3V2WA

Crystal structure of a lipid g protein-coupled receptor at 3.35a
Total Genus 151
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
151
sequence length
456
structure length
442
Chain Sequence
SDYVNYDIIVRHYNYTGKLNISALTSVVFILICCFIILENIFVLLTIWKTKKFHRPMYYFIGNLALSDLLAGVAYTANLLLSGATTYKLTPAQWFLREGSMFVALSASVFSLLAIAIERYITMLKNNFRLFLLISACWVISLILGGLPIMGWNCISALSSCSTVLPLYHKHYILFCTTVFTLLLLSIVILYCRIYSLVRTRNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYASRSSENVALLKTVIIVLSVFIACWAPLFILLLLDVGCKVKTCDILFRAEYFLVLAVLNSGTNPIIYTLTNKEMRRAFIRI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Crystal structure of a lipid G protein-coupled receptor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sphingosine 1-phosphate receptor 1, Lysozyme chimera
total genus 151
structure length 442
sequence length 456
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-12-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3v2wA02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3v2wA01
1L31A 176LA 258LA 4LZMA 113LA 1S52A 1C6EA 1R84A 1CWQA 5DHHA 127LA 1C6NA 1CU6A 2RBOA 1C6FA 1L29A 1KS3A 3SN6R 1D2YA 1KY0A 1L23A 2YDVA 3C9MA 1LGUA 5I14A 1H68A 1DYEA 1LWGA 1OWZA 1X0I1 1L98A 1LYIA 3CDOA 3EH4B 3X3BA 1LGXA 3NS0A 4LDLA 2RBQA 5H2OA 1QM8A 4FBZA 240LA 181LA 4J4QA 1OVKA 1XMEB 1PQIA 4X1HA 3C7WA 1XIOA 1QS5A 183LA 3EH5B 4AMIA 216LA 118LA 1R2NA 3HANA 213LA 163LA 1PQJA 4ARPA 3AM6A 1C61A 1LI2A 3D4SA 3PDSA 1JTMA 1PQMA 1L80A 227LA 1CU5A 3P0GA 4FPDA 3HT9A 5F8UA 3QBGA 2LCBA 3LZMA 1F88A 3QJRB 1L08A 4GP5B 252LA 5AX0A 1L47A 3F8VA 5B34A 1L30A 2LZMA 186LA 1L97A 4I7OA 3EH3B 1QTZA 139LA 2B70A 5H2KA 3C81A 1L10A 171LA 5A45A 1QTBA 1D3JA 5BR2A 4I7KA 1UCQA 2KSYA 5G2CA 2YCZA 4BUOA 3OE8A 1G06A 3UTYA 201LA 1C6LA 1L07A 1KW5A 2Z55A 1L67A 3SB5A 1C6BA 3GUIA 5G53A 1L64A 4X31A 3S3BB 3C80A 4A4MA 1L70A 2NTGA 4PJZA 5G28A 4N4YB 3GUNA 126LA 2Y04A 1KY1A 1C68A 1KGBA 239LA 4ARMA 1L75A 5H2JA 1EHKB 5LZMA 2YCWA 2IGCA 3FADA 200LA 2OU8A 2QPEB 3GUOA 2ZFEA 3RFMA 1D3FA 260LA 1OVHA 5B0WA 1L72A 3QBIA 1F50A 5DYSA 1OVJA 3HTBA 4S0WA 1S51A 1CUQA 4BEYA 215LA 1L79A 1QTHA 1DYFA 190LA 1QT8A 