3VLBA

Crystal structure of xeg-edgp
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
408
structure length
404
Chain Sequence
RPSALVVPVKKDASTLQYVTTINQRTPLVSENLVVDLGGRFLWVDCDQNYVSSTYRPVRCRTSQCSLSGSIACGDCFNGGCNNNTCGVFPENPVINTATGGEVAEDVVSVESTDGSSSGRVVTVPRFIFSCAPTSLLQNLASGVVGMAGLGRTRIALPSQFASAFSFKRKFAMCLSGSTSSNSVIIFGNDPYTFLPNIIVSDKTLTYTPLLTNPVSTSATTQGEPSVEYFIGVKSIKINSKIVALNTSLLSISSAGLGGTKISTINPYTVLETSIYKAVTEAFIKESAARNITRVASVAPFGACFSTDNILSTRLGPSVPSIDLVLQSESVVWTITGSNSMVYINDNVVCLGVVDGGSNLRTSIVIGGHQLEDNLVQFDLATSRVGFSGTLLGSRTTCANFNFT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Plant protein/hydrolase
molecule keywords EDGP
publication title Structural basis for inhibition of xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase (XEG) by XEG-protein inhibitor
pubmed doi rcsb
source organism Daucus carota
total genus 101
structure length 404
sequence length 408
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF14541 TAXi_C Xylanase inhibitor C-terminal
A PF14543 TAXi_N Xylanase inhibitor N-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vlbA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vlbA02
4FLGA 4ZPGA 1WBMA 3Q4BA 5P8VA 1VIKA 2IEOA 3LPKA 3OU3A 5OZ3A 3IN3A 4TVGA 5P1JA 4CPRA 2G1SA 4AZYA 2AVQA 4EP3A 3C9XA 5OYWA 3O9DA 4CP7A 2AOCA 3BXRA 3OADB 5I3XA 3TKGA 1XL5A 1EPQE 2ZHTA 4PHVA 2WF0A 3OUDB 1DIFA 2WEAA 4OC6B 2R3WA 3R2FA 1W5YA 1QBTA 2P3AA 4Y4TA 4R8YA 4I0FA 1MEUA 2NNPA 1YM4A 2VA6A 2ZHUA 5P0QA 3OXWA 4Q5MA 3H0BA 5P4UA 3QBHA 5P8DA 5OZNA 5P2SA 2AOGA 1DAZC 1ODYA 5P29A 5P7CA 5P0GA 5P2XA 5P3TA 3TPPA 3CKRA 5OZ6A 1BWAA 3HBOA 3NU5A 2WJOA 3VYDA 5OZSA 2HB4A 1J71A 3ECGA 4QGIA 4WY1A 4AA9A 3SABA 4HA5A 3I8WA 4CPUA 4J0PA 5APRE 4K4RA 2I4DA 5P07A 2ZJIA 4J0TA 2QD7A 4Y3GA 5P2ZA 1HTFA 2BB9A 4DI2A 1LV1A 5I3YA 4GJDA 5P45A 4UPJA 4Y3NA 3K4VC 1DPJA 1EBZA 4DQGA 2OHSA 1UH9A 3MSLA 4B1CA 5P5OA 4Z50A 5P51A 3K1WA 7UPJA 3EL5A 3S45A 3SKFA 