3URJA

Type iv native endothiapepsin
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
329
structure length
328
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title An analysis of subdomain orientation, conformational change and disorder in relation to crystal packing of aspartic proteinases.
pubmed doi rcsb
total genus 90
structure length 328
sequence length 329
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2011-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3urjA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3urjA01
5P5SA 4OBKA 2CENA 2AOJA 4Q1XA 4ZPFA 1YG9A 1HPOA 5P7NA 5P64A 2VIEA 4EWOA 5P7OA 5OZ6A 1SMEA 3UFLA 4F74A 2QZLA 4J1FA 3IN4A 5P8RA 3LIYA 3M9FA 4PYVA 2BKSA 5P5VA 3KFPA 1HXBA 1MVPA 5P5FA 5AH6A 5DR3A 4I0IA 5P8HA 4COEA 5OZBA 1FLHA 1TSQA 1T7IA 5DGUA 5ER2E 3VV7A 5P8NA 3LHGA 5P1LA 3KYRA 5HDUA 1YTJA 1EAGA 5HDVA 3TTPA 5P5CA 3I25A 1FQ8A 3BUFA 4LP9A 2AIDA 4Y50A 1YTIA 5DQ4A 2VIJA 4JOOA 4Y5CA 2AQUA 2QU3A 2QNPA 1T6GA 1TSUA 3TOGA 4DFGA 1HVLA 1B5FB 3SLZA 5P15A 3SABA 2FXEA 2BKTA 5P8CA 1LYAB 4Y58A 3IXOA 5P1NA 1KJ4A 1BV9A 5P0OA 3SA3A 1NPAA 8HVPA 4Y3WA 5P05A 1HVSA 5E5KA 2QNQA 5P2WA 5P5IA 1A8GA 3N3IA 2QI5A 3ECGA 3WB4A 3PI0A 4LL3A 3GW5A 1LV1A 1MRWA 4CMSA 3U71A 5ISKA 1T6EX 2QMDA 5P1QA 5P67A 1GVXA 4TVGA 2BPWA 5DQ5A 2WJOA 2UPJA 3OGQA 5P70A 3JW2A 4Y53A 1FB7A 4MC1A 4EYRA 5P4HA 2IGYA 4PZWA 1HPSA 1SGUA 5OYRA 3NDWA 3QS1A 5P4EA 3EKQA 2CEJA 5P8LA 2BPZA 3VLBA 4BEKA 3K4VC 3OOZA 5P38A 1EC1A 4OD9A 2F3KA 1AZ5A 3EL9A 5OZDA 5P6HA 3NU9A 4YD5A 1PROA 5P0VA 3LZUA 3TKWA 3BVAA 5P11A 4I1CA 1C6YA 2AOIA 4RVJA 3ZKQA 5P45A 4FRKA 4F73A 1MTRA 3FKTA 5P2SA 3D91A 3R1GB 4DI2A 1KJGA 4J0ZA 5P6PA 1YX9A 1SIPA 5ENKA 1RNEA 3IAWA 3VV8A 4NJVA 3K5DA 4GJAA 5OZJA 1IZEA 2VS2A 1EBYA 3UF3A 4HA5A 3EM4A 2IKUA 2WL0A 2QMGA 1GVWA 5P6BA 5P20A 