1L57A 1D3MA 2B75A 1QT4A 1OV5A 2RB0X 1S8LA 254LA 1L13A 1L62A 1L20A 1P6YA 224LA 5H2IA 1IW9A 1S53A 1JTNA 2KS9A 4EKPA 220LA 2Y00A 4GPOA 3S8FB 2RAZX 4EXMA 2NTHA 2Z6BA 1L99A 3HT6A 2Q9DA 1BM1A 212LA 3C7YA 3NY8A 1ZYTA 4IB4A 3HAPA 5B6YA 5B6WA 1CX6A 4MQSA 2A4TA 247LA 3NY9A 2J4YA 1L91A 1LN6A 1P64A 1M0MA 3CAPA 1CV1A 1L52A 3UTXA 1L16A 1L32A 3F9LA 3SBBC 1NHBA 131LA 1CUPA 1CU3A 5ETZA 244LA 5DHGA 1L50A 236LA 253LA 2RBNA 2G87A 3HU9A 5J7AA 178LA 1G1VA 1C8RA 230LA 2HULA 2OE9X 2ZZLA 4G70B 4MBSA 1L28A 2R4RA 3VI0A 4EA3A 5B2NA 4W58A 1QHJA 4EKRA 1Q5JA 3ABWA 4I7MA 1L0MA 1U19A 3DN2A 4XT1A 3HUKA 3SB8A 4BWBA 1L0JA 2O4WA 1C69A 1CV5A 1LYFA 1P37A 3HT8A 1C6DA 3V2YA 4GP4B 1L51A 4ARLA 1L21A 3GUJA 1C6GA 3L64A 1QS9A 4XTLA 137LA 3KJ6A 4K5YA 5G36A 115LA 111LA 1QKPA 4WW3A 1QUOA 1LYJA 1CV6A 1LYHA 3DQBA 2KSBA 2VT4A 3HASA 5A8EA 3CDTA 3RUNA 1KW7A 4AMJA 2OTZX 2X72A 1L02A 169LA 1L44A 3CDRA 3C83A 3HTDA 4I7NA 3SB7A 1L88A 3PWHA 1D9WA 1L35A 4L35A 1XJTA 1EPYA 4G7RB 4PK0A 142LA 2B6YA 3UTWA 1CX7A 3VGAA 1VJMA 4W57A 1JV7A 3C8SA 4DAJA 2YCYA 1B6IA 4ARMB 3DN6A 5H2HA 1C6IA 2RAYX 4EPIA 1C64A 3EMLA 1L69A 2OE7X 4HWLA 1L45A 1L42A 1L74A 3ZPRA 1L49A 3PBLA 129LA 1L04A 4QIDA 5JJNA 3HTGA 255LA 1TLAA 2F47A 3OE0A 3S8GB 1PQOA 1CV3A 249LA 102LA 1L84A 148LE 3QJVB 1C60A 1L68A 149LA 145LA 192LA 2LC9A 1QT3A 257LA 3GUMA 248LA 1P7SA 4EJ4A 1Q5IA 1LW9A 3HARA 162LA 1X0SA 3QAKA 1L06A 3OE9A 4LDEA 3HWLA 1G1WA 4W59A 219LA 3DN4A 1TN5A 1KG9A 3COCA 1XEPA 3PXOA 3FI5A 1ZURA 1PY6A 243LA 5H2PA 1WTHA 232LA 3SB9A 4AQNA 1KNIA 1L9HA 3REYA 1LYDA 3HH6A 143LA 2PEDA 4G71B 5AWZA 1L92A 1QTCA 5A44A 3DMVA 5ITCA 174LA 1L27A 4QI1A 3DNAA 3CDVA 1LYEA 1L01A 4I7RA 1JGJA 4G72B 3X3CA 4X32A 1L40A 4YX7C 245LA 2RBSA 2Y03A 4XTNA 5B6XA 2RB1X 3MBVA 180LA 1CTWA 237LA 1BRRA 2M3GA 1C62A 1QT5A 157LA 4MD1A 1C6JA 1IW6A 1L95A 2ANVA 4DJHA 161LA 4GRVA 1L93A 1G0GA 3GUKA 4JR8A 1SX7A 4EIYA 1L12A 1L34A 4W56A 5LWEA 4GBRA 2L78A 1JQUA 4OO9A 3SBAA 1GZMA 5B6VA 1L15A 2YCXA 3QJQB 3GULA 1L24A 1VGOA 4WAVA 1FBKA 1SWZA 4ARJA 1L38A 2O79A 1L73A 2ANXA 197LA 1T6HA 1CU0A 1M0KA 2F93A 1C66A 3K2RA 3AYNA 3HUAA 4IAQA 1L03A 1L66A 4DKLA 4FAAB 1C6PA 3QAPA 