The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
64
|
structure length |
64
|
Chain Sequence |
b'PLGSSDLGITAIALYDYQAAGDDEISFDPDDIITNIEMIDDGWWRGVCKGRYGLFPANYVELRQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Lysozyme contamination facilitates crystallization of a heterotrimeric cortactin-Arg-lysozyme complex.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Lysozyme C
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| source organism |
Gallus gallus
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| molecule tags |
Hydrolase, protein binding
|
| total genus |
13
|
| structure length |
64
|
| sequence length |
64
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-11-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4M4Z A; 2O88 A; 2L3P A; 2DM1 A; 4QT7 A; 3RBB B; 1GCQ A; 2D1X A; 1A0N B; 1OV3 A; 2J6O A; 2F2X A; 4HXJ A; 1H3H A; 3TVT A; 4A63 B; 2IIM A; 2ROL A; 1PWT A; 1QWF A; 3I35 A; 4GLM A; 3M0S A; 4J9H A; 3VS7 A; 3H0I A; 2ENM A; 1M27 C; 2L2P A; 2BZY A; 4J9C A; 2JS0 A; 1KIK A; 1AWO A; 4RTW A; 3M0Q A; 4Z89 A; 2HEQ A; 2DL4 A; 2VKN A; 2B86 A; 2M51 A; 2W0Z A; 4AG2 C; 2GGR A; 1QKW A; 1SHG A; 2JM9 A; 1G83 A; 1CKA A; 2FRY A; 1BU1 A; 3VS2 A; 3NMZ C; 2O9V A; 4JJC A; 3PVQ A; 2DBM A; 2KYB A; 3JV3 A; 2W10 A; 2GNC A; 1GRI A; 1NG2 A; 1AD5 A; 2ED1 A; 2J05 A; 2K9G A; 1I07 A; 1PRM C; 1EFN A; 3NHN A; 4KRT A; 1X6G A; 1M8M A; 2C0T A; 3REB B; 2KRM A; 4LNP A; 1JXO A; 4J9F A; 4AFS C; 4CC2 A; 1KFZ A; 3EG3 A; 5FWC A; 2CUD A; 4JZ4 A; 1K9A A; 3ULR B; 1WI7 A; 3KFV A; 2C0O A; 1AEY A; 1PHT A; 2EBP A; 2A36 A; 2D8J A; 2M0Y A; 2EW3 A; 1VA7 A; 2L0A A; 2NUZ A; 1GFC A; 1UTI A; 1PNJ A; 2AKK A; 2K3B A; 1ZUK A; 1VYV A; 1WX6 A; 1AWJ A; 1E6G A; 3VS6 A; 2HBW A; 3VS1 A; 2LZ6 B; 4F17 A; 1NLO C; 1NLP C; 1LCK A; 1H8K A; 1J3T A; 1TG0 A; 4RTX A; 1QKX A; 2FG0 A; 2KXD A; 4RUG A; 2DIL