3UCBA

Crystal structure of multidrug resistant hiv-1 protease clinical isolate pr20 in complex with darunavir
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPFVTVKVGGQLKEALLDTGADNTIFEDINLPGRWKPKMVGGIGGFLKVREYDQVPIEIAGHKVIGTVLVGPTPVNVIGRDTMTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title HIV-1 protease with 20 mutations exhibits extreme resistance to clinical inhibitors through coordinated structural rearrangements.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-10-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ucbA00
2WF0A 1ODXA 4GB2A 2Q5KA 3VV6A 1PFZA 3Q5HA 5P3TA 5P80A 5P3BA 4B70A 5OZZA 3TPRA 4L1AB 3ZKQA 3LIVA 3OY4A 2HB2A 3QPJA 4LXAA 1HVLA 5P1XA 5P57A 3QBFA 5P2DA 3OOTA 4APRE 3ER5E 1YTJA 1HTFA 4MC1A 4D8CA 5P6KA 4EJLA 1ZSFA 5P6AA 2ZE1A 1RPIA 3EL0A 3ZPTA 1G35A 1DMPA 1Z1HA 4OBZA 3S43A 3PMYA 4B77A 3CKRA 1XE5A 2MIPA 4ACUA 5P3UA 5P3WA 4PHVA 5P17A 4EP2A 3SLZA 5P6SA 4LXMA 2VA5A 2UXZA 1PPKE 3DUYA 3Q70A 3OUDB 2O4NA 2PYNA 1HOSA 3OGQA 1XL5A 3A2OA 5P81A 2F3KA 5P7AA 1B5FA 2OHPA 3PI5A 1UH9A 4BELA 3IN3A 5P6ZA 1IZIA 5P4CA 5P1SA 3FNUA 2RSPA 3BXSA 5P8CA 4EYRA 4CKUA 5P3DA 2VNNA 2NXLA 3HBOA 1ODYA 5P2EA 3NSHA 2ZJHA 1BWAA 3BUFA 5P2WA 2QMFA 1W6HA 5P4AA 5P18A 1HSIA 5SZ9A 1PSAA 5P63A 5P7PA 5HDUA 5P7YA 4Y54A 4UPJA 5OYZA 4BFDA 2WF4A 3EMYA 4K9HA 1D4KA 2G69A 2ZJKA 3GW5A 4JOOA 5AGZA 5P5AA 1YX9A 3OGPA 4HLAA 4D89A 3D20A 5P62A 2QMPA 4QJ8A 4Q5MA 1HPXA 5DQ1A 1W5WA 4DUSA 3UDRA 4WTUA 5OYRA 3EL4A 2FGUA 3PM4A 5P83A 5DQ5A 5OZGA 4Y3TA 2PQZA 4H3IA 5P28A 5P3XA 3VYEA 1K2CA 5P10A 1QDMA 1FFFC 2VNMA 3GGUA 1BAIA 4Q1XA 4IVTA 1HIVA 4LXKA 5P30A 1FQ4A 5P5TA 2FNTA 3VLAA 3UQPA 5P2QA 3MWSA 3LIYA 4Y38A 5P5QA 4F73A 1BXQA 3QP0A 4B1CA 3TKGA 5IE1A 1QBSA 1IZEA 3S54A 2ZYEA 3IXOA 3LINA 3DV5A 1FIVA 2RKGA 1BV9A 3U6AA 5P4HA 3HZCA 1YTIA 5I3VA 