3V83A

The 2.1 angstrom crystal structure of diferric human transferrin
Total Genus 216
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
216
sequence length
674
structure length
674
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPEAPTDECKPVKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDGGFVYIAGKCGLVPVLAENYNKSDNCEDTPEAGYFAVAVVKKSASDLTWDNLKGKKSCHTAVGRTAGWNIPMGLLYNKINHCRFDEFFSEGCAPGSKKDSSLCKLCMGSGLNLCEPNNKEGYYGYTGAFRCLVEKGDVAFVKHQTVPQNTGGKNPDPWAKNLNEKDYELLCLDGTRKPVEEYANCHLARAPNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSNVTDCSGNFCLFRSETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural basis for iron piracy by pathogenic Neisseria.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Serotransferrin
molecule tags Metal transport
total genus 216
structure length 674
sequence length 674
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-12-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v83A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v83A04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v83A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v83A03
2ONKE 4MH5A 2A5TB 5I57B 2V3UA 2HEUA 1FQAA 3IX1A 3MZ1A 4X9TA 4YICA 5CRYA 5H8QB 1DOTA 1B4ZA 1T0KA 4YKPA 4U4SA 4RNSA 5K2XA 4PFUA 4F18A 1PBPA 5H8SA 4GFRA 3KSJA 3MVZA 4F22A 2VOZA 5I2NB 5H8NA 1B0LA 3TODA 2PMSA 5J1DA 4HCWA 4QFKA 3T66A 2DE2A 3OELA 2O1MA 1MS7A 3IOVA 2HXWA 2HZLA 5AA4B 4DXUA 2OWTA 3VLUA 3TUSA 1JEUA 2O84X 2XXHA 1MY3A 1I69A 4IO7A 3RN8A 3FJMA 1TWYA 5JEIA 4IO4A 2Z22A 4NF4B 4MFIA 1JW1A 4BDQA 1II5A 3SDFA 1MPCA 2LAOA 3PUXE 2AIXA 2Y7RA 5IKBA 3TPAA 2RC8A 4H5GA 4ISUA 1QUIA 1EZOA 3UORA 4YMAA 3E13X 3KFMA 1S9TA 4F31B 5KDTB 2RC7A 5TU0A 5HBCA 5FHMA 3KJ7A 2AL4A 3OO8A 2CZLA 4GQOA 4ZEFA 5CC2A 1JQFA 2DE3A 3OEMA 3MW0A 2F8DA 4I1DA 1ZBMA 2F35A 4NF6A 1TT1A 3IOUA 1L5TA 1P1NA 1B7ZA 3K01A 1P1QA 4LZ8A 5BUUA 1OLAA 2O6AA 3K6WA 3E9XA 4ESWA 3M3LA 1SI1A 1B46A 2XXIA 5CMCA 4FIMA 4UACA 4OFOA 5EHMA 4TLLB 1NNFA 4PFYA 2I4CA 2O68A 1H3DA 1SVXB 1MY2A 3JZJA 3RGYA 1N7WA 2QPQA 2QMWA 2XX7A 4PE5B 3B6QA 