A; 2FO0 A; 2QDL A; 1UJ0 A; 1CKB A; 2VWF A; 1WXU A; 5GJV B; 2RPN A; 2SEM A; 2OI3 A; 1ARK A; 1QCF A; 2SRC A; 2GTJ A; 1RI9 A; 2CT3 A; 4X1V A; 4AFQ C; 1ZUU A; 5IXB A; 1K4U S; 1I0C A; 2DF6 A; 2L3S A; 3VS0 A; 4CC3 A; 2RF0 A; 1U3O A; 2BZX A; 4LUD A; 3REA B; 1YWO A; 2RNA A; 2EYZ A; 2ROT A; 4RTT A; 2J6F A; 2KGT A; 2KR3 A; 2DL8 A; 1OPK A; 1AWX A; 1UJY A; 1T0J A; 2DJQ A; 1BB9 A; 1ZBJ A; 2JW4 A; 1ZSG A; 3TSW A; 1Z9Z A; 1AZG B; 2DE0 X; 5FW9 A; 2DX1 A; 1AWW A; 2CT4 A; 1X27 A; 1VYT A; 4CC7 A; 1K76 A; 3PE0 A; 3EHQ A; 2CDT A; 2J7I A; 1Z9Q A; 4J9E A; 4ESR A; 3I9Q A; 5EC7 A; 3THK A; 2FPF A; 2D8H A; 2YT6 A; 3GBQ A; 1ABO A; 2X3W D; 4RTY A; 4AFU C; 2DL7 A; 4DEY A; 3M0P A; 2YDL A; 2E5K A; 2CSQ A; 1YN8 A; 1QLY A; 1NYF A; 4Z88 A; 2DA9 A; 4IIO A; 3UA6 A; 1WXT A; 2MOX A; 1SHF A; 2LNH B; 2J6K A; 3H41 A; 3UAT A; 2C0I A; 3I5S A; 1ZLM A; 2AZS A; 3EGU A; 4HVW A; 4EIK A; 1AOJ A; 1VYU A; 5IXF A; 4J9G A; 1BK2 A; 1MUZ A; 2H8H A; 2JM8 A; 1TUD A; 1YP5 A; 2V1Q A; 3IQL A; 1KSW A; 1UUE A; 1UHC A; 4OMP A; 2ED0 A; 1YNZ A; 1SRM A; 2FPD A; 2EYX A; 3NPF A; 4J9I A; 2KYM A; 2X3X D; 2LCS A; 1M3B A; 2V1R A; 1H92 A; 2DBK A; 4JJD A; 2A37 A; 4RTV A; 1GBR A; 1RLQ C; 4DEX A; 4CC4 B; 1G2B A; 1M30 A; 1B3Q A; 4HCK A; 3A98 A; 2JMC A; 3FJ5 A; 2J06 A; 2RQU A; 4AG1 C; 2LQW A; 2KRS A; 3VS3 A; 2A08 A; 1ZX6 A; 2LJ3 A; 5HCK A; 2GTO A; 2KXC A; 2RQV A; 2K2M A; 1HSQ A; 2JT4 A; 4JPB W; 2DRM A; 2PNI A; 2F2W A; 1UE9 A; 1B07 A; 1Y57 A; 2FPE A; 4ZNX A; 2EGA A; 4F16 A; 2CH4 A; 1T3L A; 4JJB A; 2KRN A; 5IHI A; 2ABL A; 3M0R A; 2GBQ A; 3H0F A; 2YUO A; 4AFZ C; 3SHW A; 2O9S A; 3EHR A; 3U23 A; 1UDL A; 3CQT A; 2LMJ A; 1SPK A; 1UGV A; 2DMO A; 4K11 A; 4RTZ A; 2RN8 A; 5IH2 A; 1KJW A; 1SRL A; 2CRE A; 2LJ1 A; 3VRY A; 1XOV A; 2ESW A; 4HVV A; 4RTU A; 2BTT A; 2FEI A; 2I0N A; 1YCS B; 1UHF A; 3I5R A; 2GQI A; 2KT1 A; 4HVU A; 1X2Q A; 3EG2 A; 3EG1 A; 4D8D