The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
64
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structure length |
64
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Chain Sequence |
PLGSSDLGITAIALYDYQAAGDDEISFDPDDIITNIEMIDDGWWRGVCKGRYGLFPANYVELRQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Lysozyme contamination facilitates crystallization of a heterotrimeric cortactin-Arg-lysozyme complex.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Gallus gallus
|
| molecule tags |
Hydrolase, protein binding
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| molecule keywords |
Lysozyme C
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| total genus |
13
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| structure length |
64
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| sequence length |
64
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-11-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4J9B A; 4X1V A; 1FYN A; 2F2W A; 4RTY A; 3H0I A; 1X6G A; 2J6O A; 2KYM A; 4RTU A; 2FO0 A; 3JV3 A; 1IO6 A; 1AWO A; 1B3Q A; 1UHC A; 3NPF A; 3FJ5 A; 1AVZ C; 2DL8 A; 3M0U A; 2FRW A; 1Y57 A; 2DL7 A; 4OML A; 3RNJ A; 2KRM A; 2EYZ A; 4D8D A; 2J6K A; 4IIO A; 2J06 A; 1RUW A; 1E6H A; 1YNZ A; 2LX7 A; 3REB B; 1OPK A; 2E5K A; 4RTV A; 3ZL7 C; 4AG2 C; 2VVK A; 1LCK A; 1H92 A; 3REA B; 4LE9 A; 4RTZ A; 2EYY A; 2M0Y A; 3NHN A; 2OAW A; 3THK A; 1X2Q A; 4F16 A; 1PKS A; 3I9Q A; 2JXB A; 3VS2 A; 2BTT A; 2CSQ A; 2W0Z A; 1WA7 A; 2EGE A; 2HSP A; 1GL5 A; 2D8H A; 1M8M A; 1X6B A; 2O9V A; 1JO8 A; 3UAT A; 3O5Z A; 2YDL A; 4OMP A; 1QKW A; 5FWB A; 3RBB B; 1NM7 A; 1MV0 B; 2XMF A; 2KRN A; 2KYB A; 3M0P A; 1BBZ A; 2L0A A; 2KGT A; 1A0N B; 1SRL A; 2AK5 A; 2RQT A; 4J9D A; 1E7O A; 1GFC A; 3EG1 A; 2J7I A; 3VS4 A; 1OOT A; 2ROT A; 5FWC A; 4AFU C; 1ABQ A; 2DRK A; 3NMZ C; 5I22 A; 1T0H A; 2OJ2 A; 5IHK A; 4Z89 