3VA3A

Crystal structure of rnase t in complex with a duplex dna product (stem loop dna with 2 nucleotide 3' overhang)
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
205
structure length
205
Chain Sequence
b'QLTGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSGYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLS'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title How an exonuclease decides where to stop in trimming of nucleic acids: crystal structures of RNase T-product complexes
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 58
structure length 205
sequence length 205
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3va3A00
3QNOA 3S3MA 4NYFA 4DU1A 1JL2A 1BCMA 1RBUA 3MEDA 2XY6A 2FBVA 4Z4HA 3PO4A 2HMIA 4C8OA 4F3TA 5KRSA 3TAFA 4FLVA 4CHZA 4CEFA 2Y1JA 1HRHA 2F8TA 3OYDA 3NFAA 4CEDA 3DLHA 5K14A 1UA1A 4CHNA 3P83D 1XI1A 1ZYQA 2WOMA 2P5GA 1CZ9A 5KRTA 2DY4A 2JGUA 3SI6A 3ZCMA 4JS4A 3OYMA 3IS9A 3JSMA 2OZSA 4E0DA 5J2MA 3SQ4A 4CECA 3K5NA 4B08A 4B3OA 4KFBA 1K6YA 2WONA 3AO2A 4NYNA 3TARA 1U45A 2BGGA 4LSNA 1KRPA 1RT6A 4DTMA 4E89A 3AO1A 4Z4IA 3HYFA 1NK7A 1S1WA 3DMJA 3JYTA 3OYEA 2YNGA 3OS1A 1VRTA 1KVCA 5SZTA 4N47A 2OPRA 2XHBA 3PX6A 4G1QA 3RWUA 3ZT0A 1RBTA 4CHPA 4DF4A 3EYZA 1DLOA 4RG8A 3V9SA 4ZTFA 4FCYA 3TAPA 4CFDA 4OGEA 4DFMA 4PWDA 3NE6A 2Z1JA 4RW8A 3OYAA 1BIUA 4M3ZA 4DG1A 3LP2A 1SKWA 1ASUA 2Y1IA 4OJRA 3KD1E 4FJIA 4CF2A 4DU3A 4KTQA 1W9HA 3SV3A 1VSFA 2GV9A 4FLYA 2ZE2A 4XIUA 3OYGA 4CIGA 4DFKA 1SKRA 4FM0A 3I0RA 4CGHA 4RW7A 3ASMA 3TANA 1NK4A 1VSIA 2FC0A 3HO1A 4CE9A 4F8RA 3PX4A 1X9WA 2LSNA 4DU4A 1NK5A 1KLNA 4BDPA 5J2NA 3M8SA 4KHWA 3H08A 3LP1A 4LSLA 1JLEA 1T05A 2P1JA 4DFJA 4FYDA 1F21A 2XRIA 3OYIA 1WSGA 2HNDA 3AVHA 4DFPA 4CK3A 3CM5A 4WE1A 1D8YA 4CF0A 1B92A 1DTTA 1MU2A 4CJQA 4W5OA 3VQPA 4MQ3A 4PQUA 1CLQA 5JS2A 3KK2A 3K5MA 2FBXA 1TKTA 3C95A 4BACA 3P5JA 3HJFA 4NCGA 3SUNA 3ZSRA 4CJPA 4F2SA 4M42A 3AVIA 4CJKA 1J5OA 4KHUA 3WNEA 4QCLA 3MXJA 3ULDA 2P51A 1TL1A 3V9WA 