3UP9A

Crystal structure of a putative lipoprotein (actodo_00931) from actinomyces odontolyticus atcc 17982 at 2.35 a resolution
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
241
structure length
239
Chain Sequence
DVVTLTVGATPSPHAKILTYINDNLAADAGIKLDIVEYTDYVQPNTALNDGDLDANFYQTVPYLENAEKQFGYNFEAGEGIHLEPLGVFSNKHKSLDELPDGGTIGIISDTANQSRALELLATQGLVSIPEGDVNINTVTKLKNFDFREVEGPQLVRSLDDFDYAVINGNFAQEGGKTISGDALVVESPVDNPAVNVLVWKGDSKKVDAIAKLEKLLHSDEVKQYIEKTWSDGSVIPAFM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a hypothetical protein ACTODO_00931 (hypothetical protein ACTODO_00931, SP17422A, P_02044074.1) from Actinomyces odontolyticus ATCC 17982 at 2.35 A resolution
rcsb
molecule keywords Putative uncharacterized protein
source organism Actinomyces odontolyticus
molecule tags Methionine-binding protein
total genus 75
structure length 239
sequence length 241
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-11-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3up9A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3up9A02
2QS2A 4MFIA 3V89B 3M3LA 3IOVA 4LONB 2G29A 1YPNA 3VXCA 5H8FB 2H9BA 3TODA 3PUZE 3W9WA 4NWDA 1CB6A 1FTJA 4GL0A 3O6GA 3SDFA 2ZYOA 1HSLA 4R73A 3UORA 4XKNA 1OIBA 1JVXA 1OVTA 3V83A 3FJ7A 1BTJA 4GF8A 2O1MA 1MXUA 4GIZA 4YMBA 3MVWA 4H67A 4IGTA 2ZYNA 4U23A 1B6HA 1MS7A 1VFEA 3A3UA 1B3EA 5I59B 5DTBA 4TOZA 2V3TA 3HCQA 1LFGA 2F7BA 1P1OA 3FUZA 3O9PA 4Q5TA 1FW0A 2B65A 1P1WA 3FVOA 1NH7A 4TQUQ 2XX9A 5AA2B 5TPAB 3HSTA 5HM4B 5JTYB 1FTOA 5AA1A 1MXZA 4NF4B 4QHQA 1Y3NA 3PGFA 3VV5A 1YCJA 2XX7A 3A3CA 3TCHA 3S9EA 3KJ7A 1QJMA 1Y20A 2F35A 1IUDA 2XXPA 3A09A 3O2AA 1MQDA 3FXUA 1D4NA 4JB7A 4FECA 4POWA 5L8DA 1H76A 2CMOA 3MVZA 3AXFA 3VLVA 1DTGA 5FTHA 3QSLA 2AYSA 3RGYA 3U94A 3DM0A 1N04A 3BBRA 3HN0A 3D4CA 5I2KB 4ONYA 5I57B 1WVJA 4NF8B 2V84A 4G68C 2UVIA 3PUWE 3O97A 1IZ1A 3Q26A 4Q30B 1B51A 5ITOA 4H1XA 1UIVA 4ISUA 5EHMA 1B7ZA 4F1YA 4KCCA 4QRZA 1SI1A 4DDDA 2OZZA 3OEKA 1MRPA 1NNPA 2R9JA 1I69A 3ILUB 4LATA 5CMMA 3BKIB 3KSXA 4C1UA 2Q9TA 3O66A 3T66A 4Z0IA 2I3WA 