3UDJA

Crystal structure of bace with compound 5
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
400
structure length
394
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery and optimization of a novel spiropyrrolidine inhibitor of {beta}-secretase (BACE1) through fragment-based drug design.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 394
sequence length 400
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-10-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3udjA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3udjA02
3S7MA 4CP7A 4DQCA 5P4YA 3PWWA 4PPHA 5P3TA 2NPHA 3RTMA 3UQPA 5P1RA 5PEPA 5P42A 1HXWA 3OOZA 3LITA 5DQCA 4Y4DA 1BDQA 4Y5BA 4DJQA 5P4JA 6UPJA 3OQDA 4CPRA 1G2KA 2HB4A 2OHTA 4U7QA 5P39A 1F34A 1BAIA 2B60A 4EWOA 2AZ8A 5P18A 2R8NA 4ZPGA 3VF5A 5OZNA 3OGPA 3SM1A 1W5YA 4RVXA 2WF3A 1GNOA 4PEPA 3OADB 5P1VA 5P0KA 1EPQE 1F7AA 3IXKA 2HM1A 2V0ZC 1SIPA 3FKTA 3D1ZA 4OBJA 3L5CA 3OQAA 5OZ1A 3MSLA 4GJDA 4D85A 5DR3A 5P6NA 2P3AA 1EPPE 2WJOA 3MXEA 1SDTA 5P2FA 4Y3XA 5P00A 4D83A 3OOTA 5P1MA 4KUPA 1ZPAA 5P4QA 2O40A 5KQFA 5P3GA 3NR6A 5P7TA 3TPRA 1BXOA 5C9DA 3QBFA 4KE0A 1MVPA 1HIIA 1PPLE 2QMGA 1FQXA 1E5OE 4JOOA 5P6OA 4BELA 4Y3LA 5P7PA 3OXWA 3WZ8A 3OQ7A 5P4FA 4OBKA 1HPVA 4OBZB 1MT7A 1FG8C 3PI0A 1LF2A 4FIVA 5OZ3A 5P24A 4TRZA 3ECGA 3JW2A 3L5DA 5OZJA 2ZJIA 1FQ7A 1B11A 1HBVA 3BHEA 4DI2A 4I0DA 5P8QA 5HDZA 4U8WA 4Y3NA 5P29A 3S43A 3TTPA 7UPJA 2JYSA 5OZYA 2FXDA 3EXOA 1ODYA 3KF0A 4B70A 2WKZA 3NUOA 3CKRA 2QI5A 5P0VA 5P1EA 1DPJA 5P5XA 2IQGA 4YD6A 5P3VA 2V16C 4QJAA 1PPME 3WB4A 4FGXA 5DGWA 2QZWA 2WHHA 5HCOA 5OYQA 2I4WA 2OHPA 3PEPA 2QNQA 2G24A 2G1OA 3EL0A 5AHCA 5P0JA 3URLA 4IVTA 3EKPA 3FNSA 4TRWA 4B77A 1N49A 3GW5A 5EZZA 3K5GA 4Y5KA 4AA9A 3O9HA 4RROA 5P8OA 3L59A 4EYRA 4B1CA 2I4UA 5P3BA 4GYEA 5P76A 3BUGA 3T7PA 