A; 1U5S A; 1OOT A; 2YUQ A; 3M0T A; 3PVL A; 1X43 A; 1UEC A; 1BBZ A; 2KNB B; 1WDX A; 2P4R A; 2DLP A; 5FWB A; 4WCI A; 2MIO A; 1X69 A; 2JMA A; 2LJ0 A; 1WYX A; 2RQW A; 4Y92 A; 4J9D A; 1NYG A; 2HSP A; 1I1J A; 1UG1 A; 4OMM A; 2VVK A; 2EPD A; 2O31 A; 1CSK A; 2EGC A; 2YUP A; 1Y0M A; 1V1C A; 1OEB A; 2EGE A; 2KE9 A; 3QWX X; 1RUW A; 2F2V A; 2HDA A; 2HCK A; 1N5Z A; 2AKL A; 3ZL7 C; 3EG0 A; 2K6D A; 4OMO A; 1T3S A; 1JO8 A; 1W70 A; 2ECZ A; 2XMF A; 2D0N A; 1HD3 A; 1X6B A; 4GBQ A; 1W1F A; 2OJ2 A; 2MCN A; 2L3Q A; 1E7O A; 2K79 A; 3O5Z A; 2JTE A; 4OMQ A; 3C0C A; 1K1Z A; 3UA7 A; 1K0S A; 4OML A; 2JXB A; 1AVZ C; 2EQI A; 3UF4 A; 1GFD A; 1K0X A; 1MV0 B; 2DL3 A; 3VS5 A; 2RQR A; 1IO6 A; 2CSI A; 5ECA A; 1GL5 A; 4D8K A; 1NEB A; 5L23 A; 2AK5 A; 1GCP A; 2DRK A; 5IHN A; 5GJW B; 5I22 A; 2RQT A; 4FSS A; 4J9B A; 3R6N A; 1JEG A; 2DYB A; 1FYN A; 1AZE A; 3QWY A; 4LN2 A; 3H0H A; 2KEA A; 1PKT A; 4OMN A; 2CUB A; 1S1N A; 4LUE A; 3VS4 A; 1M3C A; 1M3A A; 2JS2 A; 1WA7 A; 4R0K A; 2O2O A; 2EYY A; 2DNU A; 2AZV A; 2NWM A; 3VRZ A; 4E6R A; 1RLP C; 1QWE A; 3LH5 A; 1SSH A; 1WXB A; 4JZ3 A; 3SEM A; 1JXM A; 2A28 A; 4IIM A; 4F14 A; 1GCQ C; 1WIE A; 3RNJ A; 1HJD A; 1PRL C; 2PZ1 A; 1TUC A; 5I11 A; 3NGP A; 1JU5 C; 1JQQ A; 2DVJ A; 2LP5 A; 4LE9 A; 1E6H A; 2BZ8 A; 2EYW A; 1ABQ A; 1UFF A; 1YWP A; 2RMO A; 1SEM A; 2KRO A; 1NM7 A; 2EKH A; 2KBT A; 2LX7 A; 1W6X A; 2YSQ A; 2YUN A; 2G6F X; 1WFW A; 1ZUY A; 3M0U A; 2DL5 A; 1X2K A; 2PTK A; 2OAW A; 2LQN A; 2CH4 W; 1OPL A; 5IHK A; 1T0H A; 1FMK A; 1PKS A; 1NEG A; 1WLP B; 4ORZ A; 1MV3 A; 2K7A A; 1U06 A; 2EVR A; 1GBQ A; 2KT8 A; 3TSZ A; 2FRW A; 4Z8A A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3RKY A; 4X9C A; 3WVD B; 1X6O A; 1VQP A; 3MET A; 5LJ5 f; 5L8R E; 2J6O A; 2F2X A; 4HXJ A; 1H3H A; 1SSF A; 2RJC A; 2XDD A; 2RO0 A; 4DBH A; 3UT1 A; 4GLM A; 3M0S A; 2JTM A; 3JB9 G; 4C5I A; 1M27 C; 1VQL