5P56A 3UDQA 1HVCA 3D1ZA 4H3IA 1K2BA 4D83A 2CEMA 3PSUA 2OAHA 3NLSA 5P14A 4DQEA 3KT5A 5P3UA 4K4RA 4KE1A 4Y35A 7HVPA 3O9HA 5KOSA 5P1UA 3NR6A 5OZLA 5P27A 5P7IA 3APRE 2NR6A 5C9DA 3IN3A 2G1YA 2OHSA 3LPJA 1EBZA 1EPPE 5P2VA 3TNEA 3OU3A 1MESA 1GKTA 1W5VA 5KR0A 2QMFA 1K6PA 2VIZA 5IVRA 1PPME 4B05A 3OAGA 5P7HA 1MIQA 3NWXA 2AZCA 2HB4A 2P3AA 3Q3TA 4CPSA 1EBWA 4YDFA 3ER5E 1YTHA 4RCDA 3OUDB 5P5LA 4X2LA 2ER6E 5P1MA 4ER4E 1HEGE 4Y47A 4EPJA 4J54A 4J1CA 2WEBA 3HVGA 3DUYA 1N49A 3LIQA 2Q64A 1PPKE 5P6EA 3RSXA 2WF4A 3Q6YA 2AOHA 4I10A 2A4FA 5P48A 5P42A 2QP8A 2ANLA 1MT7A 1EBKC 5P32A 3LITA 3VFBA 2V13A 2WECA 3U7SA 3PVKA 4FAFA 4GJ5A 5DR8A 3L5DA 5P0CA 1XL5A 2RSPA 3KFNA 4R93A 3DJKA 5OZPA 4YBFA 5P4NA 3O9GA 5P61A 5P7XA 5OZ1A 4HDPA 4DJOA 2O40A 3S45A 4Y3MA 3HD8A 2P83A 4Y4GA 3CICA 4J0YA 1G35A 2SAMA 1EC0A 2G69A 5P6TA 3CKRA 3T7XA 3GGVA 1HVIA 1LYBB 1SIVA 3QBFA 1HSIA 3INDA 1VIJA 3S53A 2RKFA 4E43A 4DH6A 2UY0A 3ZPTA 2F3EA 1XL2A 4A6BA 1SDVA 4YCKA 2PWRA 3URIA 3ZKSA 3NU5A 3G72A 2APRA 2HIZA 1XE6A 3L5EA 3ZKXA 5COKA 5AH7A 6FIVA 5P0MA 5P72A 5OYTA 2ZHVA 3LPIA 5P46A 1MEUA 4EXHA 2QI7A 3SFCA 3OADA 5P6UA 1MTBA 3A2OA 4JPEA 1BAIA 3QN8A 2I4UA 3NSHA 5P6FA 2FS4A 2G21A 2Q63A 4OBFA 1TW7A 5P49A 3WB5A 1BDLA 3TPRA 5F01A 5P62A 1OEWA 3O9BA 5OYQA 5OYSA 2PSVA 3S8IA 3VYDA 1G6LA 2IEOA 2PSGA 3B80A 5CLMA 4U7QA 5P28A 5P3GA 2OHQA 2ZJJA 1SH9A 1QS8A 1ENTE 5P6NA 5P60A 1D4SA 2OHPA 1LF3A 2IKOA 5P18A 5P7UA 2Q5KA 5HE4A 3RU1A 4Y3AA 1GNOA 1MPPA 5I70A 5P58A 4YOBA 2AODA 1E5OE 5P6RA 1AXAA 1HSGA 3SKGA 3PI5A 5P8GA 1UPJA 4Y3TA 2NXMA 3EC0A 5P0BA 5P5GA 1SMRA 4F76A 5P2IA 4X7IA 5P4CA 3NU6A 3ER3E 4K9HA 1TQFA 1K2CA 4LBTA 4EJ8A 4B1DA 5P77A 2Q55A 1ZSRA 1PFZA 4I0GA 5P6XA 1DPJA 1XE5A 3VSWA 4FL8A 5COPA 4DQCA 4RRSA 5P0KA 5P00A 4Z2ZA 2R9BA 4YE3A 2G27A 5P0AA 1CZIE 3D3TA 5P2AA 2JJIA 4ZIPA 4RVIA 5I3XA 5P1FA 5P8UA 