3V2WA

Crystal structure of a lipid g protein-coupled receptor at 3.35a
Total Genus 151
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
151
sequence length
456
structure length
442
Chain Sequence
SDYVNYDIIVRHYNYTGKLNISALTSVVFILICCFIILENIFVLLTIWKTKKFHRPMYYFIGNLALSDLLAGVAYTANLLLSGATTYKLTPAQWFLREGSMFVALSASVFSLLAIAIERYITMLKNNFRLFLLISACWVISLILGGLPIMGWNCISALSSCSTVLPLYHKHYILFCTTVFTLLLLSIVILYCRIYSLVRTRNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYASRSSENVALLKTVIIVLSVFIACWAPLFILLLLDVGCKVKTCDILFRAEYFLVLAVLNSGTNPIIYTLTNKEMRRAFIRI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a lipid G protein-coupled receptor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sphingosine 1-phosphate receptor 1, Lysozyme chimera
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 151
structure length 442
sequence length 456
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-12-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3v2wA02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3v2wA01
1LPYA 2B6XA 2RAZX 2Z55A 168LA 1L62A 4W56A 2Y02A 4UHRA 5C1MA 4IAPA 2CUUA 2O79A 1L02A 1QTZA 1XJTA 1S52A 113LA 1LW9A 1DYCA 3PWHA 4G72B 4HYJA 4FPDA 158LA 1KY0A 3UONA 120LA 1QT7A 2J4YA 3DMVA 4EA3A 4YX7C 1OVHA 5F8UA 1T8GA 1LYDA 147LA 1S51A 3QJUB 1C6EA 5G2CA 1L98A 209LA 2B7XA 109LA 1L35A 1L96A 3EH3B 5AHZA 2NTGA 5B2NA 1QTDA 1L53A 2Q9EA 1L60A 1MGYA 3HAPA 228LA 3GUPA 1QUGA 4G71B 4QRYA 3DDLA 235LA 2ANXA 4YXCA 150LA 1D2WA 3DKEX 1JGJA 146LA 115LA 1L80A 1T8AA 3C9LA 4MBSA 4ARMB 3L2XA 1F88A 3PQRA 5H2MA 114LA 1LI3A 119LA 2Y03A 1T8FA 2AT9A 3VHZA 1DYEA 4ARLA 1L0MA 259LA 1M0KA 221LA 167LA 250LA 232LA 4EXMA 241LA 5AWZA 3COCA 1KGBA 1KMEA 246LA 2Y04A 1G06A 1S53A 1LGUA 1C6LA 1C60A 256LA 5LWEA 1GU8A 3HAOA 210LA 3HT7A 1LI2A 1L86A 2B70A 1KG8A 3HANA 3FI5A 3DN0A 1P36A 1AT9A 4X1HA 5G28A 249LA 3V2WA 1D3MA 1F50A 3G3WA 3UG9A 2NTWA 1L07A 1L61A 1L93A 182LA 1OWYA 123LA 1CUQA 1PQMA 3CODA 159LA 1Q5IA 181LA 1IW6A 1C6QA 1G0GA 4BEYA 3PBLA 129LA 3F9LA 1C8SA 2B74A 3QJVB 195LA 5B6ZA 3F8VA 4JQ6A 1BM1A 2Q9DA 260LA 1P2RA 3GULA 172LA 3NYAA 3SB7A 2R4SA 2RBNA 3PXOA 4I7OA 148LE 