3UB5A

Profilin:actin with a wide open nucleotide cleft
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
AALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVTHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETTFNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for profilin-mediated actin nucleotide exchange.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, cytoplasmic 1
molecule tags Structural protein
total genus 115
structure length 370
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ub5A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ub5A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3ub5A03
3AARA 5KPRA 3IMXA 4MLHA 5AQQA 3ZETB 4A61A 3GG4A 4BRMA 3DAWA 1JCGA 3H1VX 1NMDA 4GY2B 3W3DA 3CJBA 1C0GA 5BPMA 4CZHA 5BRDA 3VETA 4E1JA 2GTDA 2YI1A 4MO4A 1MWMA 3TU5A 3MCPA 2NLXA 3LM2A 2W41A 3R8EA 3KVGA 5JLFA 2P9PA 3LDQA 4JAXA 2VWBA 1NGAA 2QWNA 3MN5A 4BC3A 3W0LA 2D0OA 3ENHA 4AM7A 3VEOA 1KAXA 3O1BA 4CZEA 2UYTA 5LY3A 2QM1A 3BF1A 4F9OA 2D4WA 4LC9B 1OKJA 1NM1A 2IIRA 3O80A 2F9TA 3C7NA 4H03B 3A5OC 4BC4A 1BU6O 4A62A 4BR4A 2P9KA 3LDNA 1NGHA 1MDUB 3O4WA 3O5BA 3L0QA 1BDGA 3AY9A 4M7XA 4CZJA 5F1XA 3ZEUA 4PL8A 5AZIA 4FPBA 1T6DA 3DXKA 4CBWA 4BRDA 4BVPA 3IFRA 1LCUA 3MN7A 2BTFA 1NBWA 1C0FA 4M63C 4BRQA 1QQOA 3JS6A 2P9KB 1HX1A 3VF4A 2Q31A 1GLFO 4XH1A 4H5WA 3ZEUB 4FWRA 1H1VA 2A3ZA 4JHDB 5EOYA 4CZMA 1IG8A 3FZHA 5F2RA 5AQFA 5B8HA 5LJWA 1NGBA 4BRGA 4EFHA 5FPDA 2Q0RA 4FWLA 4I6MA 1X3MA 4BR0A 3EZWA 3BEXA 3CQYA 3EL2A 1TUUA 5BPLA 3DWLA 4BGBA 2GWJA 2A41A 4CZLA 3QDKA 3LDLA 2P9UB 3QMLA 4A2AA 1ATNA 4WQ4A 5FPMA 4FL9A 1HKGA 1QQNA 1WOQA 3EO3A 4BVOA 5E84A 2Q0UA 3MN6A 4H0YB 2FXUA 5AQVA 3UE5A 4IJNA 5EVZA 4BRLA 4EIAA 4WQ5C 4CZFA 5EX5A 2FF3B 1SQKA 1BA1A 4DCHA 3HSCA 3EKSA 2Q36A 1NGFA 4YDUC 2AA4A 2NRHA 4CZIA 5KPTA 4JNEA 4DHYA 4CD1A 4RCHA 3FE1A 3FR0A 3VESA 3ATUA 5BN8A 2V7ZA 1ZC6A 2YHWA 3DXMB 4BG9A 4XH5A 3WXKA 5BRHA 3UB5A 3WXJA 3VPZA 5AQWA 3ULEA 2D1KA 1TYQA 1S22A 3D7EO 5AQLA 1E4GT 4IO8A 3WXIA 3H6EA 5AZJA 2E2QA 4FOEA 3ZETA 4RTFD 3H1QA 3O1WA 5AQNA 3CIPA 