3UORA

The structure of the sugar-binding protein male from the phytopathogen xanthomonas citri
Total Genus 142
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
142
sequence length
397
structure length
397
Chain Sequence
KTTVRFWAMGKEAEVVAELVADFEKQNPTIHVDVQNIPMTAAHEKLLTAFAADGLPDVCQLGNTWLPEFALLDTLEPMQPYVARSKIVDPADYFPGVWDTNLVDGTLYGVPWYVDTRLLFYRKDLLREAGYSQMPKTWAEMEQVMAAIKRKVGPDRYAILMPLNEFEQQLSFALQQDDRLLRDHDNYGNFRGAGFRKALGFYDNMYQQGWAPKVSETQVSNVWYEFFNGYYAFYLSGPWNVREFKLRQPPGMEGNWGTAPLPGPNGLGAGIAGGSSLVIFKSSQHKDASWKLIEYLSQPQVQARFHAIIGDLPPRRSTWKLPSLANDALAHAFGDQLERVKATPKVLEWERIVQEMRLVTERVVRGGQSHDAAVQELDQRVDEILAKRRWIFEQEGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure determination of a sugar-binding protein from the phytopathogenic bacterium Xanthomonas citri.
pubmed doi rcsb
source organism Xanthomonas axonopodis pv. citri
molecule tags Sugar binding protein
molecule keywords ABC transporter sugar binding protein
total genus 142
structure length 397
sequence length 397
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-11-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3uorA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3uorA02
5DEXA 1MQJA 1AL3A 1SW5A 2FYIA 2HQ0A 4L17A 4OEUA 2DWHA 3A3CA 3VDFA 4EDPA 4E0WA 1A8FA 2DWIA 3G3IA 3Q25A 4PFUA 4R6HA 4F1YA 1Z7ME 2VHAA 3E3KA 5I2KA 1XC1A 5I57A 1H3DA 3IOWA 5H8HB 2HEUA 4YU0A 1FW0A 1B3GA 4GLIA 2X26A 2LAOA 4LZ7A 1OLCA 1WODA 4R72A 1Y3QA 3C4MA 1PEBA 3O9PA 4KYEA 4ZE9A 4HS7A 1IXGA 4NWCA 3U94A 1BP5A 5ICQA 3H03A 5H8NA 2W7YA 3V83A 1B0HA 1MY2A 4ESWA 2B65A 2IEEA 4IY6A 4NE4A 1JETA 1MPBA 2H99A 2HAUA 2REJA 4PFYA 4EUOA 4NF8B 5F7VA 4KD5A 4KQPA 5H8HA 1EZPA 3JYRA 2I0CA 5A5XA 4JXIA 4G4PA 2XXWA 1SI0A 1DSNA 3QK6A 4IO7A 4LZ5A 4KYSA 5EYFA 1DTZA 5M2VA 3L6GA 3DP8A 3SDFA 3U1OA 3K1PA 4LZ8A 4JWOA 3KZGA 2I4BA 1F9BA 2NXOA 4NF6A 4R6KA 1FQBA 2ZYNA 2OZZA 1UQWA 1LSTA 4KYDA 1N76A 3K1NA 4OERA 2Q88A 3KN8A 3VFJA 3FZVA 1CE2A 3K6XA 4KFQA 4MF3A 4O3CA 3PU5A 1BIYA 4H5GA 5CMMA 1QKAA 5CMCA 2GHAA 1LAGE 1B1XA 3T9HB 1FTOA 3PUXE 3VXCA 3FASA 3I6VA 1J1NA 3FVOA 3SEXA 