3UK4A

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with 1,2,5-pentanetriol at 1.98 a resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine lactoferrin Complexed with 1,2,5-Pentanetriol at 1.98 A Resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Hydrolase
total genus 112
structure length 335
sequence length 335
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-11-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3uk4A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3uk4A02
1N04A 1TFDA 4NF4A 1Z7NE 1SI1A 2HAUA 3TQWA 3K1NA 4ZEFA 3W15C 5DYHA 1N7WA 4IY5A 1D9YA 4QF9A 3TTRA 5TP9A 3VV5A 4DCXA 1ZBMA 5I84A 2QJEA 5CMMA 4BDOA 4OEUA 5KZTA 2QS4A 3FUZA 3MW0A 4H0WA 4H5GA 4PQJA 5CI5A 2IA4A 1Y1MA 2UXAA 1B05A 4GWOA 3O28A 3MPLA 3BKIB 4U21A 2AL4A 4EF2A 4F3PA 1MH3A 4FORA 4Q8RA 3DM0A 3B6TA 3H4ZA 1PBPA 1YPNA 4LZ8A 4F2QA 1VR5A 2QMWA 1AL3A 3HHFA 3OOAA 4NF6A 5FHMA 1Y3NA 1QUIA 4GL0A 1M5DA 4BDMA 4R74A 3VFJA 2P0SA 4PP0A 2OWTA 2E1SA 5EYFA 2O84X 3Q25A 4MBPA 4NWCA 3RLFE 2OJTA 1FTOA 2F5XA 4OXVA 5KCJA 3FASA 3VVFA 1N84A 5TPAB 4R9FA 3TCGA 3QXMA 3SESA 5IAIA 4FEDA 3FJMA 4NE4A 3QUFA 3JYRA 4JB7A 1B46A 3S9NC 2W7YA 1FQBA 5TU0A 1OIBA 1JEUA 1XT8A 2I0CA 5M2VA 4ZZAA 1ZTYA 1B52A 1B5IA 3A09A 1IXCA 2XX8A 2HAVA 2XD2A 1MXWA 1MPBA 1CE2A 3G3IA 3EPEA 2HEUA 4EUOA 1NMUA 2ZNTA 4ESWA 2ONRA 4F3SA 2V93A 5I59A 2O1LA 3JV9A 3CR9A 3N26A 4THIA 2QS2A 3H03A 1H44A 2VP1A 2UVIA 1LSTA 1BIYA 3CFXA 3TCFA 4IO4A 4MLVA 4F1YA 5AA4B 1NFTA 3BFUA 3IJOB 4GVOA 1Y4CA 4EDPA 3MP8A 3C35A 2Y7KA 3VVDA 3KG2A 5K2XA 1MDQA 3K6WA 3HN0A 3GBAA 4P11A 3PMVA 3PD8A 4OFJA 1LB9A 3KN8A 4Z7EA 3U92A 3TDJA 1JW4A 3L6HA 5TPAA 1B0HA 1MY3A 3UN6A 5I2NA 4P0GA 2ZYMA 3Q28A 3AXFA 4IB2A 3LSWA 1GTKA 1R9QA 5AE4A 4KYEA 1A7LA 2Q89A 4QFKA 4M1VA 2RCAA 4OMBA 5L9MA 1MQGA 3N5LA 4NWDA 4G68A 1MXZA 4IO3A 3T9XB 4GD5A 1SD3A 1TXFA 2ZYKA 4MF3A 1IIWA 3HHGA 1IXGA 3ILUB 3TYHA 3LUYA 5FTHA 1LCTA 5EHSA 3CFLA 1IZ1A 4G8HA 3TKDA 2O68A 4YICA 2PMSA 