3QB0A 3A5LC 3L4IA 5EY4A 3SLCA 1XQSC 3HBTA 1HKCA 1NGGA 2E2NA 4IXCA 4M7YA 2GEMA 3LDPA 1GLDG 3SJHA 1IJJA 1HUXA 2IVOA 3ULEB 5F0XA 1DEJA 1TYQB 3VGMA 3D2FA 5LJVA 2J4RA 5CE3A 3I33A 4Y0WA 4K41A 1KAZA 1S3XA 5AZJB 3FLCO 5AR0A 4CD3A 4DB3A 2FSNA 1BUPA 2NZTA 3ID8A 3U8XA 3AAPA 3D2FB 3ENOA 2GELA 3FZLA 4BRAA 2A40A 4K42A 3B8AX 1SAZA 3CJ7A 4PL7A 3VOVA 5BRFA 3J8AA 4B1ZA 1XUPO 1JCEA 2QWRA 2YJFA 2F9WA 1DGKN 1HLUA 1XC3A 3AAQA 2I7PA 2QXLA 5AQJA 5AFUH 1QZ5A 1YXQA 3L6QA 3IUCA 5ADXH 4BRPA 3SMPA 4BRIA 3QBXA 2Q97A 5KPZA 4CBUA 4EHUA 3M6GA 4CI6A 2QWMA 2E2PA 3VEYA 3WUHA 5I9EB 4FO0A 5AQGA 2E1YA 4J8FA 4JHDA 2IVPA 2EWSA 3ZX2A 2I7NA 4H0XB 4MLEA 2AP1A 4IJAA 3U4LA 2PBDA 4DQ8A 3OHRA 2ASPA 1YUWA 3VEWA 5EXWA 2ASMA 1CZAN 3A5NC 2P9UA 5JICA 1NGCA 3HM8A 2FSJA 1NGIA 1ATRA 4BRFA 1NWKA 1Z05A 5AQOA 3FFKB 1V4TA 1GLBG 4BC2A 5KQDA 3F9MA 3WXLA 2QWLA 5AQKA 1GLCG 4BRNA 1U2VB 1D4XA 2WUSA 4H5RA 4PKHA 3VEVA 3BF3A 3WEEB 4BRKA 3SMSA 1YVNA 4NB4A 4B1XB 3VERA 5AQSA 4WQ5A 4MO5A 1T44A 2E8AA 4FPAA 1NLVA 1HPMA 4YDUA 5JLHA 2GWKA 2W40A 3C0BA 2YCHA 3DXMA 2D0PA 4H5NA 4IZ9A 1BG3A 2CGLA 2FF6A 3LM9A 1LOTB 2GUPA 4H0PA 3I8BA 3BUZB 1QQMA 1J6ZA 3R9PA 4FWKA 4BROA 2YHYA 3EN9A 5AQTA 4B1YB 2P9SB 4QS9A 3SK3A 4BR9A 2P9IA 3QBWA 3O6WA 4QS7A 5BN9A 5AQZA 2ZWHA 3KHYA 3GE1A 3UKUB 3CQXA 1X3NA 2DPNA 1KXPA 5AQMA 1QZ6A 3EKUA 3GBTA 5AFUA 3VEZA 3IDHA 1GLLO 5ADXA 3MN9A 2FLOA 4K43A 5E26A 3WQUA 2P9IB 4NO7A 1T6CA 3FZMA 4H0TB 3RSEB 3MK6A 2HOEA 2CH6A 3A5MC 5ELZA 1Y64A 2ZGYA 1NGJA 3CHWA 3FGUA 1RDWX 3D2EB 5AQXA 5JMVA 3CJ9A 3QFUA 1WUAA 3KZBA 4B9QA 5AQRA 1QHAA 4Z94A 2P9NA 2VYPA 2VCPA 3MDQA 4C23A 2A6AA 2QWOA 5AQIA 1E4FT 1MA9B 2P9LB 3BP8A 5AQUA 3HTVA 4ISGA 4ISFA 3O08A 3G25A 3VEXA 3H45C 3LL3A 3H3NO 3M3ZA 3VF6A 4AM6A 1RFQA 2P9NB 1U6ZA 2QWPA 4BG8A 4GNIA 2A5XA 3CETA 3ATVA 2V52B 1GLAG 1BWFO 3QFPA 4BREA 2KHOA 4FWMA 2BUPA 1YAGA 4BC5A 3JXUA 1Z6RA 5AQYA 4CZGA 1NGEA 3CJ1A 3GOIA 1JCFA 1GLEG 3VENA 2E88A 1HJOA 3FZFA 1R59O 4JD2A 5BPNA 4H0OA 4ISEA 1U2VA 2A42A 2QWQA 1ESVA 2V51B 1GLJO 4PKIA 2P9PB 5TKYA 3WEEA 4B1WB 2FSKA 2OANA 1V4SA 3H46O 1G99A 4FWOA 4H5VA 