3O2AA 4FECA 4RJZA 3FXRA 1IIWA 3RTFB 4RXLA 3GXAA 1XVYA 4JBZA 1MXVA 2QRYA 1JNFA 3PUZE 1LFGA 2Z22A 4MLVA 3RNNA 4R9GA 4AB6A 4EQBA 2XXVA 1P1OA 3K0VA 2ONSA 3AXFA 3KSJA 3Q29A 3C35A 3VVEA 4N13A 1IXHA 1YPNA 3QYTA 4TLLB 4EF2A 4F1UA 4IO2A 5ICTA 1XVXA 4O3AA 1GV8A 3KOSA 4F22A 2ABHA 4PETA 5CBRA 5CM6A 5KCJB 2X7PA 1QVSA 2NUVA 5TP9B 3T9XB 3IJXB 5I2NA 1A99A 4M1VA 1QJMA 2DSFA 3M8UA 1YCJA 4PQJA 3B6QA 2ONRA 2R6GE 4H6DA 4U1OA 4BDRA 1A54A 5HPQA 2XX8A 1IXIA 4PP0A 1P1QA 1RYXA 3N5LA 3VE1B 3TUSA 5I2NB 2PT2A 2I6EA 3LC8A 4EXLA 4DLDA 3LSXA 4MBPA 3SEYA 1NNTA 3TCHA 3O28A 1JW4A 1B3EA 3OD7A 4OZ9A 2Q2AA 3C32A 5I84A 1D3KA 3IO4A 4BDNA 1MPDA 2I58A 1Y9UA 3L6HA 3MWBA 1ANFA 3G3KA 3PUYE 4K3FA 4ZZEA 3V5AA 5AA1A 1LFHA 3CSBA 4H0WA 3U8QA 4IB2A 3PMWA 4R73A 3VV5A 1AOVA 4ZE8A 2GRVA 1A55A 5H8FB 4ZEIA 1UIVA 1H43A 1GR2A 1TWYA 3H6UA 1HSLA 4GFRA 3CFLA 4R74A 1FTMA 1EH3A 4Q5TA 5A5XB 4GD5A 5H8FA 2I48A 3TYHA 2O84X 3LBSA 4F1VA 4U4SA 1QW0A 1SW2A 3CG1A 3RGYA 3TQLA 3USDA 4DDDA 1MH4A 5AA4B 1NMUA 1SVXB 3MC2A 1MH3A 4IO5A 5BUUA 2I4CA 4YKJA 5DVFA 1EZOA 3OOAA 3FV2A 2PYYA 1MY1A 3PD9A 3IB2A 1P99A 3KJ7A 3O29A 3Q27A 4LVQA 4QF9A 4RK9A 4C0RA 5IAIA 3TTLA 1B7ZA 3IAZA 2XXTA 3T96B 1IEJA 1QUIA 3K1MA 3H3GA 4POWA 3IL1B 2Z8FA 1B51A 4H1XA 3MVWA 5TU0A 5JK4A 2RINA 1QKBA 3MW0A 2NOOA 3WAFA 1PC3A 2XXXA 5DEXB 4Z7EA 1ELJA 1JVXA 3HHGA 2Q8JA 2AL5A 3IO6A 5L9OA 3FV1A 1NKXA 2O51A 2QS1A 1PBQA 3FXUA 4P0GA 3GBAA 4RK2A 4F2OA 1TFAA 2XXQA 3OEKA 3JV9A 1MQHA 3RT6B 3KBRA 3M3FA 4QFKA 3KEIA 5ITOA 4X1BA 5AE4A 2RC7A 5KDTB 1B4ZA 4FE8A 2UXAA 4DXUA 3N6TA 2DQVA 3O97A 3MQ9A 1YAEA 4ZEFA 1ZIUA 3OO7A 3GZGA 2O69A 2ZYMA 1ZJLA 2P2AA 1Z7NE 3K01A 4OTEA 3T9UA 3A3UA 5H8SA 4IO3A 2O1LA 4OESA 1NNPA 4P11A 2QL3A 1SBPA 1XHYA 2QJEA 1H44A 4F19A 3S9NC 1SD3A 2HZLA 3TMGA 3U72A 3C31A 2FNCA 4XXUA 5I59B 3PMXA 1MXZA 4PE5B 2XXIA 4G8MA 4KR5A 2DWJA 5ISUA 3W9VA 3PMVA 5TPAA 3VLWA 1P1NA 2I3VA 1LAFE 2M8CA 3Q26A 3S9MC 3SETA 1UTBB 2Q2CA 2V84A 4GQOA 2QMXA 3EF7A 3SEWA 1AH5A 2Y7IA 3M3KA 4GXSB 1ZBMA 3I5OA 3TEPA 1LFIA 1B3LA 1EU8A 1I6BA 3B6WA 1N84A 4I9DA 3UGWA 4Q8RA 3S2VA 1B46A 1LBCA 1Y4CA 3TDJA 3FD3A 5TP9A 5FHMA 