3VF5A

Crystal structure of hiv-1 protease mutant i47v with novel p1'-ligands grl-02031
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMVGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Potent antiviral HIV-1 protease inhibitor GRL-02031 adapts to the structures of drug resistant mutants with its P1'-pyrrolidinone ring.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vf5A00
1VIJA 3K5DA 3UQUA 2I4WA 4TRYA 1MESA 3VV8A 5P3XA 5PEPA 2AVMA 1B11A 1M0BA 2VIYA 2BKSA 4Y4WA 1QRPE 3ZOVA 3VLAA 3ER3E 4R91A 3BUGA 1SBGA 2QNQA 2PYNA 5P49A 5P18A 5P0UA 2IKOA 4FM8A 2NPHA 3BVBA 2Q15A 5P6PA 5SY2A 1EAGA 2BJUA 3ZKXA 2V10C 3LINA 3K4VA 4H3IA 3Q4BA 1D4LA 4DQHA 4EWOA 4NJSA 3LPKA 5TOLA 3R0YA 5DR7A 3GGUA 1HSIA 5P8CA 4RRNA 1MRWA 1ZAPA 3UDNA 3AIDA 1NPVA 1QS8A 5P8UA 2V13A 3O99A 2BKTA 3UDQA 2R5QA 2WF3A 4ZSPA 5KR2A 3VV7A 2F3FA 5P2TA 3RVIA 3TKWA 4Y3XA 3SLZA 4CP7A 3IXKA 1PFZA 4GMIA 5P32A 5P75A 4DJYA 1IZIA 5P3WA 5P7KA 3IA9A 5IVSA 3FNTA 5P5KA 4YD6A 2RENA 5P55A 3H5BA 5P8DA 3S45A 5P1UA 3RSVA 2BBBA 3PRSA 5P4LA 3QVCA 1DW6C 1M43A 1PSNA 2F80A 1QBRA 5P1QA 2WJOA 1WKRA 5P0FA 5P34A 5P39A 3NSHA 1APTE 1HSGA 3BXSA 3PLDA 3K1WA 2AOHA 3SA6A 5OYTA 5P30A 4OBFA 3SA3A 5SZ9A 5I3XA 2I0DA 3O9BA 5OZ8A 4YBIA 3NWXA 5P05A 3EL9A 3OUDA 5P70A 5P8NA 3HDKA 3OU3A 4HE9A 5P1GA 3HLOA 1HPSA 1ER8E 1GVXA 5OZ0A 3PM4A 4K4RA 3UQPA 3NXNA 3GGVA 2PMAA 4Z50A 3NUJA 4RZ1A 4YE3A 5P04A 1OEWA 3PMYA 5P1TA 1TSQA 3QRSA 4Y5KA 5CLMA 1HVCA 5P53A 3TL9A 1AM5A 5P4EA 3HVPA 5P6GA 5P7CA 5KR0A 1T6EX 5OYUA 3TPLA 3WSJA 5P1PA 5P89A 1BAIA 1MEUA 1TCXA 3LZYA 1EPRE 5P3LA 3QN8A 1PPLE 2B7FA 5P45A 5P2NA 1FQ8A 4Y36A 5P4PA 3HZCA 2PSGA 4Y5EA 5P6AA 3O9IA 2F8GA 1IZDA 2OHLA 2AOIA 2BB9A 5P15A 1XL5A 3FIVA 1EPPE 1K1UA 4YOBA 5P1RA 4J1IA 5HE4A 2Z54A 4Y3RA 4AUCA 1KZKA 3OQDA 5P1AA 5KQYA 