3VG1A

Crystal structure of human beta secretase in complex with nvp-bur436, derived from a soaking experiment
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
388
structure length
376
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of cyclic sulfone hydroxyethylamines as potent and selective beta-site APP-cleaving enzyme 1 (BACE1) inhibitors: structure based design and in vivo reduction of amyloid beta-peptides
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 99
structure length 376
sequence length 388
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vg1A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vg1A02
2QNQA 2WEDA 3UDPA 5P3OA 5HDUA 4FM8A 3BVAA 5P4VA 2P83A 1IZDA 5P5TA 3IXJA 3INEA 4PZWA 3SKGA 3LITA 3AIDA 3AUPA 2R8NA 3QBHA 3FKTA 3LIXA 2NXDA 3UDKA 4GJ9A 3MXEA 4HE9A 4OBDA 1DW6C 4BELA 3K4VC 5P8UA 3NR6A 3NYGA 3VUCA 2PYMA 3FNTA 4K4PA 5P09A 5P12A 3IXOA 3ECGA 4EXHA 2ZHSA 3TH9A 3KMYA 3EXOA 4CPWA 1CPIA 3RVIA 2QAKA 4YBFA 3PHVA 5P24A 2H6TA 5COOA 1OEXA 3ZKSA 2ZJJA 1ZPAA 5P7QA 4NKKA 5DGUA 4LXKA 1U8GA 5P7FA 2XYEA 5E5JA 1MT7A 5P0BA 2UPJA 2BKSA 4AZYA 2UXZA 1T7IA 2QI7A 4FSLA 5P49A 2IL2A 1EC0A 5KQZA 3SQFA 2ER6E 3LZYA 2QNNA 4YD6A 4RVXA 3APPA 1SMEA 2I4VA 1ENTE 3DV5A 1LV1A 5F01A 3O9LB 5P4BA 5P8HA 3LIYA 4FE6A 4ZE6A 1A94A 2RKFA 4Y5NA 4CPQA 1FMBA 2UY0A 2G1NA 4R93A 5P7JA 2ZE1A 5P86A 5P7ZA 5P7SA 3TOFA 4L6BA 5P0FA 5P6ZA 5P3NA 2BPWA 3Q6YA 5P43A 5P7YA 2PSVA 4Y4AA 3KFPA 3MSJA 3QRVA 3KA2A 1LYAA 1G35A 1BWBA 3OGQA 4YDGA 2QI3A 5P4RA 1GVWA 3RTNA 1HVKA 3PVKA 4FRJA 1EC3A 2BPZA 5P2YA 4Y3MA 5P0XA 1AIDA 4Y3AA 4GJ5A 2FS4A 5EZXA 5I3VA 1IDBA 2IEOA 4ZPEA 5P6JA 1BIMA 4I0HA 3QPJA 3B80A 2WF0A 1AXAA 3URLA 1GVUA 2V11C 1K6PA 2CENA 2ZJMA 5OZKA 4RCDA 5P40A 2OHUA 4DI2A 5AH6A 1DP5A 2RMPA 3G70A 3OXXA 2B8VA 2AZ8A 2QNPA 3APRE 5P00A 1DIFA 1HSGA 5P13A 5P14A 3SM1A 2A4FA 5P70A 3OU4A 4Y53A 5P8EA 3QRSA 1LYAB 3LIQA 2VJ7A 3NU6A 4HZTA 3L5DA 5P3LA 1Z1RA 5HU0A 4NJUA 1MEUA 5OZ7A 3UQUA 4Z22A 1HVCA 1GVTA 5OZLA 1PSOE 3K4VA 4COEA 5P6XA 5SZ9A 5I3YA 5JFUA 3FNSA 4CMSA 