4Y3SA 3O9LA 5C9FA 1ER8E 5P05A 4KE0A 4S1GA 3OU1B 5P26A 5P4YA 5P3MA 3OQ7A 3S45A 4GJ7A 4J0TA 1MSMA 4OD9A 2Q64A 5OZAA 5P7JA 1LF2A 5P51A 5P1DA 3TNEA 3TOHA 5P7GA 3UPJA 5HU1A 5P5KA 3IAWA 4K4PA 4OC6B 2ANLA 2V16C 1K6PA 1HVKA 5BS4A 3ZOVA 2HB3A 2OHKA 1FQ6A 5P8UA 2FLEA 2QNPA 2IENA 5T4SA 2B8VA 4GJ8A 3RTNA 2ER6E 3PVKA 2UPJA 3EKQA 3U7SA 5P3KA 4Y4TA 3DOXA 1IDBA 3INFA 2VIEA 4CPWA 3OU4A 3PWRA 4J1CA 3VSWA 2HB4A 5KQZA 5UPJA 4OBFA 2BPWA 4PZWA 4DJUA 1BVEA 4KE1A 3LZSA 3QN8A 4M8YA 4Y39A 1ZJ7A 3N3IA 5COPA 4DQFA 5P2LA 1FQ7A 5P84A 4FAEA 1HEFE 5P5JA 2HAHA 3PCWA 4J0VA 3ZPUA 3NU3A 5P4MA 4YD7A 1IIQA 5C9BA 5P4NA 5P6DA 4OBZB 3UQUA 3S43B 4X2LA 4Y43A 4RGHA 3BVBA 5P0PA 1APTE 5B18A 2QD6A 4RROA 1AXAA 4FE6A 4Y3GA 4CP7A 5OZEA 4YDFA 1HIIA 4EPJA 1ME6A 5OZ8A 3VEUA 3LITA 3TTPA 3VF5A 5DQCA 4GYEA 1ZBGA 2I4UA 1B5FB 4Y3YA 2V11C 4A6BA 3DM6A 4XKXA 1SMEA 4YHQA 5KQXA 5P6FA 3S85A 5PEPA 4RVJA 1T7JA 1AVFA 1ZSRA 3S2OA 1AZ5A 5P4QA 5BRYA 3KF0A 3L5CA 4Y3DA 5P44A 4ER4E 5P85A 3F9QA 4I0HA 3BUGA 5HE5A 2PSUA 4Y53A 5P1FA 2I4WA 2B7FA 2JE4A 2FMBA 5P0CA 5P0SA 2ZHRA 1PROA 2R38A 5P67A 1HVCA 4FSEA 4L7GA 3TPPA 3EXOA 3LIZA 3SA5A 3RTHA 1BDLA 3GGVA 5P3SA 3I25A 2VS2A 5P0RA 5P1OA 1EPNE 4HEGA 1META 5IVQA 5P3NA 2AVMA 5P15A 3OUDA 3T7XA 4CPSA 5P0GA 5P2GA 3SM2A 5I3XA 1KZKA 2AODA 5HVPA 5OZ3A 5P4ZA 1WKRA 5P00A 5P86A 1APVE 4F75A 1DPJA 3G6ZA 5P5PA 3OXWA 4TVGA 3S7MA 2P3CA 2AOJA 1J71A 1EC0A 5P36A 4FL8A 2NNKA 1FQ5A 4I1CA 4Y3EA 5OZIA 5P0MA 5P7UA 5P4JA 3NWQA 2V13A 2PH6A 3WZ8A 1KJFA 3OUAA 2B8LA 2OHMA 2PWCA 5P0XA 2G22A 4L7JA 5P72A 5OZPA 2H6TA 5P1BA 3O9LB 3WB5A 1PSOE 4CPUA 5P7RA 4Y3XA 1HBVA 5P54A 2QHYA 2Q63A 5ER2E 1RL8A 1BVGA 1FEJC 3SA9A 5P1QA 1MVPA 2G27A 2BKTA 1B6KA 4XX3A 1K6CA 1FF0C 2XFKA 1LV1A 3LIXA 4OD9B 4EP3A 1MESA 1A9MA 3K5DA 1FQXA 4RLDA 3HAUA 7HVPA 2OHQA 4EXHA 3UDQA 3IXJA 2QK5A 1XE6A 4FRJA 5P02A 