3U6FA

Mouse trex1 d200n mutant
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
228
structure length
217
Chain Sequence
PHGHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENSQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQARKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGNVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Defects in DNA degradation revealed in crystal structures of TREX1 exonuclease mutations linked to autoimmune disease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Three prime repair exonuclease 1
source organism Mus musculus
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 69
structure length 217
sequence length 228
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2011-10-12
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3u6fA01
1TKDA 3F73A 2DFEA 3IAYA 3M8SA 3O4QA 4J2DA 3KKSA 1T05A 4NCBA 4DSEA 3ITHA 3VQ4A 2HHUA 2JLEA 2YHAA 4DSFA 3S9HA 4Z4EA 3AVAA 1U04A 3AVHA 1UOCA 1LW0A 1B9DA 4QAGA 2KFNA 1W9HA 1X9MA 3OYKA 1JLFA 1D5AA 4FLYA 4JRPA 3IRXA 3F9KA 4E89A 1S6QA 4AHSA 4JRQA 1RBSA 1D9DA 1WSJA 1JXBA 1WLJA 1Q9XA 4KB0A 4FZZA 1GOBA 4CE9A 3NE6A 3NGZA 1XHXA 3SYZA 1VSFA 3I0SA 3CM6A 3O3GA 4CGFA 2ZE2A 3OYBA 3NF6A 1QQCA 4B9NA 1Z26A 3QIOA 3SV4A 4CFAA 4L8RB 3LWLA 2VWKA 2QXFA 3KK2A 4WE1A 1SL1A 1WAJA 3LZJA 4I9LA 4MQ3A 2HHSA 4DSJA 2E6MA 1F21A 3WNHA 4DFKA 2PZSA 3EY1A 2E6LA 5JS1A 4DS4A 2D5RA 3DRRA 5KGWA 4BACA 1I39A 4B9MA 1U45A 1QE1A 4KPYA 3HPGA 4N56A 4KRFA 3K2PA 3TARA 3G0ZA 3VQ9A 3VQ7A 3KLGA 1KFDA 3A2FA 4IG0A 4CEQA 4CHPA 4FLXA 3QEVA 3AVKA 4F3TA 3O3FA 3RTVA 3RRGA 2LSNA 2E4LA 2YNHA 1RNHA 4ZHRA 3VA0A 3QERA 4DU4A 4BE1A 1NKCA 1B9FA 4KHUA 1X9SA 1L3VA 3OYAA 1NJXA 1VSDA 3QETA 3S3OA 4CGDA 2O4GA 4C8OA 1VSLA 1U47A 2RF2A 1WSIA 3MXJA 5HP1A 3MECA 1RBRA 1YTAA 