4GA 2A1SA 4DSKA 3V9UA 1D5AA 3WNGA 5SWMA 3DYAA 4DQSA 2HVHA 3ZT3A 4M3WA 2HHSA 4HUEA 4DTMA 3DLBA 4E7HA 4CHNA 1UA0A 2G8HA 1QSYA 4W5OA 1TL3A 3OS1A 1RTIA 4GW6A 5E41A 1EX4A 3LWLA 3PX0A 1VSIA 4M45A 2KW4A 1BI4B 1T03A 4W5QA 3KLEA 3NF8A 1I3AA 3KLHA 3EZ5A 1WN7A 4FJNA 2OZMA 2IOCA 3BDPA 3ULDA 4MFBA 1VSFA 3OYLA 1GOBA 4CF9A 1YTUA 3KKSA 2HHQA 4CJPA 3PX6A 2B4JA 2E6MA 4CEEA 2KTQA 3SI6A 1Y97A 4B9LA 4C8KA 1JLEA 4ZTFA 3S3OA 4J2EA 4DSLA 5JS2A 2RF2A 4E7LA 3QNNA 3L2VA 4OLBA 4E1MA 3KLIA 4CEFA 1HYSA 2VG5A 1JLQA 4E0DA 1TVRA 3T1AA 4C8LA 3AVAA 4CJVA 3JSMA 4OJRA 2F8TA 4ZHRA 2QK9A 1XI1A 3TAMA 4ICLA 4RW6A 1S5JA 3AVMA 2JLEA 3AVIA 1KLNA 4AH9A 3EYZA 4DQQA 4FJGA 3AV9A 4B08A 1N6QA 3T19A 4H4OA 4HCBA 3AVLA 3S3NA 3AA3A 2GBZA 4TSXA 4DLEA 1T05A 3KD5E 5CZ2A 4HUFA 3RMCA 4DTOA 3VN5A 3SZ2A 3LDSA 4KAZA 3CM5A 1RDBA 3V9XA 1LAWA 4FXDA 3LP0A 4N5SA 3K5LA 3KTQA 4B9TA 4FJLA 1RBRA 4AHVA 4DTXA 3QEVA 4FJXA 1RBVA 4F3TA 1W9HA 3OYKA 1HRHA 1VSLA 3SQ0A 1HNVA 3NDKA 2G8WA 1WSJA 3F73A 4FJ5A 4BWJA 3L2QA 1RILA 3E01A 4CK2A 2G8FA 1QS4A 1NK8A 1WSHA 5C25A 1JL1A 3AVFA 3TARA 1KRPA 1VSMA 4K8ZA 1VSHA 1J54A 3HXMA 5KI6A 3U3YA 3A2FA 1BL3A 4JRPA 1NKEA 2PZSA 2I5JA 4C8OA 3PO5A 3K5MA 3TR8A 4FJHA 5T7BA 4FLUA 4E3SA 1RBTA 2DFEA 3MXMA 1ASWA 1MU2A 1KLMA 3OYAA 4CHZA 1RT1A 2BE2A 3F9KA 4CE9A 1QQCA 4KB0A 4CF0A 3HP6A 4KRFA 4KFBA 4O0JA 4DQPA 2YNIA 1WAJA 4CJ3A 3O3FA 4HVJA 2W42A 5J2QA 4HHTA 3AO4A 1WSIA 3RRHA 4DFKA 3QEWA 3K57A 1NK0A 2OPRA 1LWFA 4LH4A 4H8KA 1BQNA 3UIQA 3SV3A 1Q9YA 1SV5A 2LSNA 3VQDA 1TV6A 3AO5A 4BACA 1VK0A 3SJJA 1RTJA 3O4NA 1L3UA 1C6VA 1HMVA 3AO1A 3NGZA 2YKNA 2YV0X 3VQ7A 3TANA 1TK5A 4CGGA 4E7JA 1F21A 3SUQA 3B6OA 2BANA 3K5NA 1B92A 2JGUA 4FVMA 3QEXA 1X9MA 4IFVA 2D5RA 1QSSA 4J2BA 4I2QA 4DSFA 1RNHA 5J2MA 1RBSA 3MXIA 4E89A 1ZBFA 1NJZA 3OS0A 4ID1A 3VQBA 4W5TA 2VWKA 3M8QA 4KHYA 4DSIA 4QCLA 3HVTA 3NF7A 2XY5A 1ZBIA 4RW7A 3ZSRA 3QERA 