3NDTA 4RCFA 4R93A 1XN2A 5OZEA 3UDMA 1HTEA 5DR0A 3UQXA 2QI3A 2BPVA 2QZXA 3EM6A 2Q54A 3QS1A 4YD7A 5P73A 4HDBA 3NU6A 4Y3EA 2ZYEA 5P5BA 3SQFA 1Z1RA 5P4PA 1TSUA 1ZPAA 1SDVA 4ER2E 3OUCA 2ER9E 5P3HA 4K4PA 5P2FA 2O4PA 3TPLA 4BELA 2XYEA 2WL0A 4JPCA 3EM4A 4YCKA 2F3FA 3L58A 2PWRA 4EQJA 1HIVA 3R0YA 2JJJA 2O4SA 3OGQA 2OHUA 1ODXA 1EBWA 3VF7A 1LYAB 3ZKMA 3WSJA 2P3CA 5P5HA 4DJWA 3O9BA 5P03A 4RRNA 5JG1A 4ZE6A 3PHVA 1HOSA 5P1DA 5OZFA 1EC2A 2VJ6A 5P57A 4DJPA 2PSUA 4DJXA 2NXDA 1MVPA 3VUCA 3G70A 1SIVA 4L6BA 1PSAA 2PH8A 5P0SA 5I70A 1NPAA 4EQ0A 1B6MA 5P5YA 5P84A 1D4YA 3FSMA 2IGYA 2VNNA 4F75A 5DR8A 5P89A 5P86A 3ER3E 1AAQA 4OD9A 5P0TA 5P7KA 5P7MA 3HLOA 4Y53A 5P8BA 4EXHA 2JYSA 2F3KA 2FMBA 2OHNA 1LYWA 3LIYA 4YA8A 4R91A 4ACUA 3OUAA 1MSNA 3PWMA 2RSPA 5KR0A 1EBKC 3FNSA 5P72A 2Q63A 5DR4A 4DJUA 5P1PA 2Z54A 1QBUA 2FGVA 3R1GB 5PEPA 2VJ9A 4J0ZA 2CEMA 2PK5A 5P1SA 4GMIA 1IIQA 2QD8A 1LF3A 1XE6A 1FGCC 4JPEA 5P2KA 3VSWA 4LL3A 5P7HA 3PMUA 1IZEA 1SIPA 3O9AA 4RRSA 3LZVA 2QHYA 4I0DA 4J1EA 5P61A 1FQ6A 4M8YA 3OXCA 5HCTA 4GJAA 5P7PA 2Q5KA 1HVKA 2HIZA 3Q5HA 5P0IA 3RTHA 4RZ1A 1IDAA 5OZYA 5P3LA 5P6HA 3ZPTA 2R3TA 5P3AA 2HPEA 5KOSA 4CMSA 4KB9A 1BDRA 3LZSA 4A6CA 4Y4GA 4I12A 1U8GA 3IVHA 4Y48A 3F9QA 4ZSQA 3PBDA 3PWWA 4ZSMA 5P5CA 3OU4A 2OHMA 3OOTA 4DUSA 1HVRA 3EKXA 5OZOA 2AZ9A 4HLAA 2B8LA 3OUBA 4Y3YA 4JOOA 4QJ7A 1NPVA 4U7QA 5P3NA 3A2OA 5OYQA 2HC0A 3CKPA 5P7RA 3OQFA 4Y4BA 3K5DA 4S1GA 4Z22A 5ISKA 3SKGA 5P1VA 3QRSA 1HEGE 5P08A 3GGUA 5P6UA 4Z2ZA 3N3IA 3UQPA 5OYZA 1GNNA 5ER1E 3GGVA 1XN3A 4J17A 3S85A 3L59A 5P7FA 4CPQA 1FG8C 1RPIA 5P4CA 3EL9A 4Y58A 2Q3KA 5P3FA 5OYUA 5P0AA 5P6SA 3UTLA 5P8OA 1YTGA 5P43A 4CPXA 3CIBA 3INHA 3ZKSA 2BKSA 1APVE 2VA7A 3HVPA 1FFFC 4B1DA 3HAUA 2B7FA 5P6PA 5P6CA 3SFCA 1ZPKA 5P65A 5P0PA 3PEPA 3OADA 4RYGA 2QI6A 3OUDA 3QP0A 4OC6A 1E80E 1MT7A 4Y45A 2QI0A 4DVFA 5AH7A 2ZHSA 5OZLA 3VV6A 5P2LA 5P1MA 4GIDA 4F73A 1AXAA 3R4BA 2OHRA 2SAMA 4OBZA 3DOXA 2ZJMA 2R8NA 2G21A 4COEA 