3UP9A

Crystal structure of a putative lipoprotein (actodo_00931) from actinomyces odontolyticus atcc 17982 at 2.35 a resolution
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
241
structure length
239
Chain Sequence
DVVTLTVGATPSPHAKILTYINDNLAADAGIKLDIVEYTDYVQPNTALNDGDLDANFYQTVPYLENAEKQFGYNFEAGEGIHLEPLGVFSNKHKSLDELPDGGTIGIISDTANQSRALELLATQGLVSIPEGDVNINTVTKLKNFDFREVEGPQLVRSLDDFDYAVINGNFAQEGGKTISGDALVVESPVDNPAVNVLVWKGDSKKVDAIAKLEKLLHSDEVKQYIEKTWSDGSVIPAFM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a hypothetical protein ACTODO_00931 (hypothetical protein ACTODO_00931, SP17422A, P_02044074.1) from Actinomyces odontolyticus ATCC 17982 at 2.35 A resolution
rcsb
source organism Actinomyces odontolyticus
molecule tags Methionine-binding protein
molecule keywords Putative uncharacterized protein
total genus 75
structure length 239
sequence length 241
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-11-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3up9A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3up9A02
2AL5A 3ECRA 2I0CA 5L9MA 4G77A 5FTHA 3KN3A 2V93A 4ESWA 1AOVA 2V3UA 3HHFA 2QMWA 2DVZA 3TFLA 3O6IA 5AA3A 1H43A 5TP9A 3VLVA 5B70A 3FXQA 4THIA 1LAFE 2I49A 5JK4A 3TQLA 3V8XB 3LSFB 4I8CA 3IR1A 2GHBA 3HHGA 1B1HA 1IXHA 1EZ9A 1LAHE 3VVDA 1MDP1 4ELQA 3EHUA 3PMXA 3G3GA 3T93B 4YB6A 1N3WA 1N3XA 1M5BA 2VD3A 4LVQA 4BDRA 4BLAA 2OJTA 1SBPA 3C36A 4XXUA 1B3HA 1MY1A 1S9TA 1B6HA 4H1XA 4F1VA 1ZKBA 1T0KA 3UA8A 3TTNA 3VXBA 2HZLA 2ZNTA 2F36A 2Q2AA 1OLAA 5CI5A 4YU0A 4GXAA 4RPOA 4OEUA 1B3LA 1Q35A 2NWJA 4FEBA 4H67A 1VE4A 3PUXE 1II5A 4WEPA 4WEDA 1MXYA 1MXZA 2G93A 2DXYA 2E0SA 2R71A 2QJEA 3OO7A 4LZ8A 4NF6B 1Q1KA 1QULA 3FATA 3CSBA 2Z8FA 2DS9A 5H8HB 2LAOA 1L5TA 4Q8RA 4F1UA 1HSLA 4JSOA 4P0GA 1FTLA 5DT6A 2O7IA 1ZBMA 3E13X 3MUQA 4QSDA 5H8QA 1LGBC 5I2KB 4ZEDA 1OQHA 1UQWA 2Q9TA 3WAFA 3W9VA 3GBBA 4LATA 1OLCA 2F5XA 3HCQA 4F2OA 3IL1B 4LA9A 4JBZA 4XKRA 1YPNA 1OVBA 4OFOA 4BDNA 4DLDA 2DSFA 2Q89A 4NF8A 1S50A 3EQ1A 3S4UA 5H8FA 2DE2A 1B5JA 1B1XA 1Y20A 1LBBA 1NH7A 