3UP9A

Crystal structure of a putative lipoprotein (actodo_00931) from actinomyces odontolyticus atcc 17982 at 2.35 a resolution
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
241
structure length
239
Chain Sequence
DVVTLTVGATPSPHAKILTYINDNLAADAGIKLDIVEYTDYVQPNTALNDGDLDANFYQTVPYLENAEKQFGYNFEAGEGIHLEPLGVFSNKHKSLDELPDGGTIGIISDTANQSRALELLATQGLVSIPEGDVNINTVTKLKNFDFREVEGPQLVRSLDDFDYAVINGNFAQEGGKTISGDALVVESPVDNPAVNVLVWKGDSKKVDAIAKLEKLLHSDEVKQYIEKTWSDGSVIPAFM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Methionine-binding protein
source organism Actinomyces odontolyticus
publication title Crystal structure of a hypothetical protein ACTODO_00931 (hypothetical protein ACTODO_00931, SP17422A, P_02044074.1) from Actinomyces odontolyticus ATCC 17982 at 2.35 A resolution
rcsb
molecule keywords Putative uncharacterized protein
total genus 75
structure length 239
sequence length 241
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-11-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3up9A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3up9A02
3UORA 4NF6B 1ANFA 2OZZA 4ELQA 4NMYA 5HM4B 1B4HA 4YICA 3TDJA 2XHDA 3OO8A 1NKXA 2RC8A 3B7DA 1UTHA 2Q2CA 2RC7A 4C0RA 4IO3A 1LFHA 1H45A 3KG2A 3ILTB 4MF3A 2X26A 1LB8A 5CMMA 4AQ4A 3OD7A 3PPQA 1LLSA 5B70A 1UTHB 4TLMB 1IITA 1II5A 5I59A 4EXKA 1AH5A 4KYSA 4PP0A 4F31B 1LAGE 3CI8A 1QVSA 1DMBA 4OFOA 3R26A 2P0SA 2ONSA 3TFLA 3ODBA 4R74A 3SETA 3CG1A 3T9XB 1UQWA 2I3WA 2ALUA 2H5YA 4F1VA 3SEVA 3PPPA 3JYRA 5M2VA 1B58A 4Q30B 4P11A 3MVXA 3FJGA 2XXIA 2NUVA 4LATA 1IXIA 2YJPA 4QFPA 3H3GA 2R71A 2I3VA 3DP4A 1US4A 1PBQA 5BUUA 1NMUA 1SI1A 3VVFA 3G3GA 3IR1A 4JBZA 2Y7RA 1MXYA 1UTBA 2HQ0A 2DWJA 1GTKA 5KCJB 4EUOA 4OFJA 1MXWA 4AB6A 3T9UA 1UTBB 3G3JA 2DP8A 3O66A 4N07A 4OYVA 1MQJA 4ZECA 3TYHA 4DXUA 3MPLA 3TCHA 1FW0A 4XXUA 3K1PA 4QHQA 4KQPA 3RNNA 4PE5B 2VD3A 4KI0E 2F7CA 1MY0A 2HEUA 1MPBA 1XT8A 2FNCA 3EN3A 5H8QA 1PBPA 4X1BA 4ESXA 1PDAA 1MDP1 1B7UA 4KCCA 3THIA 4ZS9A 1YTVA 5H8QB 1B52A 3U94A 1QW0A 3FGSA 3IK6B 1Y1ZA 3OO7A 3PU5A 1SVXB 3VV5A 