T; 4M7A G; 2BZY A; 1W2B A; 2YRD A; 3JB9 H; 4BDY A; 3CCS A; 1QVP A; 3A8O B; 5CAI A; 1GXI E; 4DQ2 A; 5GAN 3; 3JRZ A; 1R0B G; 3PNW C; 2M51 A; 2W0Z A; 1VQP T; 4CI0 C; 1G83 A; 1M1F A; 2FL7 A; 1BU1 A; 5D6X A; 3A5Z B; 2O9V A; 2KSS A; 3JV3 A; 2E70 A; 3OS0 A; 1MND A; 4BD3 A; 1GRI A; 4KGX B; 1QCO A; 3EFO A; 2KY9 A; 2YLC A; 3SWN B; 3SWN C; 3JCM X; 5M9O A; 1QVF S; 2QQR A; 4PLI A; 1X6G A; 1U1T A; 2C0T A; 3OYC A; 3NTI A; 1WJQ A; 6AT1 B; 1KG1 A; 2YHT A; 3OYK A; 1JXO A; 3OYI A; 2F5K A; 1Q86 R; 3EG3 A; 2P4T A; 5C6S A; 4R56 A; 9ATC B; 2QEX Q; 4BI8 B; 4IUP A; 3T9N A; 1PHT A; 2OTJ T; 1QP3 A; 3DLL A; 2A36 A; 4HKE A; 4M77 D; 4M75 A; 2M0Y A; 3JCM Q; 2LCC A; 1Q86 U; 1VA7 A; 2NUZ A; 1GFC A; 2R57 A; 2ATC B; 2XDB A; 2E1H A; 4M7D F; 4NOY A; 1JJ2 S; 1AHJ B; 2XK0 A; 4TVR A; 1K8A R; 2EQJ A; 3VS1 A; 1NE8 A; 2LZ6 B; 4M78 G; 1KQ2 A; 1YJ9 Q; 5GAM h; 1K8A U; 2YRC A; 1UJ0 A; 1WHL A; 2CZ7 B; 2VWF A; 2ZZD A; 2K3Y A; 3RMQ A; 1YHQ A; 4ZN1 A; 2OI3 A; 4MZT A; 5FU7 B; 5FU7 C; 1QCF A; 2R5A A; 2CT3 A; 4N4G A; 4X1V A; 4DOW A; 1TH7 A; 3C95 A; 1OYX A; 2L3S A; 3VUZ A; 4CC3 A; 4LUD A; 5GAN g; 3SD4 A; 2RHY A; 5D6Y A; 2COZ A; 2KGT A; 2DEQ A; 3GPL A; 4EMK A; 3L2R A; 3ME9 A; 2DZC A; 2A7Y A; 2DE0 X; 5FW9 A; 4DA4 A; 1AWW A; 4CC7 A; 3PE0 A; 3EHQ A; 1Q82 C; 1BI1 A; 2QQS A; 2D9T A; 3FLG A; 2YT6 A; 2HBP A; 2X35 A; 1UGR B; 3G6E Q; 3M0P A; 2E5K A; 1JJ2 A; 3V8J A; 1LPL A; 2CGH A; 1PC0 A; 3CMA A; 3UA6 A; 2MPX C; 1SHF A; 2LNH B; 2J6K A; 3M56 A; 3H41 A; 3UAT A; 1M2O A; 5KE3 A; 3I5S A; 4XTU A; 1VQ8 A; 4FW2 A; 3OYJ A; 2C06 A; 3DLM A; 1HYO A; 1AOJ A; 5IXF A; 5DM7 R; 4J9G A; 5GAN 7; 2DTH A; 2JM8 A; 1TUD A; 1YP5 A; 2ED0 A; 4LDV A; 1SRM A; 2K5F A; 5EG2 A; 4M75 G; 1I81 A; 3V7R A; 4F7U F; 1G8X A; 3I56 Q; 2V26 A; 1M3B A; 4KGV B; 3LWH A; 2XI9 A; 2A37 A; 2DTI A; 3MJX A; 4OB0 B; 2CZ6 B; 1VQL Q; 3A98 A; 5GAM f; 2JMC A; 3FJ5 A; 2RQU A; 1Y96 