3UK4A

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with 1,2,5-pentanetriol at 1.98 a resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine lactoferrin Complexed with 1,2,5-Pentanetriol at 1.98 A Resolution
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 112
structure length 335
sequence length 335
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-11-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3uk4A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3uk4A02
4OTEA 4GL8A 4L17A 4NF4A 2ZXTA 4POWA 4ZDMA 1S9TA 3QXMA 2VD3A 2XXUA 5KZTA 1TT1A 2DWAA 1CB6A 5CM6A 2V84A 5F7VA 4NMYA 4GRKA 4F18A 3IJXB 3L6HA 2DVCA 3JV9A 4KYEA 4G8MA 4LONB 3RUMA 1Y3QA 3UN6A 4FJPA 1UIVA 3CFLA 3MP1A 1OQHA 3TTMA 3BFUA 2Z22A 3M8UA 4C1TA 3OXNA 3TUSA 4G68B 2VHAA 3KG2A 1BTJA 2KLFA 1B5HA 1YCJA 3TTRA 4KCCA 4PFWA 5A5XB 2O7UA 3IB0A 3OO8A 1US4A 1LBBA 4OESA 4X9TA 1MY3A 3TFLA 4NWDA 3RPWA 2ESNA 4RNSA 4XXUA 3VV5A 5HPQA 1Q1KA 1D3KA 1SD3A 2I3WA 2RC8A 4OYVA 4ZEKA 4TLLB 3OMBA 4ESWA 1A40A 3SETA 1B32A 1QKBA 1FQFA 2OLBA 4FEBA 4OVJA 5DEXA 1Z7ME 4OFLA 4EQ9A 1EH3A 4ZZEA 1B5IA 1JW5A 1PB8A 2UYFA 4ZEIA 1VR5A 4PETA 4MF3A 4BDNA 1A8FA 4DE8A 4TQUQ 4AB6A 1LSTA 3TMGA 4WKMA 3PGFA 5EHSA 3GBAA 4RPNA 3V5AA 1XS5A 4JWOA 2Y7KA 3C4MA 3PMWA 1IUDA 2UVHA 3TKDA 3HHFA 1FQBA 4NF5B 3S9NC 1MM6A 1ZBMA 2XXXA 4DDDA 5I2NA 3RQTA 1UIUA 3KN8A 3K0VA 3I3VA 1AL3A 1MQIA 2AL4A 2THIA 1VE4A 5AA3A 5CMKA 5I56B 4JWYA 1A7LA 5I59A 4LA9A 3QYTA 4MBPA 4Q5TA 1MPDA 2DYXA 2F8DA 2I0CA 3CVGA 3T9XB 1JETA 1Y20A 1IITA 3K6WA 1PDAA 3CG3A 4DCYA 5J1DA 3FXRA 4F22A 1B0LA 3BFTA 1NFTA 4JB7A 2X7QA 2DE4A 4R74A 5KDTA 3OO6A 4R6YA 4GQOA 4IO3A 4ZE8A 5KCJB 3B7DA 3K00A 1QKAA 2V3UA 4K3FA 1ZKBA 2H99A 1P99A 2FYIA 3K1PA 5ITOA 3SESA 5HM4B 4G68C 4KR5A 2DP8A 1FTOA 3TEPA 5ELVA 3JZJA 2ZYNA 4NF8B 3LSFB 2UVGA 4KD5A 1USYE 4YMAA 2M8CA 1B3LA 2V3TA 4DLDA 3MVYA 2Q2AA 3W9VA 2QL3A 2DE3A 3FV2A 2Y7RA 4FORA 1MDP1 1A99A 5L9MA 1MY2A 1TFAA 4O3BA 3N94A 1MRPA 