3UP9A

Crystal structure of a putative lipoprotein (actodo_00931) from actinomyces odontolyticus atcc 17982 at 2.35 a resolution
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
241
structure length
239
Chain Sequence
DVVTLTVGATPSPHAKILTYINDNLAADAGIKLDIVEYTDYVQPNTALNDGDLDANFYQTVPYLENAEKQFGYNFEAGEGIHLEPLGVFSNKHKSLDELPDGGTIGIISDTANQSRALELLATQGLVSIPEGDVNINTVTKLKNFDFREVEGPQLVRSLDDFDYAVINGNFAQEGGKTISGDALVVESPVDNPAVNVLVWKGDSKKVDAIAKLEKLLHSDEVKQYIEKTWSDGSVIPAFM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a hypothetical protein ACTODO_00931 (hypothetical protein ACTODO_00931, SP17422A, P_02044074.1) from Actinomyces odontolyticus ATCC 17982 at 2.35 A resolution
rcsb
source organism Actinomyces odontolyticus
molecule tags Methionine-binding protein
molecule keywords Putative uncharacterized protein
total genus 75
structure length 239
sequence length 241
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-11-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3up9A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3up9A02
2F6GA 2ZYNA 4Q0CA 5CMBA 1B0LA 4UA8A 3TTLA 3TCFA 4NF8B 3EQ1A 2ZMBA 3K6XA 4ZEFA 4BDLA 1OVTA 2XXRA 4PETA 3PUVE 4QFKA 3O6HA 2HZKA 3WAFA 4PFWA 1ZLQA 2XXVA 4KR5A 2XX8A 4KPTA 3C33A 3Q26A 4JB7A 3CFZA 4P0GA 4WEDA 3A09A 4KYSA 1GV8A 2I48A 2XXXA 4HS7A 3U93A 4OFOA 1A55A 1LFIA 1CE2A 3MZ1A 3MC2A 4KCCA 4ESWA 3ONMA 1B9JA 3N5LA 3VXBA 4O3BA 3LC8A 4OETA 1MRPA 1JEVA 3H6WA 1TFAA 3HO7A 4F2QA 3V89B 4OHNA 4GF8A 1EZPA 1QUKA 4R74A 5FTIA 1OIBA 2UVHA 4OERA 3TMGA 1S50A 1Q35A 5I2NA 4H1XA 1FCKA 3FUZA 2Y84A 1TXFA 4OVJA 3U72A 4EXLA 3DP4A 1UTBA 1Z7ME 4BDNA 1MY0A 2REJA 3CR9A 4F1VA 2NUVA 2QJEA 4ZZEA 4Z7EA 1FW0A 4ISUA 1IITA 3MPLA 4H5FA 1PC3A 2X7PA 3W15C 4BDMA 4EDPA 2ZYMA 1FQDA 3FASA 1UIVA 1MXZA 2HQ0A 1P1OA 3O28A 3CSBA 1UQWA 4JWXA 4M4GA 4NF6B 5HBCA 3T9HB 2HAVA 1DMBA 4XKNA 4Q8RA 2HCAA 2ANJA 1NMUA 5I56B 4I9DA 3O6GA 3HHFA 3Q28A 1POTA 4HCWA 4ZECA 5DVIA 2XHDA 3FATA 5EHSA 2F97A 4DE8A 1QW0A 3TELA 2H9BA 2PX1A 2RC7A 2XX7A 5ITOA 4ZEKA 4EQ7A 3RTFB 1IZ1A 1CB6A 3P7IA 