3UK4A

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with 1,2,5-pentanetriol at 1.98 a resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine lactoferrin Complexed with 1,2,5-Pentanetriol at 1.98 A Resolution
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 112
structure length 335
sequence length 335
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-11-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3uk4A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3uk4A02
1LFGA 5TPAA 1VR5A 3TODA 1AIVA 4JWXA 4Q5TA 4OYVA 4RXLA 1SW4A 1D9YA 2HAVA 2WKYA 2H9BA 3TTRA 3PU5A 4G8NA 5TPAB 1GGGA 3C34A 4XTCQ 3IB2A 1Y4TA 4U1ZA 4IY5A 4EQBA 1XOCA 1B0HA 1LSTA 1UQWA 4YB6A 2NOOA 3TQWA 3OSQA 3K2DA 1I6QA 3IB0A 4C0RA 1ATGA 4X48A 3MVYA 3TZAA 2ONKE 4RYAA 2P0SA 3TMGA 4OWDA 1SW1A 3GBBA 4PFUA 1N04A 3DP6A 2RC9A 1BP5A 4OENA 5K2YA 2Z8DA 3BFTA 5J1DA 1EU8A 1YTVA 1OVTA 1NNPA 3K6XA 3O66A 1D4NA 5CMBA 3OO9A 1NNKA 2R6GE 1IZ1A 3PV0E 1SI0A 3V83A 1SW5A 5I84A 1T0KA 1Y3NA 2ZYMA 3MP6A 1DMBA 1MRPA 2XXPA 1MPCA 4FECA 1Y3QA 2VGQA 3T9UA 1NMUA 4Z7EA 1B0LA 2DWJA 1O64A 1USYH 4UACA 5H8SA 3CRBA 3QXMA 3E3KA 2DE3A 3CFLA 4F18A 2I4BA 2BJJX 3VLVA 2HZKA 3C9HA 2ZXTA 4KCCA 4XKNA 1N7XA 4H5GA 2VD3A 1RKMA 2DXYA 3OO6A 3DELB 1I69A 1FW0A 4K3FA 4THIA 5DTBA 2F97A 4H8JA 2DQVA 3TKDA 3FZVA 2O51A 4IB2A 1ZKBA 4U4SA 3GZGA 1B7ZA 2QL3A 4RPOA 4EDPA 1TXFA 3QUJA 2Z23A 2XXUA 5TP9B 3TCHA 3K0VA 1F9BA 4F2QA 1B3GA 2V3UA 4MLQA 1B32A 3H6TA 5L8DA 1QKBA 4N13A 4FIMA 3JZJA 4RK2A 4OHNA 4OQOA 1JQFA 3I6VA 1PDAA 3PD8A 1P1NA 4YMAA 4XKRA 3S9EA 1OLAA 4EUOA 5CMKA 1MDP1 4F3BA 2XHDA 4ZZEA 3HN0A 4ESXA 4IO7A 1VFDA 3FVKA 1LFIA 1SW2A 1A8FA 1B1HA 1QJMA 4Q8RA 1IUDA 3FUZA 2OWTA 4OERA 4H65A 4MLVA 2Y7WA 3O28A 3USDA 3SEWA 1IEJA 1P1UA 2XXWA 3OOAA 3QAXA 2DSFA 2FNCA 4I1DA 1FQDA 2UVGA 1SDXA 1H3DA 5M2VA 4HS7A 3QUFA 4WKMA 1QW0A 4GFRA 1SQYA 3VVEA 2RCAA 5AA3A 2O84X 3VE1B 1IQ7A 1ANFA 4F3GA 3MAMA 4KHZE 3IX1A 3KJ7A 2I0CA 1WVJA 2H4IA 3E9XA 3O6GA 