3VEUA

Crystal structure of human beta secretase in complex with nvp-avi326
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
389
structure length
380
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of cyclic sulfone hydroxyethylamines as potent and selective beta-site APP-cleaving enzyme 1 (BACE1) inhibitors: structure based design and in vivo reduction of amyloid beta-peptides
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 380
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3veuA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3veuA02
4Y4UA 5P4HA 1EC0A 1UH8A 1CMSA 3L5BA 3U7SA 3HDKA 5P7DA 4H3GA 3UDMA 2IEOA 1TQFA 5P7BA 5P04A 3PCWA 3LNKA 3O9DA 5T4SA 1EC3A 3CKTA 1UPJA 1IVPA 3U6AA 3VCMA 3TKWA 5P45A 5KQXA 3GGVA 5I3YA 2IGYA 1RL8A 2O4KA 1XL2A 2OHKA 2ZHUA 5P3NA 3OQ7A 5HVPA 2PC0A 5P1IA 1ODXA 5OZYA 3OTSA 2QMPA 3K5FA 4B1CA 4HDFA 1C6ZA 4YBIA 3APPA 5P4QA 1K6CA 2BJUA 4GJ9A 5ISJA 3D1XA 3TPPA 2PYMA 2ZE1A 3GI6A 3KFNA 5P41A 3EL4A 3ZOVA 2PSGA 5P0EA 1ZSFA 1CPIA 2F3EA 1E82E 5P1EA 4JECA 3DCKA 4KE0A 3KDBA 5P2RA 5P85A 1B6LA 1FKNA 1W6HA 3ZPTA 5AH8A 5OZBA 2FNSA 5P52A 2G1RA 2ASIA 5P0YA 5P5YA 2XFKA 1AJXA 3NU4A 5P7WA 3GW5A 5P2EA 5OZDA 1Z1HA 5P4SA 1BILA 4BFDA 1NH0A 1HOSA 5HDXA 4I0IA 5P6YA 4R95A 1AJVA 4OBDA 5OZEA 1VIJA 4RLDA 5P6XA 5DR3A 3FNSA 4NPTA 3PHVA 2FXEA 3R0WA 4J54A 3PEPA 3OUDA 2WEAA 4I0ZA 5P87A 5DR1A 4I0EA 5P0IA 4Y39A 4J0ZA 3RSVA 2OHNA 5P0FA 4R92A 5P8VA 5P8KA 5BRYA 5P81A 1GVUA 1MT8A 3S2OA 5P1YA 5HDVA 4D8CA 1HXWA 3HAWA 3EXOA 3T7XA 1W6IA 1ER8E 3NU3A 4TRYA 4DPIA 1TZSA 5P80A 5OZXA 3RTHA 1LYWB 2OHLA 5P1LA 3WZ8A 5J25A 2G26A 5DR7A 5OZ1A 5P6WA 3KN0A 5P6VA 5P5PA 5OZLA 4NJVA 1GKTA 3VYFA 3SA6A 4Y5BA 2A1EA 5P1ZA 3DJKA 1KZKA 3U71A 2ZYEA 1FFIC 4J0PA 3HW1A 5P3CA 4DFGA 4I0GA 2NR6A 2P3BB 4WY6A 5P7FA 4F74A 3QVCA 2QHZA 4DJUA 