3UB5A

Profilin:actin with a wide open nucleotide cleft
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
AALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVTHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETTFNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for profilin-mediated actin nucleotide exchange.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, cytoplasmic 1
molecule tags Structural protein
total genus 115
structure length 370
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ub5A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ub5A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3ub5A03
2D1KA 4CZMA 2IIRA 1GLEG 3GBTA 3ZEUA 3UKRB 4BRPA 5JLHA 1Z05A 4BG9A 3TPQA 2GELA 2CGJA 4KBOA 2OANA 1HX1A 3L4IA 4J8FA 4JN4A 4CZJA 3VEWA 2QWRA 5LJWA 5AQWA 3CI5A 2IVNA 2QWPA 4FOIA 2E20A 4BR5A 4DHYA 1U2VB 5AZJA 2HF3A 4H5RA 2QM1A 4FWQA 4H0VB 4O5FA 5AQSA 5FPNA 3SLCA 2GEMA 3R9PA 2EWSA 1MDUB 3D2FA 4A2BA 1DEJA 4FWMA 2P9UA 5AQVA 3C7NB 3IDHA 3VEVA 2P9NA 1NGFA 3AARA 3BF1A 2Q2RA 3QFUA 5ADXA 5AQIA 3M3ZA 3U8XA 4BRKA 2E8AA 1GLCG 4C23A 3MN6A 2YJEA 1QQMA 3D2EB 4PKHA 4H5NA 3FZFA 1BUPA 4BC2A 4DB3A 3FZHA 4K25A 4YDUC 1R59O 4IZ9A 5AQRA 2A6AA 2QWMA 1BU6O 4A62A 3R6MA 5FPEA 1NGEA 3UB5A 5BRHA 5KPTA 1BOTO 3W3DA 4BRFA 1NGIA 1QZ5A 1ESVA 1G99A 3AAQA 3CJ1A 3M6GA 5I9EB 1QQOA 3WUHA 1T6DA 3CJCA 2P9KA 3WXKA 5AQLA 5F0XA 4FWKA 2QXLA 2V51B 2FLOA 3KVGA 4WYBA 2Q0UA 3BEXA 3IUCA 1GLJO 2W41A 5BPNA 4FWLA 5BPLA 3VEYA 4PKGA 1MA9B 3TU5A 1JCFA 1QHAA 2QWNA 5BPMA 4BRIA 2NLXA 3GDQA 4IWVA 2ZF5O 1KAZA 2HOEA 5AQNA 1ATRA 2P9SB 4EAHD 4MLEA 2QWLA 3HI0A 3WXIA 3VF2A 5AQYA 4FWOA 4FWSA 3UKUA 1V4TA 5FPDA 5EOYA 2HF4A 2YJFA 4H5TA 3LDNA 1ATNA 4QS9A 3H1QA 4BGBA 4CD3A 4Z94A 1YUWA 1HPMA 3BF3A 3H6EA 4IXCA 2CH6A 3MN5A 5BN8A 1BA0A 2GTDA 3FFKB 1ZBSA 4BC3A 1T44A 5FPMA 1KXPA 4BRAA 2VCPA 2FSKA 4CI6A 3DXMB 5ELZA 2VYPA 3OHRA 4RWTA 5AQKA 1T6CA 1SQKA 1BWFO 4BR9A 2GUPA 4YDUA 2Q31A 5F2RA 3W0LA 3VESA 3ZEUB 4I6MB 3DXKB 2J4RA 5EY4A 4CBWA 3FE1A 3DAWA 4JD2A 3GE1A 2W40A 5KQDA 2FXUA 1NM1A 2FSNA 