3VOVA

Crystal structure of rok hexokinase from thermus thermophilus
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
300
structure length
297
Chain Sequence
MKVVGLDLGGTKIAAGVFDGKRLLSKVVVPTPKEGGERVAEALAEAAERAEREAGVRGEAIGLGTPGPLDFRRGVIRNIPGVQDFPIRRILEEATGRPVFLENDANAAALAEHHLGAAQGEESSLYLTVSTGIGGGVVLGGRVLRGERGQGGELGHLTLLPGGPACGCGLEGCLEALAAGRALERDATYAFQRPVDTRELFRLFQAGDPKAERLVLQAARYVGIGLASLVKAFDPGVVVLGGGVALNAPEGYWEALLEAYRRYLQGWEAPPLRRARLGAEAGLLGAALTAYLEVKDG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Characterization and crystal structure of the thermophilic ROK hexokinase from Thermus thermophilus
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glucokinase
molecule tags Transferase
source organism Thermus thermophilus
total genus 95
structure length 297
sequence length 300
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.1: Hexokinase.
pdb deposition date 2012-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vovA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vovA02
4FWRA 2YJFA 5AQNA 4BREA 1HX1A 4LC9B 3HSCA 2A41A 1Z05A 1X9JA 3VGMA 1BA1A 1NGHA 2CH6A 4GNIA 4BVPA 1JCFA 2E88A 3TU5A 1C0FA 2QXLA 2Q0UA 4CBWA 4H0TB 5KQDA 2P9IB 4RCHA 1C0GA 2W41A 4F9OA 3A0IX 3WQTA 3VEXA 1S22A 4PKHA 1GLBG 4H03B 4YDUA 3MMVA 4FWQA 2A42A 1IJJA 5F1XA 3ENOA 3AAQA 1QHAA 4FPBA 3R8EA 4BGAA 1K8KB 1WOQA 4M7XA 5AFUH 3SMPA 3GL1A 1NGEA 4BRKA 3LDLA 3CJ7A 3P4IA 4IXCA 2QM1A 4A61A 2BTFA 4CZMA 2Q1NA 1SAZA 4M7YA 4XH5A 3WXIA 1HPMA 1Q18A 2VYPA 4B1YB 3LDQA 1NBWA 2ITMA 4EHUA 4CZKA 2A5XA 4RTFD 1BU6O 2P9PA 5BN9A 5AQJA 5AQOA 1GLJO 2ASMA 1D4XA 2YHXA 3JS6A 2ASPA 4BR5A 1G99A 3A5MC 3WT0A 3QFPA 3VEWA 2V7ZA 5AQIA 3VF6A 5ELZA 4BR4A 4K43A 4KBOA 5EX5A 3MN7A 4A62A 4JHDA 5AQYA 1TUYA 1SZ2A 2A40A 5JICA 1ZXOA 2QWQA 4CZLA 2IVPA 3BUZB 1XC3A 4B1VA 3CJCA 2QWNA 4PKIA 5AR0A 4BVOA 3OHRA 2P9PB 3O4WA 3GE1A 2CGJA 3H3NO 4BR2A 2F9WA 2H3GX 1OKJA 1RGIA 1HLUA 2FXUA 4H5VA 3QMLA 4WQ4A 4CZFA 2YHYA 1ATNA 3ATVA 4FWKA 3W3DA 3MN6A 3L4IA 3O5BA 4BGBA 1IG8A 3FR0A 2E2NA 1YXQA 3GBTA 3UKUA 3C0BA 5AQXA 2I7NA 3CIPA 3DXKB 2V7YA 4JAXA 4JHDB 3CJ1A 3ZX0A 4K41A 2P9NA 3ZETA 2FSJA 3IUCA 1ESVA 1NWKA 