6FIVA 5P6OA 3O9EA 1MRWA 1T7KA 5OZNA 4F73A 5ENKA 4YD4A 5IS4A 4LBTA 3FIVA 5P13A 2G94A 5TOLA 1B6MA 2QCIA 1F34A 2HAHA 2QD6A 1DAZC 2I4QA 1HVJA 1PPLE 5P5XA 2OAHA 4FIVA 2HM1A 3B80A 4Y3QA 5P1AA 4GZFA 5COKA 5P6CA 3L5EA 3INHA 5P0OA 5P3UA 2IRZA 3TLHA 4DJRA 4M8YA 5P71A 3D3TA 3K4VC 4EYRA 5IVQA 2OHSA 2O4PA 1D4IA 1B5FB 1HVRA 5HE4A 1IZIA 2HPFA 2R3TA 2J9JB 4L6BA 1D4LA 5P3XA 2O4LA 1HSGA 5DQ1A 1LYWA 5DPZA 2Q15A 1HWRA 5OZ4A 1K2CA 3UDNA 4PEPA 1UH7A 4Y37A 4OBGA 5COPA 5ISKA 5P1RA 3FNTA 1AM5A 3OXWA 3Q5HA 5DGWA 2PSUA 3ZMGA 3UCBA 2AVSA 5P74A 1MUIA 4R5NA 4YCTA 1APUE 2QHCA 4Q1YA 3NUOA 1EPQE 4Y3MA 3EM4A 3Q70A 3PBDA 3KFPA 5F00A 3OGPA 5P2HA 1DW6C 3CKRA 2BPXA 3BRAA 4Q1WA 5P2TA 1KJFA 5P0UA 5P0XA 5P5DA 2PSVA 1AVFA 5P0ZA 4DJVA 4FAEA 4FM8A 2AOJA 3PCZA 4OC6B 1HIVA 1QBSA 1F7AA 1ENTE 3Q3TA 4RVXA 5OZ2A 1HPOA 5HE7A 5OZTA 5P20A 4ZPGA 2FDPA 2I4UA 1PSNA 4NJTA 3PSUA 3UDHA 2QMFA 4TVHA 3IN4A 2I0AA 4Y4BA 2I0DA 5P3WA 5P7EA 4Z50A 5OZUA 3RTMA 5P0JA 3HAUA 5P22A 4X7IA 3OOTA 3PI0A 3LIZA 4RYCA 4Z2ZA 4J55A 1BAIA 2WKZA 4Y48A 3VV7A 3KFSA 2QI0A 1G2KA 2AVVA 5P0KA 4WTUA 3LZUA 5P66A 2NXMA 2V13A 2QI3A 3WZ7A 2NMYA 2AZ8A 3BXSA 2UPJA 3TOFA 4PYVA 1FB7A 3NR6A 4APEA 1LF3A 2HIZA 5P2GA 5OZ9A 2IKOA 2BPWA 2J9KA 4DH6A 1FLHA 4Y58A 2ZDZA 5IVRA 4DQFA 5P3KA 4Y3RA 5P5KA 4JPCA 1FMUA 4FSEA 5HU0A 5OYSA 3TL9A 2VJ6A 2B42A 3AUPA 4NKKA 1LF2A 2QI4A 1APWE 3VFBA 3MSKA 3QBFA 2QNPA 4Q5MA 3LHGA 4GJ7A 4DQEA 4HDBA 3SQFA 5P2LA 5P3IA 1A9MA 5EZZA 2NMZA 2CEJA 1HVKA 1UH9A 4CP7A 5P6FA 3FSMA 4OC6A 5P2MA 2VA6A 4F75A 3T7PA 4LC7A 5P83A 3O9IA 1MPPA 5P05A 3MWSA 3SABA 2WEDA 1PSOE 2P3DA 5F01A 2WF4A 4D89A 5I3WA 3MSLA 5P3VA 3SACA 4Y3PA 3SA3A 3ZKNA 5P0BA 2VS2A 2PWRA 4DPFA 2V11C 4Y5AA 5P3EA 4KB9A 1VIKA 2HB4A 5JFPA 4J0VA 4XX3A 3PWMA 4NPUA 3OQAA 5FIVA 1W50A 5P3GA 5C9DA 3UDQA 1XN3A 5DQ5A 5KOSA 3OADA 4L7GA 3O9CA 5HDZA 4U7QA 