3DLNA 1MQHA 2DWAA 1R1NA 2QS1A 3ILTB 4LZ5A 4DCXA 1USYE 5F7VA 1ZJLA 2O1LA 4ZEFA 3Q29A 5BUUA 3THIA 1SI1A 4PETA 1M5EA 1Y4CA 4QFKA 3C4MA 3OD7A 4KCDA 3H6VA 3JV9A 1B40A 3EN3A 2ZXTA 3FVGA 4P0IA 1UIUA 5KCJB 4EUOA 2QMXA 5TPAA 3QXMA 3EHSA 4YKKA 3G7WA 4PFTA 4RK2A 3PD9A 3Q26A 4QRZA 1BIYA 3K6VA 3R6UA 4NWDA 4R2BA 3ZS6A 1PBQA 1PB7A 3C32A 3I6VA 3N6TA 1VR5A 2PBWA 4M4GA 4DXCA 5CMKA 4PP0A 1IUDA 5HM4B 1QJMA 4EQBA 5I56B 5AA2A 4H5FA 1QVSA 1BTJA 2QS4A 3FZVA 3MPKA 2QS2A 1D3KA 2IEEA 2O6AA 4ZS9A 3T9UA 3FXUA 5L8DA 1P1WA 2Q8JA 3T9HB 1J1NA 1SW4A 5I84A 1D4NA 2A5SA 4F19A 2RINA 3K6XA 1LBCA 1QUJA 1UTBA 2ONSA 2Z8DA 3IOUA 2QS3A 4IO4A 3H06B 4H65A 4C1TA 3H6WA 3PMWA 2DWHA 4AB6A 3KBRA 1MH4A 1PB9A 4H5GA 4ZEBA 4KR5A 3SEUA 3H4ZA 3B6WA 3JYRA 3KSXA 4JSDA 4R9FA 3MP1A 4OENA 3E4RA 3IK6B 3B6QA 1QKAA 2OK2A 4G8HA 5HPQA 1B9JA 2F35A 1ATGA 1DOTA 2WKYA 3HN0A 3IJOB 1MY0A 1PDAA 4KYSA 1SDXA 4GLIA 3G3KA 3CG3A 4U1OA 5AE4A 4EF2A 1A99A 5FHMA 4BDLA 1FQAA 1NL5A 3M3FA 1B2HA 4H8IA 4FE8A 3PPPA 4X48A 4IY5A 3TTRA 2ABHA 2VOZA 3CFZA 4GXSB 3K1MA 3R7XA 3O28A 3PD8A 4DE8A 4ZZEA 1FW0A 2YPNA 5CBRA 3O6HA 3HV1A 2RF1A 3TELA 1MXUA 4Q0CA 4XTCQ 1OMPA 4Q5TA 3RPWA 5KDTB 2P1SA 1Y1ZA 3G3FA 3MVZA 4RY1A 2VGQA 1O7TA 3PUVE 4F3SA 3D4CA 3IB0A 4O3AA 5I57B 3IO6A 3E3KA 4OFLA 4GRKA 4KI0E 4G4PA 1IXCA 3C34A 3VLWA 1VFEA 4OMBA 3CVGA 3GBAA 1LAXA 1NKXA 4C1UA 4E0WA 1SW2A 3UIFA 4RYAA 3RN8A 4F1YA 5I59B 2XXQA 1MQDA 4FECA 4R6YA 2Y7RA 1MXXA 1XS5A 3WAEA 2Y7KA 2XD3A 4PFYA 5DTBA 3FJ7A 5CMMA 2I3VA 3GLBA 3H03A 5F1QA 5H8NA 3TTMA 5I58B 4KQPA 4N6PA 3A3UA 3FVNA 1NNKA 4KD5A 1TFDA 1MY4A 2O68A 1LCFA 2NOOA 5CMCA 4DZ1A 4LQ2A 1QW0A 2XD2A 4ZEIA 3S2VA 2V25A 2FNCA 3ILUB 4X1BA 1KWHA 2OLBA 3HO7A 4F3BA 5FHNA 3KZGA 1ZU0A 4JDFA 2CZLA 3MVWA 1FQDA 4JXIA 2X7QA 1MXVA 3U8QA 3UN6A 3V5AA 4DDDA 1R9QA 1MM6A 5A5XA 1RKMA 4GVOA 4C0RA 4OFJA 4GF8A 2QRYA 2DOJA 3DM0A 4U4XA 4ZZAA 1B32A 4IO6A 1P1NA 1WDNA 4GOTA 1UTHB 2PMSA 2Z22A 5JTYA 3EPEA 1BLFA 2Q2CA 2UVIA 1I6AA 4NF4A 1B46A 3PUZE 3TKDA 1JW4A 4F2QA 1YAEA 5CMBA 1S7YA 1Y3NA 1LSTA 2AIXA 2DE4A 2XX8A 1AMFA 3BBRA 3OO9A 1JEUA 2XXUA 4KYEA 1R9LA 4ISUA 