A; 1GFD A; 1AD5 A; 2YSQ A; 2PTK A; 5IXF A; 1WFW A; 2ESW A; 1UDL A; 2LJ0 A; 5L23 A; 2YUO A; 3VS7 A; 3VS3 A; 1AZE A; 2EQI A; 2O2O A; 2EW3 A; 2EPD A; 3TSZ A; 1UG1 A; 5ECA A; 2CH4 A; 1QCF A; 2HCK A; 1SHF A; 2CT3 A; 1M30 A; 4CC7 A; 1GRI A; 1GCQ C; 4J9H A; 4JJB A; 2LMJ A; 2CT4 A; 1K9A A; 2CUB A; 3H0F A; 3ULR B; 1UJ0 A; 2DF6 A; 2A28 A; 2EKH A; 2LQW A; 1B07 A; 1SHG A; 4QT7 A; 1UTI A; 1ZUK A; 2JW4 A; 5IHI A; 4ZNX A; 4AFZ C; 1SPK A; 2EYW A; 3VRZ A; 3H41 A; 1G2B A; 1E6G A; 1G83 A; 2L3S A; 1UE9 A; 2DJQ A; 4HVU A; 2ECZ A; 2O31 A; 3GBQ A; 1W70 A; 1TG0 A; 2JM8 A; 1H3H A; 2KE9 A; 2EGC A; 1T0J A; 1M3A A; 2LP5 A; 1RI9 A; 2GQI A; 2RF0 A; 2X3W D; 3EHQ A; 4J9C A; 1GCP A; 4J9G A; 4HVW A; 1UHF A; 1JXO A; 3QWX X; 3U23 A; 1WDX A; 1WYX A; 1S1N A; 4EIK A; 4OMM A; 1PKT A; 1GCQ A; 2B86 A; 4J9F A; 2KXD A; 1ZBJ A; 2PZ1 A; 4Z88 A; 2RN8 A; 1JEG A; 2BZY A; 2AZV A; 1UGV A; 4K11 A; 1WXB A; 1AWW A; 2EVR A; 2RMO A; 2NUZ A; 1UFF A; 5HCK A; 1T3S A; 1SEM A; 1AWX A; 1QWE A; 2MOX A; 1JQQ A; 2H8H A; 4J9E A; 3SEM A; 2K9G A; 2G6F X; 4A63 B; 2CUD A; 2HBW A; 3PVL A; 1HJD A; 1CKA A; 2KEA A; 2LNH B; 3UF4 A; 1I07 A; 2CDT A; 2DX1 A; 2CH4 W; 4OMQ A; 1T3L A; 5GJW B; 1MV3 A; 2CSI A; 1OEB A; 1JXM A; 2IIM A; 2JM9 A; 1M3C A; 1YWO A; 2ROL A; 1V1C A; 2JMC A; 2X3X D; 1EFN A; 2L2P A; 4LUD A; 1QWF A; 2FPF A; 2RQW A; 1M27 C; 1NEG A; 2FEI A; 3A98 A; 3I5R A; 1WXU A; 1TUD A; 3QWY A; 1AWJ A; 2LQN A; 4ORZ A; 3I5S A; 2DVJ A; 2KT1 A; 2DL3 A; 1H8K A; 4HVV A; 1HSQ A; 3NGP A; 1SRM A; 2NWM A; 1U06 A; 2DBM A; 2C0O A; 1ARK A; 2FG0 A; 2C0T A; 1QLY A; 2EYX A; 1HD3 A; 3VRY A; 4CC3 A; 2C0I A; 4WCI A; 4D8K A; 3SHW A; 4IIM A; 2BZX A; 2LJ3 A; 2QDL A; 1NG2 A; 1K1Z A; 1BB9 A; 4F14 A; 3EG2 A; 4HXJ A; 2ED0 A; 4AG1 C; 2F2X A; 5IH2 A; 3M0S A; 2KRS A; 1KIK A; 1JU5 C; 2O9S A; 1YN8 A; 3EGU A; 4GBQ A; 2DLP A; 1KJW A; 2J05 A; 2V1R A; 2GGR A; 4CC4 B; 1XOV A; 1WXT A; 1AZG B; 4OMN A; 1NLP