5P27A 4EJLA 1K6PA 4ZSMA 4Y3EA 2B60A 2IQGA 2G24A 4FRIA 2Z54A 5P39A 2G22A 4HZTA 4I0FA 4Y57A 5CONA 3NSHA 5P03A 5P6BA 1TCWA 1ZSRA 3TPRA 1ZPAA 3MXDA 2MIPA 3VV6A 4DQGA 1HIHA 4MC1A 5I70A 5OYQA 2F3FA 3OTYA 4ER2E 3UQRA 3L59A 1C6YA 4Y41A 1GNNA 3QS1A 3LZVA 2BPVA 4FRJA 1J71A 1IZEA 3EKWA 1EPOE 4YD6A 2I4WA 5P1GA 4Y3GA 1FQ4A 1QRPE 5P3AA 5OZGA 2B7FA 3KT5A 2OF0A 2V10C 5P10A 1RPIA 5P8OA 3NDUA 2V00A 5P6ZA 4YD7A 2CENA 5P0VA 5P1MA 5P54A 5P5OA 4FAFA 1SIPA 2CEMA 5P3YA 3QI1A 1SMEA 1GVXA 4K9HA 1E81E 4EQ0A 3R2FA 3EBZA 4I10A 5P63A 3OHFA 5P68A 3OU3A 3SKFA 1QBRA 2R38A 3GI0A 1LYBB 3UF3A 1FQ5A 1HVHA 5PEPA 4RVJA 5P6UA 2ZJKA 4Y9WA 5P1CA 1PFZA 5P1SA 2QNNA 4Y5KA 3BUGA 3HVPA 4EJKA 4GJDA 2AVQA 5P2SA 3WZ6A 4A6CA 4J1IA 1K2BA 4YA8A 3SM1A 5P62A 3SPKA 1WBKA 4Y3FA 2BKTA 3ST5A 5P8EA 3LIXA 5P6HA 4DJPA 2OHRA 2O4NA 4Y38A 5DQ4A 5IE1A 4GIDA 5P3OA 5P6IA 1ZP8A 5KAOA 5KR8A 1MT7A 3TKGA 5P4JA 5P84A 2G69A 3K5CA 3EM6A 5P1FA 4Y4ZA 5P48A 2NXDA 3DUYA 3O9AA 1AXAA 5KQZA 4EP3A 3IA9A 5P11A 2QU2A 5I3XA 5P2OA 3IAWA 4S1GA 4Q1XA 3OUDB 5OYXA 5P3MA 3BVAA 5CLMA 4GJBA 1SDVA 3O9GA 5P0TA 3OQDA 2V0ZC 5OZOA 2QP8A 3C9XA 5P7SA 1LYBA 1G6LA 2BPYA 4QJAA 5P3LA 4N00A 4E43A 3JVYA 1IDBA 1YX9A 2JYSA 4CPXA 3PGIA 5P5HA 1M0BA 1BXOA 4Y53A 3VYEA 5JG1A 3HZCA 3OU1B 5P1XA 3DM6A 5OZ0A 3QRMA 1T3RA 2VNMA 3S7MA 4FE6A 4LXAA 5P02A 1YT9A 2G1OA 4CPRA 1D4JA 3T6IA 5P2ZA 3K1WA 2UY0A 3OK9A 3NDXA 2ZJIA 5P6QA 5OZJA 1MEUA 1SH9A 5P0CA 4GB2A 5P17A 1YTHA 1W5XA 3L5FA 3VEUA 1NPVA 4JPEA 3SA4A 3VG1A 3NWXA 4DUSA 3OXXA 4OBHA 5C9BA 2ZHRA 3GGUA 4BEKA 5P1KA 5P4IA 2BQVA 3NU5A 1RQ9A 9HVPA 1AAQA 4R8YA 2WF3A 3NDTA 1MESA 4Y5NA 1HPXA 2P8HA 1BXQA 1YM2A 5P4FA 5OZWA 3L3AA 4OBZB 4HA5A 5P7ZA 1HRNA 3VYDA 5OZCA 1MSNA 5P37A 4PPHA 1Z8CA 4M8XA 4AZYA 4U8WA 4F76A 2I4XA 1MVPA 1GVTA 3SAAA 4DJWA 4XX4A 3OU1A 4CPSA 5P6KA 5B18A 3L58A 2RKFA 5P4MA 3HLOA 