The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
92
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structure length |
92
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Chain Sequence |
PPDTVLEMGAFLHPCEGDIVCRSINTKIPYFNAPIYLENKTQVGKVDEILGPLNEVFFTIKCGDGVQATSFKEGDKFYIAADKLLPIERFLP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the Shq1-Cbf5-Nop10-Gar1 complex and implications for H/ACA RNP biogenesis and dyskeratosis congenita
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Isomerase/chaperone
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| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| molecule keywords |
H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4
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| total genus |
15
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| structure length |
92
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| sequence length |
92
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-10-21 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Probable tRNA pseudouridine synthase domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3MQK C; 2EY4 C; 3UAI C; 2RFK C; 2HVY B; 2V3M A; 2EQN A; 3U28 C; #chains in the Genus database with same CATH topology 1O5D H; 1UTN A; 3NPS A; 3P70 B; 3SW2 B; 4BAH B; 4A1V A; 1GCD A; 2P94 A; 1QRX A; 3RXP A; 1NT1 A; 4AOQ A; 1H1B A; 3RXJ A; 1O35 A; 1BUI A; 1HAP H; 4B74 A; 1D3T B; 2QCY A; 1KLI H; 1WBG B; 2WUB A; 1ZOM A; 4ZXX H; 4HFP B; 3U8R H; 6GCH G; 1THS H; 4NIY A; 1GGD B; 2Z9K A; 4LK4 A; 1FAK H; 2G5V A; 1AI8 H; 1UK3 A; 2PKA A; 4UDW H; 2J97 A; 2ZGB H; 4I86 A; 1SLV B; 5ETX A; 1TBR H; 2TGP Z; 2FS9 A; 2ZU2 A; 2HGT H; 4MDS A; 4Y10 E; 4ABI A; 2W6I D; 2OCV B; 1ZSJ A; 1NY2 2; 4B2A A; 1HDT H; 1CT0 E; 2PUX B; 1WUN H; 2DE8 A; 4UD9 H; 1N6Y A; 1ANC A; 1YKT A; 2IPQ X; 2Y6T A; 4I8J A; 8LPR A; 1QFK H; 1Z8I B; 2Q6G A; 1FIW