1XC1A 1RKMA 4JB7A 4LA9A 5FHNA 3CR9A 4NWCA 1B05A 1A8FA 3Q27A 1B1XA 5L9SA 4ESWA 4KYEA 2I49A 4GD5A 1ATGA 3V5AA 2QS1A 3SERA 1FTLA 4DXBA 4U2RA 4OERA 2XXPA 1FQFA 3PUWE 4JDFA 4BDQA 5CM6A 4PQJA 1QKBA 4R6KA 3VXCA 1LB9A 2QMXA 4OETA 5FTHA 4QFNA 4OMBA 1HSLA 1EH3A 1MY2A 3ILUB 3TTKA 1MH4A 2OJTA 3K2DA 4H67A 4YMBA 2XD3A 3Q25A 4KHZE 5ELVA 1AIVA 1URSA 3PPNA 3RTWB 4KYDA 1O64A 2UYEA 5I2NA 4G68A 1USYH 3IL1B 3QUFA 2DWAA 3KOSA 1O63A 4E0WA 4QF9A 4GF8A 3TQWA 5AA4A 3DM0A 4U1ZA 5BWJA 4G68B 4WEDA 4TLLB 2F34A 3QYTA 1B0LA 5AA4B 2VGQA 4FIMA 3C35A 2REGA 3KN3A 2UVGA 2FA7A 4RJZA 3WAEA 4O3BA 3TCGA 2A5SA 4K3FA 2AYSA 1T0KA 5DYHA 3FV1A 3IX1A 1IXHA 3OO6A 3S4UA 2PX1A 4RY1A 3UK4A 1WVJA 1N3XA 1B40A 1FTMA 3FVNA 3CVGA 3FJ7A 3USDA 1SI0A 1B7HA 4IGRA 3BBRA 2X7PA 1L5TA 1OQHA 3FUZA 5CMCA 2LAOA 2Y7KA 2F6GA 3E3KA 3O9PA 3FASA 4GQOA 1ZMGA 3W9WA 5J1DA 5JTYA 4OZ9A 1YAEA 5EHSA 2NOOA 4H5FA 1XHYA 3G3HA 4RK9A 3C4MA 2QMWA 3LR1A 3K6UA 4QSEA 3TTMA 3KGCA 1N76A 5CMKA 3V8XB 5JTYB 3MVWA 4F2QA 3CSBA 2DWHA 3SKPA 2Z8DA 3G3KA 1R1NA 3R7XA 2H25A 4G8MA 3IAZA 2I48A 3O28A 2HZKA 2Y7IA 4Z0IA 4NE4A 1Z7NE 3MP8A 3HN0A 2YPNA 3LC8A 4R6YA 2AL4A 5I56A 1POY1 5ITPA 4R72A 1Y4CA 3U72A 3HHGA 5AA3A 1AOVA 1N04A 3IB0A 1NNFA 3MZ1A 1A40A 5B7DA 3TODA 3GBBA 1FTJA 5I56B 3D4CA 2F35A 3HO7A 1LSTA 2V3QA 1A55A 1ZJLA 4POXA 3C34A 1XOCA 5CRYA 2XX8A 3FATA 3G3FA 4IB2A 1JVYA 1LAHE 1MXXA 1ZTYA 4U1OA 4M4GA 1Z7ME 4RPNA 1ZBMA 4OHNA 2V3TA 2PT2A 3SEWA 3K01A 4ZEFA 4ECFA 4RK2A 3B6QA 2OWSA 2B3BA 3OEKA 4C1TA 5I2KA 2Y7PA 4PFTA 4RYAA 3UGWA 1QJMA 1A7LA 4ELRA 2BJJX 4YKJA 2I0BA 2UVHA 4FORA 5I2KB 3TELA 2AIXA 3H6UA 1IXCA 3IJOB 5F1QA 1GV8A 4F2OA 5I57A 4ND9A 3IJXB 1D9YA 3K6XA 5HPQA 2Q88A 1ZIUA 5I57B 3FVOA 4O3CA 4IO6A 4IO2A 3EHSA 2GHBA 2Z8EA 3T66A 3IOWA 4PETA 1QULA 2V25A 3MW0A 3SESA 5EHMA 3ONMA 4ZZEA 1SW2A 4IGTA 5KDTA 4G2ZA 5KZTA 1LAFE 3K0VA 5FTIA 3MUQA 4FATA 4U23A 3CFXA 4G77A 4ZEIA 3H03A 2IEEA 2P2AA 4WEPA 2D5WA 1NFTA 5KDTB 1LBBA 1R9LA 4G68C 4ZDMA 4F39A 4YU0A 1MM7A 1CE2A 1NH8A 2W7YA 2XXYA 2NWJA 5I84A 5DVJA 3S9EA 5H8SA 2UXAA 3MP1A 1GGGA 1OLCA 1Y3PA 4RXLA 4DZ1A 1PC3A 3LSWA 