5P2CA 4YBIA 4KE0A 3D1YA 4FM8A 2V12C 2I4QA 5P85A 4DQEA 5OZKA 5OZBA 5P4YA 4GJ8A 1UH7A 1GNMA 4Y3DA 5KR1A 5P02A 5P8NA 2QMGA 4FRJA 3FNTA 4Y5EA 2F3EA 5P5MA 1FEJC 1K6TA 3KMXA 2AOEA 5P31A 1LF2A 5P5LA 3UQWA 5DQ2A 4Y39A 1RQ9A 2AOFA 4DQCA 2ER0E 2CEJA 2G1OA 1AJVA 4QLHA 3IN4A 5OZ7A 5P6NA 3I6OA 1GVUA 5P8MA 1BXQA 4B77A 1JLDA 5UPJA 4LXKA 2R5QA 5OZMA 4Y56A 5OZIA 5P3JA 1RNEA 4Z4XA 5KQYA 2VIYA 5P6JA 5OYYA 1SMRA 4XX3A 5P1UA 3EL4A 4QJ2A 5P0OA 3O9GA 5P7BA 2G1YA 4K4QA 5HDZA 5P7YA 1HVIA 3PLDA 4I11A 3SA5A 5P3VA 3IAWA 2HPFA 2QNPA 2QD6A 4FRKA 3UDYA 4Y38A 4K8SA 3QAAA 5P5JA 5P3SA 3EKVA 5P1CA 2B8VA 2ZJHA 5P1YA 3TKWA 3NR6A 5P12A 5P7JA 4YD6A 4ZSRA 1GVWA 5P3PA 2ZGAA 1LYAA 4J1FA 3ZKGA 3VSXA 1QBSA 5P6ZA 1E81E 4ER1E 5P5AA 5P0ZA 2G26A 5P7QA 5IS4A 3KN0A 4Y4DA 4B05A 4GJ5A 3QRMA 1HVCA 5KQXA 4GJBA 3SACA 4J5JA 5P1ZA 5P5GA 5P6DA 3EMYA 2PYNA 2G24A 2AVOA 1APTE 1A8KA 3H5BA 2VA5A 4J1KA 3IGBA 5P4VA 5P69A 2EWYA 5P4FA 5P63A 2QCIA 3D20A 1SP5A 5OZXA 4GJ9A 1BBSA 2I4XA 2HM1A 1HEFE 4L1AB 1ODWA 3TNEA 5JFUA 5KQFA 3QRVA 5BS4A 5P7XA 1T7IA 3OQKA 2B42A 5CONA 1FQXA 5HCOA 5SXNA 3CMSA 5P1AA 5P1XA 3D3TA 5P1OA 4EP2A 4LXAA 3ZOVA 1ZLFA 4J1CA 3K5CA 3BGBA 1ZJ7A 2J9JA 2FXDA 2NXLA 5P64A 2UXZA 2O4LA 5E5KA 5DQCA 5P1WA 4Y54A 3NU4A 2RENA 1EPRE 4ZLSA 7HVPA 1EC0A 1ENTE 3PI5A 4BFDA 5AHCA 4DQBA 4EJKA 5DGWA 5P8UA 4OBJA 2JE4A 5P13A 2HB2A 4OBZB 1HVHA 3VFBA 1BV7A 1HPOA 1Q9PA 3QN8A 4NJVA 2O40A 5P6MA 3BGCA 5P1KA 3KFPA 5P4KA 5P6FA 2JJIA 1CPIA 5P8IA 4AMTA 3U7SA 3OTYA 3L38A 5P5PA 2NMZA 1ZTZA 5P7AA 1BILA 3PMYA 1C70A 5P4WA 5F01A 2H6TA 4Y4ZA 5P0KA 1OEWA 4Y50A 3IXOA 3INFA 3KA2A 3TPRA 1IDBA 4LP9A 5P60A 4FGXA 2WF1A 4OBKA 2V10C 5P8KA 5P35A 3NLSA 5EZXA 4RGHA 2R5PA 5P82A 1MT9A 3ER5E 2FDPA 2I0DA 3I2LA 3T7XA 2F8GA 5P3RA 4JECA 5P5RA 4MC2A 5P7TA 4NJUA 3OXVA 1AVFA 5KQZA 2HAHA 1HXWA 1C6YA 5P4MA 5P6EA 4FRIA 2HS1A 1A94A 2IKUA 1OHRA 3S53A 1ME6A 3OU1B 5P27A 5P76A 5P6XA 5P4LA 1UPJA 4Y6MA 1K1TA 2JXRA 3QROA 5P8AA 4RVIA 2ZHRA 2UPJA 