3UHLA

Crystal structure of multidrug resistant hiv-1 protease clinical isolate pr20 in complex with p2-nc substrate analog
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPFVTVKVGGQLKEALLDTGADNTIFEDINLPGRWKPKMVGGIGGFLKVREYDQVPIEIAGHKVIGTVLVGPTPVNVIGRDTMTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title HIV-1 protease with 20 mutations exhibits extreme resistance to clinical inhibitors through coordinated structural rearrangements.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-11-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3uhlA00
5OZ8A 5P59A 1RPIA 3DJKA 5OZNA 1BAIA 4OC6A 1HIVA 3IGBA 1HPSA 4ZEAA 3PI0A 6UPJA 1IZIA 2VJ6A 5P7EA 5KOQA 4Y4AA 3CKRA 5P76A 3S7MA 5P1OA 1FG6C 3IXOA 5P5DA 3SACA 3NSHA 1PPLE 2OF0A 3SPKA 2R3TA 4Y4BA 1G0VA 2AVVA 4XXSA 3INEA 4DJYA 2PYNA 5SZ9A 5JODA 5P01A 4RYCA 5P00A 1LYBA 3WZ8A 4CPXA 3S2OA 4FM7A 2G1NA 2R8NA 4D88A 5P0GA 2WEDA 2QK5A 4J0TA 1ZPAA 3S7LA 1ZJ7A 1HTFA 5P0KA 1EPOE 1XL5A 2VJ9A 5P44A 1LEEA 3UDNA 4Y5NA 5P2NA 5P58A 1NPWA 3RTMA 1AJVA 1D4KA 2FIVA 4DQHA 4NJTA 4RLDA 5P07A 4DQCA 3KMYA 2XFIA 3D1ZA 5P4BA 3T11A 4D89A 5P1UA 5SY2A 1HSHA 5EZZA 4DPIA 5P06A 3QVIA 2A1EA 4K9HA 4NPUA 4FM8A 4RCEA 5P28A 3HVGA 4YCKA 5P3UA 5P5TA 5P3JA 1XDHA 3BXRA 3BC4A 3GGUA 1CMSA 5P4EA 2O4KA 4Y3QA 4GJAA 5P0XA 5P66A 2OAHA 5OYXA 2QMGA 1PPME 3OGPA 2IQGA 1IZDA 3OQKA 3SKGA 2V0ZC 1RNEA 1SH9A 4RVJA 4KE0A 4RRNA 2FGUA 3Q6YA 1FFFC 3UFLA 1MT9A 5P72A 1BWAA 2NTRA 5P4XA 5IS4A 1D4SA 2AVQA 4Y4WA 2P3DA 5P2IA 5ENMA 5P4DA 5P3HA 4Y51A 5P2ZA 3Q5HA 5OZLA 1HIHA 2CENA 4TRWA 4YBIA 4YD6A 4OD9A 3TPJA 4J55A 4J1CA 5HDZA 3CYWA 3GI4A 4Y3LA 1HVCA 2AZ8A 3UQPA 4HEGA 3PCZA 3FV3A 5P6MA 3I2LA 2I4UA 5HTZA 4TRYA 5P8JA 2VA7A 5I3VA 3FNUA 3JVWA 5P8MA 4Y57A 5I3YA 2RMPA 4I0ZA 1D4YA 2G27A 4S1GA 4YE3A 1U8GA 4L7HA 3R0YA 4PEPA 3GI5A 3NU9A 