1PBPA 2V3UA 2I6EA 3VDFA 1VR5A 3F11A 1B3LA 1N7XA 4HW8A 2OLBA 1GVCA 4POWA 5AA4A 3KG2A 4QFOA 3KSXA 1MXXA 2I0BA 3MP6A 4F1YA 4LVQA 4G8NA 3M3LA 3PUYE 3KN7A 1N04A 1LFGA 2I49A 3FV1A 3KN8A 1MM6A 1QULA 1SW1A 1IEJA 3OXNA 3TTMA 4LZ7A 1SI0A 2E0SA 1MQIA 3FD3A 1D4NA 2FNCA 2I0CA 2R71A 4G8HA 1HSEA 4KD5A 1A99A 3C31A 1B3HA 1MQJA 3C36A 3IL1B 3RQTA 4TQUQ 3OMBA 3QXMA 5LOMA 5JEIA 1RKMA 4YKPA 5I57A 1LAXA 1P99A 2Q8JA 2F35A 5I58A 2O1MA 1PDAA 2CMOA 2B3BA 4G68A 3FJGA 2QS1A 3BFTA 4KQPA 4PFYA 2XXIA 4XXUA 5L9MA 4H0WA 2ZNUA 3FXQA 1A54A 1HSLA 1US5A 3CFLA 3K01A 1IXIA 2QS4A 5AA1A 4X1DA 3TODA 2PT2A 4THIA 4DXBA 3IB1A 1WODA 4G68B 3OOAA 2V84A 5TP9A 4AB5A 5KCJB 1ZU0A 3KSJA 1JEUA 4O3CA 2P2AA 4MH5A 4XKPA 2REGA 4F29A 3MUQA 3PPQA 5B7DA 1IXCA 2Y7KA 3LSLA 3V83A 5J1DA 1QVSA 2DE3A 1Z7NE 3CSGA 3MZBA 5H8QB 2Q2CA 4H6DA 1OMPA 3KGCA 1D9YA 4N07A 1FQCA 1NNKA 3FJ7A 4PE5B 1TT1A 2X7QA 4ESXA 3SEVA 3PPOA 1B4ZA 2GH9A 3QYTA 1P1QA 1FQEA 2OBGA 3MVZA 3TKDA 1XT8A 1B3EA 3G3FA 3KN3A 1SW2A 1H44A 4DLDA 4DIGA 1IIWA 3TTRA 3PUZE 3PUXE 4IY6A 3RLFE 4LZ8A 4HTGA 2H25A 1ZJLA 4YMAA 3I6VA 4G2ZA 5KDTA 3UK4A 5H8QA 3T9VA 1MH4A 1NNFA 2PVUA 3MBPA 2AL5A 2Q2AA 3MZ9A 1NL5A 3K02A 3PU5A 4G4PA 1MPCA 4RK2A 3DP6A 4ZS9A 3RN8A 3TQLA 1MPDA 1MXWA 3QIMA 4LQ5A 3RT8A 1B52A 1OVBA 1II5A 1RYXA 4GRKA 5JTYB 2XXYA 4OYVA 3R7XA 1NH7A 4RPOA 3UGWA 5BUUA 1B0HA 1B46A 2RF1A 2VGQA 2NOOA 1JW1A 3G3KA 2XXHA 1URDA 3D4GA 3H3GA 3KEIA 1I69A 3SEYA 3QUFA 2QPQA 2HXWA 4NF5A 1VFDA 4JSDA 3S9NC 1BKAA 2QRYA 2XX9A 3KFMA 4GD5A 5A5XB 1B40A 5IKBA 4DCYA 1Y3NA 3GLBA 1Y9UA 5AE4A 3M8UA 3UORA 4N13A 2Y7IA 3PV0E 3W9VA 3MQ9A 1SVXB 3CVGA 2FYIA 2DXYA 1LSTA 4JBZA 4EQ9A 2Q88A 3IOWA 1LCTA 1NH8A 5TP9B 3FVOA 2I4BA 2Y7PA 4E0WA 1M5FA 4RY1A 4ELPA 4F2OA 1LB8A 2F5XA 1DPPA 2VP1A 1GTKA 5ICTA 3IOUA 3I5OA 3S2VA 1FTOA 2ZXTA 1LAGE 1HSJA 2YJPA 1Y1MA 3LBSA 4R6HA 3T93B 3H06B 4E0XA 5JK4A 4KHZE 1MY1A 1XS5A 3TPAA 4KYDA 4OTEA 5TPAA 5DVFA 3MJNA 4KCDA 2Z23A 3IAZA 5KCJA 4C1UA 4MLQA 4F19A 3FVKA 1YPNA 3VLWA 3KOSA 3KZGA 4P11A 4NF4B 1B58A 4TLMB 1B6HA 4BLAA 2B65A 4XKQA 3CG3A 5DYHA 3UIFA 4ELRA 4U4SA 3UA8A 3QSLA 5AA2D 