1XL2A 1FQ4A 2BBBA 4YDGA 2ZE1A 5KOQA 1EPOE 3PBZA 3UPJA 4MC2A 5P4DA 1GKTA 5IVTA 3BXRA 2HS1A 3FX5A 2I0AA 5AHAA 4Q1XA 5P7DA 4DV9A 3JVWA 5HVPA 1NPVA 3SACA 4LBTA 1YT9A 1APVE 2G69A 2V11C 5OZWA 2G22A 1W5VA 3G70A 2O4NA 3NSHA 3BGCA 9HVPA 3EL4A 5DQ2A 5P70A 4EXHA 4KB9A 5AH7A 1YM2A 3HDKA 4OBDA 3DCRA 4I8WA 3GGXA 2OHKA 3EKQA 5P7KA 4Y3HA 2G1YA 4TVHA 5P3IA 4YA8A 3ZPTA 3LPJA 1QBTA 3RSXA 4OBHA 5P8IA 3O9BA 3D1YA 5P1FA 2ZJLA 5P1WA 3S43B 4YCYA 4X2LA 4Y6MA 5P4XA 1T7IA 3IN3A 1UH8A 3OUBA 3NLSA 1HIHA 1KJHA 4DJWA 4L6BA 3S7LA 3DV5A 2QI7A 1SIVA 5OZIA 5P0BA 5OZ8A 1HVIA 2UPJA 2ZYEA 5P1CA 2HPEA 4Y3SA 4Y38A 5P61A 1EBKC 2UY0A 5P87A 4B1DA 5P6HA 5P40A 5P4ZA 5KQXA 4Y5CA 1UH7A 3EL5A 5HDXA 3CKTA 3OQFA 2IKOA 3VUCA 1HEFE 4APEA 2HB2A 3VCMA 5P6FA 5P7EA 2NXLA 1JLDA 3GI6A 3UDJA 5P56A 5P32A 2AZBA 3Q70A 2VIZA 4ZE6A 5P47A 2QU3A 1D4IA 1MESA 1BVGA 3ZPUA 2QD6A 4ZPEA 4MC6A 5OZLA 3TNEA 2ZDZA 5DR8A 1AZ5A 5P41A 1ZSFA 1W50A 4H3GA 5OZBA 3DM6A 1A8KA 3WB5A 2WEDA 3SA8A 1FQ6A 4GJ7A 5P35A 1LF3A 4FM8A 5P4SA 1YG9A 2R5PA 2QAKA 4Y54A 3INFA 3O9IA 5P0LA 4Y50A 5P46A 3BUHA 4S1GA 4Y4TA 2QZXA 5P4NA 5P8LA 6FIVA 1IDBA 5P3PA 3T7XA 3UFLA 5E5KA 4I1CA 5P80A 4QJ2A 5P54A 3QPJA 5P31A 1G35A 2AVOA 3SM2A 3D3TA 1HVKA 4FM6A 4TVGA 4EQ0A 4YCTA 5OZ2A 5OZDA 5P7LA 5P3RA 1IIQA 3DV1A 5P1ZA 3OU4A 1EC2A 2P3BA 1HVSA 3K5FA 3SO9A 2R43A 1YM4A 1B6JA 2NMZA 3UCBA 3PLDA 1LYBB 5P8PA 1WBKA 3QRMA 1TCWA 3FNTA 3R1GB 5P3AA 2QI4A 4F76A 1FIVA 5P6LA 3PSGA 3I7EA 4J55A 5P2HA 1HSHA 4H3FA 5P2UA 3I8WA 1LZQA 5IVRA 5P78A 3HLOA 5HE4A 5P51A 1D4JA 1K6CA 5OZOA 2IS0A 4KE1A 4J0VA 2AQUA 4FSEA 4A6CA 3ZMGA 3L5EA 1K6TA 1AJVA 4B0QA 2QNPA 4EJKA 4TRYA 2QMPA 3ZLQA 5P6IA 5P4OA 2VA6A 3OUDA 4D88A 3VF7A 4YD4A 2BKSA 2A4FA 4EJDA 1T7JA 5OYWA 2IL2A 4L7JA 3BUFA 2VA5A 2PH6A 4J1KA 3IVIA 5P38A 1ZBGA 4ZSMA 5J25A 3PWMA 5P11A 4YCKA 2B42A 4QLHA 5P44A 