3KSXA 1JNFA 5DEXA 1LBCA 3UGWA 3RQTA 3LR1A 3USDA 5DTBA 2RF1A 3SERA 4YKKA 3B7DA 1S7YA 4OFLA 4JDFA 3FXQA 1ZIUA 4KPTA 3VDFA 1NNKA 3FVKA 4XKRA 5JEIA 1H3DA 3RGYA 1TT1A 4IGTA 1B4ZA 1L5TA 1PC3A 3ILTB 5AA2A 4DIGA 3GZGA 1MM7A 3MJNA 4EQ9A 2ESNA 1LLSA 3UORA 3MWBA 2VD2A 5JK4A 4XKPA 4I1DA 2NOOA 3PV0E 3H6UA 3KGCA 2DYXA 1NNFA 5H8HB 3K00A 1MY4A 4U1OA 3TZAA 3RPWA 2GH9A 3OO7A 5HBCA 5ISUA 1Y1ZA 3FD3A 2O51A 4DLDA 3TCHA 1Y3QA 1SYHA 1QULA 4BLAA 3K0VA 1P1NA 2X26A 3U1OA 3S9LC 3RNNA 1Y20A 3PUVE 4NF5A 5JTYB 3TEPA 2Q9TA 1A55A 1I6AA 3BBRA 2HFBA 1AMFA 1SYIA 4DE8A 3H6TA 3OSRA 3S9EA 1MG1A 3K01A 2QL3A 4U23A 2QS3A 4M4GA 4IGRA 3MUQA 4X1BA 2V84A 2DE3A 5L9OA 4MFIA 3ZS6A 3PPRA 4TQUQ 2D3IA 2RC9A 1MXVA 3CG1A 4ONYA 4KD5A 5A5XA 4LQ2A 3I3VA 3DP8A 3MVZA 1NKXA 4Q0CA 2ONSA 2I3WA 2V3QA 4F3GA 2XXUA 4LZ5A 1SW4A 3K2DA 2XXQA 4YB5A 3TUSA 3IOVA 3S4UA 5CBSA 4G8MA 3QIMA 2R9JA 2H98A 4C1UA 3PMWA 4I8CA 1H76A 2DQVA 5HM4B 3B6WA 4ISUA 4R6YA 2QRYA 4N13A 2OZZA 1POY1 1B7ZA 2VGQA 4BDNA 1EZOA 4RPNA 3RN8A 2UYEA 5JTYA 4KHZE 4P0IA 1IQ7A 3TELA 2FNCA 3R7XA 4OESA 1SBPA 1N3WA 4Z0IA 5ITPA 2A5TB 3IB0A 1LAFE 3FV1A 4QFOA 5J1DA 1Y4TA 2H9BA 3EF7A 2VOZA 4WKMA 4TLMB 2AL5A 2FA7A 2DVZA 4C0RA 3FVGA 2ZNUA 3ZKKA 2DVCA 5H8QA 4R73A 4R2FA 1FW0A 2THIA 3WAEA 3IL1B 1GGGA 4ESXA 3LBSA 3H06B 3U94A 4YMBA 1MDP1 4YMAA 2REJA 3PPQA 3V83A 1FTJA 1B3EA 1DOTA 2HZLA 1T0KA 4R6HA 5CBRA 4YKJA 3OO6A 3OSQA 1SI0A 4JWXA 4NTLA 4JSOA 2DE2A 4OHNA 5BWJA 4WEPA 3Q27A 2XXRA 4NMYA 4F31B 4O3BA 4I62A 3O9PA 4ELOA 1Z7ME 5CMCA 4I9DA 4ZEDA 2Z8DA 3HPIA 2O69A 3C34A 3PU5A 3I5OA 5F7VA 1XOCA 1B3GA 2QPQA 4ELRA 4QHQA 4AB5A 1KWHA 2XXTA 1FCKA 3H6VA 3O66A 2RKMA 2F8DA 4F39A 4FJPA 4XIGQ 1URSA 2B3BA 3T66A 3FXUA 3ONMA 1BP5A 4IO5A 3H7MA 2QS1A 1LFIA 1H45A 4QSEA 3EN3A 3KJTA 4WEDA 1PBQA 1IXHA 1WVJA 1UTBB 3OMBA 1P1OA 2H25A 3OEKA 1D3KA 3TODA 3KN3A 3ZKLA 1N3XA 3ZSFA 2O7IA 3LSFB 1JVYA 1MQIA 2E0SA 2OCUA 4OEVA 1QVSA 1OQHA 3PUYE 2I6EA 3UA8A 4F22A 4U22A 2RCBA 1MY1A 1QKAA 4R75A 4RK2A 1Y9UA 