3FX5A 1MT8A 5OZIA 3OUDB 5P2GA 5OZ3A 1TCWA 3EM4A 1BV9A 3DK1A 4Y3QA 5P66A 2ZJIA 3R4BA 5HCTA 5P3DA 4ZIPA 2V12C 3H0BA 3PEPA 3S43A 1TW7A 5P1YA 1B5FA 1FFFC 2V16C 4U8WA 4J17A 3SKFA 5DR8A 2G1YA 2FNTA 1DIFA 3EL1A 5AGZA 5P2WA 1HEFE 2AOEA 4AA8A 4B00A 5I70A 1AVFA 2BPZA 2B8LA 1LF2A 5P2ZA 2OHSA 1IIQA 4Q1NA 5P0XA 2P8HA 5HU1A 1DPJA 3I2LA 4OBHA 3GGAA 2BPXA 3RTHA 2RMPA 5P0RA 4L1AA 5P2RA 3NDTA 4Y3JA 3KN0A 5OZ1A 5P8JA 3D20A 2AIDA 4MC6A 3OQ7A 1LF4A 5OYSA 2VNMA 5COPA 5P0TA 4RRSA 5P7ZA 4DJVA 5P3JA 1HIVA 3TPRA 3CIDA 5P6MA 4BFBA 5F00A 7UPJA 4PZWA 4I0HA 2AZ8A 1XDHA 5P6OA 3URIA 1ODYA 5DR4A 1GVUA 4X7IA 1HPVA 2G1SA 2HPFA 3IVIA 1UH9A 3S43B 5P6FA 2ER9E 1B5FB 2FGUA 3GI0A 4DI2A 3VF3A 4NJTA 2G21A 4Y4ZA 3OQKA 4B78A 3G72A 5P01A 4Y4JA 1BVGA 2QI0A 3VYEA 2HPEA 5P5FA 5P0HA 5P3FA 5P5XA 1SGZA 4Y4AA 5P4QA 3GI5A 2Z4OA 2WEDA 4Y3SA 1OHRA 3MXDA 5OZAA 3LIVA 2IL2A 2VJ9A 1XS7D 1W5YA 1HWRA 2AZ9A 3CKPA 4XX3A 5OZSA 1C6YA 4L1AB 5P78A 5P5OA 1MVPA 5C9DA 2BPVA 1BXOA 4J0YA 3L38A 3PGIA 5JODA 5P1SA 4B1DA 1HVHA 4GB2A 4JECA 2AVVA 3D3TA 2IS0A 3T7XA 1EPME 1A9MA 4APEA 1E82E 1NSOA 1LYBA 5OYWA 3PSUA 1MPPA 5P8SA 4Y56A 5P86A 3WB5A 5P62A 2OHMA 5P54A 4L7GA 1LEEA 2OHKA 1ZSFA 3N4LA 4YCTA 3UDYA 1PPKE 1GNOA 4EQ0A 3QAAA 4FSLA 4ZPFA 5J25A 4EP3A 3TNEA 4EJDA 3ZPSA 2I4QA 3VLBA 3BGBA 4QJ9A 1RL8A 2AVQA 1ODWA 2NTRA 1RPIA 1BBSA 3VF7A 1ENTE 1FKNA 4Y4GA 3UFLA 2IGXA 1IDBA 4MC1A 4Y43A 4D85A 1MTRA 2B7ZA 5P3MA 4DJXA 2BPWA 5P1ZA 4D88A 3F9QA 1HSHA 3UQXA 5P31A 5P3YA 5P8MA 4EHCA 1U8GA 1TZSA 5OZGA 5P0GA 5AHBA 2IRZA 1ODXA 5P1DA 4RVXA 1LYBB 1SDVA 3DM6A 3KMXA 2PSUA 3ER5E 5P03A 3EL4A 4CKUA 4MC2A 4HDFA 4Y39A 5OZKA 5P8KA 5HDXA 4LXMA 4APRE 5P3EA 3HAUA 2RSPA 1APVE 3OUBA 5P7HA 2RKFA 4FAFA 5P5IA 2QHZA 1WBKA 3Q3TA 1T7IA 4Y47A 3L59A 4IVTA 2ZHUA 1DMPA 3EKQA 5P06A 1G35A 3U71A 3UDPA 