4P11A 4OEVA 1ZKBA 1B9JA 2F6GA 3H6VA 1GR2A 1VE4A 3VVFA 2B65A 1B2HA 4QFLA 2I48A 2Q89A 4FORA 4R2BA 2W7YA 2ZYKA 4F1YA 4LQ2A 3IB2A 1WVJA 3WAEA 2OJTA 2Q2AA 2HZKA 1NL5A 3OSQA 1AOVA 3FD3A 3F11A 5ELVA 3DP6A 4QFNA 5CMKA 3QYTA 3MPLA 1LFGA 1N84A 2O7IA 1D3KA 4LZ5A 1DSNA 3MP1A 3TMGA 3ODBA 3RT8A 3H6TA 3BBRA 2DWIA 3MZBA 2UVHA 3EHUA 3Q28A 1N76A 2OWSA 2PBWA 1USYH 3PV0E 1MM7A 1VR5A 1LAFE 5HPQA 1M5BA 3IOWA 4YAHX 2REGA 2UVGA 1IXGA 3O6HA 1SDXA 2DQVA 1I6BA 3U94A 4KCCA 2D21A 4G77A 2ZXTA 3HHGA 4G68C 3PU5A 5ICQA 3USDA 1XT8A 3PPQA 4KD5A 3N6TA 3O29A 1MQIA 3TCFA 1VFEA 4NEDA 3FASA 2Y84A 2HCAA 2XXTA 3UGWA 4M4GA 4F39A 1NH8A 2PX1A 3HPIA 3MBPA 4BDLA 1B1HA 4NWDA 4R75A 4R74A 3G3KA 3KBRA 2BJJX 4MLQA 3QK6A 4I9DA 3QUFA 3IAZA 3FXUA 4P0GA 3O97A 1A8FA 4GXAA 4ELOA 3ILTB 4JSOA 3VLWA 4IY5A 4RPOA 4EF1A 2DXYA 4ONYA 2Q2CA 4IGTA 3QUJA 1POTA 1SBPA 2THIA 3SEUA 3FGSA 1KWHA 1N3XA 1OQHA 4WXJA 3UP9A 3DELB 5AA2B 3GZGA 3ZKKA 3LSLA 3T9HB 5M2VA 4N6PA 3PPRA 1XVYA 1UIVA 4YKJA 5I59A 1LBBA 3CSGA 3N26A 3KN8A 3U1OA 1Z7NE 3M3KA 4GL8A 4LVQA 4OZ9A 3GBBA 3SESA 3JV9A 3SERA 4QFOA 4IY6A 1XHYA 3L6HA 2OBGA 2OK2A 3TCGA 3TKDA 1PC3A 4XIGQ 4GD5A 5DT6A 1USYE 2UVIA 5DEXB 1B32A 2H9BA 2Z8DA 4KHZE 4OQOA 1ZU0A 3R26A 3LUYA 2QRYA 5KZTA 1QKAA 3L6GA 1P1OA 2F5XA 3TTNA 1R1NA 2QJEA 5H8FA 3EN3A 2ONSA 3T9XB 4TOZA 4KFQA 4KYEA 3TTKA 3SETA 4EXLA 2D5WA 1UTHA 4FEBA 3TCHA 1PEBA 4GRKA 4DLDA 1SI0A 5TP9A 3TYHA 1FTMA 4OEUA 3K00A 1D4NA 4O3CA 4DIGA 2FA7A 3EHSA 2ZMBA 4F3BA 1ANFA 3OO6A 3DP4A 4JWYA 2ZNUA 3SEWA 5CMMA 4XTCQ 3V89B 3G7WA 4H0WA 1P1UA 1MXYA 3B7DA 4ZDMA 5I56B 1QW0A 4R6YA 2VD3A 3K6VA 3HN0A 4H5FA 2F7AA 4ZECA 1JW4A 1MPBA 3AXFA 3MWBA 1Y20A 5I58B 1OLCA 3I5OA 3FV1A 3A3CA 1B7HA 2DOJA 4DXBA 3TZAA 4U2RA 3G3GA 4C0RA 4HTGA 3PMVA 3TELA 4NTLA 2DE4A 5I2KA 2Y7WA 4EQBA 4U1ZA 5KCJA 1B05A 3EHTA 2F7BA 1QVSA 2RKMA 3QXMA 3H4ZA 3IL1B 1FQDA 2ZNSA 4WKMA 2DVZA 4ZE8A 1NH7A 2OLBA 1ZMGA 1B40A 1EZPA 4XKNA 4HS7A 4G68B 3SEXA 3C4MA 3C35A 2AL5A 1SW1A 3QSLA 2ESNA 2M8CA 1CE2A 2GHBA 5DVFA 2GRVA 1JVXA 2O69A 3KN3A 1I6QA 4DCXA 3TTMA 1Y1ZA 3OENA 3T22A 2F97A 3FVKA 1XOCA 2QL3A 4R6KA 1GGGA 1UTBA 