4DJPA 5CLMA 1FG6C 2BPYA 5T4SA 3UDYA 3NU4A 5P1QA 2ANLA 1FMBA 5P5QA 4Y3AA 3D1XA 4RRNA 1ZAPA 4ZLSA 4J54A 5OZZA 3PWRA 2HPFA 5P5HA 3BGBA 4DJYA 4YOBA 5P6EA 2CEMA 3OGQA 1K1TA 2QK5A 1QBSA 4RRSA 3EMYA 4RZ1A 3ZOVA 2QHYA 4NPTA 1SMEA 5P6UA 1ZSRA 4DH6A 5C9BA 3ZL7A 1K6PA 4R95A 3OWNA 5P2MA 4Y3RA 3OHHA 1EC3A 5P71A 3S56A 4Y4JA 3CIBA 1CMSA 1NSOA 1LS5A 4L1AA 3OTSA 2B7ZA 3NWXA 4Y44A 4B1EA 1AVFA 3PMYA 4FM7A 1KZKA 5P2IA 3BVAA 2R3WA 3KYRA 3TKWA 4DUSA 5C9FA 5BWYA 5P4EA 4R93A 3L5BA 3ZKNA 4Y4XA 5P5TA 4PZXA 2AOGA 3PLLA 3QROA 3IN4A 4GZFA 1MT9A 2V12C 3FNUA 5P43A 3ZPSA 1FKNA 5P3LA 5I3VA 5P5UA 2G26A 5P7JA 3OU4B 4YDFA 2P3BB 5OZCA 4Y3FA 3IAWA 3LNKA 5HU1A 5P62A 5P7RA 2QHZA 3PBDA 1GVUA 3VG1A 5P6PA 3VEUA 1FQ5A 3WZ7A 5OZFA 2QZLA 2QHCA 1VIJA 2NNKA 5P5KA 4B78A 2ER6E 5OYZA 5P83A 5P2YA 2Q64A 5HDVA 1FB7A 5P2AA 1AM5A 5P8AA 5P4RA 3ZKGA 5AH8A 4FAFA 5P2TA 3S2OA 4AUCA 2G94A 2QZKA 3BXSA 5P8GA 1BIMA 4I10A 3QN8A 1BILA 2WF4A 3OXVA 5P28A 2H6SA 3OUDB 4RYGA 3NU3A 3GGVA 5P84A 5P67A 2VS2A 2I1AA 1IVPA 2O4KA 5BS4A 1ZLFA 3OU3A 2H6TA 3I6OA 4ACUA 5P58A 3T11A 5P5EA 5P37A 5P0IA 4FRSA 3EC0A 3OAGB 5P0NA 4CPTA 3NXNA 1HVCA 3R0WA 4J1FA 5P12A 4Y4GA 4Y5AA 5P64A 5P2EA 4JP9A 1SH9A 2P8HA 3VLAA 3ZKIA 2QNNA 5JFPA 1SGZA 5SY2A 3MSJA 1XN2A 2V00A 4FLGA 5P4KA 4GJAA 3LZSA 1T6GA 4Y5GA 5P1SA 3SA3A 5P7NA 5OYUA 3LZYA 2BKTA 2B8VA 5P8VA 2FLEA 5ISKA 3O9DA 2VJ7A 1HSGA 3RVIA 3EM6A 4GJCA 2MIPA 5P0XA 1NPAA 4L1AB 4K9HA 5P7GA 3IGBA 3OY4A 4AZYA 4I0EA 1IZEA 5P8BA 4DJUA 4FSLA 4RCEA 4Y3JA 1A8GA 5P74A 3VV7A 5P2OA 4Y57A 1GNNA 2VIJA 3QIHA 4J1EA 1EAGA 1TSUA 5P7SA 3C9XA 3PMUA 5ENMA 3NWQA 4HVPA 1D4HA 5P49A 4EJLA 1BV9A 1EC0A 3GGAA 5P3XA 2V13A 4I0GA 4EXGA 2OHMA 4Y39A 5OZEA 5KR0A 4K4RA 5SY3A 1HOSA 5P4AA 2FXEA 1IDAA 3H0BA 5P6KA 4GB2A 3LIVA 4BFDA 1HHPA 2AZCA 2IDWA 5P6XA 5IS4A 4NJVA 2PWRA 4AA8A 3K1WA 4EHCA 5P17A 3OHFA 