3UK4A

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with 1,2,5-pentanetriol at 1.98 a resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Lactotransferrin
publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine lactoferrin Complexed with 1,2,5-Pentanetriol at 1.98 A Resolution
rcsb
molecule tags Hydrolase
total genus 112
structure length 335
sequence length 335
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-11-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3uk4A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3uk4A02
5ITPA 2QPQA 5DVFA 2VHAA 2QS4A 1MXVA 1SYHA 2A5TB 1GGGA 2VD2A 1QJMA 4YMAA 1O7TA 2QJEA 4G68A 5I59B 4KHZE 2G93A 1FQAA 2OWTA 1SI1A 2ONKE 1BP5A 4ZEBA 3CIJA 4NF6A 2OZZA 3QK6A 2HFBA 1T0KA 2X7QA 5AA2B 1LFGA 1PC3A 1MQGA 1IXHA 2XX9A 3MQ9A 1NMUA 3Q25A 3TKDA 2H9BA 1MPBA 5KZTA 1ATGA 5H8FA 4F22A 2V84A 1ZBMA 4JXIA 2P2AA 1DTZA 3TUSA 3S9NC 4F31B 4NEDA 1A7LA 4RK9A 3QXMA 2Q2AA 4IB2A 2DOJA 3IB0A 5AA3A 1ZTYA 4XKRA 3VLUA 4G4PA 3MP6A 3K1NA 4GOTA 3FVOA 4QSCA 3C35A 4RK2A 4DXCA 4TLLB 3UN6A 3ZSFA 4TOZA 3VVEA 5ELVA 1FTMA 1B6HA 2V25A 3SERA 1XT8A 3UIFA 2HAUA 4O3AA 4H0WA 1B3FA 3KJTA 3CFXA 2RF1A 3DM0A 1R9LA 1SW5A 2X26A 4C1TA 2R6GE 4YKIA 2Y84A 3RQTA 3KGCA 2RINA 4ZDMA 3TTNA 2ZXTA 3W9VA 3S9MC 5JTYA 5B7DA 1NKXA 2KLFA 1RYXA 1YCJA 2RC8A 4NWCA 1Y3PA 4ESXA 2FA7A 4PE5B 2RCAA 2E0SA 4LVQA 1B5IA 3ZS6A 4FEBA 2DP8A 4OEVA 4KYDA 2O6AA 2O69A 1XC1A 4P0GA 3FUZA 4RA1A 4Z7EA 1B3EA 1JW5A 4Q0CA 2RC9A 3OOAA 3ILUB 2D5WA 3H03A 2OK2A 3WAFA 1SD3A 4GIZA 5EHMA 4OQOA 4N6PA 1JQFA 1OVTA 3UORA 5KCJB 1MDQA 1N3WA 3IL1B 3PUZE 3USDA 1WDNA 2O1LA 3KOSA 1PB8A 3E3KA 1B32A 1VE4A 4GQOA 2FYIA 4FEDA 4NWDA 2DWHA 1ZKBA 5H8QB 4RY1A 4R6KA 4KCCA 4X1DA 1B5JA 2XX8A 1UTHB 5M2VA 3R7XA 