1TL1A 4YNQA 4DTNA 1VRUA 5HROA 1T03A 1NK6A 1RCHA 4CESA 1IKWA 3QLHA 3WNEA 2ATQA 2Q3SA 3OYJA 4HTUA 2X6NA 2FBYA 4CEEA 4KKOA 4CIEA 4KTWA 4NYFA 1RTJA 2FBXA 3HO1A 3HP6A 2X74A 4CHZA 3K5LA 3QEWA 1S5JA 2O4IA 1CZ9A 1S9GA 3U3YA 3MEDA 2VWJA 3SZ2A 4CJ3A 3MXMA 4Y1DA 1QSSA 2HMIA 1X1PA 5HBMA 3KD5E 4FW2A 3KD1E 1JXEA 4CJKA 4B08A 4FXDA 1DTQA 1BI4A 4FJXA 4BDPA 4FJMA 2IC3A 3TAFA 5CYQA 4E7IA 1KSPA 5C25A 1L5UA 3NH2A 3NBPA 1U48A 3AA5X 2Y1IA 4KB1A 3ZSZA 2YKNA 4LSLA 4C8LA 1ZBFA 3DOKA 1SUQA 4CHYA 4J2AA 1SL0A 1L3SA 3SQ1A 3P5JA 2WOMA 1Q8IA 3RMCA 4FVMA 1ASUA 2Z1JA 4G1QA 1WSEA 3S3MA 1HMVA 4ID1A 4KAZA 4FJ7A 4CHQA 1RT1A 4IBNA 4CGHA 4QCLA 3PO5A 3HSTB 3QINA 3AO1A 4O0IA 3RWUA 4M3ZA 5J2PA 1VRTA 3OVNA 3KIOA 3L3UA 5FDLA 2HNZA 2BDPA 4LSNA 4KTZA 2BANA 2RPIA 3T19A 3M8QA 5KI6A 3HXMA 1U49A 3RMAA 4Q5VA 1C0TA 3ZSWA 1YTUA 3LP3A 4E1NA 3T1AA 4AHRA 4FCYA 5I42A 3U3GA 3ZT3A 4HUFA 1QSYA 2Z1HA 1IKVA 3WNGA 4W5TA 4FLWA 4DTRA 3P83D 3WNFA 4E1MA 1IKXA 4DS5A 1S1WA 1BCMA 2XRIA 4GVMA 3TAMA 3G10A 4DQPA 4NYNA 4LH5A 4OVLA 3V9WA 3VA3A 1BQMA 3PX6A 3V9SA 3LALA 4J2EA 4M41A 1R0AA 4B3OA 4OPJA 1C6VA 4CJ5A 4FLVA 4I7FA 2A1SA 4OPKA 3HPOA 4PQUA 3VQ6A 1CXUA 3TABA 1REVA 4DTJA 3V4IA 2RN2A 3ZSVA 4FJNA 4CJWA 3O3HA 3AO4A 1RT4A 1BQNA 3ZT1A 4CJTA 1FKOA 4Z4GA 1EX4A 3MEGA 3OJUA 3QEIA 3SPYA 4CJFA 1RTDA 3TANA 1NOZA 4C8KA 1CLQA 1S1TA 1WAFA 3C95A 3PX0A 4O0JA 4GMJB 1A5XA 1WN7A 3SI6A 4CERA 1NJYA 3AV9A 1KVBA 4DU1A 4ELUA 2EX3A 3DMJA 3HT3A 3QESA 1UA0A 4DFJA 4ELVA 3ZSQA 4E7KA 3QIPA 4E7LA 2G8VA 2BGGA 3EZ5A 1T8EA 2HNDA 3VN5A 3AVMA 1J53A 1VSIA 3AVIA 4AH9A 4CGGA 3OS1A 2XHBA 3DM2A 3OS2A 2Z1IA 4M42A 1ASWA 1KLNA 3HYFA 2DY4A 4N5SA 2ITGA 3ULDA 1N5YA 2AJQA 1Z25A 4Z4CA 3IG1A 4FM1A 1HYSA 2W42A 5D3GA 4DF4A 1S6PA 3CFOA 3I0RA 1XI1A 4CGIA 1SKWA 3AA4A 1RBVA 4FJJA 3V9XA 4DF8A 4NCGA 1A5WA 3NDKA 4DSLA 2B4JA 