1QKBA 4GLIA 1SW4A 4POWA 2P1SA 3GXAA 2XD3A 4DE8A 3GLBA 5H8HA 1A55A 1B58A 1MDP1 1JEVA 2XHDA 1FCKA 3CFLA 1NNTA 4H65A 1B51A 4IO5A 3MAMA 3PMXA 3LSFB 4WEDA 4ECFA 2QS4A 3HO7A 1UTHB 2X7PA 2ZYNA 4ZZEA 3K1MA 4NF5A 2G93A 1SYIA 2YPNA 5CBSA 3RUMA 5TPAA 2X26A 1MG1A 3OD7A 2Q9TA 4ZE9A 1N0TA 4O3BA 3S9LC 1QUKA 4OFLA 1XVXA 3VXCA 4R6HA 2XXQA 3I6VA 4F1VA 4M1VA 3PPOA 4H67A 5IAIA 4DCYA 1BP5A 3K1PA 3TAJA 5B70A 2H98A 1LBCA 1LAGE 5CI5A 3DP8A 4H8JA 3E4RA 2OZZA 1N04A 4RXLA 3D4CA 4ZEKA 4NE4A 3PUZE 4E0WA 3ZS6A 1IITA 4TQUQ 4GIZA 2Y7IA 3BFUA 3IO6A 1OVTA 3H7MA 3S2VA 5B7DA 5ITOA 3FIRA 2Y7PA 5FTHA 4X48A 1MPDA 3OOAA 3N6UA 3PPNA 1P1WA 3EPEA 5AA3A 1B3LA 3KEIA 4P0IA 4DDDA 4PFTA 1LB8A 1BLFA 3FVOA 1OVBA 3VVEA 4NF8B 4YB6A 5KCJB 3B6WA 3T93B 1AL3A 3C34A 3OO7A 2XXXA 1LSTA 2G29A 3IORA 3KG2A 1US4A 2VP1A 2V3TA 1RYOA 4KYSA 1URDA 3TTRA 3V83A 1DMBA 1EU8A 1H45A 2RCBA 3HCQA 4AQ4A 5H8NB 3JYRA 1OIBA 4ZZAA 2REJA 5AA2D 2XXWA 4GVOA 4EXKA 5ISUA 1D9YA 2XXYA 3Q25A 2V84A 5L9OA 1LCTA 2QSXA 1H43A 2WKYA 4OVJA 3EQ1A 2DP8A 3KGCA 4OXVA 2NVUB 1AMFA 5DVIA 2XXPA 4GWOA 5L9SA 5JK4A 3ILUB 2E1SA 4OENA 4ELQA 3KSXA 3IOTA 3EF7A 3UN6A 5AA1A 3D4GA 4EQ7A 2UXAA 4YMBA 2ABHA 4MBPA 4EQ9A 1OMPA 4FAJA 1S7YA 4PQJA 1MXZA 1Q1KA 4IO3A 1B3GA 4Z7EA 4POXA 1DPPA 2RCAA 3UK4A 2UYEA 3LBSA 5LOMA 2RC9A 3PD8A 2KLFA 1WDNA 1LFHA 4C1TA 3OEKA 1I6AA 4KR5A 5CMBA 1Y9UA 1FTLA 4WEPA 1Y3QA 3H06B 3VXBA 1Y3PA 3RTFB 4BDRA 3ZKLA 3RNNA 2XD2A 4NF6B 2YLNA 5CBRA 2DWAA 1B5IA 5A5XA 4G2ZA 1B5JA 3I3VA 2Z23A 2I58A 3RT6B 4OFJA 2E0SA 1J1NA 4I62A 1VSOA 1XC1A 4ZS9A 3BKIB 4I8CA 3PPPA 4JXIA 2DSFA 2ALUA 2A5TA 5I57A 4R2FA 1QUJA 4O3AA 1HSEA 2O7UA 3R6UA 1UQWA 1MDQA 2ONRA 1PBQA 5H8QA 1IXHA 5F7VA 4ZEIA 4JDFA 3O28A 1MY4A 2HQ0A 3T9VA 3SKPA 3K1NA 2F6PA 4RA1A 5L8DA 2DXRA 4YKIA 2IEEA 3UA8A 3MUQA 4KQPA 5I2NA 4FE8A 3FJ7A 5FHNA 1OQGA 4YZZA 3TDJA 4N07A 2I49A 1B6HA 2CMOA 5AA4A 1Y4TA 5F1QA 4OMBA 4RK2A 1FTOA 3CFZA 5JTYA 2GHAA 4LA9A 1O63A 1ZIUA 4XKRA 3SEVA 1B0HA 2R9JA 4UA8A 1ELJA 4OESA 3MP8A 4XKQA 3U93A 2UYFA 3OSRA 3U92A 3N94A 3G3JA 2QS2A 4LUBA 4NF4A 4ND9A 3K6XA 3GBAA 5ITPA 4JBZA 1B5HA 4YKKA 2R6GE 4DZ1A 