3S41A 4CBXA 3U9DA 3A0IX 4PKGA 4B1VA 2CH5A 4JD2B 1KAYA 4BRHA 2ZF5O 3A8YA 1EQYA 3O8MA 1K8KA 1SZ2A 3C7NB 4FOIA 5AQHA 3CJAA 2IVNA 4EAHD 1ZXOA 1HKBA 4FWPA 4BR2A 1DKGD 1P8ZA 4K25A 3ZX0A 1TUYA 3WQTA 4HTLA 3FZKA 5AZIB 1NGDA 2V7YA 4WYBA 3DXKB 2E2OA 2HMPA 4O8KA 4XH4A 3GDQA 3VGKA 4FSVA 1BA0A 1BO5O 3HI0A 3DJCA 2P9SA 4A2BA 1K8KB 4BGAA 1RGIA 4CJ7A 3UKUA 3VGLA 4KBOA 4H0VB 2E1ZA 4BR7A 4XEIA 3UKRA 2H3GX 2YHXA 5BREA 2CGJA 4HWIA 1ZBSA 2Q1NA 4BR5A 2QW9A 3U9ZA 3MMVA 4FWQA 3M1FA 3QICA 4O5FA 4I6MB 2ZGZA 3H3OB 4WQ4C 4BQLA 3WT0A 4FWNA 3RSEA 3UKRB 4CZKA 3D2EA 4RWTA 2HF3A 3CJCA 4BRCA 2E20A 4H5TA 3LDOA 2ASOA 1MWKA 3CI5A 5AQPA 1X9JA 4B1UB 5FPEA 4JN4A 5FPNA 2HF4A 4FWSA 3TPQA 2Q2RA 2P9LA 4QS8A 3HZ6A 3P4IA 5BR9A 1ATSA 4EHTA 2PAVA 3VF2A 2CGKA 3R6MA 1Q18A 4BQZA 5KQ8A 4IWVA 4L3QA 2ITMA 3CERA 2YJEA 3GL1A 1BOTO 3ZX3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HHIA 3F2KA 3T1YK 1TAUA 3QEIA 3VMFB 3OS2A 1JCGA 5J2NA 3H1VX 3OW2M 4HCCA 4CGHA 3V9ZA 4CZHA 4IDKA 3D6RA 4FJNA 4CF1A 3UIQA 4B3TK 4LF6K 2VWJA 2NLXA 1ZBIA 2W41A 5JLFA 2P9PA 2UUBK 3CMEN 4JAXA 1NGAA 3MN5A 4CHYA 4AM7A 3VEOA 1REVA 1XNRK 5LY3A 4FK2A 2QM1A 3BF1A 4F9OA 1VSFA 3LP1A 3SV4A 3HT3A 2IIRA 3G10A 3J7AP 1B9FA 3A5OC 1BU6O 4A62A 4BR4A 3ZT1A 3LDNA 2KFNA 3G6EN 4DFKA 4B3MK 1W7AA 3KLIA 4PL8A 3V1OA 3CCMN 2OTJN 3BY5A 1NBWA 1RT3A 4M63C 1NNEA 3HSTB 1HX1A 3VF4A 4DTJA 4MQ3A 1SKRA 1GLFO 3ZT4A 4XH1A 3ZEUB 1ZBHA 4FWRA 1H1VA 4JHDB 4EFHA 3HPHA 2Q0RA 2UUCK 3SAHA 3AO3A 3CQYA 5I42A 3ZSWA 1N34K 5CZ1A 4A2AA 4F8RA 3SQ1A 4DU3A 2Z1GA 1KCFA 4CEEA 3VA0A 3L4QA 3C94A 2P1JA 3OA9A 4IKFA 4K0KK 3M8SA 3BGRA 3MN6A 3HPOA 4H0YB 1S1XA 4BRLA 4M3RA 3TR8A 3F9KA 1BA1A 2FBTA 3EKSA 1JLCA 1UWBA 3NH0A 3PY8A 3P5JA 2D0BA 4JNEA 4CD1A 4U7BA 4CIEA 3AVJA 3FR0A 2ITGA 2ZJQL 5BN8A 3QINA 1SL0A 1QVGM 1ZC6A 4A5BA 2YHWA 4XH5A 2XY5A 4OPKA 3U3GA 3ZSOA 2O8CB 5AQWA 3ULEA 1WSEA 2Y1IA 3OYAA 3D7EO 3NAEA 3NE6A 3KD1E 3H6EA 5AZJA 4FOEA 3ZETA 5IWAK 4J2DA 3H1QA 1RDAA 3PO5A 3SLCA 1OVYA 3HBTA 1JLAA 5HL7L 4KRFA 2GEMA 4N76A 1IJJA 5F0XA 1RBTA 3VGMA 3OYCA 2J4RA 5HP1A 4Y0WA 4OVLA 3CF5L 4B9NA 