3APPA 5P6BA 2QMFA 3OHHA 1T7JA 2Q11A 4R5NA 4R95A 4Y36A 3VFAA 2QU3A 5P2AA 3GGAA 3KDDA 4FM7A 5P3MA 5JFPA 3G72A 5P4SA 1SMEA 2ER6E 3UF3A 3JVWA 5P8PA 2PWCA 1HTRB 3PVKA 4Y3AA 1HVSA 4FSLA 3SM1A 4OBDA 4L7HA 1MTBA 3TOFA 4Y4WA 3UFNA 1YTIA 4D89A 3L5CA 1W50A 2G20A 4Y3PA 2G1RA 3T7PA 3WZ8A 5HD0A 2QZKA 5P8QA 2OHPA 1EPPE 4Y4JA 1GVTA 4IVTA 1FMXA 1A9MA 1YTJA 5OZDA 1KJHA 3L3AA 5OZZA 5P3OA 1B6KA 4AA8A 5P4ZA 4MC9A 4EJDA 1C6XA 1HVLA 3U71A 3HD8A 4Y5GA 5ENMA 5P2RA 2BBBA 5HU1A 2VJ7A 4Y4UA 5P3ZA 5AGZA 2O4KA 2APRA 3Q3TA 4RCDA 3T7QA 4DFGA 2ER7E 3NDWA 3BUHA 5DQ4A 1FF0C 1K6PA 4I8WA 4HDFA 2BKTA 1IVPA 2J9JB 2AZBA 4KE1A 3NXEA 3VLBA 1ZP8A 2PH6A 5P3GA 5P6WA 3D1XA 4Y5BA 4Y3LA 3ZLQA 5P8JA 5P2BA 3DV5A 3EBZA 3RTNA 1HPVA 4MC1A 1ZBGA 4Q1YA 4DPIA 5P0FA 3UDHA 4H3FA 1Z8CA 3SA8A 4FCOA 5IVQA 4OBGA 3D1ZA 3Q6YA 5HTZA 2AZCA 3ZKNA 4XX4A 1QS8A 3L5BA 3LIQA 3PI0A 3UDQA 2F81A 3NXNA 2QHZA 1BAIA 5P0RA 2ZHVA 1EBYA 3LINA 3KF0A 5DR3A 2I4VA 4YDGA 3S43B 3OQAA 3QIHA 3EKTA 2V13A 2ZJLA 4CPSA 5P32A 5SZ9A 4FM6A 2G69A 1YX9A 5P0YA 4EHCA 5JODA 2Q64A 4Y3XA 2IKOA 1D4LA 3NDUA 3PSUA 2QP8A 3DUYA 5P3YA 3HDKA 3SA3A 1AIDA 2V00A 3RVIA 5P4DA 5P2JA 5OYVA 1BIMA 5P66A 3O9EA 5P0WA 5P2NA 3VG1A 3KFSA 4I0GA 4R92A 4M8XA 2B60A 1G6LA 3FIVA 4RVJA 4EPJA 2I4UA 1MRWA 5P52A 5P54A 2WKZA 1KJ7A 3CICA 3S7MA 4WTUA 3O9LB 2RKFA 2FDDA 4TVHA 1PROA 5P7WA 3OOZA 1HSIA 5HU0A 4WY6A 3AUPA 5P56A 3PCWA 2G1NA 5P5UA 4I10A 5P8RA 1FIVA 2AVMA 3OXXA 4L1AA 4NJSA 5C9DA 2IRZA 4YE3A 1F34A 5OZ0A 1G0VA 4A6BA 5P3KA 3TH9A 3PRSA 2O4NA 5P5QA 5P28A 4ACXA 1HTGA 2WECA 2I4WA 2QI5A 3B80A 5P2UA 2A1EA 4CPWA 5OZ2A 4Y5NA 5SY2A 3ZMGA 3RSVA 3OY4A 4N00A 1IZDA 1FFIC 1N49A 1EPOE 5P5TA 4I8ZA 4L7GA 3SA4A 8HVPA 3KMYA 3R0WA 1BDQA 5OZ1A 2J9KA 4TRYA 1B5FB 5P8SA 4OBHA 3EKWA 3JVYA 4Y5AA 2WF2A 4FIVA 2VNMA 5P0LA 3UDNA 5TOLA 1NPWA 4Y5KA 3IA9A 5P0XA 5HVPA 5P2DA 4LBTA 5BRYA 1E5OE 3IXJA 1G35A 5P5FA 1A30A 3KFRA 4H3JA 4YDFA 5KR2A 3TTPA 5P3DA 2PSVA 4Y5CA 5P36A 1FLHA 5P88A 3S8IA 