1K8KA 2YI1A 1P8ZA 3CETA 2IVOA 5AFUH 4B9QA 2F9TA 4MO4A 3GOIA 5EX5A 4H0PA 5AZJB 1NWKA 4B1UB 5AQQA 3L6QA 4BQLA 1CZAN 1HKBA 2A40A 3H1VX 3O1WA 2D0PA 1TYQA 3SMSA 4CZIA 2D4WA 1ATSA 3RSEA 2P9UB 1HKGA 1HLUA 2A41A 4BRLA 2BTFA 1Z6RA 1C0GA 2FSJA 4LC9B 3ID8A 2CH5A 2KHOA 4FSVA 3VOVA 3ZX3A 2BUPA 1S3XA 4PL8A 5AQTA 1GLBG 4ISFA 1D4XA 3H3NO 4B1YB 1HKCA 4QS8A 5JICA 4AM6A 5AQOA 3EZWA 1QQNA 1U6ZA 2AA4A 5AQMA 4EIAA 3LM9A 4PL7A 1X3NA 3O80A 3O8MA 1ZXOA 1WUAA 4XH4A 1JCEA 3F9MA 3VPZA 4B1ZA 2GWKA 2V7ZA 4EHUA 3MN7A 2P9LA 2YHWA 3QBWA 2H3GX 3IMXA 3HBTA 4ISEA 4BROA 3VERA 1U2VA 1NGHA 2YHXA 3ENHA 3L0QA 2P9KB 1SZ2A 4A61A 1KAXA 1NBWA 3H3OB 4Y0WA 4FOEA 2QW9A 3QMLA 5JLFA 1IG8A 3SJHA 5AZIA 1S22A 3C7NA 3FZKA 1HJOA 4BQZA 3ZX2A 4L3QA 1NGJA 1NGAA 3C0BA 1C0FA 2YCHA 3WT0A 4CZKA 3ZETA 2VWBA 5AQHA 3FGUA 4FO0A 1J6ZA 4MLHA 3M1FA 1H1VA 1E4GT 5AQFA 4WQ5C 1WOQA 2ZGYA 3QB0A 3KZBA 3O1BA 4BG8A 3FLCO 4BVPA 4CJ7A 4M63C 4CBXA 3HSCA 1BA1A 3HM8A 4CZLA 5AQZA 4BVOA 1BO5O 3UKUB 2P9IA 4HTLA 3AAPA 4FL9A 4QS7A 3WEEA 1HUXA 3MK6A 3AY9A 1XC3A 1XQSC 5AQGA 2A3ZA 3FR0A 4B1WB 1E4FT 5AQUA 3LDPA 1YVNA 3VEZA 5E84A 1OKJA 3WXJA 1JCGA 2D0OA 1EQYA 2ASPA 3ULEB 2E2PA 4BC5A 4K43A 4FPBA 3LDQA 3A8YA 3MDQA 3VGKA 3VENA 3O6WA 4MO5A 2Q0RA 2AP1A 4BR7A 5AFUA 5AQJA 5AQPA 5CE3A 5AQXA 4BRGA 3ATVA 3H46O 2A42A 4JAXA 2GWJA 5BREA 2ZWHA 2P9PA 1ZC6A 4JD2B 5E26A 3SMPA 3ATUA 3U4LA 3QICA 4JHDA 1K8KB 3A5MC 3ENOA 3CIPA 1NMDA 4H0TB 4B1XB 4CZFA 4CD1A 3G25A 2E2NA 4GY2B 4WQ4C 3UE5A 1TYQB 5BR9A 4XH1A 1YAGA 3A5OC 2IVPA 1SAZA 1GLDG 3MCPA 5EVZA 3JS6A 3DXMA 3U9DA 1DKGD 3WQUA 3B8AX 4RTFD 2I7PA 3GL1A 1XUPO 3DWLA 3EN9A 3D2FB 4AM7A 4BRMA 3WQTA 3ZX0A 4WQ5A 2Q97A 2I7NA 2P9NB 3GG4A 3IFRA 1NGGA 3H45C 2A5XA 2WUSA 3DXKA 4I6MA 4BRNA 2Q1NA 3O4WA 4K41A 3R8EA 4H5WA 3CJAA 1LCUA 4H0OA 4GNIA 2P9LB 3UKRA 3A0IX 3I33A 4JNEA 4B1VA 4HWIA 4O8KA 2ITMA 5KPRA 4F9OA 3JXUA 3CERA 4H5VA 2ASOA 2NRHA 4CBUA 5F1XA 3D7EO 1GLLO 1TUUA 5AZIB 2CGKA 5KQ8A 3QDKA 2E2OA 5B8HA 4EFHA 1RGIA 2PBDA 2PAVA 3J8AA 2E1ZA 2FF6A 5EXWA 3DJCA 3MMVA 3VEXA 4BREA 3EO3A 2UYTA 3I8BA 4IO8A 3ZETB 4XEIA 4FWPA 