3VA3A

Crystal structure of rnase t in complex with a duplex dna product (stem loop dna with 2 nucleotide 3' overhang)
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
205
structure length
205
Chain Sequence
QLTGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSGYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title How an exonuclease decides where to stop in trimming of nucleic acids: crystal structures of RNase T-product complexes
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
molecule keywords Ribonuclease T
total genus 58
structure length 205
sequence length 205
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3va3A00
4BWMA 3WNEA 5JS2A 4CFDA 1BCOA 4KTQA 1LW0A 1RT2A 2Q3SA 1Q9YA 1S6PA 1C6VA 3V1OA 5C42A 4JLHA 2OYQA 1ZBHA 4IG3A 4FJNA 3AO1A 1IKYA 3NAEA 4J2BA 3CM5A 3ASMA 4KHNA 2YKMA 3TAEA 4F2SA 2IC3A 4E3SA 4E89A 1X9SA 3U3GA 1T03A 4G1QA 1O1WA 3KKRA 4HUFA 1TK5A 4HVJA 1S1UA 4CJ3A 1UWBA 3QLHA 3OYEA 2QKKA 4DSJA 3V9SA 4CJKA 4DTNA 3SJJA 3LP1A 3KLHA 3KK3A 1RDDA 1Q8IA 3MEGA 3A2FA 2IOCA 3S3NA 4IBNA 2AJQA 2QKBA 1W0HA 4RW7A 1RCHA 1CZ9A 3DRSA 4PA1A 3O3FA 1S1VA 3RTVA 3KIOA 1X9MA 1L3SA 3KLIA 4CJ4A 3OYDA 2G8KA 4KREA 3AVFA 1QHTA 1LAVA 3L2WA 1JL2A 3E01A 1LWFA 4IFYA 4CF9A 3SQ2A 3RMDA 1QSSA 1ZBLA 2ZQBA 2DY4A 3LPTA 5CYMA 3SNNA 1BI4B 5FROA 4FJ9A 4YNQA 1U04A 1C1AA 4CESA 1JLFA 4ELVA 5KTQA 2E6LA 3SQ0A 1VSIA 1WLJA 1NJWA 1RT1A 2PZSA 3QIPA 3QEWA 4BWJA 4DSKA 2VG5A 2FBVA 3O4QA 3MXMA 4FVMA 1U47A 3KK2A 4NYNA 2PY5A 4KV8A 1NOYA 1LWCA 2IGIA 3DLGA 4AILC 2E6MA 3K59A 3LAKA 4DSFA 3G10A 1WNSA 2YHBA 3B6PA 4FLTA 3JYTA 4PWDA 1RTHA 1VSDA 3C6TA 3D45A 4QAGA 2QK9A 4TSXA 3TABA 4CJWA 1TVRA 4MFBA 1WSGA 3NGYA 4F3TA 3QIOA 4DQRA 4DF4A 1BCMA 2XY7A 2XHBA 2IS3A 4DTSA 4B9SA 3RMCA 3ZSOA 1RTDA 