4H6DA 4QF9A 4ONYA 4LA9A 1B7ZA 3N6UA 1SI0A 3Q29A 4G8HA 1FTJA 1QUKA 1XHYA 4E0WA 3LSFB 4WXJA 1B4HA 1B4ZA 4KPTA 3C33A 2RC7A 4RPNA 4KQPA 1Y1ZA 3FVKA 1XVYA 3K01A 4OVJA 1SBPA 4QSEA 4NTLA 5L9OA 4R9GA 4YB6A 4FE8A 4U2RA 5CM6A 4N07A 4DLDA 3SDFA 1URDA 1N0TA 4IO5A 5F1QA 1NFTA 3IJXB 5CI5A 3JV9A 3MC2A 4QFKA 4FATA 2E1SA 3PPOA 3N26A 3ODBA 4I8CA 4YKKA 3HO7A 4IY5A 1NNKA 3K1PA 4LUBA 5I2NA 4LP2B 1LAGE 5CMKA 2Y7KA 3DP4A 2UYFA 1Y1MA 3VLWA 4POWA 4GXAA 5DT6A 1EZOA 1P99A 1PB7A 5AA2D 1UIUA 4RPOA 4EF2A 1H3DA 2H5YA 1EU8A 2ZMBA 4FAJA 3K4UA 3T93B 4X1BA 1US5A 5CMBA 4IO4A 2F7BA 1PBQA 4XTCQ 2DS9A 3DLNA 4FECA 2XXHA 3FGSA 4F3SA 3TAJA 3E13X 3B7DA 3MJNA 4UA8A 1O64A 4G8MA 1OLCA 3CFLA 1FTLA 5TP9A 3KG2A 4NF4A 1Y20A 1AIVA 4OFJA 2CMOA 1IIWA 1H43A 2HCAA 3RT6B 4ZEIA 3GXAA 1SW4A 5I84A 3QYTA 5H8SA 5K2YA 5I56A 3TTMA 4XXUA 1OMPA 5ITOA 3Q27A 4AB6A 4G68B 3H3GA 4QHQA 2AL5A 3G7WA 1B3LA 4QSDA 1VFEA 1AH5A 5ICTA 4OTEA 3FXQA 2NWJA 3FATA 4K3FA 2G29A 3C34A 1BIYA 3FV1A 3O6IA 3IR1A 2DSFA 3TCHA 3TMGA 1A8FA 4XKNA 2AYSA 5JEIA 3R26A 4AB5A 4OESA 3FXRA 1J1NA 4DZ1A 3VVFA 4R6YA 1TFAA 3SESA 1SW2A 3SEUA 3V89B 3BKIB 4KYSA 1LB9A 3OO9A 2F78A 1M5CA 2GFEA 1R6ZA 1IXCA 2Z8EA 3FJMA 4M1VA 5B70A 4XKQA 1PDAA 2YJPA 1JEVA 3SEVA 2ZYOA 2I0BA 3LSWA 3L6HA 3PUWE 5I2KA 1DPEA 2F7AA 1HSLA 5EYFA 2Q88A 1BKAA 2REJA 2NOOA 2F34A 3EF7A 3A3UA 4U1OA 2ZYMA 4C1UA 4BDMA 1LAFE 1XS5A 1SYIA 3O28A 4H1XA 4MLVA 2I4BA 1Q1KA 4U1ZA 4F3GA 1OLAA 3QIMA 1D4NA 1A54A 2F8DA 1B7HA 4EXLA 5A5XA 3UGWA 4ESWA 5HBCA 4GLIA 2UVHA 2Z8DA 1FQEA 1NNFA 1USYE 3G3GA 1DTGA 1NH8A 1MPCA 1VFDA 5DYHA 3FZVA 4TQUQ 4EQBA 3PUYE 3IOTA 1RKMA 2PT1A 4JBZA 2AIXA 3RY3A 1URSA 5CMCA 1UTBA 4TLMB 3S4UA 1ZJLA 1MY0A 1GTKA 1M5DA 3TELA 4DXUA 1B5HA 1OQHA 1MXYA 3KFMA 2DWAA 3LSXA 2ESNA 5H8NB 1ANFA 