3UFLA

Discovery of pyrrolidine-based b-secretase inhibitors: lead advancement through conformational design for maintenance of ligand binding efficiency
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
389
structure length
373
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of pyrrolidine-based beta-secretase inhibitors: Lead advancement through conformational design for maintenance of ligand binding efficiency.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 96
structure length 373
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-11-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3uflA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3uflA02
3RTNA 4FSLA 3T6IA 3ZKQA 5P1MA 4Y36A 2B7ZA 3INHA 1QBTA 3TKWA 2G1SA 1HEGE 4B1CA 2IRZA 2A4FA 3O9IA 1B5FB 3L5BA 5EZZA 5OZ0A 3S53A 2VIJA 3G72A 3DV1A 5APRE 1MTBA 5P1YA 5P2NA 3O9GA 4L6BA 1B6PA 5DGWA 4GJ7A 3VF5A 3ZKSA 3QIHA 5HE4A 3UQWA 2F80A 5P0AA 1T6EX 3IAWA 3L59A 3O9CA 5P1QA 4E43A 5P1FA 3UQRA 3JW2A 2RSPA 4H1EA 2Q3KA 5I70A 4R8YA 3NU9A 1XS7D 4PPHA 2OHKA 5P4OA 4ACXA 1OHRA 3VV7A 2FGUA 5P40A 4Y58A 2Q15A 3GI6A 5OZMA 3OXXA 1FEJC 5DR0A 4B70A 2O4KA 1KJ4A 4Y39A 2JJJA 2O4LA 2I4QA 4LAPA 2OHLA 4K8SA 2FDPA 5OZYA 3ZKNA 3EKTA 3BRAA 3KDCA 5P2ZA 3KA2A 5P27A 1LZQA 2B7FA 1EC0A 2P3CA 5P4SA 5P8PA 5P2GA 3SA8A 3A2OA 5C9DA 4D89A 2ZHTA 4PHVA 3KM4A 5P2TA 4NJUA 2XFIA 4FM8A 4LL3A 4LP9A 4FLGA 1HVJA 1A8KA 5OZ5A 5P1UA 2ANLA 1IDAA 4PYVA 1DP5A 1SGUA 3APRE 4TRZA 5P1IA 3VV6A 2VIEA 2JJIA 1APVE 4DH6A 1BXQA 3I8WA 4XKXA 4Y5BA 1FQ4A 3Q3TA 5P4ZA 4Y37A 3EKQA 1HVCA 4Y3AA 2WF3A 5P3QA 5P1XA 3EBZA 5ER1E 4CPRA 3NWXA 2CEJA 3NDXA 5P0VA 4EJLA 3VLBA 5P3BA 3S45A 4EYRA 5P2CA 4Y4GA 5DR8A 5P55A 5P8EA 1QBUA 5P6WA 3TL9A 4FE6A 2ZDZA 5OZLA 5OZFA 4EP3A 1EPQE 4I8ZA 5P41A 2FXDA 3HAUA 2O40A 4R92A 5AH7A 2QD7A 5P7WA 4J17A 5P5AA 5KOQA 