3VFJA

The structure of monodechloro-teicoplanin in complex with its ligand, using mbp as a ligand carrier
Total Genus 127
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
375
structure length
374
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNAAAAAGK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of the complex between teicoplanin and a bacterial cell-wall peptide: use of a carrier-protein approach.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein, C-terminal fused by Cys
source organism Escherichia coli
molecule tags Sugar binding protein/antibiotic
total genus 127
structure length 374
sequence length 375
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vfjA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vfjA01
4QFLA 1MPCA 2F34A 4PE5B 1NKXA 4G8HA 3LR1A 4LONB 2Z8FA 5TP9A 4HW8A 3FVNA 4H1XA 2GRVA 3K00A 2E1SA 3GZGA 3R26A 5KCJB 2OK2A 4OEVA 3D4CA 1P1UA 3SEVA 3TODA 2UYEA 5AA2D 1GV8A 1N3XA 3C33A 3QSLA 1Y3PA 3ZS6A 2Y7KA 4FECA 4IO4A 5TU0A 1MH4A 1DTGA 1MDQA 3K1NA 3ECRA 2DWAA 5FHOA 4X9TA 3LSXA 1B5JA 1S9TA 5K2YA 4YB5A 5JTYB 2IEEA 4R6YA 1H76A 4G2ZA 3K6XA 2ALUA 3H6TA 4ZEDA 3JYRA 4KHZE 4FORA 1A55A 3MVWA 3FVOA 5AA3A 1MS7A 4O3CA 2H4IA 2XX9A 4U1OA 2F6PA 3EF7A 2R71A 5I58A 4JWXA 3MVZA 2B3BA 3EHSA 3I3VA 4QSDA 1Q35A 3IK6B 1AOVA 4QFNA 5I84A 3TUSA 1LCFA 4HCWA 4IO6A 2D5WA 4MLQA 2NUVA 1H3DA 4BDNA 4OZ9A 1JEUA 3SEXA 4NE4A 3K6WA 4R6HA 5I2KB 2XHDA 1URSA 2O51A 4DCYA 4KYSA 1M5FA 3O9PA 4MBPA 3W9WA 3PMXA 4GL8A 2THIA 2QS2A 4G68A 4F19A 5I56A 2Y84A 3H6VA 1QKBA 3FIRA 4QRZA 4MFIA 3HSTA 2HAUA 3OO9A 3TPAA 1DMBA 4OXVA 3SKPA 1PB7A 3TAJA 1R9LA 4POWA 3OSQA 4XTCQ 5F7VA 4IO7A 3GBAA 1N0TA 1OVTA 2V3TA 4JBZA 2ZYOA 1YPNA 1JNFA 3D4GA 3H3GA 4OEUA 3Q25A 4JSDA 1Y1MA 3MUQA 5CM6A 4ZEBA 2UVJA 1MQIA 3RGYA 