A; 1TE0 A; 1F5K U; 1ZLR A; 2Z3C A; 1O3H A; 3ATW A; 1C2I A; 2QIQ A; 4AGJ A; 1AUT C; 3GCT G; 1GJD B; 3MH5 A; 3H09 A; 1DWE H; 3FN8 A; 1W10 U; 1G2L A; 1G3B A; 1TBZ H; 3VFE A; 2JJ1 D; 5BPE A; 1HCG A; 1MBM A; 1LPG B; 1TA6 A; 3HGN A; 1ZHP A; 1O2Y A; 3UIR A; 2FI5 E; 2PR3 A; 4FVB A; 3VGC C; 1J17 T; 5EIY A; 5I46 H; 2BMG B; 1GBD A; 3HKJ B; 2QF5 A; 3M36 A; 1JIM A; 1IAU A; 1WTH D; 3A7Y A; 1C2H A; 3SUD A; 4DY7 B; 2AIP A; 4JK5 A; 3UNQ A; 4MLF B; 5JBB S; 2ILN A; 3FAN A; 1DDJ A; 1CA0 C; 2F9B H; 3IWM A; 1RGQ A; 1UTL M; 2Y82 A; 5FBE A; 2JIZ D; 3ZIA D; 1ELT A; 1NZQ H; 5K0H A; 1THP B; 1VZQ H; 3EST A; 1NES E; 5JBA S; 1ABI H; 3A8C A; 1V2T T; 5JDU B; 3MHW U; 2ZQ1 A; 4A7I B; 2WSS D; 3PB1 E; 1LPZ B; 3GYM A; 4CR9 A; 2A4R A; 2ZGC A; 3NCL A; 4VGC B; 1QQU A; 2OC8 A; 3SHC H; 1CU1 A; 4A1X A; 3LDX H; 1OOK B; 2BX3 A; 3LH3 A; 2J38 A; 2UUK B; 3JZ2 B; 1SQO A; 3MYW A; 3RC4 A; 3C1K A; 3A8A A; 2UUJ B; 1MD7 A; 2ZU3 A; 3ZVC A; 2XC4 A; 3F1S B; 5GWZ A; 1ELC A; 2ZTZ A; 3PLK A; 1MTW A; 3PLP A; 4FU7 A; 5EJL A; 2JH6 D; 3ODD A; 2P8O B; 1TB6 H; 3KYF A; 2B5T B; 1QR3 E; 3U8T H; 1OPH B; 4TYD A; 1YLN A; 1GHV H; 3SJK A; 1V2N T; 2H9T H; 5EQQ A; 1JRT A; 1P2N A; 2GT7 A; 3ZVD A; 1UCY H; 1LHF H; 2QV1 A; 1DST A; 2G8T A; 3BG4 B; 2A4Q A; 1EZS C; 1XMN B; 4NSY A; 3SV7 A; 1OKX A; 4P00 A; 3SZE A; 1GJB B; 2QY0 B; 1GI0 A; 3V13 A; 2ODY B; 4YM9 A; 3MU5 A; 1KDQ B; 1RIW C; 4X0W U; 4DGJ A; 1TOM H; 1ZJD A; 1O2O A; 3LJJ A; 1LHD H; 2FOC A; 3URD A; 1C9T A; 2AGG X; 2STB E; 1ZSL A; 1Y3X A; 1SGI B; 1H9L B; 1XUI A; 2SGQ E; 3U28 C; 1TX6 A; 1KTT B; 2BDI A; 1W2K H; 5TCA A; 4QT8 C; 1FIZ A; 2ZCL P; 5C5N A; 4PRO A; 2ZTY A; 2C8X B; 1EAI A; 3P8F A; 1Q2W A; 2J2U A; 2ZF0 H; 1QL8 A; 3DFL A; 3M5N A; 4BTT B; 4NZL A; 2A7J A; 2CHA B; 3E1X B; 1GJ9 B; 1YPM H; 3H5C B; 5FHT A; 2ASU B; 4K1T A; 1C1Q A; 3TPI Z; 1Q3X A; 3K9X B; 1HAV A; 1INC A; 3MOC A; 1YGC H; 1EXF A; 2PTC E; 1WTG H; 2KFW A; 3KQD A; 4FUD A; 3EE7 A; 1S83 A; 2SFA A; 