1QSQA 5B6ZA 4FA7B 1TN0A 3ODUA 1QT6A 4MD2A 1DZEA 141LA 1C6TA 242LA 3HAOA 231LA 2B73A 155LA 184LA 4TL3A 3BVDB 150LA 3NSBA 226LA 110LA 233LA 5TGZA 1L00A 3C8RA 1AT9A 1BRDA 2ZIYA 4MQTA 5G2DA 4I7SA 1L17A 3VHZA 2I21A 1OV7A 3QDCA 1K28A 1JFPA 104LA 1UAZA 2RBRA 1P2LA 146LA 2B6ZA 4EPFA 1CV4A 199LA 262LA 4PXFA 1QTDA 4W55A 4HYXA 3HH4A 1SSWA 5H2NA 1L71A 2HUKA 4G7QB 1QUGA 1D3NA 1P46A 2Z73A 185LA 5AHZA 1H2SA 4BV0A 3NYAA 140LA 1T97A 1P8IA 1QKOA 2R4SA 4GP8B 1L26A 3ZEVA 210LA 152LA 3WQJA 3HU8A 4OV0A 3C9LA 1QUDA 2KSAA 3QJSB 1XJUA 188LA 1C65A 2JAFA 151LA 1P8HA 5EN0A 2Q9EA 1L77A 2L6XA 114LA 164LA 1CU2A 1S8JA 1L09A 103LA 168LA 2Y02A 2F32A 217LA 1L60A 3DN8A 160LA 4XTOA 2OTYX 1PXSA 5KKHA 2HPYA 1C67A 1PXRA 4GYCA 1C3WA 2CUUA 4KNFA 130LA 1PQKA 1D2WA 222LA 1G0MA 5BR5A 4N6HA 1L81A 195LA 1I6SA 1OYUA 1LYGA 251LA 3HDFA 7LZMA 4YXCA 122LA 1JV6A 4ZPUA 1CVKA 1L94A 3DMZA 211LA 1BRXA 1QSBA 209LA 1QT7A 2QPDB 1G0KA 218LA 170LA 1L55A 2B6WA 1L56A 4W54A 1L19A 4HYJA 3S3DB 4LDOA 3HTFA 2F95A 5ITEA 1LWKA 1L89A 4ARQA 3UZCA 5FJGA 4E97A 3UG9A 206LA 1O0AA 259LA 5G2AA 165LA 1P3NA 2OU0X 1DYDA 1E12A 1G0QA 2LNLA 1P36A 1T8GA 198LA 3DMXA 144LA 1L48A 1LPYA 225LA 4JKVA 1CV0A 2NTUA 2O7AA 1IXFA 1P56A 1MGYA 112LA 4EKSA 1G07A 1L96A 1L0KA 3VG9A 1C6MA 3HH5A 2EI4A 1SX2A 1ZWNA 2B74A 5JJEA 2OE4X 4UG2A 2WJKA 256LA 1L85A 1PQDA 1L54A 1C6QA 3QJTB 235LA 2B72A 3PQRA 1FBBA 1C6AA 229LA 4XT3A 221LA 5G54A 5AX1A 246LA 1P2RA 172LA 4XXJA 1LGWA 1L76A 196LA 1X0K1 1KMEA 3ZPQA 1S54A 4QRYA 3FA0A 1L87A 3C82A 158LA 1E0PA 3QJUB 167LA 3UTVA 1L46A 3QBLA 4Y9HA 214LA 1T8FA 2JAGA 3OE6A 1G0PA 1L59A 1SWYA 5B35A 120LA 1L33A 3HUQA 1GU8A 3AYMA 1C6KA 189LA 2I20A 3HAQA 4KLYA 2YDOA 3VVKA 1L83A 1F4ZA 2QB0B 4EKQA 2Y01A 166LA 4L6RA 1DYBA 3DN1A 2BRDA 2WJLA 4I7QA 1GUEA 108LA 1L22A 159LA 1P8UA 3G3WA 1L65A 1L61A 1L58A 1L11A 1C63A 241LA 4UHRA 1L53A 3T45A 191LA 3G3XA 1AP9A 156LA 128LA 3CODA 1L25A 2OEAX 2I35A 3VW7A 3HDEA 1L82A 2RH1A 1HZXA 1XJIA 1L37A 4I7PA 1OWYA 3UONA 119LA 123LA 1C6CA 2NTWA 1LLHA 1L18A 2QARC 4JQ6A 1DYAA 125LA 4G7SB 4ARQB 234LA 4IAPA 261LA 1M0LA 1SSYA 3L2XA 205LA 4I7JA 3S3CB 4W53A 3DKEX 3DN0A 1L43A 