3UB5A

Profilin:actin with a wide open nucleotide cleft
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
AALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVTHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETTFNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for profilin-mediated actin nucleotide exchange.
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein
molecule keywords Actin, cytoplasmic 1
total genus 115
structure length 370
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ub5A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ub5A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3ub5A03
3U4LA 3C7NB 4IJAA 4ISEA 1YXQA 5AR0A 1S22A 3AARA 4BRIA 1V4SA 5KQ8A 1KAXA 1HJOA 3D2EA 4MO4A 2D0PA 1CZAN 1BUPA 1X3NA 2BUPA 5AFUA 4M7YA 1YUWA 1NGDA 1YAGA 1RGIA 3IDHA 3TU5A 4H5VA 3BUZB 3QFPA 2PAVA 1J6ZA 4JAXA 3A0IX 5AZIB 5CE3A 4BRDA 1E4GT 3CETA 5AQRA 4PL8A 2A42A 3QB0A 3H6EA 4WQ4C 5AQOA 2VCPA 4H0OA 2P9UB 5BPLA 1QQOA 1JCGA 2KHOA 5AQGA 4BC2A 3FR0A 3VETA 2EWSA 3DAWA 3HI0A 4YDUC 3BP8A 4H0PA 1BOTO 1BDGA 3LL3A 4EHUA 1QQNA 3EKSA 4JNEA 4JHDA 5F0XA 1ESVA 2E2NA 3D2FB 5BR9A 4CD3A 3LDLA 2HMPA 4FWLA 4GY2B 5FPDA 5AQYA 2P9KA 4NB4A 4I6MA 4FWQA 3WXKA 3O8MA 5KPZA 1HKCA 3TPQA 5AQLA 4B1WB 2QWNA 3VF2A 4CZLA 3LM9A 3WXJA 2CGKA 1BG3A 1XUPO 4IXCA 1Z6RA 4PL7A 4CI6A 2CGLA 5FPMA 5KQDA 4A2BA 3J8AA 3S41A 4DQ8A 2W40A 4B1VA 2ASMA 3EN9A 2ZGZA 2P9IA 4PKIA 5ELZA 1K8KA 3O1BA 3CI5A 3HBTA 5AQPA 2IVPA 4MO5A 4EHTA 3WQTA 3CJCA 4Z94A 4DB3A 3DXKA 2F9TA 4F9OA 5AQTA 5LJVA 3FFKB 5AQWA 2VWBA 3ENOA 3U9ZA 4JD2B 1GLEG 1BA1A 1NGJA 4BREA 1NMDA 2YCHA 3HSCA 4BRAA 5EVZA 4CZGA 5BRHA 1DEJA 2A40A 4K43A 2P9NA 2V52B 3B8AX 3VEZA 3QICA 4J8FA 4KBOA 4L3QA 4FL9A 5E26A 5JMVA 3D7EO 1HPMA 1U2VB 1RDWX 3EKUA 5KPTA 3W3DA 3KHYA 1LOTB 5AQXA 1YVNA 4RTFD 2VYPA 3ENHA 3VGKA 3BEXA 3H3OB 3O6WA 4BRHA 2E8AA 3ULEB 2GWKA 3M6GA 3VEOA 2YJFA 3R6MA 1JCEA 3P4IA 3UKUB 2QWMA 3KZBA 2AA4A 1GLBG 4CBXA 3MN9A 4HTLA 2P9SB 4BR2A 4FSVA 1NLVA 3RSEA 4BRNA 2QWPA 3GL1A 1NGGA 3R8EA 3WEEB 2Q2RA 3M1FA 3WQUA 1TYQA 2HF3A 