2G8KA 4F3OA 1SV5A 4DSLA 1BIZA 3T1AA 1L3VA 1T8EA 1XHZA 4O5BA 2FBTA 3AVLA 4Y1DA 3O3FA 2BE2A 5CYQA 4FM2A 2KZZA 4FW2A 4B9NA 4CJFA 4DSFA 4CJSA 1B9FA 1U04A 3LAKA 2KQ2A 3RMAA 1R0AA 1LW0A 3HXMA 2BANA 4E3SA 1I39A 1Z26A 3VQDA 3LZIA 4FZXC 1QSLA 4PY5A 2G8FA 2P5OA 1GOAA 3RRGA 4YNQA 1JKHA 4DTPA 1IG9A 2QKBA 2HHVA 5KI6A 4CJLA 3L8BA 3DOKA 4JS5A 3LZJA 4O4GA 3DRRA 4C8NA 3G10A 1GOCA 4AHCA 5T7BA 3TAGA 1BGXT 1TK5A 4ZTJA 4FM1A 3PO5A 4IDKA 2Z1GA 5CZ1A 3VA0A 4K8ZA 4DQQA 1BISA 4CGFA 1HYSA 4DTRA 4LY7A 3U6FA 4KHYA 4CF8A 1FKOA 4CJVA 4B8AB 4Z4GA 3DYAA 2IC3A 5DMRA 4CJ4A 3SYZA 3LP3A 3TAEA 2HHXA 1LWFA 1BCOA 4HUEA 4CHYA 4HCCA 1D5AA 1FK9A 1SL2A 1FKPA 3AVKA 3CFOA 2DFHA 3OVNA 3MEEA 4GVMA 3SUQA 3ZSVA 4CF1A 3QEXA 3L2QA 4FLUA 1QE1A 5DK5A 1HMVA 3AVCA 3ZT4A 1N5YA 4Z0UA 4OGCA 3T3FA 2IDOA 1RT1A 3SQ1A 4IFVA 1Q8IA 1RDBA 4I2QA 4B9MA 4FJ7A 2PYLA 2PY5A 1TAUA 4C8MA 1HQEA 4LD0A 3NF8A 4O0IA 1W0HA 3THVA 3CG7A 1JLGA 2IAJA 3K5OA 3LP0A 4I9QA 3HM9A 2DTUA 4DQSA 4M3XA 2QXFA 4HVJA 3DRPA 1LAWA 1VSMA 4BE1A 2JLEA 1VSJA 3ZT1A 4KHQA 1CZBA 4CHQA 4DTUA 2PYJA 5FRNA 3HP6A 3IG1A 3NGIA 1J54A 2ZD1A 3KKRA 4OVLA 3QINA 3SZ2A 3AA3A 4DSEA 3WNFA 3SUPA 1UA0A 3V9UA 4KPYA 1C0TA 4DF8A 2IS3A 1QTMA 4M3UA 2E6MA 4CK2A 4E7IA 3OYCA 4E7KA 3QEWA 1NKEA 4FJHA 1S1TA 1XC9A 3UIQA 1S9EA 4FJXA 4BWJA 3O4QA 2OA8A 1NK6A 4N76A 1ITGA 4C8LA 3QNNA 4DQIA 4K8XA 4HTUA 3CFRA 1WSEA 2ZQBA 4DSIA 1RBRA 2D5RA 1C1BA 3CQ8A 4DS5A 3LWLA 1LWEA 1RILA 4FVMA 4OKKA 5CZ2A 3ZSYA 2HHTA 2PZSA 1X9MA 4OLAA 2HHSA 2R7YA 4FJNA 4CJWA 4B9SA 3V9XA 3AVBA 4IG0A 1WSIA 2XY5A 2HB5A 3D45A 1RCHA 1HNVA 4ICLA 3KK3A 4F2RA 4KTWA 4PA1A 3O3GA 3TWHA 4GMJB 5I42A 1UAXA 4M3TA 1HYVA 2HVHA 4EP4A 4Z4FA 2KW4A 4Q0BA 4DTJA 1C6VA 3S9HA 3OYFA 3RR8A 4J2DA 2X6NA 4H8KA 3WNGA 5C42A 3K5LA 4I2PA 3RMBA 3RRHA 3RMCA 3ZSXA 1KSPA 2HVIA 4KRFA 2X6SA 1SL1A 3K58A 4W5NA 1EP4A 3AVAA 3DM2A 3IAYA 3MXIA 3M8RA 4DTOA 3OJUA 5C24A 2IGIA 1JLBA 4H4OA 3VQEA 4FK2A 4RW4A 1ZBIA 5HLFA 3VQ9A 3KTQA 1KFDA 5JS1A 3DRSA 1WAJA 4M45A 1IKWA 4OLBA 1IKVA 1JLAA 3L3UA 