5KGXA 4DQSA 4RW7A 4CEBA 3SUNA 1U4BA 4FJ9A 4IG3A 2G8IA 3DYAA 4Q0BA 2OPSA 4FJGA 1UAXA 4M3YA 3BGRA 1TKXA 5HRSA 3SNNA 1FKPA 4GW6A 3K57A 4ELTA 3K59A 4DTPA 3PO4A 1NK5A 5DK5A 4CJSA 3C6TA 3QEPA 2PY5A 1HQEA 4TSXA 4FLTA 1HYVA 3ASMA 1S1VA 3FFIA 1KTQA 3AO3A 3VQQA 1KVCA 4DG1A 3OYEA 4CFDA 4CECA 1S1XA 4JLHA 4O5BA 2P51A 3MAQA 4RW8A 4FK0A 4CEDA 5HLFA 2PYJA 1L3TA 3NF7A 4CEAA 3AA2A 2XO7A 3L2VA 4CJVA 4DLEA 1S9EA 4F3OA 1RT2A 3VQCA 4LH4A 3QO9A 3VQ5A 1SKRA 1LW2A 5SWMA 1LWCA 2X6SA 4KFBA 1T7PA 1SKSA 1YVUA 3QNOA 1HYZA 1NK0A 2HB5A 3DLEA 3L2QA 2HVIA 4BE2A 5CZ1A 4Z4IA 4EZ6A 1JLAA 3E01A 1JL1A 2F8SA 2D0CA 3LZIA 1TK8A 1IKYA 1LWEA 5DMRA 3VQDA 4HHTA 1C1AA 3PUFA 1NKEA 3OYCA 4F4KA 5FRNA 3DI6A 4W5RA 4AHCA 1O1WA 1ZYQA 4Y1CA 4CJQA 1RDAA 1ITGA 5JS2A 2XY8A 3SQ0A 4DTUA 3VQBA 4DFPA 1VSJA 4B9UA 1LAWA 1WSHA 1CZBA 5KTQA 3NH1A 4EZ9A 4FZXC 1YT3A 1RBTA 4N41A 4FJHA 2IAJA 4CFBA 1GOCA 4JS5A 1XHZA 3EYZA 3NCIA 2Z1GA 1NK7A 3B6PA 3DLKA 4OGEA 3C94A 3LAMA 3D0PA 3AVBA 4FLUA 4CEOA 2IDOA 3LPUA 5K14A 3MXIA 5J2QA 3ALYA 1X9WA 1IH7A 3CYMA 4HUGA 3LP1A 3SUPA 2G8KA 4CF1A 4CIFA 3L8BA 1J54A 4IFYA 1NJWA 4CJPA 3S3NA 3CQ8A 2WONA 1C1CA 2XY5A 3K5MA 3OYDA 3DRPA 3TAEA 2FBVA 5FRMA 4AHUA 1ASVA 3DLGA 3NFAA 2VG6A 4F2RA 3HK2A 3IS9A 4CEFA 3L2WA 3OJSA 4CJ4A 3K5NA 2IGIA 3AVGA 4DQRA 5SZTA 1RT3A 1JLBA 3THVA 4KI4A 3OS0A 4W5QA 2F8TA 1RDDA 3NF9A 4C8NA 3L3VA 1JLEA 1FXXA 4CGJA 4KV8A 1BIUA 4KHWA 1K6YA 1KFSA 2IS3A 2VG7A 3PV8A 1NOYA 1SV5A 3TAPA 4HCCA 2KZZA 3LAKA 2HHTA 1TAQA 4H8KA 1NK9A 2OPRA 4PA1A 5J2NA 1C1BA 1WNSA 1ZBUA 3SCXA 2ETJA 5KRTA 4C8MA 4PUOA 1EETA 4LY7A 3OYHA 4PWDA 2B6AA 3LDSA 1DLOA 1RBUA 2OA8A 2OZMA 3SUOA 4KI6A 1QS4A 2EHGA 1EP4A 4FZYA 1GOAA 3AO2A 1VSHA 1L3UA 4CJRA 5HRPA 4QOZB 3ISNC 1VSEA 3LPTA 2VG5A 4M45A 4KREA 5HRRA 4O44A 2IOCA 4RW9A 4EP5A 1VSKA 3T3FA 4E7JA 4KO0A 2DFHA 