2Q36A 4FWNA 5EOYA 2PAVA 4AM7A 4BRMA 1X3MA 2QWRA 1QQNA 3B8AX 3BF3A 3EL2A 4M63C 4MLEA 3EO3A 5AQGA 1HKBA 3FZHA 1JCEA 3H1VX 2Q2RA 3FZFA 3KZBA 5AFUA 1QZ6A 2HMPA 4GY2B 3VGLA 3D7EO 4B1UB 4EAHD 1QZ5A 1QQOA 4BRIA 2PBDA 4Y0WA 1ATSA 3EN9A 2VWBA 4H0OA 2DPNA 3U9ZA 3SK3A 2BUPA 1Y64A 5EY4A 3DAWA 3EKSA 3O1WA 4FOEA 2Q97A 3UKUB 3VEZA 5BREA 5KPTA 4Z94A 2P9NB 2J4RA 4JN4A 3ZETB 2Q31A 3HM8A 3BEXA 2CH5A 2V51B 4FO0A 2ZGYA 5ADXA 3LDNA 1GLAG 2D1KA 5AQSA 3VF4A 4CZJA 2QWLA 3VPZA 4FSVA 2FSNA 5JLFA 4CI6A 1J6ZA 4DQ8A 2ASOA 3VF2A 3VEOA 5AQPA 5B8HA 2FLOA 1ATRA 4CZHA 1BDGA 3KHYA 1SQKA 5BRFA 1HKGA 3ENHA 3CQXA 2YHWA 3KVGA 5KPRA 1HKCA 3O8MA 4CJ7A 2AA4A 3AARA 4BRFA 2D4WA 4O5FA 3VESA 4BC3A 4BG9A 3WXKA 4K42A 3M3ZA 4O8KA 3HI0A 1BOTO 4BRQA 4H0VB 5EVZA 1H1VA 2UYTA 1V4TA 3CERA 1BWFO 1NGDA 3LDPA 5KQ8A 3WEEA 2FF3B 5LY3A 4PKGA 5AQVA 3A5LC 5AQKA 5FPNA 4H5WA 3H45C 4JD2A 4H5NA 3QBXA 5ADXH 2IVNA 4H0YB 2HOEA 1NGIA 4QS7A 3DXMA 3CHWA 1NGBA 4H5RA 3VEYA 3WXJA 5BR9A 2P9KA 5CE3A 3UE5A 1MWKA 3VEVA 4B1XB 4IJAA 2QWPA 2E20A 2W40A 3DXKA 5FPEA 1V4SA 2NLXA 5BPLA 3IFRA 3U4LA 1CZAN 1DGKN 1T44A 2V52B 2NZTA 3DJCA 3WEEB 3BF1A 4CZEA 3DWLA 1GLDG 2HF3A 5JMVA 4JD2B 1U6ZA 2FSKA 4J8FA 3FE1A 3DXMB 2D0OA 4BRLA 2P9KB 4IO8A 1KAYA 3VOVA 4BRNA 5AQUA 4BRAA 4CD3A 3SLCA 1T6CA 3VETA 4ISEA 3U9DA 3C7NA 4L3QA 3MK6A 4BROA 1BUPA 2A3ZA 3MDQA 5EXWA 3H46O 3W0LA 3LM9A 4QS9A 2QW9A 3H1QA 3LM2A 4PL7A 5BRDA 2FF6A 3EZWA 1ZBSA 2HF4A 3FFKB 1ZC6A 5I9EB 1TYQA 2E2QA 4HTLA 5BRHA 1NLVA 4IWVA 4EFHA 5JLHA 3ATUA 4BQZA 5BN8A 4WQ5C 3QB0A 3O1BA 3EKUA 1HUXA 2ZWHA 3SJHA 3QFUA 3R6MA 2ZF5O 3ID8A 2GWJA 3VGKA 2F9TA 3RSEA 3D2EA 4FPAA 1X3NA 2IIRA 4MO4A 5AZJA 3C7NB 2QWMA 5E26A 5AZIA 3H6EA 4CZIA 3FZMA 4MLHA 4CZGA 1WUAA 3HZ6A 4RWTA 1TUUA 5E84A 4A2AA 2QWOA 3WXLA 2IVOA 4EIAA 4XH4A 1E4FT 5AQRA 4BRDA 1KXPA 1S3XA 4BRCA 3CETA 3GG4A 4K25A 2NRHA 1TYQB 1NGJA 3WUHA 5LJWA 4BR9A 3AY9A 4A2BA 2E2PA 1RFQA 4NB4A 3CI5A 3I8BA 3MN9A 4DHYA 3VENA 1DKGD 3HTVA 3RSEB 3SMSA 1MDUB 3A5NC 3MCPA 3D2EB 2YI1A 2AP1A 5F2RA 5AZJB 2ZGZA 1NGFA 5AZIB 2CGLA 1YUWA 1U2VA 4XH1A 1GLFO 1QQMA 4JNEA 4YDUC 3UKRA 5LJVA 3L0QA 3IMXA 3JXUA 5F0XA 4CBUA 4WYBA 4FWSA 3I33A 2YJEA 3ULEA 3HBTA 4FWLA 