4NEDA 2DOJA 3K02A 4NMYA 1DMBA 1TFDA 3Q28A 3UP9A 2A5TB 5L9MA 4FEDA 3TDJA 3GLBA 4GOTA 3C9HA 4NTLA 2HCAA 2Z8DA 5KCJA 4ELQA 4OHNA 5KDTA 4EF2A 2HQ0A 3BFTA 1P99A 4ECFA 1NMUA 4WXJA 4GFRA 2LAOA 5H8HA 1ZIUA 4DXUA 3E9XA 4G68A 3RN8A 2X26A 5EYFA 4DIGA 3B7DA 3U93A 1YTVA 4R72A 1PC3A 1A7LA 4OQOA 4ESXA 1S50A 3IOTA 3OO8A 4YKJA 3VVDA 3T9HB 4IO5A 1QKBA 4TLMB 3H6VA 1SW1A 1H3DA 4F2OA 3OSRA 1A8FA 1GTKA 3SERA 2XXWA 3GBBA 1B3GA 2B3FA 4GVOA 4ZEKA 5KCJB 1D9YA 3TCGA 5CMCA 2GHAA 1B4ZA 4PFYA 1R9LA 2RC9A 4KFQA 1BKAA 3LSFB 3I5OA 1JVYA 3OO9A 2DE3A 5LOMA 5H8QA 2F6GA 5H8HB 4EXKA 3PPOA 2OBGA 1S9TA 4IO4A 4PETA 4YICA 4F31B 1US4A 4BDLA 1VR5A 1B5JA 2Z23A 3G3FA 2PMSA 1ZJLA 3FJMA 1DPPA 4FATA 4F2QA 4ZEDA 1ATGA 3FV1A 2IEEA 3MVYA 2F36A 3E13X 3ILTB 4YZZA 3CRBA 2F7CA 3TUSA 5FHNA 4O3BA 3MJNA 1II5A 2UVGA 2O68A 3MAMA 3S4UA 3C35A 1IXGA 1M5BA 1FQAA 2XXTA 1M5EA 1GGGA 3FD3A 5JEIA 4LP2B 1NL5A 4ZDMA 4JSDA 3JV9A 3H6UA 1LCTA 2O69A 1M5CA 1B2HA 1LAXA 1P1QA 3SESA 3K1MA 3R7XA 4UACA 3JYRA 1VSOA 3KGCA 4GXAA 3MC2A 4BDMA 1O63A 2VP1A 3L6GA 4U21A 4F18A 1N3XA 4EXLA 1P1NA 2NVUB 3PU5A 4ZS9A 1A55A 4OENA 2XXYA 5H8SA 3G3HA 3TTMA 4ZEBA 3KN7A 2OCUA 2E1SA 4ELOA 1SBPA 4ZE8A 3CI8A 3MUQA 5A5XA 2ALUA 4R9FA 1EZOA 1XT8A 3GBAA 3QIMA 2OLBA 2F97A 4U1OA 1Y3QA 1KWHA 4LA9A 3KG2A 4P0IA 4F3SA 2VD3A 2RINA 3VLUA 4RJZA 4HTGA 4OFLA 4BLAA 4R6YA 1L5TA 3FGSA 1B9JA 3KEIA 1MM7A 2ZNSA 4OTEA 5DVFA 2YJPA 5IKBA 2RKMA 3HHGA 4KPTA 4DLDA 3R6UA 3LSWA 1DPEA 4G8HA 2H99A 2DWAA 2CZLA 1D3KA 1JQFA 1SW4A 5CM6A 3U92A 2THIA 2YLNA 3SEVA 3THIA 3GXAA 4BDNA 5A5XB 3IK6B 5DYHA 4YB5A 1D9VA 4LVQA 3PD9A 3TQWA 2GFEA 4YAHX 4K3FA 3TTLA 4G77A 3CFLA 3HPIA 1I6AA 2PVUA 4YKPA 4MBPA 5ISUA 2I48A 3C32A 4OZ9A 3PUVE 1MQHA 3DLNA 3WAFA 2DP8A 5DEXA 2XXIA 5H8NA 1BLFA 1M5DA 1ZTYA 2REJA 2X7QA 4I1DA 2O51A 1A99A 1MY1A 5AA2A 4WEPA 3V5AA 3H3GA 1MY0A 4RXLA 5TPAA 4F39A 3MBPA 1IQ7A 1O64A 3O6IA 4ESWA 1LB8A 1B3FA 5JTYA 5I2NB 4YKKA 4X1DA 4NF4A 2V3QA 1JW1A 3MP1A 3DP4A 4ZECA 4FJPA 1A40A 1B5IA 3CFZA 1XC1A 3IL1B 5HBCA 5IAIA 3IB2A 3OD7A 1XOCA 4QFLA 1LCFA 3I3VA 2XX8A 2I6EA 2XXQA 1FCKA 2Q2CA 3QAXA 3T9VA 