The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
80
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sequence length |
180
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structure length |
180
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Chain Sequence |
HAHFQKAKERLEAKHRERMSQVMREWEEAERQAKNLPKADKKAVIQHFQEKVESLEQEAANERQQLVETHMARVEAMLNDRRRLALENYITALQAVPPRPRHVFNMLKKYVRAEQKDRQHTLKHFEHVRMVDPKKAAQIRSQVMTHLRVIYERMNQSLSLLYNVPAVAEEIQDEVDELLQ
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Metal Binding Dictates Conformation and Function of the Amyloid Precursor Protein (APP) E2 Domain.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Metal binding protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Amyloid beta A4 protein
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| total genus |
80
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| structure length |
180
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| sequence length |
180
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-11-13 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3NYL A; 3K66 A; 4RD9 A; 3UMK A; 3PMR A; 4YN0 B; 3NYJ A; 4RDA A; 1TKN A; 3Q7G A; 3K6B A; 3QMK A; 5BUO A; 3UMH A; 3UMI A; 3Q7L A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4C3E A; 1OCC C; 2QY9 A; 3EGD B; 4MVM A; 1CGO A; 5L0H A; 2HJ3 A; 1MMA A; 2J9W A; 2DI3 A; 2KSF A; 3FVY A; 2LFF A; 1YLM A; 2P61 A; 2P7V A; 2LFD A; 4KNW A; 256B A; 2VCC A; 1WN0 A; 3C62 A; 4YK5 A; 2HJM A; 3LLI A; 3QZC A; 2HSQ A; 3K6B A; 2L9J A; 4C3D A; 3LNR A; 4U9E A; 3ECS A; 1J8M F; 3GWN A; 3M79 A; 4AE4 A; 1G4U S; 4YL1 A; 4G78 A; 1D1C A; 4Q4Z F; 1ORY A; 1JPN A; 4E7S A; 3AQB A; 2R7S A; 2EPK X; 4CJG A; 4JKV A; 4Z9I A; 2CDQ A; 3RQF A; 1TFO B; 3NKD A; 3U9J A; 3LES A; 2BC5 A; 4B6I A; 4JUR I; 2EPL X; 2KGO A; 4E0I A; 4DRJ B; 4E17 A; 5JRA A; 1Q0K A; 3MX3 A; 1LVK A; 4C7O A; 2VB6 A; 3UR3 C; 1FMW A; 1YA9 A; 3TJ6 A; 4KNV A; 4OD5 A; 5CIV A; 1M6T A; 3U2M A; 3C18 A; 3GOR A; 5L0D A; 5KYY A; 4DBQ A; 4O79 A; 4WJ0 A; 2D4U A; 3ZIB A; 2DB4 A; 2OEV A; 4HE8 D; 