3FGUA 5AQMA 1LCUA 5TKYA 2WUSA 2GUPA 3QBWA 4FL9A 2GTDA 3GOIA 2Q0RA 3F9MA 4IJNA 3IDHA 2EWSA 2GELA 3R9PA 3WQUA 1NMDA 4C23A 1U2VB 4NO7A 4EHTA 4FOIA 4BR7A 1GLEG 3QICA 4I6MA 4BC2A 3UKRB 1RDWX 3ZEUA 4H0XB 1EQYA 4BRPA 4H5TA 3LDOA 3O08A 2VCPA 4PL8A 3S41A 1Z6RA 3AAPA 3FZKA 5AQQA 3ULEB 1BO5O 1HJOA 5FPDA 5KPZA 3O80A 4B1WB 4H0PA 3U8XA 2P9LA 4BC4A 4CD1A 3LL3A 4B1ZA 2I7PA 2CGKA 4ISGA 4DB3A 3BP8A 2YCHA 3QDKA 3J8AA 4XEIA 5AQWA 1YAGA 1NGGA 2KHOA 3L6QA 1DEJA 2E1YA 2P9SA 4BC5A 1GLCG 3H3OB 4BRHA 4I6MB 1E4GT 1BA0A 3G25A 3ZEUB 3ZX2A 5AQZA 1KAZA 3CJAA 4BR0A 4WQ4C 2D0PA 1XUPO 4BG8A 3VERA 2E2OA 1LOTB 3CJ9A 3TPQA 1MA9B 1NGCA 5FPMA 3D2FA 5BPMA 1MWMA 1BG3A 2P9UA 4FWOA 4BQLA 3A8YA 5AQLA 4WQ5A 2P9LB 2OANA 4BRGA 1XQSC 3CQYA 3ZX3A 3GDQA 1NGAA 4FWMA 1JCGA 5AQHA 2GWKA 1KAXA 2E1ZA 2GEMA 3M6GA 2E8AA 2A6AA 4CBXA 2P9IA 1P8ZA 2P9SB 1R59O 4ISFA 1NM1A 4FWPA 4E1JA 4B9QA 1GLLO 3O6WA 4IZ9A 3A5OC 3M1FA 5AQFA 3CJBA 4DCHA 4HWIA 4QS8A 3FZLA 3MN5A 1YVNA 4AM6A 1K8KA 1T6DA 5BPNA 3UB5A 4MO5A 3D2FB 5AQTA 2P9UB 3FLCO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2IS3A 2YJFA 3NVMA 4JLHA 2NRXA 4GV3A 3HSCA 3VGMA 3ZLJA 4TSXA 2ZM6K 4B3RK 4JEPA 4DR6K 1HRHA 4BVPA 4B8CA 3CM5A 4CBWA 1VQLN 4M3YA 3DYAA 1U49A 3CD6N 3IRXA 3HPOA 1QSYA 1GLBG 1CZ9A 1RT5A 4DF8A 4FWQA 2A42A 4DU1A 3ENOA 3AAQA 3V9WA 3VQPA 3R8EA 1K8KB 3GL1A 3LDLA 2QM1A 4Q5VA 4A61A 2BTFA 4CZMA 3OYMA 4CEOA 3NCIA 3PX4A 3Q7CA 3O9RA 3WNEA 3WNHA 1VHXA 4R79A 5DMRA 1IH7A 3THXA 4CZKA 2KZZA 4RTFD 2B5JA 3AA2A 5AQJA 3N4PA 2KW4A 4FK0A 4KH5A 4DMNA 3L2QA 2ASMA 1BISA 1D4XA 5K14A 4YFUA 1DTQA 2ASPA 4BR5A 3SAGA 2V7ZA 5AQIA 4BR4A 2XY7A 4O55A 5EX5A 1XC9A 4CF9A 4A62A 3NF6A 1TUYA 4BE2A 1HNZK 1SZ2A 4FJIA 4ZTFA 3BUZB 4PQUA 3P83D 1KSPA 3CJCA 4BVOA 4ZTJA 4FYDA 3OHRA 3O4WA 4DS4A 3H3NO 1I94K 1OKJA 1VQ6N 4IOXA 4JK7A 1J53A 4FWKA 3HYFA 1HYVA 4FJKA 2RKIA 3TTCA 3CIPA 4DLEA 2V7YA 4CFBA 3QEIA 4K41A 2FSJA 2NRTA 2F7TA 4CJSA 1M1KO 1QQNA 4CEEA 4CHYA 3EO3A 3TAEA 1NKCA 3NGYA 2OPPA 1NOYA 4K8XA 4BWMA 1RBVA 2Q2RA 5HL7L 4IOCL 3S3OA 1WSJA 4BRIA 4Y0WA 1N6QA 4FJJA 3EN9A 1X9WA 2VWBA 3QEPA 3SK3A 2UXBK 5M1FA 4JKBA 3SQ4A 3O1WA 5GADP 2G8UA 3UKUB 5SZTA 1QS4A 3ZSYA 2O8EA 4KTZA 5FDLA 