3VOVA

Crystal structure of rok hexokinase from thermus thermophilus
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
300
structure length
297
Chain Sequence
b'MKVVGLDLGGTKIAAGVFDGKRLLSKVVVPTPKEGGERVAEALAEAAERAEREAGVRGEAIGLGTPGPLDFRRGVIRNIPGVQDFPIRRILEEATGRPVFLENDANAAALAEHHLGAAQGEESSLYLTVSTGIGGGVVLGGRVLRGERGQGGELGHLTLLPGGPACGCGLEGCLEALAAGRALERDATYAFQRPVDTRELFRLFQAGDPKAERLVLQAARYVGIGLASLVKAFDPGVVVLGGGVALNAPEGYWEALLEAYRRYLQGWEAPPLRRARLGAEAGLLGAALTAYLEVKDG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Characterization and crystal structure of the thermophilic ROK hexokinase from Thermus thermophilus
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glucokinase
source organism Thermus thermophilus
molecule tags Transferase
total genus 95
structure length 297
sequence length 300
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.1: Hexokinase.
pdb deposition date 2012-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vovA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vovA02
3H3NO 1HKBA 4B1XB 3W3DA 3WXIA 4H0PA 1QQMA 5AQXA 1BU6O 5AQYA 3GOIA 5AFUH 3DXKB 2YHXA 2P9IA 1JCGA 4H5NA 4EAHD 1TUUA 3ENOA 4B1YB 3S41A 2HF3A 5AQIA 4FOIA 4BR4A 1YXQA 2OANA 2V51B 2FXUA 2GWKA 4K41A 1Y64A 2FSJA 1OKJA 1S22A 2A5XA 4F9OA 5E26A 2NZTA 3LDPA 3WQTA 3ZETB 4BROA 3H6EA 5LJVA 3LM9A 2QWQA 2QW9A 4HWIA 4QS7A 5AQVA 1LOTB 1QZ6A 3LDNA 2QWRA 4BR0A 1RGIA 1XC3A 4A62A 2HMPA 3AAQA 2E2QA 5KPZA 4H0VB 4M7YA 3EKUA 3AAPA 1QHAA 3P4IA 3FE1A 2Q36A 2CH5A 4WQ5A 1G99A 3TPQA 2E20A 5AQNA 3JXUA 3MK6A 5ADXA 2A3ZA 4PL7A 4JNEA 3IDHA 3RSEA 2ASOA 4CZEA 4BGAA 3BUZB 4FOEA 1Q18A 5BN8A 3H46O 4K43A 3WEEB 1RFQA 3DXMA 4IXCA 1KXPA 1X3MA 5LY3A 5BPMA 3HTVA 4QS8A 1LCUA 5AQKA 3M6GA 3MDQA 3MN9A 1NMDA 3IUCA 3VEXA 4BG8A 3CJ1A 5KQ8A 3GDQA 5I9EB 2FF3B 5FPMA 3ZEUB 4JN4A 5EX5A 2A6AA 4CZMA 1X9JA 4ISFA 1CZAN 4WQ4A 1KAZA 4JD2B 4JAXA 1IJJA 3WUHA 1HJOA 5BN9A 4FWRA 