4NY3 A; 2WZF A; 3FMS A; 2VC9 A; 4G7Z F; 3WAQ A; 2AWC A; 5DS5 A; 4J7Y A; 3RQG A; 1K40 A; 1FAP B; 1L7C A; 1N1C A; 5JP7 A; 5L3V A; 1T5O A; 3RF3 A; 1D0Z A; 2VH3 A; 4ONS A; 3HNL A; 4IGG A; 1A0B A; 2WZG A; 2J7P D; 3EH1 A; 3TOM A; 2QUP A; 1HE1 A; 4I3M A; 1WTY A; 1H9G A; 3GM1 A; 1RKE B; 2P1A A; 2R7V A; 1V74 B; 1I4Y A; 2YQY A; 2IYL D; 3HNK A; 1D1A A; 3B71 A; 4JW1 A; 3TOL A; 4YWQ A; 2LSE A; 4AL1 A; 1IW7 F; 1XZP A; 1OCO C; 4YT8 A; 3ZTZ A; 5AC5 A; 3SXK A; 5A6K A; 2H7O A; 2KJG A; 1GGQ A; 1HMD A; 3U3B A; 2V3C C; 5FCL A; 4RBN A; 2J0W A; 3G50 A; 4JEA A; 4MW3 A; 4WGY A; 4LDK A; 4XEK A; 4YT4 A; 3KPH A; 2Q7R A; 3F46 A; 5A6J A; 1RXQ A; 2JX0 A; 3A11 A; 1GQA A; 2XLM A; 2Y3G A; 2YRF A; 3U8P A; 2EPN A; 1O87 A; 1OCZ C; 1LS1 A; 2OKU A; 4PFP A; 4AE4 B; 3SNH A; 2XL8 A; 4BJT A; 2ZXR A; 1VYK A; 3WHN A; 1QPU A; 3JRM O; 1NSG B; 2NUP B; 1U89 A; 1FFH A; 1HMO A; 1Y4C A; 4XTK A; 1AUE A; 2F22 A; 1FFT C; 3NG1 A; 4Q5S F; 4YT2 A; 1HY5 A; 2J7P A; 3V5Z A; 4O6M A; 4DVZ A; 5K0I A; 1LE4 A; 5KYW A; 3JYY A; 3KMI A; 3DJN B; 1RJ9 A; 2W45 A; 1Y6D A; 3ATP A; 3VYW A; 4OIP F; 2A6H F; 5AC4 A; 1TWG A; 3T4R A; 3DMD A; 3DJU B; 3EZI A; 5GPG B; 1Z6A A; 4RDA A; 4OIQ F; 5E3A A; 5T3T A; 4BJ1 A; 5KYY B; 5JVE A; 3PDM P; 2J0X A; 4EUK B; 2QLA A; 3L0I A; 3U5S A; 2R03 A; 2IXO A; 2YZS A; 3EGX A; 3ZWI A; 5B3I A; 2OG2 A; 2CCY A; 5DS4 A; 4W8K A; 3S0X A; 1BR4 A; 1M2V A; 2YL3 A; 3FOP A; 3LJB A; 2OJQ A; 1YA7 O; 2IM8 A; 2RD9 A; 2W4M A; 4YN0 B; 1K04 A; 3UNG C; 3OA1 A; 2KC3 A; 4PFO A; 1H6G A; 1M57 C; 3HLZ A; 3LAY A; 2Y3D A; 3ZVR A; 1QLE C; 2DYR C; 3AG1 C; 2G3V A; 4L6R A; 1CGM E; 4IAR A; 3EPV A; 4CDY A; 2Q9C A; 4DOZ A; 2C03 A; 1J8Y F; 5KYX A; 4BG0 A; 4KI2 A; 4JJG A; 3K1I C; 2OEX A; 3SXZ A; 3SZR A; 4K1O A; 2HS5 A; 1TWH A; 2Q9A A; 4FWV A; 1AVO B; 2Q00 A; 3NMI A; 3UMH A; 4J7T A; 1ZU5 A; 2VAS A; 5DQT A; 1K05 A; 4UDV A; 5L0J A; 3BEH A; 2R7W A; 3L34 A; 4FES A; 2W4B A; 1Z7Q c; 3R2P A; 2L6F A; 3RKO F; 4D4X A; 2AP3 A; 2L6G A; 4IAQ A; 3VF0 A; 1QKR A; 4ZLC A; 3NYJ A; 4HEA J; 2XM4 A; 2Q4F A; 3EHN A; 4OIN F; 3VM6 A; 4P6I C; 3RVZ A; 1MND A; 4U5D E; 3VAY A; 3VRC A; 5TJ5 E; 4BJ6 A; 