4Z94A 3ZETB 1WSGA 1HMVA 4PUOA 3HM8A 1M90O 3WXMB 4W5TA 2HMIA 3D45A 3NDKA 5ADXA 1Z25A 1VSJA 3AO2A 3K2PA 1WSFA 5JS1A 2FSNA 4JI6K 4FZYA 1S9GA 1J6ZA 2F96A 2YNIA 1BDGA 5SWMA 5JS2A 3THYA 2HHWA 2OZMA 3TAFA 1HKGA 4G1QA 2YHWA 5KPRA 1BHLA 4CJ7A 3LP0A 3LAMA 4BC3A 3KD5E 4BG9A 4DR4K 3OYAA 3QEWA 3HO1A 1L5UA 1BOTO 5EVZA 2WOMA 1H1VA 5GINA 4B3MK 3KJVA 1BWFO 1NGDA 2O8BA 3P31A 3WEEA 1KFDA 1RTJA 5AQVA 3A5LC 5AQKA 1SKRA 1HJRA 1J5OA 2VWJA 1FXXA 4IG3A 4H0YB 2HOEA 1W7AA 4QS7A 3CHWA 4H5RA 2Y1IA 3D6RA 4W5NA 2P9KA 1MWKA 2KQ2A 5HROA 4JI7K 4BDZA 3DRPA 1B92A 2W40A 5FPEA 2HVIA 3HP9A 1V4SA 2F4VK 1D9FA 3TAQA 1KRPA 1TGOA 1CZAN 3P38A 1KVBA 2NZTA 3DJCA 3AVGA 1EETA 3KLIA 2QKBA 3HOSA 2IOCA 4N56A 1GLDG 5C15A 2KKZA 1YF5L 4J8FA 1IKXA 3PV8A 5T7BA 3V9ZA 3SLCA 3MXIA 2XRIA 3QLHA 3C7NA 5JVHL 3AVNA 2WFBA 4PHTX 3OBYA 4QS9A 4C8KA 2HW3A 1ILYA 3LM2A 1XHXA 1GOBA 1LW2A 2D0AA 3M8QA 3J7YP 4G9ZA 1TYQA 3VTIA 2HHTA 2RE2A 1NLVA 4O8UA 4Z4IA 4BQZA 5BN8A 3QB0A 3VN5A 4CJLA 5H1SQ 1VQNN 3OYNA 3VGKA 2F9TA 3P39A 3R1XA 4OKKA 2BDPA 1XWLA 4FPAA 3SV4A 4B9VA 5AZIA 4CFAA 3SZ2A 3KK3A 4I7FA 3FFIA 4CIEA 5I3UA 4B9TA 5BR8K 3ZYYX 1IBLK 2NRRA 3WXLA 3OYJA 3ZSQA 4XH4A 4BRDA 1KXPA 3GG4A 5C10A 5GAGP 2OPQA 3WUHA 3AY9A 4A2BA 3OYKA 1XMQK 1QQCA 4NB4A 3SMSA 4CK1A 4JYAK 4EP4A 2YI1A 4N47A 3HJFA 2YKMA 4J2AA 2ZGZA 4XH1A 4H8KA 5HRSA 4DV2K 4OO1J 4DR2K 3VQ6A 3L0QA 3HXMA 3IMXA 2NRVA 5KTQA 3K58A 3VA3A 4BE0A 3FGUA 1QVFM 3M8PA 1LCUA 4DU3A 4W5OA 1Q9XA 3S3MA 2GUPA 1DLOA 3GOIA 4FJXA 3IDHA 3V1QA 1NMDA 4LH4A 4JKDA 4YY3K 4CVNE 3SAFA 4EHTA 3ZSRA 3QICA 4DR3K 3KK2A 1RDWX 4JI5K 4H0XB 1EQYA 3JAMO 4IDHA 5C24A 3LDOA 3C65A 4FJLA 1JJ2M 1RBSA 3AAPA 4F3OA 2PY5A 3ULEB 1HJOA 1NKBA 2R7YA 1SKSA 4H0PA 3U8XA 3THVA 4JKHA 4JI0K 1CXUA 4GV9A 4DB3A 4DSKA 3BP8A 3K59A 4JRPA 2UUCK 1YAGA 2KHOA 4NYNA 2VWKA 4FCYA 1I3AA 1D9DA 4Z4FA 2X6SA 2XY5A 1DEJA 2P9SA 4FM2A 4BC5A 3CXCM 3SQ1A 3N4QA 1T8EA 4FM0A 1E4GT 4YORA 3G25A 5AQZA 3CJAA 4BR0A 4WQ4C 4BG8A 3PSIA 2QI2A 1RILA 3WNGA 1BIUA 3SUQA 2PYLA 1MWMA 1BG3A 4BQLA 4E19A 1N36K 2KZMA 1YVUA 3JYTA 4F8RA 4M3XA 3ZX3A 1NGAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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