4I6MB 3H3OB 4B1ZA 3D2FB 3A5NC 1BO5O 5BREA 3FR0A 5AQUA 1S3XA 5EVZA 4ISGA 2H3GX 3H1VX 3CIPA 2E2NA 4BRIA 1QZ5A 4AM6A 2ASPA 4IJNA 4MO4A 3VGMA 5AZIA 4XH1A 2ZGYA 3DAWA 1RDWX 5AQRA 4XH4A 3QFUA 5AZJB 3A5MC 3LDOA 4H03B 2Q97A 3VERA 4CZIA 1U2VB 3C0BA 1HUXA 5EXWA 3FLCO 5JMVA 1TYQB 1H1VA 4JHDB 2ASMA 2E8AA 1ATSA 1Z05A 3VETA 5BR9A 2P9PA 1C0FA 5AQPA 3MN6A 2P9UA 4LC9B 3AARA 2P9NB 2D1KA 5BRDA 5B8HA 2I7PA 2Q0RA 5JLFA 5LJWA 3FZKA 1NGIA 4HTLA 4DQ8A 2GELA 3A5OC 4C23A 2FF6A 3ZX2A 2F9WA 2P9KB 3ULEA 4MLEA 2P9SA 3FZLA 1V4TA 1DGKN 4A2BA 4Y0WA 4H0TB 3R6MA 3GL1A 3CJBA 4FWPA 2WUSA 4CJ7A 4O5FA 1NWKA 4RCHA 2P9IB 3QBXA 3SJHA 4BQLA 5BPNA 4PL8A 4AM7A 5KPRA 1MA9B 4E1JA 4IZ9A 4CZLA 2V52B 2GTDA 3VOVA 3VF6A 4EIAA 3WT0A 1XQSC 3CJCA 4FWMA 3KHYA 1WUAA 5AQOA 2ZF5O 3D2EB 3I33A 4CI6A 1YAGA 4CD1A 3SLCA 3MMVA 4BREA 2CGKA 3UKRB 4BRDA 4BC3A 5E84A 4B1WB 1HKGA 3ZX0A 4BGBA 2GUPA 3ZETA 1R59O 4MLHA 1NGEA 4WQ5C 3O1WA 3TU5A 3SMPA 1NGDA 1QQOA 2VYPA 3VF2A 1NLVA 4EHUA 4EHTA 2E2OA 3ZX3A 1DKGD 4BR7A 1ATRA 4H0XB 3U8XA 3QFPA 4IJAA 4BRLA 5BRHA 1T6DA 4K25A 1MWMA 3U9DA 5KPTA 5FPDA 2A42A 1NGGA 4M7XA 2PBDA 2YHWA 3O80A 3C7NB 1GLDG 4CBWA 1K8KB 3L0QA 2A40A 2P9LA 2YJFA 1ATNA 3WEEA 3MCPA 3VEYA 3EN9A 4XEIA 3CETA 1NGBA 2Q31A 1BWFO 1GLEG 2A41A 3CQXA 3O1BA 4XH5A 5ADXH 4WQ4C 5BPLA 3A8YA 5FPNA 2VWBA 1E4GT 1T6CA 3GBTA 3VEOA 1BA0A 3WXLA 3L4IA 4BRKA 4IWVA 4IO8A 3SMSA 3UE5A 2BUPA 4BRGA 3VF4A 1EQYA 5FPEA 1T44A 4CZFA 4O8KA 2KHOA 1IG8A 3VEWA 3U9ZA 4CZHA 4I6MA 3QDKA 2QWNA 3WXKA 4GY2B 3FZMA 1KAXA 3EZWA 4CBXA 3ATUA 2HOEA 2CGJA 4CBUA 3O8MA 5F0XA 4BR2A 3H1QA 1BOTO 3L6QA 2F9TA 1GLBG 4K42A 4RWTA 4BR9A 3O6WA 3CJAA 4H5TA 4BRAA 1HLUA 5AQTA 3ID8A 2FSKA 4YDUA 3WQUA 1NGAA 3A0IX 5AZJA 1NM1A 2FSNA 3VEVA 4YDUC 1ESVA 1U2VA 4RTFD 3DWLA 3FFKB 1C0GA 1TYQA 3OHRA 4JHDA 2YJEA 1SAZA 2CGLA 2W41A 4ISEA 1U6ZA 5AQQA 3UB5A 3AY9A 2PAVA 5AQFA 3FZHA 3UKUA 3MN5A 1P8ZA 2P9NA 3O08A 3VEZA 4BVPA 4PKHA 3CHWA 1ZXOA 3CI5A 