3P7IA 4O3CA 1SYHA 3TTKA 3KGCA 3SERA 4LZ7A 1DTGA 1NH8A 2P2AA 2G29A 3EHTA 3MJNA 4R75A 1RYOA 1D9YA 4F18A 3RGYA 4YZZA 2FYIA 1B51A 3OO6A 1TWYA 4G68B 1DSNA 1FTJA 2B3FA 2FA7A 3MC2A 4FORA 3OO8A 4KHZE 5ITOA 4NWCA 2KLFA 2PVUA 5TP9B 3ZSFA 3DELB 4I9DA 5I2NB 3KOSA 2RC9A 3TTLA 5ICTA 1B0HA 3IB2A 2DWJA 1Y3QA 4GQOA 5IKBA 1MM7A 5DEXB 3OENA 3RQTA 1P1OA 5L9SA 4R6KA 2RCBA 3T9XB 1GR2A 1GVCA 2DVCA 1N04A 4ELOA 4ZDMA 3A3CA 4LONB 2AYSA 4H8JA 3KG2A 4LQ5A 1P1UA 3QK6A 1LFGA 1POY1 4GFRA 3RTWB 1Y3PA 3K2DA 3SEWA 2HCAA 1B3FA 4U2RA 4OZ9A 2XX9A 3EF7A 1JNFA 3TCHA 3CSGA 3E9XA 3MP8A 3VVFA 3VV5A 1BP5A 4F31B 1A40A 2HFBA 2Y7PA 4RPNA 5ELVA 1DMBA 2XXWA 4YMBA 3U72A 4BDOA 2D5WA 3SKPA 5AA4B 2XXHA 3CG1A 4GD5A 4YICA 3N5LA 3LBSA 5H8HA 1IIWA 1IITA 3KSJA 4TQUQ 4DXUA 2ZMBA 1ZMGA 1JQFA 3CIJA 4MBPA 4XIGQ 2I3WA 1OVTA 2F7BA 2O69A 2VP1A 3LSWA 4ESXA 4DCYA 1MG1A 3Q25A 2H4IA 3FXRA 4PQJA 4R6HA 1MS7A 4RA1A 2Q88A 3ONMA 2R6GE 2I48A 3O6GA 3U94A 2RC7A 1Z7ME 2O84X 4N07A 1DTZA 1SD3A 3TODA 2PX1A 2DWIA 3UORA 3KOTA 2XX7A 4POWA 4WXJA 4Z7EA 4HCYA 3CI8A 2I6EA 3CRBA 3RLFE 2GHAA 3GXAA 2QSXA 4QSCA 5IAIA 2IA4A 5ISUA 1HSEA 1JW1A 3QSLA 4NF5B 4OQOA 1EZPA 1HSJA 1MQJA 5DVFA 3KN7A 5CRYA 4G68C 4BDQA 3K6UA 5FHOA 1BKAA 1WODA 1FTOA 1FTMA 2O7UA 4RNSA 1MPBA 2E1SA 4ZEKA 3PPRA 2RCAA 3FUZA 3PPNA 2D3IA 3U93A 3RT8A 2Y7IA 3FJMA 4N13A 3M8UA 3VVEA 3IO4A 3UK4A 4F22A 2QL3A 4LUBA 4YB5A 2F78A 1FQEA 1XVYA 1A55A 2CMOA 2M8CA 2PT1A 4TLLB 4U4SA 4YMAA 5AA2B 2H9BA 3CFXA 3TDJA 1URDA 2REGA 2ONRA 4PFWA 2ZYKA 4FAJA 4MLVA 3I3VA 3N6UA 5ITPA 1XHYA 3HPIA 4KYDA 3G3IA 2I58A 3MPLA 3IB1A 4R9GA 3SDFA 4OYVA 1N84A 1PB8A 3PPQA 1B58A 1Z7NE 4OHNA 4EDPA 3O97A 5BWJA 2F34A 4KFQA 4M1VA 5AA2D 4U1ZA 3N26A 2A5TA 4KCCA 4NF8B 2DYXA 5H8FB 2F6GA 1SVXB 3FGSA 1SW1A 4E0XA 1OQGA 1SQYA 2REJA 2VHAA 3BFTA 3OMBA 3T96B 1UIVA 3OSRA 4GWOA 4GL8A 4POXA 1P1QA 2OWTA 3C9HA 3H3GA 4RK9A 4QHQA 1USYH 1B3EA 4X9TA 2X7PA 3CR9A 2ALUA 3O2AA 3OELA 4IO7A 1A8FA 1XC1A 3ODBA 2Z8EA 3PGFA 1IZ1A 1I69A 4YAHX 4I1DA 5HBCA 5TPAB 1B5IA 5L9OA 4MFIA 4FIMA 1IXGA 2XXIA 1ANFA 1O63A 2V3TA 5M2VA 3IJXB 3JZJA 5I2KA 3MZ1A 