3VPTA

Crystal structure of bombyx mori sigma-class glutathione transferase in apo form
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
203
structure length
203
Chain Sequence
b'PNVKFYYFPVKALGESQRLLLAYGGQEFEDNRISSENWPEFKPKTPFGQMPVLEIDGKQYAQSTAICRYLGRKYGLAGANDEEAFEIDQNVEFLNDIRASAASVHYEKDEAVKAKKKAELEETKYPFFFEKLNEILTKNNGHIALGKLTWGDFVYAGMYDYLKAMLQKPDLEQKYPAFRKPIEAVLAIPKVKAYVDAAPRTEL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a Bombyx mori sigma-class glutathione transferase exhibiting prostaglandin E synthase activity
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutathione S-transferase sigma
source organism Bombyx mori
molecule tags Transferase
total genus 77
structure length 203
sequence length 203
ec nomenclature ec 2.5.1.18: Glutathione transferase.
pdb deposition date 2012-03-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02798 GST_N Glutathione S-transferase, N-terminal domain
A PF14497 GST_C_3 Glutathione S-transferase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1050.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 3vptA02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3vptA01
3OR5A 1N2AA 1TRVA 2TRXA 1A24A 4XS1A 3O76A 5J9CA 3IC4A 5IO0A 2HZEA 4GTUA 2LJRA 4XTSA 4J57E 4OWYA 3HHVA 1G0TA 1FG4A 2HSNB 3M9JA 1R26A 14GSA 1J0FA 1YEXA 1VGLA 3ISOA 3WGXA 4ECJA 1GL8A 2ES7A 4G9HA 1EGOA 4EVMA 1FAAA 5ECNB 3UAPA 3ED3A 19GSA 4LMVA 2BJXA 4ML1A 1S3DA 5CRHA 3KIJA 4N30A 3F4RA 5HFIA 13GSA 1FO5A 2K9FA 2X8CA 3EU4A 1O73A 1A2LA 2VAFA 2F3MA 4IQ1A 4ZBBA 1XOAA 3CBUA 4L0UA 3F3QA 2L6CA 4AJ6A 1SL2B 1FVJA 1N8JA 5FT3A 6GSSA 3RAZA 1GLQA 3GURA 1MD3A 1I9DA 2FA8A 1EGRA 4I2UA 3KD0A 5IO2A 2A4VA 4N11A 1U87A 3VWVA 4IHUA 3WYWA 4IP6A 1AQVA 4WF5A 3RHCA 3TJJA 1GRXA 1U6TA 