2P9SB 2E88A 2ZGZA 2AA4A 3EKSA 4FO0A 4FWSA 5AQJA 3R8EA 4H5RA 1YUWA 2D0OA 3BP8A 2BTFA 2E2PA 2YI1A 4CD3A 3BF1A 2UYTA 1NBWA 2NLXA 3J8AA 4FWKA 4GNIA 4BR5A 1JCEA 3R9PA 2IVPA 4QS9A 5AQHA 1ZBSA 4H5VA 2Q0UA 2QWLA 3DXKA 4CZJA 4Z94A 4BG9A 3IMXA 5AQLA 1JCFA 1HX1A 2FLOA 2W40A 3A5LC 2EWSA 5JICA 3EL2A 4B1VA 1NGJA 2GWJA 4A61A 1GLJO 2D4WA 2ITMA 3LDQA 3FGUA 3VGLA 4BRHA 2AP1A 2E1YA 5CE3A 4FPAA 2ZWHA 1NGFA 4BRNA 3D2EA 3O5BA 2QXLA 3CJ7A 3QICA 4FL9A 2D0PA 2YCHA 5BRFA 1X3NA 3B8AX 1QQNA 3F9MA 2CH6A 4A2AA 3UKRA 3VPZA 3RSEB 2IVNA 3CERA 1SQKA 4NO7A 2VCPA 2J4RA 3DXMB 1GLAG 3WXJA 4BQZA 3DJCA 3HZ6A 3KZBA 3LL3A 4L3QA 1GLLO 4B9QA 5EOYA 2QWPA 5AQSA 3CQYA 2E1ZA 4H5WA 3BF3A 5ELZA 5AQZA 3M1FA 2P9LB 1GLCG 1BG3A 3FZFA 3VENA 1YVNA 4CZGA 4BRPA 4MO5A 3SK3A 3ZEUA 3C7NA 1XUPO 5TKYA 1K8KA 3W0LA 3GG4A 4FWOA 1HPMA 1MDUB 3GE1A 3ENHA 3QB0A 3LDLA 4WYBA 1Z6RA 4BRQA 4JD2A 1NGHA 3VESA 1J6ZA 1BUPA 2IVOA 3CJ9A 3G25A 4FWLA 4DB3A 2DPNA 4FWQA 3LM2A 3ATVA 3I8BA 3QBWA 2QWOA 4FPBA 4H0OA 4NB4A 1HKCA 3H45C 2Q1NA 3D2FA 5AZIB 4M63C 3HBTA 4B1UB 5EY4A 1D4XA 4PKIA 1E4FT 3D7EO 1V4SA 1WOQA 3BEXA 1BDGA 5F1XA 2NRHA 3EO3A 3QMLA 4BC2A 2GEMA 3U4LA 1MWKA 1NGCA 2P9PB 3O4WA 1DEJA 2P9UB 3HSCA 3MN7A 4BC5A 2QWMA 1GLFO 1TUYA 5AQMA 5AQGA 4BRMA 4BVOA 4FSVA 2I7NA 4FWNA 4J8FA 4BRFA 1ZC6A 4DCHA 5KQDA 5AFUA 5JLHA 2IIRA 3HM8A 2V7ZA 2QM1A 4KBOA 4H0YB 3ULEB 4CZKA 1KAYA 3JS6A 3KVGA 3UKUB 4DHYA 3IFRA 1BA1A 4BC4A 5AR0A 2YHYA 5F2RA 3HI0A 2V7YA 3M3ZA 4PKGA 4BRCA 4EFHA 3VGKA 2HF4A 2Q2RA 5AQWA 1SZ2A 2P9KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4K8XA 3T19A 4DTOA 1QSSA 2UXBK 3K58A 5HRRA 3W3DA 1K73O 3WXIA 1QQMA 2G8WA 4Q5VA 1BU6O 5AQYA 3QEWA 1DTQA 3P5JA 4B1YB 4C1NI 4G9ZA 1Z25A 1S6PA 1Q9YA 4CGDA 4BR4A 1S1XA 1YXQA 2Y1IA 4CF1A 2OPRA 3C94A 4FW1A 3MWPA 2A5XA 4F9OA 3LDPA 4BROA 4OKJA 5LJVA 4JKHA 2A1SA 5CY4A 2WBNA 2QWQA 2QW9A 3LM9A 4QS7A 3KLIA 4ZHRA 3C6UA 5HL7L 1RGIA 4ZTFA 4BE1A 1W0HA 1VQ8N 