4Y37A 5OZPA 1W5WA 3H5BA 3LINA 2AOCA 5P0UA 3QVIA 1EEDP 5P81A 5P0OA 5P7ZA 5ISJA 4LL3A 5P4MA 2R9BA 1VIKA 4Q5MA 5P2GA 2Q15A 2CENA 2BPXA 2QD8A 3MSKA 2PWCA 4FL8A 3PHVA 1MTRA 5P1XA 4YD3A 3KDCA 1HRNA 2VKMA 4DJRA 2HS2A 3EKYA 5P0SA 4DQBA 1C6XA 2ZHRA 1ME6A 3VV6A 3TH9A 5P1AA 3U71A 2G1NA 5OZMA 3UDKA 5P63A 3GI5A 5HCTA 3UFNA 4QJ8A 5P73A 1FLHA 1MTBA 3NU6A 2G1RA 1HPXA 5P1NA 2QI3A 2AOHA 3TPPA 1T7KA 4B00A 1EC1A 3KFRA 3UQXA 4LXAA 5P86A 4LAPA 5P1HA 4Y3WA 3RTHA 5F00A 4CMSA 1B6KA 1OD1A 8HVPA 2PSGA 4LXMA 4YBFA 5JG1A 2IRZA 5P7CA 4DPFA 3WSJA 1XN3A 4Q1WA 4HDBA 4Y4EA 2QP8A 5P4IA 3S53A 3B7VA 5P6GA 1META 5P4GA 5P7BA 1BDRA 5OYRA 2Q3KA 1A9MA 5P19A 4N00A 5JODA 1B5FA 1Z8CA 2ER0E 3PVKA 4HDFA 1FFFC 3OXXA 5P6VA 5KR8A 3AUPA 1C6YA 1A30A 4MC1A 2NNPA 4E43A 2G20A 3CIDA 1SBGA 3HVGA 4J1CA 2V10C 5P5AA 1PSNA 4ZSPA 5P72A 4EP3A 5P3OA 4OD9A 5P33A 5P8SA 5P89A 4OBFA 2FNSA 4R91A 4Y3MA 4NJSA 3LHGA 4Y41A 5P6AA 1SDVA 4Y4UA 3QVCA 3I2LA 5P1JA 2I4DA 1GVWA 5OZAA 4FAEA 1RQ9A 5OZ0A 5P1PA 3TLHA 3INEA 3KM4A 4J5JA 1EPME 4UPJA 5P2VA 4QJ6A 5P2RA 3PSUA 4I11A 5P0EA 1M43A 4DJOA 4R92A 3T6IA 4RVIA 2NR6A 2P3DA 1APUE 1W6HA 5P1BA 5P69A 2Q11A 1HVHA 1K2CA 4YBIA 4Y3TA 4Q1YA 3SAAA 2IENA 4PZWA 5P5CA 2FNTA 5APRE 3FSMA 5B18A 1BXQA 2F8GA 1LYAA 5P0GA 1C70A 2R3TA 1G0VA 1W5XA 3N4LA 1G6LA 3OXCA 4Q1NA 5P4BA 5P60A 5P79A 4COEA 1EPNE 2Z54A 5KAOA 2R38A 5OZ5A 2O4LA 5P25A 2I0DA 3UQWA 1BBSA 3KT5A 2AVQA 3IXJA 5P0QA 1XE6A 5OZTA 2PH8A 4EPJA 4RCDA 2ZJMA 5P26A 5P3MA 3M9FA 5P07A 5IVQA 4RVJA 3LZVA 1Q9PA 4FCOA 2XYFA 5AGZA 3ZKSA 3EM3A 3HAWA 5P1DA 1T3RA 3NDWA 5P27A 3Q4BA 3O9EA 4R8YA 3PI5A 2RKFA 5P5BA 4NJTA 3S8IA 1RL8A 3D20A 1PROA 1SMRA 2FDDA 5P7FA 3U7SA 3K4VC 2AVVA 1FGCC 1FFIC 1B5FB 1HXBA 1RV7A 1GNMA 2HIZA 1D4KA 1ENTE 4GJ9A 5P88A 5OYYA 1TQFA 3PJ6A 5P01A 4YHQA 3VYDA 5P5SA 1APTE 2WEAA 1FMXA 4DPIA 2CEJA 4OD9B 2Q54A 