3FXRA 2ONRA 3PGFA 4OWDA 5TPAB 4IO2A 4OESA 4DXUA 3T96B 4R2BA 1IXGA 3SEXA 3TCGA 3UN6A 1B4HA 2QSXA 3N6UA 3C34A 1B05A 3IB2A 4FEBA 1N3WA 2DWJA 4LONB 2QL3A 2F7BA 1MDP1 3D4CA 4GXAA 3PPPA 2R9JA 1ANFA 4AB6A 1XHYA 1S7YA 2O1LA 3IK6B 1B7UA 1B7HA 3ZS6A 2D3IA 2W7YA 4XIGQ 3TFLA 3EN3A 5L9OA 4C0RA 2Q89A 1DSNA 1URSA 2OJTA 4BDQA 3FVGA 1N3XA 3ZKKA 3H7MA 4EF2A 1TWYA 3H6UA 3G3GA 3TCHA 1B7ZA 4U21A 4ZEIA 4GWOA 5K2YA 3LSWA 5EYFA 1YTVA 1PBQA 2XXWA 3GBAA 1B1XA 3EHSA 4FIMA 3O97A 3TZAA 2Z8DA 3E9XA 1XVXA 1MXVA 4KFQA 4QSEA 3ZKLA 2A5TB 4ECFA 1BLFA 1MQGA 2QS2A 4RK9A 1SW4A 3BKIB 3KOTA 4WXJA 2O7UA 3TTNA 2NXOA 3ZSFA 1NFTA 1EZOA 1BIYA 3C9HA 1FTKA 3O6IA 5EHMA 3VXCA 2A5SA 3MP8A 3OO7A 4NWDA 4QHQA 4TLLB 2XXPA 3C35A 4H5GA 1FTJA 4LZ5A 1PB7A 2HZLA 3MAMA 4OFLA 4YU0A 4FATA 5CBSA 3TEPA 4ZDMA 4R6KA 4OEUA 3JYRA 4MLVA 4PP0A 3T66A 4GOTA 1B51A 2HAUA 5A5XA 3PD8A 1DOTA 4FAJA 2DWIA 3IB0A 3K6VA 1GR2A 4IO7A 1SW5A 1GGGA 4AQ4A 4G68C 4MF3A 3S9EA 1JETA 1IUDA 5AA2B 4R2FA 5ITPA 2YLNA 3IO6A 3LSFB 5DTBA 1SBPA 1TFDA 3T9UA 2H99A 4GXSB 4NF6A 3Q29A 3VE1B 4YMBA 3ILTB 2DVCA 1MY4A 1NKXA 3IR1A 4LUBA 5I56A 4LQ2A 4NE4A 3OO9A 2DSFA 4F3SA 3MWBA 3QUJA 3SEWA 4X1BA 2Z8FA 2ONKE 3U8QA 4GIZA 1B1HA 2QS3A 1UTHB 1NNPA 3FVNA 3VLUA 2DQVA 2DS9A 3CI8A 3K1PA 4L17A 4X9TA 4XTCQ 3S4UA 4U23A 3DM0A 5AA3A 2F7AA 5FHOA 3PD9A 5B70A 4POXA 5CRYA 2GHAA 5I2KB 3QAXA 2DE4A 4OEVA 5IAIA 4IY5A 4PQJA 2PMSA 2UVGA 4IGTA 3VVDA 1UTHA 2OCUA 3IO4A 3E3KA 2ESNA 2P1SA 2XXTA 4JXIA 5AA4B 1Y3PA 2PT1A 4F3PA 1ZIUA 2Z8EA 1S9TA 3G3JA 4IGRA 1SD3A 4DCXA 2QMXA 2O84X 3K1NA 2XXQA 3TDJA 4RNSA 4NTLA 1H43A 1LGBC 1NNTA 3OO8A 5TU0A 1Y4TA 3G7WA 3H4ZA 4MFIA 3T9XB 2VOZA 4NWCA 3RGYA 1MXYA 2VHAA 1WVJA 4QFLA 3VLVA 4DZ1A 4LP2B 2H98A 3BFUA 4NEDA 4O3AA 4PFUA 5I57B 4ONYA 4PFTA 1USYH 3G3IA 4F1UA 4F22A 4ZE8A 1A8FA 1AL3A 2GHBA 2O68A 2IEEA 3FXUA 4I8CA 4EF1A 2QMWA 1JW4A 2DOJA 3VFJA 4QFNA 1AH5A 4GQOA 5FHMA 1H45A 1DPEA 1ZKBA 1N84A 1QKBA 4U2RA 4IO6A 2GRVA 1MM7A 3RT6B 3LR1A 3OSQA 4GVOA 2VD2A 4H8IA 1US4A 1POY1 3W9WA 1IQ7A 1LAFE 1SYHA 2ZNTA 3CG1A 3R26A 4KI0E 4RA1A 3S9MC 1I6BA 1AIVA 1PB8A 2YPNA 5H8HA 