3UORA

The structure of the sugar-binding protein male from the phytopathogen xanthomonas citri
Total Genus 142
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
142
sequence length
397
structure length
397
Chain Sequence
KTTVRFWAMGKEAEVVAELVADFEKQNPTIHVDVQNIPMTAAHEKLLTAFAADGLPDVCQLGNTWLPEFALLDTLEPMQPYVARSKIVDPADYFPGVWDTNLVDGTLYGVPWYVDTRLLFYRKDLLREAGYSQMPKTWAEMEQVMAAIKRKVGPDRYAILMPLNEFEQQLSFALQQDDRLLRDHDNYGNFRGAGFRKALGFYDNMYQQGWAPKVSETQVSNVWYEFFNGYYAFYLSGPWNVREFKLRQPPGMEGNWGTAPLPGPNGLGAGIAGGSSLVIFKSSQHKDASWKLIEYLSQPQVQARFHAIIGDLPPRRSTWKLPSLANDALAHAFGDQLERVKATPKVLEWERIVQEMRLVTERVVRGGQSHDAAVQELDQRVDEILAKRRWIFEQEGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords ABC transporter sugar binding protein
publication title Structure determination of a sugar-binding protein from the phytopathogenic bacterium Xanthomonas citri.
pubmed doi rcsb
source organism Xanthomonas axonopodis pv. citri
molecule tags Sugar binding protein
total genus 142
structure length 397
sequence length 397
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-11-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3uorA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3uorA02
3K01A 1DSNA 1A8FA 3TTMA 4IGTA 2XXQA 3HHGA 1I6BA 4G68A 1TWYA 2AYSA 3G3GA 3H03A 3VVFA 3M3KA 1MXXA 3HPIA 1R6ZA 4I8CA 4LZ7A 1VFDA 1MM6A 1WDNA 4N13A 4N07A 3PMWA 2OCUA 3LBSA 2M8CA 1H43A 1M5DA 2PT2A 4QRZA 4H5FA 2ZXTA 3C9HA 3SEVA 1JW4A 4U21A 4DZ1A 1R9QA 3IL1B 1N7XA 2AL4A 2RKMA 3LSLA 1MXWA 4IY6A 1RYXA 1LGBC 1FQAA 4NF6B 5BUUA 4XKRA 4KFQA 4R72A 4QFKA 2F6PA 2RF1A 4O3BA 1CE2A 5TU0A 3V83A 4GVOA 3UN6A 2Q89A 4XIGQ 2P1SA 2XXYA 4JSDA 4JWOA 3IOVA 4H67A 5AA4B 1FQFA 3K00A 2O69A 4GF8A 3TTLA 4GD5A 1S7YA 1B1XA 3HCQA 4YMBA 1UTBB 2ZYNA 3QYTA 3MVZA 4OFJA 4PFYA 1NNKA 1DTZA 1IEJA 1OMPA 1POY1 5TP9B 4XKNA 5I56B 5DVFA 4DXUA 1T0KA 3FIRA 5CBSA 3DP8A 4GRKA 3EPEA 1JW1A 4YKKA 1SW5A 1Y1MA 3UP9A 5DVJA 2V84A 3IX1A 1MXYA 3H6UA 3VVEA 1B3HA 2GH9A 1B58A 5H8HB 3KOTA 1BTJA 4OEUA 5K2YA 3C4MA 2RC7A 5I2KB 5I59B 3CVGA 4OHNA 3EHSA 3EHTA 2O7UA 3O29A 2O6AA 2UVHA 3TYHA 