2CGA A; 2XTT B; 3ZZC A; 3VG8 A; 1RJX B; 2K0Q A; 5FPY A; 3A82 A; 1TYN A; 2TBS A; 3Q3X A; 4D9R A; 1UVO A; 2KM0 A; 1JXP A; 3SU6 A; 5C0U A; 3SUG A; 3DUX H; 1MAB B; 2VWL A; 2F43 B; 1YC0 A; 4ISN A; 5HYO A; 3BV9 B; 1RFN A; 2BLQ A; 1GI7 B; 3ELA H; 1H8H D; 3IG6 B; 1BRB E; 1W11 U; 2CF8 H; 2GX4 A; 1BTU A; 1TX8 A; 4YXW D; 2TGT A; 1Z1I A; 1TWX B; 4ABH A; 4NG9 H; 1UTO A; 1WSS H; 3P95 A; 1K1P A; 2THF B; 2J92 A; 2V7Q D; 4ACA A; 2VNT A; 2ZDK A; 3SOR A; 5JBC S; 1E37 B; 2J94 A; 1BCU H; 1GHY H; 3F2G A; 4MQA A; 1RD3 B; 4NIX A; 1V2S T; 2XBY A; 2HLC A; 2Y7Z A; 2ZCK P; 4KGA A; 3RM2 H; 3MWI U; 1QIX B; 2BDA A; 4UFF H; 1C4V 2; 3MMG A; 2YNA A; 1K9O E; 4X8U H; 3UWJ H; 2A4O A; 5FBI A; 1AFQ C; 5FAH A; 3A83 A; 2K8I A; 1ETT H; 2HLD D; 1KYN A; 3KYG A; 3QX5 H; 1LVY A; 3PTB A; 1O3E A; 3QK1 A; 1L4Z A; 2VIW A; 3EAJ A; 1L1N A; 3NWU A; 3ZVG A; 3F0O A; 2ZEB A; 5JBT A; 1EZU C; 1PPB H; 1EZX C; 1AO5 A; 1NFW A; 1T32 A; 1EJM A; 3BTT E; 1P06 A; 1N8O C; 3NXP A; 3UPE A; 1CVW H; 3GIS B; 1W0Z U; 4B71 A; 1AWF H; 1C5M D; 2F9U A; 4B75 A; 3RXR A; 1SGE E; 4AC9 A; 2F9P A; 3MFJ A; 3VGC B; 1QA0 A; 2VH6 A; 5EW1 H; 1M9U A; 1GHZ A; 1VGC C; 4BAO B; 1KXA A; 2GT8 A; 4YT7 H; 2B7D H; 1SGR E; 4AB9 A; 1ZGI A; 4X6M A; 5FX5 A; 2W7U A; 3H7O A; 3SQH E; 1CA0 B; 1SGQ E; 1QY6 A; 1SLX B; 3O8C A; 1GMD F; 1SSX A; 2UWL A; 5AVD A; 5TCC A; 5A8X A; 1F5L A; 4XRN A; 1W8B H; 4JCN A; 1THR H; 1QBO A; 5EOK A; 3UOU A; 2QF3 A; 1CBW C; 2ZFP H; 3PRB A; 2F9O A; 1JIR A; 2GV7 A; 2XXL A; 3BEI B; 4ABD A; 4JZ1 A; 3A87 A; 1UCY K; 5T6F A; 3V0X A; 2UUY A; 4UFD H; 1PQ8 A; 2OUA A; 5C1Y A; 1GBF A; 1AHT H; 2BHG A; 5JPM H; 1P10 A; 2FOB A; 3S7H B; 3H7T A; 1KY9 A; 1Y3U A; 2G81 E; 3FKS D; 4LXB H; 3N7E A; 3MNS A; 3UY9 A; 2BVR H; 5GXP A; 1GJ4 H; 2FYR A; 3SGA E; 2FX6 A; 2I6Q A; 5KGO A; 3RMM H; 2C90 B; 3SU1 A; 2PKS C; 2XOK D; 3A7V A; 1QRW A; 1NU9 A; 1WV7 H; 3L6P A; 1TQ7 B; 4HI3 A; 4JZF H; 4YTA A; 2GGV B; 4OS1 A; 3N99 A; 1FX0 B; 2VVV A; 