The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
79
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sequence length |
308
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structure length |
300
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Chain Sequence |
NAEDVVVTITETGYAKRTKTDLYRSQKAGLKQDDIVAHFFVCSTHDLILFFTTQGRVYRAKAYDLPEASRTARGQHVANLLAFQPEERIAQVIQIRGYTDAPYLVLATRNGLVKKSKLTDFDSNRSGGIVAVNLRDNDELVGAVLCSAGDDLLLVSANGQSIRFSATDEALRPMGRATSGVQGMRFNIDDRLLSLNVVREGTYLLVATSGGYAKRTAIEEYPVQGRGGKGVLTVMYDRRRGRLVGALIVDDDSELYAVTSGGGVIRTAARQVRKAGRQTKGVRLMNLGEGDTLLAIARNA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Mechanisms for Defining Supercoiling Set Point of DNA Gyrase Orthologs: II. THE SHAPE OF THE GyrA SUBUNIT C-TERMINAL DOMAIN (CTD) IS NOT A SOLE DETERMINANT FOR CONTROLLING SUPERCOILING EFFICIENCY.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
DNA gyrase subunit A
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| molecule tags |
Isomerase
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| source organism |
Mycobacterium tuberculosis
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| total genus |
79
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| structure length |
300
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| sequence length |
308
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| ec nomenclature |
ec
5.99.1.3: Transferred entry: 5.6.2.3. |
| pdb deposition date | 2011-10-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03989 | DNA_gyraseA_C | DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | 6 Propeller | Neuraminidase | DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1WP5 A; 3NO0 A; 3UC1 A; 1SUU A; 3L6V A; 1ZI0 A; 4G3N A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4GNA A; 1H6L A; 2HTQ A; 3SAN A; 1KIT A; 1RWL A; 2QWB A; 2RKC A; 1WCS A; 3U0S A; 2AEP A; 1F8E A; 4NN9 A; 4M4U A; 4M4V A; 4GEZ A; 2VAQ A; 1NN2 A; 4FPY A; 3TI8 A; 1MZ6 A; 4NCS A; 1Z4Z A; 4D52 C; 5FNT A; 4KS5 A; 4FPK A; 5GX2 A; 2F13 A; 2W38 A; 1IUB A; 2HTR A; 4CPZ A; 4QN5 A; 3W09 A; 1SLI A; 3ZGC A; 4CPL A; 3SOV A; 5HUN A; 2Z32 A; 4QN7 A; 1WCQ A; 1VCJ A; 3AMR A; 4MWW A; 4GZX A; 3WDZ A; 4D4U A; 3S2K A; 3E5Z A; 4FZH A; 