4BDQA 4IO4A 1DPEA 4OFLA 3RGYA 4KR5A 3E13X 5L9SA 4U2RA 3H06B 4HW8A 4WEPA 3UK4A 2XXWA 4RK9A 1MH4A 4ELOA 1ANFA 3SEWA 3G3JA 3E3KA 3BKIB 1B3EA 1ZBMA 3FGSA 1B5JA 1GVCA 5EYFA 1P1NA 3O66A 3VVDA 4GOTA 5H8NB 4NWCA 3S9LC 4H6DA 2G93A 4ZEFA 1GR2A 4KCCA 1O64A 4RY1A 3BFTA 4U1ZA 3FVKA 2XXVA 3MP8A 4X1DA 4LUBA 1LCFA 1US4A 1Z7ME 4PFWA 4F22A 5ICTA 4F1YA 3S2VA 1R9LA 3G3IA 1IZ1A 3TELA 3H6TA 3M8UA 2UVJA 1FQCA 2F8DA 3N6TA 2HAVA 2UXAA 2QS1A 3U72A 2OWTA 1M5FA 3DP4A 5CBRA 5F7VA 3N6UA 3RT8A 1P1QA 1JNFA 2H5YA 4NF6A 2F78A 3TCHA 1QUKA 2Q2CA 4FORA 3LUYA 3VDFA 4G8HA 4LVQA 3IO6A 4XTCQ 1MQDA 2OWSA 4KHZE 2PMSA 3R7XA 5EHMA 5AA4A 1YCJA 3OMBA 3MPKA 4MBPA 2F36A 1JQFA 4HCYA 2NVUB 4F3BA 4NF8B 1SVXB 1UTBA 4ELPA 1ZU0A 3IOUA 1LFHA 2I4CA 3CR9A 4Z7EA 1P1WA 1Y1ZA 1XHYA 1URGA 5TP9A 1CB6A 3HO7A 3K2DA 4NF4B 4YMAA 1A99A 3K1MA 4QF9A 4GXAA 5KCJB 3W9WA 2HEUA 1B9JA 4WXJA 5CC2A 3PPPA 4KD5A 3ZSFA 2P0SA 2QMXA 1B7UA 5H8HA 5CMMA 1B51A 5I2KA 1IXHA 5I59A 3KSXA 4ZS9A 1N7WA 4DIGA 2I3VA 2XXHA 3MZBA 3MP6A 2Y84A 1SW4A 4KYSA 1LBCA 5AE4A 3MQ9A 1OVBA 2Y7KA 3VFJA 3CSBA 4FEBA 4PFUA 3HN0A 3AXFA 3CFLA 3DM0A 1OVTA 4THIA 1KWHA 2YJPA 4F3PA 4IO3A 3TUSA 4RA1A 5H8NA 5AA2A 3GBAA 3IOWA 1B5IA 3O6HA 4YKIA 3T93B 1XVXA 2P2AA 2UYFA 1NNFA 3MBPA 1HSJA 1MPBA 3M3LA 5A5XB 3OXNA 4R9GA 5AA1A 1TT1A 5K2XA 1P1UA 5HM4B 2XHDA 3PUVE 4L17A 1QKAA 4QFLA 3P7IA 4F3GA 1MY4A 3MP1A 4N6PA 4ZZEA 1LCTA 3K1NA 3HSTA 3SETA 3PV0E 3E4RA 2Y7WA 3ECRA 1MY3A 3QIMA 3FV2A 3CG1A 4LQ2A 2DXYA 4DDDA 5ITOA 2H4IA 1AIVA 1M5CA 2DP8A 4IY5A 1EU8A 2GHAA 1ZMGA 4RPOA 3QUJA 1NNTA 3FVGA 4OVJA 1MXUA 2YLNA 3PD9A 5FTIA 4YU0A 2VD2A 4LATA 2PYYA 3ILUB 1AMFA 3I5OA 4QSDA 4NF8A 2O7IA 5CI5A 4DXCA 2XXTA 1HSEA 2VHAA 4DCXA 1ZJLA 3GXAA 3UORA 5B7DA 1B0HA 1JW5A 1JVXA 4ESWA 3V89B 1MDP1 1NNPA 3L6GA 3ZKKA 3DLNA 4NMYA 2QJEA 4HCWA 5FTHA 4KCDA 4OYVA 1XS5A 3TAJA 4R9FA 3H3GA 3TZAA 4TLMB 1QULA 1Q1KA 2GFEA 4JBZA 1O63A 1B3GA 3USDA 3LSXA 4F3SA 4G8NA 1B3LA 3KBRA 5JEIA 4PFTA 3TQLA 3A09A 3C35A 3BBRA 1I69A 2QMWA 3H4ZA 3KZGA 1Y3NA 3D4CA 3S9NC 4MF3A 2GHBA 2I58A 1UTHB 3KN3A 1US5A 4FATA 2V3QA 3QXMA 2WKYA 1R1NA 2ONKE 3OSQA 3SESA 1PB9A 1FTJA 