5P36A 3K5GA 1YT9A 4I0GA 3OWNA 5P3KA 5P4YA 4QJAA 5P7MA 3ZKIA 2PC0A 2HC0A 5P4ZA 1W5WA 3LIZA 5P3NA 1LV1A 4Y45A 5P5HA 4FCOA 4DQBA 5I3YA 5P68A 1G2KA 5P79A 5P07A 1CZIE 2CENA 5P4KA 2OAHA 2ZYEA 5P76A 5P8TA 5DR1A 4R8YA 5P14A 4J54A 5P5UA 1C6ZA 5P10A 4Y4DA 2R38A 1YG9A 4ZEAA 5P4NA 5P40A 2QCIA 5P2EA 2Q5KA 5P51A 4YDGA 5P17A 2G94A 5P5PA 5P6BA 5P6WA 4JPEA 5P47A 1UH8A 4OBZA 5P7UA 1HXWA 4ZPGA 4DVFA 4YHQA 1KJ7A 2HM1A 4OBKA 5P8GA 3LZSA 5P0JA 4UPJA 5P65A 5P5ZA 4Q1WA 5P3GA 4I8WA 2PH6A 1ZP8A 5OZLA 1ZBGA 1RV7A 1EC2A 5OZJA 3N3IA 5P0SA 5P82A 1GVTA 5P6VA 5P2KA 5KR8A 3O9GA 2NMYA 4NPUA 4HDPA 2F81A 3FSMA 3QP0A 3SO9A 3QRVA 2ZHTA 5P38A 2IEOA 5OZ4A 3UF3A 5P69A 4KE1A 5P8BA 4EXHA 3PMUA 1C6XA 3D1XA 4Y37A 4GJ9A 5P22A 5P3CA 2G24A 4Y4XA 5T4SA 5P3SA 5P83A 1PROA 2ER7E 5P6YA 3BHEA 1QBUA 1SMRA 3QVIA 5P2XA 2QMFA 5P2CA 3TOFA 4J5JA 5P7BA 3WZ6A 4BEKA 3ST5A 3U7SA 5P5MA 3EKXA 4F73A 4M8XA 3B7VA 5P4VA 5P0IA 3LZVA 4R95A 5P3RA 4B72A 5P77A 4OBZB 1FG8C 5P5EA 5HDUA 2XYEA 1E5OE 2R5PA 3L5DA 4Y3DA 3OXCA 3ZKNA 4Y3PA 5P0YA 3INDA 4CPUA 4FRIA 2I4UA 3O9CA 4KUPA 2EWYA 5P33A 3KT2A 4K8SA 2WEZA 5P6TA 2NXDA 2WL0A 4CMSA 3O9HA 1D4SA 4HA5A 1EPLE 5OZTA 2AOJA 4H3FA 3OOTA 1BWBA 5KQXA 3CICA 5COOA 5P7RA 2PQZA 5P2QA 3SKGA 4TRWA 2APRA 3K5CA 4F75A 1HVSA 1FQ5A 4D89A 3PSYA 5P5CA 2O4LA 4Y4BA 1T6GA 4TVGA 1HTGA 1RQ9A 2QI1A 4AMTA 1AJVA 5IS4A 2FXEA 5AHCA 4GJ5A 1PSOE 2BPYA 2XYFA 2HS2A 5P0OA 3NLSA 4YD5A 5P2OA 4I0DA 5OYYA 4Y5PA 4ER2E 2XFKA 3OGPA 5P7FA 3SA5A 4YD3A 2ASIA 3S85A 1C70A 1K2CA 5ISJA 4LBTA 3HBOA 4Y58A 2UPJA 4J1EA 3L5CA 5P3VA 3OADA 2QHYA 2WEAA 4FRJA 3NU9A 2QI5A 2VKMA 4DJPA 5P09A 3QPJA 1D4KA 4Y3LA 4ZSQA 4U7VA 2IGYA 2JXRA 3QROA 1BXQA 3SA4A 5P2HA 4FSEA 5BRYA 2P3AA 3S54A 3M9FA 5HVPA 3SACA 1B6JA 4LL3A 1EPNE 1W5XA 5P4OA 4H3JA 5P5RA 3TOHA 3SFCA 4KE0A 5ISKA 1FG6C 