3WGDA 3QFAC 2HRFA 2HRNA 3PH9A 4K9ZA 4E8EA 1URMA 2X64A 4O7HA 2OE3A 2OBIA 3F6FA 3L4NA 4PXOA 3ZMLA 2H30A 2EIRA 1QGVA 2CX4A 2FWEA 3ZZXA 3EU3A 1T8EB 1XWBA 1WP0A 3BD2A 4XS4B 4WKWA 2E2GA 1VF3A 4FYUA 4EO3A 4EC0A 2OE1A 5KEJA 5ECSA 2GLRA 1E6BA 1ZZYA 3IAM2 2LQOA 3I6AA 4FIWA 3MSZA 2HRKB 2H0GA 3GX8A 2FCHA 4RUVA 3ME7A 1YEPA 3HJOA 3D4TA 5IIZA 4KSOA 5KN3A 1FB6A 4AJ7A 1WMJA 3IK7A 5CREA 3VI7A 4EUYA 3ERWA 1TOFA 2IFQA 3A5WA 4HI7A 1GWCA 1GP1A 2HZFA 2QKEA 4ZIJA 2GTUA 5ABRA 4GQFA 2RUFA 1PKWA 12GSA 4O32A 3HCZA 2IMKA 2VM2A 5JWRB 1SYRA 3APSA 3R2QA 6GSWA 1T4ZA 1XWKA 5C04A 2OA7A 2C3QA 4OO5A 4YAPA 9GSSA 4G2EA 3G7JA 3APQA 2GQMA 5CNWA 3L0HA 3JCML 3QAGA 3EMXA 1GNWA 3D5JA 3CSIA 2HFDA 3MWHA 2FWGA 3UARA 2WRTA 2IJYA 5G2ZA 2AHEA 2HT9A 1XWGA 2M46A 1ZGNA 1U3IA 3TJBA 2B1KA 3DKSA 4OFNA 4GCIA 3KXOA 3ZMKA 3M0FA 3ZLPA 2WULA 2GQKA 2VCWA 22GSA 2HI7A 1GUMA 1PQNA 4EL1A 3M8NA 2G0FA 1Z6NA 2VD1A 4K6XA 5ID2A 4N0ZA 3P90A 2WDUA 5H5QA 1Z9HA 2YNXA 2I3YA 1XIYA 5CYYA 4H86A 2LRCA 1A0RP 3FR6A 3ZIJA 4TXOA 2GS3A 4I5QA 4XRDA 1V9WA 4TR1A 4KDUA 1GSSA 1H75A 5G1LA 3FZ9A 4JBBA 2KOKA 2MMZA 2M80A 2D2ZA 1XWCA 1JZOA 1FB0A 2P0GA 5J9BA 1RK4A 1B48A 4EXJA 2H72A 1EP8A 2HYXA 2LRNA 2UZ8A 3DVXA 2IMEA 1OC9A 4POLA 4TXVA 1NSWA 1YKAA 2WJUA 1EWXA 2TRCP 5C00A 2VL2A 1PX7A 2H0IA 3IE3A 4BL7A 4PGTA 1OYJA 4D73A 4PNGA 1YZXA 5ENUA 4NMUA 1ZOFA 3GHAA 1RQMA 2CVDA 3PPUA 2DJJA 4WR4A 2R5GA 10GSA 4MPGA 2KLXA 2R6KA 3GL3A 4NPBA 3EMPA 2FA4A 4IP1A 3TRXA 4KE3A 5JCUA 6GSXA 4TR3A 4F2IA 3GTUA 3MNGA 1BAYA 1R5PA 2CVKA 1G7EA 2YWNA 2E0QA 4ZBDA 5IPGA 1QFNA 3BCKA 1BYEA 4NXIA 3A2WA 2JL4A 2PMTA 5F06A 4PQ1A 1B9XC 4L8EA 4KCEA 4YQMA 4HU9A 4LL4B 3EC3A 2MZCA 1UC7A 4MJCA 2GT6A 3HJMA 1XVQA 1ERVA 2O87A 3MAKA 2QC7A 2OADA 1J08A 1SJIA 5IMZA 4MJEA 1OE8A 1FOVA 1QUWA 1XOBA 1KEBA 1USBA 2V41A 3GIXA 3E0UA 