2OA8A 5DM7L 4YOVA 4DQSA 5E41A 4DB3A 2FSNA 2NZTA 4M42A 4GVMA 1QE1A 1VSIA 1J53A 1T7PA 3A2FA 3LZJA 4CJ3A 4CGFA 2A40A 1QTMA 4K42A 3AVKA 4FJIA 4PL7A 4GVEA 5C10A 3VOVA 5GADP 3L3UA 4B1ZA 1BISA 3RMCA 4WF9L 3U3YA 2F9WA 1HNIA 4WCEL 4NCGA 4BWJA 3CC4N 4DUZK 5CR4A 1QZ5A 2G8UA 1Q81O 3THYB 3TAFA 3B6OA 4M3TA 2DFFA 3S5TA 2VQEK 4CBUA 4EHUA 3WXMB 4A5AA 1CXQA 2QWMA 2E2PA 2VG5A 2DFHA 4LF4K 5I9EB 4FK4A 2G8IA 2E1YA 3CCLN 4Q5VA 1NKCA 1YJWN 1VQ5N 4MLEA 4DV1K 4E72A 1JXEA 3VEWA 1CZAN 4N41A 3HM8A 1WBBA 4OO1J 2FSJA 3CXCM 1ATRA 4DTXA 3FFKB 1LWEA 3EEQA 1EO1A 1X9SA 3AVCA 1S9GA 3F9MA 1KVBA 3PIOL 2ETJA 4KHSA 3DLGA 4CEOA 5M1QA 2WUSA 4DTPA 3QEXA 4H5RA 4PKHA 3WEEB 3C6UA 3T1HK 4JI0K 1FK9A 4IOXA 4OGCA 4HCBA 1HJRA 3VERA 4B8CA 4DG1A 4DSJA 4IBNA 3LP2A 2E8AA 4N56A 1LWCA 3C65A 4CFBA 3C0BA 2YCHA 4HUEA 4MDBA 2KFZA 1ITGA 3DXMA 5H1SQ 3EE8A 2QEXN 1U47A 3CC7N 2NRZA 1XHXA 2FF6A 4YNQA 4DV7K 4N5SA 2GUPA 3K5NA 4GMJB 4FLTA 5C15A 1K8AO 4BROA 1D9FA 4IDHA 4CJFA 4B1YB 3L2WA 1U49A 4FJHA 5BN9A 4ID1A 3L8BA 4E7LA 3SNNA 3CQXA 2DPNA 4GV9A 1I94K 1C1BA 3EKUA 2GX9A 3TTFA 2D5RA 4AHTA 2FBVA 5AFUA 1WB9A 5M1OA 2P5GA 3IDHA 1GLLO 4C8LA 1WSIA 4H8KA 1TKZA 4H4MA 1LV5A 3SV3A 3HJFA 1T6CA 3OS1A 3G71N 1TV6A 1EXQA 2HNZA 4O4GA 2ZGYA 3SBTA 4K8ZA 3CHWA 1RDWX 3V9SA 3TABA 3CJ9A 3QFUA 1WUAA 4B9QA 4AHVA 1QHAA 1NJXA 1B9DA 3MDQA 1ASUA 1HMVA 4C23A 5C0YA 5AQIA 1WSFA 4A57A 3BP8A 1JLEA 2F8SA 4ISFA 4FVUA 3K5MA 4CGDA 1RTDA 2HVIA 3NCIA 1IKVA 4YORA 1UA0A 1U6ZA 4GNIA 2A5XA 3NGZA 2D0AA 4QOZB 3DI6A 4EP4A 1FKPA 4JK8A 1BI4A 4BREA 2KHOA 4MFBA 4FWMA 1Z6RA 1RDCA 2O8EA 3CJ1A 1S1VA 3GOIA 2Z1IA 2WC9A 3L2UA 1VSKA 2PYJA 4FW2A 3VQ9A 1R59O 4LF7K 3I55N 3OYJA 3OYBA 1ESVA 4B1WB 4DR2K 3THWB 1SUQA 3H46O 2VGNA 4FWOA 3U9DA 1LAVA 2CH5A 3LPTA 1IG9A 5M1KA 4IEEA 4M3ZA 2W00A 1C0UA 1K6YA 3T3FA 1NJYA 1C6VA 3C7NB 3CJAA 4UQGA 4EAHD 1ZXOA 1P8ZA 1C0TA 3L2QA 4B9MA 3WQTA 1WLJA 3MXJA 4EZ6A 4DV3K 4B9LA 4CJTA 4XH4A 3ZT0A 2P9SA 3K57A 4H4OA 4A2BA 1IKYA 1GOCA 3CCRN 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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