1GVVA 3ER3E 2F81A 3PLDA 1RV7A 5P0NA 2OHSA 1HPXA 3TOFA 3BUFA 3L58A 5P2OA 5P8MA 3WZ6A 2G1NA 1BWBA 5P1KA 4EP2A 2G24A 1LYAB 4HEGA 4Y43A 4Y4WA 5P5XA 3LZSA 5COKA 5P42A 3QN8A 5P4NA 5OZDA 2R3TA 5P52A 4Z22A 5KR8A 4MC2A 5P6JA 1EBZA 2VIYA 4PZXA 5P5DA 3LITA 5TOLA 2RKFA 1HIHA 1ZP8A 4K4PA 4Y45A 4I10A 3S2OA 5P4TA 2P8HA 3NDWA 4APRE 4TVHA 1MSMA 5P0XA 4FL8A 3UDJA 2QMGA 5P7DA 5P8LA 5OYXA 5JFPA 2B8LA 3NXNA 4N00A 4WY1A 5OZ4A 5P6QA 2P3BB 2IKUA 3OUCA 5HD0A 3TPJA 3RSXA 1HVHA 1APUE 5P1JA 3MSLA 1SMEA 5P17A 3UDKA 1SP5A 4Y3YA 3MXDA 5PEPA 5P0BA 2ZGAA 3NU4A 2R9BA 1ODWA 2AZ9A 3D1YA 4HDFA 4J0VA 5P0TA 4D83A 5P2FA 3UDPA 3KFRA 4GB2A 4NJVA 4YBIA 5HVPA 4YHQA 4Y48A 3QVCA 1A8GA 1HBVA 4RZ1A 4CPTA 3OXCA 2ER6E 3Q6YA 1KJFA 4I8WA 1EC3A 4YDGA 4JOOA 1PPME 5P0SA 3CKTA 5KOSA 5JG1A 3KYRA 1ZBGA 2JE4A 1BDLA 3UFNA 5CONA 5P58A 1PSNA 5P30A 5OZXA 1META 3QPJA 3WB4A 4DJPA 2RMPA 3UDNA 4B78A 5P5UA 2R8NA 2WF4A 2ZHUA 1HVRA 4RRNA 3T7XA 5KAOA 5CLMA 3QRVA 5P7EA 5P39A 5P6HA 6APRE 2G26A 2NNPA 5P3RA 1FQ7A 1HVLA 2G21A 2J9JA 2Z54A 3NDUA 4CPSA 3EKXA 5P6SA 5OZCA 4HDPA 5IS4A 5I3XA 3FKTA 5P78A 3IVIA 1DMPA 4DJVA 5P3EA 3ZL7A 1T6GA 5P74A 4JP9A 1PFZA 3TH9A 5P6DA 9HVPA 3UF3A 5P7KA 5P1CA 2UY0A 4CPWA 5P6PA 3UDQA 5OZJA 4K4RA 3BGBA 2NXDA 1HTFA 3GI0A 4AA8A 4Y57A 3NUJA 3PGIA 3KF0A 3QS1A 5P3FA 2BKTA 4YCTA 2H6TA 3K4VC 5AH9A 1C6XA 2NXLA 2VNMA 2P3AA 5P10A 1XE6A 3PEPA 1YM2A 3EL1A 5OZ3A 1EAGA 2ZJKA 2QI7A 2CENA 3SAAA 2BPWA 3RSVA 5P8CA 2P3DA 5P5KA 4B05A 5P7MA 1FF0C 2QZWA 4Y3FA 4OBFA 5BS4A 5P35A 2WF2A 5P08A 2QHCA 3HVGA 4EQ0A 5KR0A 2VJ9A 3WZ7A 1GNNA 5P5TA 1EPME 2JYSA 4R91A 3SA3A 5P3PA 5P56A 3SPKA 5OZRA 5P3DA 5P8GA 4DUSA 3D91A 3PLLA 1EPRE 2AOEA 3Q5HA 3GW5A 5OYVA 3NR6A 4I12A 3S8IA 1TCXA 1C70A 2PH8A 3G6ZA 5P77A 5P4RA 1IBQA 3I2LA 3VG1A 3ZOVA 2PYMA 4HLAA 5P0ZA 5P5YA 2HC0A 5P5GA 2NTRA 5P7UA 4ZE6A 4F73A 2QMPA 3L3AA 3SA6A 3O9FA 5P8JA 