3M9KA 1M7TA 3CYNA 1ON4A 4HDEA 3UVTA 5HR3A 1YQ1A 4BWSA 4K8MA 3VWWA 4IW9A 4KDXA 5DALA 3DIEA 3IC8A 2HSMB 3Q74A 3IRAA 5ECQB 4DSSA 1J9BA 2IIYA 3G7YA 1XCCA 3V1WA 2B6MA 1PN9A 5D9WA 2HE3A 5FWGA 2PU9C 4V2LA 2LRTA 17GSA 1SKWB 5B6NA 2I81A 1EP7A 2ZCTA 3ZL5A 3GH6A 2QSIA 2B7JA 2WS2A 1IYHA 2L57A 4YQUA 1SENA 4BVXB 1HYUA 4ZL7A 1ZYEA 2PPTA 3EVIA 5AGYA 2MBSA 2MMAA 1BJXA 4V2MA 3QCPA 3QFBC 4MMMA 4PTSA 3HJPA 1M99A 1PKZA 6GSUA 4BVYB 2P5RA 1LBKA 5H5RA 2HSYA 4IGJA 4QL9A 4DSRA 2GSQA 1SK1A 2YCDA 1A2JA 3I69A 1A8YA 3DRNA 5HQPA 5EY6A 2HNLA 2XPDA 3CTGA 2CVBA 1Z7PA 2VCTA 3L9VA 5JCWA 2CQ9A 5HR1A 1GLPA 1OE7A 3EYTA 2IN3A 3FHKA 2YOIA 5CAXA 2EC4A 1AIUA 2H71A 1G6YA 3IA1A 1M9BA 2REMA 2N5AA 1XBSA 6GSYA 2K18A 4TN8A 2VUPA 1F3AA 2YJ7A 2H19A 1ERWA 2H1GA 2H75A 1WRYA 2OACA 2F8FA 2AYTA 2CAQA 3D21A 4TVEA 4HZ2A 4EDYA 2YV9A 1K0BA 2VLTA 1ABAA 1NHYA 4L5OA 1XZOA 2IPAA 3FYGA 3GV1A 1Y25A 3TOUA 1OKTA 2JSZA 5D93A 3FZ4A 4MH3A 2JADA 1IYIA 1QMVA 3C8EA 2PERA 1GH2A 3QOUA 5GAND 3TUEA 3LYKA 3UIWA 3KP9A 3GSTA 5F07A 5GAPD 1TDIA 2E7PA 3GKMA 3FR3A 4ILFA 4XRAA 2V1MA 3Q18A 3GNJA 3R3EA 4ZBAA 4POKA 3F4SA 4Q5FA 5D73A 3LWAA 1OC8A 3FY7A 1M9AA 4AJ8A 2JU5A 3VK9A 3RPPA 1SYXA 4IJ3A 1PMTA 1XW5A 3EWLA 5L71A 3HVSA 2DSAA 4K1FA 3KGKA 1AQXA 4MP4A 2G2QA 1C72A 4JR4A 3H79A 2DMLA 1WPIA 5DQSA 3G7IA 4OMVA 5GSSA 3N9JA 4PQHA 2A2SA 2P5QA 3FRCA 2MMOA 4GF0A 5IOXA 2B7KA 2EIQA 1ML6A 3CSJA 3TKPA 3A2VA 4PUFC 2LNSA 4EKZA 1SJZA 3KM6A 3DMLA 3WT1A 5IMAA 3GH9A 3TJFA 4USSA 3RBTA 4FQUA 2HRAA 1TRSA 4DEJA 2RUEA 1M0UA 3NZNA 2J9HA 2GQLA 2DIZA 3I43A 4MF5A 2IL3A 4CDOA 1G6WA 3TKSA 1O81A 2YWOA 4AGSA 3J7Yb 4NV2A 5DJMA 4O92A 1PD21 3WD6A 5B6MA 2RM6A 2WFCA 4WBJA 2B1LA 4TW5A 5DCHA 3UEMA 3SWLA 2XBIA 4KCAA 5HR0A 1TW9A 5B8AA 2V6OA 2R37A 2AV4A 2Z9SA 4NV5A 1AC1A 1W4VA 3CXGA 4GSNA 2C0EA 2DJ0A 