4H67A 4H8IA 1O63A 2O68A 1WODA 1P1OA 2H98A 3CFZA 4Q8RA 1H45A 4QFLA 4IO2A 3BFTA 3N5LA 4RXLA 1M5FA 4LZ5A 1MM6A 3VXCA 1CE2A 4YU0A 5IKBA 4FORA 4E0XA 3JYRA 4HTGA 5JK4A 2V3QA 2OWSA 3SEYA 3K6VA 2QL3A 2V93A 3KZGA 4THIA 2QRYA 4OHNA 4DIGA 1I6BA 5CBSA 4GFRA 4UACA 1DOTA 2B3FA 3PPNA 4EQ7A 3KBRA 2Y7PA 1QUIA 4ND9A 5TPAA 4XKPA 3IORA 5KDTB 2HEUA 2HQ0A 2DE3A 1NNTA 2P1SA 1Y3NA 1BTJA 5I2NB 2AL4A 3OD7A 2ONSA 4F2OA 3OEMA 4HW8A 1USYH 2QS1A 2Z23A 3G3HA 1B58A 3VXBA 3PU5A 4LQ2A 3KOTA 4ZZAA 4ELPA 3O29A 2O1MA 3PGFA 5AA4A 3DP8A 1Z7NE 3B6WA 3TODA 4ELOA 4EUOA 5H8HB 1DMBA 3TTRA 3PMXA 3RNNA 2PX1A 4I62A 3M8UA 2H25A 3K6XA 4HCYA 1TT1A 1IZ1A 3Q26A 3FJGA 4HS7A 2DVCA 3UK4A 1MQHA 5I58B 3QUJA 4JWXA 3BFUA 1Y3QA 5TP9B 1EZPA 2NVUB 2F97A 2XD2A 4NF4B 3MPKA 2XXWA 3C36A 2M8CA 3S2VA 3T22A 3T9HB 5FTHA 4O3CA 5TU0A 1N76A 2RKMA 5I56B 1P1WA 1LLSA 1JW1A 4JDFA 2QS2A 3PPQA 1B1HA 5I57B 1MXZA 5HM4B 1LBBA 4EQ9A 4R2BA 2REGA 3EN3A 3LC8A 3A09A 2ZYNA 1OQGA 2UVJA 1N7XA 3TCGA 2GHAA 3GBAA 1YTVA 5HPQA 3HPIA 3G3IA 2XX7A 4F29A 3I3VA 1R9QA 2ABHA 3H6WA 3IOVA 1MY4A 2A5TA 4MBPA 1IXIA 4L17A 3EHUA 3S9EA 1FW0A 5L8DA 2WKYA 4ZE9A 3U72A 4JB7A 3SEXA 3EHSA 3U8QA 2BJJX 2F6PA 2A5SA 5AA2A 1N3XA 2I49A 3RUMA 2D21A 1TXFA 1FTKA 3PMVA 4IY6A 3M3KA 3H06B 3MW0A 5DEXA 2QSXA 1GR2A 1LBCA 4FIMA 1DPPA 4OFOA 4NF8A 1XVXA 3T66A 2NXOA 4YAHX 3KJ7A 1SDXA 1UIVA 3RLFE 4JSDA 4IO3A 3T96B 4GD5A 1FQDA 3FV2A 1Q35A 5FHOA 1JEUA 3CSBA 1NH7A 1SQYA 3MWBA 4ZS9A 2YPNA 2I58A 3TZAA 3OO8A 5L9SA 2XXRA 3U93A 4QFPA 1MDP1 4JSOA 1LGBC 1JVXA 3TQLA 1MY1A 1B05A 4OYVA 1NL5A 1JVYA 3V5AA 1FQCA 1II5A 3H6VA 3VFJA 3VE1B 1D3KA 4GWOA 2I4CA 1MRPA 3P7IA 3CG1A 3CRBA 1POY1 3OEKA 2H4IA 4DE8A 1B1XA 3FXUA 2ZNSA 3LUYA 3KEIA 3H6TA 3L6GA 4QFOA 2F5XA 2PVUA 1LFHA 4ZEKA 3IAZA 4ZEFA 3HV1A 5FHNA 