5P2UA 5P85A 1DAZC 3DCKA 1HIIA 2J9KA 1W5VA 2NMYA 4ER4E 4DQEA 5DGUA 3TPRA 2F3FA 4Y4TA 5P26A 1KJHA 3VF3A 4Y5EA 1ER8E 3ZKMA 5P6RA 2I0DA 4YD6A 4I0DA 3C9XA 1HVSA 3NXEA 1W5WA 3FNUA 4D85A 4Y5GA 1AJVA 2O4PA 1EC1A 3HVPA 4UPJA 2FLEA 5P6YA 2I0AA 2BPYA 4FAEA 4Y3LA 2QD6A 5P36A 3TPLA 3SFCA 1NH0A 3KFSA 2B60A 3VSXA 2O4SA 4ZSMA 3CIBA 3WZ8A 1K2BA 3O9HA 1FGCC 2QHYA 4QJ8A 4NKKA 2WEZA 5P2EA 5P2VA 4J5JA 1K6VA 4DJYA 3QBFA 5DQ1A 2FS4A 5P0EA 3HLOA 5P0KA 3K4VA 5P1SA 3UHLA 2QMDA 4QJ2A 4Y3SA 3EM6A 3EM3A 4ZIPA 2PSVA 5DR3A 3JVWA 1DW6C 5P4GA 1B6KA 1ZLFA 5OZOA 2HB3A 1UH9A 1NPVA 3M9FA 5P3YA 5P70A 5P81A 3T11A 2ASIA 4H3GA 2Q11A 3APPA 2EWYA 2XFKA 3ZKIA 4QJ7A 1CZIE 4ER2E 5P4EA 4YCYA 3L5CA 1NSOA 1A9MA 5J25A 3TPPA 5P2HA 5ENKA 5P4VA 3HD8A 5P4LA 5P83A 1FQXA 5P8NA 4YE3A 5P4JA 2UPJA 2ZYEA 2AOFA 1HSIA 5P5CA 1LV1A 3MWSA 4ZLSA 5P5IA 3TOHA 1FMXA 5IVQA 2J9JB 2P83A 2AVMA 3LNKA 1HIVA 1AJXA 5P1RA 2WL0A 2APRA 5P3ZA 4RYCA 5OZ9A 1FFFC 4EWOA 5P0LA 4H3IA 2HM1A 5P4DA 5P6VA 5P89A 3INDA 4J0YA 4Z2ZA 5P0HA 2G1RA 1EPPE 2ZJLA 4QJ9A 2AVSA 1FG8C 2OHUA 3PI0A 3R4BA 5C9FA 5P6ZA 4EHCA 5P1GA 5P2RA 5DQ5A 1MT7A 2V11C 1YX9A 3IA9A 4EQJA 2F3KA 5P53A 3S56A 3INFA 2OHRA 1MESA 4I0GA 5P7PA 1SH9A 5P1HA 1M0BA 5P59A 3I25A 3LIQA 2IS0A 2ZJJA 3VCMA 4Y5NA 2FNSA 4DJXA 4R95A 5OZ8A 4J0ZA 5P09A 3GGAA 3JVYA 4D8CA 5OYYA 4DQFA 5P4YA 3TTPA 5P0GA 1YM4A 5KQFA 2IDWA 4JPEA 2IQGA 4Y4JA 1BV9A 3SKFA 5P3HA 2XYEA 5OZIA 1GNOA 3OQFA 4GJAA 2HS1A 4YDFA 3O9DA 3VLAA 4I0IA 3ER5E 4U8WA 3UPJA 4EJKA 3MXEA 3BGCA 1HRNA 4LXKA 5P5WA 5OZNA 3D20A 1HHPA 5T4SA 1BDRA 1ME6A 1D4HA 4X2LA 5P0RA 5P6OA 3PSGA 4Y4AA 5P4KA 1QRPE 1W6HA 4DJQA 1AXAA 5P63A 4MC9A 3LHGA 5COPA 3PRSA 3NWQA 5P82A 3WB5A 1K1UA 4Y4XA 5P0UA 3N3IA 3HAWA 1BILA 4Q5MA 5F01A 1DIFA 3SM1A 5OYSA 2WHHA 5DR4A 4Q1NA 1QS8A 2FDDA 4RCDA 2QI5A 3T3CA 5P5ZA 1IZHA 5P6GA 2QD8A 3PBZA 4GZFA 4OC6A 2RENA 4Q1XA 3Q4BA 