5D9XA 5IOWA 1GUKA 3F9UA 4G0IA 3MDKA 3VWUA 5ECIB 5LCZA 1KNGA 1NW2A 3DWVA 3PINA 2DLXA 3ZIVA 2I1UA 4FYCA 5ECHB 1ZYQB 1K0MA 2JSYA 4GRFA 2LUSA 1X9SB 4RI6A 2YANA 4PQIA 2LEGA 3N5OA 4TRXA 2PUKC 4E8HA 4LL1B 3UBLA 8GSSA 4LLRA 5AN1A 3KH9A 1XW9A 4HQSA 2WZ9A 4POBA 2ZNMA 4XHMA 3M1GA 1XWAA 5GSTA 3KZQA 3IBHA 3H8QA 1W89A 3FR9A 4Z7XA 2H73A 3IAS2 4HS1A 3DXBA 3LXZA 1ERUA 2PVOC 3W8SA 2K6VA 4ZB6A 2OKAA 3TJGA 2YWIA 4V1Ap 5IMVA 2PWJA 1QK8A 2ALBA 2FWHA 2KUCA 1HNCA 5A5KA 6GSTA 3GKKA 1MD4A 3HY2A 1DE2A 1JZWA 3DGQA 3IOSA 2HLSA 3GX0A 1AAZA 5DAKA 3E9JB 4GSTA 4G19A 5KN0A 1RW1A 5B7CA 2GGTA 4L0WA 2FD3A 3KCMA 2H1AA 4I2TA 2GSSA 4JE1A 4LMWA 1B9YC 5EVOA 4GLTA 4WF4A 1O7UA 1ACVA 4KAEA 5CRDA 4ZB8A 2BMXA 2FGXA 3GUSA 2K8SA 3CMIA 1T3BA 5ECKB 4MABA 2PGTA 1V2AA 1UVZA 2B5EA 3LQ7A 1X9WB 3SBCA 2DBCA 3VLNA 4Q5NA 2C0FA 5BMUA 2WGRA 1CQHA 3ZVJD 1PRXA 4JZQA 1EV9A 4MH2A 4OFMA 1X0RA 3ERFA 4K0GA 3DVWA 2CX3A 1JLVA 1U88A 3ERGA 1TXXA 4KX4A 2P31A 2H76A 11GSA 18GSA 1XFLA 1OC3A 3QAWA 2FHEA 1YJ6A 3BJ5A 2YWMA 2DC5A 5ECLB 1AXDA 4PUAA 1JHBA 5ID2B 1TRUA 4WEYA 3TKSC 3S9FA 2O89A 1G7OA 1EOGA 2L6DA 5JCGA 2VM1A 3KMNA 4TXOB 2DJ2A 3VI5A 1JLWA 4TR1B 4BPYA 3C7MA 1WWJA 4MZBA 5E59A 3HVVA 3TKSE 2A2RA 4TR0A 1GSEA 4G10A 1OC9B 3O3TA 3D6IA 4K7OA 2H1DA 2IMFA 1Z3EA 1T1VA 1GULA 1EOHA 2AB6A 2BTOT 3C73A 4G0LA 3O6TA 3EE2A 2R4VA 3GKXA 4EF0A 4F0BA 1WJKA 2F9SA 1FW1A 4GSSA 4BL7B 5A4VA 3ZTLA 4TR4A 3LORA 3FKFA 3VPTA 3LEFA 3L9SA 5J41A 5EPFA 2R3XA 3J7Yk 2NTOA 5F05A 3QD9A 3F8UA 4HEA2 3TJKA 4JR6A 4YAVA 1BG5A 3KJYA 4KDYA 1X5CA 2JZSA 3LFLA 3K8NA 4ZILA 3GYKA 3IPZA 2H8LA 4ISDA 4MJAA 4YQVA 5DCGA 2IMDA 2C3NA 2VD0A 1KBNA 1QXHA 4JEDA 5CRWA 2V6KA 2EIOA 4RQXA 1WIKA 3CRTA 5CRGA 3U6VA 1M2AA 4OD7A 3QPMA 2OJLA 4POMA 1GTUA 3LGCA 4MCUA 4KB3A 3RDWA 2FLSA 4KF9A 4NHWA 1TU8A 5ECOB 2XHFA 1TKDB 