5I2KA 3H6VA 4FE8A 1WDNA 5H8SA 4QSDA 2NWJA 3MVYA 3E4RA 3QK6A 4IO3A 4R73A 2Y7WA 3B6QA 4DDDA 1O64A 1R6ZA 4H67A 4JWYA 2D5WA 3IOVA 4R72A 4EQBA 1N7WA 2OK2A 3M3KA 3N26A 2X26A 4ND9A 3CIJA 4RXLA 5H8NB 3I3VA 5CC2A 3OEMA 2ZYOA 3UP9A 2RC8A 2P0SA 5CMKA 3M3FA 3FV2A 1XC1A 1LAHE 1SYIA 3K1MA 2PBWA 4FORA 2RC9A 4GFRA 1ELJA 3TAJA 4HCYA 3GBBA 2O69A 1FTMA 2UVIA 3Q25A 5DT6A 1O63A 4H8JA 5K2XA 3HV1A 2DXRA 5L8DA 3U1OA 1FTLA 3O9PA 4R9GA 1MQHA 3K4UA 1A40A 1OLCA 1FQFA 2D21A 5L9SA 1KWHA 2Z22A 3IJXB 1MS7A 4IB2A 5I2NB 1Q1KA 4UACA 5ELVA 5KDTB 4RJZA 1OLAA 1OQGA 2F8DA 2ONSA 2PYYA 2G29A 4Q30B 3TTKA 4N6PA 1JW5A 1T0KA 2CZLA 1D9VA 2XXUA 3H03A 1P1WA 4OMBA 4FJPA 4U4XA 3L6HA 1YCJA 1R9LA 3OELA 4F39A 1JVXA 4FEDA 5FTHA 3SERA 3MP1A 4M1VA 2OWSA 4F18A 3FGSA 4OENA 3EHUA 3DELB 2AYSA 2O51A 2RCBA 3HHGA 3MW0A 5JTYA 3U94A 4ZEBA 3TQWA 1P1NA 5CI5A 4U1OA 1XVYA 5M2VA 4F3BA 2I3VA 4LA9A 4I1DA 1M5CA 1M5BA 3PMWA 1MH3A 2XD3A 1H3DA 1QJMA 3FIRA 4QFPA 4YZZA 4EUOA 2RCAA 1DTGA 1A7LA 3FJMA 3EF7A 4TOZA 1J1NA 1SI1A 1UTBB 2M8CA 3U92A 2UYEA 3GXAA 1B5IA 3N94A 4R6YA 4NF4A 5F7VA 3RUMA 3OD7A 2A5TA 3PUWE 1UIUA 4F31B 4H65A 3RNNA 2I3WA 1FQAA 3O29A 3K00A 3LSXA 1SDXA 1ZBMA 5H8NA 1PEBA 3OO6A 1QUJA 2UVJA 1VE4A 4FECA 3K6WA 4P0IA 2DVZA 3LUYA 4YB6A 4ZE9A 2G93A 4MBPA 1B5HA 3G3HA 2FA7A 4QF9A 4ELOA 1LCFA 5I59B 4JWOA 3SDFA 3HCQA 4KYEA 1EH3A 3PPRA 3HSTA 2GFEA 4WEPA 4OZ9A 2DWAA 3E13X 3V8XB 3ILUB 1Y20A 4GL0A 4JDFA 5CBRA 2DP8A 2ABHA 5FHNA 1R1NA 3IJOB 2DYXA 2ZYKA 4OXVA 1B2HA 1VSOA 1R9QA 4BDOA 1F9BA 5I59A 1P1UA 3B7DA 4WKMA 1L5TA 4R75A 2AIXA 2Q9TA 3R6UA 3GZGA 1B3GA 3C32A 3OENA 4BDRA 5AA2A 1MQDA 2VD3A 1M5EA 1N0TA 1JNFA 3VV5A 3BBRA 4OQOA 2I4CA 3K2DA 3HPIA 3L6GA 4YAHX 1LBBA 3A3UA 4XKRA 3VVFA 1LFHA 3K0VA 1I6QA 4G77A 2NVUB 1MY3A 2F36A 4NF8A 2DWHA 1EZ9A 3IX1A 2OWTA 4QRZA 2F7CA 1ZMGA 3SESA 3B6TA 3TYHA 5DEXB 4RPNA 4IO5A 4GLIA 1N76A 2ALUA 1B3FA 2V93A 2BJJX 1LB9A 3AXFA 3OEKA 4ELQA 1VFEA 1QUIA 1A8EA 1BP5A 3THIA 4RYAA 1ATGA 2V3TA 3IORA 3K6UA 4G8MA 1URGA 3CFXA 1MPBA 4R9FA 2F6PA 3RTWB 3WAEA 2HFBA 3OSRA 1IXHA 1YAEA 1JQFA 2B3FA 2F78A 3FZVA 5CMMA 1D3KA 