1EPLE 3ER5E 5P4XA 4ZSQA 3IXOA 5P77A 5P4BA 3CIBA 4EJ8A 1XL5A 3QRSA 4DQCA 2AOEA 5P3DA 3EKTA 1D4SA 3N3IA 4GJ6A 3FX5A 2H6SA 2PQZA 2FMBA 4XKXA 1TSUA 5P14A 3WB5A 2JE4A 5P7RA 3VLBA 2WF0A 1QDMA 2R43A 5P6DA 5P3PA 4ZLSA 2IS0A 3PMYA 5P4DA 5KR2A 5OZKA 5P8LA 5P19A 3FV3A 5AH6A 2RENA 1TCXA 3LPIA 5P0SA 5I3VA 3L5CA 1EBZA 2ZJNA 4PZWA 2O40A 4BELA 4OBKA 4FSLA 4A6BA 4LXKA 3SA8A 1IIQA 1B11A 4Y4EA 4OBZA 5P86A 3CYWA 2NNKA 3PLDA 5P1NA 5P8DA 4UPJA 3FKTA 4AMTA 1EPNE 4H3IA 4B77A 5HCOA 4Z22A 5SZ9A 2AOIA 4QGIA 5P7PA 4I0HA 3VV8A 4K4RA 5P40A 6APRE 2Q55A 3URJA 5P8CA 4XXSA 1MRXA 2VKMA 5OZMA 5P6AA 3KMXA 2AOFA 4KUPA 4YBFA 1QS8A 1SMRA 3I25A 3SFCA 1EBWA 3KDDA 5OZFA 2QD8A 4H1EA 5P7CA 4Y3SA 4Y45A 3UDKA 5AH9A 3KA2A 2AOHA 3LITA 3PJ6A 1SP5A 4YOAA 5IVSA 2F80A 2F3KA 1WKRA 1FF0C 1YG9A 2VA5A 1Q9PA 4JP9A 5OZ8A 5ENMA 5P08A 3K5DA 4GJ5A 1ZJ7A 3K5GA 4ER1E 2H6TA 5P34A 3OY4A 5P6RA 5P2DA 4K8SA 2ER0E 3QP0A 1HIIA 4Y4JA 3S56A 4GJCA 1BDLA 1MSMA 3KYRA 4NJSA 3SA9A 1DMPA 3ZKIA 4FGXA 5P7YA 3DV1A 2QZLA 4LHHA 5P61A 4J0TA 3CIDA 3I7EA 4RZ1A 3UQUA 2V16C 3HVGA 4J17A 1BBSA 3QAAA 2FDEA 5OZPA 1CZIE 2QK5A 1IZHA 2R3WA 2Q54A 3OQKA 3OADB 1YTIA 3PSGA 3G6ZA 3R4BA 5P29A 3T3CA 1HHPA 3UQWA 2R9BA 1SGUA 5P1JA 4DJQA 1SIVA 3DOXA 5P89A 5P1TA 5AHAA 5P4KA 5OYRA 5HCTA 1LYAA 2QNQA 1ZTZA 3VUCA 1Z1RA 7UPJA 3UFLA 3CMSA 2I4VA 5P5IA 5P30A 2O4SA 5P8MA 1HEGE 3ZPUA 1META 1BDRA 2Q3KA 5P6JA 4APRE 2Z4OA 4Y3ZA 4Y3LA 5P38A 4ZIPA 5P6LA 5DQ2A 5P43A 3KM4A 1HTEA 3IN3A 5P07A 5P42A 5P25A 4BFBA 5P26A 4RCFA 2AIDA 4OD9A 5P2JA 4Y5EA 3D1ZA 3LINA 5P0DA 3LPKA 4HEGA 5OYVA 3EM3A 5DGUA 2IKUA 4CPTA 5P5FA 3NXNA 4TVGA 4CPUA 5HTZA 3UDJA 5P6TA 4D83A 5P5LA 4I1CA 4K4PA 1N49A 5P7XA 5P1OA 1ZAPA 1BVEA 1D4HA 5P82A 1MT9A 2RMPA 5HD0A 5P24A 3T11A 1LZQA 7HVPA 5P1HA 4QJ8A 5P5ZA 1EPPE 3D20A 2ZHTA 1BVGA 5ER1E 3RU1A 3OU4A 3EL1A 4EPJA 5HDUA 1AZ5A 