1OR3 A; 5B3S C; 2VCA A; 4ZLD A; 5KYW B; 2M64 A; 3X2Q C; 4BEM J; 2R7X A; 2A6E F; 1RJ9 B; 4BJ6 C; 1NBB A; 2V26 A; 3NMJ A; 1R5I D; 3EG9 A; 3EQL F; 3HNJ A; 3SYN A; 3RH3 A; 4WAB A; 4DXW A; 2IBF A; 1Q0M A; 2NUP A; 3CQZ A; 1CPQ A; 1E2X A; 2E87 A; 3NMK A; 4MVR A; 2KYH A; 2A1D D; 3DZA A; 4I1M A; 4MTO A; 5DLJ A; 3MFN A; 2C04 A; 1WGW A; 2OU6 A; 1ZVZ A; 2FAP B; 1C03 A; 3H65 A; 1ZW2 A; 2PFD A; 3ZQV A; 3EGX B; 1KU2 A; 4Q7C A; 1CGN A; 2YKZ A; 4XEF A; 4GYT A; 4WGZ A; 5DS6 A; 5BQI A; 1DOV A; 1DOW A; 1U6H A; 1LPE A; 2EIM C; 3C63 A; 2P0N A; 2H7B A; 4JC7 A; 4JEB A; 4JIO A; 2KW3 C; 4PR9 A; 5AGF A; 3W2V A; 2D5R B; 1M2V B; 3O39 A; 3C8G B; 1SZI A; 2G62 A; 5E3C A; 1D0Y A; 3Q7G A; 4CS9 C; 3EFO A; 1YVI A; 3IHU A; 2PNO A; 1FMV A; 3L8J A; 4JTC B; 1T6I A; 1OW6 A; 4MTG A; 1A41 A; 3U9M A; 1JPJ A; 1OKK D; 3WOD F; 4CS7 A; 5A6B D; 2XLO A; 2XS8 A; 5FZT A; 2J8W A; 3DE8 A; 3LLK A; 1QZX A; 2AU5 A; 3HTK C; 4G7H F; 3QVZ A; 5EK0 A; 4MTF A; 4CSA A; 4LLC A; 5KYX B; 1QVX A; 2YVK A; 4NQF A; 1XWJ A; 1ORS C; 4EWC A; 4CSA C; 1RCP A; 2CW0 F; 4ANJ A; 3U2L A; 4O6N A; 2W9Y A; 4I44 A; 3C8Z A; 2YEV A; 3FDQ A; 4EBB A; 1E84 A; 1KNY A; 4MVU A; 1MMN A; 3N2Z B; 3JCU Q; 4NTA A; 4NTB A; 3V5Y A; 2Y3B A; 1RMV A; 1JRA A; 2PBE A; 1SMY F; 3ABM C; 1BZ4 A; 3O6X A; 1OXB A; 4E18 A; 1NFN A; 3PCV A; 3Q6N A; 3US6 A; 3C7J A; 1YYJ A; 2WVO A; 1T9K A; 3W8H A; 1VTM P; 2WZL A; 1YZC A; 4GEH A; 3DI5 A; 1ORJ A; 2NSF A; 3WG7 C; 4EIY A; 3S84 A; 3CZ6 A; 3ZG1 A; 3UGP A; 4XPX A; 1EQ1 A; 4E0H A; 4DBR A; 2ZXW C; 4HFF B; 4LDR A; 1SF8 A; 2EIL C; 2JD3 A; 2PF4 E; 2PX3 A; 5E2Q A; 4EBJ A; 1IZM A; 3GEI A; 5A6B A; 1OKK A; 1V55 C; 2B0J A; 4U5G A; 3B0V C; 1HW2 A; 1G5Z A; 2L81 A; 2MYS A; 3B29 A; 2AWY A; 5L0I A; 2HMQ A; 2YL7 A; 3DM5 A; 4K0D A; 2OQM A; 3ZQY A; 3NDB B; 3ABL C; 3C8G D; 3EG9 B; 3GOD A; 4FX5 A; 5A69 A; 3NYL A; 1OR2 A; 1LKX A; 2XLE A; 3FAP B; 3IEE A; 2HSB A; 1GM5 A; 1T6U A; 2ZXP A; 4R32 A; 3MYI A; 3OEO A; 1E83 A; 2XXA A; 1VLT A; 3IQ5 A; 4XWJ A; 1TWA A; 1D0X A; 3GEE A; 1YZA A; 2QE9 A; 4KBL A; 4J30 B; 1D1B A; 3CSK A; 4XPY A; 3RIP A; 2R7Q A; 3BRJ A; 3LUT B; 4MVQ A; 1VOM A; 4PJN A; 2YLG