4E0WA 1N76A 1LBBA 4LATA 4ZE8A 4ZZAA 3RN8A 5IAIA 1R9QA 4NF8A 4BDRA 1S7YA 1ELJA 3PPNA 2Q8JA 3OENA 1MY3A 3LUYA 1NKXA 3Q28A 2O68A 2QRYA 3IL1B 3H6UA 3O29A 3K6WA 4H5FA 3K1PA 3KBRA 3M3KA 1B9JA 1P1WA 2V84A 4R6HA 5KDTA 4FEDA 1IITA 3Q26A 2DXRA 1MY4A 1L5TA 3QK6A 2HQ0A 1EZPA 1ZBMA 3ONMA 3MBPA 2VP1A 1QUKA 4WXJA 1MXVA 3KJTA 5KCJB 3VVDA 4TQUQ 2F5XA 4AB6A 1B40A 4ZDMA 4NF6A 4IGTA 5EYFA 1A40A 3TTMA 4NF6B 2IEEA 4NEDA 4IGRA 3G3IA 2NWJA 1UTHA 4DXBA 2ZMBA 2B65A 2F6PA 2ONRA 1CE2A 3JYRA 1MQHA 2DS9A 3KN7A 4F2OA 3RY3A 4TOZA 2O69A 4LZ7A 3T96B 1US5A 2Q88A 2Y7IA 5DVJA 3MVZA 4OFJA 3PUZE 3SETA 1HSJA 4Q30B 2XXVA 4AB5A 1FTLA 1URSA 4BDOA 4OESA 2F35A 4QSCA 5ITPA 1LAXA 4ZE9A 1UTBA 3RQTA 1I6AA 4EQ9A 1URDA 2ZYNA 3KN8A 4F19A 3OSRA 3O6IA 4ESWA 3BKIB 1MPBA 3TUSA 1MY2A 3SEXA 1A99A 1IXIA 1TWYA 4X1DA 4QFOA 3MPKA 5I59B 3MP8A 1BKAA 4LQ2A 4YKPA 4XIGQ 2Z8FA 5ICQA 4I9DA 2XX7A 3KSXA 1B51A 1ZMGA 1BLFA 3D4CA 3K6UA 3MPLA 2DP8A 3U94A 1VFEA 4LZ8A 2AYSA 3KN3A 1EZOA 4GOTA 3U92A 1AL3A 2O7IA 4Z0IA 2DVZA 3LSXA 2B3BA 3IOUA 3CFXA 1P99A 5I58B 2Q2CA 3R6UA 4NWCA 5H8FA 4IY6A 1US4A 3MC2A 1M5DA 4PETA 2GRVA 1P1QA 1Y20A 2Q2AA 1MXXA 2I48A 1Y9UA 4GL0A 5H8FB 4ZS9A 1WODA 5AA2D 4YKIA 3UIFA 2O1LA 2OK2A 1P1OA 1H44A 3IO6A 2IA4A 4PFTA 3PPRA 3O97A 2F7CA 5CM6A 1GR2A 3TEPA 3IOWA 3H06B 3C31A 3M3LA 3OXNA 4YKJA 4P11A 1LGBC 2XXHA 4GD5A 2OZZA 1JEVA 3W9VA 4M4GA 1OQHA 5AE4A 1MPDA 2VD2A 3S9MC 1DOTA 4O3BA 4R72A 3VXBA 2DE2A 4GXAA 3BBRA 4YZZA 4EXLA 1S50A 3C33A 1MM6A 2HXWA 2AL4A 4F3SA 2VOZA 1XVXA 3RT6B 5H8NB 1XS5A 3V89B 3C35A 4FJPA 4TLLB 3TQLA 5FHMA 1I6BA 3U93A 5I56B 4GWOA 3T9XB 2XXQA 2F6GA 2PVUA 4OZ9A 1ZJLA 3Q27A 2ESNA 3BFUA 4OTEA 5DEXA 1POTA 2DYXA 5ELVA 3CG3A 4KCDA 3T93B 5A5XA 3FXQA 3PUYE 2XX8A 3FJMA 2Y84A 4YKKA 3CR9A 3Q25A 5DEXB 4ELPA 1JW4A 5L9OA 2QS2A 4PP0A 5A5XB 3N6TA 4DIGA 1PBQA 4EF1A 2PT1A 2REGA 4Q0CA 2V3TA 3TDJA 3VV5A 4PQJA 3KGCA 3M3FA 3MZBA 3ZKLA 5TP9A 3DM0A 4LP2B 3FVNA 1YAEA 3RTWB 3EPEA 3OD7A 4I8CA 2M8CA 2VHAA 3HCQA 3E4RA 3GBAA 3SESA 