4YB7A 1MY2A 3G3JA 3KJTA 4HCWA 1M5DA 2ONKE 4IO3A 3T9VA 2GRVA 2V3QA 1B4HA 3FD3A 1H44A 3O29A 1ELJA 4G2ZA 1A8EA 1NNFA 5EHSA 1US5A 4OESA 2HEUA 1JETA 1B52A 1WVJA 2F8DA 3IOVA 3L6GA 4H0WA 1UTBB 4ONYA 3FIRA 3IOWA 1PBPA 3MAMA 1MY3A 3LSLA 3O66A 4NMYA 3DP8A 5K2XA 3TMGA 3S9EA 1P99A 4EXKA 3FASA 3VLUA 1LB9A 5KCJA 5LOMA 5CBSA 4LP2B 2NXOA 1MQGA 3S9NC 3B7DA 3SETA 3KN8A 1TFAA 1O64A 3V89B 1YCJA 5DYHA 5K2YA 1H45A 2F6PA 4RXLA 1N7XA 4EF1A 1MPDA 4NEDA 2OWSA 1LFIA 1B7HA 2Y84A 1Y1MA 2BJJX 2UXAA 2DXRA 4YKIA 1LFHA 2XXTA 1JVYA 2UVGA 3MBPA 2ZNUA 4NF6A 4OWDA 1CB6A 2XXVA 3KFMA 1F9BA 2UYEA 1US4A 3MQ9A 3MZBA 2UVJA 5TU0A 3LR1A 1LLSA 4JWYA 2XHDA 3FV1A 4IO2A 1AL3A 2NVUB 3OEKA 1JVXA 1NNPA 3MWBA 2DP8A 3IORA 3Q28A 2B3BA 1B05A 3MVXA 5H8QB 5CM6A 2ZYOA 4NF4B 2I4BA 2GFEA 1LB8A 2GH9A 3MZ9A 3OOAA 4GL0A 4WKMA 1MDQA 3G3HA 3A09A 4OERA 1JW5A 2ZYMA 5JEIA 2ZNSA 1B5HA 3D4GA 4QFOA 1FQCA 2ZYNA 4FATA 2O1MA 1M5FA 4TLMB 4MLQA 3ZKLA 4TOZA 4U23A 4OVJA 4JWOA 1URSA 4I62A 4EQ7A 2HAVA 1DPPA 2QPQA 2Y7WA 2RKMA 1EU8A 1URGA 3PUWE 4QSEA 4HS7A 2RC8A 1SYIA 2ESNA 4G68A 3TAJA 3VFJA 3LC8A 3VXCA 2OBGA 4DIGA 4ECFA 5H8NB 5B7DA 3VDFA 3H7MA 2UYFA 4RJZA 2HAUA 3UP9A 1MPCA 4JWXA 5AA1A 2B65A 5ICQA 4HW8A 3C31A 5DEXA 4HTGA 5KDTA 4K3FA 4R74A 1GGGA 2NUVA 3HSTA 3GZGA 3K6WA 1LAGE 2THIA 4H6DA 4XKPA 4AQ4A 5I56A 4QFNA 3K4UA 2V84A 5A5XB 3PMVA 1N76A 1QUIA 4G8NA 1GTKA 4IGRA 4Z0IA 5FTIA 4ZECA 3TCFA 4OEVA 3OXNA 3K1NA 1B0LA 1MH3A 4NTLA 4QFLA 1B7ZA 3PPOA 4ELPA 4PFUA 4ND9A 4KPTA 5EYFA 4UA8A 2F7AA 4R73A 2UVHA 5JTYB 1AIVA 1A54A 5DVJA 2XXRA 4F29A 1XT8A 3IX1A 1SW5A 3N94A 4U22A 4BDMA 2YJPA 1JEVA 3Q27A 4MH5A 3KEIA 2H25A 3TQWA 3ZKKA 4XKQA 3RUMA 3BFUA 4OETA 1ZLQA 4YKJA 2XXXA 3F11A 2YLNA 4IGTA 2I0BA 1LCTA 3K1PA 4O3BA 3L6HA 4YKPA 3DP4A 2F97A 3U1OA 3UGWA 5KZTA 4JB7A 1I6BA 4IB2A 1B4ZA 1YTVA 1Y9UA 1Y4TA 2F7CA 1NFTA 3IOTA 3SEVA 2PYYA 3RY3A 4DXBA 2DQVA 2O51A 3RT6B 1PC3A 1H76A 1I6QA 1N7WA 1POTA 2R9JA 1ZTYA 4ZE9A 3RTFB 4MF3A 3TEPA 2P0SA 4R72A 1NMUA 4QF9A 4X1DA 1A7LA 1UTHA 4IY6A 1EH3A 1MXWA 3BKIB 2OCUA 4NF5A 1QKBA 3K02A 3R26A 4OTEA 1H3DA 1MRPA 3QYTA 3MP6A 3K01A 