2PEDA 2YDOA 3G3VA 4TL3A 3CDOA 1L16A 1L54A 4N6HA 4N4WA 145LA 5FJGA 1K28A 1QT8A 2QARC 5H2LA 4WW3A 4XT3A 5A8EA 3HH6A 1L43A 2YCYA 3OE0A 216LA 3ZPRA 3C8SA 186LA 1H2SA 1QM8A 2QPDB 2B73A 3QBGA 2A4TA 3SB9A 3HT6A 5B6VA 1L79A 245LA 3C82A 1C6TA 1C62A 238LA 5B6XA 3GUOA 1BRRA 3T45A 2X72A 1CU5A 3HTDA 1L41A 2BRDA 2L6XA 2RBOA 4X32A 1XJUA 4W55A 131LA 4FAAB 4BUOA 1I6SA 2F95A 1L03A 1L42A 4MQSA 1L63A 4WAVA 4NC3A 1P64A 5AX0A 3FADA 141LA 5B35A 1L52A 127LA 1UAZA 5G2DA 1CU6A 184LA 1LLHA 230LA 4G7SB 3DNAA 2Z6BA 1C6MA 2RB1X 1QTCA 1L01A 1C6IA 1XEPA 160LA 164LA 2NTHA 1L82A 142LA 1L47A 3NS0A 2F93A 143LA 3MBVA 4EKPA 4QI1A 5ETZA 1L50A 1QUDA 2QB0B 111LA 2R4RA 3QAPA 4IAQA 1L70A 261LA 1XMEB 175LA 1L90A 236LA 3G3XA 2WJKA 3DN8A 5EN0A 4LZMA 3FA0A 1PQKA 3C8QA 229LA 5AHYA 5J7AA 4OV0A 4I7QA 1G07A 4UG2A 5H2PA 1LI6A 3QBLA 3RFMA 1CV3A 4MQTA 1L71A 3C7WA 1T6HA 149LA 128LA 2B6WA 1L20A 1JTMA 3HDFA 1C67A 2Z73A 3VVKA 155LA 1SSWA 1L67A 3QJTB 222LA 255LA 3C83A 2B72A 3UTVA 4ARPA 4W53A 4LDEA 1L24A 1SX2A 1L75A 144LA 1D3NA 1P46A 1P6YA 1L14A 3DN3A 4W52A 1S8LA 4GBRA 4FA7B 4XTOA 240LA 3EH4B 2HPYA 1G1VA 1L84A 1CV5A 1G0MA 1QSBA 1OV5A 4GP8B 1L66A 1SX7A 108LA 4I7TA 3X3BA 137LA 1PY6A 1G1WA 1PQOA 3VG9A 2F2QA 102LA 1OVKA 4FBZA 4EKQA 5AZDA 4L35A 1CWQA 1L49A 2LCBA 4GP4B 1QTVA 5H2HA 3DN1A 1P7SA 231LA 3LZMA 1X0SA 2YCWA 1TN0A 3S3CB 243LA 1O0AA 4GYCA 1L09A 3HASA 3L64A 1C8RA 176LA 1P2LA 157LA 1L36A 4EJ4A 2F32A 4DJHA 1C6KA 1L65A 1S54A 3S8FB 1L00A 3X3CA 1U19A 3OAXA 1E12A 1DYAA 2RBPA 1L37A 3HTFA 1IW9A 2I35A 4QIDA 3HARA 4W51A 3S8GB 1C6GA 171LA 3GUIA 5H2IA 2O4WA 185LA 1P56A 1QS9A 1LYHA 3S3BB 3HTBA 3SB8A 161LA 3QJSB 4W54A 2LNLA 1KS3A 1L33A 1PXSA 252LA 1NHBA 3C80A 1L77A 1CX6A 1L30A 1L51A 1LN6A 1L76A 1L27A 1L10A 1C6DA 4MD2A 1L68A 1CU2A 2OU0X 1X0K1 4I7SA 3UTWA 1L64A 1L17A 2I20A 1L73A 1L48A 2Y00A 1CU3A 1QTBA 6LZMA 4G7QB 237LA 5B6YA 1PXRA 4MD1A 4BVNA 1KY1A 2B6YA 2LZMA 2OTYX 1F4ZA 1QUOA 1GUEA 1HZXA 2KS9A 5I14A 1CX7A 4AMIA 3AM6A 177LA 2HUMA 140LA 2KSAA 3RZEA 3QAKA 190LA 3OE6A 3HU8A 5DYSA 180LA 1X0I1 1ZWNA 1D2YA 1L9HA 107LA 2RBRA 1T97A 3DMZA 3SBAA 2Y01A 4XXJA 3HU9A 2ANVA 130LA 3NY9A 4HWLA 4ZPUA 