1APVE 1MSNA 1FQXA 5P0TA 4J54A 4DJUA 5P8FA 2G1OA 1K2CA 3O9IA 5P6FA 3KFRA 4EPJA 3L5CA 2AZBA 3D20A 3GW5A 6APRE 2H6SA 4RLDA 4YE3A 1IVPA 5IVRA 3HAUA 3ZKIA 2ANLA 1FG6C 5P3ZA 2FMBA 4Y3QA 1KJFA 5P74A 4B0QA 5P4XA 3HW1A 3ZKNA 4Y43A 3RTMA 4DPIA 4LL3A 1W6IA 2XFKA 5KR0A 1A8KA 4QJ8A 4RGHA 1YX9A 2AOGA 2VNNA 1LYBB 3H0BA 4QJAA 3TPJA 4HDPA 2VIZA 2I0DA 1PPME 4YD3A 5P2HA 4Y3TA 5P0EA 4Y4DA 4Q1WA 5P5NA 5P4QA 4AA9A 2IRZA 5P5XA 1EBKC 4YCTA 3SA7A 4R8YA 2O4PA 5HE5A 5P47A 5OZRA 5OZSA 5P6NA 1HVJA 3U6AA 4OD9A 5P8SA 4DJVA 5FIVA 5P8NA 1B6MA 5OZ2A 4J0ZA 1C6ZA 5P84A 2VIYA 3FX5A 3QP0A 3VSWA 5P5IA 2HB3A 5P3BA 1KJGA 5P68A 4U7QA 3SA3A 2NR6A 5P5HA 1T7KA 4B1DA 4HLAA 5C9FA 3TPLA 5P1BA 5P50A 4DQFA 3HBOA 2PMAA 1HSHA 2QHYA 4Y51A 3OU1B 5OZ4A 4E43A 3NDWA 3UQRA 1B6PA 2G1SA 4ZPFA 5P2AA 1BDRA 3KDBA 6UPJA 5HDZA 3PWRA 4R5NA 5AH9A 2WEZA 4DPFA 2OHQA 3MXDA 3VYFA 4Q1NA 5P0LA 5P5FA 5P69A 4OD9B 3NU9A 2B42A 3PLDA 4X2LA 3NDTA 3UF3A 2SAMA 2I4QA 5P4YA 4B78A 2V13A 4JOOA 1FQ5A 3PEPA 3O9EA 5P3YA 4NJVA 4GIDA 2B7FA 7UPJA 3EL0A 3D1ZA 2ER7E 1RL8A 3OQ7A 4H3JA 4I12A 4PZXA 5P5JA 1NPAA 3ZKGA 3ZKQA 1MSMA 5DQ4A 1FB7A 4Y5KA 5P61A 3FNUA 5P2BA 3KT2A 1HTGA 4DV9A 1YTJA 4CPXA 1HXWA 1B11A 3KDDA 3SPKA 5P5QA 5P1LA 3NXNA 1ODXA 1IVQA 1SGZA 4EJ8A 5P7GA 2PQZA 3OUBA 1LYWA 5P7RA 5P7CA 5P5CA 1EBZA 5C9DA 4Y3PA 4APEA 4LXAA 3WB5A 1MERA 1QBSA 1W5WA 3RTHA 5P6KA 3OHFA 1OD1A 4DH6A 1BWAA 2FXDA 4Y41A 4YHQA 5P5DA 1NPVA 2F3KA 2QZLA 5OZ3A 5P2LA 2OF0A 4J0TA 4I0DA 4Y4UA 5OZCA 4F73A 3PLLA 5KQYA 3NUOA 5P1UA 3BUGA 5P7MA 3CICA 3INDA 5SY3A 3NDUA 1BV9A 4RROA 3O9HA 4BEKA 5P1TA 4RRNA 4BFBA 5SY2A 1LYWB 5P1QA 5P2GA 1AVFA 3MWSA 3VG1A 5IS4A 5P6VA 1MPPA 5P1CA 4TVGA 3FSMA 1HIIA 3T7PA 1VIJA 3O9FA 1TSUA 1OEWA 5P3JA 3KDCA 5P1GA 3VV6A 4CPTA 5P3GA 4HA5A 5P0KA 3ER5E 3INFA 4ER4E 3QBFA 5DR7A 3VCMA 1Z1HA 1C6XA 2BPYA 5DQCA 3O9CA 3T6IA 3EKTA 4B70A 4Y57A 1HTRB 2OHRA 4EP3A 1CZIE 1EC1A 5P8CA 2F81A 5P3CA 4DJQA 5TOLA 2ER0E 1M43A 3HLOA 2J9JA 3EL5A 4QLHA 5OZTA 5P4ZA 2AOFA 4Q1XA 5KR1A 5P85A 5IVQA 5P8RA 3EM3A 3T11A 3M9FA 4ER1E 1EBYA 5KOSA 2JYSA 2PH8A 5P8TA 