2YN1A 4X0XA 1MDKA 4KA0A 1K0NA 2YPMA 1UN2A 1SU9A 1YF1A 1PGTA 1Q4JA 4F0CA 5ELGA 4NAXA 2ON5A 3QAVA 4N0VA 1F6MC 4X1UA 1XW6A 3A3TA 5F8BA 5DALB 2VL3A 3HDCA 4DVCA 1TK8B 4IS0A 1GTIA 1OKDA 2XC2A 1VF1A 4X43A 1OAZA 5DJLA 2J23A 3KMOA 4XIHA 4DSSB 16GSA 3LG6A 2L5LA 2MYGA 2L4QA 5LNKe 1SK0A 2C0GA 2LJKA 1JFUA 4I97A 4IN0A 1YF0A 2GSTA 3I9V2 2DJKA 5CP1A 3P7XA 5A4WA 3HVXA 2GDRA 5IMCA 5J3RA 2OBKA 3UL3A 2TIRA 2X8GA 2VCZA 4XS6A 1THOA 3TKQA 4HJMA 1GSQA 4MA9A 3TDGA 4CW9A 2YV7A 2B5YA 1TI3A 5HFKA 2HQTA 1V58A 4Q5RA 3ZRDA 5D96A 2FWFA 4HOJA 3VPQA 3VURA 3FEUA 1EEJA 1TK0B 3D22A 4MK3A 1XXUA 1DBYA 1V98A 4ECCA 3P8WA 2JACA 2LKUA 4KUNA 4AF2A 1DSBA 2IMIA 3H4KA 4ZXGA 2RIIA 3F63A 4OCEA 1X9MB 1ST9A 1T4YA 5AIXA 2NBSA 5HFGA 1F9MA 2CV4A 2PVQA 1E2YA 1MEKA 3GKNA 4PURA 2O8VB 1M2DA 1O8XA 4XS4A 2B5XA 4K7NA 4K7IA 4RQRA 3L9UA 5IMDA 2H01A 2YZHA 4BA7A 4QL7A 4GQCA 3HYPA 2HRKA 4I8BA 3RPNA 3KH7A 3Q6OA 1PA3A 4KGIA 1LU4A 4ECIA 2GZZA 3HZ4A 4HU7A 3LJRA 2LJAA 1HQOA 2WCIA 1Z6MA 2X8HA 3U5RE 2HZEB 1K0CA 2ZUPA 2GZPA 5D9TA 2VCQA 3W8JA 3NIVA 3F3RA 1A0FA 4YH2A 1VF4A 4HUAA 4MZWA 1R5AA 1H4OA 3QR6A 1O85A 1Z5YE 2B3SA 1YY7A 3P2AA 4ML6A 2L59A 2DJ1A 2C3TA 2F8AA 2K8VA 3KP8A 3C71A 1MTCA 3D0ZA 3TGZA 2LV3A 2CT6A 2LTKA 3BOAA 2C1YA 1GTBA 4FO5A 1AQWA 2X99A 3PR8A 3GL5A 4HZ4A 5ECMB 1DE1A 1LJRA 3VWXA 2H70A 1K3YA 2VL9A 2C80A 3F0IA 3WT2A 4OFTA 1F2EA 5COHA 2CZ3A 3FZAA 1K3OA 4TOPA 1K0AA 3IHQA 3DEXA 5G30A 3F6DA 2H0HA 1U3AA 3LYPA 4DSQA 5DVBA 20GSA 4EDZA 2VCXA 5GZZB 1BX9A 4QQ7A 1TRWA 2L5OA 5IM9A 2H1BA 2GZYA 4TKYA 2VLVA 4CHSA 2WB9A 2H66A 1SD8A 2O7KA 3CTFA 3GRXA 2E2MA 4K0NA 4ACSA 2HXKA 4L5LA 1MDIA 5B8BA 1TTZA 2DMMA 4RI7A 2I4AA 3TCOA 4MF6A 2MBTA 1TJDA 1ZMAA 5DDLA 1X5EA 5CO3A 3GMFA 4ID0A 3DD3A 4V1Ag 1WOUA 3ZFLA 2N5BA 4P3YB 1GTAA 2KHPA 3ZYWA 1BEDA 4MJBA 3IV4A 5E4WA 1I5GA 