4G77A 4QFPA 3I5OA 2F7AA 3HHGA 2F36A 4F3PA 2XXYA 4RA1A 4HCWA 1LCTA 3O2AA 3KEIA 5CRYA 1FQAA 4F39A 3OO8A 1Y4CA 3GLBA 1OLCA 3C36A 4U1OA 3C32A 2QS3A 1DTGA 1N84A 2YPNA 4YICA 4U21A 3FV1A 1Q35A 1MQDA 2ABHA 1LAHE 5AA4B 2ZYOA 1HSLA 4LUBA 1JVYA 3IAZA 5H8QB 2R9JA 2NUVA 2HZLA 3THIA 3K02A 4R2FA 3FATA 5L9MA 3RPWA 4JSDA 4HCYA 3UP9A 3G3GA 4FAJA 2W7YA 2ANJA 1B3FA 2UVIA 2CMOA 5F7VA 3I3VA 3FJGA 4KFQA 3S9LC 2DVCA 1D9VA 1BIYA 3EF7A 3TTLA 1FQEA 1SYIA 3VDFA 3OO7A 4G68B 4OETA 1JW5A 4RY1A 1LCFA 1ZLQA 3IR1A 3MJNA 4GQOA 3CVGA 4KQPA 3A3UA 5JTYA 2DE4A 3TPAA 4HTGA 3MW0A 1NFTA 2R71A 5DYHA 3MZ1A 4R9FA 3FXUA 1FTKA 5JTYB 3GXAA 4NE4A 1RYOA 1O63A 1OQGA 4JXIA 3W15C 4QFNA 4OEVA 3IB1A 1N7WA 5EHSA 3VLUA 5CBSA 1H43A 1QVSA 3HSTA 1AOVA 2RC8A 3H6VA 1B5JA 4NF5A 3L6GA 5LOMA 4X1BA 4ZEFA 3O9PA 1Y3PA 3EQ1A 3EHUA 4F1VA 1OMPA 2QPQA 1MQJA 1O7TA 1FQFA 3DP4A 5KCJA 1R9LA 1DPEA 3PUXE 4NF5B 2F34A 3MQ9A 1EZ9A 1SD3A 5BUUA 3UK4A 1AH5A 3LSLA 3VFJA 2PT2A 1II5A 2XXIA 3KZGA 5DVFA 3HO7A 3PD9A 3SEUA 3T66A 4JSOA 4RK9A 3RUMA 3K1NA 1LFHA 5FHOA 2Z8EA 2XXXA 1MS7A 2HFBA 3K01A 4F1YA 2XXRA 4QF9A 2O1MA 4N6PA 3IJXB 2F7BA 2UVJA 5TU0A 4QSDA 1FCKA 4L17A 5K2XA 5FTIA 4YU0A 4RPNA 3T22A 4X9TA 2Z22A 4LVQA 3UA8A 1CB6A 2D21A 3KSJA 4KPTA 2HCAA 4ONYA 5KZTA 4OMBA 1LAGE 3ILTB 2X7PA 3T9VA 2QJEA 4OXVA 2A5TB 4DCXA 1EH3A 5CI5A 4R73A 1D3KA 3B6WA 3IORA 2NXOA 2X26A 5I59A 1MXYA 4KD5A 5B70A 2A5SA 2QSXA 4LONB 3B6TA 2DWIA 3L6HA 2G93A 3TYHA 1A55A 1B4HA 1RYXA 2I6EA 4POXA 4XKQA 1B05A 3RTFB 3KOTA 3VLWA 3PPQA 4F31B 4U23A 5HM4B 1VE4A 3FVOA 5DT6A 1MH3A 2YJPA 4YAHX 1OVBA 1OIBA 5I58A 4EXKA 1FTOA 3N94A 3ZSFA 3PMWA 3N6UA 4C1TA 3MP1A 4KI0E 1ZIUA 3K1MA 2H25A 1MXZA 3ZS6A 2H99A 3TCGA 3H7MA 2O6AA 3CFZA 3H6WA 4EQ7A 1NH8A 2V93A 5HBCA 1DTZA 2PMSA 4HW8A 3ILUB 2XD2A 3RGYA 3G3JA 1Z7ME 1AMFA 1QULA 3IK6B 3MWBA 5I2NB 2FA7A 2B3FA 3QYTA 2H5YA 4KR5A 3K4UA 3DP8A 3TCFA 4UA8A 4YMBA 3A3CA 1XHYA 5I2KB 1B58A 4XKPA 1QUJA 3P7IA 3CSBA 2OWSA 4U2RA 4TLMB 3OELA 1SVXB 1FTJA 2AL5A 3WAFA 