3S9MC 1B1XA 1B58A 3VXCA 4BLAA 2A5TA 3K01A 4C1UA 4DCXA 3S4UA 3MP8A 1N3XA 1GGGA 4DZ1A 4QSCA 4QFPA 5I57A 4LQ5A 1SW4A 1VSOA 1Y1ZA 2P1SA 3D4CA 3EHTA 3VLUA 3ZKLA 4DXUA 4F3BA 2HCAA 3SEYA 1NL5A 1AH5A 3BKIB 3M3KA 3S2VA 1DTGA 1H76A 1TFDA 4DXCA 4WEDA 1P1OA 2I4CA 1OIBA 1ZTYA 2Y84A 3RGYA 4GL0A 2YPNA 3QUJA 4PP0A 1M5CA 1URDA 1POTA 3SEWA 2XX8A 3TCHA 1MXUA 1B0HA 1N7XA 3Q28A 2DE2A 1MXVA 1I6AA 1UQWA 2H25A 3IORA 4IO5A 1AOVA 4U1OA 2F5XA 1OVTA 3GBBA 4JSOA 1LFHA 1IQ7A 5H8FB 1HSEA 1O63A 1B3FA 1NNFA 3UORA 2Z8EA 1IXHA 2O1LA 2VD2A 5CC2A 3TELA 3VXBA 2XXQA 3FJ7A 1M5FA 2XD3A 3VVFA 3O6IA 3R6UA 1PBPA 3N6UA 2D21A 4BDOA 1P1NA 2PYYA 3CSGA 2GHAA 2PMSA 3O9PA 3QAXA 1LB8A 3Q27A 4YMBA 5BUUA 3RN8A 1I6QA 2Y7PA 5KDTB 3QUFA 5B7DA 4F19A 2XXHA 2ABHA 3A3UA 3SKPA 4MLQA 4C0RA 4F1YA 3EHUA 3H7MA 3UP9A 3K4UA 3SEVA 3FATA 2DWIA 1NH8A 1II5A 1LFGA 1NNPA 1P1UA 2NOOA 2Q88A 3IB2A 4FECA 2O69A 4DIGA 1IZ1A 3H06B 1ZIUA 2V93A 4NWCA 4BDQA 5I58A 3QSLA 4ELRA 5H8HB 4U4XA 3EQ1A 4JDFA 3FJGA 4ZEDA 4FE8A 4U4SA 5AA2D 5H8QB 3TTNA 2H98A 3MPLA 5TPAB 1MG1A 3ILTB 3KOSA 3FJMA 4XKRA 5DTBA 3VVEA 4ESXA 5KCJA 3PMVA 4U22A 4IY5A 5EHMA 1OLAA 5L8DA 4YU0A 2XXPA 2QS2A 3GXAA 2X26A 5AA2A 1R9LA 4ELQA 2E0SA 1N3WA 4OQOA 3Q26A 4LQ2A 2VGQA 3CRBA 4YKPA 3PD9A 3T9VA 3E4RA 5JTYB 5I57B 1SI1A 3C31A 2HQ0A 4OETA 2ZYMA 1BP5A 4TOZA 2F34A 4P11A 3KBRA 3PUWE 3THIA 2D3IA 1FQCA 3PPPA 1B5JA 4RK2A 1JNFA 2R71A 2ONSA 4P0GA 5CBRA 1SW5A 2WKYA 1DOTA 3C35A 1SBPA 2Q89A 2OZZA 1P1WA 2XXIA 4OERA 1D9VA 4UA8A 4YICA 3O2AA 1ATGA 4H67A 1B7UA 5CI5A 4XKQA 4MH5A 1S50A 4G8NA 4P0IA 1MQDA 2G29A 3PPNA 1VFEA 3OSQA 1UTBB 1B7HA 1RYXA 2HXWA 2FA7A 4U23A 4RYAA 4KI0E 3IX1A 4O3CA 1MY0A 4E0WA 1MPBA 3O29A 3N26A 4JSDA 1XC1A 1D9YA 3LSXA 4GFRA 5I56A 4MFIA 3KN7A 4G77A 3T96B 4FATA 3A3CA 3H03A 1B1HA 3CFZA 2DS9A 3MJNA 4HCWA 4KYSA 3TTKA 3U72A 1GR2A 2O51A 3W9WA 3ZSFA 3ZS6A 2QPQA 5LOMA 2F97A 4FAJA 1PB7A 1BLFA 3DP8A 4GWOA 3IO4A 1B46A 4LVQA 4OFJA 3PV0E 4ZE9A 1QUIA 3QIMA 1XVYA 5K2XA 3RLFE 