3UQXA

Crystal structure of bace1 with its inhibitor
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
391
structure length
375
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVESQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Flexibility of the Flap in the Active Site of BACE1 as Revealed by Crystal Structures and MD simulations
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 96
structure length 375
sequence length 391
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3uqxA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3uqxA02
5P7MA 4BEKA 5P46A 1A8KA 4RYCA 3BUGA 3SM2A 1CPIA 4NJSA 3CIBA 5P38A 3O9AA 5P1CA 3OADA 1D4IA 1M0BA 4Y39A 4EWOA 3HD8A 4B1CA 1QBSA 5P82A 1RQ9A 4J5JA 5P25A 5AH9A 4GYEA 3SM1A 4CP7A 2IS0A 1SDTA 1EEDP 4TRZA 4JPCA 3NU6A 3SFCA 1K2BA 5P30A 3VFBA 5OZAA 4Y4WA 3DV5A 5OYXA 5P42A 5P2QA 3UQWA 3FX5A 1T7IA 3LPIA 4Y3QA 1IZHA 4PZWA 2G1NA 4D88A 3ST5A 5OYVA 4YCTA 2OHMA 1TZSA 5OYTA 4KB9A 4EQ0A 5P2OA 3HAUA 4Y3ZA 4LHHA 1XL5A 1EPLE 5OYQA 5P00A 1AM5A 1YX9A 3M9FA 5P58A 1FQ8A 3K4VC 2JJJA 4GJDA 5IVTA 1LF4A 4FIVA 4FLGA 2WL0A 2H6SA 3INDA 5OYRA 5P5SA 3BXRA 1XDHA 3DOXA 5F01A 1IDAA 4AZYA 3NUOA 5P6MA 5P10A 1KJ7A 5P09A 4XX3A 1ZSRA 2PSGA 5P79A 5P7UA 4J54A 2F3EA 1BAIA 2G21A 5P8QA 5P17A 2QK5A 3QBFA 3MSKA 4TRYA 3UQXA 1LYAB 1NH0A 5P4QA 2QI1A 2J9JA 1YM4A 2ZJLA 3LINA 1W5WA 5P6TA 4QJ2A 2PYMA 3NDTA 1IIQA 5P2XA 1LZQA 4H1EA 5P6VA 4GJ9A 3L5FA 1YG9A 1HVJA 1M4HA 4Q1YA 2AOHA 3CMSA 2F3KA 3ZPUA 5P3XA 5P0SA 3OGQA 1APVE 5P8PA 5P7EA 2QZWA 3I2LA 4ZSMA 5P2SA 3TTPA 4HLAA 4ER4E 3AUPA 4YOBA 5P4UA 3EXOA 3OQDA 2OF0A 2QI7A 3KDBA 3VLAA 5P0GA 3NR6A 5P87A 3S43B 2XFKA 5P6LA 2VJ6A 5P3VA 2FXEA 2B7FA 4R95A 5P8HA 1FIVA 2WEAA 4Z2ZA 5P55A 1E5OE 1GNMA 1MTBA 5P7RA 4ZSRA 2IKOA 1WBMA 4RCFA 3OUDB 3VV6A 3R4BA 5P51A 3EKWA 3DCKA 2PK6A 5P7TA 