3OOTA 1TSUA 1W50A 5P3PA 3S54A 3O9BA 4J54A 5JG1A 5P7SA 1LF2A 2ZHUA 2CEJA 3K4VA 3BRAA 5P6CA 4A6BA 3HBOA 5AHCA 5OYSA 2OHLA 3L5CA 3OADA 2PH8A 2BJUA 4PHVA 5IE1A 4RZ1A 5P23A 2MIPA 4XKXA 3IXKA 2I4XA 4Y3RA 1FQ5A 5DR7A 4AZYA 4FRKA 4JP9A 1GVVA 2PWCA 4J1KA 4YOBA 5P3GA 1UPJA 5P1MA 2ZJJA 5P2WA 1FKNA 1BDRA 1ZP8A 4DPFA 4DQEA 1APTE 2G24A 4MC6A 5P2GA 3LHGA 2ZGAA 1SGUA 5P1FA 4Y5LA 4Y53A 4I8WA 1BV9A 3ECGA 4L7GA 3D1YA 1ODWA 3OU3A 1BWBA 5P83A 3EKXA 5P0HA 5P3KA 1ZTZA 2BB9A 1EC1A 3O9GA 5P52A 3TOFA 5HD0A 5P6HA 3URLA 1UH7A 2I4WA 5P1NA 3EKPA 4Y3YA 5P8DA 3PWMA 3SQFA 2WEAA 5HE7A 3QVCA 3K5FA 2FXDA 3IN3A 2QZWA 4IVTA 1NPVA 2OHQA 1FIVA 2BBBA 4HDPA 4Y4DA 3QBHA 2IRZA 5P42A 2R43A 5ISJA 4GJ5A 2ZJIA 5P0WA 4QLHA 1APVE 4DH6A 4B77A 2NXMA 3ZL7A 5P1WA 2QZXA 1QRPE 5P7IA 2F3FA 1FMBA 7HVPA 1B6KA 5P8EA 4CKUA 4GJ6A 4I0GA 5P2EA 3QBFA 5OZBA 2O40A 3INHA 5OYRA 4JPEA 2O4SA 1IIQA 3O9HA 2PQZA 5SXNA 3ZPUA 3NXNA 1PSNA 5P03A 5P3ZA 2G1YA 5P2UA 5P43A 1QBSA 3PSGA 4N00A 5P2XA 5P1CA 4CP7A 5P24A 3DCKA 4B0QA 1MTBA 3FIVA 4DJUA 5P0PA 3VF7A 5P5YA 5HDUA 2P8HA 1DPJA 3IN4A 5P7FA 5COPA 5OZRA 2IENA 4Q5MA 2QCIA 1AVFA 4Y6MA 3CMSA 4EYRA 5OZAA 5AGZA 3F9QA 3WB5A 3OU1A 5DR3A 1K2CA 2B60A 1LZQA 3KFRA 4FLGA 4J1IA 5P6SA 2NPHA 3TPRA 3NU4A 4Y3GA 1BXOA 1MIQA 2NMYA 3R2FA 2P3CA 5P45A 2QMPA 3D20A 4Y3XA 5P5VA 1TW7A 5P0FA 2JJIA 4Z22A 1EPPE 4Y43A 3VFBA 5P87A 3BUFA 3PSYA 5P7BA 4JOOA 2I4VA 1EPLE 2P4JA 3GI6A 1W6IA 4Q1NA 3FKTA 4FE6A 4F74A 2H6TA 5COOA 3EKQA 3NYGA 4EP2A 2OHSA 4FRJA 4I1CA 5OYTA 2R9BA 4BEKA 3UQUA 5P78A 1KJ7A 5P2KA 3LIYA 5P51A 5P1YA 3ZKMA 3SM2A 3O9EA 5P0CA 3VF3A 3DOXA 5E5KA 2B42A 4H3IA 4J1EA 1FQ8A 5KR0A 5P0OA 5P8AA 4PZWA 5TOLA 1HWRA 5P4LA 5P4PA 1A8KA 3MXDA 1B6LA 4Y36A 5ER1E 5P2DA 2Z54A 3RTNA 1XE5A 2V00A 3N4LA 4F73A 3ZOVA 3KN0A 4EP3A 2FLEA 5DPZA 5P1RA 2IKUA 3OQ7A 5P5QA 5P40A 1HPOA 2SAMA 5P2JA 