1RDAA 3QO9A 4O0JA 4OPJA 1TGOA 2VG6A 3MAQA 3T19A 2YKNA 1ASVA 4KV8A 3ZSWA 3SUOA 1DTQA 4CHOA 3SNNA 1XWLA 1BQNA 4C8KA 1LWCA 4UQGA 1VK0A 4CIEA 1G15A 2HNYA 4QAGA 3EZ5A 3HPHA 4JLHA 1NOYA 3RR7A 4PUOA 2A1SA 3OS0A 1B9DA 1O1WA 2DFFA 1RTDA 2OPSA 3MXMA 1L3TA 1BI4A 3DLKA 3A2FA 2VWJA 3L2VA 4CGDA 5HP1A 4B8CA 3C94A 3HVRA 1HPZA 4ZHRA 1U47A 1NJXA 4CEEA 4E7LA 1A5WA 1LV5A 3OYNA 1U48A 4IBNA 3AA5X 3QEPA 1N6QA 1A5VA 1YVUA 3B6PA 4CFAA 1L3UA 2YNFA 1S1UA 5I3UA 1NK9A 1L5UA 3KD5E 3HK2A 5J2PA 2YNIA 1EX4A 4B9UA 2G8HA 1RT3A 3U3GA 5CYMA 1S6QA 1S1XA 1KCFA 4DLEA 3LPTA 4FJ5A 1WSFA 1BI4B 4FZYA 1WSHA 4H4MA 3V9ZA 3S3NA 2Q3SA 4DS4A 5C25A 1X1PA 1CXQA 1KLMA 2BDPA 3ITHA 4OPKA 3LPUA 3V1RA 1X9SA 2YHAA 4MFBA 4R5PA 4W5QA 1UWBA 4B9LA 3VQBA 2E6LA 3ALYA 3E01A 3ZT2A 4HUGA 3TAQA 1BHLA 2RPIA 1QSYA 4FK4A 2O4IA 3MECA 1WLJA 4FJJA 3VQ6A 3KJVA 1NJYA 4OKEA 3OY9A 4AH9A 3RTVA 4CJ5A 2KFZA 1JLFA 3KLFA 4Z4CA 3HPOA 1RTIA 4DQRA 1GOBA 4J2EA 5HRSA 1HYZA 3SCXA 3ZT3A 1JL1A 3TAMA 3VQCA 2QKKA 1YT3A 3AO3A 1L3SA 2OPPA 4IKFA 3F9KA 4KB1A 1NKCA 4AHRA 1C0MA 3F73A 5D3GA 1U4BA 2DFEA 4CJRA 4GW6A 4YFUA 1WAFA 4O55A 3NHGA 4AILC 4Y1CA 4FLWA 3SPZA 3DLBA 3DI6A 3OS2A 3SQ0A 4DSJA 4KKOA 2F96A 5FDLA 4EZ6A 3SJJA 1UOCA 4DMNA 1D9FA 4KHSA 4FW1A 2QK9A 3FFIA 1RNHA 3QIPA 4CCHA 1NKBA 2XY8A 3TABA 1RDDA 4IG3A 4OKJA 2F8SA 5KGWA 3OYBA 3NGZA 3AVNA 3HSTB 2D0CA 3OYLA 3IRXA 4B9VA 3C6UA 4Z4EA 4KREA 1ZBLA 1C0UA 4DTNA 1J53A 5E41A 3QERA 1WSJA 3AV9A 4E19A 1KTQA 2FBYA 4CESA 4CEQA 1WN7A 4CEOA 3HVTA 4FJLA 2GBZA 4IFYA 3TI0A 4FXDA 3HPGA 1S9GA 1ZBFA 2YV0X 2B6AA 4AHVA 4CERA 3NH1A 2AJQA 2VG5A 3DLGA 4CK1A 1SUQA 2Z1IA 1NJWA 4RW9A 1BQMA 1RBVA 2HNZA 3AA2A 1SKSA 4E1NA 1D9DA 4ELTA 3P1GA 3KIOA 4ID5A 4FLXA 3AVGA 1NOZA 4CJEA 3QESA 1SL0A 3LAMA 3SV4A 1RDCA 3M8PA 3NF7A 5J1EA 2XO7A 3QEVA 1QHTA 3O3HA 4M41A 2IOCA 2HHQA 1VSDA 1A5XA 4N56A 4W5TA 2Z1HA 1RT7A 4O44A 1TV6A 3TR8A 3L2WA 3V4IA 1S5JA 3DLRA 4CFCA 1KFSA 1EETA 2G8VA 1IKYA 3KLIA 4AHSA 3L2UA 2I5JA 4BDZA 4KHNA 2VWKA 3LANA 4FJGA 2GUIA 4ID1A 1TKDA 