4OESA 1S9TA 4DXCA 3K4UA 2GH9A 1MDQA 3DELB 2CMOA 3V89B 1AMFA 3FXUA 4LQ5A 1QUKA 4G4PA 5CMBA 2PT1A 2V84A 3M3LA 1TFDA 4OENA 2DXRA 2F36A 3EHTA 4KCDA 4XIGQ 2GFEA 3LSLA 3MPKA 1MQIA 4DLDA 1SBPA 1JEVA 4H8JA 1H3DA 3OMBA 3PV0E 4LZ7A 3TCFA 3EQ1A 1UIVA 4YKKA 1DPPA 2YLNA 4MBPA 4XKNA 2ZNUA 5EYFA 1B6HA 5KCJA 3GBAA 2FYIA 4LP2B 1Y3QA 4OWDA 3E9XA 3PUXE 4U22A 4DE8A 2VD2A 3PD8A 2DE4A 5CBRA 4ZE9A 4MH5A 4I62A 1ZKBA 1ZLQA 3G3IA 3OSQA 4GFRA 4R9FA 3T22A 3RQTA 1A8EA 1FTOA 1IQ7A 2HXWA 3T9VA 3G7WA 4OTEA 4KR5A 4PFUA 4F19A 3JV9A 3N6TA 3CFZA 2O6AA 2DQVA 2V3UA 1B9JA 3M8UA 3U8QA 3VVEA 2UVJA 1VE4A 2H99A 2XX7A 2ZNTA 1TT1A 4JWXA 1MPDA 4ZEBA 4YB6A 3EHUA 4GXAA 2QS3A 3LSXA 1BLFA 4FAJA 4F22A 1B5IA 2I4CA 1MXZA 5I58A 3WAFA 3OXNA 5F7VA 3GZGA 3EF7A 2UYFA 5I58B 2XXQA 4ELPA 4N6PA 3Q29A 4XKPA 1JW5A 2R9JA 5H8HA 1M5BA 3IB2A 1ZU0A 4FJPA 4U4XA 1Y20A 5DT6A 1B4ZA 1EZ9A 5ICTA 4QSDA 1MH3A 1PB9A 2X7QA 5AA1A 2DVCA 2ZYMA 2HAVA 1JW1A 3H6WA 5H8HB 2GRVA 2O69A 2DS9A 3BKIB 4LUBA 3IB1A 4TOZA 1EZPA 3PMXA 1IXGA 2O1MA 3OEMA 1SW4A 2AL5A 2I6EA 1Y1MA 3PUVE 1P1OA 3QK6A 3VFJA 2H9BA 4RPOA 4KD5A 3R6UA 3HV1A 4YZZA 1OVTA 3FJMA 2I58A 1PB7A 4UA8A 1B2HA 3F11A 1LCFA 3S9NC 5LOMA 2Q89A 2ZNSA 1DSNA 3MJNA 1JW4A 4OVJA 4BDOA 1XVYA 3DP6A 2D21A 1NNKA 4EF1A 3LSFB 1Q35A 1B5JA 3ZSFA 2UVIA 4YMAA 5A5XA 3BFTA 3OO9A 1B3EA 1SD3A 1EZOA 4R2BA 4F3BA 4BDLA 2XXHA 5A5XB 2QRYA 2Q9TA 3RUMA 3K00A 4F18A 2Z23A 1B3LA 2DE2A 2E0SA 4UACA 4Z7EA 4F29A 2PBWA 2CZLA 2O84X 3RY3A 3VE1B 3MAMA 5JK4A 4H65A 4H8IA 1BIYA 1SW5A 4P0GA 1MQDA 3TQLA 2RC9A 1N84A 3K6VA 1UIUA 4RA1A 4PFWA 1B0HA 4G8NA 4IO4A 1HSJA 2F7AA 2O51A 1FQEA 3OENA 4BDMA 1D3KA 3C36A 3VLVA 3RLFE 3ZKKA 4R75A 4WKMA 1B51A 2VP1A 2RKMA 3L6GA 1URDA 5TPAA 4NWDA 1DTZA 3PD9A 3FD3A 4QFKA 1NH7A 4YAHX 2V93A 4HW8A 3PMVA 2QPQA 5TPAB 3O2AA 3A3UA 4F3SA 1B1HA 1PEBA 3LUYA 4MLQA 4EXLA 1NL5A 1XS5A 3MC2A 1B7ZA 4KPTA 4QSCA 1MRPA 2QS2A 3FV2A 2O7UA 2H4IA 4MFIA 1S50A 1KWHA 4RNSA 1OQGA 1CB6A 4E0XA 4QRZA 3QXMA 4HCWA 4I1DA 3KOTA 1QUJA 2Z22A 3TTLA 5ITOA 5CC2A 1B46A 3UN6A 3OELA 1F9BA 4ONYA 3H7MA 2ZXTA 3GXAA 4X9TA 4NF5A 3OSRA 1MM6A 2PMSA 3H6VA 