3KSXA 1R1NA 4U22A 3EPEA 1AMFA 2ZNUA 2HAVA 4NF6B 2PBWA 4H5FA 4MF3A 3IB2A 2F6GA 1QKAA 2O7IA 1ZMGA 4R6HA 1PBPA 3DP6A 3DELB 4U4SA 3PPPA 4NMYA 1Z7ME 5KCJA 5H8FB 3K6WA 4IGTA 1MH4A 3HHGA 2HZLA 5ICQA 4DCYA 2XD3A 3HCQA 4BDOA 5H8QA 3A3CA 2VD3A 2XXPA 1MXWA 2DQVA 3CVGA 2HXWA 3T9UA 3B6TA 3KN8A 3K2DA 3IO6A 2RCBA 1MS7A 5CMMA 4BDNA 4WKMA 3IOUA 4DCXA 3JZJA 3MZBA 1N04A 1LSTA 3QAXA 2F35A 2IA4A 3VVDA 2Q8JA 5IAIA 2YLNA 4ZEDA 5BUUA 3CR9A 3MVWA 4EXKA 1F9BA 5AA4B 4F19A 4WEDA 1FTOA 4PFWA 2Z8FA 4I9DA 2OLBA 3CI8A 3QSLA 1D9YA 3MVXA 3M3FA 4OEUA 3PUVE 3H7MA 4YB7A 1H44A 1L5TA 2XXQA 2LAOA 4YICA 1US4A 3SEWA 3HHFA 4KR5A 4OWDA 5JTYB 4JWYA 1N7WA 1P1UA 4OMBA 4X9TA 3H4ZA 4N13A 1S50A 1MQDA 3FVNA 4U21A 2Q2CA 4BLAA 2DXYA 3MZ9A 1QVSA 4MFIA 1Y4TA 4ZE8A 1JETA 4IO7A 5BWJA 2UVIA 4PQJA 1B3HA 1P1QA 3FIRA 5ISUA 5DVJA 3U92A 1IITA 5CC2A 3AXFA 4F3BA 3MVYA 3PPRA 1YAEA 3PMWA 1LB8A 3MZ1A 4R75A 1B9JA 4I1DA 4LZ7A 1MPDA 4ECFA 2DVZA 2VGQA 1YPNA 3TPAA 4F1UA 2XXYA 3O6GA 3ZKLA 4R73A 1A8EA 2Y7WA 1IUDA 5DVIA 1SW1A 2FNCA 3G3KA 3K1MA 4H65A 3WAEA 3FASA 4G8NA 3KN3A 3OO7A 3OSRA 1I6AA 1EH3A 2I3WA 3FJ7A 3TQWA 1QKBA 5CRYA 2W7YA 3RN8A 3K0VA 1MXUA 3TTKA 4P11A 1ZIUA 1GV8A 2ANJA 3S9LC 1OIBA 4RJZA 1FQFA 5DEXB 4LZ8A 1MM7A 1B40A 3MVZA 4PFTA 4PFUA 3D4CA 1A55A 4NF8B 4H8JA 4ISUA 3C9HA 2H99A 3VV5A 3IOWA 4LATA 2NUVA 4Z0IA 4F1VA 3G3FA 4LQ5A 3K00A 3PUXE 4NF5A 3N94A 1GVCA 1B7UA 1TWYA 2I0CA 2DE4A 2O84X 5FTIA 3C32A 4OZ9A 2XXUA 4BDRA 3ILTB 4RYAA 4PFYA 4OERA 1ZU0A 4YB5A 4IO6A 3RTFB 3F11A 4KYEA 3W15C 4G2ZA 1VR5A 2DYXA 3N6TA 2XHDA 4LONB 2GRVA 2R71A 2D3IA 4C0RA 3FVGA 4G77A 2PMSA 2ALUA 1AL3A 3OENA 1M5EA 3O66A 3D4GA 3OO6A 3TTLA 4F3PA 4JWOA 3V83A 1POTA 1D9VA 3IO4A 3B6QA 2DWIA 3OMBA 1KWHA 4GF8A 3VLVA 2Y7RA 3MP1A 4H5GA 4KD5A 2Y7IA 4GXSB 