3NU9A 3OQAA 4I1CA 4Q5MA 5P6JA 3PI0A 2F80A 3SLZA 3ER5E 3UF3A 4A4QA 5P23A 2R9BA 4FRJA 5P78A 3GI6A 3QAAA 4Y53A 3QPJA 3OY4A 3QVIA 1FQ7A 3BVBA 1VIKA 1FGCC 5P8CA 4B78A 5OZQA 4FS4A 1SIVA 4Y5MA 1HSIA 5HDVA 3MXDA 5P4GA 4YBIA 4I0JA 5P32A 3L3AA 3O9HA 1META 5P1KA 3NDWA 4LP9A 1TCXA 3R1GB 5P7DA 3EKYA 2RENA 3CKTA 2PWCA 5P2CA 1T3RA 1OEWA 1AXAA 1YTHA 5ENMA 2BPZA 3TPPA 2AOFA 5P2HA 3PVKA 4Y50A 3PCZA 5P80A 3GW5A 3O99A 4FM6A 4EP2A 4ZE6A 4EYRA 2G1RA 2WECA 5OZ9A 4RLDA 2O4PA 5P4YA 2B60A 5P6RA 3ZKIA 5P8RA 3MSJA 2HAHA 4DJQA 1TSUA 6FIVA 2ZDZA 1EC3A 3IXKA 3PHVA 5P0CA 5P5AA 4DFGA 5P7LA 1APUE 4J0YA 4B1DA 5BRYA 4FSLA 2I4DA 3PMYA 5IE1A 5P76A 3ZKXA 3MWSA 5P5OA 2MIPA 5KQXA 2AOJA 4R8YA 4EHCA 5DR1A 3S53A 2UPJA 5DPZA 2ER9E 1B6PA 5P3NA 1MTRA 5P5BA 2P3BB 1GVUA 4AA8A 3NXNA 4IVTA 4HDFA 3K5GA 5P2KA 5I3YA 4Z50A 4FSEA 3CKRA 3UDQA 5OZOA 5P2VA 2QMPA 2NXDA 3I25A 1K6VA 4H3JA 2P3DA 4QJAA 4GZFA 4Y4BA 1EPME 5P3DA 5KAOA 1IVPA 3EC0A 3QI1A 1AIDA 2WJOA 5P43A 4RVXA 3FV3A 4DJUA 2O4SA 1NPWA 2Z54A 4J0VA 5P22A 1SMRA 4M8YA 4DJXA 5P0HA 1FFFC 4Y5GA 5KR2A 1C6ZA 3APRE 1D4SA 1LYAA 5IS4A 2OHNA 2NXLA 2ZJHA 4CPSA 2VS2A 3D91A 3O9BA 4Y3GA 2WF0A 3BC4A 3TPLA 5OZYA 3DV1A 4DQEA 5P4ZA 5P5RA 1HVCA 1HPSA 5P4DA 3OU3A 1G0VA 5P3AA 4Y44A 5P6AA 3NU5A 1BWAA 3VYDA 1SMEA 5P1HA 1A30A 5P36A 5P08A 5AHAA 3ZMGA 5P68A 1HSGA 3EMYA 4FRKA 3S43A 3UQRA 2G1SA 4Y3NA 3ER3E 5P6SA 4Y4DA 1PPKE 1LYWB 3NYGA 3T3CA 2FNTA 5P2AA 5I70A 2PWRA 3QVCA 2IKUA 5HU1A 1TSQA 5UPJA 2IRZA 3OUDA 2WF1A 4FGXA 5P0UA 5OZ2A 2VJ9A 5P7IA 1A8GA 2AOCA 5P1GA 3EKTA 1FG8C 3PM4A 5P61A 5P7CA 1LS5A 5E5KA 3URLA 1U8GA 3GI4A 1ZPAA 5P01A 5OZFA 3D1ZA 3ZL7A 4Y4XA 1QRPE 4ZIPA 5P5EA 4RCEA 2QHZA 4BFDA 3T6IA 3TOGA 4GJ7A 5P2RA 3KFPA 1D4LA 2VJ7A 4Y3FA 3S7MA 5P7XA 1T6GA 4JP9A 2BPWA 3KMYA 5P0YA 2OHSA 2BPXA 1J71A 3VFAA 5DQ2A 5P6DA 3S45A 1BV9A 2HB3A 1EAGA 4AA9A 