The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
|
sequence length |
64
|
structure length |
64
|
Chain Sequence |
b'PLGSSDLGITAIALYDYQAAGDDEISFDPDDIITNIEMIDDGWWRGVCKGRYGLFPANYVELRQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Lysozyme C
|
| publication title |
Lysozyme contamination facilitates crystallization of a heterotrimeric cortactin-Arg-lysozyme complex.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Gallus gallus
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| molecule tags |
Hydrolase, protein binding
|
| total genus |
13
|
| structure length |
64
|
| sequence length |
64
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-11-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2FPE A; 2K6D A; 2C0O A; 2ED1 A; 1QWF A; 1YP5 A; 3QWY A; 1UJ0 A; 1N5Z A; 2KT8 A; 3EG3 A; 1GFC A; 3ULR B; 2RNA A; 5GJW B; 2DMO A; 2GGR A; 2KE9 A; 2DBK A; 2LZ6 B; 4J9B A; 1K0S A; 2AKK A; 1QCF A; 1WLP B; 2E5K A; 2EGC A; 2PZ1 A; 4KRT A; 4F17 A; 1ZUK A; 3REB B; 2L0A A; 3NGP A; 2YT6 A; 4OMN A; 2NUZ A; 2EVR A; 1VYU A; 2LJ3 A; 1MV0 B; 1T3L A; 3VS5 A; 2JS2 A; 2KNB B; 2KGT A; 1KSW A; 4EIK A; 2OAW A; 1UE9 A; 2L3Q A; 2L2P A; 4J9F A; 2KT1 A; 3REA B; 1X6G A; 1HSQ A; 2DBM A; 1KFZ A; 2KBT A; 1X2K A; 1AWW A; 1GRI A; 2DM1 A; 1BB9 A; 3A98 A; 1U3O A; 4AFU C; 1RLP C; 2LNH B; 2I0N A; 1JU5 C; 3VS2 A; 2JXB A; 1OV3 A; 1PRL C; 2DX1 A; 1OPL A; 3QWX X; 2A36 A; 1I07 A; 2CT3 A; 2MIO A; 4E6R A; 3UA6 A; 2H8H A; 1SRM A; 5IH2 A; 2CH4 A; 3C0C A; 1WIE A; 2F2V A; 1UGV A; 2K7A A; 1ABO A; 1JO8 A; 2HCK A; 4J9C A; 1WI7 A; 3VRZ A; 3VS6 A; 2DL4 A; 1EFN A; 1QWE A; 2GBQ A; 2PNI A; 1UTI A; 1K76 A; 2A37 A; 2DE0 X; 3VRY A; 1TUC A; 2D8J A; 3EG2 A; 4IIO A; 5IHN A; 4AFQ C; 2J6K A; 2MOX A; 2GTJ A; 1SHF A; 4CC3 A; 1T0H A; 1T3S A; 1RUW A; 2SEM A; 1WFW A; 3EG0 A; 1B3Q A; 2KYM A; 2JMA A; 3UA7 A; 2HDA