1AOVA 3MPLA 5DEXB 1AH5A 3LR1A 3CSGA 1GV8A 5H8NB 3MW0A 2VOZA 3EF7A 1LFHA 2RCAA 5I2KA 2ABHA 5I57A 5KZTA 3K2DA 2F7AA 4NF8A 1I6QA 1O7TA 2Z8EA 3TPAA 2QS3A 1SQYA 1QULA 1IITA 4Z7EA 3OOAA 1ZLQA 3G3GA 5CRYA 3SEXA 4FORA 3OXNA 2I58A 3FV2A 3UIFA 3EN3A 4JWOA 3FASA 3E4RA 1USYE 3RT6B 2DVZA 1CE2A 3EHSA 2HAUA 2XD3A 4G4PA 4LUBA 3H7MA 1IEJA 4H5FA 1B3HA 1UQWA 2G93A 2KLFA 3M8UA 4OXVA 4XIGQ 1AIVA 2OWTA 3PPNA 1MPDA 3IOWA 2P1SA 4QSCA 1RYOA 4OYVA 1LBCA 1B4HA 4DE8A 2A5TA 3B6QA 3QK6A 5TP9B 2O6AA 4U22A 1T0KA 4F29A 3TAJA 2Z22A 1JW5A 4R2BA 1ELJA 1B05A 4KR5A 4EQBA 3Q27A 3F11A 2ZYKA 3SEYA 4R2FA 3TTKA 1Y1MA 1QW0A 3N26A 2QJEA 2QS4A 2NXOA 1MXVA 1MXXA 1YAEA 3OENA 4DZ1A 1ZBMA 3DELB 3OO6A 4FE8A 1OVBA 3RY3A 3VE1B 4OESA 4YB7A 3RUMA 3KJTA 3QYTA 2XHDA 3MVXA 3ONMA 2R6GE 1VE4A 4U4SA 2F6PA 5ITPA 4JWXA 4RY1A 1B0HA 3MZ9A 3ZS6A 4OETA 1BP5A 2PT2A 4U2RA 4BDOA 2F34A 1Q1KA 3ODBA 2PX1A 3LC8A 3VDFA 3B6WA 2F78A 1JEUA 3PMVA 4MLVA 3K0VA 1FTLA 1OQHA 2GRVA 3IO4A 4M4GA 3U1OA 5ICQA 3M3KA 3QUFA 5CMKA 3G3KA 3RTFB 2P0SA 1QUKA 2BJJX 3MPKA 2Q8JA 2XXXA 1Z7NE 1Y9UA 1MQIA 3G3IA 4KYDA 1MY3A 1FQCA 4H0WA 4AQ4A 2O7IA 1AL3A 4EDPA 4QFOA 3C34A 1P1UA 4F3PA 4UA8A 5B7DA 3K6XA 4I8CA 4IY6A 1IXCA 1URGA 2ZMBA 1SYIA 4GRKA 2PT1A 2ZYMA 4YMAA 4MH5A 3H6TA 3QUJA 4GQOA 4X1BA 3TEPA 1N3WA 1TFAA 3CG1A 3SKPA 4E0XA 3O28A 3TELA 5ICTA 4N6PA 3P7IA 3IR1A 4QFPA 1VFDA 4H8JA 1SW2A 5M2VA 2DXYA 1F9BA 1XVXA 3HO7A 3DP6A 1R6ZA 4RA1A 4IO7A 1POY1 4PFTA 3CVGA 4BDRA 2RC8A 1IXHA 1PBPA 2HAVA 3TTRA 2REGA 1B3LA 1B1HA 1MM6A 1FQDA 4R6KA 3W15C 5F1QA 1GVCA 3K6VA 3EPEA 2DWJA 3KSJA 4QSEA 3LSLA 3K4UA 2ZNTA 5I56A 3HHFA 1LAGE 4XKPA 2VGQA 2UYFA 2XD2A 3EHTA 4ELPA 1USYH 2XXUA 3UGWA 2DSFA 1Y4CA 2I0BA 2Z8FA 2ANJA 4AB5A 4ELRA 1RKMA 4LQ5A 3TYHA 3SEWA 2I4CA 2Y7KA 5HPQA 3MP6A 5FTIA 3HV1A 2D21A 2I4BA 2R71A 4FIMA 4GL8A 5AE4A 4LZ7A 4H6DA 4HCYA 5TU0A 2HFBA 5I84A 1TT1A 4HW8A 1OLCA 3GZGA 4RK9A 1DSNA 2UVHA 5K2XA 1JEVA 3PMWA 3K1NA 2IA4A 1WODA 4AB6A 1NNKA 3C33A 3B6TA 1NNTA 1IIWA 2AL5A 3CFXA 3OSQA 4ZZAA 3S9LC 5DVIA 5I56B 3N6TA 1LB9A 3RLFE 2I49A 3FXQA 1JW4A 3K6WA 5JK4A 4MF3A 3ZSFA 