4Y5GA 4APRE 2AZ9A 1BXQA 2G1NA 3ZLQA 1ZTZA 5P0UA 4Y3HA 5P7SA 5HVPA 2VA6A 3TL9A 4RYGA 5P6DA 4DJUA 3DK1A 4K8SA 4Y48A 2QD6A 1BBSA 4OBZB 1FMXA 4Y4JA 5P65A 3KM4A 3NDXA 5P17A 2RKGA 4L7GA 3VLAA 1UH9A 1W51A 2BQVA 4Y5PA 3BXRA 5P0RA 4OBDA 3EM6A 3O9IA 4QJ8A 4Y3FA 1AJVA 5P5MA 3UDPA 3GGUA 3BGBA 5P52A 4QJ7A 5P1OA 5ENMA 4EP2A 3HAUA 2QD7A 4GJ6A 4ZE6A 4Y3XA 4B00A 4Y3EA 3BXSA 3TH9A 3LINA 1OEXA 4OC6A 4Y45A 5P75A 3S85A 4QJ2A 4FM8A 5P5QA 3CYXA 5P80A 2FGUA 5P7EA 3CKPA 5P3LA 2HB2A 2VJ6A 1FFIC 2I4XA 3PLLA 1A9MA 4GB2A 3BC4A 2HAHA 3SM1A 4DJWA 5ER1E 2H6SA 4IVSA 5OZQA 5DPZA 2R38A 4FS4A 1KJHA 3INEA 1FG8C 4MC9A 1FKNA 5OZYA 1MT9A 3PLDA 1DMPA 2BBBA 5P3ZA 4DJPA 4DV9A 3QVCA 2B60A 3PBDA 2ZJHA 1LF4A 5I3VA 5P31A 2AVVA 1W5XA 5P3TA 3S43B 5C9BA 4TRWA 2FNTA 5P1AA 4FSLA 4Y9WA 5P29A 3OADB 3SA5A 3PBZA 5KQFA 3ZKIA 3UDHA 2H6TA 3IGBA 5P69A 5P3WA 5P3QA 5P73A 5P50A 2BPXA 1QBSA 3PSYA 5P1CA 3QRMA 5AGZA 3OOTA 5P4MA 3SKFA 1MERA 1ME6A 4HEGA 5P47A 4EJLA 3RTHA 1F7AA 3KMXA 5P82A 2IQGA 1E80E 4Y4UA 4D8CA 4ZSRA 4HDFA 3OQAA 2PSUA 1ZPAA 2ZHUA 3RSVA 5P53A 5P8EA 5HE7A 1UH7A 3O9LA 3S7LA 4ER2E 2XFKA 2MIPA 1EC2A 2WF1A 1HVJA 5P8DA 2IS0A 4I0ZA 1BXOA 4S1GA 3EL5A 1EPNE 3LIZA 4Y3DA 3U6AA 4AUCA 4RGHA 3BHEA 4Y3SA 4FCOA 5P2MA 3TLHA 3NDUA 4GJ7A 3T7PA 5CONA 3PEPA 5P1JA 1YM2A 3L59A 2AZBA 3VF5A 5P5TA 1WBKA 3R0WA 2FLEA 1J71A 2JXRA 5JODA 1GVVA 3L5FA 5P5WA 5OZ4A 1MT8A 5OYUA 5OZNA 4HDBA 2FGVA 3S7MA 3HZCA 5P0TA 1Q9PA 1XS7D 3WSJA 2I4WA 2PWCA 4JP9A 5KQZA 4EQJA 3PMUA 2IL2A 5P02A 4EHCA 4Y36A 2QI3A 3EXOA 5P4AA 3PM4A 3PWWA 5HDZA 2OHUA 3D1YA 1F34A 3O9EA 3SACA 3OQ7A 3INFA 2FIVA 5P2KA 4RCEA 4DJYA 1GVUA 3AUPA 2Q3KA 3PMYA 3NXEA 5P0WA 5P0LA 5P2YA 3S56A 3R0YA 5P6AA 3TPJA 1YT9A 3H5BA 4R91A 2ZHSA 4DJXA 4AA9A 4Y5NA 2AVSA 4MC2A 1FQ5A 4J55A 1PSAA 2NMZA 5P2TA 4AMTA 5P7WA 4OBGA 5UPJA 3EKWA 3OTSA 4L1AA 2I0DA 