4R74A 3M3LA 3TYHA 3OXNA 4POXA 3CSGA 4Q5TA 2O51A 1S7YA 2B3BA 2PT2A 5H8NA 1I69A 3V8XB 4YMBA 4O3BA 3VDFA 4P0IA 2IEEA 3PD8A 4HCWA 5I59A 4ELRA 2CZLA 1B52A 4ELQA 1TFDA 2XXXA 2UVGA 4GRKA 3BBRA 1B0HA 3U94A 3MUQA 3CG3A 4ZZEA 3RGYA 2V3UA 4QFNA 3FD3A 3O9PA 5DTBA 2Q9TA 5I2KB 1B3GA 2VP1A 4U4XA 4BDLA 3T9VA 1M5BA 4OETA 1B46A 2I3VA 1SVXB 4DDDA 5KDTA 2ONRA 2QMWA 3OELA 2P0SA 1JW4A 1PB9A 5EHSA 2DWJA 1RYOA 1EZ9A 5AA1A 2OCUA 3KSJA 5A5XB 3GZGA 2QMXA 4GVOA 2V3TA 4R9FA 3G3JA 3MPLA 2OBGA 5L9MA 4QRZA 3HSTA 3MAMA 1UQWA 3MBPA 1QW0A 1WVJA 4KFQA 2QS3A 5H8HA 3UA8A 3PV0E 4X48A 1UTBB 3R6UA 1QUJA 1VSOA 1IEJA 4EF1A 1S9TA 4MH5A 5K2XA 5I58A 2VOZA 4YKPA 3SETA 1B0LA 4Q30B 3K6UA 2XXTA 4GL8A 2XXVA 3SKPA 2PYYA 2OJTA 4NE4A 4PETA 3IK6B 4YZZA 3TFLA 3PD9A 3ECRA 5LOMA 1FQBA 2F36A 1MY2A 1A99A 1HSJA 4F1YA 5I57A 2B65A 1MY3A 1LAXA 4AQ4A 2X7PA 3I6VA 2I6EA 3ZKKA 4RNSA 1BLFA 3ONMA 1I6QA 1CB6A 1FCKA 3IB1A 4MLQA 3EQ1A 1HSEA 4IGRA 3MP8A 4OXVA 1PEBA 1Y9UA 4ZECA 3QUFA 5TPAB 1MQJA 1A40A 1ELJA 1UTHA 4PP0A 1P1NA 1IQ7A 3TCFA 1LCFA 4OENA 4R2FA 3RT8A 1B51A 2XXIA 1AOVA 1XOCA 3LBSA 5CBRA 1Y4CA 3LR1A 4XIGQ 3TEPA 2ZYKA 1NNPA 1MH3A 2GHBA 4NF5B 4U23A 3U1OA 3H6UA 5F7VA 3Q28A 2F7CA 4G68C 3EHTA 4KI0E 1DSNA 4GL0A 2GH9A 1IXGA 2THIA 4F2QA 3GBBA 3IJOB 1URGA 4R72A 1LCTA 2R9JA 4YKJA 3C31A 2O7UA 1ZLQA 3IX1A 3O6HA 4KCDA 5FHMA 3RTWB 3OSQA 1LAHE 3THIA 4F18A 3HN0A 1N84A 2Q89A 2I48A 1MQIA 3C4MA 3K02A 4F39A 3RPWA 1MXXA 2Z22A 3KN7A 4FJPA 3E9XA 5J1DA 1MG1A 1JNFA 5AE4A 4DXBA 2ZNTA 3W9WA 4OFLA 3T9XB 4BDQA 3I5OA 3E4RA 1QULA 2DE2A 4M4GA 2HZKA 1LFIA 3UP9A 1B2HA 2UXAA 4EDPA 1OVBA 2UYEA 3GLBA 1H76A 3TDJA 3O2AA 2DXRA 3LSLA 4WEPA 3O97A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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