3UDQA

Crystal structure of bace with compound 13
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
400
structure length
394
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery and optimization of a novel spiropyrrolidine inhibitor of {beta}-secretase (BACE1) through fragment-based drug design.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 394
sequence length 400
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-10-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3udqA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3udqA02
4Z22A 5CONA 4AZYA 1A30A 2IS0A 5P8IA 5P69A 3INFA 3PSYA 1QBTA 5OZZA 2HM1A 2BQVA 1FEJC 3WZ6A 1BXQA 2SAMA 2OHPA 1RV7A 2FXEA 1GVVA 3ZLQA 4NKKA 2ZJHA 4JP9A 1KJ7A 1JLDA 4FS4A 5P6WA 4YBIA 3TOFA 5P4RA 3QI1A 1ZJ7A 1T3RA 4Q1YA 3S56A 3QPJA 3NDTA 3KDDA 4JPCA 2ER7E 1B6KA 4X2LA 1GKTA 5P6CA 3MSJA 5P0RA 5P05A 5P4VA 5OZTA 1Z8CA 3IXOA 1GVUA 5P8CA 2QZXA 2JJIA 1W5WA 2QU3A 3PWWA 4JOOA 2WL0A 4Y5CA 5P6JA 4Y4AA 1EC2A 5P10A 1RL8A 2Q11A 6APRE 4R91A 3VYEA 3OQDA 4PEPA 7HVPA 5P5QA 3EKPA 2JXRA 2IENA 3GGUA 3NR6A 3SA5A 1PSAA 1CPIA 4A6BA 3K5FA 4LXMA 5JG1A 3OADB 3LZVA 5P2TA 5P1EA 1F34A 4GJ9A 5P83A 5COKA 5P4TA 1OEWA 3UQUA 2VNMA 2QD6A 2QU2A 3ECGA 3TOGA 4LP9A 3IVHA 4OD9B 2G21A 4RLDA 3SFCA 2G1SA 2RMPA 5HE7A 3OOTA 1GNMA 2QNPA 3SA7A 3TLHA 1FG6C 1HVHA 3TPPA 5AHAA 5P6MA 1XS7D 2BKSA 2F80A 5DQ5A 3IGBA 5P7LA 5P8OA 4CPWA 4Y45A 1ODXA 4K4QA 3OGPA 4RCFA 3TNEA 3EKYA 5HTZA 2VIYA 1ZTZA 4F76A 2AVQA 1LF2A 1HBVA 2FNTA 5P2WA 5TOLA 4EJLA 3ZPSA 2ZJKA 4DPIA 2VNNA 5P76A 3K4VC 2XYFA 1EC0A 2PWRA 5PEPA 4B70A 2I1AA 3I6OA 4M8XA 4OBGA 4I10A 2P3BB 2ZHSA 4J5JA 2ER0E 3OHFA 3VYDA 3SAAA 5OZ5A 2ER9E 1BV7A 1AM5A 5CLMA 2WECA 5P3AA 3DJKA 4YD6A 2RKFA 4BFBA 1BXOA 3TPLA 4J55A 5P49A 2XFIA 5P81A 3O9GA 3B7VA 2NNPA 3CIDA 2AQUA 2QCIA 1PSNA 3OAGB 