5P1XA 1HVKA 4Y3FA 4NJUA 3FNSA 1WBKA 4B05A 5P0EA 4HA5A 3FSMA 2OHUA 3UDRA 5OZCA 5P6ZA 4Y50A 5P5RA 4RYGA 3TKWA 4YD5A 5P75A 3S43B 5T4SA 1OHRA 3NU3A 3SAAA 4Y4XA 3S53A 5P6AA 1ZSFA 4CPUA 1DP5A 1MT8A 3OXVA 3M9FA 3I7EA 3MWSA 5P5MA 4ER2E 5P5OA 2V11C 4J5JA 5IVSA 5P6WA 3UFNA 1OEWA 2AVSA 3EKTA 4LP9A 5OZ9A 4Y4TA 1FEJC 4FIVA 5IVRA 2B8LA 5P1SA 5P6BA 1APUE 3TLHA 4YHQA 1FF0C 3H5BA 1OD1A 1EBWA 1QBRA 5ENKA 4R92A 5P39A 1GNMA 5P7CA 2AOIA 2QHCA 3IVIA 5FIVA 1YTIA 3OHFA 2XFJA 5P4VA 5P7AA 5CONA 2ER7E 3OQFA 5P4FA 2WECA 3S56A 4EJLA 4HVPA 1GVUA 2AODA 3S43A 4H3JA 3PWWA 2ANLA 1TCXA 1YG9A 2UXZA 4D8CA 4GJBA 5OZGA 5P1AA 2WEBA 4ZSPA 1PROA 5P8RA 5P5SA 3UQRA 1RV7A 2FXEA 2V10C 5DR0A 2B7FA 1CPIA 3PVKA 5E5JA 1DW6C 3I6OA 4EJKA 4R91A 5C9BA 5OZPA 3OUDB 2WHHA 4DQFA 1VIJA 3CICA 1QBUA 5P0JA 5P25A 5P5WA 4K4PA 5OZ3A 1A8GA 4ER4E 2R5PA 2P3BA 2PSVA 5P8GA 5P6VA 2XFKA 4RGHA 1IZHA 5AH9A 5P05A 2HAHA 4QJAA 5OZXA 4YD7A 5P3WA 3R4BA 5HCOA 3RSXA 3NDWA 2WF0A 4OBKA 4U7QA 3O99A 2Q15A 3ER3E 1FGCC 1IVQA 1K1UA 5P1PA 5P1ZA 4EJDA 5P53A 1QBTA 3VF5A 4FCOA 5P6XA 3DV1A 2FMBA 3IVHA 4FRIA 4DJXA 4Q1XA 1XL2A 4FGXA 3UF3A 2NNPA 4D85A 1XN2A 2WL0A 3CIBA 5DQ5A 2WEZA 5OZWA 5P79A 3INDA 2PC0A 2O4NA 2PH6A 4I8ZA 3OOZA 1QDMA 2ER0E 1E81E 5P1IA 3VLAA 1YM2A 5P1EA 2QD6A 5OZJA 2ZJNA 3NUJA 4Y5CA 1D4HA 1C6XA 5P7XA 5P5HA 2Q54A 5HDXA 2G20A 2Q63A 5P6LA 2I4DA 2Z4OA 3EL9A 5HU1A 2G94A 5OZ4A 5KR8A 5P7QA 4KUPA 4NJVA 2QNPA 5P8HA 4Z50A 2IGXA 2NR6A 2FNTA 4OBDA 5SY3A 3LIZA 3ZKGA 2B8VA 5P3SA 3L5EA 1ER8E 5P4NA 5P3YA 3ZKQA 1AAQA 4Q1YA 3KA2A 2Q3KA 1C6ZA 4R93A 4Y47A 2J9JB 3SA4A 2FS4A 1FMXA 5P0BA 1EBZA 4B72A 5P0YA 1HRNA 4JECA 2QD8A 5P5IA 1C70A 4K4RA 4DJWA 5P3NA 4GJDA 4ACUA 5P65A 5P26A 2V13A 5P4QA 4Y3SA 3OGQA 2JE4A 5P4GA 4LBTA 2G1SA 1LF4A 3U71A 2QHZA 1KJGA 3NDXA 1MESA 5P3OA 5P71A 3SA3A 4Y3NA 3OQAA 4DQBA 5P6EA 4F75A 1HVSA 