3I5OA 3LSXA 5I57A 2HXWA 4R2FA 3W9WA 3PUYE 3B6TA 3QUJA 4U21A 3RNNA 1RYXA 2XXPA 3TYHA 3W15C 3TPAA 3S9MC 3V83A 4XKNA 4L17A 2XXYA 1CE2A 4Q30B 3QUFA 3FVKA 4OXVA 2VD2A 4QFPA 3SEXA 3K00A 5J1DA 4EQ9A 1R6ZA 1IXIA 5I59A 3T66A 4PE5B 3CFLA 3MW0A 3QAXA 3USDA 1MQIA 2ANJA 4IO5A 5I58A 4ZE8A 1VFDA 3M3LA 4ELRA 5I2NA 1B7UA 3C33A 3LUYA 4UACA 1FTKA 1IEJA 3FJGA 3FVOA 3SESA 4NE4A 2D21A 1PEBA 4G8MA 5DVIA 3SEYA 4FJPA 3H6TA 5CC2A 1FCKA 1B3GA 1VSOA 3TUSA 1M5CA 1OIBA 3KJ7A 1TXFA 5H8SA 3T22A 2OZZA 2AL4A 2HZKA 3IAZA 3FV2A 3S9LC 1EZOA 3OSQA 1AH5A 1XOCA 1N0TA 1TT1A 2A5TB 3MVYA 1NNTA 2I4CA 2PT2A 2H99A 3QIMA 1FQBA 1XVXA 1QUKA 2H5YA 4FEDA 1GV8A 1FQFA 2X26A 1ZIUA 3AXFA 3PV0E 2DE3A 4P11A 3TCGA 2H98A 3VE1B 4F3PA 3M3KA 1SI0A 4EXLA 4F39A 3O9PA 2W7YA 3K0VA 3DP6A 4GIZA 5EHMA 3TZAA 4AB5A 5AA4A 3PU5A 2HQ0A 1IQ7A 3H6UA 4F3GA 3OEMA 3U92A 3C35A 2Z23A 1DPEA 1D9VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OVTA 5FTHA 2V93A 2V3UA 2QMWA 4GX6A 3TFLA 1LAFE 5JK4A 3TQLA 3V8XB 4I8CA 3HHGA 1B1HA 1IXHA 4ELQA 3G3GA 1N3WA 1N3XA 1M5BA 1SBPA 2FVZA 4XXUA 1MY1A 1T0KA 3UA8A 2Q2AA 4MNCA 4OEUA 1B3LA 4FEBA 3OO7A 2QJEA 2LAOA 1L5TA 4F1UA 3E13X 1LGBC 1OQHA 3WAFA 2Q9TA 4F2OA 1NV2A 2F5XA 3HCQA 1OVBA 2Q89A 3S4UA 1B5JA 4PFIA 1MQHA 4LZ5A 5F7VA 4JVIA 4PFRA 5BUUA 1SI1A 1Y4CA 3GYYA 3JV9A 2ZXTA 4P0IA 1UIUA 4EUOA 2QMXA 2Q8MA 3G7WA 3R6UA 1PBQA 4PF8A 3IFAA 5HM4B 1QJMA 2QS4A 2QS2A 5L8DA 1P1WA 3FXBA 3IOUA 4C1TA 4H65A 4AB6A 3KBRA 1PB9A 4KR5A 3JYRA 5HPQA 4OENA 3B6QA 3HFUA 1NUZA 4JVCA 1PDAA 1SDXA 3CG3A 3D1RA 1NL5A 3M3FA 4OVQA 3PPPA 4GXSB 3O28A 4ZZEA 3HV1A 4Q0CA 4XTCQ 2P1SA 1KZ8A 4RY1A 2VGQA 4PFBA 4GRKA 1NV6A 4G4PA 4E0WA 1NKXA 1IMFA 2XXQA 1MXXA 2Y7KA 5F1QA 5DTBA 4NHBA 5CMMA 5H8NA 5I58B 3TTMA 4KD5A 1LCFA 4DZ1A 1QW0A 3S2VA 3HO7A 4F3BA 5FHNA 3KZGA 1FBCA 1JP4A 4GVOA 4C0RA 4ZZAA 1IMBA 2QRYA 2DOJA 3DM0A 4U4XA 1NV5A 2Z22A 4IR8A 2UVIA 5DW8A 3TKDA 1B46A 1YAEA 2AIXA 1JEUA 3KGCA 2BJIA 2P2AA 4LZ7A 2G29A 4HXVA 1RYOA 4YZZA 4G68B 1TWYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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