2QKBA 3P1GA 1U48A 4CJEA 1RBUA 1NK5A 1S1VA 3MAQA 1C1BA 3SUNA 1JLFA 1YVUA 2DY4A 1NJWA 4GVMA 3ZT4A 3AVKA 3HJFA 3M8SA 4CJFA 4CHPA 1WAFA 2XO7A 4DTSA 1B9FA 4ELUA 4DLGA 4CGIA 1EKEA 1UOCA 1UAXA 3SQ2A 1TKZA 1O1WA 4YFUA 1A5XA 3L2UA 4YNQA 3CQ8A 2DFHA 4N41A 3NH1A 1SKWA 2F8SA 3DLEA 3G10A 3PY8A 1NK9A 4DQIA 3MEDA 1RCHA 2FBXA 1S1UA 3LPTA 3ZT2A 4B9MA 1RT2A 3RR8A 4CHOA 4OKKA 4CFBA 3U3GA 4KI4A 3NHGA 4EP4A 4AHCA 4W5NA 3NAEA 4O5BA 4DF4A 1IKYA 2O4IA 4J2AA 3HO1A 3AO3A 1HNIA 4JS4A 2HNYA 1NK6A 3G0ZA 1NJYA 2G8UA 4KTQA 5HBMA 1VRTA 1FKOA 3VQCA 4DFMA 4KO0A 3VQ8A 4PWDA 3D0PA 4KREA 4FYDA 1VRUA 4KTZA 2X6SA 4KV8A 1SL1A 1X9WA 4FZZA 3WNEA 2OA8A 2FBYA 2ZQBA 3HP9A 4CJKA 3VQEA 2OPSA 2Z1HA 1J5OA 1FK9A 2ZD1A 3V9ZA 2WONA 1KFDA 1C0UA 1JXBA 3ZCMA 4HUGA 3SV4A 5D3GA 1BIUA 4OPKA 4FJIA 4FZXC 2X6NA 3RR7A 1R0AA 1TAQA 3O4QA 3ZSVA 4M3XA 1BI4A 4E1NA 5HRPA 2GUIA 4Z0UA 4AILC 1JLCA 3QETA 2HB5A 3LP1A 1L5UA 2O4GA 4FJ8A 3PX4A 1KFSA 1C0MA 1CXUA 1IKXA 4CJLA 4JS5A 3MECA 3P83D 1DLOA 1ASVA 4OKJA 4RW9A 3LZJA 4FLZA 4FLVA 1RDAA 4XIUA 2D0CA 3AVHA 4CJ5A 3AA4A 4QAGA 4Z4EA 3SPZA 1TL1A 4KHNA 3VQ4A 3AVGA 5EU7A 2YHBA 4AHRA 5FRNA 1TGOA 3L2WA 3KIOA 2QXFA 4KHQA 1HYVA 1WSFA 1ZBUA 4CGJA 1W0HA 2YNFA 1ZBHA 1REVA 2PYJA 4EP5A 3OYCA 4F3OA 2HMIA 1NJXA 2XRIA 3NH2A 2VWJA 4FLWA 4KPYA 4PY5A 3OVNA 2KZMA 3THVA 5KGXA 2IGIA 1TKDA 4EZ9A 1QSLA 3CFPA 3SNNA 4L8RB 1YT3A 3QINA 3OYFA 4B9NA 3ITHA 3NF9A 5HROA 2HNZA 3SYZA 2XY6A 4OLAA 3IS9A 3D45A 4O0IA 1HPZA 3HVRA 1SL0A 1HQEA 4DTPA 4RW8A 3FFIA 5SZTA 3RTVA 3KJVA 1VSKA 3DRSA 3CFRA 3LWMA 1GOAA 3RRGA 3DI6A 3V1OA 1X1PA 2G8IA 3OYNA 3SQ4A 4DFPA 4F8RA 4Z4CA 1FXXA 4CF2A 2HHXA 3LP2A 1CXQA 3DLHA 1VSJA 1Z25A 2RPIA 4Y1CA 3MEGA 2B5JA 4CGDA 4BE1A 1L3SA 3ZSWA 4CEBA 3JYTA 1XHXA 1BQMA 5C24A 3S9HA 3QIOA 4CJQA 3M8PA 1BGXT 2FBVA 4FW2A 3HSTB 1CZBA 3SUOA 4CHQA 3ZSZA 5KRTA 5DK5A 5I3UA 4I7FA 4C8MA 4AHTA 4IG3A 4Q0BA 