4RG8A 3NH1A 2OZMA 4JS5A 3LPUA 3HO1A 1YTUA 4IDKA 3PX6A 4O0IA 3I0RA 3VQEA 2HVHA 2D0CA 1J54A 4M3XA 4DFJA 2G8VA 1IKXA 3PV8A 1KLMA 4CHNA 1FKPA 3NF9A 3QESA 3MXIA 1LAWA 5SWMA 4Z4GA 1WAJA 2B5JA 3F9KA 4FZXC 3HPHA 3EZ5A 4BDYA 2GBZA 4DS5A 4EZ9A 2F8SA 1S5JA 3DMJA 3QETA 3OYNA 3NH2A 1BIUA 3L2UA 4KHSA 1S1XA 4MQ3A 3CG7A 1C1BA 4DFPA 3QINA 4E1NA 4DU4A 2D0AA 5HROA 2VWKA 4CEFA 1QSYA 3PX4A 1BI4A 4KHYA 3JSMA 3V81A 3PO5A 1VK0A 1RDCA 1X9WA 4B9LA 2E4LA 1BL3A 2D5RA 3DI6A 1W9HA 3AO4A 4O55A 4KI4A 4CGIA 3CYMA 1RBSA 1C0UA 3LWMA 4OPKA 4C8MA 2ZE2A 3RMBA 3DM2A 1LW2A 3NCIA 3SZ2A 4ZTFA 4FW2A 4LD0A 4OJRA 4RW6A 5HRNA 2OZSA 1IG9A 1C1CA 1S1WA 2DFHA 2I5JA 1RILA 3DRPA 3AVGA 4CJLA 4DTPA 4XIUA 3RR8A 3HJFA 2FC0A 1CXUA 4FJHA 3RRHA 4CHYA 1QSLA 4W5RA 3OJSA 3NFAA 1RTIA 4CGFA 5J2MA 2XY8A 2FBXA 3ZSYA 2G8HA 4OLAA 3ISNC 4AHVA 1ITGA 3HT3A 1TKTA 3NE6A 4NCBA 4I9QA 1I39A 3OYJA 2VG7A 4ELUA 4GMJB 1I3AA 3P83D 4CJ5A 1NK0A 4E0DA 4ID1A 1FXXA 3AV9A 5J2QA 1NKBA 3OYFA 1HYZA 3SPYA 1J9AA 2P1JA 4FZYA 1NK7A 1NK4A 3S9HA 5I42A 3CM6A 4DMNA 3C6UA 4R5PA 3AVBA 3VQ6A 2VWJA 1JLBA 3ZT4A 3K5MA 1HPZA 3OYLA 3QNOA 3NF7A 4LSNA 1D9DA 4Z4CA 3ZSZA 3DLKA 3ZT0A 1TAUA 1WAFA 1EP4A 4DTJA 1LV5A 3V9XA 2DFEA 4CK2A 1KLNA 4PUOA 4DFKA 3QEVA 2QXFA 4FK2A 1HQEA 1RNHA 3DLRA 3I0SA 3UIQA 2HW3A 2DFFA 2JLEA 3SV4A 4CHZA 3V9WA 4E7KA 5KRSA 4O44A 3OYAA 3HP6A 2EX3A 2OPRA 1NK6A 4DSEA 1D9FA 5E41A 4KKOA 4UQGA 3F73A 4FJ5A 4KHUA 4CIEA 4BACA 2HNZA 5HRPA 4BDZA 3VA0A 1VSEA 1CLQA 5SZTA 4DQQA 2X78A 1FK9A 1G15A 3OJUA 4CEOA 3H08A 4BE2A 4FM1A 1K6YA 3SUNA 1J5OA 3KD5E 1KSPA 4B8AB 1WSIA 3WNFA 4CEAA 3HVRA 4EZ6A 3G0ZA 4LY7A 4ICLA 4KHWA 2YNFA 1HNVA 1GOCA 4KTWA 4M3WA 4B3OA 1EKEA 3ALYA 2G8FA 5HLFA 1A5XA 3CFOA 3LP2A 3TARA 4FJKA 3NGZA 3OS1A 1UOCA 3DOLA 2ZD1A 3L3VA 4F3OA 1JLGA 3HL8A 3NH0A 