3TRPA 1NM3A 3FW2A 4GXZA 4O5RA 2LSTA 5KN1A 1Y6EA 1UA5A 2GT5A 1X5DA 3GFKA 3F4TA 4NWYA 4IKHA 4GWRA 2IFQB 1TI1A 4K2DA 3ZFBA 1EEMA 4WR5A 1FVKA 2GSRA 3FZ5A 2NPBA 2VO4A 5EL8A 2FNOA 4HQZA 5D9VA 1JZRA 2I9HA 5ECPB 5A4UA 3QDNA 3ZREA 2CAIA 2H6ZA 1SKSB 1R7HA 4ZB9A 2AJQB 3BBYA 3IR4A 5AISA 1PL1A 2LS5A 3EINA 3UVHA 3AY8A 1BQ7A 3TOTA 4WBRD 3A2XA 3W6GA 1HNBA 1B4QA 1JZDA 2OE0A 1XVWA 1SKRB 1HNAA 1ERTA 4HJ2A 2F51A 4IJIA 1TK5B 4NHZA 5AIVA 1GSFA 3TRQA 1HD2A 2VCVA 3IXRA 2M72A 1B4PA 5DAKB 1DUGA 4ECBA 1Z7RA 4F03A 1VRSD 4PNFA 3UJ1A 3WGEA 2MMNA 5F0GA 2NDOA 5IPHA 3HA9A 2CA8A 1T00A 2H74A 1B8XA 4BWQA 1ZL9A 1A23A 3M3MA 2HSMA 2H6XA 5KN2A 4EE0A 2DIYA 4JU5A 3GSSA 1EV4A 2AAWA 1OVNA 5INYA 1S3AA 5JWOB 2IWTA 2V32A 5J5NA 2H6YA 4KH7A 7GSSA 2ON7A 1GSYA 5H5SA 5DQYA 3US3A 4OO4A 5FHIA 4ZL9A 2VOCA 3QMXA 2DJ3A 3UMAA 4ULXA 2JZTA 3HD5A 5ECRB 4BVXA 1XPVA 5IQYA 4V2NA 3ME8A 2FY6A 1A8LA 2XPEA 2QGVA 3VFIA 4KSMA 2V2GA 3EURA 1SD9A 1WE0A 4D73B 3DYRA 4BVYA 1NHOA 1PX6A 1M2BA 4XCSA 3IDVA 2PBJA 1A2MA 4IBPA 3GA4A 5LD0A 4MLYA 2AUVA 1TP9A 4IQAA 2LQQA 3ZITA 1K3LA 1SL0B 1T7PB 2FUG2 3TB2A 2O85A 4PX1A 3KEBA 4F82A 4ZL8A 1VF2A 3UBKA 3NOFA 5ELAA 5IMFA 3E3EA 3GTUB 4G0KA 3BCIA 1SJ6A 3L78A 1GSUA 1V40A 3C1RA 2PN8A 1THXA 3UOMA 5G5EA 5DBQA 4F9ZA 2VIMA 4J56E 1PSQA 1K0OA 5HR2A 4IVFA 2C8UA 3KTBA 1KTEA 2VLUA 1CQGA 3APOA 1MDJA 4MPFA 2YJHA 4KW6A 6GSVA 3LSZA 5D8IA 1S3CA 2XBQA 4IELA 4FH8A 5JWQB 1GNEA 4WETA 4Q5QA 3ZVJA 2CZ2A 1QQ2A 5G1KA 4J2FA 3FK8A 3HKRA 3HZ8A 1AW9A 1F3BA 2C4JA 2GVPA 4KNDA 2YZUA 3PGTA 1O6JA 2KP1A 1ZCPA 3CRUA 2YP6A 1GSDA 1ILOA 1SK2A 2LNTA 1YDKA 3GN3A 2L4CA 5J4UA 2HSHA 1SL1B 4WXTA 4I6XA 3RHBA 1FHEA 1O8WA 1PL2A 2NVLA 1V57A 1F37A 4MDCA 3H1NA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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