1PBPA 2ZNUA 3W9WA 5I58A 3EHSA 1IQ7A 4G68C 3E9XA 1IZ1A 4YB6A 4IY5A 4F31B 5AA4A 3U92A 3S9EA 5ITPA 4OEVA 1I6QA 1DMBA 3CRBA 1TXFA 4ELRA 2E0SA 2QS2A 3TODA 4NF5B 2NVUB 1LLSA 1A40A 2GH9A 2XX7A 4G8NA 2QPQA 4H67A 2F35A 5DT6A 1B32A 1PB7A 2O6AA 3K00A 4GL8A 2VD2A 2R71A 4POXA 4XKRA 4JSDA 2OBGA 4GIZA 4QFLA 4ELQA 3EPEA 3EN3A 4GVOA 1OMPA 2Y84A 3T93B 3T66A 3PPNA 1MQGA 2UVJA 1FQEA 4G8HA 4DE8A 4HCYA 4DXBA 1T0KA 3QIMA 4FORA 3FVNA 1HSEA 3P7IA 3HPIA 2XXRA 1B7UA 1SQYA 1ZU0A 2AL4A 3C9HA 3DP6A 3IORA 2RKMA 3PD8A 4LONB 4P0IA 3VVFA 2UVGA 3G3HA 4XKPA 2F34A 2ANJA 1MS7A 1N04A 5LOMA 2Q9TA 4G68B 5JTYA 4F3BA 2RC9A 1VSOA 1SDXA 2VOZA 3FVGA 4OFLA 1N3XA 1IITA 3IOTA 4RY1A 2QS3A 4XKQA 1USYH 2OWTA 3EQ1A 1FTLA 5I2KB 2F6PA 4OXVA 3PV0E 4I1DA 5I59A 3N94A 1R1NA 1SYHA 3MUQA 2F7BA 3MP8A 2Z23A 3O6HA 2Z8DA 4FEDA 3U93A 4LA9A 3LUYA 1SI1A 1UTBA 2RF1A 3MZ9A 1OLAA 3EHUA 2ZNTA 3OO9A 4GF8A 2F8DA 1O7TA 4NF6B 3SEUA 4F3GA 1AIVA 3IOVA 1A7LA 1B9JA 5TPAB 1NFTA 4F18A 1MG1A 3DM0A 3MZBA 5K2XA 4YAHX 2H4IA 4KI0E 2F97A 2GFEA 1POY1 2V25A 3DLNA 3H6TA 3TAJA 3K02A 3FVKA 3HSTA 3QUFA 4PFTA 4RNSA 4JSOA 1MXXA 5CMBA 3B7DA 1B40A 2PX1A 2UVHA 2OWSA 2B3BA 1WVJA 1MY4A 4XIGQ 5KDTA 3RN8A 4XTCQ 3B6TA 2V3TA 4NF4A 3TELA 1ZLQA 3SEVA 3ODBA 4OFJA 3D4CA 3T9VA 1US4A 1PB8A 2XXYA 3FJ7A 3PPOA 3G3GA 1KWHA 3HCQA 2XXUA 3TFLA 1GVCA 3TTRA 3PGFA 4GOTA 2UYFA 4YKIA 1H76A 4U23A 3MPLA 2HZKA 3VLVA 5ELVA 4IO6A 3HO7A 4QFNA 2ESNA 2DS9A 2DXRA 1Y20A 1USYE 3BBRA 1D4NA 4ZEBA 2A5TB 5H8QA 2E1SA 2H98A 4FJPA 4KCDA 4QSCA 1LGBC 1JW1A 1MXYA 1XS5A 3ILUB 3LSWA 3TTMA 5AA2B 1NNFA 1JQFA 1JW5A 4G2ZA 1Q35A 2PVUA 5JTYB 3SESA 2BJJX 4RPNA 3SKPA 4H5FA 1LCFA 2B3FA 2YPNA 3TQWA 1N0TA 2I3WA 4U4XA 1DPEA 2XHDA 4KPTA 3IK6B 5F1QA 1B4HA 1DOTA 1OIBA 2F6GA 2XD2A 1N7XA 2Z8EA 4BLAA 3FXQA 4DXCA 3HHFA 2QSXA 2DXYA 4WKMA 1MDP1 3VLUA 4HTGA 4BDMA 2Y7PA 3G3FA 4N6PA 4OQOA 2P0SA 1R6ZA 3OELA 3OMBA 1B52A 3K6WA 2Y7WA 2YJPA 4BDOA 4OETA 3MPKA 4F39A 3OSRA 3H6VA 4ZEDA 1URGA 3RUMA 5FTHA 1MQDA 2VD3A 3QUJA 1I69A 1IXCA 2P1SA 4R6YA 1FTJA 4QFOA 1MXWA 3KSXA 1TT1A 2WKYA 3G3JA 4LQ5A 2FA7A 2PMSA 3MAMA 1A8EA 3RY3A 5BWJA 1UTHB 2Q89A 3HN0A 