4C8NA 4H4OA 3KLGA 3TAFA 3C95A 2Y1JA 2YNGA 2P5GA 4OKJA 3VQ5A 4B9MA 3IRXA 3LZJA 4M42A 3DLBA 5KRTA 4NCGA 1KTQA 1B92A 4C8OA 4KB1A 4Z4EA 3SYZA 3ITHA 1T8EA 1QS4A 4M3UA 3AA2A 1BQMA 3VQDA 3OY9A 4N47A 1HQUA 1A5WA 2G8WA 4CCHA 4ID5A 3NBPA 3TWHA 4CEEA 4HUGA 1BISA 4RW4A 2F96A 5DK5A 3OYGA 1N6QA 4DU3A 1TL3A 4B9UA 3RWUA 3TAQA 4KAZA 1GOBA 4CK3A 2HMIA 4DS4A 2ATQA 1B9FA 1X1PA 3OS0A 3KLEA 4FW1A 2KZMA 3NDKA 4OLBA 3CFPA 3HP9A 3SPZA 1Q9XA 5C25A 3K5NA 3DLEA 3C94A 1TL1A 3FFIA 3ZSVA 2XY5A 1BQNA 4M3YA 4IKFA 4IG0A 4CJSA 3SUOA 4K8XA 3ZSXA 4F4KA 3SCXA 1JXEA 2YV0X 2F8TA 1HNIA 4CFAA 1L5UA 3L8BA 3KJVA 3EYZA 3VQPA 2O4GA 1QTMA 1TKXA 4FJ7A 2WONA 1J53A 1RT3A 2IAJA 1JL1A 2BANA 4HCBA 1NK5A 2Y1IA 3SUQA 4BE1A 2BDPA 1RT6A 4FM0A 4N56A 4KFBA 4JS4A 3RMAA 4B9NA 2BE2A 4FLYA 4DQIA 1S9GA 3VQBA 4Z4HA 4PQUA 1VSJA 4OGCA 3THVA 1RT4A 4AHTA 3L2VA 2XY6A 4N76A 3L3UA 2B6AA 1WSJA 1ZBFA 1S6QA 4CHQA 3HXMA 1KRPA 2G8IA 1TV6A 1YTAA 4W5QA 1NKEA 2P51A 3OYKA 1SKWA 4B9TA 2NUBA 4CJUA 3PX0A 3BDPA 2XRIA 1L3VA 4FJ8A 4CEZA 3MEEA 4FJLA 5C24A 4E19A 4ZTJA 3VQ7A 3HPOA 4FLWA 2OPSA 3MXJA 3WNHA 1TK8A 4H4MA 4O4GA 1NK8A 4LSLA 2X6NA 1RBRA 4FM2A 3SQ4A 3TR8A 5HP1A 2FBYA 1ASVA 4DF8A 4DQSA 4DQPA 5D3GA 1VSLA 1D8YA 5FDLA 4KHQA 3LWLA 3VQCA 1BGXT 3EY1A 3MAQA 1NK9A 4J2EA 4O5BA 3AO3A 1EX4A 3LDSA 4RW8A 3IAYA 3V6DA 1RTJA 4FCYA 3OYHA 4DTMA 1SL2A 1KFSA 3HM9A 4I7FA 1XHXA 4CJFA 2HHSA 4CERA 3S3OA 1SL0A 3TAPA 3NF6A 4CJQA 4FJMA 4FK4A 1QQCA 3SUPA 4C8LA 3VQAA 2KFNA 1XI1A 1KVCA 4OKEA 4Z4FA 2JGUA 3IS9A 1NKCA 4I2PA 3ZCMA 1KFDA 3HK2A 4FYDA 4OKKA 5CZ1A 5KGWA 4L8RB 5FRNA 1SV5A 1EETA 5KI6A 3HYFA 4CJPA 3QEXA 4Z4IA 4B9VA 4CIGA 4J2AA 4LH4A 1JLEA 1UA1A 3KK1A 4KO0A 1IO2A 1WSEA 3D0PA 3AVIA 5HRSA 5CYQA 5HRRA 4BE0A 2BGGA 4Q0BA 2KTQA 4NYFA 4FLVA 1U45A 1TK0A 3LALA 2R7YA 3P5JA 