1GZMA 1KW5A 1P37A 1G0LA 1LWKA 5B0WA 3OE9A 1BRXA 3GUJA 162LA 1JQUA 197LA 1XIOA 1CV4A 1KW7A 1L95A 4W59A 4DKLA 1ZYTA 3UZCA 4LDOA 2OU8A 217LA 4ARQA 2RB0X 4I7PA 212LA 126LA 1FBKA 4PXKA 5G54A 139LA 4GPOA 5ITEA 4BEZA 223LA 2B75A 1L11A 2RBSA 200LA 1C6HA 192LA 2HULA 1P8HA 3WQJA 1L15A 1G0PA 1L69A 4I7KA 4EPIA 3C7ZA 1LYJA 244LA 1L32A 3GUMA 1L0KA 1L85A 4I7NA 3C81A 3CDRA 2I21A 174LA 1DYGA 1L58A 118LA 1L91A 4PXFA 257LA 1C66A 3SB6A 5A44A 170LA 104LA 1PQDA 1QHJA 5B34A 1ZURA 4JKVA 1QUHA 4YXAC 2RH1A 5BR2A 3SBBC 1QT5A 242LA 2ZZLA 1UCQA 1L0JA 3NSBA 1C6CA 1D3FA 4I7RA 1L06A 1DYDA 3S3DB 1B6IA 183LA 4XTLA 1KNIA 1L22A 3SN6R 2YCZA 4N4YB 1TN5A 1SWZA 1L57A 1L19A 3C8RA 1PQJA 3QBIA 1L55A 253LA 4K5YA 2B6TA 4IARA 4I7MA 1OV7A 3QJRB 3REYA 1C63A 1CU0A 5LZMA 2M3GA 5H2KA 1L72A 5DHGA 1PQIA 5B6WA 1JFPA 4KNFA 1EHKB 1SSYA 3HT9A 1M0MA 247LA 1WTHA 1P8UA 4W58A 3OE8A 214LA 3HT8A 4IB4A 1LYGA 1S8JA 1R2NA 1L21A 3SB5A 2RAYX 1L08A 2YDVA 156LA 1EPYA 1Q5JA 3DN6A 2ZFEA 1P5CA 225LA 3C7YA 1OWZA 1BRDA 1L29A 1L99A 4EKRA 1L59A 3NY8A 2OE9X 1L45A 1C61A 205LA 4EPFA 4G70B 1C65A 4BWBA 189LA 1L12A 3V2YA 3EMLA 1JV6A 4EIYA 1L44A 3CDQA 2EI4A 3HUKA 2RBQA 2I1XA 2IGCA 4AQNA 233LA 3DN2A 4BV0A 1TLAA 1L94A 1FBBA 4ARMA 4GBRB 1L04A 1QT6A 3ZEVA 1L05A 234LA 1DYFA 2F47A 1C6FA 7LZMA 1C69A 1D3JA 1L88A 2QPEB 3JR6A 2HUKA 1JV7A 3C9MA 3UTXA 2O7AA 3UTYA 1L38A 5A45A 1QKPA 1LWGA 3VI0A 2KSBA 1SWYA 1L13A 5G2AA 3CDTA 3HWLA 1C3WA 4W57A 3AYMA 1DZEA 1CV0A 3QBKA 110LA 152LA 1L31A 4J4QA 3A7KA 4OO9A 1C6NA 4E97A 1LYFA 173LA 1XJIA 2OE4X 187LA 4ARJA 1G0JA 3QDCA 1C6JA 2OTZX 1L87A 103LA 1L40A 3ZPQA 1E0PA 1L89A 1QTHA 1L81A 211LA 2OU9A 3K2RA 4I7JA 5H2NA 1G0KA 196LA 3ABWA 227LA 1L25A 2JAGA 163LA 5ITCA 4G7RB 1L46A 4DAJA 3DQBA 5TGZA 1C6BA 1LGXA 3HH5A 2G87A 1LYIA 3CDVA 5DHHA 3QJQB 1LGWA 1CV6A 1D9WA 5JJNA 1QS5A 254LA 112LA 3HH3A 1L97A 3VW7A 4LDLA 1H68A 5G36A 1AP9A 2B6ZA 1L28A 1L39A 226LA 178LA 1L56A 3P0GA 1CV1A 1L92A 2YCXA 5JJJA 2VT4A 1L26A 3HH4A 1CUPA 3AYNA 5BR5A 3KJ6A 215LA 5H2JA 1QSQA 1L34A 166LA 138LA 199LA 251LA 3DN4A 4S0WA 3D4SA 1C68A 1L83A 1QKOA 1IXFA 3EH5B 3HAQA 4X31A 1P8IA 2WJLA 4KLYA 5H2OA 5KKHA 220LA 1JTNA 4ARQB 