1MXYA 2RC8A 1MY2A 2OK2A 3V89B 2BJJX 1I69A 3GBBA 3OXNA 1MXXA 4IO6A 1B5JA 3HV1A 5I2KB 5CRYA 1XS5A 3VLUA 1JW1A 2PT2A 2F6GA 5ELVA 1LFHA 3PUXE 1FQCA 5AA1A 1B1HA 1AIVA 1MQHA 1ATGA 4KYDA 3FJGA 5H8SA 2F7AA 2P1SA 4KFQA 4DXUA 4GXSB 2YJPA 1B0LA 3H6WA 3WAFA 1ZJLA 4XKNA 3VXBA 4KCDA 3C9HA 1P99A 3G3HA 3CI8A 3MVWA 4RK9A 2D5WA 2ZYOA 4H8IA 1O7TA 4U4XA 2DE4A 2I49A 4EXKA 1NH7A 1UTBA 2NVUB 4C1TA 3ODBA 3T9UA 4G68C 4PE5B 3TTMA 2VD3A 3SETA 1YCJA 4E0WA 3MZ9A 1OQGA 2I3VA 4F2OA 2GHBA 2ALUA 3MQ9A 3FV2A 2ZNSA 1DTGA 3KJ7A 1M5BA 1RKMA 1B3FA 1B2HA 4GQOA 2XXVA 4NEDA 4LVQA 2PT1A 1OVTA 5IKBA 1NH8A 3K6VA 2X7PA 1RYXA 3RY3A 2LAOA 1ANFA 3PPOA 1MXUA 4IO2A 3CSBA 1DPPA 2DWHA 2F78A 3RTWB 3PGFA 4DCYA 2Y84A 5I57B 4UACA 4G2ZA 1MPCA 1PB9A 4POWA 1DMBA 1SW5A 4U4SA 1M5FA 3EHTA 1HSLA 4O3CA 2ZXTA 3C32A 3IAZA 3FGSA 4HS7A 5DVIA 5AA4A 4YB6A 4ZECA 3W9WA 2I48A 3OO9A 1HSEA 1GR2A 1O64A 2I0BA 1A54A 4IY6A 2V3TA 3VE1B 5DVJA 4R2BA 1JVXA 3C4MA 4ZEIA 3KZGA 3SEYA 2OWSA 4FAJA 3G7WA 1H43A 2Q2CA 3EHSA 3V8XB 4K3FA 3O97A 1POTA 1D9VA 4ZS9A 1B40A 4N07A 5CM6A 1PB8A 1B3HA 3SDFA 1LFGA 1MQDA 1P1QA 2XXHA 4E0XA 5I56B 3SEVA 4GOTA 1IEJA 1HSJA 1B58A 2DWJA 2NXOA 3BFTA 4F19A 5H8NB 1RYOA 4LUBA 3IO6A 2I4CA 1OLAA 1OMPA 4KR5A 3F11A 1VSOA 2V25A 3KOTA 2REGA 1FQEA 3TAJA 2FYIA 1ELJA 4GRKA 3R26A 2G93A 3GXAA 1A8FA 3KSJA 2XXXA 2R71A 3E4RA 1IUDA 2I58A 4FE8A 2O1MA 4YKIA 4JXIA 4DXBA 3A3UA 4PFWA 2R6GE 2Y7WA 4R9GA 3HSTA 5CMKA 4OZ9A 3S2VA 3CSGA 3O29A 1FQAA 3PMXA 3OELA 5FHOA 3N6UA 2A5SA 2UVGA 5L8DA 2G29A 1EZPA 1QUJA 5AA2D 1A99A 3IOWA 3A3CA 1DPEA 3MVYA 4FIMA 1IXIA 2Z8EA 3TTKA 3GLBA 2ONKE 3FIRA 3C36A 5H8HA 3O6HA 3M8UA 2OBGA 5I56A 1JEVA 3KN7A 1SW1A 4OERA 5CMBA 1PEBA 4F29A 3TTNA 1ZU0A 1URDA 2Y7PA 4EXLA 5HPQA 2XXWA 4TOZA 3MC2A 3M3KA 4MH5A 5I58B 5TP9B 2XX7A 4QRZA 4OENA 3UP9A 3TMGA 4RPOA 4HW8A 3O6GA 2XD3A 4YZZA 1R9LA 2GHAA 3FXRA 1AOVA 4PFTA 1WODA 3M3FA 4OVJA 2B3FA 2ZMBA 3G3KA 3K6UA 1JETA 4YKPA 3N94A 3V5AA 2UVHA 2HQ0A 3S9MC 2PX1A 5ITOA 3E13X 