1K6YA 3OYDA 2FBTA 4CIEA 4DFJA 1U04A 3QLHA 3ISNC 1U49A 1SL2A 4LSLA 3RMDA 4E7KA 4Z4IA 4I9QA 4WE1A 5C42A 2D0AA 2VG6A 4CF1A 3ALYA 1LAVA 4B9UA 2KFZA 3LAKA 4ID5A 4C8NA 4CIFA 3EY1A 3TWHA 2B6AA 4UQGA 2KQ2A 3K2PA 4FLXA 3L8BA 4FJMA 3IAYA 1HJRA 5KGWA 2Y1IA 4FK2A 4PQUA 4I9LA 1A5WA 2YHAA 3RMAA 4CESA 1D9DA 4IKFA 4G1QA 2KZZA 4B9SA 3TAFA 1NOYA 3HT3A 4M3ZA 3QO9A 4O55A 1Z26A 3T3FA 1Q9XA 2FC0A 3AA5X 4CJUA 2HHWA 1L3TA 1RDDA 3SPYA 1RTHA 1S1TA 3MEEA 1KVAA 4KHWA 2BGGA 3NF6A 3KD1E 3AVNA 5JS1A 3ZSXA 2HW3A 1IO2A 4HCCA 4CK3A 2A1RA 1BCMA 3HL8A 3L2RA 4FM1A 1EP4A 1HQUA 1J53A 4DF8A 3SQ1A 1D9FA 5FROA 1S9GA 3QNOA 4F2RA 4LSNA 1ZYQA 4J2DA 3RMBA 1FKPA 3LPUA 1C0TA 1WLJA 3BGRA 3HPHA 4FJKA 4Z4HA 4GMJB 3B6PA 1BCOA 3PO4A 4FK0A 1RT4A 5K14A 4RW4A 1DTTA 4ZTJA 3HPGA 3VA3A 4M41A 4K8XA 4B8AB 1JL2A 3AVJA 1KTQA 2Q3SA 1ASUA 3DLKA 2P51A 2ZE2A 4DTUA 2PYLA 2ETJA 3LZIA 1YTAA 1NKBA 4CECA 4CFAA 3HPOA 3MXJA 4LH5A 3DLRA 2HHUA 5HRSA 4IBNA 2QKKA 4CJRA 1EXQA 1A5VA 3C6TA 2YKMA 1UA1A 2OPPA 1G15A 3ZSYA 4DTNA 4DS4A 3I0RA 4LD0A 3NFAA 1DTQA 2IDOA 3P5JA 3NGYA 1EETA 4AHUA 3HM9A 4BDPA 2R7YA 4JLHA 1WNSA 3ZT0A 4Q5VA 1BHLA 4ELTA 1LWCA 1VSDA 4N47A 3VQPA 3ZSOA 4CF8A 1IG9A 2GV9A 5KRSA 1C1CA 5KTQA 4FJ7A 2X74A 1RTDA 1VSEA 3VA0A 3DOKA 3WNFA 3S3MA 2HNDA 5CY4A 4OKEA 3NGIA 3K59A 5J2PA 1BIZA 1RT6A 3OS2A 2IAJA 3NE6A 2Z1GA 4CJTA 3TAGA 1IH7A 1TKXA 4RG8A 2X78A 4CEOA 1KSPA 3VQ9A 2Z1JA 3M8RA 4Z4GA 3VQ6A 1S1WA 1ZBLA 4KKOA 3AA2A 3TI0A 3OYEA 1JXEA 3DRPA 3KK1A 1T7PA 1XWLA 3NCIA 3KLGA 3L3VA 1XHZA 3DRRA 4CHYA 1CZ9A 4N56A 4BDYA 3V81A 1WSGA 3U6FA 2AJQA 4KTWA 3SCXA 1XC9A 3LANA 3NH0A 3OYMA 2VG7A 3QEIA 4NCAA 3OYBA 3OYHA 4BWMA 3ZT1A 3CFOA 1X9SA 2IC3A 4CEZA 4KI6A 3AVCA 1S1XA 4KB1A 2D0BA 5CZ1A 5J1EA 1U47A 2XY7A 4FJJA 5CYQA 3LP3A 1QTMA 4M3TA 3I0SA 4O44A 3AVBA 1TK8A 3NBPA 2P5GA 4B9VA 1GOCA 2DTUA 1D8YA 4DSEA 4OGCA 4HTUA 4ELVA 4NYNA 4DG1A 2F96A 