4HYXA 248LA 258LA 1DYBA 3HUQA 122LA 218LA 219LA 4A4MA 3UZAA 206LA 201LA 3PDSA 1L23A 191LA 213LA 3ODUA 4I7LA 4PJZA 1R84A 3VGAA 1QT3A 2LC9A 2RB2X 1CTWA 5G53A 1KG9A 2ZIYA 5AX1A 3BVDB 1LYEA 1C64A 4PK0A 198LA 1CVKA 2OEAX 151LA 1VJMA 2JAFA 3CAPA 4JR8A 4XT1A 4XTNA 4Y9HA 3GUNA 3GUKA 2NTUA 4GRVA 169LA 224LA 3RUNA 4GP5B 1OVJA 188LA 1C6AA 1VGOA 4AMJA 1M0LA 262LA 4L6RA 1C6PA 1P3NA 3HDEA 3DMXA 1OYUA 1L18A 5JJEA 239LA 3HUAA 1L74A 125LA 3HTGA 2OE7X 2L78A 1QT4A 4EKSA 2KSYA 165LA 1G0QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4G4CA 4XJFA 1B5YA 168LA 1L62A 2EKSC 1C43A 5IDDA 1LJ4A 4UHRA 3A6CY 4IAPA 2CUUA 2YVBA 1XJTA 2Z19A 1LW9A 1TCYA 5LVIA 1S52A 1GFKA 158LA 1KY0A 3EMSA 3UONA 1NHEA 1LHIA 4ET8A 1OVHA 1REYA 1T8GA 1LYDA 3W6AA 3QJUB 2ZWBA 1C6EA 1DI4A 3EH3B 2Q9EA 1L60A 5EBHA 2EQLA 4QRYA 4YXCA 1JGJA 146LA 1DKJA 4ARMB 1WQNA 4Z98A 1F88A 3HBEX 4H90A 4DQ7A 132LA 2AT9A 4WM5A 4R0FA 3VHZA 4ARLA 4OWCA 1IR7A 1LYZA 221LA 167LA 259LA 3P66A 1IWYA 241LA 5AWZA 5KKJA 4NY5A 3ATOA 1KGBA 1LSPA 2Y04A 4DQ5A 2W1LA 1UBZA 2ZILA 5DM9A 3HT7A 1JEFA 2MEAA 2HTXA 5A3EA 3HANA 3A93A 3FI5A 4NGJA 1P36A 1AT9A 3LYZA 2NTWA 1AKIA 1L93A 182LA 1OWYA 123LA 1PQMA 3RT5X 3CODA 181LA 1OUBA 4BEYA 1IP7A 2B74A 3N9EA 4LYZA 3TXDA 4LT2A 2BQLA 1BM1A 4JQ6A 260LA 1GXV2 3GULA 1CJ7A 4Z41A 3TMUA 1LSEA 2HUBA 2YDOA 3G3VA 4TL3A 2ZYCA 1K28A 4DD1A 2YCYA 4WO6A 186LA 3A94A 1H2SA 2XBSA 1QM8A 2QPDB 1KIRC 3HT6A 3A3QA 5ILCA 1C6TA 3T45A 1BRRA 1LZAA 1L41A 1IP2A 4X32A 4W55A 4FAAB 4CFOA 1L03A 4DD9A 1L42A 1I56A 1L63A 1A2YC 1XEKA 3FADA 5B35A 1UAZA 127LA 1GFGA 4XJBA 230LA 3DNAA 1BHZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1L15 A;  1G0P A;  1L69 A;  4I7K A;  4EPI A;  3C7Z A;  1LYJ A;  244L A;  1L32 A;  3GUM A;  1L0K A;  1L85 A;  4I7N A;  3C81 A;  3CDR A;  2I21 A;  174L A;  1DYG A;  1L58 A;  118L A;  1L91 A;  4PXF A;  257L A;  1C66 A;  3SB6 A;  5A44 A;  170L A;  104L A;  1PQD A;  1QHJ A;  5B34 A;  1ZUR A;  4JKV A;  1QUH A;  4YXA C;  2RH1 A;  5BR2 A;  3SBB C;  1QT5 A;  242L A;  2ZZL A;  1UCQ A;  1L0J A;  3NSB A;  1C6C A;  1D3F A;  4I7R A;  1L06 A;  1DYD A;  3S3D B;  1B6I A;  183L A;  4XTL A;  1KNI