3C9HA 3KOSA 2VGQA 2XXRA 3FXQA 4L17A 3K2DA 3PD9A 5DYHA 3MVWA 3H6WA 5BWJA 2ZYOA 1YCJA 5KDTA 1JETA 1VFDA 3LSXA 1Y1MA 3TQLA 1SW5A 2I0CA 1JW5A 3U8QA 2IA4A 3MP6A 1ZTYA 3RLFE 4G8NA 1B52A 2DYXA 1UIUA 3FVGA 4XKPA 2I3WA 3Q26A 5DVJA 4JWOA 4IO6A 3CVGA 4OYVA 1ZLQA 3PGFA 1SQYA 3ZSFA 3VFJA 4IO2A 2D3IA 2DWJA 1NFTA 1R9QA 2ZYMA 3S9NC 4XXUA 3W9VA 4R72A 1IZ1A 1TXFA 1B4HA 3W9WA 1GVCA 1PDAA 1MH3A 1P99A 1IUDA 2Z8FA 4BDNA 4Q0CA 2XX9A 2V3QA 5EHSA 1MXWA 4QF9A 3RTWB 1O64A 1BKAA 2VHAA 3HV1A 2F7CA 3W15C 5I59B 4K3FA 4MLVA 4X1DA 4F3GA 1URGA 1LGBC 3IO4A 4GL0A 3PUVE 1MXVA 2V25A 1FQFA 1LFIA 3V8XB 1FQCA 4C1UA 2DS9A 1GTKA 3PUWE 3Q29A 4YU0A 4H8IA 1IXCA 3O66A 2XX8A 3OO9A 3S9MC 3G3HA 4RPNA 4EUOA 3TTLA 2Q88A 5AE4A 2FNCA 1SD3A 3U72A 5JTYB 1MY0A 4F3PA 4GF8A 2X7QA 2O1LA 3IK6B 4LATA 2HAUA 1Q35A 5H8FB 4PP0A 3VE1B 1D9VA 3BFTA 3CFXA 4MF3A 2QS3A 4ELRA 1MY1A 1R6ZA 1B1XA 3FZVA 3OXNA 4LP2B 2VD2A 3V5AA 1AIVA 5TP9B 1POY1 2RF1A 3CR9A 3UIFA 4JSDA 4PFWA 2H99A 5CM6A 4G8MA 1MH4A 1SW2A 4U4XA 2P2AA 2F78A 2P0SA 4F3SA 3MVYA 1NNKA 3G3IA 3THIA 4F2QA 4JWXA 3VLVA 1FTKA 1Y3NA 2I6EA 3LR1A 4ESXA 5ICTA 4ELPA 3N5LA 2F34A 3FJGA 1H76A 5HM4B 3O6GA 4EDPA 5FTIA 1O7TA 3QIMA 1TFDA 1RKMA 2I0BA 1LAXA 4RY1A 1PB7A 4H6DA 4NMYA 2ANJA 4HW8A 5I2KB 2HFBA 5I84A 4TLMB 4LZ7A 4Q8RA 4ZEBA 2PYYA 1B3FA 1N3WA 1B3EA 1FQBA 3KZGA 3DLNA 5EYFA 2Y7KA 2O51A 2XXVA 1N7XA 4RK9A 4Z0IA 3LC8A 5AA2A 2GFEA 3A09A 4FATA 3ECRA 4F2OA 1RYXA 2QS1A 2I4BA 4THIA 1MXXA 1M5EA 4R9FA 4OWDA 1DTGA 2DVCA 4QSDA 4R73A 3Q27A 3RY3A 2ZNTA 2B3BA 5DTBA 2HAVA 3QAXA 3KN7A 4IB2A 3WAFA 3TFLA 5L9MA 3T96B 4U1OA 2B3FA 1UTBB 3MPKA 1URSA 3ONMA 3C31A 5DEXA 1SYHA 4IGRA 1MQGA 5H8HB 3MC2A 1IXIA 2DWHA 4E0XA 1MQDA 1M5DA 3M3FA 1B7UA 3IR1A 4N13A 1GV8A 1CB6A 3E3KA 3H3GA 4OTEA 1A54A 4NF5B 4LQ5A 3K6UA 3VV5A 1LLSA 3VVDA 5TPAB 1A8EA 1YTVA 3TQWA 4PETA 2R71A 4FEDA 4QSEA 3O2AA 3K02A 1XS5A 3P7IA 4QSCA 3DM0A 4FJPA 4QRZA 1LAHE 5I56A 3KOTA 3CG1A 3PMWA 4R9GA 3FATA 1H44A 3CSBA 3FXRA 1M5FA 3IB0A 1NNPA 2Z8EA 4FECA 2RINA 5K2YA 5I58A 4AB6A 3M8UA 4BDMA 3C32A 3H6UA 4ZEDA 1Y4CA 3FVNA 3K0VA 1QJMA 3OMBA 3IJOB 1EZ9A 1BIYA 1HSLA 