A; 3LH5 A; 1BBZ A; 2EGA A; 1Z9Q A; 2ABL A; 1OOT A; 2EYZ A; 5I22 A; 4LUE A; 4AFS C; 1J3T A; 1VYV A; 1HD3 A; 4HCK A; 1AZG B; 1U06 A; 1Z9Z A; 2GQI A; 2CRE A; 2HSP A; 2ESW A; 4RTT A; 2DIL A; 2FRY A; 2RMO A; 1Y0M A; 4LE9 A; 1SRL A; 2LQW A; 3I5S A; 2ED0 A; 4F14 A; 2O31 A; 4D8D A; 1AWX A; 1KIK A; 3O5Z A; 2AZS A; 2BTT A; 2EQI A; 2HEQ A; 1K0X A; 2JMC A; 1QLY A; 1YWP A; 2GNC A; 2CDT A; 1AD5 A; 4GBQ A; 4M4Z A; 1VA7 A; 2KR3 A; 2W10 A; 1GFD A; 1BU1 A; 1JQQ A; 4OMQ A; 4IIM A; 2DNU A; 2X3X D; 1PRM C; 1X27 A; 4RUG A; 5FW9 A; 1ZUY A; 4K11 A; 1AVZ C; 1CKB A; 1UUE A; 1RI9 A; 3TSW A; 1XOV A; 2DF6 A; 3U23 A; 4RTW A; 2DYB A; 2BZY A; 2HBW A; 3I5R A; 1NYF A; 4RTZ A; 1ZBJ A; 1IO6 A; 3SEM A; 2V1R A; 2VKN A; 1UHC A; 1AWJ A; 4Y92 A; 1ZUU A; 2DL7 A; 2FO0 A; 2FRW A; 2RN8 A; 4Z88 A; 2A28 A; 4J9I A; 2JTE A; 2JM9 A; 1LCK A; 2KRS A; 2EW3 A; 2JT4 A; 1MV3 A; 2EYY A; 4CC4 B; 1ZX6 A; 2J6O A; 2G6F X; 1H92 A; 4LN2 A; 4RTV A; 3KFV A; 2DJQ A; 1AOJ A; 3VS7 A; 4CC7 A; 2FPF A; 1JEG A; 1WXT A; 1NM7 A; 1QKW A; 1E6H A; 4ESR A; 3VS3 A; 3VS4 A; 2K2M A; 2K3B A; 1S1N A; 2AZV A; 2D1X A; 1I1J A; 1GBR A; 4Z89 A; 5IXB A; 2F2W A; 1KJW A; 1M3C A; 3I9Q A; 1UG1 A; 3PVL A; 2ECZ A; 2LP5 A; 2YSQ A; 3M0T A; 4JPB W; 4QT7 A; 5FWC A; 1Y57 A; 1OEB A; 1ARK A; 2DRK A; 3H41 A; 4LUD A; 1B07 A; 5I11 A; 2QDL A; 2YUO A; 3UAT A; 1UHF A; 4LNP A; 4JJB A; 2O9V A; 1X2Q A; 1YNZ A; 2EYX A; 2LJ0 A; 4RTU A; 2BZX A; 1ZSG A; 1NLO C; 1BK2 A; 5IHK A; 1A0N B; 4OMO A; 1AWO A; 2O88 A; 1NEB A; 2OJ2 A; 2C0I A; 1CSK A; 4DEX A; 1CKA A; 2J05 A; 3NMZ C; 4J9H A; 1E6G A; 3GBQ A; 1ZLM A; 3RBB B; 1SHG A; 2ROL A; 4JJD A; 4HXJ A; 3PVQ A; 1HJD A; 2O9S A; 1W70 A; 1YWO A; 2CSQ A; 2FEI A; 2CSI A; 4X1V A; 4ORZ A; 1SPK A; 1PHT A; 3NHN A; 3EHR A; 2LX7 A; 1X6B A; 1MUZ A; 1NG2 A; 5IXF A; 1GBQ A; 2D0N A; 1PWT A; 3UF4 A; 4HVW A; 1X69 A; 3FJ5 A; 1NLP C; 3H0F A; 2KXD A; 