1NTP A; 3RXA A; 4OGY A; 1OP0 A; 1F0R A; 1N1L A; 2Z7F E; 2ZIQ H; 4TWY A; 4X1Q U; 4RI0 A; 3C27 B; 2ZNK H; 3QTO H; 5G4B A; 4JYV H; 1QJ7 B; 1B7X B; 4J2Y B; 2A5K A; 3TU7 H; 1N6X A; 4DG4 A; 1O2J A; 1MTU A; 1S0Q A; 2ANK H; 4EST E; 2ODP A; 2VB0 A; 2G5N A; 1J16 A; 2IJO B; 3MU1 A; 4BXW A; 1S6L A; 1TRM A; 1E1Q D; 3STI A; 3TJU A; 1YF4 A; 1EPT C; 2WYG A; 3L33 A; 1P0S H; 2D26 C; 2GCT C; 1SGY E; 1FV9 A; 3KHV A; 3SJI A; 2HWL B; 3WWB A; 1T7C A; 3GOV B; 5EOD A; 3A80 A; 1HAH H; 2OIN A; 2RDL A; 4BAN B; 4IW4 E; 1T8N A; 1K28 D; 1XXF A; 1GI6 A; 5F8T A; 2NWN A; 3RU4 D; 2V3H H; 3B9F H; 2FI3 E; 5CHA C; 2J9N A; 1V2Q T; 1D6R A; 2O8U A; 4X6P A; 4UE7 H; 1TRY A; 4YLU A; 3BTQ E; 3QZR A; 1GMD G; 2VID A; 4X1N U; 3W95 A; 1BBR H; 1IQI A; 1FDP A; 4X1S U; 1G36 A; 4JZD H; 2CXV A; 3KCG H; 3ZVE A; 2PFE A; 1ANE A; 1T8O A; 1PPH E; 3T62 A; 1C5P A; 2FES H; 2W5E A; 3F9H A; 1E79 D; 2PUQ H; 1SOT A; 1Z6E A; 5DP4 A; 3OY6 U; 2BD9 A; 3LGT A; 3TH4 H; 1HNE E; 3DSP A; 5B6L A; 1GI3 A; 3VB6 A; 1GBL A; 1ORF A; 3PO1 C; 2GP9 B; 1GBB A; 1OWE A; 2OC0 A; 2WZQ A; 3CEN A; 1LQE A; 2XNI A; 4X1R U; 1OP8 A; 2C3S A; 1KXF A; 2BY8 X; 1IQN A; 2VGC C; 1O3A A; 3RLY H; 3W94 A; 3V7T A; 3ATI A; 2WV5 A; 1C1R A; 1HAZ B; 2OC1 A; 3LH1 A; 2FOD A; 1YPJ H; 4I8H A; 4GCH F; 2BB4 A; 2ZGJ A; 2RFK C; 2NU1 E; 3PMH B; 1NFU A; 2Q6F A; 1AE8 H; 4IN1 A; 3OE7 D; 3OX7 U; 5A2M H; 2Z9I A; 3NRL A; 1GHB F; 1TNJ A; 5AFZ H; 5DP3 A; 3Q00 A; 2ULL A; 3PM3 A; 3BIU H; 1CGH A; 1SFI A; 1C4Y 2; 4CRA A; 5LPF A; 3BN9 A; 1LQD B; 4ZCN A; 2OC7 A; 3OEE D; 2EQN A; 4WMD A; 6CHA B; 1DX5 M; 4F4O C; 1Y3V A; 2SGP E; 4UFE H; 4X6O A; 3ZVF A; 4E7R G; 3RU4 T; 1BZX E; 1T31 A; 1G37 A; 4OS2 A; 2AHM E; 3CS0 A; 3SGQ E; 2ZPQ A; 1DVA H; 3S69 A; 3SU2 A; 4K69 A; 3OY5 U; 4Q7Z A; 3OSY A; 9EST A; 3RXD A; 4IS5 A; 5HIZ A; 1PPE E; 1TPO A; 1SGF A; 2XW9 A; 4H42 U; 1AFQ B; 1CE5 A; 1SGD E; 2WPI S; 4ZRO A; 1AMH A; 1CA8 B; 3SNA A; 1J8A A; 1UHB A; 5C2Z A; 1S0R A; 1A61 H; 