1BV7A 5P1AA 4FIVA 4ER1E 4Y5MA 4YBFA 2WEDA 1ZSFA 2MIPA 3D1XA 4DVFA 1LS5A 4Y4UA 1XL2A 2Q55A 2QNQA 3NU6A 3BVBA 1ZJ7A 1MTRA 2FNTA 5P38A 3QAAA 2G69A 1HPVA 3FV3A 3S85A 5I3WA 2ZE1A 3SA9A 4RGHA 3OWNA 2QI3A 1MT8A 5HDUA 1SGZA 4Y53A 3OHFA 5P3NA 5KQZA 3R0WA 3F9QA 5FIVA 5ISKA 2HAHA 4MC1A 2VS2A 4R5NA 4ZPEA 2WF0A 3UCBA 5P3GA 1KJ7A 3UQUA 3OTYA 5P3OA 3OU3A 5P51A 4NPTA 5P2KA 1NPAA 5P7SA 5P5MA 5P5NA 1D4LA 3U7SA 5P48A 3OAGB 3L5FA 2I1AA 2NMZA 4CKUA 2FDEA 5P7GA 5P4BA 1C6ZA 4XXSA 5P61A 3PM4A 5HE7A 1IZIA 2PQZA 3EL9A 4DFGA 5OZPA 2I4DA 4EJDA 1VIKA 3CKPA 3SO9A 3INEA 4YD7A 4EXGA 2WJOA 2HB2A 2I4UA 5P03A 4FGXA 3MSJA 4FS4A 5IVSA 5HCTA 3URJA 5JFUA 4Y3JA 2BKSA 3URIA 2HIZA 2QI0A 4CP7A 5UPJA 4B72A 3QRSA 5P3UA 5P57A 1Z1RA 4LHHA 2AQUA 3TNEA 5SXNA 3DJKA 5P5OA 1GVTA 4BELA 2QZLA 5P4CA 5KR1A 5P71A 4DQGA 5HDXA 1YTGA 4B1DA 1AVFA 5P15A 2PWCA 5P8QA 4JPCA 2QU2A 3IXOA 5P66A 3OOZA 1WBKA 4HE9A 4QGIA 3K5CA 1T7KA 5P1TA 4OBZA 3FNTA 3RTHA 2OF0A 4DJOA 3CIDA 4Y5CA 3N4LA 4Y3ZA 5KQXA 5P0FA 1HOSA 3CYXA 4K4QA 4NJSA 2PC0A 1MRWA 5P8RA 1HTRB 2Q64A 3VSWA 2OHTA 1QDMA 5P1PA 5P45A 4I0JA 1NPWA 2IL2A 4FCOA 2WKZA 3ZKXA 1C6YA 1B6JA 5I3YA 2ER0E 1GVUA 5HDVA 5IVTA 4Y3EA 3KMYA 1IVPA 5ISJA 5OYRA 5P8VA 1EBYA 2OHNA 3NYGA 5P6LA 1MT9A 1FMUA 1M43A 4EXHA 5P31A 5P6AA 5SY3A 1APWE 4FRKA 4GJ9A 1EPOE 1TSQA 5P29A 5P37A 3DUYA 1N49A 2AOJA 4YCKA 4F75A 3IVHA 3QP0A 4RYGA 4GJ5A 5P7VA 4KE0A 4Y3TA 3KT5A 3PMYA 5P7JA 5OZVA 3DM6A 5P5LA 5OZ1A 1HTGA 4Y3XA 4ZEAA 3T7PA 1EC2A 1MPPA 5P6BA 3U71A 3FIVA 5P34A 5P5RA 3SA7A 4J1EA 5OYZA 3FX5A 3URLA 5P8DA 3VF7A 1SDTA 5P6UA 5P1DA 4FM7A 4LC7A 4Y3RA 1WKRA 3OHHA 4Y5LA 5P2AA 2FXEA 2PK5A 4OC6B 5P6XA 4IVSA 1HWRA 3SM2A 4FRIA 3OOTA 3OUAA 5AH6A 5KQYA 4DPFA 1AM5A 5OZTA 4J55A 1G6LA 3OU4A 4GYEA 1PROA 5P00A 2R3WA 3H5BA 3LIYA 5KR2A 5OYTA 3VUCA 1FLHA 3OTSA 5P7YA 4Y4DA 4S1GA 4L7JA 7UPJA 2V00A 1F7AA 2ER9E 5OZ7A 