3TVT A; 1JXM A; 1T0J A; 2CUD A; 2PTK A; 5GJV B; 1G83 A; 3ZL7 C; 2BZ8 A; 2K9G A; 2RQW A; 2KYB A; 4Z8A A; 2KRM A; 5IHI A; 4OMP A; 2VVK A; 4J9D A; 1YCS B; 2CUB A; 2M51 A; 1W1F A; 2KEA A; 2KRN A; 1OPK A; 2CH4 W; 2YDL A; 2IIM A; 5HCK A; 2JW4 A; 2AKL A; 2RQU A; 3M0S A; 4GLM A; 4WCI A; 2ROT A; 2DL3 A; 2DL8 A; 1SEM A; 2CT4 A; 4D8K A; 2C0T A; 2YUQ A; 1ABQ A; 1UFF A; 3H0I A; 2RQR A; 1WYX A; 4JZ4 A; 2FG0 A; 4JZ3 A; 3M0U A; 1K4U S; 2P4R A; 1NEG A; 1M3A A; 1I0C A; 4J9G A; 3SHW A; 4AG1 C; 1GCQ C; 3M0P A; 1WXB A; 2EYW A; 4ZNX A; 2NWM A; 1PKT A; 2J7I A; 2DVJ A; 2LMJ A; 4FSS A; 4HVV A; 2DL5 A; 3R6N A; 4CC2 A; 2LJ1 A; 2DRM A; 4A63 B; 4OML A; 4AFZ C; 5FWB A; 2FPD A; 4JJC A; 2K79 A; 2D8H A; 1PKS A; 2EKH A; 2RQT A; 4RTY A; 5L23 A; 2AK5 A; 3VS0 A; 1NYG A; 2O2O A; 2LCS A; 1M30 A; 1GCQ A; 3NPF A; 2RF0 A; 2J06 A; 1FYN A; 3EHQ A; 3RNJ A; 2YUP A; 1G2B A; 2MCN A; 3TSZ A; 2ENM A; 3JV3 A; 1H8K A; 2RPN A; 1FMK A; 2B86 A; 2L3P A; 2X3W D; 4HVU A; 1TUD A; 5EC7 A; 2EPD A; 1M8M A; 2YUN A; 1GCP A; 1H3H A; 1AZE A; 1YN8 A; 1W6X A; 2J6F A; 1WDX A; 1VYT A; 1UEC A; 3THK A; 1K1Z A; 2EGE A; 1E7O A; 1AEY A; 2W0Z A; 1UJY A; 1WX6 A; 1K9A A; 1PNJ A; 1V1C A; 2VWF A; 2RQV A; 4OMM A; 3PE0 A; 3EG1 A; 3IQL A; 1TG0 A; 3I35 A; 3CQT A; 1UDL A; 3EGU A; 2M0Y A; 4R0K A; 1SSH A; 1M27 C; 2KXC A; 4J9E A; 2DA9 A; 3M0Q A; 2KRO A; 2EBP A; 2JS0 A; 2L3S A; 1WXU A; 3M0R A; 2XMF A; 1GL5 A; 2A08 A; 3H0H A; 4F16 A; 2GTO A; 1WA7 A; 1X43 A; 2JM8 A; 4RTX A; 1JXO A; 2LQN A; 2F2X A; 4AG2 C; 1M3B A; 4DEY A; 5ECA A; 1RLQ C; 1U5S A; 2DLP A; 2V1Q A; 2SRC A; 1QKX A; 3VS1 A; 2OI3 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2K6D A; 2C0O A; 4FT2 A; 1KD1 R; 1QWF A; 1D09 B; 3QWY A; 3EG3 A; 2KT8 A; 3CCU A; 1D0X A; 4Q5W A; 2RNA A; 4ELZ C; 3QJY A; 4XTU A; 5C0M A; 4M7D G; 1MND A; 3DB3 A; 4KRT A; 1WLP B; 2PZ1 A; 1WHK A; 3SWN A; 1TH7 A; 