1SPJ A; 1AU8 A; 1IQL A; 1BDA A; 1SMF E; 1E35 B; 1O30 A; 1TFX A; 1HB0 B; 1B5G H; 2OD3 B; 4LOY H; 4NFE A; 1A4W H; 1QBV H; 3F2F A; 1F0S A; 1H8E D; 2ZWL H; 1O2X A; 3T5F H; 2ZFS A; 1KIG H; 1U6Q A; 4DVA U; 4FXG H; 2O8M A; 1AND A; 3U8O H; 1AY6 H; 1W13 U; 1N8O B; 1DXP A; 1O31 A; 3FAO A; 4ZXY H; 2KCY A; 4NFF A; 6LPR A; 1A0J A; 9LPR A; 3T28 A; 1MZA A; 4OS7 A; 2P16 A; 1MQ6 A; 3KQ5 A; 2J98 B; 4RSP A; 3SN8 A; 1VIT H; 3BTM E; 3OEH D; 1IQE A; 2R2M B; 1Y5A T; 3RM0 H; 1VGC B; 2FTL E; 4X2W A; 2ANW A; 1O2S A; 2UUF B; 3WW7 A; 5F8X A; 2IN2 A; 1DLE A; 1LHE H; 1MBQ A; 2BQW B; 3F9F A; 4Y8X A; 5F53 A; 1DXW A; 3RXT A; 1GDU A; 3SV9 A; 2VJ1 A; 4FUF A; 1WU1 A; 2LP6 A; 3SU4 A; 5EW2 H; 1V2P T; 4RKO B; 3I29 A; 4GCH G; 4Z0K A; 1O39 A; 3TGI E; 1C4U 2; 1UVT H; 1CBW B; 3MNC A; 1GHA F; 3OYP A; 3BTD E; 4X8T H; 5FPS A; 3TJO A; 1GHB G; 3A8D A; 4DIH H; 2VVC A; 1GHW H; 2ZKS A; 4WJG 2; 1GCT C; 1JOU B; 3LGV A; 1FZZ A; 1EKB B; 2UWO A; 1TGC A; 2M5T A; 1ELD E; 3DT0 H; 2CV3 A; 1BMA A; 3RML H; 1VCQ A; 1HXE H; 4M7G A; 2BYA X; 3TJV A; 5DJ7 A; 1O0D H; 3EA8 A; 1CHG A; 1DY8 A; 2GVF A; 4Q80 A; 5DO4 H; 4SGB E; 2AGE X; 3GYL B; 1OWK A; 4MNX A; 2ZO3 H; 1CGI E; 4TPI Z; 4X8S H; 3UTU H; 2A5A A; 1GI8 B; 2R3U A; 2H2Z A; 1AZZ A; 2O9Q A; 1LVO A; 5HMA A; 4P02 A; 1PPG E; 1MH0 A; 2BM2 A; 2PKS B; 4YES B; 1P12 E; 3SUE A; 1CT2 E; 1MU6 B; 1AIX H; 1SGF G; 3TNT A; 3EYD A; 1C2F A; 2QF4 A; 4XOJ A; 1F92 A; 1QJ1 B; 1AN1 E; 1DWB H; 1ZGV A; 4YLQ H; 2BD8 A; 1RTK A; 2FDA A; 4DT7 B; 1GBI A; 1UK2 A; 5A0A E; 1IQG A; 3QGJ A; 1LHC H; 1UW7 A; 1V2R T; 1HIA B; 2AFQ B; 2P3T B; 1PQA A; 1BBR K; 1C2M A; 3TH2 H; 2YNB A; 2HPQ H; 5T3H A; 1BRA A; 2BQ7 B; 3SQE E; 5C1U A; 1GJ8 B; 1GL1 A; 1BOQ A; 3KQB A; 2QF0 A; 2GZ8 A; 1SI5 H; 3L3T A; 4ISO A; 1O3D A; 3SI4 H; 1UVP A; 1SVP A; 2Y81 A; 1EJN A; 1EPT B; 3MH6 A; 1DY9 A; 1K1M A; 1K1N A; 1OS8 A; 2GCT B; 3SU5 A; 2FYQ A; 2ZDM A; 1SHY A; 3GDV A; 4XBB A; 4ZHL U; 3LKW A; 1Z8J B; 4I8K A; 4ABF