4IB2A 2RCAA 3IJXB 1Q1KA 3S9LC 2XXTA 5ISUA 4U4SA 5EHMA 3KJ7A 2OBGA 2V84A 4ECFA 1QUKA 3TELA 3T66A 4DLDA 3PPRA 3RNNA 3KOTA 1WODA 4C1UA 2PT2A 4PETA 4RPOA 2QS1A 2P0SA 4QSCA 4ELOA 3IO4A 1USYH 1XOCA 2DP8A 4ZE9A 2ZMBA 4WXJA 5DVJA 1FQEA 4JWYA 2OZZA 1N76A 3EPEA 4Z0IA 3SEYA 1CB6A 4F31B 1B46A 3H4ZA 1B0HA 2XD3A 1JEVA 2QS4A 3MZBA 2NOOA 1O64A 5M2VA 1GGGA 4DCXA 4KR5A 1YAEA 1AL3A 5IKBA 5A5XB 2Y7RA 5I2NA 3LSFB 4RA1A 2V93A 1B3GA 4E0XA 3BFUA 2DWIA 4GFRA 5JEIA 2UVIA 4QHQA 4H0WA 3N5LA 2I58A 5CI5A 3C32A 4NF6B 3MBPA 1MXWA 2FA7A 2HEUA 2ABHA 3LC8A 4NF4B 2NWJA 1XHYA 1TFAA 5FHNA 1B1HA 2Q9TA 1Y9UA 3CG3A 1SW5A 5H8QB 1NH7A 4ZE8A 3AXFA 1XC1A 4KPTA 2RC9A 3ILUB 5B70A 4DDDA 4XKNA 1B7ZA 4KYEA 1B32A 3QAXA 3T9HB 2O84X 1A8FA 2O7IA 4ELPA 3V5AA 5JK4A 3RT6B 4YICA 1P99A 1LFHA 1BP5A 3CR9A 5L9OA 1LGBC 3WAEA 2PBWA 3MP8A 3VE1B 5B7DA 1JETA 1N84A 2PT1A 3G3IA 2X26A 4F2QA 4IO3A 1QUJA 1MY4A 1FQDA 3TCFA 3O29A 5H8FB 3PUZE 2KLFA 3KZGA 1T0KA 1Y3NA 2HCAA 1MPBA 2ZXTA 3UA8A 1LAXA 1S7YA 2XXYA 4NF8A 1M5BA 5I59A 4RK2A 5EYFA 1B7UA 4TOZA 3ILTB 1WDNA 4BDRA 3M3LA 1AMFA 3CFXA 2XXVA 5I57B 3PUVE 2GFEA 3O28A 3FV2A 3IB1A 1JVXA 1VFEA 1MXVA 4OFLA 3PUYE 3KN7A 5TPAB 5ITOA 3MAMA 3K02A 2GH9A 2I4CA 4F1YA 1NMUA 2RC8A 2VD2A 1SVXB 1FQBA 4IO2A 4XKQA 4RJZA 2E0SA 1FQAA 1MXZA 3IOVA 3FV1A 4EXLA 3OMBA 4GXAA 4NF5A 5KCJA 3TTKA 5HBCA 3KG2A 3KGCA 4ZEIA 2XXRA 4PQJA 4DZ1A 5ICTA 3RLFE 1MM7A 2F7BA 4EQ7A 3RUMA 1IXGA 4PFTA 1NL5A 3PD8A 5DTBA 3OEMA 4PFYA 3DLNA 3PMVA 3RPWA 3PV0E 4R72A 4LVQA 5JTYA 2V25A 4GF8A 3ONMA 3HCQA 3U8QA 4WEPA 4LQ2A 4Z7EA 3PGFA 4AB6A 1ZLQA 4IGTA 3T9XB 4DXBA 3BBRA 4GD5A 2B3FA 1FQCA 5DVIA 2Z22A 3TDJA 3O6HA 3IL1B 2ZYNA 2OJTA 5KDTB 2DSFA 2Y7WA 5H8SA 1SD3A 1TT1A 3VLVA 4BDOA 2DYXA 4FATA 3VVFA 5AA1A 2D21A 4RK9A 4JDFA 3TKDA 3Q27A 5F1QA 5DVFA 3HHFA 1ZIUA 2DXYA 2UVGA 