1CZBA 3T19A 3WNGA 3QO9A 1U4BA 1SKRA 4YFUA 2ETJA 4N41A 3U3YA 2WOMA 1KCFA 1VSMA 1VRTA 3AA5X 4DG1A 3VN5A 3CFRA 1RDBA 2DTUA 3S3MA 3VQ8A 3ZSRA 3OYIA 1SKSA 4KPYA 2Z1IA 2B4JA 3B6OA 3LANA 5T7BA 1JKHA 4KTZA 4JRPA 3AO2A 4W5OA 2A1SA 2HHXA 1RBVA 3AVCA 4AHCA 4CF1A 5J2NA 2HHUA 4RW9A 3VQ9A 4F8RA 1IH7A 4H8KA 3ZSWA 1YVUA 3LZIA 1JLCA 2HHTA 2X6SA 3VA3A 3TAGA 3DLHA 2IDOA 3BGRA 1ZYQA 1JLAA 2RN2A 4HHTA 4CE9A 4CF0A 1ASUA 1EXQA 3TI0A 4AHSA 3TANA 3K2PA 3RRGA 3O4NA 5FRMA 1C0MA 2YNHA 1WN7A 4CGHA 3RR7A 3K57A 1GOAA 4E1MA 1DTQA 1LWEA 4WE1A 1XHZA 2HB5A 1UA0A 4KRFA 2RKIA 4Y1DA 1T7PA 3KD1E 1UAXA 2O4IA 1HMVA 3L2QA 3AA3A 2X74A 3O3HA 3U6FA 4HCCA 4FJGA 2RPIA 4FK0A 4FJXA 4M3RA 2YNIA 1NJXA 3OVNA 3ZT2A 1B9DA 4CK1A 2Z1JA 4N5SA 4I9LA 3QEIA 2HHVA 1Z25A 1HYSA 4AH9A 3DYAA 1R0AA 3V1QA 3O3GA 2P5OA 1QE1A 4DSLA 4DU1A 5CZ2A 3IG1A 2ITGA 4DTOA 2KZZA 3V4IA 3ZT3A 3ZT1A 1BHLA 1HYVA 2OPPA 3P1GA 4LH5A 3V9UA 4FXDA 3PO4A 1NJZA 3NGIA 4DWIA 3OYMA 3M8SA 5HBMA 2KQ2A 3KKSA 4O0JA 4K8ZA 3AVLA 2D0BA 4FLZA 4FLXA 1VSHA 3MECA 3M8QA 3M8PA 3HPGA 2HNDA 1JLQA 4B08A 4CGJA 2XO7A 3L2RA 2OPQA 4M3TA 1ZBIA 2FBTA 4CJEA 4FJIA 1TKDA 4CEDA 2W42A 1L3UA 4J2DA 1BIZA 1D5AA 1DTTA 1REVA 3K58A 3PUFA 2Z1GA 4CECA 4DLEA 4E7IA 1ZBUA 1XWLA 2VG6A 1SUQA 3ZSQA 4W5TA 2HNYA 4M45A 4HTUA 4JRQA 2OA8A 1S1TA 1NOZA 2KW4A 1DLOA 4BDPA 5J2PA 1FKOA 4QOZB 4C8KA 1HRHA 4DSIA 1TGOA 3I8DA 4AHRA 1Z26A 4CEQA 4CJTA 4DTXA 2HHWA 4KI6A 3OYBA 3DOKA 4AHUA 1RT5A 4CHPA 3M8RA 3AO5A 1ASWA 3AVAA 4F2RA 3OS2A 2HVIA 4E7JA 3HVTA 1C0TA 1JXBA 4OGEA 4FZZA 4B8CA 5EU7A 5DMRA 2PYJA 1KVBA 3VQQA 4Y1CA 1A5VA 3AVHA 4CJVA 3KLFA 1CXQA 4DTRA 2EHGA 3K5OA 3NF8A 1Y97A 1RT7A 3V9ZA 3T3FA 3SI6A 3KTQA 3LP0A 4FJJA 1U49A 4E7LA 3AVNA 3MEDA 2Z1HA 3PY8A 3T1AA 4DTUA 1TKZA 5K14A 4DLGA 3QEPA 4QCLA 5JS1A 4M3ZA 1RBUA 