4QJAA 3SACA 5COKA 3DK1A 3OHHA 5P1AA 3VCMA 3PGIA 6APRE 1SIPA 3KMYA 2I0DA 5AHCA 5P8DA 1ZP8A 5P6HA 1SIVA 4LC7A 5P1IA 5DR4A 3L59A 3B80A 5OZQA 3VF7A 4D83A 4FCOA 3TL9A 5P14A 1ODWA 4H1EA 3CICA 3IVHA 1NPAA 4HDPA 1PSNA 3LZUA 3LIQA 3UDHA 1OHRA 3BUHA 4DJYA 1LF4A 3EKXA 5HTZA 1K6VA 4K4QA 5P7NA 4DJWA 2IGXA 1M0BA 5KQYA 4DI2A 3QBHA 3U71A 4Y57A 1A8KA 1A30A 4H3GA 5P11A 3I8WA 3G70A 4ZSMA 4QJ9A 4FS4A 1EPOE 4ZLSA 2G24A 3OU1A 5JFUA 5OYUA 3UDPA 3KT2A 5P7HA 2R8NA 5P1VA 4DQCA 3OQDA 4DQEA 4OC6A 1B6PA 3L38A 5J25A 4Y5NA 5DR7A 5DGUA 5P1MA 5OZ4A 1HVJA 3RSVA 2VA6A 3CKTA 1TQFA 2AIDA 5P5LA 4Y3AA 5OZ7A 2ZHTA 2RMPA 2NPHA 5P0ZA 5P71A 2R3WA 4I12A 3R0WA 3IVIA 4LAPA 3APRE 3INDA 4Y41A 5P2BA 3L5BA 1MTRA 3KFNA 4Y5BA 1MRXA 3B7VA 3H5BA 3L5DA 5P1WA 5P2VA 5OYTA 2IL2A 4Y6MA 2G21A 4DQHA 1Z8CA 5P5MA 1MT9A 4DH6A 2PH8A 5P64A 4GJCA 3D3TA 2NXMA 3NU4A 4FM8A 3JW2A 1D4LA 2QD8A 4DQGA 4DJRA 1APWE 5P07A 4DVFA 1SBGA 2UY0A 1GVVA 2HS1A 5P8TA 1W6IA 2NMYA 3CMSA 3NDXA 4Y3HA 1EC1A 4YA8A 3KFRA 5P75A 5P6XA 5P1LA 1C6ZA 5P4BA 4H3JA 2BPXA 3OHFA 1GNOA 5DR0A 2AVSA 5JG1A 3UCBA 4AUCA 5P22A 3GGAA 3T7PA 3N4LA 4TRWA 2QZKA 5HE4A 3FNSA 5DR3A 5P6RA 1VIKA 4LBTA 3O9DA 4E43A 4ZIPA 4R95A 2QI5A 5P40A 5P8SA 3SA6A 3EM4A 5OZ1A 2F3EA 5P3AA 5P8IA 1GVXA 2ZJMA 2VJ6A 5OZLA 4J55A 5AHBA 3O9HA 5P3JA 5KOSA 1FFIC 2OHSA 5AH8A 5P50A 5P49A 5P7SA 4GJ6A 3EBZA 2QI1A 3HW1A 5P4SA 3QRVA 3OUCA 3URIA 4IVSA 5P4LA 4MC6A 2XYFA 5OZUA 3WB4A 3S8IA 3RSXA 2G20A 2PK6A 5CONA 4A4QA 1BBSA 2JJIA 3OOZA 5P2TA 5P3PA 5P1YA 4ZPGA 5P4PA 4JECA 5OZVA 4APEA 1IZDA 2QCIA 3PSUA 5OZNA 5P6BA 4OBGA 3BGCA 1BDRA 3FIVA 1E5OE 5P39A 5P4FA 1SGZA 4L6BA 2FDDA 5OZ6A 5P46A 2G1YA 4YOAA 2PMAA 3D1XA 1XDHA 4FAFA 2R9BA 2OHNA 3DJKA 2RKFA 2AQUA 2ZJNA 3QIHA 4H3FA 2AVOA 2J9KA 1EAGA 1NPVA 3PLLA 3TH9A 1BV7A 5P7MA 1KJ7A 5P0HA 1D4JA 5P5VA 4RYGA 3LZYA 1HVHA 3DV1A 