2V3UA 3B6TA 4H8JA 3B7DA 1TFDA 2YLNA 1A54A 1UTHB 3CSBA 2AYSA 2DVCA 2A5SA 5I2KA 2XXUA 3S9EA 3TEPA 1A40A 4I8CA 3FXQA 1LBBA 4LA9A 2X7PA 3OD7A 2VGQA 2UVHA 4I1DA 4X48A 4H65A 1NNTA 3CI8A 4DIGA 4RNSA 3UP9A 4HS7A 2DQVA 2XXHA 3IR1A 2AL5A 3N94A 1Y20A 3T93B 4M4GA 2RINA 4P0GA 1B6HA 1JVYA 2DWJA 2Z23A 3ODBA 4U2RA 3U94A 3H6WA 1B58A 1GR2A 4G8MA 3VXCA 1LAHE 2QL3A 4EF1A 1SW2A 1WVJA 2PVUA 2QJEA 2Q2CA 3RN8A 1B4ZA 3IAZA 1R1NA 4NWDA 1MG1A 5CRYA 4YB7A 1VSOA 3DP4A 1FTKA 1YCJA 3IO6A 1LFGA 1B9JA 3JV9A 4JSOA 3DP8A 3C31A 1RYOA 1NH8A 3TFLA 3TTRA 4YKKA 4DXCA 3TCGA 2HZLA 4R9GA 2QSXA 4N6PA 3K01A 3PPOA 1MQHA 2HZKA 2M8CA 1N3WA 1B3EA 3M3KA 2LAOA 1N04A 2QS3A 1SDXA 1NNPA 4H5GA 2FNCA 4R74A 1B0LA 4IGRA 4NTLA 1SI0A 5FTIA 1IIWA 4PFUA 2DOJA 4OENA 4GWOA 2XXWA 1LBCA 2I0CA 3HV1A 4NMYA 2QMXA 5CBSA 1KWHA 3K4UA 3MP6A 2Y7PA 1BKAA 4FJPA 3CIJA 4ELRA 4ZS9A 4EF2A 3IOUA 1MM6A 1OQHA 1QJMA 5BUUA 4XXUA 1J1NA 1A8EA 1I6QA 2F5XA 2I3WA 4NF6A 2FYIA 3G3JA 1F9BA 2W7YA 1IUDA 1RYXA 3MPKA 4PP0A 4NF4A 3DELB 4LP2B 1P1QA 2HXWA 3TCHA 1PC3A 4X1BA 3N26A 3O6IA 1ZTYA 4KCDA 1PB8A 1DPEA 4ZEKA 3KSJA 4UA8A 4Q5TA 1NNKA 1UTBB 1VE4A 3KFMA 1MH3A 4LQ5A 2XD2A 1ZBMA 5FHMA 3TTMA 1P1OA 1B5HA 4PFWA 2X7QA 2YPNA 1AH5A 4G4PA 4EXKA 3U72A 2OLBA 2HFBA 2H25A 1VFDA 5H8FA 1B3LA 4BDMA 4YZZA 1ZU0A 1D9YA 1FCKA 2F7AA 5ITPA 3PMWA 4HCYA 4ZECA 2A5TB 4GOTA 2OCUA 3RTWB 2XXXA 3EHUA 5I57A 4EDPA 4FEBA 4G68B 3QUJA 4ZZAA 1HSLA 3FASA 4F1VA 3CFLA 1QW0A 5TPAA 3T9UA 1Y1ZA 1I69A 1NFTA 1IEJA 2O1LA 1EZ9A 4YB6A 4R75A 1B1XA 3THIA 1PB9A 5AA4B 2RCBA 1B05A 3FXRA 1B40A 5EHSA 3CSGA 2CMOA 2Q89A 3SESA 3R7XA 4OESA 4U23A 3KSXA 1XVXA 2PMSA 1ZJLA 2P2AA 3EN3A 3K6VA 4GL0A 5FTHA 2PYYA 4GXSB 3RTFB 3TYHA 1ANFA 1L5TA 1DTZA 4EQ9A 2RKMA 3MC2A 3B6WA 4OQOA 3CVGA 4OMBA 3CFZA 3IJOB 5IAIA 4TLLB 4AQ4A 1FTOA 4OETA 2ONSA 4F3SA 