1O7TA 4YB5A 3VE1B 5KDTA 4ZDMA 2V3TA 2QS4A 4YB7A 1QJMA 4P0GA 1NH8A 3C33A 3V5AA 3RTFB 1ZIUA 2V25A 4ZEDA 2F7AA 2H9BA 4ESXA 3IB1A 1H3DA 3H6WA 4LONB 1MH3A 4IO2A 3K0VA 5A5XA 2I0CA 3VLVA 3HV1A 3EQ1A 3MWBA 4FECA 1DMBA 2ZYMA 4ZEIA 1JEVA 1SI1A 1I6QA 3PUXE 1OQGA 3FVNA 5TPAB 3LR1A 2UYEA 2A5TA 3L6HA 2I0BA 4LA9A 3I3VA 4FAJA 1IXGA 1LAXA 2O1LA 3CFXA 4HS7A 2PX1A 4EXLA 3N26A 4EQ7A 2DOJA 3FASA 2Y7IA 5B70A 5H8FB 1FTKA 2V93A 1RYOA 1VSOA 4G2ZA 1MQIA 1IXCA 4RXLA 4POXA 2A5SA 2VP1A 1H45A 3PU5A 4E0WA 4AQ4A 1JETA 3K02A 2XX9A 1IUDA 2DWAA 4U4XA 2VD3A 1QKBA 4R6KA 4JDFA 4F1VA 2E0SA 4PP0A 1WVJA 2HAUA 4NF5B 1MQGA 1IQ7A 4TLLB 3SEUA 4EQ9A 3VXBA 1MY2A 5CMCA 2G29A 3PPNA 1YPNA 3QAXA 4M1VA 3T9XB 4WEDA 4ZECA 4GL8A 3VLWA 4O3CA 1GV8A 1B7HA 4F18A 1VE4A 2XXIA 1POTA 2Y7PA 4BDOA 1S9TA 3OO6A 3PGFA 2XX8A 4F2QA 5ITPA 4ZE9A 1BP5A 4PETA 2D5WA 5KZTA 1UTHA 5L8DA 3MVXA 5I58B 4H1XA 1MY0A 1DOTA 3HHFA 3F11A 1ELJA 1PC3A 1MXVA 4U22A 5FHNA 3KJTA 1GTKA 2XXPA 4OERA 1TFDA 1VR5A 3UA8A 4OFOA 2W7YA 4NWDA 1D9VA 4C1UA 3TDJA 3IO4A 2F35A 1P99A 3B6QA 1GGGA 3EF7A 3RN8A 1BKAA 1MDQA 5DTBA 1MRPA 1USYH 3U8QA 4XKQA 3PPOA 2HXWA 3IOTA 2ZYKA 5TPAA 1NL5A 1MS7A 3VV5A 2F6GA 3VLUA 4R73A 1B46A 3FXQA 2F97A 3KN8A 4YZZA 3U93A 5I56A 3FVOA 4ND9A 2XD3A 1LFIA 3R26A 3SKPA 4QSEA 4OWDA 1I6AA 2D21A 4QSCA 3PD8A 5H8QB 1M5BA 4EQBA 2XXUA 1WODA 3FJ7A 5H8FA 1N84A 1A7LA 5AA3A 3W15C 1TXFA 5CMBA 4F19A 2QPQA 2FYIA 4R2BA 4ZEBA 3KG2A 4WKMA 4OETA 1B05A 4LP2B 3O6IA 2AL5A 5FHMA 4NE4A 2VGQA 4Q8RA 3K6WA 2ESNA 3ZS6A 1UIUA 3O2AA 4G68B 4RYAA 3MZ1A 4EF1A 4OQOA 5M2VA 3S4UA 3KOSA 4AB5A 2HCAA 4R75A 1OIBA 3FZVA 3S9MC 2QL3A 3DELB 5DEXB 4F1UA 1FQDA 4BDMA 1LAGE 3MAMA 1II5A 2I4BA 1JVYA 2ANJA 2Z23A 2QSXA 1J1NA 1A40A 4R74A 3IK6B 3T66A 5ELVA 3I6VA 5HBCA 1A8EA 4FE8A 3O28A 3U92A 5I58A 3FUZA 4DLDA 4P0IA 2ONRA 4KI0E 1FCKA 4LQ5A 3TCFA 1PDAA 2XX7A 1H76A 1LLSA 3ZKLA 4DE8A 2DVZA 3PUWE 1OQHA 1B32A 2X7QA 1Y20A 1FTLA 1PEBA 3OO9A 4H5GA 4P11A 3MW0A 4POWA 4XKPA 3MJNA 5AA2D 4IO7A 1JEUA 3IORA 2KLFA 3T96B 1MQJA 4KPTA 3JYRA 3OD7A 4KQPA 4QFPA 1DPPA 1TFAA 2DWHA 2QS3A 3D4GA 2DWJA 4IO5A 3CG3A 1AH5A 3C32A 3T9HB 2O68A 