7HVPA 3QVCA 5OZNA 5P7IA 1MESA 3QRMA 2XFJA 1UH9A 3T3CA 2PWRA 2ZHRA 8HVPA 2VIEA 3GI5A 4EJLA 2ZJLA 5OZQA 5P8VA 5AGZA 4K9HA 1MIQA 5OYXA 3PSYA 5P58A 3WZ8A 2B7ZA 3S54A 4L1AA 2P3BB 4OBZB 3Q4BA 2RENA 2QD7A 5OZ6A 1D4SA 5P3DA 3VSXA 2Q64A 1SIPA 5OZ1A 4FGXA 1HVSA 5P8BA 5P2VA 2J9JB 2R5QA 3Q3TA 4BFDA 4Y5LA 5P5WA 5HE7A 2NNKA 2VA7A 5P5GA 1HVRA 3KF0A 2HB4A 4XX4A 2Q3KA 1FQ4A 3SABA 5P2MA 5OZYA 2OHSA 3WZ6A 4QJ2A 3OUDB 3KYRA 1HVIA 1ZPKA 5DQ5A 3ZMGA 2I4WA 5P35A 4PEPA 3ZLQA 5P7UA 5P0MA 5P6UA 2AVOA 5P7EA 1D4LA 3N4LA 4L1AB 5P3PA 5P79A 3SM2A 1IZEA 3OOZA 2WF4A 5AHAA 5P83A 2WF3A 5P54A 2QZWA 1GNOA 1MT8A 5P04A 3BC4A 1W5XA 3VV7A 4J55A 5P3TA 4OBHA 5P5SA 5P8AA 1TSQA 5P5PA 5P23A 3O9LA 5P06A 4Y3ZA 2QD8A 3QVIA 4D85A 5P0DA 4Y3HA 3ST5A 3IVIA 5P20A 5P19A 3D91A 4R95A 5P6QA 2FNTA 4HDBA 4B00A 2QMGA 3NDXA 1EBWA 4DQCA 4ZSPA 5P78A 1GNMA 2QU2A 2PK5A 4LBTA 2VJ6A 4ZPGA 2FGUA 3NUJA 3BXSA 2OHLA 4HDFA 1WBMA 3PRSA 3R4BA 3UTLA 2QI0A 1BDQA 2BJUA 1FMUA 2P8HA 3NU4A 4Y3XA 5P2RA 4OBFA 1EAGA 5P88A 2VKMA 3PWWA 5P3HA 1YTHA 2QU3A 4HVPA 3TKGA 5P89A 5P3RA 3HVPA 4M8YA 2FGVA 5P6OA 3EL9A 5C9BA 2J9KA 3CKTA 5P1XA 4B72A 2QI1A 2P4JA 5P2ZA 4JECA 3O99A 3EKPA 5P5VA 1HPXA 3I7EA 4Y5AA 1EPLE 1E5OE 1BBSA 1AJXA 3TKWA 3OADB 5P7NA 5P6AA 3PMUA 2Q15A 4Y9WA 1MVPA 5HCTA 2A1EA 1FEJC 4I0ZA 1FG8C 1HEFE 5P3AA 1BVGA 1QRPE 5OYZA 5P1SA 4CPRA 2VIJA 3D1YA 1HEGE 5P30A 3LPJA 1MUIA 1AZ5A 4Y4TA 4MC2A 4Y4GA 4QJ9A 2QD6A 1WKRA 2JJJA 3EM4A 3WB4A 3GGUA 3T7XA 2XFIA 1K6VA 3TPRA 4ZIPA 4Y45A 3BUFA 1C6YA 5P4SA 5SXNA 3SKFA 5P2NA 5HTZA 4DQEA 4ZEAA 3TPPA 2PK6A 4TRZA 4RZ1A 5P0VA 3EMYA 4FAEA 4Y50A 3LZVA 3NWXA 2AQUA 3PI5A 3L3AA 3KN0A 1LF4A 1NSOA 3LZUA 2OHMA 5P1DA 4K4QA 5P64A 5P1ZA 3DM6A 4Y48A 3TOHA 5P0SA 5OZHA 1LYBA 3HDKA 5KQXA 2QHCA 3SA8A 4RRSA 5P46A 5P11A 4QJ7A 2IDWA 4Y4WA 4Y5EA 5P22A 5P2IA 1CMSA 3UFLA 1C70A 5IE1A 2Q55A 4DJOA 1LEEA 5AH8A 3EKQA 1PFZA 1QBUA 5ENKA 4DQGA 1TCWA 2HAHA 3SA4A 3CKPA 2AOIA 3EKYA 1PSNA 3OXWA 4Y3GA 1JLDA 1DPJA 2O4SA 4F74A 3IXKA 5P6CA 3S7LA 4Y54A 4HEGA 1YTGA 5P0IA 5P37A 2ZJHA 1XN2A 5P29A 1KJHA 1XL5A 3EM6A 1BXOA 