A; 2LQW A; 2KMT A; 2KRS A; 2CP5 A; 2QTX A; 1OQK A; 3LWI A; 3OYN A; 4M77 E; 1VQP Q; 4M77 B; 3CC4 A; 2K2M A; 5LJ5 g; 1M1G A; 2KVQ G; 1Y57 A; 4ZNX A; 4JJB A; 1RAC B; 5IHI A; 2NUP B; 2ABL A; 3M0R A; 4RMO A; 1PSF A; 3SHW A; 3CCS Q; 3EHR A; 5DLO A; 1UDL A; 3JB9 D; 3OW2 P; 1SPK A; 1UGV A; 2DMO A; 2P0P A; 5D6W A; 1YIT T; 4RTZ A; 4M7A D; 3CXC P; 1YFN A; 2ZGW A; 5IH2 A; 1SRL A; 4PNO A; 3VRY A; 4OP0 A; 5AYF A; 4RTU A; 4MZP A; 2LCL A; 1OU8 A; 2G3R A; 4O5V A; 4C5G A; 4HA8 A; 3I5R A; 2E6Z A; 3KUF A; 4X34 A; 3LH0 A; 2B8A A; 1VQO A; 2DXC A; 1RI0 A; 3EG1 A; 1IB8 A; 1U5S A; 3CCV A; 4J83 A; 4L6V 5; 1G3S A; 2ZPG B; 2P4R A; 2DLP A; 4DBR A; 5FWB A; 4C0G A; 1BCO A; 2LJ0 A; 4JRI A; 1I1J A; 3OA6 A; 2CP6 A; 2QK0 A; 2HQH A; 1FMV A; 3HHT B; 2XG8 D; 4EDU A; 1VQO T; 1OEB A; 2MWP A; 1M1K R; 2L5Q A; 2HCK A; 2XKO C; 2PUK B; 2AKL A; 2FZG B; 4OMO A; 3MO8 A; 5LJ5 e; 3CCV T; 3GF5 A; 8AT1 B; 3MCA B; 2ECZ A; 2XMF A; 3QJY A; 2D0N A; 3QKJ A; 1HD3 A; 3OS5 A; 2RI5 A; 2ZPB B; 3E1S A; 1VQ7 A; 2CKK A; 2DAQ A; 2L3Q A; 4OMF B; 1E7O A; 1G3T A; 4OMQ A; 1K0S A; 2JXB A; 1AVZ C; 2EQI A; 5KYY A; 2CS7 A; 4Z02 A; 1ZSZ A; 4FYY B; 1GFD A; 1K0X A; 2CP7 A; 2DL3 A; 3VS5 A; 4E7H A; 1Q82 U; 4M78 D; 1GL5 A; 2WAC A; 2RHZ A; 2M16 A; 5GJW B; 5GAO q; 2RQT A; 2X51 A; 5CKF A; 1JEG A; 3QWY A; 3DB3 A; 4XTW A; 1QVG P; 1V29 B; 1Q7Y R; 4XQ3 A; 4KT0 E; 1S1N A; 2DXB A; 4LUE A; 3SDZ A; 5GAN h; 3VS4 A; 1M3C A; 2RD1 A; 1WA7 A; 1BIA A; 2AZV A; 1NPP A; 1QWE A; 1SSH A; 1Q7Y U; 5HY6 A; 2GF7 A; 1I8F A; 4A4H A; 2RA2 A; 1KD1 C; 2A0F B; 4IIM A; 3CCU A; 1GCQ C; 3SB2 A; 3RNJ A; 3X28 B; 1QCN A; 2VGM A; 2OTL A; 3QPH A; 1JQQ A; 3HFO A; 2QDY B; 4LE9 A; 2YLB A; 1XTD A; 3OSS C; 4PLL A; 4B9W A; 3OMG A; 1B7T A; 3CC7 A; 2LX7 A; 2R58 A; 1IRX A; 4M7A E; 4RCB A; 3LW5 E; 4M7A B; 3CMA Q; 1MNE A; 3M55 A; 1ZUY A; 2EWN A; 1X2K A; 2LQN A; 2OTL T; 1G3W A; 2JTF A; 3QHS