5P6ZA 3D1XA 3PMUA 1FEJC 2WF4A 1FF0C 3UDNA 3PRSA 4EP3A 3R2FA 3WZ6A 4Q1WA 5DQ1A 2HS2A 5ER2E 1AZ5A 1T7JA 5P0RA 5P6YA 4OBZB 5P86A 1ZBGA 4NJUA 5P4PA 4Y58A 5KOQA 2Q15A 3S56A 1HPVA 3JVWA 1FQXA 3EKVA 4CMSA 5HDXA 4QJ8A 4F75A 2R38A 3EL5A 5DR4A 5P3MA 1BDLA 4ZSPA 4DJRA 4I0HA 5P39A 3OQ7A 3BVAA 4QJ9A 5KQFA 3IN3A 3VLBA 5P0OA 1SH9A 5B18A 1GVWA 4YHQA 3Q70A 3KDDA 3K4VA 3INEA 2BJUA 3U6AA 4QJ6A 4Y38A 5P1JA 3SA4A 3FNSA 4L6BA 4WTUA 2P3BA 3QBHA 5OZUA 1EBYA 4RVJA 2Q11A 3BUFA 3UDHA 5P3HA 3IGBA 5HDUA 4B05A 5P13A 4Y4TA 2I4UA 1FFIC 2XYEA 5P5FA 4DQCA 3AIDA 1ME6A 2HB2A 2XFIA 1KZKA 1K6CA 3VF3A 1W6HA 4Y3JA 3LZYA 2AZ9A 1OEXA 5P6XA 3IVIA 3PLDA 3KYRA 4KE0A 4MC1A 1BVGA 4ZPEA 5P7AA 3SABA 1MRWA 5P62A 4Z4XA 3O9GA 4DPFA 4GJ8A 4LXKA 1ZJ7A 4FAEA 1DW6C 3OXVA 3LIQA 3EL0A 1MUIA 5P3UA 4ZPGA 2QMDA 2AZCA 5P2JA 1HXWA 1PPLE 3GGUA 4RVIA 5OZJA 2H6TA 5P8IA 3S8IA 4JOOA 3NSHA 1ENTE 1BXOA 4CPRA 3KT2A 4ACXA 3UTLA 4YD4A 1HVLA 1E81E 1MIQA 2NR6A 2IQGA 4YCYA 1ER8E 3OOZA 3ECGA 4EPJA 3PWRA 4DJOA 2B7ZA 3L38A 3L5BA 4Y56A 1MVPA 3OTSA 3R0YA 1HIHA 1LYWA 3KT5A 4Y48A 3F9QA 5P8MA 5P77A 2FXDA 1EBKC 3LIXA 2G27A 3BUHA 1PROA 4PPHA 4LBTA 4Y5AA 1E80E 4YOAA 4CPQA 1C6YA 1HBVA 4Y3DA 3CYXA 5P65A 3BGBA 1LF2A 2OHLA 4TVGA 5P4AA 1B5FB 1HPXA 3ZKGA 3R0WA 3KFSA 4FCOA 3S2OA 3UDYA 3O9CA 3Q3TA 3D3TA 3RTHA 3KA2A 3PSYA 2WEBA 2G26A 2G20A 4OD9B 5TOLA 5P11A 5IVQA 3QP0A 1UH7A 2O4NA 5P7ZA 1B6MA 5P5PA 3N4LA 5P69A 2FDPA 3LNKA 5P14A 3APPA 2VA7A 3PJ6A 4IVSA 4J0TA 4I0EA 5P4FA 1ZTZA 5P5QA 1RNEA 2F81A 4QGIA 5OYUA 4EXHA 5COOA 2QP8A 4I8ZA 5P81A 5P4BA 5P52A 3UHLA 3KM4A 2ASIA 5HD0A 3ZKMA 4OBZA 5OZIA 3B7VA 3A2OA 5P2EA 3EM3A 1AVFA 5P35A 3UDKA 5OZWA 2B8VA 4HE9A 1OD1A 4Y3PA 3L5CA 5P0AA 1BXQA 5P8NA 5KR8A 2RKGA 5P2BA 7UPJA 4Q1NA 4U8WA 3UFLA 5P6EA 4DQFA 3RTNA 2FNSA 1FQ5A 2AOIA 1BVEA 5P0NA 5P24A 4B77A 3OUBA 5P2WA 3RVIA 