1OQHA 3KJ7A 3SKPA 3HN0A 3MVXA 1EU8A 2I58A 3DLNA 4OFJA 2THIA 3PMXA 2OZZA 5HPQA 2R6GE 3O2AA 4NF5B 5ICQA 3EHTA 5CMCA 3DP8A 4C1TA 1AMFA 4X48A 4YKJA 4QSCA 5H8FB 4U1ZA 1JVYA 4IO4A 3T22A 3EPEA 4F3GA 5I84A 3S9LC 2UYFA 1LLSA 4YKIA 4ZZAA 3KJTA 2RKMA 4NMYA 4Z0IA 1RYOA 5KZTA 3Q27A 1AOVA 3RPWA 1H76A 5F1QA 3JV9A 1MXUA 2IA4A 3V5AA 4I62A 3O66A 5H8FA 5H8HB 1O7TA 2XD2A 3SETA 4YKKA 1QKAA 2E1SA 2Y7RA 1Y4CA 2AL4A 4U22A 3A3CA 3TUSA 3IOTA 4YICA 4YB7A 4JSOA 4EXKA 1BTJA 1B5JA 3ECRA 3JZJA 4Q5TA 3PPNA 3USDA 4YB5A 5I58B 1LBCA 1SQYA 2V25A 1Y3QA 3MVWA 2O7IA 3B6WA 3RY3A 2UXAA 1PB9A 1MG1A 3SEUA 2HEUA 3VVEA 2KLFA 2DE2A 2H5YA 2ZNSA 2WKYA 4LATA 2O6AA 3N6TA 3H6TA 4K3FA 1MDQA 5HM4B 5ISUA 4GL8A 3ODBA 1XOCA 1MY2A 2H4IA 1DTZA 4ZEDA 5DVJA 1USYE 2RINA 3MPKA 2LAOA 5DEXA 4DXCA 2F34A 3CRBA 1M5DA 3C4MA 3PMVA 1Y1ZA 1ZTYA 5CM6A 5BWJA 3KBRA 1B32A 1FQBA 1I6AA 2V3QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5EYHA 1B0LA 3TTLA 1FPJA 4ZEFA 4BDLA 2XXRA 4QFKA 3O6HA 3CHGA 2XXVA 5ET8A 3C33A 4JB7A 2OX3A 1CE2A 3MC2A 4KCCA 5ESYA 3VXBA 4O3BA 1MRPA 3FXBA 4R74A 1Q9DA 1Q35A 1XI6A 4H1XA 2Y84A 1TXFA 4EXLA 4BDNA 1MY0A 2REJA 4ISUA 1PC3A 2ZYMA 3FASA 2HQ0A 3TTNA 3CSBA 4Q8RA 1POTA 5DVIA 3FATA 4DE8A 4EQ7A 3LUZA 3RTFB 2B4MA 2V3UA 3VDFA 1VR5A 3F11A 4HW8A 1GVCA 4POWA 3FBPA 4QFOA 3PUYE 1DCUA 2I49A 1IEJA 3TTMA 2E0SA 3FD3A 2R71A 4G8HA 3C31A 3RQTA 1MQJA 3OMBA 1LAXA 1P99A 5I58A 5ET6A 3FJGA 2XXIA 5L9MA 1US5A 3CFLA 5AA1A 4F29A 2Y7KA 3V83A 1QVSA 5H8QB 2Q2CA 3HFUA 3KGCA 1AWBA 4PE5B 1TT1A 2X7QA 1B3EA 1H44A 1KA0A 3MBPA 2PVUA 2Q2AA 4MNIA 4G4PA 4RK2A 4HE1A 3E79A 1LBVA 5BUUA 2WEFA 3D4GA 3S9NC 1I69A 4NF5A 2HXWA 1BKAA 3KFMA 1Y3NA 2QVVA 2FIEA 2FYIA 1LSTA 1YYZA 5TP9B 4F2OA 2I4BA 2Y7PA 1M5FA 2CZKA 1DPPA 2YJPA 1HSJA 3T93B 4R6HA 4E0XA 4KHZE 3TPAA 2HHMA 3IAZA 5KCJA 2QFLA 2XWOA 4P11A 4ELRA 4BLAA 1B6HA 4XKQA 4U4SA 3FXRA 2ONRA 4OWDA 2ZZWA 2VT5A 3T96B 4R2BA 3N6UA 3IB2A 1N3WA 2DWJA 3D4CA 2F7BA 1ANFA 1XHYA 3IK6B 3ZS6A 1B7HA 3EN3A 1NV0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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