3GBBA 3OENA 4OFOA 4UACA 5EHSA 4F3PA 4TLMB 4Q0CA 4ELPA 2DVCA 3FJMA 4LQ2A 1B58A 2XXHA 3ZSFA 1B3FA 4HCWA 2VP1A 3O6GA 4ZECA 2Y7KA 1B3HA 4OMBA 4R75A 4BDLA 3RQTA 1VFDA 4FEBA 1MY3A 3TPAA 3QAXA 1LAHE 2H5YA 3O6IA 1FQFA 4O3BA 5EHMA 4ZEKA 1Y1MA 1JEUA 3FUZA 3E13X 4YMAA 4ZZAA 1S50A 1ATGA 3E4RA 3N26A 5DTBA 5AA3A 2UYEA 2HCAA 3HV1A 3IX1A 3K6UA 3ZKLA 3MJNA 2D3IA 2ZYOA 3N6UA 4YB5A 1MY0A 3RT8A 3VXBA 4RYAA 2D21A 3LSLA 4QSDA 5FTIA 2DOJA 1H45A 3R6UA 1TFDA 1N3WA 3IJOB 3ILTB 4I62A 4Q30B 4C1TA 2PT1A 4OENA 2A5TA 5H8NB 3A09A 1P1WA 4R2BA 4MFIA 2PBWA 1MXUA 2ZYKA 1B5JA 2F78A 5AA2A 4NF8A 3F11A 1HSJA 1GTKA 4NTLA 3V8XB 2HAVA 3UORA 3CSGA 3O66A 1MQIA 4IO4A 4IGTA 3CFXA 2F36A 1OVBA 4U21A 1B2HA 3RLFE 1MM7A 4E0XA 1XOCA 4BDQA 4YMBA 4DCYA 5B7DA 4NF4B 4FAJA 1BTJA 3MP6A 1JVYA 1JEVA 2D5WA 4GXAA 1SYIA 3PPQA 4GRKA 3UK4A 4AB5A 2O7UA 4JWXA 3UIFA 2ALUA 4F29A 4EQ7A 3DP4A 1FQAA 4TQUQ 4QSEA 1Y3PA 1B7HA 3KOTA 4TOZA 2CZLA 4MH5A 4EQ9A 5CMKA 1PDAA 4JDFA 1O63A 1DPPA 1FQDA 1AMFA 2RCBA 2THIA 2V3UA 3FIRA 3BFUA 3OSQA 4ZDMA 2ZNSA 5L9SA 1ZTYA 4WEDA 5CBSA 3I3VA 5H8QB 1L5TA 2REGA 3K2DA 3H06B 3KG2A 5CRYA 3H6WA 5IKBA 1LB9A 1MDQA 1URDA 1BLFA 4C1UA 5JEIA 1NH7A 2UVIA 4GWOA 5I57B 3KJTA 3ONMA 3WAEA 5HM4B 3VVDA 5HBCA 4AQ4A 1QUJA 4GL0A 3ZKKA 1LBBA 2OJTA 4I8CA 3K4UA 3OO6A 2YLNA 2VGQA 4EXKA 3C33A 3OXNA 1D9VA 4JWYA 5CI5A 3FJGA 2AYSA 3CR9A 3KFMA 5AA2D 4THIA 3MVYA 3V89B 1FCKA 2XD3A 4ECFA 5J1DA 3IR1A 5L8DA 5I56B 1YTVA 2V3QA 1CB6A 3TTKA 1OVTA 2DP8A 1XT8A 4ZS9A 1VE4A 3BKIB 4ISUA 4IGRA 3THIA 4Z0IA 3TZAA 3UA8A 5CC2A 3MP1A 3FATA 1IUDA 4H8IA 3KN3A 1M5FA 2DVZA 4H8JA 3IB0A 3KN7A 5DVIA 2KLFA 2ZXTA 3BFTA 3IOUA 4G68A 1NL5A 4ONYA 2CMOA 2G93A 4QHQA 3TTNA 3DELB 3ZS6A 1ZMGA 2H25A 3MBPA 2OLBA 3PUVE 4U22A 3Q28A 4XKNA 1B6HA 3QXMA 1BKAA 1US5A 4MLQA 1M5BA 3OEMA 3UN6A 4ELOA 4WEPA 4ND9A 4LATA 2RCAA 3CG3A 4ESXA 4JB7A 2XX9A 3K6VA 2F7AA 2RC8A 4M4GA 1R9QA 4RPOA 1URSA 1SW1A 1ZKBA 4NF5A 4QRZA 2IA4A 4U2RA 2I49A 2DE4A 3S9LC 3IB1A 2X7QA 3TCFA 3UP9A 3QSLA 5DYHA 1GGGA 1B5HA 2DE3A 3MVXA 3MZ1A 3S4UA 1MRPA 3C36A 4OHNA 5KCJA 1LAXA 1WDNA 5I58B 4R2FA 1B5IA 3GLBA 1UIUA 5FHNA 4DCXA 