5OZNA 5P2GA 1RL8A 3K5FA 3SA9A 1ODWA 5P3BA 5HDZA 4H3GA 1UH9A 3DK1A 3KFNA 5P7QA 5P1PA 3SA8A 3UCBA 4OBKA 5P02A 2BBBA 5P4RA 1A9MA 3SA7A 3FNUA 5P8UA 4CPWA 4Y4GA 2IGXA 4RRSA 2QD6A 3S85A 3NDXA 1OHRA 1IDBA 2OHTA 2QD8A 3CIDA 5P1RA 1XE5A 5P3FA 1G2KA 2I0AA 5P15A 5P41A 3RTMA 4DJPA 1EPOE 2VIEA 5OZXA 4R91A 3G6ZA 3I7EA 4KE1A 5P7HA 1HVKA 1XE6A 3UQUA 2V0ZC 1AJVA 4Y3SA 1FMUA 2NMZA 1NPVA 1MT8A 4S1GA 5P0IA 5P5TA 5P8JA 1DAZC 3C9XA 3SAAA 5P1NA 1DPJA 4COEA 3FSMA 5KOSA 5P1XA 1FQ6A 5OZ5A 4YA8A 2WEZA 1HVIA 3IVHA 2QMGA 2V16C 1W5YA 4Y54A 4NKKA 1HOSA 3OXCA 5C9DA 5P53A 4EJDA 3CKPA 2ZJJA 5P2DA 5P54A 5P1SA 2QI3A 2VKMA 2P4JA 2JE4A 4BELA 5DR3A 3SPKA 5P0ZA 5P59A 2VNMA 5P8GA 1BIMA 3EM4A 3I8WA 4LL3A 3Q4BA 3H5BA 1HVSA 3URJA 5P1AA 4D85A 1HWRA 2ER6E 2BPVA 4OBDA 3NXEA 1AJXA 1QS8A 5P0KA 4EXGA 1ZPKA 2OHKA 5P89A 1W6IA 5I3WA 5AH8A 5DQCA 5P8FA 1MPPA 2PH8A 2VIZA 4DQHA 5P64A 5P7BA 5ENKA 5C9BA 4NPTA 1HXBA 5P3KA 4BFBA 5DR0A 3HLOA 5P0VA 2APRA 4AUCA 5JFPA 1QBTA 1MRXA 4FRIA 5P83A 3DJKA 3G70A 3VG1A 3O9DA 4DJYA 3UDRA 1LF3A 4J1EA 4EJKA 5KQYA 1FKNA 3EL9A 5P1OA 1B5FA 2NNPA 4DV9A 5P8TA 3LPJA 5CONA 1WBKA 1NSOA 2R5PA 1YTIA 1CMSA 1YM2A 1JLDA 4NPUA 1F7AA 2Q64A 5OYZA 2P83A 5P3JA 3JW2A 3EM6A 2G24A 3QN8A 4JECA 4QJ7A 3WB5A 1TW7A 4YD7A 1PPME 3O9FA 4GJ5A 5P4JA 3D1YA 4OD9A 2JJIA 1EBZA 5P1QA 3OTYA 4Y47A 1Q9PA 5I3XA 5KQZA 3ZKQA 3GI0A 2SAMA 3L59A 1D4HA 5P5CA 5SY3A 3EL1A 1SDVA 2ZGAA 4Y5NA 4ZLSA 2AVVA 2PC0A 5P5VA 2PH6A 5P6QA 1TQFA 2ZHSA 1BWBA 4I0FA 4HVPA 2EWYA 5OZRA 3S54A 2HM1A 4OBGA 2ER0E 5AHCA 4Y5KA 4Y4UA 4LC7A 3PGIA 5P26A 1ZP8A 3ZPTA 4DQBA 1FMXA 5P1UA 3QRMA 2B8LA 2V13A 1BBSA 1IZEA 7HVPA 5P74A 1FLHA 5P4VA 4Z22A 2AOGA 1YTJA 1APTE 2O40A 5P7NA 5P8KA 4DJVA 2PSVA 5P18A 1MSMA 2Z4OA 5P85A 5P5KA 1HTGA 2UY0A 5P20A 3T7XA 1UPJA 1EPQE 4PZXA 5HE4A 5DGWA 2QD7A 2OHRA 4E43A 2FLEA 3UDJA 4I0GA 5P34A 