1GLLO 1GLFO 5E84A 5F1XA 1BU6O 5BPNA 4XEIA 2ZGYA 5EXWA 4A62A 4E1JA 3H1VX 2NRHA 3QBWA 1G99A 2E1YA 1IG8A 3VEYA 1EQYA 1XC3A 1GLCG 4IWVA 5AQFA 2IVNA 3EL2A 4QS9A 2ASOA 3ID8A 3QMLA 4B9QA 1X9JA 3VOVA 1HLUA 1HX1A 2FF6A 3G25A 2GELA 2CH5A 3VF6A 3DJCA 4FWKA 5EY4A 2V51B 3I8BA 4GNIA 2P9UA 3GDQA 2Q1NA 2E20A 4K42A 2GUPA 3AAPA 3BF3A 1NM1A 3H1QA 1JCFA 3C0BA 2YI1A 1KAZA 3MMVA 3SMPA 3R9PA 3VEWA 2Q0UA 5ADXH 3ATUA 4AM6A 1NGBA 2A3ZA 4WQ5A 1ZXOA 2GEMA 3HTVA 3LDPA 3O5BA 4EIAA 1BA0A 2CH6A 3SMSA 3CHWA 1Z05A 4RWTA 5JLHA 1DGKN 3A5LC 4O8KA 3VERA 2Q36A 1P8ZA 4IZ9A 5AZJB 3FZMA 4BR9A 4FO0A 1NWKA 4B1UB 2ASPA 3A5NC 3O1WA 4EAHD 1U6ZA 3F9MA 1ATRA 1T6DA 4BG9A 5JICA 4BROA 1GLAG 1NGIA 2P9LA 4FPAA 4IO8A 4CD1A 3ZEUB 4BR7A 2A41A 4H03B 4WQ4A 1X3MA 1NGFA 3UB5A 2UYTA 4M7XA 4MLEA 2HOEA 2QXLA 3H45C 2P9KB 4I6MB 3O08A 4BR0A 3EO3A 5AQJA 4JD2A 3ZX0A 1NGHA 4CBUA 4PKHA 2QWQA 2QWLA 3L4IA 4C23A 4FOEA 4BC3A 2YHYA 1NGCA 5F2RA 3AAQA 3DXMA 1BO5O 1MDUB 5BN8A 3GOIA 4XH5A 3QBXA 2YHXA 4QS8A 2GWJA 4M63C 1D4XA 1V4TA 2E88A 3MN7A 5I9EB 3FE1A 3FZFA 4B1YB 2E1ZA 3ZETA 3CJBA 1U2VA 2FXUA 5FPNA 1K8KB 2BTFA 3VEXA 2ITMA 1SZ2A 1HKBA 5AQZA 3CJ1A 1MA9B 4FWPA 5LJWA 2AP1A 4K25A 3ULEA 1GLJO 4EFHA 2V7ZA 3UE5A 1C0FA 2Q0RA 3CJ9A 3UKUA 4BR5A 2F9WA 1ATSA 3UKRB 3FLCO 1T6CA 2I7NA 3W0LA 4H0VB 2P9SA 3IUCA 2YHWA 3C7NA 5AQUA 4H0YB 1MWKA 5EX5A 4BGBA 4CZHA 4BRFA 4H0XB 3IMXA 3CJ7A 2FSJA 3QFUA 4RCHA 3L6QA 3WUHA 5AQNA 4DHYA 2A6AA 4MLHA 2P9NB 3LDNA 4A2AA 5BN9A 5BPMA 4H0TB 3WXLA 1KAYA 2D4WA 5BRFA 1QZ5A 2P9PB 5ADXA 3GG4A 1T44A 3L0QA 5LY3A 5AZIA 4WQ5C 2CGJA 3WXIA 3H3NO 2D1KA 3O4WA 3VENA 3CIPA 1H1VA 2OANA 2IVOA 3RSEB 4BVOA 4ISFA 4XH1A 1TYQB 4ISGA 1HKGA 3VF4A 3DWLA 5FPEA 4JN4A 4A61A 1MWMA 2QW9A 1RFQA 2WUSA 4WYBA 3D2FA 3D2EB 2D0OA 4CZKA 1R59O 2GTDA 4BRLA 4BRMA 5BRDA 5AQIA 3ATVA 3H46O 1KXPA 2NZTA 4Y0WA 1OKJA 1TUUA 4BC4A 4FOIA 2YJEA 3WT0A 3MDQA 3ZX2A 1ZC6A 3CERA 5AQSA 4B1XB 4FWRA 3ZX3A 5AZJA 1S3XA 1HUXA 3GBTA 5AQKA 3VGLA 3CQYA 1QQMA 3LDQA 5JLFA 4CJ7A 2W41A 3MCPA 3SK3A 3CQXA 2ZF5O 2PBDA 4BRKA 4BVPA 4CZMA 1GLDG 4BRQA 1QZ6A 5AFUH 3U8XA 