3KN3A 3C36A 3DELB 3E9XA 3G3HA 1NMUA 3KFMA 2F36A 4POXA 2DXYA 3RY3A 4QSDA 2LAOA 3FASA 5FHNA 4EXLA 1QVSA 1A55A 2RF1A 3KSXA 1B9JA 2NVUB 3VE1B 2IEEA 1QW0A 2W7YA 3G3JA 4WEPA 1YAEA 4IO6A 1QULA 4G4PA 3TQWA 3WAEA 3ODBA 4OXVA 1DPEA 2QS3A 1XVXA 2UXAA 1JW1A 4OFOA 4ONYA 2DWJA 5CMMA 3C34A 4I8CA 3U92A 3G3IA 1J1NA 4JXIA 5CRYA 4F1UA 3PUXE 2Y7WA 4JBZA 1B51A 1IXCA 1MS7A 1ZLQA 3LUYA 4G2ZA 4KHZE 3D4GA 4IB2A 3EPEA 4KFQA 4ZZAA 4H1XA 4NF8A 2NWJA 1XT8A 2R9JA 3H3GA 2Q8JA 5H8NB 4EDPA 1XOCA 4EUOA 3VLWA 2I49A 1JW4A 2QS4A 1Y9UA 2I6EA 2ONKE 3CG1A 1D4NA 2P2AA 1MQJA 3H6UA 3K6XA 3CSBA 4UACA 4YB7A 2DWHA 2PBWA 3PMXA 4YKIA 3TZAA 1IEJA 5I84A 4ND9A 3P7IA 4HCYA 2XXYA 1MDQA 2V25A 1NNKA 3BBRA 4JWXA 1L5TA 2QMWA 3H6WA 3IK6B 4GF8A 4NF4B 2HEUA 3HHGA 1Y4CA 1LGBC 4OEVA 5L9SA 2A5SA 4EQ7A 5ITPA 3FXQA 4QHQA 1NKXA 1MPCA 1FQDA 3R26A 2ZNTA 4IGTA 3VFJA 5I2NB 4BDMA 5JK4A 4XKNA 3KGCA 3F11A 1SYIA 3UA8A 3HPIA 1MM7A 3E3KA 3FVNA 3I5OA 1A54A 4U21A 5H8NA 2GH9A 3IOWA 4YAHX 3H4ZA 1GVCA 3FVGA 3IR1A 3TCFA 3WAFA 1RKMA 5TP9A 5I2KB 1AMFA 2YJPA 5DVIA 3UIFA 1EZOA 1UTBA 4RPOA 1M5DA 3EF7A 4IY6A 3VDFA 5CBSA 1ZMGA 1O7TA 3KEIA 2XXWA 1CE2A 4ECFA 5A5XA 3S9LC 5JEIA 3MUQA 1SQYA 1MQGA 3LSLA 1LLSA 4E0XA 3MVZA 4R6HA 5TPAA 4N6PA 4X1BA 2O6AA 2XXTA 4AB5A 1B3GA 4F1VA 4THIA 4Z7EA 2CMOA 3TQLA 3ILUB 1VFDA 4Q30B 4R75A 2H4IA 4PFYA 4YB6A 3OELA 3K2DA 3TAJA 5AA2B 5AA4A 2R6GE 2P0SA 1JVYA 2F78A 2OBGA 1SYHA 4NEDA 3T9UA 4ZEBA 1ZJLA 3KJTA 4BDLA 2ZYKA 3UK4A 5I58B 2ALUA 3HV1A 2D5WA 3OEKA 4YKKA 3SDFA 4EQBA 1ELJA 2A5TB 2IA4A 2OCUA 4H8IA 4IO2A 3SEXA 5BWJA 4OEUA 4MLVA 1B52A 2QSXA 3PPQA 4NF5A 1M5BA 2RC9A 5ICTA 3OSRA 2HZLA 3IB1A 2NXOA 3H6VA 3FXUA 5H8QA 3PUZE 4QFLA 3OEMA 1JEVA 3IL1B 3U8QA 3SEUA 1H3DA 2H9BA 4H5GA 1Y4TA 1LAFE 1I69A 3U1OA 3K6VA 4Q8RA 1SW2A 2XXVA 3IOTA 5DYHA 3OO9A 1FTJA 4ELOA 4LZ5A 1B4ZA 4F39A 3EHSA 4I9DA 4PFUA 4EF2A 1AIVA 1N7WA 1YPNA 2RINA 1PC3A 2XX9A 4R72A 4F3PA 4PE5B 3FD3A 4BDRA 2XX7A 4Q0CA 1MH3A 3V8XB 2Z8FA 1Q35A 1ZU0A 3PU5A 