1K2BA 1VIJA 1T6EX 3NUOA 5P2YA 5P2TA 2UY0A 3O9IA 1PSOE 1RV7A 2BQVA 4DJYA 1C6ZA 1IZHA 1K2CA 3Q70A 3URIA 5P6KA 1K1UA 4B78A 2OHLA 5P6QA 1NH0A 5P6RA 3GW5A 3SA9A 5P4EA 3LPJA 5P1RA 2FIVA 3BVAA 5P53A 2WF4A 4JP9A 3O99A 3SLZA 4Y47A 5P7DA 4PZXA 5FIVA 5P1HA 5P11A 5P30A 5OYXA 3URJA 3FNUA 2XYFA 3KDBA 5P7EA 2NNKA 2ASIA 2AOIA 1D4IA 1MESA 1OD1A 3FV3A 4DQFA 3TPJA 5OZQA 2BPWA 3BUGA 5P19A 3KYRA 5P01A 4LXMA 2V16C 3APRE 3NU3A 3OU1A 5P6VA 4BEKA 5P2GA 3VV8A 3O9CA 5P04A 5P4OA 1LZQA 5OZ5A 4Y37A 5T4SA 4F74A 1FMUA 5P3XA 3DV1A 4MC6A 3UFLA 3CYWA 1FQ7A 1EPNE 3EM3A 1M4HA 2G94A 4GJ7A 2P8HA 3UCBA 2Z4OA 4EWOA 1QBRA 1W6IA 1F7AA 4GZFA 2ZJKA 3UQUA 4DJRA 3INEA 1MPPA 2FXEA 3OQ7A 4AUCA 3MSKA 1HPSA 4QJ9A 3S54A 1LF4A 5P05A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4FLG A;  4ZPG A;  1WBM A;  3Q4B A;  5P8V A;  1VIK A;  2IEO A;  3LPK A;  3OU3 A;  5OZ3 A;  3IN3 A;  4TVG A;  5P1J A;  4CPR A;  2G1S A;  4AZY A;  2AVQ A;  4EP3 A;  3C9X A;  5OYW A;  3O9D A;  4CP7 A;  2AOC A;  3BXR A;  3OAD B;  5I3X A;  3TKG A;  1XL5 A;  1EPQ E;  2ZHT A;  4PHV A;  2WF0 A;  3OUD B;  1DIF A;  2WEA A;  4OC6 B;  2R3W A;  3R2F A;  1W5Y A;  1QBT A;  2P3A A;  4Y4T A;  4R8Y A;  4I0F A;  1MEU A;  2NNP A;  1YM4 A;  2VA6 A;  2ZHU A;  5P0Q A;  3OXW A;  4Q5M A;  3H0B A;  5P4U A;  3QBH A;  5P8D A;  5OZN A;  5P2S A;  2AOG A;  1DAZ C;  1ODY A;  5P29 A;  5P7C A;  5P0G A;  5P2X A;  5P3T A;  3TPP A;  3CKR A;  5OZ6 A;  1BWA A;  3HBO A;  3NU5 A;  2WJO A;  3VYD A;  5OZS A;  2HB4 A;  1J71 A;  3ECG A;  4QGI A;  4WY1 A;  4AA9 A;  3SAB A;  4HA5 A;  3I8W A;  4CPU A;  4J0P A;  5APR E;  4K4R A;  2I4D A;  5P07 A;  2ZJI A;  4J0T A;  2QD7 A;  4Y3G A;  5P2Z A;  1HTF A;  2BB9 A;  4DI2 A;  1LV1 A;  5I3Y A;  4GJD A;  5P45 A;  4UPJ A;  4Y3N A;  3K4V C;  1DPJ A;  1EBZ A;  4DQG A;  2OHS A;  1UH9 A;  3MSL A;  4B1C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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