1ATNA 5B8HA 4CZJA 1SQKA 2E2OA 4NO7A 2V7YA 2DPNA 3CJAA 3ZEUA 3FZKA 2Q31A 2QWOA 4BRCA 4BRPA 4JHDB 3IFRA 3M3ZA 3KVGA 4LC9B 1TUYA 2FLOA 2H3GX 2QM1A 1E4FT 1C0GA 4FWOA 4O5FA 3MN6A 5AQMA 1Y64A 4IJNA 3FZLA 4XH4A 3QDKA 2J4RA 3A5MC 5TKYA 4FWMA 3GE1A 3VGMA 1DKGD 4YDUA 2FSNA 4CZIA 1SAZA 1LCUA 4H5TA 4FPBA 4BQZA 3I33A 2QWRA 4BQLA 5AQHA 4QS7A 2FF3B 3EZWA 1ZBSA 4H5NA 2HF4A 2P9LB 4H5WA 4PKGA 3O80A 2P9IB 5KPRA 1WUAA 1NGEA 2E2PA 3VESA 3HZ6A 3VPZA 2ZWHA 3DXKB 1NGAA 5EOYA 5AQVA 2IIRA 3JXUA 3UKRA 4BR4A 4CZFA 3U9DA 3BF1A 3AY9A 3OHRA 3DXMB 2E2QA 3FZHA 3MK6A 3SJHA 2FSKA 3FGUA 3HM8A 1IJJA 3WEEA 2Q97A 4DCHA 1QHAA 3A5OC 4FWNA 3ZETB 4BC5A 4BRGA 3A8YA 5AQQA 2NLXA 3SLCA 2I7PA 2P9PA 3MN5A 4H5RA 4BGAA 4HWIA 3LM2A 4BG8A 3LDOA 1NBWA 4FWSA 2A5XA 4AM7A 1XQSC 1WOQA 4CZEA 4K41A 5BREA 1BWFO 4CBWA 3JS6A 3VEVA 4B1ZA 1Q18A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HJFA 4M3TA 4CHZA 4CIFA 5HP1A 1RBTA 1VAZA 3AARA 3L2WA 4E89A 1KAXA 4DTPA 3C6TA 3D2EA 4CHQA 4M7YA 1YUWA 2EHGA 5C2FA 1NGDA 4RW7A 4DTUA 5FDLA 1RGIA 3R1XA 3TU5A 1YITN 4H5VA 3BUZB 3CYMA 4B08A 1J6ZA 1VSHA 1TK8A 5FLXO 3V81A 5AQRA 5GIOA 4B9UA 3J81O 4H0OA 5BPLA 5AQGA 1JCGA 2KHOA 5KGXA 2YKMA 4BC2A 1EXQA 3VETA 4OPHA 5M1FA 3DLRA 2P5OA 1QQNA 4M3UA 3TWHA 1GOAA 1CXUA 3D2FB 4FJIA 1W0HA 3E9LA 4CD3A 1IBLK 4DF4A 3LP1A 4IEEA 5AJ3K 5AQYA 2KQ2A 3AGKA 4I6MA 4H8KA 3O9TA 3PIOL 2G8HA 1RCHA 4I2PA 3TPQA 4EZ6A 2VQFK 3V9UA 2D5RA 1RT6A 3LM9A 3KK1A 3AVNA 2W42A 5TKWA 4BDYA 3WXJA 2CGKA 4IFVA 4IXCA 1Z6RA 4KH5A 3QEPA 3HP6A 3AVHA 4U7BA 5IWAK 3T1HK 4IDKA 1DTQA 3SQ2A 4B1VA 1HYVA 4JKDA 2ZGZA 4CEZA 4J2EA 1K8KA 3CMEN 3CI5A 1EWQA 2ETJA 2IVPA 4MO5A 3IAYA 5C2DA 3THYA 2F9TA 4F9OA 2NRWA 5C0YA 2IOCA 4B9VA 1D8YA 3ZT4A 2ITGA 1GLEG 3OYLA 1C1BA 4CHYA 4DLEA 4B3MK 1LW0A 4CFAA 1WSJA 3HOSA 3EE9A 4I7FA 5KI6A 3RR7A 3HPOA 4W5NA 1S72N 1HNVA 2XY5A 5BRHA 3QERA 4FJMA 5C10A 4FLUA 2P9NA 2V52B 3VEZA 4L3QA 3J7ZO 4KBOA 1YJ9N 1XI1A 1SL2A 4JKCA 5JMVA 2YNFA 1RDWX 5KPTA 4DQIA 4KPYA 1TL3A 3MXMA 4GV6A 4YOWA 5I3UA 4CFBA 1JL1A 4R5PA 3K58A 2GWKA 4ZHRA 3VQEA 1JCEA 3P4IA 3RRGA 3NVMA 3KIOA 