5P6NA 4L7HA 2F8GA 4B77A 2AODA 1PPKE 4RCFA 2AZCA 1W6IA 2OHMA 3AUPA 5SY2A 1IVQA 4I1CA 5OZKA 1BWAA 4B0QA 5P80A 4D88A 1EBKC 2G22A 4PEPA 5P7IA 3LZYA 5P84A 3EKWA 3PB5A 4Y6MA 3EL4A 2QP8A 5AH8A 5P1EA 3VFBA 3EL5A 5P5BA 1IZEA 3LIXA 5P2QA 4YA8A 5P8BA 4I0HA 5B18A 1RPIA 5OZBA 2FMBA 4DI2A 3TKGA 3OADB 2I4XA 5P8SA 1EEDP 5P28A 4EPJA 1E80E 1K6TA 1BVEA 1MRXA 4B1EA 5P01A 3KT2A 1K6CA 5P24A 5P5QA 5P7BA 4DQHA 3NDTA 1TW7A 5P0DA 5E5KA 4COEA 4Y3MA 5P20A 2OAHA 4FAFA 5P6CA 2NXMA 2V13A 4J1FA 4GJCA 2ER7E 4WY6A 3K1WA 4RVJA 3LPJA 1FIVA 3GI4A 5BWYA 5P8TA 3PWRA 3SQFA 3PMUA 3K5DA 4TRYA 1HVKA 3CMSA 1KJGA 5AHAA 2R43A 4OBGA 4BEKA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3RTN A;  4FSL A;  3T6I A;  3ZKQ A;  5P1M A;  4Y36 A;  2B7Z A;  3INH A;  1QBT A;  3TKW A;  2G1S A;  1HEG E;  4B1C A;  2IRZ A;  2A4F A;  3O9I A;  1B5F B;  3L5B A;  5EZZ A;  5OZ0 A;  3S53 A;  2VIJ A;  3G72 A;  3DV1 A;  5APR E;  1MTB A;  5P1Y A;  5P2N A;  3O9G A;  4L6B A;  1B6P A;  5DGW A;  4GJ7 A;  3VF5 A;  3ZKS A;  3QIH A;  5HE4 A;  3UQW A;  2F80 A;  5P0A A;  1T6E X;  3IAW A;  3L59 A;  3O9C A;  5P1Q A;  4E43 A;  5P1F A;  3UQR A;  3JW2 A;  2RSP A;  4H1E A;  2Q3K A;  5I70 A;  4R8Y A;  3NU9 A;  1XS7 D;  4PPH A;  2OHK A;  5P4O A;  4ACX A;  1OHR A;  3VV7 A;  2FGU A;  5P40 A;  4Y58 A;  2Q15 A;  3GI6 A;  5OZM A;  3OXX A;  1FEJ C;  5DR0 A;  4B70 A;  2O4K A;  1KJ4 A;  4Y39 A;  2JJJ A;  2O4L A;  2I4Q A;  4LAP A;  2OHL A;  4K8S A;  2FDP A;  5OZY A;  3ZKN A;  3EKT A;  3BRA A;  3KDC A;  5P2Z A;  3KA2 A;  5P27 A;  1LZQ A;  2B7F A;  1EC0 A;  2P3C A;  5P4S A;  5P8P A;  5P2G A;  3SA8 A;  3A2O A;  5C9D A;  4D89 A;  2ZHT A;  4PHV A;  3KM4 A;  5P2T A;  4NJU A;  2XFI A;  4FM8 A;  4LL3 A;  4LP9 A;  4FLG A;  1HVJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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