3PPPA 1OVBA 3FATA 3CRBA 4R6KA 1NNPA 3G3JA 5L9SA 3VLVA 4KQPA 3C31A 4MLQA 1VFDA 4BDQA 4JWYA 2VHAA 3TFLA 4NF6B 1N7XA 1ZMGA 3K4UA 2Z8FA 2CMOA 2M8CA 2QMXA 3T96B 4PFYA 3Q29A 4HCWA 1O63A 1UQWA 1MRPA 4HCYA 4AQ4A 1QUKA 4H65A 3VLWA 1P1WA 3IB1A 2Y7IA 5KCJB 2DWIA 1J1NA 4U1ZA 2YLNA 4ELQA 3DP4A 5I58A 4QFLA 3SEWA 1LBBA 4XKQA 1QKBA 1II5A 3D4GA 1BTJA 1PB7A 3LSXA 4PFUA 1LAGE 3HCQA 2A5TA 1MY0A 4JWOA 1JW5A 3W9VA 2DOJA 2ANJA 3PUZE 1B4HA 2GFEA 1IITA 3P7IA 3OD7A 1AH5A 3UIFA 5I59B 3O2AA 3HO7A 1LGBC 3U93A 4EQBA 1TWYA 4RY1A 2P2AA 3K1PA 3KFMA 4RYAA 4GLIA 3OEMA 2HZKA 3MBPA 3TQLA 3IO4A 1SDXA 4LP2B 1ZLQA 3H3GA 4HTGA 3OENA 4G8NA 3LC8A 1OLCA 1B7HA 3UK4A 2Z22A 1QJMA 3IJXB 5I2NB 1BLFA 2I4BA 4NF8B 3K1MA 3G3GA 3MZBA 5DVFA 4XXUA 2AIXA 4ZEBA 4FATA 4X48A 3QYTA 2O6AA 3K6XA 2D21A 4GL8A 1MQJA 4OQOA 1M5EA 1M5CA 1LAHE 5EHMA 1N0TA 4LATA 2F7CA 3CIJA 3KBRA 5B7DA 2GRVA 3RT8A 4KYSA 2DXRA 1CB6A 4G68B 2RC7A 4EQ7A 1YTVA 1FTMA 4DXCA 4QFNA 2QSXA 3MAMA 1TFAA 4X9TA 2F6PA 1B1XA 2UVJA 4ZEKA 1WDNA 1ZKBA 3CG3A 5FHNA 2Z23A 1EH3A 1LAXA 2XHDA 1S50A 5DEXB 4BDLA 4LZ7A 2F35A 1R1NA 5BUUA 3E3KA 4X1DA 2H5YA 3DLNA 1B7UA 1MM6A 3SEXA 1A40A 3MP1A 2DXYA 3KOSA 4ECFA 3RT6B 1UIVA 1MPDA 1B32A 3IX1A 4GIZA 4H1XA 1URGA 5AA2B 5I2KA 1UTHB 2WKYA 4NF8A 3TTLA 1I6BA 2Q88A 1SVXB 1D4NA 3T9VA 2F97A 1USYH 1XVYA 4RJZA 4JBZA 4G77A 5ICQA 3T22A 3PUWE 3DP6A 4YU0A 2F36A 3THIA 4OWDA 1FTKA 2NWJA 3QUJA 3FZVA 1GV8A 3MPKA 3O6IA 1S9TA 4QSCA 1MH4A 4U2RA 1XC1A 3I6VA 4ZE9A 2XXPA 2HCAA 3QAXA 1B9JA 4N6PA 5KDTB 3MZ1A 4NF5B 4Q5TA 4LONB 1XVXA 4ND9A 3L6GA 1N76A 1B6HA 2O7UA 2XX9A 5AA3A 3U8QA 1UIUA 3OO8A 4FECA 1B51A 4O3AA 4F1UA 4YB7A 3VXCA 3TPAA 4OETA 5B70A 3B6QA 4EF1A 3EHUA 1DTZA 3FVOA 2ABHA 2V3UA 4KCCA 2Y7RA 1SQYA 1B5HA 1FQDA 1UTHA 4OYVA 5K2YA 3PPNA 2YPNA 2IEEA 4JSDA 5A5XB 3R6UA 3IK6B 4F3BA 2XXYA 3VVEA 5FTIA 2PBWA 2HXWA 3PD9A 4DDDA 4Q30B 5H8FB 1B3LA 1US4A 5I57A 3SEUA 4F1VA 4PETA 4ZE8A 3RTFB 1LB8A 4H6DA 3Q26A 2DP8A 1VE4A 2OLBA 1Q1KA 2ZYNA 4OFOA 4ELPA 