5TU0A 1IEJA 1SYHA 2XXTA 1YCJA 2RF1A 3KJTA 3KFMA 3U1OA 3E4RA 4QFLA 4NF5B 2VOZA 2Z8FA 4XTCQ 3K1NA 3RPWA 4I8CA 2QJEA 3N5LA 3FVGA 2NXOA 4N13A 4H0WA 4EQ9A 3C33A 1WODA 4GOTA 1LFGA 3KBRA 1M5EA 2XXVA 5CI5A 3KJ7A 1B3FA 3O6GA 1FQAA 2B65A 3AXFA 4XKRA 5HBCA 5IKBA 1DOTA 2HAUA 1VFDA 1JQFA 5IAIA 4R6HA 1NNPA 2ZYNA 4ISUA 5TP9A 3KN8A 3E13X 1MS7A 3H6TA 4Q8RA 3V83A 3LBSA 3DP8A 3U92A 1FQDA 5L9MA 3TTNA 5TP9B 2OLBA 4HS7A 1OVBA 1B5HA 2G93A 3UP9A 1MPCA 1P1UA 1LBCA 2QS4A 5K2YA 1LCTA 2DSFA 1I6BA 2O68A 2ONKE 3OOAA 2OK2A 3ZKLA 2F8DA 4BLAA 3K1MA 3QSLA 5FHOA 3M3FA 3VXBA 4BDRA 1J1NA 4DIGA 1VFEA 5ICQA 1LAXA 4XKQA 1P1WA 1D4NA 4LZ5A 4H6DA 4ZEKA 1I69A 4G8HA 3PMWA 1A99A 1I6AA 1H43A 3I5OA 5I59B 1BTJA 4GL8A 1B32A 1HSEA 2DXYA 1USYE 3JZJA 1OMPA 3PGFA 4DCYA 4LZ8A 2F78A 4ZZAA 4EQBA 3C31A 4R73A 4YKPA 2ESNA 1YPNA 3I3VA 3TUSA 1VR5A 4JWOA 4HCYA 3HPIA 2Y7WA 4AB5A 1SQYA 4LQ2A 5JEIA 4U21A 3Q26A 4POWA 2E1SA 3SEXA 1JVXA 4M1VA 3W9VA 4DCXA 1R9QA 4WXJA 2PYYA 2ZMBA 3CG3A 1IUDA 3TKDA 1M5DA 4C1UA 4H1XA 2OBGA 2XXRA 2DWIA 2XXXA 3UIFA 2XXUA 3O29A 1N0TA 3CFLA 4NTLA 1XVXA 4U4SA 4P0IA 3S9LC 2GHAA 4F1YA 5ISUA 3IORA 4GIZA 4GXSB 1D9VA 2P1SA 2OWTA 2F7BA 4I9DA 4FE8A 2Q2AA 3FXRA 3H06B 4Q5TA 2RCAA 1EU8A 2XXWA 1Y9UA 3KEIA 3IOTA 5AE4A 2DE3A 3TMGA 1M5CA 3O97A 4OEUA 1Y4TA 4FEDA 1P1QA 3MVYA 3VDFA 3CSGA 3N6UA 3VLUA 1B3GA 3HHFA 3U93A 1GR2A 3N26A 4R9GA 4PFYA 5L9OA 1IZ1A 1DTGA 4EQ7A 1TXFA 2QL3A 3A09A 2I4BA 2ZYKA 4GL0A 1I6QA 3UA8A 3S2VA 3M3KA 5DVIA 4JWYA 5DEXA 1H76A 3KZGA 1TFAA 3MZBA 4GVOA 2DVZA 4L17A 4FECA 4F3GA 4IO5A 4OFLA 4OXVA 4NEDA 5DEXB 1MQGA 1SYIA 1PB8A 1B3HA 4THIA 1FTKA 1BP5A 4YKIA 3HSTA 2HFBA 2I0CA 1AL3A 1SDXA 4TQUQ 3TPAA 3N94A 1OLAA 4FEBA 2VHAA 3FVKA 3IO6A 2KLFA 3B6TA 2ANJA 3T93B 1P99A 3RGYA 2Q8JA 1TWYA 1RYOA 4LVQA 4DDDA 5H8NA 4Q0CA 4GRKA 2XX9A 4F1UA 4JXIA 1N7XA 4H5GA 3RN8A 5I2NB 1M5FA 5L8DA 5AA2D 1MXVA 1A54A 2DOJA 5H8NB 2QSXA 2F6PA 3KSXA 4EDPA 1NNTA 1MXUA 1FQBA 3ECRA 4JSDA 3GLBA 1POTA 3TZAA 2A5TA 3RT8A 1RYXA 2OCUA 2PVUA 1S7YA 3FZVA 3PPOA 4KFQA 5CBSA 3KSJA 5K2XA 4IY6A 2NVUB 1IIWA 3IOUA 1WDNA 2A5TB 3MZ9A 4MLVA 1OIBA 