C; 1NYF A; 1OV3 A; 2MCN A; 2JMA A; 1PHT A; 4JZ3 A; 1GBQ A; 4JJD A; 1K0X A; 4RTX A; 2DL4 A; 3IQL A; 1PNJ A; 3PE0 A; 2RQV A; 4ESR A; 1SSH A; 2JS0 A; 5IHN A; 1W1F A; 2DBK A; 1N5Z A; 1PRL C; 1TUC A; 2PNI A; 4Y92 A; 2GTJ A; 2BZ8 A; 1ZUY A; 1WLP B; 1GBR A; 2A08 A; 2J6F A; 2ED1 A; 2K6D A; 2DMO A; 2HEQ A; 2DNU A; 2K3B A; 3TSW A; 2JT4 A; 4HCK A; 2W10 A; 1VYV A; 2YUQ A; 3PVQ A; 1Z9Q A; 2FPD A; 3VS1 A; 1UUE A; 1W6X A; 2KT8 A; 5GJV B; 1PRM C; 1X27 A; 2ABL A; 4LUE A; 1KSW A; 2FPE A; 2F2V A; 1VYT A; 2YT6 A; 2AKL A; 5EC7 A; 2D0N A; 1CSK A; 2RPN A; 2DRM A; 4FSS A; 4KRT A; 1RLQ C; 2K7A A; 2YUN A; 2RQR A; 5IXB A; 2L3P A; 4LNP A; 4RTT A; 5FW9 A; 1YP5 A; 1ZLM A; 3H0H A; 4RUG A; 4RTW A; 1WIE A; 4E6R A; 2KR3 A; 1MUZ A; 1NEB A; 2DE0 X; 2DL5 A; 2KXC A; 1K0S A; 1M3B A; 2MIO A; 2JS2 A; 3EG0 A; 4DEX A; 3R6N A; 2DM1 A; 1RLP C; 1J3T A; 2A37 A; 1FMK A; 1KFZ A; 2DA9 A; 2D1X A; 1YCS B; 2KNB B; 2D8J A; 3LH5 A; 2K79 A; 4M4Z A; 4Z8A A; 2SEM A; 5I11 A; 2AZS A; 1K4U S; 1VYU A; 4OMO A; 1PWT A; 2DIL A; 2VKN A; 4AFS C; 1X2K A; 2K2M A; 3KFV A; 1ZUU A; 3VS0 A; 4CC2 A; 3C0C A; 1X43 A; 1Y0M A; 1QKX A; 4DEY A; 2OI3 A; 2JTE A; 1ZSG A; 4JPB W; 2CRE A; 3VS5 A; 4AFQ C; 4F17 A; 2FRY A; 1WX6 A; 2I0N A; 1NLO C; 1BU1 A; 1BK2 A; 1Z9Z A; 2HDA A; 3EG3 A; 2EBP A; 3UA6 A; 1ZX6 A; 1UEC A; 2L3Q A; 1UJY A; 2ENM A; 2GNC A; 2AKK A; 3VS6 A; 2YUP A; 3EHR A; 4J9I A; 2LJ1 A; 3M0Q A; 2A36 A; 1WI7 A; 2RNA A; 3M0T A; 2P4R A; 3M0R A; 4GLM A; 4R0K A; 1I0C A; 1CKB A; 3I35 A; 3TVT A; 2LZ6 B; 2GTO A; 2V1Q A; 1AEY A; 1NYG A; 2KBT A; 2EGA A; 2DYB A; 2KRO A; 1I1J A; 2LCS A; 1AOJ A; 4JZ4 A; 2O88 A; 1K76 A; 1OPL A; 2GBQ A; 3UA7 A; 2SRC A; 1X69 A; 2VWF A; 1ABO A; 1U5S A; 2RQU A; 3CQT A; 1YWP A; 4LN2 A; 1U3O A; 1VA7 A; 2M51 A; 4JJC A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4X1V A; 2QYZ A; 3RKX A; 3PIP A; 1BI0 A; 4RTY A; 2XID A; 3CCJ Q; 1X6G A; 3HKS A; 2J6O A; 4HCB