4M8XA 4QJ2A 2Z4OA 1LEEA 3TKWA 5SY3A 5P56A 4DFGA 3FSMA 1K1TA 1WBKA 3NUOA 5HDZA 1E81E 3K5GA 4CPQA 1AJXA 5KR0A 1BWBA 4Y3WA 4OBHA 1E80E 3IGBA 4BFBA 5I3WA 1N49A 1WBMA 2FGVA 3S7LA 5P53A 1QRPE 5P13A 1MSNA 3KA2A 5P4EA 5BWYA 5P2RA 1XN3A 1XL2A 5P3EA 3VYDA 2VA7A 3PSGA 4Y4DA 1YM4A 4MC2A 1A8GA 3EL9A 1FB7A 4WY1A 4ER1E 3FKTA 4J5JA 2WEAA 1BXOA 4Y35A 5DQ2A 1SMRA 5P8QA 3FNTA 3OTSA 3TOFA 1GKTA 9HVPA 2ER9E 4XX4A 1EBWA 1HPSA 3GI4A 4U7VA 1TZSA 1T7KA 5P47A 5P4WA 5P6YA 2PSVA 3S56A 1C70A 3NU6A 4Y3PA 5I70A 5P1NA 3PWMA 4CPXA 5P2KA 4FLGA 4NJVA 5OZHA 3T3CA 3KMXA 1FKNA 5P5FA 5P5EA 3CIDA 5P3GA 3OXVA 5P4VA 3QI1A 2CENA 4ZSQA 5P79A 5P3LA 4GJ5A 5P7CA 3PEPA 4Y37A 3UQRA 5HU0A 2R3TA 5C9DA 3SKGA 1B6JA 3NDTA 4Y5GA 3IXKA 5P1GA 3EC0A 1W5VA 1NSOA 2Q55A 2NMZA 3GGXA 4GJAA 2QZWA 3EKWA 5P6QA 5P0WA 5P66A 2VKMA 4RVXA 5KR2A 4GJDA 4Y47A 3HAWA 3FX5A 2F3FA 4NJSA 2QI3A 1IVQA 1HWRA 5P6VA 4QLHA 5CLMA 2BJUA 5P8FA 2AOCA 4ZPEA 3CIBA 3PJ6A 5P2UA 3O9BA 3AIDA 5P7IA 3KDDA 2A1EA 3ZKGA 3CYXA 3ZKMA 3VFBA 2VIZA 4KUPA 5P1CA 5P3HA 3KFPA 5P0QA 5ER1E 2I0AA 4AMTA 4YCTA 1KJGA 8HVPA 1HTRB 2WJOA 4PYVA 4EXGA 5P0AA 4PEPA 5P4TA 1CMSA 5P76A 3GI0A 4HE9A 5P77A 3TOGA 3HVGA 4Q1NA 5P06A 1K2BA 4OBJA 2VIYA 4Y5CA 1LZQA 5IVTA 4DJOA 3R4BA 3O9AA 3LNKA 5P6PA 4CPRA 3R2FA 5P89A 2AZBA 3SO9A 3PI0A 2RENA 5KQFA 2R43A 3O9IA 5P29A 1FLHA 4BEKA 4R92A 4TRZA 4B78A 2Z54A 3QROA 5P4GA 1ZPAA 2P8HA 5P65A 4HVPA 1HSHA 5P6UA 3TLHA 5P33A 4MC9A 4AA8A 3UQWA 5IVSA 4DPFA 3IN4A 3PWWA 2VJ7A 3OQKA 4YD6A 3VYFA 2JJJA 5P73A 3MSJA 5P3QA 2B60A 3UDMA 3SA7A 5KAOA 5P48A 2BPZA 3D1ZA 1OD1A 4OBDA 5P3VA 5P23A 5P87A 5P0OA 1HEGE 5OZYA 2FNSA 1FMBA 4B1DA 5P16A 4R91A 5F00A 5P34A 4DJPA 4DQBA 5P8EA 3DCKA 2V10C 1HIHA 3O9CA 4Y3LA 4NPTA 1TCWA 2QMDA 5OYQA 3SAAA 5P74A 2IS0A 4U7QA 5OYSA 1MUIA 1ZAPA 4Y5LA 5P6GA 2ZHVA 4Y4ZA 4Z50A 5ENKA 2ZGAA 3VSXA 2SAMA 