1ODXA 5P1SA 4Y3GA 5P57A 3BUGA 2R5PA 1FQ6A 3O9DA 4RRNA 2XYFA 3HBOA 3OUBA 4PPHA 3SA4A 1PPLE 2I4DA 2I0AA 3KN0A 1DAZC 5P3AA 1HBVA 2P3BA 3UDKA 2NTRA 2R3TA 4ZSMA 5JFUA 4Y56A 4OC6B 4DJQA 5P4UA 5P06A 5OZFA 2AOGA 5P88A 3ZKNA 5P2BA 5J25A 2VNNA 1BILA 1BVEA 4FIVA 4Y4XA 5P1BA 1W6IA 3OUCA 4EJKA 2V16C 3NDTA 3ZKGA 5P0QA 4I0FA 4GMIA 3UQPA 4UPJA 5T4SA 4KE0A 2AVMA 4M8XA 3ZPSA 1B11A 1IZHA 4GYEA 5P3XA 2OHLA 1HOSA 4R95A 3OXXA 4ZSPA 1FIVA 1HPXA 1LYWB 3K5CA 3NXNA 5P34A 3GGXA 3JVWA 4Y3LA 5HU1A 3OK9A 5P4TA 1RL8A 2WEDA 4F75A 1HRNA 4Y5BA 1B6LA 5P08A 4B70A 5P5AA 1M4HA 5P3PA 2WEZA 1ZP8A 2ER0E 1IZIA 5P1WA 5P3OA 1SP5A 4NPUA 5HU0A 2I1AA 1OD1A 6APRE 2V0ZC 5P7YA 1DP5A 5HCTA 5I3WA 5P8OA 2ZJMA 4FSEA 5P0YA 2J9JA 1QDMA 3IVIA 3UDRA 2ZE1A 3OXCA 2HS1A 5P1KA 3VYFA 2B7FA 2PK5A 3MSLA 4CP7A 2IGXA 1W50A 3F9QA 3T6IA 4QJAA 1D4HA 4ZLSA 2FDPA 5P40A 5P6OA 3ZMGA 5KR1A 2G1SA 5P4KA 4WY1A 3SQFA 3LIVA 2NPHA 4FE6A 5P6MA 3LZSA 4J1EA 1B6PA 4K4PA 5OZAA 2PYNA 3T3CA 4QJ9A 2P8HA 5P83A 5P1GA 5OZHA 2V11C 5P4DA 4RYCA 5P4GA 1MSNA 5P8TA 5KOQA 2BJUA 3GI5A 5DGWA 4CKUA 3RVIA 5P71A 3PWMA 3L38A 1FGCC 5DQ2A 4HZTA 1HXWA 2JE4A 5DR1A 2QCIA 2Z4OA 1LF2A 2OF0A 5P1TA 5P3KA 3OU1A 5P1ZA 5OZRA 5P7BA 4LXMA 5P8SA 3K1WA 3EKYA 5BS4A 1UH8A 5P5DA 3ZOVA 5P7QA 2EWYA 4YD4A 5OYXA 5P25A 3KMYA 1QBRA 1QRPE 1SBGA 1AJXA 5P87A 2QZKA 4GJDA 4AA8A 5P85A 3FNSA 5P0GA 1SGZA 3HW1A 1ODWA 5P0JA 3PCZA 3LZVA 5P59A 1HPVA 1HWRA 3DV1A 1VIKA 3PWRA 4U8WA 3ZPUA 1T3RA 2ZJNA 4OD9B 5BWYA 5P8JA 4NPTA 3QIHA 4L1AB 4DVFA 5P7GA 2G26A 1QBTA 5P81A 4GJ9A 3Q5HA 2VKMA 5P19A 4CPXA 4ZPGA 5OZTA 4OBJA 3G6ZA 3HAWA 3I6OA 5P6YA 3FNTA 4WY6A 5P36A 3OU4A 4AZYA 5P44A 3HVPA 4FRJA 3VF3A 1EPRE 5KQXA 5APRE 3O9FA 2QK5A 5DR7A 3SA6A 4B1CA 3OQDA 4Y6MA 2PH8A 3KF0A 3FSMA 4Y3NA 5P37A 4Y4AA 2B8LA 2F8GA 3VYEA 4DJRA 4FM7A 1XN3A 3R2FA 1FF0C 5OZCA 2BB9A 1IIQA 2B7ZA 