1FW6A 5C0YA 3MX5A 2QEXN 1TKZA 3PSFA 4LF4K 3JXUA 2P51A 5ADXA 4PL7A 3EYZA 4HUFA 1TGOA 5GAEP 1X9SA 1Q18A 3H46O 2QTDA 4OPJA 1HYSA 1D8YA 3PIPL 1JLGA 4FYDA 2O8BA 3V1OA 5BPMA 4B9NA 3M8PA 2ITGA 1LCUA 1U45A 5JS1A 3IUCA 4BG8A 2D5RA 4JN4A 3VQ6A 4JRPA 3N4PA 4FJIA 1W9HA 2Q3SA 5HBMA 3OYLA 3CQ8A 5FLXO 3RMAA 4IOCL 1CZAN 5DM6L 3O3FA 4JYAK 3WUHA 1U48A 4CHYA 1OVYA 1YJWN 4I6MB 4CGFA 3H3OB 2RKIA 4N56A 5J2NA 4FJGA 3FR0A 4N41A 1S3XA 5E41A 3LWMA 1C0MA 4CFCA 4FVUA 1HNVA 4MO4A 1NJYA 5C10A 1NOZA 3VGMA 3OYEA 4JI2K 4HUEA 4KREA 4FLXA 3QO9A 1UA0A 1WB9A 1TV6A 1L3VA 1EP4A 1HPZA 4W5TA 3CD6N 3L3UA 2Q97A 5HOOA 2G8UA 3VERA 4CF0A 3HT3A 4IOAL 4O55A 3DLGA 1JLCA 1TYQB 1BHLA 4JHDB 1KFDA 4X66K 2ASMA 2E8AA 1ATSA 4C1NK 1ZBUA 3MN6A 2P9UA 4M41A 4X65K 5JVHL 3JYTA 4DV4K 3WNHA 2Q0RA 3CCJN 5CZ1A 3FZKA 1NGIA 4FM1A 3C65A 5CYQA 2UXCK 1WN7A 3HJFA 4DV6K 3QNNA 2F9WA 4KI6A 4CERA 3ZCMA 1SKSA 5M1NA 3DLKA 4V19S 5M1PA 1UA1A 4H0TB 1HNZK 2W42A 3HM9A 4M3WA 4B3RK 5BPNA 1MA9B 2WTUA 3IKMA 1NOYA 5C2DA 3MEGA 4LH5A 3CJCA 3CCSN 3K2PA 1S1TA 2ZF5O 4YOUA 3D2EB 4CI6A 4IG3A 3IS9A 3SLCA 4KHYA 3LP2A 3MMVA 3AGKA 4IFVA 1KC8O 3THYA 4DTJA 3UKRB 5E84A 3TAMA 2F7TA 3ZETA 3DRRA 4CJFA 4AH9A 4MLHA 3N4QA 4BWJA 4O0IA 1NGEA 1NJXA 3MCAB 3LPUA 3TU5A 5IWAK 4JKGA 1JLAA 1X1PA 4EHTA 3ZX3A 2FBXA 3T1YK 3CMEN 3U8XA 4KHSA 3CPWM 5BRHA 2RHKA 4FLYA 3U9DA 2HBLA 3ZSVA 5KPTA 5FPDA 3L2QA 2A42A 1NGGA 4CF2A 2PBDA 2DY4A 1K8KB 2YJFA 1SL2A 2F8TA 3AO1A 3TANA 3ISNC 4C8OA 3I56N 4E7JA 4OLAA 3CETA 4LSLA 3BDPA 3O1BA 5FPNA 3OTOK 3J7YP 2VWBA 5J1EA 4CJRA 3L4IA 2HB5A 3SCXA 1WSIA 4CGIA 4W5OA 3KLHA 3SMSA 3QEPA 3ZLJA 1EQYA 5FPEA 4YNQA 3SI6A 1JJ2M 3SQ4A 1DT9A 3SNNA 3OBWA 1IG8A 3G0ZA 3U9ZA 5JVGL 3KTQA 2A1RA 4KFBA 4G1QA 4DG1A 2QWNA 4J2EA 4GY2B 3FZMA 1JLQA 1KAXA 3EZWA 4CBXA 3ATUA 1RDDA 2HVHA 2IAJA 3TI0A 1T03A 1LW2A 4YHHK 4BR9A 4KPYA 3SPZA 3VQQA 3AVGA 3QESA 3BZCA 3LANA 3WNFA 4CJSA 4YDUA 1NGAA 1T7PA 3VEVA 3HPHA 4CK3A 4LF8K 3OA9A 4B9VA 