A; 3JCM h; 2QEX A; 1AVZ C; 1Y7X A; 1U1T A; 4A4E A; 1VQK A; 2KRM A; 2XKO C; 4IIO A; 2QI2 A; 2XG8 D; 2VC8 A; 2KVQ G; 3REB B; 2R57 A; 4XU3 A; 1G3S A; 4KH0 B; 4RTV A; 1ZA2 B; 4AG2 C; 1G3T A; 1H92 A; 1QW1 A; 2RB6 A; 2HSE B; 1YIT T; 3HRT A; 4PJO F; 2OTJ A; 1OX9 A; 3CPW S; 1D0Z A; 2E10 A; 3NHN A; 5GAN 8; 2OAW A; 3EFR A; 3V7C A; 1X2Q A; 4F16 A; 1OZ2 A; 2GQV A; 3VS2 A; 3EFO A; 2BTT A; 2CSQ A; 1C0M A; 2EGE A; 1QVF A; 2D8H A; 2O9V A; 3ER0 A; 3GNG A; 1JO8 A; 3UAT A; 4OMP A; 4M77 E; 2AT1 B; 3RBB B; 5AYF A; 2NUP A; 4XK8 E; 2KYB A; 1VQ4 A; 2VYT A; 2JZ2 A; 2L0A A; 1Q7Y C; 1SRL A; 4J9D A; 1E7O A; 1K9M R; 1GFC A; 3EG1 A; 3QDR B; 1OQK A; 1HK9 A; 2OJ2 A; 3E1S A; 1K73 C; 2MF2 A; 3JCM Q; 5KYW A; 1KD1 C; 4XQ3 A; 3QXE B; 2L5Q A; 3V8J A; 3L2U A; 3VS3 A; 1AZE A; 2EQI A; 1FWZ A; 2O2O A; 2RM4 A; 3M57 A; 3CCM T; 2A3L A; 5GAO n; 2HL3 A; 1BI3 A; 2HMA A; 3EGD B; 2XHC A; 2CT3 A; 3OYM A; 4M78 F; 4ZN1 A; 2HAX A; 2RJF A; 5LJ5 f; 2XU8 A; 4JJB A; 3G71 Q; 4MML A; 3ULR B; 2RA2 A; 3X20 B; 2DF6 A; 3T9N A; 2DZC A; 2E6Z A; 3M4Y A; 2QTV A; 4QT7 A; 5LJ5 d; 2LRQ A; 1IXD A; 1XTD A; 1D3B B; 1MMG A; 5IHI A; 3QO3 A; 5FU7 B; 4DOV A; 2KY9 A; 2LTO A; 3JCM c; 1E6G A; 4MZT A; 2L3S A; 1YI2 A; 3G71 T; 1QP2 A; 1PD0 A; 1UE9 A; 2YRD A; 1SKU B; 4C8Q C; 2YWW A; 3GBQ A; 3CEY A; 4N4H A; 2WSE E; 2BE7 D; 2A0F B; 2EGC A; 2RI5 A; 3MP8 A; 2EJ9 A; 2RF0 A; 4M7D B; 4C8Q B; 1GCP A; 2M16 A; 1MNE A; 4J9G A; 1NJI C; 1UHF A; 2LDM A; 2FB7 A; 3CCU T; 5KH6 A; 1I8F A; 1S1N A; 4EIK A; 4OB0 B; 1YI2 T; 1PKT A; 2RD1 A; 4BB7 A; 4J9F A; 1Y96 A; 2PZ1 A; 5FRM A; 5CKH A; 1JEG A; 2AZV A; 3OB9 A; 2FZC B; 2GCX A; 2AIR B; 2XIC A; 2NUZ A; 2COZ A; 5HCK A; 1T3S A; 2OTJ Q; 1AWX A; 2LX9 A; 4KGV B; 3C95 A; 2CZ1 B; 5GAO r; 2G6F X; 2CUD A; 4M7A B; 3PVL A; 4M7A D; 3UF4 A; 5DLO A; 1OYX A; 4UC4 A; 2CDT A; 4HCZ A; 3BDU A; 1BI1 A; 2DX1 A; 3QDF A; 3EGD A; 1T3L A; 1MV3 A; 3OQ5 A; 3CC7 T; 2EYQ A; 2EFI A; 