2O68A 3PD8A 4R2FA 4G8HA 3TPAA 1B2HA 4LP2B 4U2RA 1MXWA 4R2BA 2F7CA 4ZECA 4HW8A 1N84A 1NH7A 4HTGA 3JYRA 3GLBA 1H45A 3VVDA 1R6ZA 2HAVA 1UTHB 2ZMBA 4ELPA 3DLNA 2V3QA 3O6HA 1ANFA 5H8FA 1B05A 4NF6B 4F31B 3KZGA 1TWYA 2I4BA 2ZNUA 2ZYOA 1F9BA 1RYOA 4KPTA 5FTIA 4KYDA 2I0BA 4QFNA 5CMCA 4WXJA 4AQ4A 1IXIA 3SERA 2PT1A 2AIXA 2RCBA 1PBQA 2ZNSA 3C33A 3DP6A 3M3FA 4GD5A 5FHOA 3OD7A 1GV8A 1I6BA 3MVWA 4YZZA 4F29A 4XKPA 3LR1A 3RTWB 1FTMA 4FEDA 3LBSA 2BJJX 1Z7NE 5FTHA 2DSFA 1JQFA 1R9QA 3Q25A 4GLIA 5DT6A 3ZKKA 2O84X 2RC7A 4KQPA 4U1ZA 1SVXB 1FTLA 4HS7A 2VP1A 2F7AA 1H43A 1USYH 4M4GA 4ZEFA 1QUJA 1B40A 2UVIA 1EZPA 5DEXB 1WVJA 5DVJA 1JVXA 1URGA 1B7ZA 3I6VA 3AXFA 3FIRA 3IOUA 3O6GA 5H8SA 3A09A 1LB9A 3PUYE 2XD2A 1GTKA 1FW0A 2QS1A 3LSWA 1WODA 2UVJA 2FNCA 3IOVA 3R7XA 2H5YA 1OQGA 3M3LA 5EYFA 5K2YA 2OWTA 1POY1 1BIYA 2I58A 2F6PA 4ISUA 3MZ9A 2RCAA 5CMBA 4XIGQ 3DP4A 3K6UA 1DMBA 3TTLA 2NUVA 3RTFB 1IXGA 3B6WA 3FVOA 3MZ1A 2PT2A 4EXKA 3CIJA 5JTYA 4R9FA 1OMPA 4QFKA 3HO7A 3MWBA 1R1NA 5TU0A 2O1MA 2I3VA 2QMXA 3DM0A 3KSJA 1O64A 4QRZA 5M2VA 3U94A 1HSLA 3G3KA 1DSNA 1MXYA 1S7YA 3FZVA 3MBPA 3N6TA 4GXAA 3IJOB 3Q29A 1DPPA 1B3EA 1B4HA 3H6TA 5F1QA 3RT8A 5I59B 1YTVA 2Y7IA 4H8JA 5ISUA 5DVFA 4NF6A 1LAGE 2B65A 4OWDA 3RT6B 4IO4A 1H44A 2VOZA 4QSEA 3O97A 4RK9A 2XHDA 1P1QA 1US5A 4H5FA 3GZGA 3TYHA 5I2KA 3E13X 3T93B 1N04A 1DTZA 2ONRA 4O3AA 1UTHA 4PFTA 1B6HA 2E1SA 4H65A 1LCFA 3FGSA 2OJTA 1KWHA 3G3FA 4F2OA 2QRYA 1A8EA 3K1MA 3ONMA 1N0TA 4R73A 1SI0A 2AL5A 3CFXA 2UYEA 1OLCA 5TP9B 1SW1A 1LAXA 2Q2CA 3CR9A 3IO6A 2F6GA 1QUKA 3MZBA 1PEBA 2DQVA 1PB9A 2OWSA 3G3GA 3MPKA 4LUBA 4TLMB 3T66A 1WDNA 3HCQA 2X7PA 3TODA 2QJEA 1BKAA 3MP6A 4G68A 4GIZA 4OENA 3MQ9A 1QJMA 3FUZA 1EU8A 3KJ7A 3PPRA 4H6DA 4QFOA 4R9GA 3TCGA 4I62A 3MW0A 4OMBA 4RA1A 5IKBA 3UGWA 3B6QA 1LBCA 3N5LA 3ECRA 1SDXA 4IGRA 2CZLA 2RKMA 4LZ8A 5AA4B 3S9EA 2Q9TA 1Y3NA 3B6TA 3FVKA 2Z8DA 3O66A 2HZKA 3HN0A 1JEUA 1Y1MA 3OO7A 4ZS9A 3V89B 3VLVA 5HBCA 3HSTA 5FHMA 4EF1A 4H0WA 