4H0WA 5JK4A 1NNFA 2QS1A 1PB8A 2DWAA 1QUIA 4R2BA 5H8NA 3R26A 4JB7A 3IOVA 1JVXA 2I49A 1H45A 4F22A 3UGWA 1SBPA 4E0XA 1GTKA 2XX9A 1TFAA 4H1XA 3ZKKA 2RCBA 4WEPA 3RLFE 4P0GA 3S2VA 2UVHA 5I56A 1A7LA 1QKAA 1S9TA 3OEMA 1USYE 4U4XA 4N07A 1Q1KA 3M8UA 4H67A 2UXAA 4PFWA 2I58A 3TAJA 3SEVA 3RNNA 1UIVA 1M5CA 2GHAA 5IKBA 4ND9A 2OJTA 2Y7PA 3PMVA 4BDNA 3HHFA 2F78A 1UIUA 3LSWA 4MFIA 3K6VA 3CSGA 4QSEA 2I3VA 3SDFA 3QIMA 1DSNA 3E13X 3FV2A 2REJA 4IO4A 3MUQA 1BTJA 1B5HA 5CMMA 1M5BA 3MVXA 4ZEKA 4DDDA 3FD3A 4YB7A 4YB5A 2RINA 2P1SA 2PX1A 3ECRA 1B52A 3O6HA 1MH4A 4JWYA 5DVIA 1IXGA 2HAUA 1JNFA 2ZNTA 1PEBA 4C1UA 1IXHA 3N26A 3FVGA 3R7XA 4H6DA 4ZEDA 3U8QA 1KWHA 4EF2A 3B7DA 3PPPA 3CI8A 3S9NC 4F1UA 1N0TA 5ISUA 2E0SA 1POY1 2XXTA 1YPNA 4JWOA 3FIRA 4FATA 4R75A 1SI1A 3RT8A 4BDQA 4OFLA 1PB9A 3MVWA 2OBGA 1IIWA 2QMXA 3U1OA 4GRKA 2HEUA 5AA4A 4GVOA 1J1NA 1B46A 5H8QA 2KLFA 2Y7KA 4DCYA 3S4UA 4U22A 1MQIA 4POWA 4QFKA 4GXSB 5CC2A 1B3HA 1PBPA 1NH7A 2D5WA 1PC3A 5B7DA 2GFEA 4ZEBA 1XVYA 2PBWA 4PE5B 4JBZA 4NMYA 3EHSA 1M5FA 2ZNUA 4NF4A 3EN3A 4G68A 1FQCA 3TFLA 4ISUA 3Q29A 4OFOA 2XD3A 1XT8A 1MY1A 3HPIA 3HV1A 4R6YA 4NF4B 2Q89A 4DXUA 4ECFA 4RNSA 3KOSA 3V5AA 3U72A 1ZTYA 3PUWE 3WAEA 1B1XA 4BDLA 3SERA 4LA9A 4I62A 4JDFA 1A8EA 1Z7NE 3KG2A 3K00A 2ZNSA 4XXUA 1R6ZA 4M1VA 2LAOA 4MF3A 2G29A 2I4CA 4LZ5A 3G3KA 4ZEIA 1YCJA 4QHQA 4R6KA 4ELQA 4DE8A 1B4ZA 2V3QA 1Y1MA 4GL8A 4G4PA 4G8MA 3H3GA 4DXCA 3FASA 4FE8A 1GV8A 2I0BA 1XC1A 3VXCA 5FHNA 3G3FA 5CMCA 4IO6A 3D4GA 4R74A 1FQBA 1LLSA 2Y7RA 4LQ5A 5I57A 1PB7A 1JEUA 3C4MA 2QS4A 1MXUA 2CZLA 4RJZA 2QMWA 4OEUA 4OVJA 2ALUA 2AIXA 1B3LA 3PUVE 4NF8B 4IO5A 5I57B 3H4ZA 4G2ZA 5AA2A 1TFDA 2FYIA 3FXRA 4DZ1A 4BLAA 3W9WA 4GLIA 2DOJA 1MG1A 4KYDA 5ITOA 4KYEA 2OLBA 5AA2B 5KDTB 4QFLA 5FTHA 1R1NA 3SEYA 3LC8A 2ONSA 1JETA 4KYSA 2PYYA 2F8DA 3AXFA 1B2HA 1NNTA 3QSLA 5JEIA 3IO4A 5ICTA 2A5TA 3IOTA 2RKMA 3ODBA 1GVCA 1B6HA 1N3WA 3DLNA 1LBCA 4O3CA 3G3HA 4FORA 5AA1A 4MBPA 2UYFA 2D3IA 4G8HA 2THIA 3CIJA 4R9GA 