5P3HA 2NPHA 5P35A 4Y3GA 2AVVA 4Y5AA 3G70A 1LYWB 2ANLA 2CEMA 3O9LA 4Y3SA 5P23A 2NMYA 5P7KA 2V12C 1LF4A 3OY4A 4FSLA 1HVCA 1T7KA 3OQFA 2IKUA 5P5VA 2XFKA 2WF1A 5COPA 2OHSA 2Q55A 4HVPA 3UHLA 3OU1A 5P41A 5P5MA 5HD0A 5BRYA 4NPUA 4Y9WA 5IVQA 5P55A 2FGUA 3EL0A 5OZLA 5P6QA 1SGZA 2WEZA 2I4UA 5P28A 3QIHA 1G0VA 1UPJA 1YTJA 4BEKA 5P88A 5P74A 3SA4A 3CICA 5P7FA 3NU5A 1HEFE 4CPXA 3BXSA 1T7IA 3PEPA 5IS4A 1W5YA 2VA5A 2BPWA 3PLDA 1FIVA 1FMUA 5P27A 4H3GA 4A4QA 4GJAA 5P06A 4Y36A 4MC6A 3KYRA 1EBWA 3QS1A 4S1GA 1T7JA 4APEA 5P1QA 3PM4A 3ZMGA 2OHRA 1YG9A 5ISKA 2ZJJA 4RRSA 4D83A 4B77A 4OBZB 4I0IA 3VYFA 2HB4A 4QJ9A 3EL9A 4JECA 3OTYA 5P5SA 3PI0A 2JJJA 4EP3A 4ZSMA 1ZPAA 2HPFA 1VIKA 2OHUA 3GGXA 5P5BA 2AZ9A 4OBJA 2J9JA 2ZHVA 3DCRA 5E5JA 1BVEA 1YM4A 5P5AA 5P60A 5P53A 4L1AA 3S45A 4Y3ZA 3HAUA 4EPJA 5HU0A 5P07A 1HVLA 3K4VA 3SM2A 4DQHA 1E5OE 5P58A 5P0IA 3O9HA 1FQ7A 2PK6A 5OZ0A 5P2JA 3DM6A 4Z4XA 1CZIE 3Q6YA 4DQFA 3U7SA 1LYAB 2WF2A 3LZSA 1HSHA 5P4HA 3UQRA 5P3NA 1EAGA 2WJOA 1EC3A 5P38A 2HAHA 2V0ZC 4J0VA 4B0QA 1D4SA 5P8FA 4EQJA 3PBDA 3VG1A 5P08A 2OHNA 2OAHA 5KOQA 1K1TA 5ENKA 1PPKE 3RSXA 1VIJA 4QJ7A 4FCOA 5P2BA 1F7AA 4GJDA 1MT9A 4LXAA 3BUGA 2WEAA 1SMRA 2BPVA 2RENA 6FIVA 2I4WA 5I3WA 3IVIA 3NDXA 4EJ8A 3QAAA 3R4BA 2IGXA 1FFIC 4Y5NA 4OBDA 5KQXA 3OU3A 1FQ5A 3NUOA 3CKTA 3T6IA 3EM6A 3R1GB 3EL4A 4QJAA 5P2UA 4MC9A 2FIVA 3HW1A 1FMBA 2QD7A 4Q1NA 1QRPE 5P59A 5P4GA 3SLZA 3HVPA 2R5PA 1B11A 1UH9A 5P6DA 3N4LA 5P5NA 5P7OA 2QMGA 3ZKQA 4EWOA 2ZGAA 3HAWA 5HE4A 3TPJA 2QHCA 5P1SA 2QI6A 1XN2A 5P36A 2Z54A 2G1NA 3KFRA 3S7MA 4GYEA 2QD8A 1AAQA 2OHTA 2B7FA 3OHHA 2G27A 2VIZA 5P71A 2I4QA 4UPJA 3SPKA 2H6SA 5P8BA 3K5CA 1HVIA 2PYNA 4ER4E 5P22A 5I70A 3U71A 2B60A 3KM4A 3MXEA 2QHYA 5P3JA 5SXNA 1HEGE 3QROA 4DQEA 1BWAA 3OAGA 4J1HA 1C6XA 3SQFA 3NDWA 3L58A 4DJWA 4WY6A 3OU4A 2IL2A 3U6AA 