5KDTA 4FEBA 4POXA 5DT6A 3M3LA 5LOMA 2H99A 2PVUA 4WXJA 1USYE 3EQ1A 3E9XA 3CVGA 1LCFA 3KEIA 2AYSA 1XHYA 2PYYA 4L17A 1F9BA 1EU8A 4H5FA 1R6ZA 4DZ1A 3G3FA 3IB2A 1GVCA 5H8QB 2CZLA 2B65A 3MP6A 3DELB 3FJ7A 1DSNA 3ECRA 1Y3PA 4GXAA 4RA1A 4ZZEA 4IO7A 1JQFA 4NF4B 5CC2A 3IOTA 1MS7A 1Q35A 1NNTA 2DS9A 5H8NA 2Q2AA 3C33A 5H8FA 1US5A 2RINA 2DWAA 4LQ5A 4LA9A 4XTCQ 1I6QA 4AB6A 3IORA 2KLFA 1FTLA 4G4PA 1FQFA 2F7BA 2H4IA 1P1UA 3SKPA 1BKAA 2F34A 3CFZA 3IOUA 4ZDMA 4GF8A 3FVNA 4UA8A 4R72A 3IR1A 4H67A 4YAHX 3U72A 4OTEA 5F1QA 2XXIA 3K02A 1A8EA 4QFPA 2NUVA 4RNSA 4RXLA 3LSLA 3MVXA 3RUMA 3N6TA 3D4CA 3QSLA 4F18A 1NL5A 3QK6A 1YAEA 1EZ9A 3T93B 2DSFA 4H8JA 4GFRA 1SW2A 1QW0A 3T9HB 4BDRA 3JZJA 4QSDA 1PDAA 4TLLB 1VFEA 4KI0E 2X7QA 2UYFA 2Q8JA 5ICTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XWOA 1N04A 1TFDA 4NF4A 1Z7NE 1SI1A 2HAUA 3TQWA 3K1NA 4ZEFA 2GQ1A 4O94A 3W15C 5DYHA 1N7WA 4OVPA 4IY5A 1D9YA 4QF9A 3TTRA 5TP9A 3VV5A 4DCXA 1ZBMA 5I84A 2QJEA 2FIXA 5CMMA 4BDOA 4OEUA 5KZTA 2QS4A 3FUZA 3MW0A 4H0WA 5FBPA 4H5GA 4PQJA 4JVDA 5IZ3B 5CI5A 2IA4A 1Y1MA 2UXAA 1B05A 4GWOA 3O28A 1KA0A 3MPLA 3BKIB 4U21A 2AL4A 3IFCA 4EF2A 4F3PA 4DI3D 1MH3A 4FORA 4NN3A 4Q8RA 3DM0A 5F24A 4N8GA 3B6TA 3H4ZA 1PBPA 4MNCA 1YPNA 4LZ8A 4F2QA 1VR5A 2QMWA 1AL3A 3HHFA 4N4UA 3OOAA 4NF6A 5FHMA 1Y3NA 5J16A 1QUIA 4GL0A 1M5DA 4BDMA 4FBPA 4R74A 3VFJA 2P0SA 4PP0A 2OWTA 2ZZWA 2E1SA 5EYFA 2O84X 3Q25A 4MBPA 4NWCA 3RLFE 2OJTA 1FTOA 2F5XA 4OXVA 5KCJA 3KC1A 3FASA 3ROJA 3VVFA 1N84A 5TPAB 4R9FA 3TCGA 3QXMA 3SESA 5IAIA 4FEDA 3FJMA 4P56A 4NE4A 3QUFA 3JYRA 4GX4A 4JB7A 1B46A 3S9NC 1G0HA 2W7YA 1FQBA 5TU0A 4HE0A 1OIBA 1VDWA 1JEUA 1XT8A 2I0CA 5M2VA 4ZZAA 4OVSA 1ZTYA 1B52A 1B5IA 3A09A 1IXCA 2XX8A 2HAVA 2R8TA 2XD2A 1MXWA 4MNPA 1MPBA 1CE2A 3G3IA 3EPEA 2QFLA 2HEUA 4EUOA 1NMUA 2ZNTA 4ESWA 2ZZXA 2ONRA 4F3SA 2V93A 5I59A 2O1LA 3JV9A 3CR9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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