2IENA 5P3DA 5P5OA 4R8YA 4XX3A 3I8WA 1HSHA 5PEPA 3SA8A 1APVE 1HTEA 5OZUA 4KB9A 1ZLFA 4Z50A 4J1HA 3VFAA 3HDKA 3JVYA 3BUHA 1HIIA 1IDBA 4HLAA 5P4OA 5P3SA 5P8FA 5OZMA 1T7KA 4EJDA 2XFIA 3OAGB 1W6HA 1EPLE 1D4LA 4HE9A 4RZ1A 4TRZA 3BRAA 4YDGA 3OHHA 3WZ8A 3MXDA 4A6CA 4LXAA 1K1TA 1PSNA 2ASIA 4RROA 5OYYA 5P5PA 5P13A 2J9JB 5P3BA 2OHKA 1IBQA 2XFJA 4YCTA 5OYVA 5B18A 1HTGA 3QVIA 3UHLA 2AOEA 4APEA 5P09A 2P3CA 1LZQA 1ZAPA 4I12A 4PEPA 2G1OA 4I8WA 1IVQA 5IVQA 2QHCA 2OHNA 5P5YA 5P55A 5KR8A 4FRSA 3Q4BA 5P1IA 3L58A 2ZHTA 4ER1E 5OZ5A 5P4ZA 3N4LA 1DW6C 5P04A 1SDUA 5P7TA 4L6BA 1GNMA 3NU3A 5HTZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5S A;  4OBK A;  2CEN A;  2AOJ A;  4Q1X A;  4ZPF A;  1YG9 A;  1HPO A;  5P7N A;  5P64 A;  2VIE A;  4EWO A;  5P7O A;  5OZ6 A;  1SME A;  3UFL A;  4F74 A;  2QZL A;  4J1F A;  3IN4 A;  5P8R A;  3LIY A;  3M9F A;  4PYV A;  2BKS A;  5P5V A;  3KFP A;  1HXB A;  1MVP A;  5P5F A;  5AH6 A;  5DR3 A;  4I0I A;  5P8H A;  4COE A;  5OZB A;  1FLH A;  1TSQ A;  1T7I A;  5DGU A;  5ER2 E;  3VV7 A;  5P8N A;  3LHG A;  5P1L A;  3KYR A;  5HDU A;  1YTJ A;  1EAG A;  5HDV A;  3TTP A;  5P5C A;  3I25 A;  1FQ8 A;  3BUF A;  4LP9 A;  2AID A;  4Y50 A;  1YTI A;  5DQ4 A;  2VIJ A;  4JOO A;  4Y5C A;  2AQU A;  2QU3 A;  2QNP A;  1T6G A;  1TSU A;  3TOG A;  4DFG A;  1HVL A;  1B5F B;  3SLZ A;  5P15 A;  3SAB A;  2FXE A;  2BKT A;  5P8C A;  1LYA B;  4Y58 A;  3IXO A;  5P1N A;  1KJ4 A;  1BV9 A;  5P0O A;  3SA3 A;  1NPA A;  8HVP A;  4Y3W A;  5P05 A;  1HVS A;  5E5K A;  2QNQ A;  5P2W A;  5P5I A;  1A8G A;  3N3I A;  2QI5 A;  3ECG A;  3WB4 A;  3PI0 A;  4LL3 A;  3GW5 A;  1LV1 A;  1MRW A;  4CMS A;  3U71 A;  5ISK A;  1T6E X;  2QMD A;  5P1Q A;  5P67 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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