2YNGA 4W5OA 1TK5A 4B9VA 1ZBHA 3OYIA 3SJJA 4OLBA 3V81A 4KHNA 1JL2A 3V6DA 1EXQA 1I3AA 5CZ2A 3ZT2A 4CK3A 2G8UA 3DRSA 4CHOA 1RDBA 3HVRA 1QHTA 3AVCA 3VQAA 2HHXA 4FJIA 2KQ2A 4FM2A 4N76A 1Q9YA 4AHTA 4CK1A 1G15A 3V9ZA 2BE2A 4RW4A 4BDYA 5FROA 2ZD1A 4DMNA 3JYTA 1FK9A 3OYMA 4FM0A 1NK4A 1HRHA 2YNFA 1XC9A 1IG9A 4K8XA 2QK9A 5CY4A 3MEEA 3LWMA 2QKKA 2G8HA 4B9TA 3RR8A 4I9QA 2YV0X 4B8CA 4DLGA 3ZSRA 4DTXA 4LD0A 2GBZA 3PY8A 4XIUA 3OY9A 3AVLA 3V1QA 2DFFA 4IFVA 3ZSXA 3M8RA 4OLAA 2GUIA 1B92A 1XWLA 1CXQA 2HHWA 3BDPA 1TGOA 3KLFA 4CJEA 4DQIA 3HPHA 1KLMA 4CF8A 2HVHA 4FW1A 1HPZA 4M3WA 3QEXA 3SQ4A 2FBTA 4B9LA 4Z4FA 3OYLA 1MU2A 3DLRA 4I2PA 4JS4A 1RT7A 4J2BA 3LP2A 1LWFA 3ZCMA 3M8PA 4CEZA 1HNIA 3NGYA 3ZT4A 3TAGA 2I5JA 2D0BA 3RMDA 3QNNA 4E3SA 2YKMA 3CM5A 4EP4A 3SQ2A 4BE0A 4DTOA 1UA1A 3KTQA 1TAUA 2OZSA 2FC0A 1KRPA 4OKEA 4B9SA 4FJ5A 3CFRA 2RKIA 3NHGA 1EKEA 2NUBA 1JLCA 1SL2A 1QTMA 4OKJA 3KLIA 4CFCA 4DU3A 1BIZA 2KW4A 2X78A 1WSFA 3KKRA 5J1EA 4OGCA 4BWMA 3JSMA 1VSMA 1BCOA 3LANA 4H4MA 1TK0A 2OYQA 4FJ8A 3OYNA 2OPQA 4M3UA 1QSLA 4FK4A 1W0HA 3AVJA 4BDZA 4CF9A 4M3RA 2Y1JA 5J2MA 1WSGA 3ZSYA 4DSIA 4ZTFA 4AHVA 2D0AA 3KLEA 1TL3A 3ZT0A 4O4GA 1D8YA 1S1UA 2HW3A 3HVTA 3V1OA 4YFUA 2P5GA 1VK0A 5C24A 3NAEA 1Y97A 4RW6A 3RR7A 4HVJA 3ZSOA 4DFMA 4FJKA 3VQ8A 3TR8A 1TVRA 5KRSA 3KK3A 4FJLA 2QKBA 4FK2A 4H4OA 3L2UA 4FYDA 4Z0UA 2P5OA 1D9FA 3V1RA 1KCFA 4M3XA 2HNYA 3AVNA 3O4NA 3K58A 5I3UA 1BL3A 3DOLA 3D45A 2XY7A 3UIQA 3AVFA 4E7HA 4RG8A 4IKFA 4CIGA 3OYGA 2HHQA 4OJRA 3OYFA 3U6FA 2JGUA 2GV9A 1J9AA 2OPPA 4FLZA 4ZTJA 4ICLA 4BWJA 1C0UA 5CYMA 5EU7A 1LAVA 5HRNA 1BHLA 2KFZA 1RILA 4OKKA 3DLBA 4O55A 3CFPA 4KHYA 2YNIA 1HQUA 2XY6A 4MFBA 4PY5A 3K5OA 3VQEA 4K8ZA 1BISA 4N47A 4E19A 3TI0A 4CJLA 4E0DA 4CF0A 1RTHA 1JLQA 5T7BA 1ZBIA 4F8RA 1NK8A 1RDCA 3AA3A 3LP0A 1ZBLA 2B5JA 