1Y4TA 4FIMA 3SERA 2QMWA 3T22A 2F7CA 2G29A 4YKKA 5K2YA 3RPWA 1N7WA 1VFEA 1POTA 4WXJA 3RTWB 3W15C 1MPCA 1NH8A 3ECRA 1M5CA 1QUKA 2GHBA 1NNKA 1Y1ZA 2O1MA 3R26A 4N07A 4X9TA 2ZMBA 3TCGA 5KZTA 2H9BA 4NEDA 1II5A 2I0BA 3PPRA 4LUBA 4NMYA 4UA8A 4X1DA 1MM6A 4KCCA 3FGSA 2ONKE 1I6AA 1S9TA 3LSFB 3C34A 4EF1A 2HXWA 1QULA 2DE2A 1UTHA 1PB9A 3CVGA 2DWAA 3EHTA 3H7MA 2DYXA 1M5EA 1Y3NA 3M3LA 4OVJA 2QS4A 2R9JA 4KHZE 1M5DA 2HFBA 4H65A 1LCTA 2XXPA 2AIXA 3OO8A 4G77A 2O7IA 3JZJA 4R9FA 1Q1KA 4YB7A 4FATA 4HW8A 4PFWA 4QFPA 3D4GA 3G7WA 4LP2B 4NWDA 4X48A 5DVJA 4RA1A 1RKMA 4YKPA 5FHOA 1B05A 1RYOA 3LR1A 3KGCA 1OQHA 3CFZA 1FQCA 3CIJA 3R7XA 5L9MA 1FTKA 2F5XA 5B70A 1B0LA 2NWJA 2A5SA 2O68A 1P1UA 2OK2A 1B1HA 1O64A 2OCUA 1SW4A 4YZZA 3MVZA 3CI8A 4F3SA 4OYVA 4DIGA 4U1ZA 1VR5A 1D9YA 1LB8A 1S7YA 4YICA 4OWDA 4F2QA 1DTGA 3PPPA 3TKDA 5I56A 1R9LA 3H4ZA 1EZ9A 1OQGA 2V93A 4DZ1A 3PUWE 2Y7RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1SW5A 2DWHA 4E0WA 3G3IA 5EYHA 4R6HA 2VHAA 2LAOA 1WODA 1PEBA 4KYEA 4ZE9A 1BP5A 5ICQA 3H03A 4UABA 2W7YA 4ESWA 2F3DA 1IMFA 4IY6A 4NE4A 1MPBA 2REJA 4EUOA 1KA0A 4G61A 4KQPA 1EZPA 2P3NA 2XXWA 4LZ5A 3DP8A 2XWVA 3K1PA 4NF6A 4R6KA 1FPIA 2OZZA 1LSTA 3K6XA 4H5GA 1LAGE 3VXCA 2OX3A 4FECA 1RDZA 3PUZE 4EQBA 2ONSA 4EF2A 1IXHA 2PFYA 4IO2A 1XVXA 4O3AA 2WYKA 1GV8A 5KCJB 5CBRA 5I5PA 3M8UA 4BDRA 2ONRA 4U1OA 2XX8A 4PP0A 1INPA 3N5LA 3TUSA 5I2NB 3SEYA 1NNTA 3TCHA 1B3EA 3OD7A 3E78A 1D3KA 3IO4A 3PUYE 4GWXA 3MWBA 1D9QA 4H0WA 4PC9A 1UIVA 1H43A 1GR2A 1FTMA 4Q5TA 1SW2A 2CZHA 3CG1A 1FPJA 4YKJA 3Q27A 3KJ7A 3O29A 4RK9A 1B7ZA 3IAZA 2XXTA 3T96B 1QUIA 3K1MA 4I3EA 4H1XA 3MVWA 2NOOA 1PC3A 1ELJA 4F2OA 3GBAA 1TFAA 4X8RA 4O7MA 4FE8A 2UXAA 2QFLA 4ZEFA 1ZIUA 4IO3A 4P11A 5EQ7A 4MAGA 5A5LA 3S9NC 2QVRA 5I59B 1MXZA 4KR5A 1FPDA 3PMVA 1K9YA 3VLWA 2CEXA 4HE2A 2Q2CA 3SEWA 3UGWA 4HE1A 1B46A 1PBPA 2FVZA 5AA4A 4IY5A 4F31B 2KR0A 1I6QA 2E0SA 4H67A 4NGUA 2F35A 1PB7A 4ELQA 3EPEA 3EN3A 2MKZA 1OMPA 1MQGA 4G8HA 4DE8A 1T0KA 3QIMA 4FORA 1ZU0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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