1T6EX 3G70A 5P8IA 3SA5A 5OZ6A 1EAGA 5P3RA 2AOEA 3C9XA 4GJ8A 5P02A 5HE4A 3SA7A 3EC0A 4J17A 4EQJA 2CEMA 3H0BA 3I8WA 5BRYA 1HVHA 3OU4B 5OZFA 4CPQA 5HE5A 4QJ8A 2QI5A 5P70A 5P2YA 5P5JA 3OWNA 3O9AA 3PRSA 2AVOA 3TOHA 2IEOA 4GIDA 3WSJA 1E5OE 3UDJA 3ZMGA 3LZVA 2ER6E 2PYMA 2AZBA 1AM5A 5P6GA 4AUCA 5P1GA 4Y5GA 5P7DA 5P6QA 3OUCA 5P4RA 2ZJHA 2VJ7A 4ZSRA 2I4QA 4QJ2A 5P3EA 1T7JA 3VFAA 5KR1A 3O9DA 5P5LA 3VYFA 4YBFA 1EBYA 2OHKA 3PSUA 3L58A 5OYQA 3G72A 4GYEA 1YM4A 4Y54A 3Q4BA 4EXHA 2QNQA 5P7RA 5P0AA 1HIIA 1T3RA 5P4MA 3EL5A 5I3XA 4H3FA 2F80A 4OBFA 4OBZB 3OU4A 5P34A 5P10A 3HLOA 5P6UA 3SA6A 3TOGA 4RCFA 5KQZA 2HB4A 4ZPGA 4FSLA 4Y3HA 5P18A 5P89A 1AIDA 4KB9A 4Y3ZA 5P3QA 2HC0A 3PI5A 4R5NA 4DJQA 3U7SA 4DJRA 3VSXA 1YTHA 3OXWA 1BDLA 1HVLA 5B18A 2XYEA 5F01A 2ZE1A 1META 1GVTA 2QI3A 2V16C 3S85A 4D83A 4AA8A 5P6PA 5P61A 1MERA 2F8GA 4QJ7A 3GGVA 4J0YA 8HVPA 2BPYA 1BV7A 3QRSA 1BVGA 1ZPKA 1ODYA 5P67A 1FQ4A 1WKRA 5P7OA 4APRE 4I0JA 3U6AA 5OZZA 2PWRA 3SO9A 4ZE6A 5P60A 5P3DA 4Y37A 4UPJA 2QP8A 5DR4A 5P5NA 5JFUA 3HW1A 4WY6A 3QRMA 2IKOA 3UDQA 4B1DA 3DUYA 3QROA 3IAWA 5P5EA 3EL4A 1ME6A 4I11A 3UDHA 4DV9A 1B6JA 5P50A 3UPJA 3UDPA 5P4CA 5AHAA 5P2OA 3QI1A 4OBGA 4RVXA 4HE9A 1Z8CA 1HPVA 1B5FB 4DVFA 5P80A 1GKTA 3UDYA 1T6GA 3OXCA 4L1AB 2QZLA 4XX4A 5P1HA 2V12C 5P2LA 5P09A 3URJA 1FLHA 4CPWA 4EWOA 3NXEA 1YTJA 2FDDA 5P41A 5P5ZA 3HZCA 4GZFA 2HB2A 3TTPA 2RKFA 1HXWA 1IDAA 2O4PA 4YD3A 4M8YA 1BIMA 1HTGA 3RU1A 1MRXA 3BUGA 4Y58A 5P8LA 3TPLA 5P27A 3ZKSA 3EKVA 4M8XA 4I0DA 3CKPA 4R8YA 3HDKA 4B78A 4FAFA 1W5XA 1XN3A 4Y5BA 5P74A 2NXDA 4COEA 4Y3DA 1T7KA 4DUSA 5DQ1A 3NU5A 3FNTA 4EHCA 4Y3WA 4DJOA 3QAAA 4ZSMA 5P15A 2BPVA 5P3BA 1B11A 5P68A 2G69A 5OYUA 4K4QA 2QMFA 1LYWB 1K6VA 4ZPFA 5P7NA 1FFIC 3O9IA 1MVPA 5P14A 4H3GA 1HVIA 4LHHA 4Z4XA 2I0DA 4R95A 1B5FA 1A9MA 1UH8A 3CIDA 3KFNA 1BVEA 1SDUA 