4Y3DA 5P03A 4ACXA 1B6KA 1LZQA 1MTBA 2RSPA 5P7PA 1RV7A 1IZHA 3OOTA 4AMTA 2VA6A 5DR4A 5P1VA 5P4NA 4B1EA 5P76A 4R91A 5P44A 1J71A 5P5UA 2P3DA 3CMSA 5DGWA 3OU1A 1PSAA 1G0VA 3L59A 5OYTA 3IGBA 2ZJKA 1YT9A 2F80A 2WF1A 3S56A 2G69A 5P7HA 5P1KA 5P1OA 3OU3A 3KT5A 5P1AA 5P6SA 2AVQA 4RYCA 2F8GA 3OQFA 3TOGA 1K1UA 5P2WA 3EBZA 3O9DA 4FRIA 3JW2A 1DAZC 2HC0A 3IAWA 4ZSQA 4GJ8A 3D1XA 3BVBA 3PCZA 4B77A 3OAGB 1FGCC 2Q63A 3SAAA 3QIHA 5P6LA 3CYWA 3DK1A 2G27A 1D4IA 3QN8A 5P0PA 4B1CA 4J1EA 5B18A 3O9AA 4I0EA 2O40A 3H5BA 3NU3A 5P2XA 5P3SA 5OZVA 1K6CA 5P4PA 2R9BA 3D3TA 2HPEA 5P16A 1SDVA 1BDLA 3GGVA 3OXVA 3EL4A 3UQXA 5P7VA 5P45A 4Y3WA 4FL8A 3LINA 3HZCA 5P7TA 4FM7A 4GJCA 1G6LA 2AOCA 3LIVA 4Z2ZA 3UQPA 5OZBA 3DCKA 3U71A 3VF7A 3IA9A 2QI4A 2NMZA 1IBQA 5OYYA 2PH6A 1KJ4A 5P4UA 3LIZA 5KQFA 3G6ZA 2MIPA 3SA5A 1YTIA 3DJKA 5P4OA 2WL0A 5P17A 3IN3A 2ZGAA 4DFGA 5I70A 2F3FA 5DR3A 3UPJA 5J25A 5P8MA 4RCEA 3PBZA 3VF5A 3L38A 2OHPA 4LAPA 5P1PA 5P1FA 2G24A 1TZSA 3A2OA 1EPOE 1EPRE 5P02A 5P72A 4DJYA 3CKRA 5EZZA 4RYGA 4UPJA 4GJDA 5CLMA 5P0WA 5P5AA 1G2KA 5BS4A 2NTRA 4FS4A 5P1JA 4H1EA 3SA9A 4YBIA 3QAAA 4PYVA 3EKXA 3LZSA 1NPWA 2G21A 1FLHA 1PPLE 5IVSA 4Y4ZA 1HVLA 2OHKA 5P73A 2WHHA 3KFNA 1APWE 9HVPA 2I0AA 5P5ZA 2R3TA 5P6BA 3JVWA 5P05A 1SP5A 5BRYA 5P80A 5T4SA 4I0JA 3URIA 5P6TA 4Y3YA 5P8PA 5JODA 5OZPA 4TRYA 2NXMA 5JG1A 4AUCA 3Q70A 4WY6A 5P4DA 1LF3A 4H3IA 5DR8A 3BXRA 4QJ6A 1QBTA 4I1CA 5HDVA 2HIZA 5KOQA 2NMYA 3LPIA 4FRSA 5P0GA 5P2OA 4XXSA 5OZGA 4EHCA 2VNMA 1B5FB 1ZBGA 2CEMA 2Q5KA 4Z50A 3K5CA 4X7IA 3CIDA 5COKA 5DPZA 5P26A 2ZJNA 1IIQA 1MT9A 4Y3RA 2G22A 3I6OA 4YD5A 5P07A 4Y3SA 5KAOA 4OBZA 2P3BA 4YD7A 2IS0A 3R0YA 4GZFA 5P4KA 3F9QA 1FQ8A 4Y3LA 4OBGA 1W50A 4A6CA 2R3WA 2AOJA 2BKTA 5OYUA 5P1NA 3UFNA 5P39A 5P5LA 4KUPA 5P6RA 3PB5A 5AH7A 5P71A 3GI0A 5E5KA 3PBDA 1VIKA 2QMPA 5P28A 3R1GB 1FFIC 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QNQ A;  2WED A;  3UDP A;  5P3O A;  5HDU A;  4FM8 A;  3BVA A;  5P4V A;  2P83 A;  1IZD A;  5P5T A;  3IXJ A;  3INE A;  4PZW A;  3SKG A;  3LIT A;  3AID A;  3AUP A;  