1NJI R; 1N8R C; 2OTJ T; 3QDF A; 4M7D A; 4FT4 A; 1M4Z A; 2JS2 A; 1YI2 T; 3VUB A; 3GLX A; 2RHX A; 4J9F A; 3CBM A; 4M7D F; 4C92 C; 1OQK A; 3CD6 Q; 4PFO A; 1HSQ A; 2A0F B; 1VQM Q; 2O01 E; 4BI8 B; 2QQS A; 4PNO A; 3JB9 J; 2DEU A; 1U3O A; 3FC3 A; 1ZSZ C; 1TXQ A; 2BIV A; 2LNH B; 2K4Y A; 3L2U A; 2JXB A; 4DQ2 A; 2LRQ A; 3OW2 S; 1WJQ A; 2A36 A; 1I07 A; 2MIO A; 3PIP A; 2H8H A; 1WIE A; 2F2V A; 3MJX A; 1UGV A; 1ABO A; 1JO8 A; 4ZTF A; 4BDY A; 2GBQ A; 1QWE A; 3CC2 T; 1UTI A; 5CQY A; 4M75 G; 2XD0 A; 4R56 A; 2ZGW A; 4DOW A; 1VIF A; 5IHN A; 2DXU A; 2MK5 A; 1RUW A; 2SEM A; 4M75 A; 1B3Q A; 1O9S A; 2HDA A; 3LH5 A; 2KK4 A; 3R6O A; 3CXC P; 3MEV A; 1WZO A; 1J3T A; 1VYV A; 4M75 F; 1O75 A; 3I56 T; 1UGR B; 2MAM A; 2GQI A; 4J6X A; 4RTT A; 2DIL A; 1EZZ B; 3HPW A; 5LL6 S; 2E3I A; 1YJN T; 3OYE A; 3DKM A; 1N8R U; 2QK0 A; 3CCS A; 4DBF A; 3VU3 C; 3OSV A; 2CP6 A; 2LC4 A; 1QVG S; 4KGX B; 1IGQ A; 3MP6 A; 3PTA A; 1KD1 C; 2YHT A; 3FRN A; 3ME9 A; 4M4Z A; 2E6Z A; 4EMK A; 4OMQ A; 3H8Z A; 2VGN A; 3J81 E; 2IG0 A; 1X27 A; 4FW1 A; 1ZUY A; 2VYT A; 2JZ2 A; 4PJL A; 3CPW A; 1XOV A; 4E7K A; 1KQS A; 4RTW A; 1NJI C; 1IB8 A; 1NYF A; 2DPP B; 2P84 A; 1LJO A; 2V1R A; 4MDX A; 4EPC A; 1VQ4 Q; 4J7I A; 2DL7 A; 2FRW A; 2AT1 B; 3EGD B; 3CCL A; 3J80 E; 2JTE A; 3CCR Q; 2Y90 A; 2PVG B; 4C8Q C; 2EW3 A; 2MF2 A; 2JT4 A; 2B8A A; 2EYY A; 1BKB A; 3AT1 B; 1RAC B; 2G6F X; 4C5E A; 3CMA Q; 4LN2 A; 4LD6 A; 4M78 D; 5KH6 A; 2HZY A; 4CC7 A; 3G7Z A; 2FPF A; 1YIT Q; 1JEG A; 1JJ2 S; 4NL2 A; 4DOV A; 3MEA A; 3EFO B; 1E6H A; 3MPU B; 3VS3 A; 3NFC A; 2K2M A; 2CZ1 B; 1PC0 A; 2D1X A; 5GAM g; 1U8R A; 1VQ5 T; 1M1K R; 2F2W A; 2HL5 C; 3I9Q A; 5CO7 A; 4RMO A; 2ECZ A; 3RR6 A; 2QGF B; 4N4G A; 2RHZ A; 4JPB W; 3CC4 T; 4LD9 K; 2DRK A; 2X51 A; 1OX9 A; 3H41 A; 4LUD A; 3OYC A; 5KYY B; 1W2B P; 1VQ9 A; 4JRP A; 1KD1 U; 1TU0 B; 4XU2 A; 3UAT A; 4P5N A; 4RG2 A; 4JDS