2HZY A; 2CSI A; 2KSS A; 2DTI A; 2JM9 A; 1M3C A; 4LDV A; 2QXF A; 1QWF A; 2FPF A; 5M9O A; 3CBP A; 1VQ7 T; 1WXU A; 3QWY A; 1AWJ A; 3M54 A; 4ORZ A; 1P92 A; 2DVJ A; 5CR2 A; 2KT1 A; 4HVV A; 1QP3 A; 1SRM A; 3CPW P; 3CMA A; 4MZM A; 2NYS A; 2FG0 A; 1ARK A; 2EYX A; 4BDZ A; 1D09 B; 4M75 A; 4F7U A; 3CD6 A; 4CC3 A; 4DBQ A; 2P0P A; 3HRU A; 3EGX A; 1Q81 R; 5KCH A; 3SHW A; 3CCE Q; 4IIM A; 2BZX A; 1WGS A; 2LJ3 A; 2QDL A; 3J7A F; 1UGP B; 1BYM A; 3E9F A; 4FU6 A; 4HXJ A; 4M77 F; 4BDY A; 2KK4 A; 3ZEH A; 4C8Q A; 2OTL T; 5KE3 A; 1NZ9 A; 4YTL A; 2F2X A; 5IH2 A; 1JU5 C; 2H3E B; 5A0L A; 3OYH A; 1TH7 A; 4IUQ A; 4AT1 B; 1NYF A; 2V8I A; 3QYH B; 5D6X A; 4C0F A; 1YHQ T; 3VYG A; 4E7J A; 2JMA A; 4E7Z A; 1Q86 C; 2RHZ A; 3L42 A; 2RJE A; 2DTO A; 4JJD A; 3FDR A; 3R6O A; 3PE0 A; 1Q82 U; 2DBK A; 1VQ5 Q; 1TUC A; 2PNI A; 1S72 T; 1YIJ Q; 3GIB A; 4FL6 A; 3G4S T; 2K57 A; 1ZUY A; 1KHI A; 2A08 A; 2K6D A; 2DMO A; 1WJS A; 1BI2 A; 5LJ3 h; 5GAN g; 2CS7 A; 4M77 G; 2K5L A; 3OYD A; 5GJV B; 1X6O A; 1PC0 A; 4E7I A; 3J80 E; 2L8D A; 4E7K A; 3RKY A; 3LLR A; 4OB2 B; 2MWO A; 5EC7 A; 1D0X A; 3QZ5 B; 3LWI A; 1CSK A; 3CCQ A; 3ZBD A; 3LYI A; 3HTR A; 2IVW A; 2RHX A; 3DLL A; 1QMC A; 2YUN A; 1WHJ A; 4LNP A; 4RTT A; 5FW9 A; 4F7U B; 4WTO B; 2XDB A; 1VQN T; 4RTW A; 3HRS A; 5KYX A; 3FRN A; 3P8H A; 3VKI A; 4JRQ A; 2KXC A; 1K0S A; 1M3B A; 2MIO A; 2JS2 A; 3EG0 A; 4DEX A; 3RES A; 1RLP C; 2Y4Y A; 1FMK A; 2JTM A; 3WVD B; 3AT1 B; 1FX7 A; 2D8J A; 5GAM g; 2CGH A; 4M4Z A; 4Z8A A; 1Q95 G; 5GAM h; 1QVF P; 1YFN A; 1X2K A; 2K2M A; 4DOW A; 5GAN 3; 4E7L A; 4CC2 A; 2EJF A; 4M78 E; 2X9H A; 1B34 B; 3DKM A; 3M4G A; 2OI3 A; 4PJL A; 2JTE A; 1ZSG A; 1YHQ A; 1PM3 A; 1XQH A; 4OGC A; 2FRY A; 2VAS A; 1NLO C; 1BK2 A; 3G6E A; 3EG9 B; 3CCL A; 1UEC A; 2DVE A; 2KQW A; 2L3Q A; 2QQ9 A; 3M56 A; 1KC8 C; 2MAM A; 3OW2 A; 3EHR A; 3M9Q A; 2R5A A; 1YHQ Q; 1WI7 A; 1BCO A; 1YIJ A; 5GMK h; 4KUI A; 3I35 A; 