1FTMA 1O63A 1DPPA 4FEDA 1LAGE 3H03A 1UQWA 1XT8A 3A09A 4IY5A 1TXFA 3G3FA 5DEXB 1MY2A 3MZ9A 3OENA 2R6GE 2QMWA 3M3FA 3UK4A 4ZEFA 4ISUA 1ZKBA 3GBBA 3U93A 1I6AA 3L6HA 3OO8A 5KDTA 1Z7NE 4FAJA 4IO5A 3PUWE 4F3BA 5I2NB 3E9XA 1LFIA 3KJTA 3KN8A 1IXCA 3O6GA 1FQFA 4KYDA 2Z8EA 1N7XA 2CZLA 1US5A 1B4HA 4C0RA 4JXIA 1TWYA 3K1PA 2RF1A 3S4UA 1LB9A 4YKPA 4OFOA 1B2HA 1MY1A 4LATA 4RPNA 1N7WA 2OWSA 3OELA 5H8HB 4OWDA 3TQLA 2HQ0A 3LSWA 5AA2B 1B7HA 3HN0A 3OXNA 1MXYA 1JW5A 1URGA 4QF9A 1SBPA 4G77A 1EZPA 2H9BA 2REGA 2HAVA 4XKPA 1IQ7A 3C35A 2ONRA 1M5EA 4ESWA 1CE2A 1SYHA 1P1WA 4G8NA 4HTGA 4KFQA 1IZ1A 3B6QA 2GHAA 3IOTA 3DM0A 2XX7A 3OSRA 1JW1A 4LZ8A 2R9JA 1JW4A 1MY0A 1MQJA 1ELJA 2ANJA 4ELQA 3A3CA 4NF8B 5I59B 4F18A 4F2OA 2VD3A 1VR5A 4LZ5A 3PPPA 2DVZA 4H8IA 2D3IA 4DE8A 3OOAA 2ZNUA 2Q88A 3C34A 3Q29A 2UYFA 3KBRA 4EUOA 4RXLA 1R6ZA 3MZ1A 4E0WA 2AIXA 3G7WA 4LZ7A 4DXUA 2O7UA 4WKMA 2H99A 1O7TA 1MXXA 2F7CA 3KOSA 4OTEA 2V3QA 1XVYA 3EQ1A 4NF5B 1OLCA 1OLAA 2I4BA 1Z7ME 3UORA 3VLWA 3MP1A 4POXA 1AIVA 1H43A 4LUBA 3PD9A 1XS5A 3DP6A 5DT6A 3FZVA 3MQ9A 2DXRA 1JQFA 3LBSA 5H8NB 1SQYA 5K2XA 4BLAA 4R6KA 3O97A 3U92A 2F97A 1POY1 2WKYA 1PBPA 2ZNTA 4F1UA 1B3FA 3W15C 5CMCA 1MY3A 3SEUA 3O2AA 1PEBA 3LSLA 2NVUB 5L8DA 1UTBA 1EZOA 1D4NA 3E3KA 3E13X 3W9VA 3C9HA 5KZTA 3TMGA 1S50A 5CMMA 3FD3A 4GVOA 5HPQA 2VHAA 1B5IA 4O3AA 4P11A 1A7LA 1SI1A 3FJ7A 4OHNA 3BKIB 3SERA 5TP9B 1QVSA 3V83A 1IXIA 4JB7A 2DE4A 2NXOA 3KEIA 3C4MA 3K1MA 1HSEA 1MPDA 1YTVA 3FUZA 4RY1A 3H6UA 1H44A 1URDA 5A5XA 2A5TA 3TZAA 4YMBA 1R9QA 1PDAA 1LSTA 3E4RA 3L6GA 4BDLA 4YU0A 3VVDA 3A3UA 4P0IA 3LUYA 1HSJA 3T22A 2F8DA 2RC7A 3T96B 1FTJA 3ZKLA 3P7IA 4F3PA 1D3KA 5CC2A 1OIBA 4N07A 5L9MA 1DOTA 5CBRA 1UIVA 5AA4A 5H8QA 4F3GA 3TTLA 3VLUA 4H6DA 2AL4A 3JZJA 4GQOA 4JWOA 2G29A 4THIA 2H5YA 3KN3A 2O68A 4R2FA 