1VSKA 4CIFA 5J1EA 4OPJA 4CJRA 4CGDA 2LSNA 3TAMA 4ZHRA 3OYCA 3K5LA 1U48A 3AVMA 3HSTB 1RBTA 3AVJA 3CQ8A 1XC9A 2PYLA 4KB0A 4DFMA 5I3UA 2YKNA 1HJRA 4CEBA 5KGXA 3SV3A 3ULDA 4FLUA 4CFCA 2HHQA 1IKWA 3V1RA 4CF8A 1NJYA 2GV9A 3LAMA 1VRUA 3AA4A 2YHAA 1L3TA 3QERA 1S9EA 4Q5VA 4HUEA 4M41A 4OVLA 4PY5A 1IKVA 4GVMA 4W5NA 1F21A 2A1RA 3DRRA 1YT3A 1KVAA 4CF2A 4NCAA 1WSHA 1RDAA 2KFZA 1VSFA 3NHGA 3VQ4A 4E7HA 4EP4A 2G8UA 4I2QA 4CFBA 4ELTA 4CGGA 1N5YA 3AVKA 1T05A 4GW6A 4Z0UA 4CHOA 3SQ1A 5CY4A 3LP3A 2RF2A 1WSFA 1SL1A 3QNNA 2GUIA 4IFVA 1TAQA 1MU2A 4EP5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3W3DA 5JS2A 4CFDA 1BCOA 2Q3SA 1S6PA 1C6VA 4JKGA 2OYQA 3AO1A 3NAEA 4J2BA 3CM5A 5AQUA 3EKUA 4JKFA 2IC3A 1VHXA 1HX1A 3KWIA 4GVEA 4G1QA 3SJHA 5DM7L 1TK5A 1S1UA 1UWBA 2VGMA 4XH5A 3OYEA 3LP1A 3S3NA 4MLHA 3ATUA 1W0HA 3RTVA 1X9MA 3KLIA 1NBWA 2O8CB 2P9KB 3AVFA 3L2WA 5EOYA 3E01A 4IFYA 4CF9A 2DY4A 4LC9B 3SNNA 1BI4B 5FROA 4FJ9A 5BREA 4CESA 3MMVA 5KTQA 3SQ0A 2P9PA 1M90O 3FZMA 1WLJA 1RT1A 3U9ZA 2VG5A 2DPNA 3HTVA 3WT0A 3O4QA 3MXMA 1MA9B 4FVMA 1U47A 3KK2A 4JAXA 1NOYA 3DLGA 2P9UB 4FOEA 1ZBHA 3LAKA 3G10A 1WNSA 2YHBA 4FLTA 4PWDA 1VSDA 3OA9A 5TKYA 2QK9A 3AGKA 4CJWA 4DR1K 4F3TA 4DQRA 4EAHD 2IS3A 2NRXA 4DTSA 3MWPA 4B9SA 3ZSOA 3NH1A 3ZEUB 4JS5A 3LPUA 1YTUA 3I0RA 2G8VA 5LMUK 3PV8A 2UXCK 3MXIA 1NNEA 2O8CA 2P9KA 4LF4K 3DMJA 3L2UA 3CG7A 2D0AA 4CEFA 4LF8K 1BI4A 4KHYA 4BREA 1RDCA 4JN4A 1XNRK 2E4LA 2D5RA 3O5BA 3CYMA 1RBSA 5KQ8A 2E2QA 4C8MA 4BC4A 3SZ2A 4ZTFA 4FW2A 4LD0A 4OJRA 3VERA 1C1CA 4CJLA 2DFHA 2P9UA 1RILA 4XIUA 4W5RA 3NFAA 1RTIA 4CGFA 2XY8A 2FBXA 3AY9A 3ISNC 1XUPO 4M7XA 2VG7A 4ELUA 4GMJB 1I3AA 2Q31A 4CJ5A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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