1LF3A 1TW7A 2NTRA 5P0NA 3UPJA 1W51A 3VLBA 4DQGA 5P0UA 5SY2A 3M9FA 5OYUA 2FXDA 3JVYA 5P6XA 3WB4A 3O9LB 3QVCA 5P1DA 4PHVA 4Z50A 5P6FA 1ZBGA 4J1EA 3APPA 5P31A 4RRNA 3LPIA 2ZHUA 3NDUA 5EZZA 3FNSA 4Y3LA 5P7WA 4CPUA 1SDVA 3B80A 2VIEA 3FX5A 3GI5A 4Y37A 1HVJA 3OU1B 5P7PA 4Y3WA 4LAPA 1BDQA 2O4SA 3TTPA 4EQ0A 4J1KA 3UQPA 3KA2A 1W6HA 1HIVA 1IZHA 3LZYA 4Y48A 3EKWA 1D4KA 5P0EA 3H5BA 5AHBA 1XDHA 4XXSA 2A1EA 3FSMA 1ME6A 2AOIA 1YM2A 3I2LA 5C9BA 4Y4BA 2NMZA 3D3TA 5P5UA 5P0CA 4GJ8A 3DOXA 2O4KA 2O40A 3FIVA 1IIQA 1B5FA 2V00A 4Y35A 4ZPEA 3PI5A 3ER5E 4Y4WA 3OUDA 3Q4BA 1TQFA 4Z2ZA 3KFNA 5AH8A 5P7IA 1T6EX 3NWXA 3EM4A 1SMEA 5P3CA 1APTE 4Y4TA 4HEGA 4HDBA 4Y6MA 5OYYA 1HXBA 2R38A 4RVJA 3UDJA 5EZXA 1IDAA 2PC0A 1SIPA 4I0GA 5P2FA 4COEA 5OZXA 5OZUA 3EMYA 5OYXA 3D1XA 5OZFA 3EL5A 3PVKA 2XFJA 4DJOA 4TVHA 2FGVA 3UDNA 1FQ8A 3D1YA 5P54A 5P14A 3VSWA 5P0MA 5P5WA 4ER2E 1FG8C 1ZAPA 1EPOE 2OF0A 3LIXA 3TPRA 2J9JB 3OXXA 3BVAA 1QS8A 5P7RA 5OYQA 3LIVA 4FRSA 4L1AB 1BILA 1PROA 2Z4OA 5P6YA 5B18A 4EXGA 1NSOA 2ZHRA 1LYBA 3EKVA 1LYAA 3UDRA 3ZPTA 3Q70A 5DR1A 5P7AA 5P78A 3QRSA 3DV5A 3NUJA 3T3CA 5HCOA 4NJTA 4DJVA 2R3TA 2PQZA 2NXDA 1K6TA 5P1CA 4AUCA 1FKNA 1XL5A 4RVIA 3BUFA 4ACUA 1KJGA 3CYXA 3HZCA 5P3KA 3NXNA 4IVTA 3FV3A 1AXAA 5P3ZA 2ZJLA 2AVOA 4DUSA 2CEJA 5OZCA 5P6HA 2HS2A 1BAIA 4RCEA 5P0GA 5P01A 2FMBA 4I1CA 5P5FA 5I3YA 2ZYEA 3SO9A 2NNKA 5HDVA 3GI6A 5ENMA 1LZQA 2ZJNA 3TOHA 5P3SA 5P11A 1IVQA 5AHCA 3DCKA 4J0TA 5P56A 5P6RA 5KR8A 1TSQA 3T11A 5P3LA 4YOAA 4I0EA 2PSGA 2AZ8A 3QBFA 1PFZA 1CMSA 3L5EA 4KB9A 4FL8A 5P3GA 1IVPA 2AOJA 1MTBA 5ISJA 5P7DA 4Y41A 4Y5BA 5P5EA 1C6YA 5P2GA 4QGIA 2ER6E 4Y44A 4CKUA 5OZMA 5P0BA 4F73A 5P3PA 1GVTA 3IN3A 4I8WA 4U8WA 5P5ZA 5P4XA 3O9IA 1MRWA 2ZJMA 4I8ZA 5P5PA 2P4JA 2V10C 5OYZA 5DQ2A 4K9HA 5P8HA 2R8NA 1EPNE 1G35A 5P6EA 3VV8A 4Y4DA 2BKTA 5P1UA 3EKTA 