2NUVA 2XXUA 4AB5A 4Q5TA 3S9EA 4OERA 3H03A 4YB7A 4F29A 1FQEA 4DXCA 1NKXA 4F1UA 3R7XA 1FTJA 3RPWA 1YAEA 4G68A 3FV2A 1HSJA 1MQJA 2V93A 1JVYA 4G8HA 3MJNA 1ZJLA 1ATGA 5FHOA 3G3FA 1IQ7A 3IB1A 3HHFA 4QHQA 4KI0E 1NMUA 4OHNA 2YJPA 4YB5A 1FW0A 3C36A 1TFAA 4BDOA 4EF2A 4NWCA 2GH9A 1WODA 3O9PA 3KJTA 2H25A 3VDFA 3RQTA 4G4PA 3MQ9A 4JB7A 3B6TA 2H5YA 3C33A 4LONB 4U21A 3LSWA 4Q30B 2AYSA 2PVUA 1F9BA 4X1BA 1LB9A 3MZ9A 1B3HA 3IJXB 1QULA 1US5A 3S4UA 2PT1A 1AH5A 2H4IA 2A5SA 4QFPA 3HSTA 2UVJA 1MRPA 2NOOA 1YPNA 2Q8JA 1PB8A 1IEJA 4U22A 4H1XA 4HCYA 4U23A 4KPTA 1A40A 1MXUA 2NWJA 1MQHA 3FUZA 1LCFA 3O6IA 3CG3A 1R9LA 2I3VA 3CIJA 1DPEA 2FYIA 4GOTA 4F19A 1PB9A 1BTJA 4BLAA 1A99A 4GXSB 4RYAA 1Z7ME 5A5XB 3PUYE 3TEPA 3MVXA 2PT2A 3SEYA 3CRBA 1S50A 1A7LA 4KCDA 1MM6A 1JNFA 2F36A 2OCUA 1IIWA 3T9UA 2NXOA 1M5CA 3CI8A 3A3UA 4OETA 3K4UA 2QMXA 4RJZA 1EH3A 4KYDA 4NF8A 1DTZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ONKE 4MH5A 2A5TB 5I57B 2V3UA 2HEUA 1DCUA 1RDYA 1FQAA 3IX1A 3MZ1A 4X9TA 4YICA 4PDHA 5CRYA 5H8QB 1DOTA 1B4ZA 1T0KA 4PDDA 4YKPA 4U4SA 4PCDA 4RNSA 5K2XA 4PFUA 4F18A 4DI4B 4OANA 1PBPA 5H8SA 4GFRA 2FIXA 3KSJA 3MVZA 4F22A 2VOZA 5I2NB 5H8NA 1B0LA 3TODA 2PMSA 5J1DA 4HCWA 4QFKA 3T66A 2DE2A 3OELA 2HXRA 2O1MA 1MS7A 3IOVA 2HXWA 2HZLA 5AA4B 4DXUA 2V4CA 2OWTA 3VLUA 3TUSA 1JEUA 2O84X 2XXHA 2OX3A 1MY3A 1I69A 4IO7A 3RN8A 3FJMA 1TWYA 5JEIA 4IO4A 2Z22A 5I7IA 4NF4B 4MFIA 1IMFA 1JW1A 4BDQA 1II5A 3SDFA 1MPCA 4O7MA 2LAOA 2WX9A 3PUXE 2AIXA 2Y7RA 5IKBA 3TPAA 2RC8A 4H5GA 4ISUA 1QUIA 1EZOA 3UORA 4YMAA 3E13X 3KFMA 1S9TA 4F31B 5KDTB 2RC7A 4PAKA 2XA5A 1SPIA 5TU0A 5HBCA 1QGXA 5FHMA 3KJ7A 2AL4A 3OO8A 2CZLA 4GQOA 4ZEFA 5CC2A 1JQFA 3FXBA 2DE3A 3OEMA 3MW0A 1NI9A 2F8DA 4I1DA 1ZBMA 2F35A 4NF6A 3KC0A 1TT1A 3IOUA 1L5TA 1P1NA 1YYZA 4OA4A 1B7ZA 3K01A 4HE0A 1P1QA 4LZ8A 5BUUA 1OLAA 2O6AA 3K6WA 3E9XA 4ESWA 4MNPA 3M3LA 1SI1A 1B46A 2XXIA 5CMCA 4FIMA 4UACA 3KBZA 4OFOA 5EHMA 4TLLB 4HE2A 1YXIA 1NNFA 4PFYA 2VT5A 2I4CA 2O68A 1H3DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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