1LB8A 3VVFA 4P0IA 2X7QA 2O7UA 2RC7A 3MZ9A 1UTHB 3IJOB 1MY0A 2RF1A 1MQGA 3V8XB 1ZU0A 2E1SA 1M5EA 2GH9A 5H8HA 1N3XA 1FTMA 3H03A 3PPOA 3PMXA 2DWHA 1B5IA 3TTNA 1NL5A 3JV9A 3T9HB 1URGA 2GHBA 4F29A 5H8HB 1SYHA 3LR1A 1B7UA 1LAFE 1MM7A 1MXWA 1TT1A 1UTBB 2OCUA 5CBRA 4H8IA 1IXCA 5EHMA 1DPPA 2NVUB 2H98A 4FEBA 1WDNA 3PGFA 2I3WA 4ELOA 3TELA 1B7HA 3CG1A 3OMBA 5HPQA 1H76A 4O3AA 4BDMA 2YLNA 2V25A 1VSOA 3N5LA 3OEKA 3EHTA 2UYEA 1B3EA 3UN6A 3A09A 4ELRA 5BWJA 3TTKA 3LBSA 5I2NA 2P2AA 5F1QA 3SKPA 4GF8A 3F11A 3LSFB 4G68C 2Q9TA 1JW1A 3B6QA 5L9SA 4MH5A 2ZYKA 4WEDA 4DLDA 5I2KA 4GIZA 1LB9A 3UORA 4AQ4A 4IO2A 4NTLA 1MDQA 4IO3A 4PFYA 3KFMA 3G7WA 3FJ7A 4ZECA 1Y1ZA 3FGSA 4NWDA 1A54A 4QRZA 1HSEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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2KLFA 2Y7KA 4DCYA 3S4UA 4U22A 1MQIA 4POWA 4QFKA 4GXSB 5CC2A 1B3HA 1PBPA 1NH7A 2D5WA 1PC3A 5B7DA 2GFEA 4ZEBA 1XVYA 2PBWA 4PE5B 4JBZA 4NMYA 3EHSA 1M5FA 2ZNUA 4NF4A 3EN3A 4G68A 1FQCA 3TFLA 4ISUA 3Q29A 4OFOA 2XD3A 1XT8A 1MY1A 3HPIA 3HV1A 4R6YA 4NF4B 2Q89A 4DXUA 4ECFA 4RNSA 3KOSA 3V5AA 3U72A 1ZTYA 3PUWE 3WAEA 1B1XA 4BDLA 3SERA 4LA9A 4I62A 4JDFA 1A8EA 1Z7NE 3KG2A 3K00A 2ZNSA 4XXUA 1R6ZA 4M1VA 2LAOA 4MF3A 2G29A 2I4CA 4LZ5A 3G3KA 4ZEIA 1YCJA 4QHQA 4R6KA 4ELQA 4DE8A 1B4ZA 2V3QA 1Y1MA 4GL8A 4G4PA 4G8MA 3H3GA 4DXCA 3FASA 4FE8A 1GV8A 2I0BA 1XC1A 3VXCA 5FHNA 3G3FA 5CMCA 4IO6A 3D4GA 4R74A 1FQBA 1LLSA 2Y7RA 4LQ5A 5I57A 1PB7A 1JEUA 3C4MA 2QS4A 1MXUA 2CZLA 4RJZA 2QMWA 4OEUA 4OVJA 2ALUA 2AIXA 1B3LA 3PUVE 4NF8B 4IO5A 5I57B 3H4ZA 4G2ZA 5AA2A 1TFDA 2FYIA 3FXRA 4DZ1A 4BLAA 3W9WA 4GLIA 2DOJA 1MG1A 4KYDA 5ITOA 4KYEA 2OLBA 5AA2B 5KDTB 4QFLA 5FTHA 1R1NA 3SEYA 3LC8A 2ONSA 1JETA 4KYSA 2PYYA 2F8DA 3AXFA 1B2HA 1NNTA 3QSLA 5JEIA 3IO4A 5ICTA 2A5TA 3IOTA 2RKMA 3ODBA 1GVCA 1B6HA 1N3WA 3DLNA 1LBCA 4O3CA 3G3HA 4FORA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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