1QQCA 2HHUA 4B9TA 1VSLA 2OZMA 2O4GA 4EP5A 2A1RA 1LW2A 1TL3A 3D0PA 2RKIA 1ASWA 2YNHA 2VG7A 3L3VA 3ZSZA 4FJMA 2G8WA 3L2RA 3NAEA 3DOLA 4FJ8A 2W42A 3ZSOA 4N5SA 3QETA 4J2BA 4DTSA 4FK0A 4CEBA 1Q9YA 5HRNA 3AVMA 3C6TA 3NBPA 4I9LA 1TVRA 4LH4A 1VRUA 3CYMA 3QLHA 3I0SA 4M3WA 2OYQA 3V1OA 3PX0A 5FRMA 4BE0A 3VQAA 1VSKA 3VN5A 4N41A 1FXXA 1RT2A 3KLEA 2ITGA 4NCBA 3PV8A 1Y97A 5HBMA 4DLGA 1Z25A 1U49A 3OYJA 2D0BA 1Q9XA 3NH0A 2G8UA 3HP9A 5HRRA 1LAVA 4ELUA 1TAQA 4KB0A 2ATQA 4FJ9A 1HNIA 3NCIA 4KI6A 1C1AA 4M3YA 3DLEA 4DTXA 4F4KA 4CGGA 1QSSA 4KI4A 3B6OA 3VQ4A 3VQ5A 1TK8A 4HCBA 2B5JA 1RT5A 4CEZA 5EU7A 3SPYA 4JRQA 4AHUA 4CJ3A 1WNSA 3U3YA 3AVFA 1S1VA 5CY4A 1RBSA 1RT4A 1NK0A 4KTZA 4KAZA 4CFBA 5HRPA 3CM6A 1IH7A 1REVA 1TKZA 4LH5A 1VSEA 3LWMA 2KFNA 1CXUA 2ETJA 5SWMA 5FROA 3KLGA 3AO4A 2RF2A 1C1CA 3WNHA 3K2PA 3LDSA 4BE2A 1VSHA 3OJSA 1HQUA 3AA4A 1ZBHA 1NJZA 2KZMA 4JRPA 4E1MA 2E4LA 4CIFA 4FZZA 1ZBUA 2HW3A 4E7HA 3LALA 2EX3A 1HJRA 3AVJA 4RW6A 3G0ZA 3I8DA 3AO5A 2RN2A 1JLCA 1KVAA 3QEIA 3VA3A 3PY8A 2EHGA 4FLZA 4M3RA 3ISNC 1QS4A 3CFPA 2HHWA 3QIOA 4CJTA 1YTUA 4W5RA 3M8QA 3RMDA 4DWIA 4CEAA 3NGYA 3KK1A 2YHBA 5HROA 4J2AA 3PUFA 1JXBA 2NUBA 1RTHA 1TK0A 4L8RB 3K57A 4EZ9A 3NDKA 3OYHA 1IO2A 3KLHA 1IKXA 4BWMA 2G8IA 5KTQA 4Q5VA 1J9AA 1YTAA 4TSXA 1JLQA 1T03A 3VQQA 2X74A 3V1QA 2KTQA 3BGRA 5KGXA 3K59A 4FLTA 1BL3A 4AHTA 1EKEA 4DQPA 3V6DA 3NF6A 3VQ7A 4CF9A 4HHTA 4HUFA 3V81A 4FJKA 4BDYA 1NK8A 4DSKA 2XY7A 4CGJA 4ELVA 3HL8A 2YKMA 1EXQA 3NH2A 3NF9A 2OPQA 1S6PA 3OYKA 4NCAA 4KO0A 3BDPA 1JXEA 3HT3A 1I3AA 1XHXA 3EY1A 3SQ2A 3S3OA 1KVBA 3ZSQA 4E7JA 1RTJA 1T7PA 2B4JA 2X78A 3KKSA 3VQ8A 2D0AA 4I7FA 4QOZB 1TKXA 3MEGA 4CJUA 5J2QA 4CGIA 3O4NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HJOA 1V4SA 1DT9A 3S3MA 2UXBK 4Z4HA 3PO4A 5AQVA 5KRSA 3QFUA 2F8TA 4CEDA 5K14A 4DUYK 1UA1A 4CHNA 2P5GA 1CZ9A 5KRTA 3ZCMA 2HHHK 3UB5A 5J2MA 2E1YA 4DR5K 3O9QA 5C10A 3WXIA 4KFBA 3AO2A 4A2BA 4DTMA 3A0IX 3AO1A 3HYFA 1NK7A 5EVZA 1E4GT 1S1WA 2YNGA 1VRTA 5SZTA 3HI0A 