5DPZA 3R0YA 1OD1A 1FB7A 5P7XA 1DPJA 2QZKA 5OYWA 5HU1A 4GMIA 5C9FA 5OZHA 5P2QA 3TKWA 2O4NA 1M0BA 3OU4B 2Q63A 3PRSA 5P20A 3O9EA 3VUCA 5KAOA 4Y56A 3ZL7A 5OZ6A 1EPQE 1EEDP 5JFPA 3OXVA 5P8TA 4Q1XA 5OZ1A 4WTUA 5P7EA 3T7PA 3CKPA 2I0DA 2VJ7A 3JW2A 1FMXA 2FLEA 2WHHA 5P45A 2PWCA 3OUAA 4FLGA 3QP0A 5IE1A 5P00A 5P7MA 3ZKNA 1YX9A 5P5GA 4J1FA 1BDLA 3OXWA 3WZ7A 3S2OA 3PMUA 2ASIA 1MIQA 4FRIA 4YBFA 5P2HA 3S7LA 3IA9A 4J0PA 2AIDA 5ER1E 5OZNA 2Q15A 5P8QA 3D91A 4TVGA 1GVWA 2ZDZA 5P0KA 1HVKA 1PSOE 3UDKA 4Y51A 4AMTA 2EWYA 3F9QA 1MRXA 5DR7A 4YOBA 4Y5PA 5P6GA 1XL2A 1B5FB 3WZ8A 2Q54A 4B78A 1PPLE 3OUDB 5P2ZA 5P5LA 1EPRE 3VFAA 2AOGA 3SACA 3ZOVA 3ER3E 5P17A 4R92A 4A6CA 5P1RA 2G1YA 5OZVA 4Y53A 4D85A 5P75A 1HOSA 2G69A 5IVSA 1C70A 5P6AA 1K2BA 4B1DA 1W5XA 2R43A 4BFDA 3OUBA 4I0HA 5P1GA 4XKXA 5P0SA 5OZRA 5P33A 5P12A 4GJ7A 5P16A 3L3AA 2IKOA 5P1VA 3K5GA 3HBOA 3EKXA 3MWSA 4Y5EA 1BIMA 4FRKA 3S54A 1TZSA 3K5DA 2BPYA 5P1KA 3GGVA 1BV9A 3NYGA 5P6UA 1LV1A 4TRZA 4H1EA 3PCZA 2V16C 3APRE 5P7BA 5P8GA 4PZXA 1AVFA 2VA7A 5OZ4A 5P64A 4YHQA 5P8UA 4CP7A 3KT2A 5P1WA 5P1YA 4NJSA 5P1ZA 5P57A 1LYBB 3L5BA 5DQ4A 5OYVA 1MTRA 4GJCA 4K4RA 5P0TA 4Y3JA 2FDDA 3VFBA 3NU4A 5P1IA 5P2LA 4IVSA 2PSUA 1ODWA 2IEOA 9HVPA 5P4AA 3HDKA 5P3UA 1APWE 1W5VA 1ZSRA 4Q5MA 5P5IA 4J0YA 5P80A 5OZKA 5P2IA 5F01A 2WEBA 4LBTA 3EC0A 3I25A 2RSPA 4Y4UA 3VSXA 3MSLA 2G22A 3EM3A 3BGBA 2F3FA 4NJVA 3KF0A 1MEUA 5P65A 4Y47A 3QRMA 2VIJA 5HVPA 3INHA 3L38A 5P30A 1HSIA 4ZSRA 1HIIA 5P25A 1IZIA 2WF3A 3S43A 1YTHA 4FAFA 5BS4A 3OUCA 1W6IA 2B8VA 4E43A 5E5KA 5P50A 2F3KA 4NJUA 3PMYA 4QJ6A 2BB9A 3O9DA 5P39A 4EXHA 5P7SA 5P3FA 2QI4A 3ZKGA 4QJ2A 4LHHA 1HTEA 5P4UA 4FM6A 1FFFC 3UDHA 4Y5MA 2G94A 2HC0A 5P24A 2ZJIA 2G20A 4QLHA 4OBHA 4QJ8A 1HRNA 3G72A 2APRA 5P7GA 1MSMA 1FLHA 1EC1A 4TRYA 1NPWA 5OZQA 5OYSA 5P8MA 2VS2A 4F75A 2QI3A 4U7VA 