A; 4A4F A; 2EJ9 A; 5GAO n; 5J3B A; 2LJ0 A; 3M54 A; 2EQK A; 3ER0 A; 5IHK A; 1BCO A; 1A0N B; 1AWO A; 2O88 A; 1N9R A; 2XU8 A; 1NJI U; 3E19 A; 1YHQ Q; 2C0I A; 4DEX A; 4KGV B; 4PJO G; 2J05 A; 4J9H A; 1KQ1 A; 3A8H B; 5A2Q E; 2K57 A; 3FB9 A; 3CCV Q; 4MDW A; 4PJO A; 1V76 A; 5GAN g; 2CSI A; 1PSE A; 5GAN 5; 1PHT A; 2KQW A; 1FMV A; 1NG2 A; 1QCO A; 4PJO F; 5IXF A; 2K2V A; 4IUU A; 4JUV A; 2ZPF B; 3FJ5 A; 1ZA1 B; 2KXD A; 2KI7 A; 3O8V A; 3TVT A; 2M9U A; 2DTH A; 1JXM A; 1FMW A; 1RAE B; 2BZ8 A; 1BIB A; 2RQW A; 3CC7 A; 3VJP A; 5IHI A; 3CME Q; 2RHU A; 4M78 G; 1YCS B; 5IAY A; 2CUB A; 8AT1 B; 3D7S B; 3OBW A; 4X9C A; 3OYD A; 3PMT A; 4CRI A; 4GLM A; 3M0S A; 1UEB A; 3CCJ Q; 2YRC A; 1SEM A; 3OYH A; 2KSS A; 5LJ3 e; 4BUG A; 4MZM A; 2QEX Q; 1UFF A; 1X01 A; 5GMK j; 4JZ4 A; 2DVE A; 4XTZ A; 2FG0 A; 4JZ3 A; 1M1K C; 1MHN A; 4FW2 A; 1M3A A; 1I0C A; 3SHW A; 3CCS T; 4X34 A; 1G3S A; 4ME7 A; 3CXC S; 1WXB A; 3WVD B; 1PKT A; 2J7I A; 2DVJ A; 4XTY A; 1WHG A; 4HVV A; 3RKY A; 5IN1 A; 4RCC A; 4OML A; 4YTL A; 1VQN A; 4XAX B; 2K79 A; 4M7A D; 2WSE E; 2VC8 A; 5KYN A; 3DLM A; 5LJ3 f; 3CCM Q; 4EMK B; 3JB9 G; 3SD4 A; 3VS0 A; 2EWN A; 3QDR B; 1OUL A; 4C92 G; 2KVQ G; 1XJW B; 2RJF A; 3EHQ A; 4FIB A; 2X4J A; 2YUP A; 2HD0 A; 2V26 A; 1G2B A; 4HA8 A; 2D6F A; 1BCM A; 2CYZ B; 1VQ7 Q; 3JV3 A; 4C92 A; 1H8K A; 2RPN A; 4BE2 A; 2B86 A; 4C8Q D; 4QVC A; 5KYU B; 1TUD A; 2YUN A; 3JB9 F; 5FRO A; 4OGE A; 4C92 F; 1AZE A; 1WDX A; 3CCQ A; 1RI0 A; 1ACM B; 1D3B B; 2RB6 A; 2EGE A; 3OA6 A; 4LDX A; 2WSC E; 3GPL A; 1AEY A; 1YI2 A; 1WX6 A; 4OMM A; 1HK9 A; 3IQL A; 1UDL A; 3OW2 P; 1M1K U; 2M0Y A; 1M27 C; 4J9E A; 3GNG A; 3QHS A; 3UWN A; 2KRO A; 3LYI A; 1K73 R; 1JB0 E; 2L3S A; 2XMF A; 1F1B B; 3A5Z B; 2QQB A; 2A08 A; 3H9N A; 4M7D E; 1X43 A; 1VQ9 T; 1Y71 A; 2OTL Q; 2VB6 A; 3RMS A; 4AG2 C; 2KDS A; 2F69 A; 4BE0 A; 5GAN 3; 1R0B G; 1QVF P; 1IXD A; 