4N47A 2XHBA 1CZAN 2YX6A 4G1QA 5GAGP 3VF6A 4DF4A 4JEPA 4LFCK 4OGEA 5GIOA 1VQ6N 4M3ZA 4DG1A 1ASUA 3SV3A 1LCUA 2E1ZA 2GV9A 2HBMA 1ATRA 4DB3A 3TANA 1NGFA 2FC0A 2ZJPL 4BVOA 2NRZA 2W6KA 3ZEUA 4KHWA 3TTDA 4FOEA 1QVFM 3L4IA 2YJEA 3N4PA 4H0VB 2KKZA 1N8RO 1B92A 3J7AP 4YOYA 4PQUA 2P9KB 1CLQA 3K5MA 4UY8O 2FBXA 1TKTA 4JI4K 4BACA 1XUPO 4CJPA 4M42A 2P9SA 1J5OA 1NGCA 4XH1A 3WNEA 4QCLA 3BY5A 2P51A 4ISEA 1SV5A 3CIPA 3G4SN 4BRAA 4FW2A 3JXUA 3Q7CA 4WFNL 5BPLA 3LAKA 4CJ7A 1R0AA 2J4RA 4BY9C 3GBTA 3LZIA 1DKGD 4PY5A 2P9IB 1NG9A 2G8FA 4K42A 5DM6L 5AFUH 4NB4A 1JKHA 4IO8A 4O4GA 5T7BA 4GV9A 3TAGA 1BGXT 4H0OA 4IDKA 5CZ1A 3VA0A 4DQQA 1BISA 4DTRA 5TKYA 3DAWA 3DYAA 4JHDA 4CJ4A 3GL1A 4BR9A 4H5WA 4IEEA 1BUPA 1D5AA 3H6EA 1SL2A 2KLAA 4K25A 2VQEK 4IOAL 2VGMA 1X9JA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HJO A;  1V4S A;  1DT9 A;  3S3M A;  2UXB K;  4Z4H A;  3PO4 A;  5AQV A;  5KRS A;  3QFU A;  2F8T A;  4CED A;  5K14 A;  4DUY K;  1UA1 A;  4CHN A;  2P5G A;  1CZ9 A;  5KRT A;  3ZCM A;  2HHH K;  3UB5 A;  5J2M A;  2E1Y A;  4DR5 K;  3O9Q A;  5C10 A;  3WXI A;  4KFB A;  3AO2 A;  4A2B A;  4DTM A;  3A0I X;  3AO1 A;  3HYF A;  1NK7 A;  5EVZ A;  1E4G T;  1S1W A;  2YNG A;  1VRT A;  5SZT A;  3HI0 A;  4N47 A;  2XHB A;  1CZA N;  2YX6 A;  4G1Q A;  5GAG P;  3VF6 A;  4DF4 A;  4JEP A;  4LFC K;  4OGE A;  5GIO A;  1VQ6 N;  4M3Z A;  4DG1 A;  1ASU A;  3SV3 A;  1LCU A;  2E1Z A;  2GV9 A;  2HBM A;  1ATR A;  4DB3 A;  3TAN A;  1NGF A;  2FC0 A;  2ZJP L;  4BVO A;  2NRZ A;  2W6K A;  3ZEU A;  4KHW A;  3TTD A;  4FOE A;  1QVF M;  3L4I A;  2YJE A;  3N4P A;  4H0V B;  2KKZ A;  1N8R O;  1B92 A;  3J7A P;  4YOY A;  4PQU A;  2P9K B;  1CLQ A;  3K5M A;  4UY8 O;  2FBX A;  1TKT A;  4JI4 K;  4BAC A;  1XUP O;  4CJP A;  4M42 A;  2P9S A;  1J5O A;  1NGC A;  4XH1 A;  3WNE A;  4QCL A;  3BY5 A;  2P51 A;  4ISE A;  1SV5 A;  3CIP A;  3G4S N;  4BRA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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