1R0AA 2YNGA 3OHRA 4BACA 3DLHA 4FJXA 3BY5A 1T05A 2YNFA 2CGLA 1NG9A 4W5NA 4ISEA 2YNHA 5AQQA 3AY9A 3FZHA 4E19A 3MN5A 1VSLA 2O4GA 3L2WA 3P31A 3CHWA 3PV8A 4LF5K 2E88A 3NH2A 1FKOA 2AA4A 3EKSA 4ZTJA 1SL1A 4PY5A 4IO9L 2D0OA 2E2PA 3TWHA 4E1MA 4GNIA 2OPPA 3NE6A 4BR5A 4NCAA 3DYAA 2ZD1A 1P90A 2FBYA 4JS4A 1U49A 2G8HA 4Z94A 4DF4A 4BG9A 3A5LC 4QAGA 4KHWA 2EWSA 4CJLA 3EL2A 4KH6A 4E7LA 4O4GA 2GWJA 3TAEA 4A61A 1T3VA 2VWJA 3PUFA 4JI4K 2UU9K 3LZJA 3VGLA 3FGUA 4I7FA 4BRHA 3V9ZA 3CC4N 1Q9XA 3RVCA 4FPAA 2O8FA 4BRNA 1ASVA 2EHGA 3F9MA 3ZT3A 3SUQA 4ELVA 4A2AA 3VPZA 3CERA 3MAQA 4OO1J 3HP9A 4B9SA 1NKBA 1GLAG 2BANA 4BQZA 3DJCA 2O8BB 3PLAA 3U3YA 3KZBA 4Z4CA 4PUOA 4YOWA 1RT2A 5GIOA 1KQSM 1IBKK 4BE0A 4NXNK 3L3VA 1WAJA 4HCCA 3AVKA 1HNWK 3CFPA 4DTPA 2E1ZA 1LWCA 2FBVA 4JLHA 1LWEA 1XMQK 3O3HA 2VWKA 3LAMA 4MO5A 3SK3A 3Q7BA 1TKXA 3VQ8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4CZG A;  4ELT A;  4BRP A;  4QOZ B;  3HO1 A;  4CJT A;  4JKE A;  1NJW A;  1XUP O;  5TKY A;  1K8K A;  2KLA A;  1MDU B;  2HHX A;  2UXD K;  1Z6R A;  4NYN A;  1C1C A;  3PO5 A;  1RDA A;  4FWL A;  2DPN A;  1VSH A;  3ATV A;  2GUI A;  3I8B A;  4FJN A;  2QWO A;  4FPB A;  1EWQ A;  3HPG A;  4NB4 A;  5FRN A;  3CM6 A;  1QHT A;  4BDZ A;  5AZI B;  4B1U B;  4ILJ A;  1A5W A;  2GV9 A;  4AHT A;  4PKI A;  5F1X A;  1J54 A;  1X9M A;  2WFB A;  4B8C A;  2GBZ A;  1HJR A;  2D0A A;  3QML A;  1VQ4 N;  2FBT A;  3O4N A;  1NU0 A;  3SAF A;  3KK1 A;  1E3M A;  1DEJ A;  1L3U A;  2O4I A;  1NKC A;  1TUY A;  4BRM A;  4PHT X;  3SUO A;  5M1F A;  4F2R A;  4IKF A;  1ZC6 A;  2YHA A;  5JLH A;  2V7Z A;  4AHS A;  5HRP A;  4KBO A;  3V81 A;  3QEI A;  4DQP A;  4H0Y B;  3ULE B;  4CZK A;  3JS6 A;  3KVG A;  3S3N A;  3E9O A;  5AR0 A;  3E9L A;  3MXM A;  5KGW A;  3AVI A;  2P9K A;  5KGX A;  4JI7 K;  2ATQ A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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