A; 4O9V A; 3A85 A; 2BXT H; 4I7Y H; 4HTC H; 1P2M A; 1MKW H; 1UTM A; 1GI2 A; 3S9B A; 5CHA B; 1TOC B; 3GCN A; 1WOF A; 5CDF E; 1BRC E; 2FXR A; 1W0J D; 1C5T A; 4HG6 A; 4I8L A; 4NZQ A; 4Q7Y A; 3ZV9 A; 1LTO A; 1O38 A; 1O3I A; 1XUK A; 1PQ7 A; 1QNJ A; 3TNS A; 4CBN A; 1FY3 A; 1P2K A; 1S5S A; 2XC0 A; 3QDZ B; 1BTX A; 3QTV H; 4XBC A; 2AMQ A; 2LNC A; 4ABA A; 1EOJ A; 2ZC9 H; 3GY2 A; 1IOE A; 1FN6 A; 1AVG H; 1GHA G; 2CJI A; 1FY8 E; 5A0B A; 1C5V A; 3RXC A; 3RXF A; 1O5F H; 4ABE A; 1RS0 A; 1XUH A; 1ZSK A; 5HIY A; 3DSG A; 4AFQ A; 3ZZ9 A; 3BSQ A; 4CRB A; 2L74 A; 3U1J B; 3V12 A; 3RUO A; 1GL0 E; 1VJA U; 2A45 B; 3A86 A; 1ZML A; 5CMX H; 2FEQ H; 3FP8 E; 3UB0 A; 4NWK A; 1NFY A; 3M5M A; 2GMT B; 1G30 B; 3M61 U; 4JYT A; 3A7W A; 4ZKS U; 1W0Y H; 2WV4 A; 1O3O A; 1EAT A; 1E36 B; 4ACB A; 1UTQ A; 3FO8 D; 2VGC B; 5FPT A; 1TA2 A; 2BXU H; 2F4L A; 4MTB A; 1DIC A; 1ZHR A; 2Z6B D; 1TGT A; 1BIT A; 2RA3 A; 3P17 H; 1S84 A; 1C5X B; 1HAX B; 1WYK A; 5JB8 S; 1D4P B; 3M7T A; 1T4V H; 1SKY E; 1QL7 A; 1SL3 A; 2OLG A; 2F91 A; 4JMY A; 1ID5 H; 1EX3 A; 3HAT H; 4F49 A; 1A5H A; 1MKX K; 3KN2 A; 1QCP A; 2KCO A; 5EJ1 A; 1FNI A; 2PW8 H; 3E6P H; 1GVZ A; 1FY5 A; 5DKM A; 1XXD A; 1GJ7 B; 4Y8Y A; 1KLT A; 2VIP A; 1GPZ A; 1P2I A; 3E0P B; 3SO3 A; 1XKA C; 5LGO A; 2BY6 X; 1TNH A; 4BTI B; 1ZHM A; 3URC A; 3S0N A; 3EQ0 H; 2GDD A; 3LGW A; 1GBT A; 2BLO A; 7GCH F; 1HJA C; 2D2D A; 4X2V A; 5FCK A; 2F3C E; 1TGS Z; 1BML A; 1OP2 A; 1LCY A; 1E34 B; 2R0K A; 2G4T A; 2EI7 A; 1YPK H; 3K6Z A; 3E3T A; 1MMJ N; 1V6D A; 1DIT H; 1C5U A; 1GVL A; 5C94 A; 1VR1 H; 2FO9 A; 1BQY A; 1AKS A; 2WPD D; 4ZKR U; 1IQJ A; 1GG6 C; 3ENS B; 2ANM H; 2OQ5 A; 2ALP A; 3M5L A; 2H1U A; 1O33 A; 3UNR A; 4ZKO U; 2BD4 A; 2IJD 1; 1MTV A; 1C2J A; 4MNY A; 3TK9 A; 1IQF A; 1AZ8 A; 1Z6J H; 1CGJ E; 1HLT H; 2PGB B; 1O5A B; 2KAI A; 3AW0 A; 1YLC A; 3QLP H; 1PQ5 A; 1MQ5 A; 1TGB A; 3MNB A; 3I77 A; 1BJU A; 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