3I6VA 1DTZA 4F1UA 2O1LA 4P11A 2VD2A 1NH8A 4Q0CA 1SI0A 3RTWB 1EZ9A 4H5GA 2GH9A 3D4GA 4DCYA 3VLWA 4F3GA 1QUIA 4KYEA 1SDXA 3FZVA 2NWJA 4G8NA 3T96B 1ZMGA 3PUXE 5I2NA 2FNCA 2ZXTA 4QF9A 3FVKA 3FVNA 3KOTA 4YB6A 1IXIA 3U72A 1Q35A 5AA4B 2V93A 3SEUA 2VHAA 4U1ZA 4PQJA 1HSJA 5I58B 1Y3PA 4R75A 4HCWA 1SVXB 1PB8A 1N84A 2DE2A 3OEMA 1NFTA 1A54A 1B32A 1R1NA 2H5YA 3L6HA 4G8MA 2OWSA 2F8DA 3CG3A 5CBSA 4EUOA 2Q89A 1FQBA 1UTHB 2B3BA 2Y7RA 4GWOA 3LSXA 4RYAA 1H43A 4O3CA 3ZKKA 1MXYA 3PPPA 1B40A 3FIRA 4F22A 3OMBA 3N94A 4G2ZA 3RNNA 5CI5A 3RT8A 2QSXA 5TP9A 3MP8A 1Y4TA 3FXRA 3IX1A 3H6WA 2RC7A 3K01A 3CR9A 4KCDA 1MG1A 5J1DA 2QMWA 1PBQA 1UTBA 1SW5A 1XHYA 5L9SA 3PPQA 1FQEA 5AA2D 1QVSA 4WEDA 1MQGA 2UVJA 2Q88A 2H25A 3V8XB 2O7UA 4OEUA 4JWYA 4R74A 1ZU0A 1FQFA 4NE4A 4XXUA 3O6HA 1XVYA 4ND9A 2FA7A 3IJXB 4OFJA 3LBSA 2DVCA 3KBRA 5FHOA 5BUUA 3KN8A 4LZ8A 3G7WA 1UIUA 2H4IA 4L17A 4LZ5A 1GR2A 1OLAA 1B5HA 4KHZE 4X9TA 3QXMA 2D5WA 1UTBB 3MZ1A 3M3FA 4GLIA 3ZKLA 4ZE9A 2NOOA 3H03A 3RQTA 4DXBA 1JETA 4BDQA 2HZLA 1HSEA 3VVEA 2PBWA 3T9UA 1N7WA 4EQ7A 2I3VA 1EH3A 2Q2AA 3N6UA 1FTMA 4ZZEA 2ONKE 2DXRA 2OK2A 1N0TA 4F19A 4PP0A 4JDFA 1S7YA 1H45A 4WKMA 4YU0A 3IJOB 1MY2A 1RYXA 3OELA 4GXSB 1MPBA 1B7UA 1TXFA 4QFKA 1LAFE 4NF6A 3T22A 2P2AA 1MXWA 4IY5A 3T93B 2E0SA 2XXHA 4KQPA 4THIA 2DWIA 1MPCA 1XS5A 4F3BA 2ZNUA 3Q29A 4OWDA 2AL4A 5CC2A 3MWBA 1LLSA 1B52A 3K00A 4RNSA 3N5LA 1EU8A 2F5XA 1ANFA 3IB1A 4E0WA 4OMBA 4QFNA 1MDP1 3FVGA 3OO7A 4NF5A 2QL3A 3PV0E 4JSOA 3TQLA 3UA8A 4H65A 4M1VA 4C0RA 3IB0A 1J1NA 2H98A 4C1TA 3IOUA 4XKRA 1I6BA 4NF6B 1QKAA 3C4MA 2XXVA 4OFOA 1OMPA 1MH3A 3IO6A 1LBBA 1B46A 5K2YA 4RPOA 4PE5B 2DQVA 4KYSA 3DP8A 2V3UA 2QPQA 1M5FA 2V25A 1LFIA 3PUYE 3T9XB 4FAJA 1MDQA 3KZGA 2DE4A 1A8EA 5KDTB 4JBZA 1OQGA 4NF5B 4ZEFA 3H06B 2O84X 5L9OA 4NWCA 3S9MC 4PFWA 1B7HA 2ONSA 1PB9A 3S9NC 4OVJA 2QMXA 2QRYA 4G68B 1Y1ZA 4YKIA 3W9VA 3UN6A 3E3KA 1WDNA 4QSDA 3USDA 4P0GA 1LSTA 1NNFA 4R6HA 1B0LA 4POXA 4IO3A 2DYXA 2Y7IA 3BFUA 3K1PA 3H4ZA 2X7PA 2HXWA 5DVJA 3EQ1A 4XTCQ 2NUVA 3FJGA 2UXAA 3U8QA 1URDA 3C36A 2Y7WA 5CBRA 5CMBA 4N07A 1PB7A 5F7VA 