A;  1L22 A;  3SN6 R;  2YCZ A;  4N4Y B;  1TN5 A;  1SWZ A;  1L57 A;  1L19 A;  3C8R A;  1PQJ A;  3QBI A;  1L55 A;  253L A;  4K5Y A;  2B6T A;  4IAR A;  4I7M A;  1OV7 A;  3QJR B;  3REY A;  1C63 A;  1CU0 A;  5LZM A;  2M3G A;  5H2K A;  1L72 A;  5DHG A;  1PQI A;  5B6W A;  1JFP A;  4KNF A;  1EHK B;  1SSY A;  3HT9 A;  1M0M A;  247L A;  1WTH A;  1P8U A;  4W58 A;  3OE8 A;  214L A;  3HT8 A;  4IB4 A;  1LYG A;  1S8J A;  1R2N A;  1L21 A;  3SB5 A;  2RAY X;  1L08 A;  2YDV A;  156L A;  1EPY A;  1Q5J A;  3DN6 A;  2ZFE A;  1P5C A;  225L A; 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 163L A;  5ITC A;  4G7R B;  1L46 A;  4DAJ A;  3DQB A;  5TGZ A;  1C6B A;  1LGX A;  3HH5 A;  2G87 A;  1LYI A;  3CDV A;  5DHH A;  3QJQ B;  1LGW A;  1CV6 A;  1D9W A;  5JJN A;  1QS5 A;  254L A;  112L A;  3HH3 A;  1L97 A;  3VW7 A;  4LDL A;  1H68 A;  5G36 A;  1AP9 A;  2B6Z A;  1L28 A;  1L39 A;  226L A;  178L A;  1L56 A;  3P0G A;  1CV1 A;  1L92 A;  2YCX A;  5JJJ A;  2VT4 A;  1L26 A;  3HH4 A;  1CUP A;  3AYN A;  5BR5 A;  3KJ6 A;  215L A;  5H2J A;  1QSQ A;  1L34 A;  166L A;  138L A;  199L A;  251L A;  3DN4 A;  4S0W A;  3D4S A;  1C68 A;  1L83 A;  1QKO A;  1IXF A;  3EH5 B;  3HAQ A;  4X31 A;  1P8I A;  2WJL A;  4KLY A;  5H2O A;  5KKH A;  220L A;  1JTN A;  4ARQ B;  4HYX A;  248L A;  258L A;  1DYB A;  3HUQ A;  122L A;  218L A;  219L A;  4A4M A;  3UZA A;  206L A;  201L A;  3PDS A;  1L23 A;  191L A;  213L A;  3ODU A;  4I7L A;  4PJZ A;  1R84 A;  3VGA A;  1QT3 A;  2LC9 A;  2RB2 X;  1CTW A;  5G53 A;  1KG9 A;  2ZIY A;  5AX1 A;  3BVD B;  1LYE A;  1C64 A;  4PK0 A;  198L A;  1CVK A;  2OEA X;  151L A;  1VJM A;  2JAF A;  3CAP A;  4JR8 A;  4XT1 A;  4XTN A;  4Y9H A;  3GUN A;  3GUK A;  2NTU A;  4GRV A;  169L A;  224L A;  3RUN A;  4GP5 B;  1OVJ A;  188L A;  1C6A A;  1VGO A;  4AMJ A;  1M0L A;  262L A;  4L6R A;  1C6P A;  1P3N A;  3HDE A;  3DMX A;  1OYU A;  1L18 A;  5JJE A;  239L A;  3HUA A;  1L74 A;  125L A;  3HTG A;  2OE7 X;  2L78 A;  1QT4 A;  4EKS A;  2KSY A;  165L A;  1G0Q A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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