4ZEKA 3W9VA 1B2HA 3TTKA 3WAFA 2DSFA 3WAEA 3C31A 4K3FA 4JWYA 4NF4A 5L9MA 4HTGA 2O84X 4RPNA 2Q88A 3IJOB 4OESA 4BDRA 5KCJA 4I9DA 1FTMA 2ALUA 2DQVA 4YAHX 3G3FA 2RC9A 5I2NB 4R6YA 2NOOA 2Z22A 1QUJA 2OLBA 2GRVA 4YICA 3O9PA 2HZKA 2F7BA 3G3KA 1IXIA 2ZMBA 3OEMA 4AB6A 3FXRA 4F39A 2PVUA 5CRYA 3DP6A 2DWIA 1YTVA 2FNCA 4IO6A 1ZLQA 3CSGA 4Z0IA 2V3UA 2Z8EA 3N5LA 4U23A 5J1DA 4MLQA 1USYE 2NUVA 2HZLA 5DVIA 1LBBA 1MM7A 2Q9TA 3SEXA 4H65A 4RJZA 3H7MA 4RNSA 5I57B 1VFEA 3OELA 1N0TA 4KYEA 3QUFA 3TKDA 5DEXA 4ELRA 2H98A 3LSFB 3N94A 5ISUA 2CMOA 1B4ZA 1FQBA 1B52A 3TTNA 1BLFA 4DXBA 3ODBA 4EF2A 3PMXA 4EXKA 5L9OA 2XXXA 3G7WA 4KYDA 2I48A 3RUMA 3RQTA 3MVWA 4F2OA 1NH7A 3TMGA 4QFNA 3UIFA 2PT1A 4I1DA 4U1OA 2F7CA 1RKMA 4M4GA 5JTYB 4OENA 1LB9A 3K6UA 3KGCA 3IB0A 1FW0A 1A54A 2YPNA 2AIXA 5LOMA 5H8SA 2RC8A 1S50A 4JB7A 3IJXB 1PBPA 1SYHA 3B6WA 3K1PA 3PPQA 1ZKBA 3OENA 4C1TA 4YB6A 4TOZA 1BIYA 1QW0A 2NWJA 1P1OA 2B65A 4OMBA 4U4SA 3QK6A 4R6HA 3S9EA 3OOAA 1LSTA 1QVSA 2NXOA 1N76A 2DYXA 1B4HA 2DE2A 2DXRA 3KFMA 2DE4A 2H99A 3OSRA 2X7PA 2XXRA 1LAHE 4YKPA 1B40A 1B5HA 4H8JA 2THIA 5F1QA 3TCGA 1URSA 2ZNSA 1SD3A 2LAOA 1Y3PA 3H6VA 1DTGA 1SBPA 1ATGA 3QSLA 4LZ5A 4TQUQ 4ZZAA 2I49A 3TPAA 5IKBA 5I2NA 3PMVA 3KN7A 4X1BA 3IAZA 3MPLA 3Q25A 4QHQA 4GXSB 1HSLA 2E1SA 4LZ8A 3CFZA 5FHOA 1MPDA 3C36A 5AA2B 4UA8A 4F31B 4EDPA 3MUQA 3FD3A 3IB2A 3KEIA 3TFLA 3T9UA 1NFTA 1URDA 1Y4CA 2ZNUA 3Q27A 2R71A 4PQJA 3RNNA 3FJMA 4NTLA 1Y9UA 4QFOA 4I62A 4GLIA 4MFIA 1XC1A 4OXVA 2D3IA 4Q0CA 5I57A 2CZLA 3SEYA 4C0RA 1A55A 5JK4A 1QUIA 2QS2A 4GWOA 3U1OA 3LC8A 1H44A 1Q35A 3RPWA 3U94A 1IITA 2X26A 4BDLA 2Z8DA 3FV1A 4DCYA 1B7ZA 4NEDA 4PE5B 1D4NA 1PB8A 1OLAA 3PUZE 3KJ7A 3SDFA 2I3WA 1LFGA 2ZNTA 3Q29A 3FXUA 4IB2A 1B3FA 1UQWA 1EZOA 3CI8A 3Q26A 4GL0A 3OO7A 3A3UA 2I6EA 4BLAA 1EH3A 2R9JA 3EN3A 5CMKA 5JTYA 4IGRA 2FA7A 3PPRA 4Q30B 2RCBA 1Y4TA 1NKXA 3Q28A 2B3BA 4G4PA 4ELQA 1B0LA 4H8IA 2REJA 1AOVA 1ZTYA 4MH5A 3B7DA 1LAFE 2Z8FA 2OZZA 4O3AA 3K4UA 1NMUA 2OJTA 3RT6B 1D9YA 1N3WA 2HFBA 2RCAA 4YKJA 2UVIA 3RY3A 4FIMA 3T22A 3ONMA 5HPQA 4GQOA 2IEEA 3GLBA 3E9XA 2ZYOA 5CM6A 4JXIA 1MY1A 3BFUA 4NF5A 