3CKZ A; 1S0I A; 5FNS A; 2F28 A; 2QE8 A; 4NC5 A; 1USR A; 3FVZ A; 1Z4V A; 4H53 A; 2XN4 A; 2YA5 A; 4GB1 A; 3O4P A; 4CPY A; 4C1Y A; 1S0J A; 4XMA A; 3KGG A; 6NN9 A; 1E8U A; 5GX4 A; 4IN4 A; 1NCD N; 1L7F A; 3LI3 A; 4MC7 A; 2BZD A; 4CPO A; 4GZS A; 2GVV A; 4CH9 A; 3GVJ A; 2YDP A; 2IAS A; 4XJR A; 3DAS A; 4C1Y B; 4AGT A; 2IAU A; 3H72 A; 3V64 C; 1F8B A; 4DG6 A; 1NMA N; 4MWQ A; 1ZGK A; 3KYA A; 3HRP A; 3TIA A; 1EUT A; 1MS5 A; 4O5S A; 2IAV A; 1A4G A; 4HIZ A; 2ZWA A; 4MJU A; 4H52 A; 4I00 A; 5GX1 A; 1K32 A; 1NCB N; 3ALX A; 5EO7 A; 4GNB A; 4J9T A; 1N1Y A; 4A0P A; 2W8B B; 1NNB A; 2YDT A; 1INX A; 2DG1 A; 1IVB A; 1L7H A; 1V3C A; 4XJZ A; 2BER A; 1N6D A; 2ZW9 A; 2YA6 A; 4WA4 A; 4QNP A; 1S18 A; 4XJU A; 2IAR A; 3A71 A; 4YW4 A; 3SRG A; 5GX3 A; 1NMC A; 1NCC N; 4FPG A; 2FHR A; 1INF A; 3BYC A; 1INW A; 1MS8 A; 4GZQ A; 2BF6 A; 1V3B A; 2IAO A; 2FP8 A; 3SOB B; 3K3A A; 1RWI A; 4GZT A; 2QWF A; 1NCA N; 4O5T A; 1NSB A; 3ADE A; 4YW2 A; 2GHS A; 1L7G A; 3JU4 A; 1WP5 A; 3IAX A; 3WWA A; 3O9J A; 4YW1 A; 4MWV A; 4XJW A; 1A14 N; 3TI6 A; 4X49 A; 1W8O A; 1EUU A; 4ZGC A; 1DIM A; 2W20 A; 5FZN A; 4B7J A; 1NMB N; 1F8C A; 3S8V A; 2C4L A; 4M3M A; 4QN3 A; 4KS4 A; 4MWJ A; 2A75 A; 4IYG A; 5FZJ A; 1V2I A; 5FNR A; 1V0E A; 2P4O A; 2XZI A; 4MX0 A; 1E8T A; 5D9B A; 2XZJ A; 2V91 A; 2HT5 A; 1MWE A; 1NSC A; 4X4A A; 4AHA A; 3V65 B; 1SUU A; 2C4A A; 2POO A; 4MWX A; 4ASC A; 1OFZ A; 4XIL A; 2X9M A; 3H73 A; 4IFN X; 1POO A; 1MS0 A; 4JML A; 5HX0 A; 4KS1 A; 1B9V A; 4MJV A; 4XYX A; 4XE9 A; 2HU0 A; 4FPH A; 1MS1 A; 1W0O A; 2XZK A; 3NO0 A; 4XJQ A; 4GN7 A; 3K38 A; 2YA8 A; 1V3D A; 3FW0 A; 2DSO A; 1V04 A; 4XHX A; 4AGI A; 3WW9 A; 1NNC A; 1MS3 A; 5EX7 A; 4MWU A; 2H2N A; 4GN8 A; 5H47 A; 2HT7 A; 3BEQ A; 4QN4 A; 1IJQ A; 3SLI A; 2GVX A; 2VW1 A; 3L6V A; 4DGR A; 5HUG A; 2QWH A; 4YW5 A; 4K3Y A; 1N1V A; 1S1D A; 4K1J A; 3ALW A; 4FOY A; 2F25 A; 2ZZK A; 4XMB A; 2VK7 A; 4HZW A; 3PJQ A; 2GVW A; 2W8B A; 1IVC A; 1MR5 A; 1CRZ A; 3SIL A; 3GVL A; 4GDI A; 3NN9 A; 5JYY A; 4HZV A; 4YZ2 A; 1V0F A; 4FP2 A; 4HW6 A; 4K1I A; 4M4N A; 1F8D A; 2VVZ A; 1INY A; 3Q6T A; 3O9K A; 2XCY A; 4GZP A; 4MWR A; 1Z50 A; 4MZA A; 3OPZ A; 2CML A; 1PJX A; 3CL0 A; 1NNA A; 1E1A A; 5CGJ A; 3HLH A; 5D9D A; 4CPN A; 2F12 A; 4FOV A; 4R40 A; 2HTW A; 2F10 A; 1W21 A; 2QWD A; 3TC9 A; 2QWJ A; 5FWW A; 