A; 5HV9 A; 1OQC A; 4U5H A; 5L0G A; 1Z63 A; 1JMW A; 1HW1 A; 2R02 A; 2YL0 A; 2FGY A; 2NUT A; 3EJN A; 2CNW A; 3U0C A; 5BQH A; 4YL0 A; 2HKV A; 3EFO B; 4NTF A; 1G4W R; 1ZHX A; 5IY5 C; 4NC3 A; 2YWA A; 5L0F A; 4LER A; 1ZZP A; 2J9U A; 2OJE D; 3W4Y A; 3G4Z A; 2ZPA A; 4LDQ A; 2Y69 C; 4JTA B; 1H7I A; 1OW8 A; 3S90 A; 3AGU A; 4I1O B; 3T9O A; 4DJ9 A; 2J9B A; 1LM3 B; 2PP4 A; 3QW0 A; 3R7C A; 4CBE A; 3LNM B; 3C8G A; 3NKE A; 4XQ1 A; 4PJM A; 3U3F A; 4G0H A; 3K7D A; 1BR1 A; 1VK5 A; 3LEV A; 4U5E E; 1MMD A; 4QDL A; 1QQ3 A; 2UUH A; 4W8P A; 4EKW A; 3RYL A; 2Y39 A; 4Z9H A; 3JSE O; 4OIO F; 4IJJ A; 4YJW A; 3GM3 A; 4N6C A; 5A6A A; 4M63 A; 3ZC4 A; 1YAU O; 1OCR C; 5E33 A; 4OD4 A; 1A7V A; 3QW1 A; 3S9O A; 4CX9 A; 5JLI A; 2M4E A; 3PMR A; 1SR2 A; 2A0B A; 3T6B A; 1XZQ A; 1HE9 A; 1V54 C; 2J45 A; 2KNH A; 3TQO A; 4N6H A; 3ABK C; 3FHD A; 3GEH A; 3JYH A; 4PJL A; 1NZE A; 1ZHT A; 2LQG A; 4BEJ A; 1ZHW A; 4MQ9 F; 3POV A; 4K7B A; 5DQZ A; 2R05 A; 1FNT c; 1U0B B; 3E9V A; 4HFK B; 1VB5 A; 2DGJ A; 1EA8 A; 3AGT A; 5JUA A; 3CEX A; 2G3K A; 4JE9 A; 3RVY A; 2XLD A; 4JJF A; 1QSP A; 1UFB A; 2IOQ A; 3OWT A; 2MHR A; 4DVY P; 5EHH A; 2FFH A; 3DXJ F; 4CIH A; 2Q3T A; 2HV7 A; 2XL6 A; 3KH2 A; 4N4W A; 3O55 A; 2GA0 A; 4CIP A; 2YLI A; 3M15 A; 5D91 A; 3JZ0 A; 1EKY A; 4A2N B; 4LAC B; 1OXK A; 3ZTM A; 2YHS A; 2R7T A; 4XLP F; 2XXA B; 2OCC C; 1YAR O; 3KYI A; 1BR2 A; 3IQ6 A; 4MVS A; 4YL3 A; 3SXM A; 3W2W A; 1TR2 A; 1UG7 A; 2VCB A; 5KYU A; 1PD1 A; 4XLN F; 3FXH A; 5COM A; 5D92 A; 2NUT B; 3MLG A; 4D4N A; 1LIH A; 3V5X A; 2XSE A; 3Q6M A; 2XL4 A; 2HV6 A; 2Z15 A; 2YLD A; 4H4K C; 1Q0F A; 3ASO C; 2OOC A; 3TD7 A; 1NFO A; 2LD6 A; 2Y3H A; 4BPM A; 2XS1 A; 3KKB A; 3IQT A; 1LE2 A; 1Q0G A; 4G7O F; 2A69 F; 1S7Z A; 2XLH A; 3Q7L A; 1NLX A; 5DVW A; 2XLV A; 4EBK A; 3L1M A; 4JVS A; 4KC9 A; 1V4A A; 2WL8 A; 1S05 A; 3JRT A; 4O7G A; 4MS2 A; 3DAF A; 4CS9 A; 1LI7 A; 1C02 A; 3L8I A; 3M4B A; 2X0C A; 4JCH A; 4H54 A; 4OIR F; 3QVY A; 2ZXO A; 2HMZ A; 2QNL A; 3N24 A; 1EI7 A; 3IQC A; 5EGY A; 1A7D A; 3PHF 2; 5F28 E; 3I5Q A; 4P9F A; 4AL0 A; 1YDI A; 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