2OWTA 3OO7A 1FW0A 3HHGA 1Y3QA 4U1ZA 5CMKA 3FVGA 4KI0E 5I58B 2XXPA 4K3FA 4F29A 3QK6A 1M5CA 2DS9A 3PUXE 4KQPA 4ZDMA 1QULA 3MWBA 4MH5A 1P1NA 4ND9A 4R9FA 1FTLA 1QKAA 2Q8JA 1MDP1 2VP1A 4RYAA 4GIZA 2DWHA 3PPNA 4FIMA 2XXQA 1MQGA 4U22A 3VDFA 4BDQA 5DEXA 3PPQA 4KD5A 1D9VA 2PX1A 1II5A 5I56B 2YJPA 3MW0A 3HPIA 4XKRA 3EHTA 3OEKA 3RT8A 4H67A 2Y7IA 2O6AA 2H98A 3UN6A 2F35A 1POTA 1A99A 2Z8DA 1SYIA 1MRPA 3U1OA 3Q28A 1Y4CA 3IOWA 3RQTA 5J1DA 2DE3A 4QFPA 5H8HA 4OVJA 3T9VA 5AA2A 3F11A 4X1DA 3C36A 1US4A 3BFTA 2I3VA 1QUIA 4N13A 4QFOA 5L9SA 1LAFE 2F36A 3FJMA 3MPLA 1MQDA 1USYE 3H7MA 3SEWA 1B3HA 4U21A 3GXAA 3S9NC 4M1VA 3QIMA 4ONYA 3VVEA 1H45A 2REJA 3N6TA 1OMPA 1LB8A 3K2DA 4KCCA 4MF3A 4TLMB 4EQBA 3Q26A 4Q0CA 3QXMA 2ZYMA 2Q2AA 4I9DA 1DSNA 3CG1A 3UIFA 2ZYKA 3N6UA 1NNFA 1IXHA 3FXUA 1M5DA 3SETA 4YKIA 4AB5A 4F22A 3I6VA 5BWJA 3G3HA 3V8XB 4MLVA 5CMBA 3R6UA 4YAHX 2F6GA 4R2BA 5DYHA 4TQUQ 4L17A 4OFJA 3TQWA 3QYTA 2I49A 4FE8A 4GRKA 4Q30B 1LCTA 1Y4TA 3TTNA 4YKJA 3PU5A 3OO6A 1UIUA 3G3KA 3VV5A 1ZMGA 2QRYA 1SW1A 2I48A 3GLBA 4I62A 1UTHA 1SW4A 3MVYA 4OERA 2B65A 4YMAA 2QPQA 3WAFA 5ELVA 3G3GA 5AE4A 2VOZA 3MVXA 4QFKA 3VFJA 4ESXA 4H5FA 2XX8A 3ZSFA 3HO7A 4QSEA 2I0BA 4ZZEA 1PBQA 1BIYA 1EU8A 4GLIA 2ONKE 3FGSA 4NWCA 3VXBA 1EH3A 2IA4A 3S9MC 2GHBA 4WEDA 3FJGA 2XXIA 4IY6A 3FVKA 1ATGA 1GVCA 3FATA 5H8NA 3IB0A 1BLFA 2P1SA 1I6BA 3S2VA 3IB2A 3RY3A 4UACA 2O1MA 2O69A 2UXAA 3H06B 5ICQA 2BJJX 3USDA 3IX1A 4R73A 3O66A 4G68C 2ESNA 5LOMA 3K0VA 3QUFA 3ZKKA 1GTKA 4O3BA 4U4XA 4Q8RA 1RKMA 1MXUA 3K6UA 5HM4B 1LLSA 3M8UA 3I5OA 1IITA 3V89B 3IORA 3MJNA 4F39A 2F78A 3UGWA 4OYVA 2I6EA 1OQGA 1OVBA 4NEDA 3CRBA 3SDFA 1B51A 2ZNSA 2G93A 2DE2A 1B52A 4C1TA 4XIGQ 1BTJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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