3NMUA 4CBXA 3MN9A 4HTLA 3I56N 4FSVA 4CGIA 1BCMA 4CE9A 4J2DA 3WQUA 3M1FA 4CJQA 2HF3A 1GLLO 5BPNA 1S9GA 2ZGYA 4XEIA 4E1JA 1T05A 3H1VX 2G8FA 2GUIA 3D6RA 1N33K 1RDAA 2E1YA 2DY4A 4ZTFA 1XC3A 1GLCG 4BECA 4QS9A 4FJ9A 3QLHA 3V6DA 3SBTA 4LFAK 1IKVA 3DLKA 4QAGA 5HRPA 2XHBA 1FJGK 4FK2A 1HX1A 2CH5A 4HCCA 3DJCA 3OYDA 3KLFA 3GDQA 2ZQBA 5A2QO 2O8BA 4KHQA 4K42A 4BWJA 3AVCA 4ELVA 2XY6A 4B3SK 1TAUA 4DR5K 2YI1A 2O8FB 3VQ7A 4FLZA 4YNQA 4AM6A 3AO2A 4WQ5A 3CCSN 3ZT1A 1ZXOA 3TAQA 2P51A 4EIAA 3P31A 4A57A 1QE1A 2CH6A 3NCIA 5SZTA 3VQDA 4WFAL 4W5OA 3ITHA 3M8SA 4FM1A 1RBSA 1Z05A 2HBJA 4RWTA 5JLHA 4E0DA 1S6PA 4O8KA 3O4QA 2O4IA 4X65K 3VERA 3S3NA 4F8RA 4AHUA 4FZXC 1RDUA 2KW4A 4BDPA 4YOXA 4BR9A 4DLGA 4GVEA 5KTQA 1FW6A 1T6DA 5LMUK 1GLAG 1NGIA 4DQQA 4IO8A 3ZEUB 4WQ4A 1NGFA 4CEEA 4A59A 3LZJA 3THVA 5HRRA 4QCLA 2HOEA 2P9KB 3BZKA 2OYQA 4JRQA 4IO9L 4JD2A 4PKHA 5JS2A 4CJUA 4CHNA 4KHYA 3QIPA 4AHVA 4JKFA 4BC3A 1NGCA 1O1WA 3AAQA 4CCHA 2HHXA 4FJLA 4IFEA 4XH5A 3M8RA 4QS8A 3HXMA 4M63C 1D4XA 4KHSA 4ELUA 3MN7A 3TR8A 1JLFA 5C24A 5I9EB 3CPWM 4CHOA 4JKBA 2HBKA 3PUFA 3ZSOA 2FXUA 2RN2A 5KRTA 1QSYA 3CJ1A 1MA9B 3ULEA 3ZLJA 2V7ZA 4JLHA 4FYDA 4HTUA 4KH4A 1VQ5N 3UKUA 4IDHA 2F9WA 3FLCO 4H0VB 3IUCA 4BDZA 4HHTA 3OYMA 4E3SA 5AQUA 4H0YB 4LF8K 3EY1A 2FSJA 3QFUA 4IOCL 1NKEA 3NBPA 5C25A 4YHHK 3WUHA 3MEEA 3VTIA 4MLHA 1W9HA 2HW3A 2HVIA 4A2AA 4Z4IA 5BPMA 1KAYA 5BRFA 2KFZA 3TTDA 3GG4A 4JI5K 1A5WA 3O9SA 4IKFA 4CJ5A 2XY8A 1DLOA 2CGJA 2AJQA 2UUCK 4M45A 1EETA 3HRGA 3E9OA 2HB5A 1JLBA 4BE1A 4I2QA 1TYQB 1I3AA 2X6NA 3KJVA 1N32K 2QW9A 3ZSQA 3D2FA 3D2EB 4CZKA 1DT9A 3M5RA 1XNRK 1BISA 5AQIA 1TUUA 3WT0A 4QOZB 4JK9A 1P90A 1XHZA 4BE7B 4B1XB 3SQ4A 4XJXA 5AZJA 5T7BA 1NKBA 4M3RA 3LDQA 1QQMA 5M1PA 3SK3A 2B4JA 3AO4A 5AFUH 3U8XA 3CCMN 3BZCA 4CZJA 3V9ZA 3MWTA 4CFDA 4Z4GA 4JV5K 1X9WA 3I0SA 3K0SA 2QWOA 4BRCA 1J9AA 4CEDA 3IFRA 4LC9B 1TUYA 2WTUA 3SUNA 4JI3K 3HSTB 1FK9A 4FWOA 4IJNA 3JYTA 4FJHA 1X9MA 1T7PA 2J4RA 2X78A 3CD6N 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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