2QZKA 5OYYA 4RYGA 1EPNE 1IBQA 1YT9A 2BB9A 1HIIA 5DR8A 4ACUA 2PSUA 5OZ4A 4TVHA 5P8BA 2NPHA 5P71A 3FKTA 5P33A 2JXRA 3UPJA 3EL4A 4ZEAA 3VSWA 1HPOA 2NMYA 5OZ1A 5ISJA 3BXSA 3HW1A 2P8HA 4J0PA 4X2LA 1HSHA 3PBDA 5P7OA 5P3GA 2V12C 4I11A 1W50A 2QZLA 5P2LA 2B42A 4H3FA 1E82E 1XN2A 1IZDA 4J1FA 5P4HA 5P8VA 4HEGA 4N00A 2AOEA 2G22A 2J9KA 2QNPA 5P5ZA 3EBZA 2HPFA 4B72A 2ANLA 5P2IA 3SA5A 1BILA 2VA6A 3KDCA 2G94A 3K1WA 5CLMA 3QROA 1TCWA 5EZZA 5HTZA 1EPPE 4I8WA 4J1HA 1IZIA 4WY1A 3QRSA 4L1AB 5OZ7A 2AVQA 5COKA 3SQFA 4GJCA 4I0DA 1RPIA 5P3RA 5P0WA 3UQPA 1D4YA 4OBFA 5P2ZA 1WKRA 2QNNA 5FIVA 3OQFA 1HHPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7M A;  4BEK A;  5P46 A;  1A8K A;  4RYC A;  3BUG A;  3SM2 A;  1CPI A;  4NJS A;  3CIB A;  5P38 A;  3O9A A;  5P1C A;  3OAD A;  1D4I A;  1M0B A;  4Y39 A;  4EWO A;  3HD8 A;  4B1C A;  1QBS A;  5P82 A;  1RQ9 A;  4J5J A;  5P25 A;  5AH9 A;  4GYE A;  3SM1 A;  4CP7 A;  2IS0 A;  1SDT A;  1EED P;  4TRZ A;  4JPC A;  3NU6 A;  3SFC A;  1K2B A;  5P30 A;  3VFB A;  5OZA A;  4Y4W A;  3DV5 A;  5OYX A;  5P42 A;  5P2Q A;  3UQW A;  3FX5 A;  1T7I A;  3LPI A;  4Y3Q A;  1IZH A;  4PZW A;  2G1N A;  4D88 A;  3ST5 A;  5OYV A;  4YCT A;  2OHM A;  1TZS A;  5OYT A;  4KB9 A;  4EQ0 A;  5P2O A;  3HAU A;  4Y3Z A;  4LHH A;  1XL5 A;  1EPL E;  5OYQ A;  5P00 A;  1AM5 A;  1YX9 A;  3M9F A;  5P58 A;  1FQ8 A;  3K4V C;  2JJJ A;  4GJD A;  5IVT A;  1LF4 A;  4FIV A;  4FLG A;  2WL0 A;  2H6S A;  3IND A;  5OYR A;  5P5S A;  3BXR A;  1XDH A;  3DOX A;  5F01 A;  1IDA A;  4AZY A;  3NUO A;  5P6M A;  5P10 A;  1KJ7 A;  5P09 A;  4XX3 A;  1ZSR A;  2PSG A;  5P79 A;  5P7U A;  4J54 A;  2F3E A;  1BAI A;  2G21 A;  5P8Q A;  5P17 A;  2QK5 A;  3QBF A;  3MSK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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