2YHBA 3SV3A 4NCAA 3VQPA 1RT5A 4DTMA 1JKHA 3H08A 1RTIA 3B6OA 4B8AB 4CF2A 4DWIA 3V9UA 1C0MA 1RT6A 1TV6A 1HJRA 1UWBA 4M3TA 4KTQA 1NJZA 2KZMA 3AO5A 4ID5A 4UQGA 4HCBA 3KJVA 3HP9A 3HM9A 1BGXT 4IDKA 4HUEA 4W5NA 2G8WA 4KHSA 3NGIA 4CCHA 3TWHA 3RRHA 4CK2A 5E41A 3PX4A 4AILC 3NH0A 3NF8A 2F96A 4CJUA 3RMBA 3CG7A 1N6QA 1BI4B 3I8DA 3L2RA 2HHVA 2DTUA 4KHQA 2R7YA 3KLHA 1TKZA 3SPZA 1TKTA 2A1RA 1HNVA 1KVAA 2ZQBA 4DTSA 4I2QA 1JLGA 3SUQA 3TAQA 5C42A 1A5VA 1DTTA 1J5OA 1IO2A 4DSKA 2P1JA 3DLHA 4R5PA 3HJFA 4Z4HA 3P1GA 4CHNA 2KTQA 3KK1A 3HL8A 1LV5A 2PYLA 2G8FA 4DQQA 1NKBA 3C6UA 4F2SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KKSA 1BUPA 5JMVA 3S9HA 4Z4EA 3CD6N 2EWSA 4WCEL 1NMNA 3ZEUA 2O8BB 3JXUA 3OBWA 3FZKA 5GINA 3IRXA 5AQRA 3F9KA 4E89A 1S6QA 1WLJA 4KB0A 4FZZA 5AQWA 3QFPA 1VSFA 1P8ZA 4CGFA 3OYBA 3NF6A 1QQCA 2P9SA 3LWLA 3DXMB 3KK2A 4WE1A 1SL1A 1OH8A 1VQ5N 3PSFA 3U8XA 3ID8A 3O4WA 3WNHA 4PL8A 2PZSA 3SMPA 5F2RA 4X66K 3FZLA 2D5RA 4DS4A 2F4VK 1I39A 1U45A 4IEEA 3HPGA 4FWLA 2KKZA 3H3NO 3VQ9A 3VQ7A 3TSUA 1KFDA 4CEQA 4IG0A 4CHPA 5AQJA 4FWQA 4JKCA 4DV4K 3L6QA 3VF6A 3MCPA 3O3FA 2V7ZA 2LSNA 3BP8A 3LM9A 2YNHA 3VA0A 4DU4A 1D4XA 1WB9A 3WXLA 5KPTA 1YHQN 1NJXA 2O8CB 4CGDA 2O8FA 3L4QA 2FF6A 1WSIA 3MXJA 4JI3K 1BOTO 1NGAA 4YNQA 4DTNA 3R6MA 4PKGA 4JK9A 1IKWA 4BC3A 4EIAA 3AGKA 4KTWA 1G99A 3MWPA 3MX5A 3C0BA 1T6DA 2NLXA 3ULEA 2P9KB 2X74A 3K5LA 4XH5A 3MEDA 4EFHA 2HMIA 4CJ3A 4IFEA 4Y1DA 3MK6A 4FJXA 1T44A 1IBMK 4FJMA 2V52B 1BWFO 4BRMA 2D1KA 3HZ6A 1N32K 1L5UA 3R8EA 1QQNA 5AQLA 4CD1A 2V7YA 4ISEA 3HRGA 4CHYA 1Q7YO 1VQKN 4A62A 3H45C 4G1QA 2I7PA 1HMVA 4KAZA 4FJ7A 4QCLA 3VGMA 2ZGZA 3HSTB 4K25A 4O0IA 5J2PA 1VRTA 3OVNA 3KIOA 4DHYA 3L3UA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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