4K4QA 3VSWA 4I12A 4GZFA 2WKZA 2QNPA 5P7JA 5KR1A 4B1CA 1A8GA 5OYRA 3D1ZA 1OEXA 3EM3A 1MT7A 1EPOE 3RU1A 3OOZA 3QIHA 2G26A 1BDLA 1WBMA 2QI7A 4YA8A 3LITA 6APRE 1N49A 1FQXA 5P2UA 5DQ2A 5P8QA 5SXNA 4RCDA 4QJ6A 2OHQA 1FFIC 4AZYA 5JFPA 4CPWA 5P5WA 5P74A 1W6HA 5P28A 5KAOA 5UPJA 3VF5A 5AHAA 3TTPA 5P4JA 5JFUA 3OADB 3FNUA 4FM7A 1K6CA 2R3TA 4DQEA 1FMXA 1PSAA 5P7QA 4Z2ZA 1PPME 3VYFA 1KJGA 5P6LA 4YD7A 1NH0A 4OBDA 3UTLA 4YD4A 4EP2A 4I0IA 4PYVA 1YTHA 5DQ1A 1HXBA 4FS4A 5P2VA 5P8LA 2Q64A 3GW5A 4J0VA 3VSXA 6UPJA 4WTUA 7HVPA 2QZWA 4PEPA 3LIYA 2QP8A 3OTYA 5P1CA 3GI4A 3MSJA 3Q6YA 5P5DA 1YX9A 5P7DA 1FQ7A 2P3CA 3BC4A 5P7AA 1MSMA 1GVVA 5IVRA 3NUOA 5P4HA 5P64A 1Z1HA 2A1EA 5P4AA 1META 1NPWA 3R1GB 3TPPA 4OD9A 4ER4E 2G69A 4GJ8A 3OU4A 5P8IA 4AA9A 3APRE 3O9FA 5P3OA 2WF2A 3ZKMA 5EZZA 1F7AA 2QNNA 4GJBA 4WY1A 4JPCA 2Q3KA 2NMZA 4DFGA 3EXOA 2Q54A 3INHA 2QMPA 3ECGA 5P6SA 1FGCC 2FMBA 1DAZC 5P5TA 1Z8CA 3UCBA 3ZL7A 3I6OA 4L7JA 5OYZA 4J0PA 4B1EA 2V0ZC 5P2JA 1K2BA 2OHRA 4A4QA 1FEJC 5P0KA 5P7GA 3L5BA 4Y5GA 5OZCA 4EXGA 2FGVA 1KJFA 5KQZA 3TOGA 2VA5A 5KQFA 4Y5NA 4DJQA 1B6KA 4NPTA 5ER2E 3UPJA 3ZMGA 2V00A 1JLDA 4F76A 4FGXA 5COKA 3VV6A 1K6VA 3EKYA 4DUSA 3CYXA 5P2YA 4EYRA 2XFIA 3OU4B 4Y9WA 3SA8A 5P3TA 3LIXA 5P8PA 4QLHA 1ZJ7A 5P8OA 1GVWA 3IGBA 5P6RA 5P1LA 1XE5A 2ZJHA 4Q1YA 2G1OA 3OHFA 5P4WA 4GJ7A 2WECA 2I4VA 5OZWA 4J1KA 3K5FA 4DPIA 3S8IA 2OHTA 4COEA 5P1WA 5P0EA 3JVWA 5P2AA 3RSXA 2ER6E 5OZBA 3KYRA 5OZUA 3WZ8A 2QHCA 4I0FA 3IN3A 5OZNA 4Y3NA 2VS2A 2AVOA 3VFBA 4Y4EA 5P13A 4I0ZA 2AOFA 1YTGA 1EBKC 5P7IA 3PVKA 3CMSA 3NU3A 5P7PA 2PWRA 3R0WA 3CKTA 5APRE 2VA6A 1LYWA 2ZJKA 5P24A 4I1CA 5P50A 3NDXA 4DJOA 5OYXA 3O9EA 4ZE6A 4R93A 5P2LA 3EMYA 2UXZA 3PBDA 1BDRA 2FDEA 2VA7A 1FLHA 1MIQA 4RGHA 1ZPKA 1EC1A 1BV7A 5P46A 4H3GA 4RCFA 2OHPA 4GJAA 5IVQA 