4NPTA 2QU2A 1FQ6A 4L1AA 5P8NA 2WF2A 5P7GA 3KFPA 5P2RA 5P2FA 5KR2A 5P3MA 4EPJA 3KFSA 3MSJA 3VLBA 4FRSA 5P47A 4Y45A 1E80E 2HS1A 3VCMA 3SKFA 1CZIE 3KT2A 1FMUA 3VYEA 3RVIA 5P86A 3G6ZA 2I0AA 5P6FA 3PEPA 5P62A 4CPSA 3T6IA 5OZ7A 1N49A 2PSGA 1B6MA 1EC2A 5P7YA 1B6PA 4J0ZA 5P81A 1EPRE 4GMIA 5P88A 3HAWA 4E43A 4EQ0A 5OYWA 5P4SA 3BGCA 4CPTA 5P4HA 5KQYA 1TZSA 3UTLA 1ZLFA 4ZSQA 2JXRA 2QI0A 1G35A 3DV5A 5APRE 2G22A 2HS2A 2I1AA 5P3IA 2IGYA 2OHMA 2AVMA 1SP5A 1HXBA 1LYAB 3R1GB 3NDTA 5P84A 1PFZA 3OUBA 5P0UA 5P1JA 1HVJA 2AQUA 4OBJA 3KF0A 2QI1A 3O9FA 4IVSA 2AOJA 3D3TA 1TQFA 3ST5A 1Q9PA 1Z1HA 2AZCA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZ8 A;  5P59 A;  1RPI A;  3DJK A;  5OZN A;  1BAI A;  4OC6 A;  1HIV A;  3IGB A;  1HPS A;  4ZEA A;  3PI0 A;  6UPJ A;  1IZI A;  2VJ6 A;  5P7E A;  5KOQ A;  4Y4A A;  3CKR A;  5P76 A;  3S7M A;  5P1O A;  1FG6 C;  3IXO A;  5P5D A;  3SAC A;  3NSH A;  1PPL E;  2OF0 A;  3SPK A;  2R3T A;  4Y4B A;  1G0V A;  2AVV A;  4XXS A;  3INE A;  4DJY A;  2PYN A;  5SZ9 A;  5JOD A;  5P01 A;  4RYC A;  5P00 A;  1LYB A;  3WZ8 A;  4CPX A;  3S2O A;  4FM7 A;  2G1N A;  2R8N A;  4D88 A;  5P0G A;  2WED A;  2QK5 A;  4J0T A;  1ZPA A;  3S7L A;  1ZJ7 A;  1HTF A;  5P0K A;  1EPO E;  1XL5 A;  2VJ9 A;  5P44 A;  1LEE A;  3UDN A;  4Y5N A;  5P2N A;  5P58 A;  1NPW A;  3RTM A;  1AJV A;  1D4K A;  2FIV A;  4DQH A;  4NJT A;  4RLD A;  5P07 A;  4DQC A;  3KMY A;  2XFI A;  3D1Z A;  5P4B A;  3T11 A;  4D89 A;  5P1U A;  5SY2 A;  1HSH A;  5EZZ A;  4DPI A;  5P06 A;  3QVI A;  2A1E A;  4K9H A;  4NPU A;  4FM8 A;  4RCE A;  5P28 A;  3HVG A;  4YCK A;  5P3U A;  5P5T A;  5P3J A;  1XDH A;  3BXR A;  3BC4 A;  3GGU A;  1CMS A;  5P4E A;  2O4K A;  4Y3Q A;  4GJA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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