4Q1U A; 1B9T A; 2F26 A; 3VNH A; 2IVZ A; 3HLI A; 4X47 A; 1X2R A; 4N1B A; 4X6K A; 3B7E A; 3A9H A; 1IVF A; 4FP3 A; 2F24 A; 3INB A; 4CSD A; 4FOQ A; 5FNU A; 1ING A; 4B7R A; 4FQ4 A; 1V0Z A; 4GJT A; 4ZLR A; 1V3E A; 1W20 A; 5HUK A; 3B69 A; 4FPJ A; 3TI5 A; 3P5B L; 1N1S A; 1X2J A; 2SIM A; 3K37 A; 4IMB A; 1ZI0 A; 4MWL A; 1CVM A; 4YW3 A; 4PWZ A; 4CHB A; 3A9G A; 4G3N A; 2GVU A; 2ZB5 A; 4FPE A; 4XJA A; 3SOQ A; 4XIK A; 4L7D A; 2VW2 A; 2AEQ A; 1SLL A; 2AH2 A; 4UF7 A; 3D11 A; 4B7M A; 3H71 A; 4B7Q A; 1Q7F A; 2VPJ A; 5B2D A; 3UC1 A; 5GTQ A; 4IFL X; 3SAL A; 4HZX A; 4WEG A; 1EUR A; 1INV A; 1IVD A; 1N1T A; 2HT8 A; 4K1H A; 2VSM A; 2IAT A; 1SO7 A; 1QBI A; 3TI3 A; 3A72 A; 2ZB6 A; 4XJ9 A; 1N6E A; 1USX A; 3Q6P A; 3II7 A; 4D52 A; 3H6J A; 1E8V A; 2H2U A; 1N6F A; 3G4E A; 3T1E A; 4KS3 A; 2W5O A; 2FP9 A; 4SLI A; 4ZY3 A; 4L7C A; 1VCU A; 4HZY A; 4YZ4 A; 3CL2 A; 2WOZ A; 3K39 A; 1CQ1 A; 2F29 A; 4D52 B; 2IAQ A; 3V1S A; 2HTV A; 1W1X A; 3Q6K A; 4MZE A; 5HUM A; 2SLI A; 1INH A; 4QN6 A; 4YZ1 A; 2JKB A; 3CYE A; 2F27 A; 2HTY A; 4GZW A; 4JF7 A; 2SIL A; 1DIL A; 1CRU A; 4FVK A; 4XIO A; 3WN7 A; 5B2C A; 4L7B A; 2IAP A; 4GNC A; 4XHB A; 2G8S A; 1A4Q A; 4WEF A; 5NN9 A; 5GX5 A; 1XOE A; 1MZ5 A; 4BBW A; 4IFJ A; 3S94 A; 2IAX A; 2VSK A; 3G4H A; 2QWC A; 4XOG A; 4CPM A; 2FPB A; 4HZZ A; 2B8H A; 4FPL A; 2DG0 A; 1W0P A; 4FOW A; 4YZ3 A; 4GDJ A; 5FNQ A; 4UOU A; 1MS4 A; 1C5K A; 2HU4 A; 2IAW A; 4D8S A; 3NSS A; 4GZO A; 4WA3 A; 3I1C A; 5EO8 A; 4FPC A; 1NPE A; 2FLU X; 1N7D A; 1IVE A; 1W8N A; 3ZGD A; 1IUC A; 3TI4 A; 1NSD A; 2QWE A; 1Z4X A; 1BJI A; 4YZ5 A; 2QWI A; 5D9C A; 2DYH A; 4FJ6 A; 2ISM A; 3LI5 A; 2VK5 A; 1Z4W A; 1U6D X; 1Z4Y A; 3K36 A; 3DR2 A; 4YY8 A; 2OJH A; 4GN9 A; 7NN9 A; 4XJ8 A; 1EUS A; 1IVG A; 4FPF A; 4AH4 A; 2QWA A; 3VNG A; 2VW0 A; 4Q6K A; 3TIC A; 4HHQ A; 2VWD A; 3S8Z A; 4MWY A; 1MS9 A; 1B9S A; 1C9U A; 2HTU A; 2W5N A; 4IQK A; 4XMI A; 2BAT A; 2YA7 A; 1XOG A; 3TIB A; 1QLG A; 2QWK A; 3D12 A; 3LI4 A; 5F72 C; 5M1Z A; 2HQS A; 4K1K A; 5F9T A; 2F11 A; 2FPC A; 4KS2 A; 2QWG A; 1SNT A; 3AMS A; 3SRE A; 2YA4 A; 2AGS A; 4HHO A; 4WA5 A; 2F0Z A; 3GVK A; 4B7N A; 4FPO B; 2VK6 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1WP5 A; 3NO0 A; 3UC1 A; 1SUU A; 3L6V A; 1ZI0 A; 4G3N A;
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