4CZEA 1KAYA 4BR2A 3BUZB 5LJVA 2Q36A 1GLAG 5JMVA 4NB4A 3CHWA 1V4SA 4CZHA 1NGBA 3D2EA 4BRDA 3VETA 3CJ9A 3CJBA 4NO7A 2P9IB 2FF3B 3WXLA 4E1JA 3WEEB 4IJNA 1YXQA 4WQ4A 5ADXH 3VF4A 2QWOA 3LDOA 3QFPA 1RDWX 4BR4A 3FZLA 1NGDA 2F9WA 4PKIA 4EHTA 2DPNA 3VF6A 4CZGA 3HTVA 1RFQA 2V7YA 2CGLA 3O08A 2ZGZA 4M7YA 4BGAA 4XH5A 5BN9A 4BRQA 3LM2A 5TKYA 3BP8A 3SK3A 3HZ6A 1QZ6A 3A5LC 4BRHA 2E88A 5KPZA 4BC4A 4RCHA 1BG3A 1MWMA 2E2QA 3CQXA 4M7XA 3EKUA 2P9PB 5BRFA 4H0YB 4FPAA 3VGMA 5BRDA 4H0XB 4JHDB 2E1YA 1NGCA 2P9SA 3CQYA 1MWKA 3FZMA 3QBXA 3O5BA 4A2AA 4DQ8A 3CJ7A 2NZTA 2ASMA 1X3MA 5AR0A 3EL2A 3A5NC 4H03B 1X9JA 1BDGA 2HMPA 2QWQA 3P4IA 3ULEA 4BRCA 1Y64A 3LL3A 4DCHA 1IJJA 4ISGA 2V52B 1LOTB 2YHYA 3LDLA 3MN9A 3U9ZA 1TUYA 3EKSA 3VGLA 3VEOA 1Q18A 1DGKN 1NLVA 4FWNA 5LY3A 4BR0A 3RSEB 4K42A 1GLFO 3S41A 4FWRA 3KHYA 4IJAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2IIRA 1TKXA 3I56N 3L3VA 3GBTA 3ZEUA 3UKRB 4BRPA 5JLHA 3AVCA 4ID5A 4BG9A 3LWLA 2YNFA 2GELA 1HNXK 3ZT0A 4KBOA 2OANA 5J2PA 2Z1JA 4Z4HA 1E3MA 2W6LA 3DRSA 4Y1CA 5LJWA 4FLUA 1D8YA 5AQWA 4PQUA 4BR5A 4E72A 3TARA 4YNQA 1KFDA 4YOXA 2NUBA 2LSNA 4E3SA 1XMOK 1YITN 4H0VB 1T03A 2GEMA 3R9PA 4LF5K 1S1XA 4DR5K 1L3VA 2NRVA 4GW6A 3C7NB 3IDHA 4KHYA 3VEVA 3ZSRA 2NRTA 3QFUA 3QERA 1JLCA 1YJ9N 2ZQBA 4AHUA 1HYZA 4BRKA 4JI5K 3VQBA 2YJEA 1QS4A 1QQMA 3QEWA 4BC2A 1RDDA 2OTJN 1HQUA 2YHBA 2IC3A 2A6AA 4KH4A 4JI6K 3R6MA 3V9ZA 1NGEA 5BRHA 2HHIA 3E66A 4E19A 3W3DA 4IDKA 4FM1A 1VQ6N 1D9DA 1G99A 3M6GA 3HYFA 5I9EB 4E7LA 1C0MA 2B4JA 3CJCA 3WUHA 4DSEA 4CIFA 4X66K 3SQ1A 3KVGA 4CGIA 2B6AA 1NK7A 1D9FA 2ETJA 1YVUA 4OPAA 4PKGA 3DLLL 4FK0A 4DSLA 1D5AA 3LAMA 4XIUA 3GDQA 3MEDA 4AHCA 1VQKN 4WFNL 4DV3K 1ATRA 3IS9A 2P9SB 4EAHD 3LDSA 4MLEA 2QWLA 2WC9A 5HRPA 1NKBA 4KB0A 3VF2A 4YOWA 1FW6A 4FWOA 1WLJA 3UKUA 1V4TA 4FZYA 1NK6A 4CJEA 1ATNA 3G71N 1RT6A 1HPMA 1IO2A 3BF3A 3H6EA 3ZSWA 5BN8A 1UOCA 2GTDA 4ILHA 3NH1A 2OPPA 4CHNA 2HNZA 2VCPA 3NGZA 3DXMB 4DFKA 3V9SA 1BI4A 1SQKA 3PX0A 4RW9A 4CJ4A 4KAZA 3V1QA 3ZSOA 3OYDA 2XO7A 1SV5A 4DQSA 4WF9L 3GE1A 4B3RK 1NM1A 2FSNA 5AFUH 