2Y7RA 1SI0A 3FJGA 1PBQA 1D3KA 1Y3QA 1XOCA 4FJPA 1N3XA 3A3CA 3JV9A 3K6VA 1OLCA 2VOZA 3IR1A 3JZJA 4OEVA 3K6XA 3MC2A 5DT6A 4ONYA 4ECFA 5KDTB 3O97A 3FATA 4OZ9A 5IAIA 4G8MA 4Q5TA 4F29A 2H25A 4MLVA 5ICQA 1YAEA 1MG1A 4GIZA 1XT8A 3CIJA 2Q2AA 1SYIA 1MQHA 3CRBA 4XXUA 3OO8A 3GZGA 4ISUA 1LB8A 1SQYA 4EUOA 3RTWB 3G3HA 4FEDA 3TODA 2IA4A 4E0XA 2PBWA 4R2FA 1MXZA 3EHUA 3SERA 2O1MA 2REGA 1PB7A 2B3FA 1FQEA 1B1HA 2R6GE 2OBGA 3UGWA 1SW1A 1AL3A 2RINA 4UACA 2A5TB 2ABHA 2F5XA 1MPCA 4GFRA 3T9VA 4RK2A 4X9TA 2DS9A 4JWXA 5BWJA 4G68C 2UVGA 4OTEA 3R6UA 1M5EA 4BDNA 5DYHA 1B6HA 4JSOA 4X48A 1IIWA 3TEPA 1SDXA 4H0WA 2ONSA 3MZ9A 1UIVA 4G77A 3GBBA 4ZE8A 1EZPA 2F34A 2OK2A 1L5TA 2HQ0A 3B6TA 2O51A 1F9BA 1N04A 5H8QA 2DVCA 3MVYA 3ILTB 2DE3A 3PUYE 5EHSA 2XD2A 1XVYA 1EZ9A 3KSJA 2QRYA 3OEKA 2BJJX 3O6GA 3VXCA 3V8XB 3M3FA 3THIA 2Q8JA 3C34A 1FTOA 1SW2A 1Z7NE 3TQWA 3TTRA 3LSWA 5I84A 3RLFE
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3K01A 1DSNA 1QGXA 1A8FA 3TTMA 4IGTA 4PFRA 2XXQA 3HHGA 1I6BA 2BJIA 4G68A 1TWYA 2AYSA 3G3GA 3H03A 3VVFA 3M3KA 4MHFA 1NV4A 1MXXA 3HPIA 1R6ZA 4I8CA 4LZ7A 1VFDA 1MM6A 1WDNA 4N13A 4N07A 3PMWA 3RYDA 2OCUA 3LBSA 2M8CA 1H43A 1M5DA 2PT2A 4QRZA 4H5FA 4PGNA 2ZXTA 3C9HA 3SEVA 1JW4A 1IMEA 4U21A 4DZ1A 1R9QA 5EYHA 5EQ9A 3IL1B 2WX9A 1N7XA 2AL4A 2RKMA 3LSLA 5ESYA 1MXWA 3KC1A 4IY6A 1RYXA 1LGBC 1FQAA 4NF6B 5BUUA 1FPBA 4XKRA 4KFQA 4R72A 4QFKA 2F6PA 2RF1A 4O3BA 3FXBA 1CE2A 5TU0A 3V83A 4GVOA 3UN6A 4NX1A 2Q89A 1FPKA 1FBFA 4XIGQ 2P1SA 2XXYA 1NUXA 4JSDA 4JWOA 3IOVA 4H67A 5AA4B 1FQFA 3K00A 2O69A 4GF8A 3TTLA 2B4LA 4GD5A 1S7YA 1B1XA 5EQAA 3HCQA 4YMBA 1BK4A 3CHGA 1UTBB 2ZYNA 3QYTA 3MVZA 4OFJA 4PFYA 1NNKA 1DTZA 4MX6A 1IEJA 1FPGA 1OMPA 1POY1 4OVSA 5TP9B 4XKNA 5I56B 5DVFA 4DXUA 1T0KA 3FIRA 5CBSA 3DP8A 4GRKA 3EPEA 1JW1A 4YKKA 1NV7A 1SW5A 1Y1MA 3UP9A 1FJ6A 5DVJA 2V84A 3IX1A 1MXYA 3H6UA 3VVEA 1B3HA 2GH9A 2HXRA 1B58A 1NV3A 2Q8MA 5H8HB 3KOTA 1BTJA 4OEUA 5K2YA 3C4MA 2RC7A 5I2KB 5I59B 3CVGA 4OHNA 3EHSA 3EHTA 2FIEA 1DBZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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