4JS4 A; 2VAS A; 3JCM c; 3CC2 A; 2FPE A; 4X9D A; 2K5I A; 2BUD A; 5GJW B; 5GAN 6; 3EFR A; 2JJ9 A; 5KE3 A; 3LWI A; 2KE9 A; 2LX9 A; 1FXX A; 4O5V A; 1K0S A; 1QCF A; 2E5K A; 4C5H A; 4F7U B; 1ZUK A; 1MMA A; 2L0A A; 3H6Z A; 3NGP A; 2L3R A; 2DXT A; 1VYU A; 5CR2 A; 2KY9 A; 4M77 D; 2KNB B; 2KGT A; 3CCE A; 1KSW A; 4EIK A; 1OU8 A; 2L2P A; 2KT1 A; 1G3T A; 5FLX E; 4ELY C; 3REA B; 1VQK T; 2A3L A; 2V8I A; 5HY6 A; 5CCA A; 3OYN A; 2DBM A; 4M75 E; 3ZBD A; 1AWW A; 2RH2 A; 4C8Q G; 2DM1 A; 4RKU E; 1BB9 A; 3L1A A; 4QVZ A; 1SKU B; 1RLP C; 2DER A; 5LJ3 j; 4ZTJ A; 2Y4X A; 1QP3 A; 1YJN Q; 1BI3 A; 1JU5 C; 1LOJ A; 1D0Z A; 3CC7 T; 1VQ6 T; 1HXD A; 4PJM A; 1OV3 A; 1PRL C; 3QWX X; 4E6R A; 3JCM d; 5M9O A; 5LJ5 d; 5GMK m; 2JUF A; 2Y4Y A; 1LNX A; 1WQW A; 2HCK A; 3OMC A; 1WI7 A; 3VRZ A; 1YJW Q; 2DL4 A; 1EFN A; 2PNI A; 3OSS C; 4ANJ A; 1EX4 A; 3LGF A; 4NL3 A; 2DE0 X; 3EG2 A; 3EGD A; 4IIO A; 2RK1 A; 3A8G B; 4M78 B; 2GTJ A; 1SHF A; 1T0H A; 2HNI A; 3QBY A; 3L2Z A; 5EG2 A; 2KYM A; 1BBZ A; 2ABL A; 1OOT A; 1C6V X; 2EIF A; 4N4H A; 4LUE A; 4AFS C; 2DYI A; 1D0Y A; 1RAF B; 4HCK A; 4HCZ A; 1K73 C; 1U06 A; 1Z9Z A; 1PSF A; 3EFO A; 2FZG B; 1Y0M A; 2LT4 A; 1SRL A; 1Q95 G; 4E7S A; 2D9T A; 1RAH B; 1AWX A; 1FX7 A; 4JS5 A; 2JMC A; 1QLY A; 2GFA A; 2GNC A; 4C0G A; 1AD5 A; 4GBQ A; 5KYY A; 1VQP T; 4Y28 E; 1VA7 A; 2ZCF B; 2KR3 A; 2DD5 A; 2YWW A; 1GFD A; 3MP8 A; 1JQQ A; 3MET A; 2DNU A; 2X3X D; 2QAS A; 3M4Y A; 1GXI E; 4OF1 A; 4RUG A; 1AVZ C; 1UUE A; 1C1A A; 2X4W A; 3S6W A; 2PU9 B; 2CGH A; 3I5R A; 3CC4 Q; 2LCL A; 2HQE A; 4J83 A; 4C92 B; 2VKN A; 3RIR A; 3RMQ A; 1RAA B; 1ZUU A; 3MP1 A; 2E1H A; 1K8A R; 3CCQ T; 2RN8 A; 4J9I A; 2DIQ A; 3CCU Q; 4BI4 A; 1ZSZ B; 3MEU A; 3JSC A; 4CC4 B; 2QYZ A; 1AOJ A; 5HK3 A; 4F04 B; 1G3Y A; 1YBY A; 3CD6 A; 4J6Y A; 2L5Q A; 3M58 A; 1VQM A; 3M59 A; 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