5P7AA 5P46A 5P7VA 1EC2A 3UQXA 5OZ3A 5P7KA 5P5TA 3EL5A 5P23A 3PM4A 5P0PA 5P0HA 4R91A 5P64A 3KMYA 5P4AA 4YCYA 4IVSA 4B0QA 4Y3HA 3OWNA 3BXRA 4TRWA 4QJ7A 5P7UA 4DV9A 5KQFA 2WF2A 5P8IA 4Y50A 2Q11A 3ZKGA 3EC0A 5P0WA 1EPRE 3DK1A 3O99A 3IXJA 2G20A 2VJ9A 1NPWA 4RCEA 5P4NA 2Q63A 4OBJA 2FS4A 3L5DA 5P36A 1GNMA 2RSPA 1LF4A 4FLGA 2HS1A 4Q1NA 3BHEA 2QI6A 5P5EA 4I11A 3PBZA 1T7IA 3SO9A 5P4YA 5P5WA 2HS2A 5E5JA 5P69A 1T7JA 5P8PA 4FS4A 4ACXA 5KQYA 5P6EA 4HVPA 5P4CA 3S45A 4L7JA 3UHLA 3OGQA 1NPAA 5SY2A 1W5YA 5IVTA 5P67A 5P79A 5E5KA 5C9FA 2P3CA 3KF0A 3QVIA 1LEEA 3ZLQA 5JFUA 2QAKA 1XE6A 4CMSA 5P7NA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y4U A;  5P4H A;  1EC0 A;  1UH8 A;  1CMS A;  3L5B A;  3U7S A;  3HDK A;  5P7D A;  4H3G A;  3UDM A;  2IEO A;  1TQF A;  5P7B A;  5P04 A;  3PCW A;  3LNK A;  3O9D A;  5T4S A;  1EC3 A;  3CKT A;  1UPJ A;  1IVP A;  3U6A A;  3VCM A;  3TKW A;  5P45 A;  5KQX A;  3GGV A;  5I3Y A;  2IGY A;  1RL8 A;  2O4K A;  1XL2 A;  2OHK A;  2ZHU A;  5P3N A;  3OQ7 A;  5HVP A;  2PC0 A;  5P1I A;  1ODX A;  5OZY A;  3OTS A;  2QMP A;  3K5F A;  4B1C A;  4HDF A;  1C6Z A;  4YBI A;  3APP A;  5P4Q A;  1K6C A;  2BJU A;  4GJ9 A;  5ISJ A;  3D1X A;  3TPP A;  2PYM A;  2ZE1 A;  3GI6 A;  3KFN A;  5P41 A;  3EL4 A;  3ZOV A;  2PSG A;  5P0E A;  1ZSF A;  1CPI A;  2F3E A;  1E82 E;  5P1E A;  4JEC A;  3DCK A;  4KE0 A;  3KDB A;  5P2R A;  5P85 A;  1B6L A;  1FKN A;  1W6H A;  3ZPT A;  5AH8 A;  5OZB A;  2FNS A;  5P52 A;  2G1R A;  2ASI A;  5P0Y A;  5P5Y A;  2XFK A;  1AJX A;  3NU4 A;  5P7W A;  3GW5 A;  5P2E A;  5OZD A;  1Z1H A;  5P4S A;  1BIL A;  4BFD A;  1NH0 A;  1HOS A;  5HDX A;  4I0I A;  5P6Y A;  4R95 A;  1AJV A;  4OBD A;  5OZE A;  1VIJ A;  4RLD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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