5C1MA 173LA 1L36A 3G3VA 4W52A 3DDLA 1G0LA 177LA 4I7TA 2F2QA 138LA 147LA 1LI3A 5AHYA 1LI6A 2RBPA 6LZMA 1C6HA 4YXAC 107LA 3HH3A 1T8AA 1L14A 4W51A 3HT7A 4NC3A 2B7XA 3UZAA 1QTVA 1L39A 223LA 1DYCA 3V2WA 1DYGA 3A7KA 3OAXA 4IARA 1G0JA 4PXKA 1L41A 3C8QA 4BEZA 228LA 5H2MA 3QBKA 1C8SA 1P5CA 2I1XA 2B6XA 2AT9A 4I7LA 1KG8A 175LA 2OU9A 5AZDA 2HUMA 3GUPA 3CDQA 2RB2X 109LA 3JR6A 1L05A 187LA 3DN3A 3RZEA 5JJJA 5H2LA 1L90A 4N4WA 1L63A 3SB6A 2B6TA 238LA 4BVNA 3C7ZA 4GBRB 250LA 1QUHA 182LA 1L86A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZEKA 1C6EA 1R84A 1YILA 1TCYA 3AGGG 2YDVA 2DQDY 4RLNA 3W6DA 4QY9A 1QM8A 4FBZA 1C43A 240LA 1RFPA 4J4QA 1XMEB 1PQIA 3C7WA 4X3BA 4WM4A 1XIOA 2HU3A 2I25L 1AT6A 3EH5B 4ETCA 4ARPA 4BAPA 1C61A 4G49A 1PQMA 2ZYPA 3CQLA 1E8LA 3W6BA 1CU5A 2YBMA 3GXRA 2Y8PA 2LCBA 2HU1A 3QJRB 5I4XA 5F14A 1OUAA 3TXHA 2W1MA 1GDXA 2LZMA 5B05A 1WQMA 171LA 5LVHA 1D3JA 2DQIY 4I7KA 5BR2A 1JEFA 2YCZA 5HMJA 1KW5A 1NDMC 1L67A 3A92A 5LVKA 4X31A 4OOTA 1L70A 3WU8A 1ZVYB 4DDAA 3GUNA 1JKBA 4C3WA 5IDDA 239LA 4ARMA 3P68A 1XFPL 1GF8A 3FADA 2OU8A 2ZFEA 1ZV5L 1OVJA 4NHQA 8LYZA 1JITA 1CUQA 4BEYA 1LMPA 2B75A 1D3MA 1J1XY 3G3AB 1L62A 2X0AA 1LMTA 5H2IA 4H91A 5DN4A 4GPOA 3HT6A 1L99A 2MEHA 3D3DA 3NY8A 3LZ2A 3TXJA 3HAPA 4IB4A 5B6YA 2ZWBA 4GCDA 2J4YA 1L52A 1L16A 1GFRA 2BQCA 1LSYA 1VDQA 1MLCE 3AJNA 4LYCA 4EMNA 2OE9X 1C8RA 2ZZLA 4G70B 3VI0A 1LZCA 1CKFA 4EA3A 1QHJA 4EKRA 1L0MA 2Z38A 3HUKA 3SB8A 1DI5A 2BAAA 1C69A 1CV5A 1LYFA 1P37A 3HT8A 2XJWA 5II3A 1L21A 3GUJA 1C6GA 1PS5A 1EL1A 4DD3A 1J1PY 2D4IA 4K5YA 3CB7A 1GD6A 3HASA 1BB7A 1L02A 1L44A 132LA 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 3C8Q A;  4BEZ A;  228L A;  5H2M A;  3QBK A;  1C8S A;  1P5C A;  2I1X A;  2B6X A;  2AT9 A;  4I7L A;  1KG8 A;  175L A;  2OU9 A;  5AZD A;  2HUM A;  3GUP A;  3CDQ A;  2RB2 X;  109L A;  3JR6 A;  1L05 A;  187L A;  3DN3 A;  3RZE A;  5JJJ A;  5H2L A;  1L90 A;  4N4W A;  1L63 A;  3SB6 A;  2B6T A;  238L A;  4BVN A;  3C7Z A;  4GBR B;  250L A;  1QUH A;  182L A;  1L86 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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