4RLDA 1K6TA 4GJDA 1SDUA 4XX4A 3APPA 2QD8A 4IVSA 5EZXA 4RVIA 1B6PA 3D1YA 5OZXA 4K9HA 3MSLA 5P3AA 5OZYA 4Y54A 4K4PA 3INEA 5P6IA 1HRNA 3I8WA 3T6IA 3KFSA 4GJCA 5P84A 4LXAA 3FKTA 2PH8A 1OD1A 2VNNA 2ZJLA 1EBYA 2QD7A 1IVQA 5P4UA 5DQ4A 5P72A 1HIHA 4CPXA 3QI1A 3KFPA 3UDKA 1FIVA 4R92A 5P5NA 5OZPA 5AH6A 1FB7A 3PSGA 4EJLA 3NYGA 3IXJA 1GKTA 1FF0C 3O9AA 5P37A 4FE6A 3WZ7A 1EC0A 3DJKA 2JJIA 2JJJA 4Y41A 5P59A 3OTSA 5P7XA 5P4BA 1LYWB 4FRKA 4FLGA 5P2FA 2NXMA 4Y51A 3IVHA 3NWQA 1K6PA 2Q11A 2Q55A 1YTIA 4FIVA 3UHLA 3EKTA 3EL5A 4CPRA 5P8RA 2PSVA 4BFDA 3BUFA 2O40A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VIJ A;  3K5D A;  3UQU A;  2I4W A;  4TRY A;  1MES A;  3VV8 A;  5P3X A;  5PEP A;  2AVM A;  1B11 A;  1M0B A;  2VIY A;  2BKS A;  4Y4W A;  1QRP E;  3ZOV A;  3VLA A;  3ER3 E;  4R91 A;  3BUG A;  1SBG A;  2QNQ A;  2PYN A;  5P49 A;  5P18 A;  5P0U A;  2IKO A;  4FM8 A;  2NPH A;  3BVB A;  2Q15 A;  5P6P A;  5SY2 A;  1EAG A;  2BJU A;  3ZKX A;  2V10 C;  3LIN A;  3K4V A;  4H3I A;  3Q4B A;  1D4L A;  4DQH A;  4EWO A;  4NJS A;  3LPK A;  5TOL A;  3R0Y A;  5DR7 A;  3GGU A;  1HSI A;  5P8C A;  4RRN A;  1MRW A;  1ZAP A;  3UDN A;  3AID A;  1NPV A;  1QS8 A;  5P8U A;  2V13 A;  3O99 A;  2BKT A;  3UDQ A;  2R5Q A;  2WF3 A;  4ZSP A;  5KR2 A;  3VV7 A;  2F3F A;  5P2T A;  3RVI A;  3TKW A;  4Y3X A;  3SLZ A;  4CP7 A;  3IXK A;  1PFZ A;  4GMI A;  5P32 A;  5P75 A;  4DJY A;  1IZI A;  5P3W A;  5P7K A;  3IA9 A;  5IVS A;  3FNT A;  5P5K A;  4YD6 A;  2REN A;  5P55 A;  3H5B A;  5P8D A;  3S45 A;  5P1U A;  3RSV A;  2BBB A;  3PRS A;  5P4L A;  3QVC A;  1DW6 C;  1M43 A;  1PSN A;  2F80 A;  1QBR A;  5P1Q A;  2WJO A;  1WKR A;  5P0F A;  5P34 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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