3K6WA 2M8CA 2XD2A 4GWOA 1Q1KA 3TAJA 2Y84A 1ELJA 4NF4A 1FCKA 3FIRA 1P1NA 3A3CA 3PUZE 3ZS6A 5FHMA 1LGBC 4X48A 1R6ZA 3TTRA 3HCQA 2O1LA 3VLWA 4NF4B 1N7WA 2D3IA 3S9MC 3SDFA 1QUIA 4YB7A 5DVFA 1URGA 3EPEA 2H98A 2REJA 3IO4A 3VVDA 2O7IA 3FXQA 3D4GA 5H8FA 2THIA 1VSOA 3P7IA 3DLNA 2F97A 3IOVA 2RINA 1O7TA 5H8FB 3BFUA 2WKYA 2ABHA 1DPEA 4ZE8A 3RTFB 3C9HA 3CIJA 1FQCA 1MG1A 3T96B 2ONRA 3QAXA 1JETA 1N3WA 4ELOA 4LONB 2HCAA 2IA4A 3L6HA 1LFIA 4X1DA 4ZEDA 3RT6B 3MWBA 2B3FA 1SW1A 3QUJA 1US5A 1BKAA 4O3AA 3B6WA 4NF8A 3T9HB 3PUYE 1QKAA 3MP6A 3SEYA 5DTBA 2G29A 4YB5A 2RCBA 4GLIA 2HZLA 3KN7A 3MBPA 1MQHA 3MQ9A 3I6VA 1MY1A 4NF8B 4OQOA 2F5XA 3TEPA 3QIMA 3O6IA 3K02A 4R2FA 4QFOA 3Q28A 3CRBA 1JNFA 3SEUA 3H4ZA 5AA2A 1JEUA 4IO7A 4JSOA 1Y3NA 4OEVA 2DYXA 2ZYOA 4BDNA 5AA2B 3C32A 4F3PA 3MVZA 1MY4A 4EF2A 4NF6A 1H44A 1MY3A 3O6HA 3W15C 4IY5A 4HTGA 3PPRA 1GVCA 2R6GE
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NG7A 3UORA 4NF6B 1ANFA 2OZZA 4ELQA 4NMYA 5HM4B 1B4HA 4YICA 3TDJA 2XHDA 3OO8A 1NKXA 2RC8A 3B7DA 1UTHA 2Q2CA 2RC7A 4C0RA 4IO3A 1LFHA 1H45A 3KG2A 3ILTB 4MF3A 2X26A 1LB8A 5CMMA 4AQ4A 5ET8A 3NOHA 3OD7A 1LLSA 3PPQA 5B70A 1UTHB 4TLMB 4O8MA 3IFCA 1IITA 1II5A 4PFRA 1FPFA 5I59A 4EXKA 4MNIA 4DI3D 1AH5A 4KYSA 4PP0A 4F31B 1LAGE 3MSTA 3CI8A 1QVSA 1DMBA 4OFOA 5EYHA 3R26A 1FBDA 2P0SA 1IMCA 2ONSA 4H46A 3TFLA 3ODBA 2VT5A 4R74A 3SETA 1IMBA 3CG1A 3T9XB 5IGAA 1UQWA 2I3WA 2ALUA 2H5YA 4F1VA 3U65A 3SEVA 3PPPA 3JYRA 5M2VA 2FIEA 1B58A 4Q30B 4P11A 1NUYA 1NV3A 3MVXA 3FJGA 5ET7A 2XXIA 2NUVA 4LATA 1IXIA 2YJPA 4QFPA 3H3GA 5ESYA 2R71A 2I3VA 3DP4A 1US4A 1PBQA 5BUUA 3RYDA 2B4LA 1NMUA 1SI1A 3VVFA 1LBVA 3G3GA 3IR1A 5FBPA 4JBZA 2Y7RA 1MXYA 4XEQA 1UTBA 2HQ0A 2DWJA 2DDKA 1GTKA 5KCJB 4OANA 4EUOA 4OFJA 1MXWA 1EYJA 4AB6A 3T9UA 1UTBB 1G0IA 2DP8A 3G3JA 3O66A 4N07A 4OYVA 1MQJA 1DBZA 3MYUA 4HXVA 4ZECA 3TYHA 4DXUA 3MPLA 4XFEA 3TCHA 1FW0A 4AS5A 4XXUA 3K1PA 4QHQA 4KQPA 3RNNA 4PE5B 1FSAA 2VD3A 4KI0E 4XF5A 2F7CA 1MY0A 2HEUA 1MPBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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