4R8YA 1IZHA 4GMIA 2BB9A 3Q3TA 2IEOA 3VUCA 4WY6A 5P8VA 3L5EA 4GJ9A 5P6MA 5P7KA 5P7OA 3INHA 4Y3ZA 2HPEA 4Y5EA 1F34A 4JPCA 3O99A 4FRIA 3BGBA 4YCYA 5P6OA 2XYEA 5P31A 3SFCA 3UQXA 1GNMA 4J1EA 5HD0A 5P09A 4HA5A 5OZFA 1W50A 4Y3FA 4I0EA 3ER3E 4I0IA 3SA4A 4K4RA 1B11A 3I7EA 2AOHA 3EM6A 4RCFA 1U8GA 2ZHSA 4EWOA 4J54A 5P1JA 1LYAA 1Q9PA 2HPFA 2Q15A 4Y3NA 5P24A 1UH8A 2HM1A 3EKVA 3Q4BA 4YBIA 2WEDA 4DJVA 2A4FA 2AZCA 2V00A 5SXNA 4LL3A 6FIVA 4FRKA 5ENMA 3RU1A 5P0IA 3LPIA 4Y5PA 4Y50A 1RNEA 3L58A 2OHLA 1BDQA 1APUE 3BC4A 2CEJA 5P6EA 3R0YA 1TCXA 4OBKA 2ZJLA 3O9GA 2H6SA 3I2LA 3OQFA 3TPLA 5HDVA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2WF0 A;  1ODX A;  4GB2 A;  2Q5K A;  3VV6 A;  1PFZ A;  3Q5H A;  5P3T A;  5P80 A;  5P3B A;  4B70 A;  5OZZ A;  3TPR A;  4L1A B;  3ZKQ A;  3LIV A;  3OY4 A;  2HB2 A;  3QPJ A;  4LXA A;  1HVL A;  5P1X A;  5P57 A;  3QBF A;  5P2D A;  3OOT A;  4APR E;  3ER5 E;  1YTJ A;  1HTF A;  4MC1 A;  4D8C A;  5P6K A;  4EJL A;  1ZSF A;  5P6A A;  2ZE1 A;  1RPI A;  3EL0 A;  3ZPT A;  1G35 A;  1DMP A;  1Z1H A;  4OBZ A;  3S43 A;  3PMY A;  4B77 A;  3CKR A;  1XE5 A;  2MIP A;  4ACU A;  5P3U A;  5P3W A;  4PHV A;  5P17 A;  4EP2 A;  3SLZ A;  5P6S A;  4LXM A;  2VA5 A;  2UXZ A;  1PPK E;  3DUY A;  3Q70 A;  3OUD B;  2O4N A;  2PYN A;  1HOS A;  3OGQ A;  1XL5 A;  3A2O A;  5P81 A;  2F3K A;  5P7A A;  1B5F A;  2OHP A;  3PI5 A;  1UH9 A;  4BEL A;  3IN3 A;  5P6Z A;  1IZI A;  5P4C A;  5P1S A;  3FNU A;  2RSP A;  3BXS A;  5P8C A;  4EYR A;  4CKU A;  5P3D A;  2VNN A;  2NXL A;  3HBO A;  1ODY A;  5P2E A;  3NSH A;  2ZJH A;  1BWA A;  3BUF A;  5P2W A;  2QMF A;  1W6H A;  5P4A A;  5P18 A;  1HSI A;  5SZ9 A;  1PSA A;  5P63 A;  5P7P A;  5HDU A;  5P7Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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