5AA3A 1N76A 1MY4A 4TLLB 1B58A 4O3AA 1Z7ME 5H8QB 4EF1A 5EHSA 3C31A 2RF1A 2PYYA 3Q25A 3O29A 2ESNA 1SD3A 4JXIA 2D3IA 4Q8RA 1FTKA 3KFMA 4FEBA 1ZKBA 3TCFA 1LGBC 2Y7PA 1US5A 2OJTA 2FYIA 1NKXA 3PD8A 1DOTA 4I62A 3UK4A 4EQ9A 4DCXA 5BWJA 1MQJA 4GD5A 3JZJA 3KN3A 3VVFA 1B1XA 1AMFA 4OERA 2GHBA 3R26A 3PMXA 3PPRA 3RPWA 1MH4A 2AIXA 4RK2A 3CSBA 5AA4A 2HEUA 2HZKA 4IO6A 4MLQA 2WKYA 3TMGA 1N7XA 4HS7A 5I58A 4N13A 3ECRA 3TFLA 4XKQA 3TKDA 2A5SA 4LQ2A 2W7YA 1R9QA 3S2VA 1PDAA 1QUJA 1URSA 4F1VA 3KOSA 1PEBA 1UTHA 4I9DA 2YPNA 1JNFA 2ONRA 3SETA 3VFJA 2I0CA 2Y84A 5DT6A 3WAEA 2DWHA 1BIYA 1TWYA 5H8FA 2RCBA 4RPNA 5FHMA 4R9GA 4KD5A 4IO2A 2UYEA 3LUYA 5ELVA 3CIJA 4PFUA 4IB2A 4X48A 2XXRA 3MQ9A 4DXCA 2M8CA 4KI0E 3IAZA 3IORA 1LAHE 2QS1A 3K6UA 5B70A 4OEVA 2DS9A 1POTA 3TZAA 3EHUA 4H8IA 4U4XA 3FATA 3MZBA 3TTNA 5I59A 3G3JA 3VXBA 1EZPA 4IGRA 1SYHA 1H44A 4ZEIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QS2A 4KXPA 4MFIA 3V89B 3M3LA 3IOVA 4LONB 2G29A 1YPNA 3VXCA 5H8FB 2H9BA 3TODA 4P9KA 3PUZE 3W9WA 4NWDA 1CB6A 1FTJA 4GL0A 3O6GA 3SDFA 2ZYOA 1HSLA 4R73A 4GX4A 3UORA 2OX3A 4XKNA 1OIBA 1JVXA 1OVTA 1QGXA 4AS4A 3V83A 3FJ7A 1BTJA 4GF8A 2O1MA 1NV6A 1MXUA 4GIZA 4YMBA 3MVWA 4H67A 4IGTA 2ZYNA 4U23A 1B6HA 4DI3D 1MS7A 1VFEA 3A3UA 1B3EA 5I59B 5DTBA 4TOZA 2V3TA 3HCQA 1LFGA 2F7BA 1P1OA 3FUZA 3O9PA 4MCOA 4Q5TA 1FW0A 4PAIA 2B65A 1P1WA 3FVOA 1FPDA 1NH7A 4TQUQ 2XX9A 5AA2B 3KC0A 4PAFA 5TPAB 1NV1A 3HSTA 5HM4B 5JTYB 1FTOA 5AA1A 1MXZA 4NF4B 4QHQA 1Y3NA 2FBPA 3PGFA 3VV5A 1YCJA 2XX7A 3A3CA 2ZZVA 4N4UA 2JJKA 3TCHA 4MEVA 3S9EA 3KJ7A 1QJMA 1Y20A 2F35A 1IUDA 2XXPA 3A09A 3O2AA 1MQDA 3FXUA 1D4NA 4JB7A 1IMEA 4FECA 4POWA 5L8DA 1H76A 2CMOA 3MVZA 3AXFA 3VLVA 1DTGA 5FTHA 3QSLA 2AYSA 3RGYA 3U94A 3DM0A 1N04A 3BBRA 3HN0A 4PCDA 1IMDA 3D4CA 5I2KB 4ONYA 5I57B 1WVJA 2WYPA 4NF8B 2V84A 4G68C 2UVIA 3PUWE 3O97A 1IZ1A 3Q26A 5EQ9A 1RDXA 2WBDA 4Q30B 1B51A 5ITOA 4H1XA 1UIVA 4ISUA 4X04A 5EHMA 1B7ZA 4F1YA 2F3DA 4OVQA 4KCCA 4QRZA 1INPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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