5OZ4A 5P1UA 1RNEA 5P2QA 1K6VA 2WF0A 5P4UA 1NPWA 1ODXA 5P0DA 4LHHA 5DR1A 3R0YA 1LEEA 5P5FA 1QRPE 5DQ1A 2FMBA 5OZRA 5P0HA 5P45A 4I0HA 4XKXA 4XX4A 2R5QA 3LIXA 5P08A 4H3IA 5P6SA 1K1UA 5P10A 5P3HA 4H3JA 1T6EX 1YTJA 2PYNA 5JFUA 5P1LA 2B8LA 5P13A 5OYSA 2JJIA 3UDRA 2OHNA 1BDLA 3VSWA 2AOFA 4YOAA 5KQZA 1B6MA 3ZKMA 5OYVA 3UDNA 3SLZA 2G21A 5P1GA 4A6BA 3OUCA 3KA2A 2P3CA 4HEGA 3TKGA 4LC7A 5P0WA 5P3NA 3EKVA 5P85A 1BWAA 2BPVA 1YTGA 2NTRA 5DR7A 3O9CA 4ER1E 1HTEA 1TSQA 4FE6A 3SA6A 1M4HA 1LYWA 3EKWA 4GMIA 2OHQA 1AJXA 1HTFA 4J0ZA 5P06A 5P65A 5OZKA 2RSPA 3RSVA 3KFNA 4ZSRA 4DQFA 2WECA 1LYAB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3S7M A;  4CP7 A;  4DQC A;  5P4Y A;  3PWW A;  4PPH A;  5P3T A;  2NPH A;  3RTM A;  3UQP A;  5P1R A;  5PEP A;  5P42 A;  1HXW A;  3OOZ A;  3LIT A;  5DQC A;  4Y4D A;  1BDQ A;  4Y5B A;  4DJQ A;  5P4J A;  6UPJ A;  3OQD A;  4CPR A;  1G2K A;  2HB4 A;  2OHT A;  4U7Q A;  5P39 A;  1F34 A;  1BAI A;  2B60 A;  4EWO A;  2AZ8 A;  5P18 A;  2R8N A;  4ZPG A;  3VF5 A;  5OZN A;  3OGP A;  3SM1 A;  1W5Y A;  4RVX A;  2WF3 A;  1GNO A;  4PEP A;  3OAD B;  5P1V A;  5P0K A;  1EPQ E;  1F7A A;  3IXK A;  2HM1 A;  2V0Z C;  1SIP A;  3FKT A;  3D1Z A;  4OBJ A;  3L5C A;  3OQA A;  5OZ1 A;  3MSL A;  4GJD A;  4D85 A;  5DR3 A;  5P6N A;  2P3A A;  1EPP E;  2WJO A;  3MXE A;  1SDT A;  5P2F A;  4Y3X A;  5P00 A;  4D83 A;  3OOT A;  5P1M A;  4KUP A;  1ZPA A;  5P4Q A;  2O40 A;  5KQF A;  5P3G A;  3NR6 A;  5P7T A;  3TPR A;  1BXO A;  5C9D A;  3QBF A;  4KE0 A;  1MVP A;  1HII A;  1PPL E;  2QMG A;  1FQX A;  1E5O E;  4JOO A;  5P6O A;  4BEL A;  4Y3L A;  5P7P A;  3OXW A;  3WZ8 A;  3OQ7 A;  5P4F A;  4OBK A;  1HPV A;  4OBZ B;  1MT7 A;  1FG8 C;  3PI0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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