4DJQA 5P2KA 2IQGA 5OZDA 5P4NA 5P4FA 4RYGA 1FGCC 5KR0A 3UF3A 3SA6A 1ENTE 4HA5A 4YCTA 4YD3A 4B72A 3INDA 3UCBA 5P7NA 3GI0A 1K1UA 4D8CA 2QZWA 1Z1HA 5DGUA 3ST5A 1K2CA 3OXCA 2AZBA 3OOZA 2V11C 3G6ZA 2HS1A 2BPZA 1OHRA 3HD8A 5KQFA 2O4PA 5P8SA 1ZSFA 4DFGA 4EP2A 3DV1A 4YCKA 3UDMA 5P8RA 5P89A 2Q64A 5OZ9A 3O9CA 5P15A 2Q5KA 3TKGA 5P8LA 3PCWA 5P0OA 5P4SA 1FQ6A 3GGAA 3NU3A 1D4YA 4TRWA 1B6PA 3SM1A 5P09A 5JFUA 4F74A 1EPLE 1HPOA 1IZDA 5P4WA 3UQWA 5P2DA 2NXLA 2WEDA 4FGXA 4B05A 5P13A 3RU1A 3OQKA 5P70A 2WF0A 3VLAA 5P0JA 4OC6A 1EBZA 4ZPFA 3LIQA 4Y54A 3C9XA 1FQXA 4X7IA 3AIDA 3QVIA 4Y3AA 2G1RA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Z22 A;  5CON A;  4AZY A;  1A30 A;  2IS0 A;  5P8I A;  5P69 A;  3INF A;  3PSY A;  1QBT A;  5OZZ A;  2HM1 A;  2BQV A;  1FEJ C;  3WZ6 A;  1BXQ A;  2SAM A;  2OHP A;  1RV7 A;  2FXE A;  1GVV A;  3ZLQ A;  4NKK A;  2ZJH A;  4JP9 A;  1KJ7 A;  1JLD A;  4FS4 A;  5P6W A;  4YBI A;  3TOF A;  5P4R A;  3QI1 A;  1ZJ7 A;  1T3R A;  4Q1Y A;  3S56 A;  3QPJ A;  3NDT A;  3KDD A;  4JPC A;  2ER7 E;  1B6K A;  4X2L A;  1GKT A;  5P6C A;  3MSJ A;  5P0R A;  5P05 A;  5P4V A;  5OZT A;  1Z8C A;  3IXO A;  1GVU A;  5P8C A;  2QZX A;  2JJI A;  1W5W A;  2QU3 A;  3PWW A;  4JOO A;  2WL0 A;  4Y5C A;  5P6J A;  4Y4A A;  1EC2 A;  5P10 A;  1RL8 A;  2Q11 A;  6APR E;  4R91 A;  3VYE A;  3OQD A;  4PEP A;  7HVP A;  5P5Q A;  3EKP A;  2JXR A;  2IEN A;  3GGU A;  3NR6 A;  3SA5 A;  1PSA A;  1CPI A;  4A6B A;  3K5F A;  4LXM A;  5JG1 A;  3OAD B;  3LZV A;  5P2T A;  5P1E A;  1F34 A;  4GJ9 A;  5P83 A;  5COK A;  5P4T A;  1OEW A;  3UQU A;  2VNM A;  2QD6 A;  2QU2 A;  3ECG A;  3TOG A;  4LP9 A;  3IVH A;  4OD9 B;  2G21 A;  4RLD A;  3SFC A;  2G1S A;  2RMP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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