A; 1VQ8 Q; 1WLP B; 4ORZ A; 1MV3 A; 4IKF A; 4M4Z A; 4CRI A; 4ME7 A; 2DM1 A; 2K2V A; 1GCQ A; 3V8L A; 3CC7 T; 2IIM A; 2V8J A; 4WTO B; 5I2S A; 2OAU A; 3GNF B; 2HQX A; 4E7K A; 4XTX A; 4IUT A; 2MYS A; 4M75 D; 4Q5W A; 1PSE A; 2L2P A; 2E64 A; 4PJO A; 2JS0 A; 1AWO A; 1D0Y A; 5GAM g; 1VQ5 A; 4RTW A; 3HRS A; 5KYX A; 4BE2 A; 3E9G A; 4HCB A; 2VKN A; 1VQ9 A; 4OGE A; 1IZ6 A; 3CC4 Q; 1SG5 A; 4ZTF A; 4N4H A; 2PVD B; 1WHM A; 3VS2 A; 2LRQ A; 1SF9 A; 4JJC A; 5KYN A; 2DBM A; 5DY9 A; 4ZGJ B; 3OSV A; 1Q86 C; 2LX9 A; 2HNI A; 4BI4 A; 5LJ3 h; 3PIP A; 1NG2 A; 1ZHI A; 1AD5 A; 3HPW A; 2K9G A; 1I07 A; 2JN0 A; 3L42 A; 4HT9 A; 1D3B A; 4C8Q E; 4FYV B; 4M78 E; 4C8Q B; 1M8M A; 4M78 B; 4C8Q C; 4M78 C; 3CPF A; 4LNP A; 5LJ3 d; 3EAE A; 4AFS C; 1VQ6 A; 1K8A C; 3VKI A; 5FWC A; 3HRT A; 1K9A A; 3ULR B; 1VQO Q; 1IGQ A; 1AEY A; 1M90 R; 1OU9 A; 2XDP A; 3AHU A; 4JS4 A; 3CCV Q; 1PNJ A; 2QTV A; 5GAN 6; 1NZ9 A; 1WX6 A; 1YI2 A; 1AWJ A; 3UWN A; 3VS6 A; 3P8B B; 3VYG A; 2RK1 A; 1M90 U; 1K73 R; 4OGC A; 2QQA A; 1NLO C; 5GAM e; 1RAF B; 1NLP C; 1H8K A; 3G6E T; 3HSB A; 1HXD A; 3GOX A; 1JRI A; 1UB4 A; 4C8Q A; 2DIL A; 2FO0 A; 2QDL A; 3C12 A; 2EKO A; 5I21 A; 1FXX A; 2YRV A; 1WJS A; 1VQ7 Q; 2LT1 A; 1YI2 T; 1RAA B; 4QVZ A; 5GMK h; 1ARK A; 1QP2 A; 3LX7 A; 2FZK B; 1YIJ A; 5CKB A; 2GTJ A; 2DXU A; 5LJ5 j; 4ANJ A; 4AFQ C; 3GNG A; 2COW A; 1K4U S; 1YBY A; 2KK4 A; 3EFO B; 2BZX A; 1YWO A; 2ROT A; 4NS5 A; 3PGG A; 2QAZ A; 2XU8 A; 3OYA A; 1Y07 A; 1FMW A; 4PJO G; 3I56 T; 2CZ1 B; 5A0L A; 5KYU B; 2I2L A; 1I5L A; 2NLU A; 2EQU A; 3TSW A; 1Z9Z A; 2QA4 A; 2QXF A; 2HKQ B; 3JCM V; 2PVO B; 3OBY A; 1YIJ T; 2E3I A; 5LJ3 f; 3RMS A; 2XHC A; 3TCJ A; 4J9E A; 2HSE B; 4M75 E; 4ESR A; 4M75 B; 4M75 C; 2D8H A; 3ASK A; 4AFU C; 2CP2 A; 2CSQ A; 3CCU Q; 3JCM e; 1WXT A; 2MOX A; 2OTL Q; 2C0I A; 5J26 A; 1KHC A; 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