1CKB A; 2V1Q A; 4A4F A; 1AEY A; 3OYA A; 3FJP A; 5I2S A; 3NTI A; 3OYB A; 3LW5 E; 2YLB A; 4A4H A; 1F1B B; 3CCM A; 4AMC A; 2MYS A; 1AOJ A; 5GAM d; 3JCM W; 4JZ4 A; 3CCV Q; 2ZAE A; 2CP6 A; 1N9R A; 1RAG B; 5A0G A; 3OS2 A; 1VQO Q; 4C8Q D; 4JS5 A; 2QG9 B; 2VWF A; 3HL8 A; 3JB9 I; 2RHI A; 3CCJ A; 2RI3 A; 2QA4 Q; 1FMV A; 3CME T; 2RQU A; 4LN2 A; 1U3O A; 4XU1 A; 4HCC A; 4M7A E; 4J9B A; 4KUD K; 3TRE A; 1LJO A; 3QBY A; 1D1B A; 1OUL A; 4Y91 A; 1KQS A; 5IN1 A; 1M90 U; 1VQ4 Q; 4IUU A; 2HD0 A; 3NPF A; 4N4G A; 3OMG A; 1WQW A; 5GMK m; 2FRW A; 1Y57 A; 2DL7 A; 3MP1 A; 1ZSZ C; 4PJO D; 4PJM A; 3RNJ A; 4E47 A; 3SWN A; 4FYY B; 4D8D A; 2J6K A; 3NFC A; 1QVF S; 5KYU B; 1YNZ A; 1OPK A; 2E5K A; 2YRV A; 4J7I A; 3ZL7 C; 3ASK A; 4M7D F; 2EYY A; 2M0Y A; 4X9C A; 2E1H A; 4C92 E; 1RAI B; 2JNG A; 1YIT A; 3LX7 A; 1PKS A; 5A0D A; 3OS0 A; 1YBY A; 3V7S A; 3QUI A; 1RAF B; 1GL5 A; 1M8M A; 1WHG A; 2R58 A; 3MEV A; 3GPL A; 2CYZ B; 2CP7 A; 5FWB A; 4LD9 K; 5L8R E; 2XMF A; 2JOY A; 3CD6 Q; 3FC3 A; 2QQR A; 4KH1 B; 2KGT A; 2Y4X A; 2HBP A; 3CCU Q; 2QAZ A; 1N27 A; 2EQM A; 1VQ4 T; 3CCU A; 5KYY A; 4QVD A; 2RHU A; 1OOT A; 5FWC A; 1ABQ A; 2DRK A; 5FU6 B; 3NMZ C; 2R5M A; 3C12 A; 4Z89 A; 1GFD A; 3I55 A; 3WVE B; 1BIA A; 2M9U A; 1WFW A; 1UDL A; 1UEB A; 2LJ0 A; 1S72 A; 1FMW A; 4OVA A; 1IHW A; 1ACM B; 4PJO G; 2M02 A; 2B8A A; 2XDP A; 5GAN 5; 1Q7Y U; 4DQ2 A; 1TUG B; 1H3Z A; 1Q86 R; 4CC7 A; 1X01 A; 4M75 C; 1I5L A; 3PT9 A; 1YJN Q; 4J9H A; 2CT4 A; 3GOX A; 3D7S B; 2HKN A; 4EMK B; 5GAN e; 1EZZ B; 2A28 A; 1MMD A; 2EKH A; 4RG2 A; 1SHG A; 3A8L B; 1M90 R; 4LDX A; 2JW4 A; 4AFZ C; 3QJ6 A; 1SPK A; 3CCQ Q; 3VRZ A; 2LQ8 A; 2DJQ A; 5J39 A; 1W2B P; 5FRN A; 3UWN A; 2ECZ A; 2FL7 A; 1VQ6 T; 3H8Z A; 3JCM V; 3JCM P; 4C5G A; 1U8R A; 1NJI R; 4RCC A; 2LP5 A; 2GQI A; 4FYW B; 5J26 A; 2DEU A; 2X3W D; 3SB2 A; 4MDX A; 1R0B G; 4FSX A; 1MMA A; 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