1KVBA 4IDKA 3ZSQA 2YNHA 3PV8A 1NKCA 4FCYA 3OJSA 1JKHA 3QESA 4CGHA 4FM2A 3AO2A 2Y1JA 5HLFA 1TK0A 4DWIA 4MQ3A 1Q8IA 2IS3A 2P1JA 4NYFA 3TABA 1I39A 4CEAA 3CYMA 4M3UA 1IKVA 3LAMA 4BE0A 2XHBA 1N5YA 5CYMA 2Z1IA 1SKSA 1ITGA 4B8CA 3VQAA 4CJSA 4JRQA 4IG0A 2OPQA 1LW2A 4R5PA 4BDZA 2DFFA 1KVCA 4DMNA 3V9WA 2E6LA 1IKWA 4E7IA 3TAQA 2BDPA 1TAUA 4CJWA 4NCBA 1QE1A 1JLGA 1HYZA 4F2SA 4FLYA 1JLAA 2RN2A 4CJ4A 4E19A 3OJUA 4CIGA 3TAPA 2HVIA 3V1RA 2YNGA 1S9EA 3V1QA 3VQQA 1T8EA 4IFYA 4OGEA 1J9AA 2EHGA 1LV5A 3VQ5A 4CGFA 2XY8A 1LWEA 3C94A 3DM2A 2NUBA 2WOMA 4PA1A 1NOZA 3OYIA 3KKRA 3OYJA 1C1AA 1JLBA 4CERA 4DS5A 2PY5A 4QOZB 3QIPA 3K5OA 4M3YA 4Y1DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CM6A 3QEPA 4CD1A 1NK7A 3D2FB 3O4WA 1U45A 3M6GA 4B3OA 3C6UA 3TU5A 4OPJA 4IO9L 5I42A 2OZSA 1N36K 1NGEA 1RDCA 4JKCA 2WUSA 5HP1A 4FM0A 3IDHA 1L3VA 3J81O 3O3HA 5JVGL 4N76A 4FW1A 5AR0A 3BF3A 5BRDA 5M1OA 3WNHA 4Z4FA 1DKGD 1RT5A 5DM6L 2FSKA 2PFUA 5AQZA 5BRFA 2G8VA 5FPMA 3MN5A 2KHOA 4PUOA 3KZBA 3SUPA 3ASMA 3FGUA 4XH5A 1HLUA 2RKIA 2WBNA 4DSJA 2A1SA 1VQ7N 5SWMA 4DQSA 3FZFA 2HVHA 3ZT3A 4E7HA 1QSYA 4A61A 4J8FA 5E41A 1EX4A 4JI2K 1T03A 4FJNA 3TSPA 3VERA 4CZKA 2IOCA 1KQSM 3A8YA 4H0PA 3KKSA 2YX6A 4IZ9A 1VQ5N 4IEEA 3PX6A 1Q7YO 4CEEA 3TPQA 4BR7A 4H0XB 4ZTFA 3S3OA 1NBWA 4EHUA 4OPAA 3QNNA 3L2VA 1WUAA 4E1MA 3KLIA 2P9SA 4E0DA 3T1AA 4Z94A 4OJRA 2F8TA 4ZHRA 3E1YA 3TAMA 1XI1A 4DUZK 3AVIA 3CJAA 3MCPA 4K43A 5AQHA 2O8FB 4H4OA 4BRGA 4TSXA 4MLHA 3VN5A 4KAZA 3CM5A 3K9KA 3V9XA 4LF4K 2P9IB 4FXDA 3LP0A 3D2EA 3KTQA 4FJXA 1QHAA 3F73A 3EN9A 2HBJA 3ATUA 1RILA 3L2QA 2G8FA 1C0FA 3ZX0A 1E4GT 5C25A 1JL1A 4K8ZA 1VSMA 4Z4IA 1IG8A 3HXMA 1NKEA 5KI6A 2PZSA 4JRPA 3MX2A 3GOIA 3ZEUB 1KLMA 3OYAA 4NLBA 1QVGM 5AQWA 4KFBA 4I6MA 1HPMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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