4B9QA 2NRXA 1L3SA 4FJJA 4N56A 2HHHK 4MDAA 3SUQA 5AZJB 4GKKK 1HKBA 2A40A 1TAQA 3O9QA 4O4GA 5HL7L 3H1VX 5C42A 3SMSA 4JLHA 1ASUA 3O4NA 4GVEA 3F73A 2A41A 1C0GA 4LC9B 2QKKA 3EE8A 1YTUA 1S3XA 4BEBA 4CHYA 4IFVA 4E1MA 3SNNA 1C0UA 4B1YB 3AGRA 4AM6A 3EZWA 5AQMA 4PL7A 3LM9A 4CGGA 1WUAA 3VPZA 3RMBA 3QBWA 4LY7A 2H3GX 4B08A 3ZSYA 2F7TA 1WSIA 1YTAA 1ZBIA 4A61A 4UY8O 3E9LA 3JSMA 4GV6A 2JWLA 2P5OA 2WONA 2F8SA 4PWDA 1KFSA 3OYFA 3CF5L 1S22A 3C6HA 3I0RA 4I2QA 3FZKA 1TL1A 4W5QA 3OYHA 1NGJA 3DYAA 2G8UA 2RKIA 3TABA 1NK9A 3O3HA 4CZKA 4Z4GA 3ZETA 3NF9A 4O44A 4KO0A 1U45A 4HHTA 3KK7A 3SUOA 3ZCMA 3CFOA 4MLHA 4CJKA 1H1VA 2O8BB 3O1BA 5KTQA 1JL2A 3KLIA 4M63C 4JI1K 4CBXA 3HSCA 4Z0UA 1WN7A 3HM8A 4CZLA 4BVOA 3EYZA 5HP1A 1EWRA 1RBTA 4PA1A 2VG5A 4CEZA 3AAPA 1OH6A 3SV3A 3WEEA 1XC3A 3I8DA 1XQSC 4GVMA 2A3ZA 4NXNK 3TTDA 5J2MA 5AQUA 3LDPA 1YVNA 1U47A 1RILA 1OKJA 2D0OA 5I3UA 1B9DA 1XNRK 3DLBA 3VENA 4LF8K 3KLHA 4B3MK 3MXJA 4BR7A 3CCMN 3QEVA 5AFUA 4F3TA 3LALA 1JKHA 5BR8K 5CE3A 3VQ6A 4BRGA 2HB5A 3H46O 1TV6A 2A42A 2GWJA 5H1SQ 5BREA 2P9PA 3SMPA 3LANA 3ZT3A 3ATUA 3ITHA 2D0AA 4F2SA 4DV2K 2G8IA 2ZM6K 3M8PA 4HUFA 5J1EA 4E7IA 3OJSA 3OJUA 4WQ4C 3UE5A 4DV0K 4DR4K 5JENA 3A5OC 2IVPA 3H08A 4KHSA 4DV4K 3MCPA 3QEIA 5MLCQ 3HPHA 3V6DA 2I7PA 4CIEA 3D2FB 3VQ5A 3AA4A 3DM2A 2Q97A 4DR1K 2QKBA 3GG4A 1VSLA 3H45C 1N32K 4H5WA 4JKCA 3CC2N 3PIPL 4GNIA 3CCLN 4YHHK 2UU9K 3A0IX 4CVNE 4HWIA 4FJLA 1O1WA 2W00A 3PY8A 4F9OA 1VQ5N 1Z25A 3D0PA 3P1GA 3BGRA 4EP5A 5HBMA 4F3OA 5AZIB 3RR7A 5KQ8A 4Z4EA 3QDKA 4DKWA 3MWPA 4IG0A 5EXWA 3VQAA 1ASVA 1HRHA 4BREA 2HHWA 2UYTA 3I8BA 3TR8A 2YKNA 3LP3A 3VQEA 1RBSA 4FWPA 4NLBA 4CZEA 3VMFB 4BR2A 3HM9A 1S1WA 2HMIA 2OPQA 4LF7K 4N5SA 5LMUK 1V4SA 4CZHA 3C94A 4CJVA 4BRDA 3CJ9A 3CJBA 4DR2K 2P9IB 1BIUA 2FF3B 3AVIA 1VQ7N 4Z4FA 4IJNA 2RE2A 4E89A 2X78A 2QWOA 3AO2A 3VTHA 2W6KA 3HPOA 1RDWX 1NKCA 1BCMA 2QEXN 4BE0A 2DPNA 2DY4A 5J2QA 3HTVA 2V7YA 1I39A 2ZGZA 4DTPA 3AVGA 3LM2A 1R0AA 4F2RA 4I2PA 5GIPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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