2R8N A;  3QBH A;  3FKT A;  3LIX A;  2NXD A;  3UDK A;  4GJ9 A;  3MXE A;  4HE9 A;  4OBD A;  1DW6 C;  4BEL A;  3K4V C;  5P8U A;  3NR6 A;  3NYG A;  3VUC A;  2PYM A;  3FNT A;  4K4P A;  5P09 A;  5P12 A;  3IXO A;  3ECG A;  4EXH A;  2ZHS A;  3TH9 A;  3KMY A;  3EXO A;  4CPW A;  1CPI A;  3RVI A;  2QAK A;  4YBF A;  3PHV A;  5P24 A;  2H6T A;  5COO A;  1OEX A;  3ZKS A;  2ZJJ A;  1ZPA A;  5P7Q A;  4NKK A;  5DGU A;  4LXK A;  1U8G A;  5P7F A;  2XYE A;  5E5J A;  1MT7 A;  5P0B A;  2UPJ A;  2BKS A;  4AZY A;  2UXZ A;  1T7I A;  2QI7 A;  4FSL A;  5P49 A;  2IL2 A;  1EC0 A;  5KQZ A;  3SQF A;  2ER6 E;  3LZY A;  2QNN A;  4YD6 A;  4RVX A;  3APP A;  1SME A;  2I4V A;  1ENT E;  3DV5 A;  1LV1 A;  5F01 A;  3O9L B;  5P4B A;  5P8H A;  3LIY A;  4FE6 A;  4ZE6 A;  1A94 A;  2RKF A;  4Y5N A;  4CPQ A;  1FMB A;  2UY0 A;  2G1N A;  4R93 A;  5P7J A;  2ZE1 A;  5P86 A;  5P7Z A;  5P7S A;  3TOF A;  4L6B A;  5P0F A;  5P6Z A;  5P3N A;  2BPW A;  3Q6Y A;  5P43 A;  5P7Y A;  2PSV A;  4Y4A A;  3KFP A;  3MSJ A;  3QRV A;  3KA2 A;  1LYA A;  1G35 A;  1BWB A;  3OGQ A;  4YDG A;  2QI3 A;  5P4R A;  1GVW A;  3RTN A;  1HVK A;  3PVK A;  4FRJ A;  1EC3 A;  2BPZ A;  5P2Y A;  4Y3M A;  5P0X A;  1AID A;  4Y3A A;  4GJ5 A;  2FS4 A;  5EZX A;  5I3V A;  1IDB A;  2IEO A;  4ZPE A;  5P6J A;  1BIM A;  4I0H A;  3QPJ A;  3B80 A;  2WF0 A;  1AXA A;  3URL A;  1GVU A;  2V11 C;  1K6P A;  2CEN A;  2ZJM A;  5OZK A;  4RCD A;  5P40 A;  2OHU A;  4DI2 A;  5AH6 A;  1DP5 A;  2RMP A;  3G70 A;  3OXX A;  2B8V A;  2AZ8 A;  2QNP A;  3APR E;  5P00 A;  1DIF A;  1HSG A;  5P13 A;  5P14 A;  3SM1 A;  2A4F A;  5P70 A;  3OU4 A;  4Y53 A;  5P8E A;  3QRS A;  1LYA B;  3LIQ A;  2VJ7 A;  3NU6 A;  4HZT A;  3L5D A;  5P3L A;  1Z1R A;  5HU0 A;  4NJU A;  1MEU A;  5OZ7 A;  3UQU A;  4Z22 A;  1HVC A;  1GVT A;  5OZL A;  1PSO E;  3K4V A;  4COE A;  5P6X A;  5SZ9 A;  5I3Y A;  5JFU A;  3FNS A;  4CMS A;  1APV E;  1MSN A;  1FQX A;  5P0T A;  4J54 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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