1LCTA 2B3BA 1IIWA 1EZ9A 1M5EA 1MQHA 1MXXA 2F7BA 2Z23A 3MC2A 1URSA 4I1DA 4KCDA 2I48A 4LATA 1FCKA 1B3HA 3CI8A 5H8HA 2DVZA 1LAHE 1N76A 4QF9A 1XHYA 3PUVE 3RNNA 5ICQA 2ANJA 3V83A 1OVBA 2DOJA 2B3FA 2F35A 2GFEA 4RXLA 2OK2A 1MY4A 3MVXA 4X48A 1LFIA 3USDA 2HAUA 1T0KA 4YKJA 4RJZA 3W15C 4DXBA 3C9HA 4LZ7A 1FQAA 4NTLA 4X1DA 4GXSB 4XTCQ 5AE4A 4R6KA 3FV1A 3L6GA 2AYSA 2YLNA 3OENA 3U93A 1MXZA 3PPOA 3OOAA 4FIMA 2PVUA 5AA1A 4IO7A 4OHNA 3IAZA 1FTKA 2O7IA 4N13A 5B70A 5L9OA 4RY1A 4F3GA 2GRVA 2DXRA 2REGA 3K1NA 3G7WA 4NE4A 4F2QA 1NNTA 4N07A 1HSJA 1MH4A 2G93A 2REJA 3O28A 4GVOA 3TDJA 4Z0IA 4YB5A 1TXFA 3KOTA 2PX1A 2GHBA 3T9HB 3EN3A 3LC8A 4GOTA 3K02A 3QK6A 1MY1A 4M1VA 4PQJA 2XXRA 2HFBA 4OZ9A 3MAMA 1Y3PA 4F3SA 1FQEA 3C32A 3T22A 5IAIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OTEA 2VD3A 2V84A 4NMYA 4GRKA 3IJXB 3L6HA 4KYEA 3UN6A 4G8MA 1Y3QA 1UIVA 3MP1A 3TTMA 2Z22A 4C1TA 4G68B 1BTJA 4KCCA 5ET7A 1LBBA 4NWDA 4XXUA 3VV5A 1SD3A 2RC8A 4ESWA 1B32A 1FQFA 4JVCA 5DEXA 1EH3A 1FRPA 1A8FA 1FPJA 1LSTA 4RPNA 1XS5A 2Y7KA 1IMBA 1FQBA 3S9NC 2OX3A 3I3VA 1VE4A 5AA3A 5CMKA 2WYPA 5I59B 1IITA 4DCYA 3CG3A 4F22A 4R6YA 4O7IA 4ZE8A 3ROJA 3B7DA 4K3FA 2R8TA 2FYIA 3NOHA 2ZYNA 2UVGA 4KD5A 2M8CA 3FV2A 1A99A 4P3LA 1NV1A 4BLAA 2A5TA 3K01A 5IZ3A 4HE1A 1GGGA 4LQ5A 1SW4A 1Y1ZA 4PCDA 3EHTA 3VLUA 1AH5A 3M3KA 1YZ0A 1OIBA 2Y84A 4GL0A 4PP0A 2WEFA 2XX8A 1AWBA 1I6AA 1UQWA 4IO5A 2F5XA 3C32A 4N15A 3GBBA 1IQ7A 1HSEA 3UORA 2VD2A 2O1LA 4N8GA 3FJ7A 4O8MA 3R6UA 1PBPA 2PYYA 2PMSA 4N91A 5BUUA 1I6QA 3QUFA 4F19A 2ABHA 4F1YA 3EHUA 1CNQA 4N8YA 2DWIA 1II5A 5IGAA 2V93A 5I58A 3QSLA 4FE8A 3FJMA 5KCJA 3PMVA 5EHMA 2XXPA 2PFYA 4MNPA 5AA2A 1R9LA 4ELQA 3CRBA 1BP5A 2D3IA 1B5JA 2R71A 5CBRA 4XF5A 2OZZA 4H67A 5CI5A 1S50A 4G8NA 2G29A 4DI3D 1B7HA 1D9YA 4GFRA 3KN7A 3H03A 1B1HA 3MJNA 1PB7A 4ZE9A 3RLFE 1NI9A 4JVDA 3C36A 1NMUA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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