3VQPA

Hiv-1 in core domain in complex with 2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-5-ylmethanol
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
152
structure length
141
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
total genus 50
structure length 141
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vqpA00
1C0MA 3M8RA 1HPZA 1RBRA 2FBVA 4DG1A 4W5QA 3SCXA 1KTQA 1D8YA 3L2WA 1SKSA 4ELTA 1HNVA 3IRXA 1SL1A 4FZYA 1TL1A 3KLGA 1RT3A 4FJKA 4W5OA 3LZIA 1ZYQA 4DSKA 4F2RA 2G8IA 3ASMA 3JSMA 3NF6A 1WAJA 2B5JA 4N56A 3SI6A 2KFNA 1WSEA 1RT2A 2E6LA 2D0BA 1F21A 3V9SA 3VQDA 3SYZA 3L2RA 1KFDA 4EP4A 3HM9A 2IDOA 3JYTA 4RW8A 1RDCA 4FLVA 4I7FA 3ZSOA 2XY8A 3TWHA 4BDPA 4KV8A 3OYJA 1NOYA 3PO4A 4CFDA 3QEVA 1W9HA 1CLQA 3AO1A 2RN2A 4K8XA 4FLYA 1YT3A 2KTQA 1FK9A 1CXUA 1HQEA 1Z26A 4DF4A 3PX6A 5HP1A 3AA2A 3G10A 1NJYA 4CESA 1C1AA 3MEGA 3OYKA 4DTRA 1IKWA 2PYLA 1S1WA 1NKCA 2D5RA 1JLEA 4KKOA 4NCGA 1BCOA 4KTWA 3IG1A 3HXMA 3KKRA 1C0TA 1EX4A 4DTXA 3DLHA 2VWKA 2YV0X 3O3FA 3LDSA 3SV3A 3SUOA 4KAZA 3ZCMA 1VRTA 3V9ZA 3DRPA 4KPYA 3T1AA 1J5OA 4G1QA 1TKDA 3NDKA 2VWJA 4B3OA 3NH0A 2G8FA 4N76A 1C6VA 4UQGA 2ATQA 3NF9A 1XWLA 3AO4A 4PUOA 4CGJA 1S1XA 3NF7A 4NCAA 3VN5A 3AO3A 2F8TA 3I8DA 2P51A 1QE1A 4DLEA 3MAQA 1L3UA 4H4OA 1BQMA 1JL2A 4BE1A 1NKEA 1JL1A 2P5GA 4FJ5A 3QEPA 2OPPA 1BI4B 4QOZB 3L3VA 5C24A 3M8PA 4M3WA 1BQNA 4FJ8A 5HROA 3IS9A 3AVFA 4O55A 3OS2A 3LAKA 1RBUA 1WSHA 1NK6A 1QSSA 3MXMA 4CEBA 1S6PA 4FVMA 4CHPA 1NK5A 1D9DA 3VQQA 1RDAA 4YFUA 1VSLA 1FXXA 3L2QA 1SKRA 2G8HA 1RT5A 1RT4A 3K2PA 5FDLA 1JLBA 3CM5A 4CJFA 4CJ4A 5E41A 3ZT1A 3PV8A 3S3MA 4J2DA 4E1MA 4FJLA 4FJ7A 1MU2A 4CJ3A 2X6SA 1VSFA 3SQ4A 2HHUA 1UWBA 3QERA 3CQ8A 1Q9YA 1X9MA 1WSIA 3MXJA 3NGYA 4ID1A 1LWCA 3OYLA 4KFBA 4FLTA 2XY6A 4Z4EA 3ZT3A 3DLBA 5DK5A 3RMAA 5HRSA 3P1GA 1J53A 1LWEA 4Z4HA 3HK2A 4PA1A 2HVIA 3VQ7A 1S9EA 3KLIA 4NYFA 3ZT2A 1ASWA 4Z0UA 3OJUA 3NE6A 4NYNA 3AVBA 4FM0A 4B8AB 3LPTA 3PX0A 2BANA 4CE9A 3G0ZA 4CFAA 2YHAA 4Z4CA 5C25A 3L2VA 1KLMA 3K57A 2Y1IA 2OYQA 4CF1A 3DMJA 3OVNA 3M8SA 4IFVA 3NHGA 3F73A 3O3GA 4FJNA 5HRPA 4WE1A 5FROA 3NH2A 3L3UA 3V6DA 4KHNA 2DTUA 4CHYA 1ZBLA 4HVJA 1EP4A 3MEDA 2FC0A 3V9XA 2QKKA 2HW3A 1Q9XA 4CECA 4CJQA 3PX4A 3RR8A 4W5TA 2OA8A 2DFHA 3QLHA 3OYIA 1KRPA 3C94A 2BGGA 3H08A 4DSEA 4M3YA 2HNZA 4IBNA 3U3YA 1RT6A 4JRQA 4DS4A 4FYDA 5J1EA 4LH4A 4O5BA 4CF0A 3OYMA 1S6QA 2RPIA 1L3TA 4FM1A 1LV5A 4EZ6A 2HB5A 4HCCA 3KLFA 4RW9A 3AVKA 3TAMA 4E7JA 1GOAA 4OVLA 5KTQA 3AV9A 2YHBA 4CJTA 4DTNA 3A2FA 3SJJA 3QIOA 3LZJA 4E3SA 4DFKA 4E7LA 3V9WA 4CHOA 3CM6A 3RRGA 4DWIA 4E1NA 3QEXA 1KVBA 3DI6A 2WOMA 1EXQA 4BDZA 4FM2A 3TAEA 3QNOA 4ZTJA 3MEEA 1T03A 1QSYA 2HMIA 4FJJA 5FRMA 2KFZA 3TAGA 2KZZA 5SZTA 4KI4A 3HJFA 2KQ2A 3OYFA 1IH7A 4AH9A 4CJLA 3P5JA 1JXEA 1A5VA 2YNGA 4CHNA 3OS1A 4BDYA 4FJMA 2JLEA 2GUIA 1BHLA 1GOBA 3TANA 2ITGA 2DFFA 4KHUA 4B9NA 2Z1GA 1SV5A 1U04A 1TGOA 1NJXA 2ZD1A 4CEOA 4CJ5A 4CEDA 1S1VA 4KB0A 3ZSRA 3OYAA 1RDDA 4GMJB 1NK8A 4M3TA 3IAYA 1S5JA 1VSIA 4NCBA 1FKOA 2IAJA 4BWJA 4YNQA 1SL2A 3TAFA 2G8KA 3VA0A 1JLFA 4CJPA 3VQBA 3DLRA 4ZHRA 4Y1DA 4DFPA 1WAFA 1CZBA 5KI6A 2G8UA 4OKKA 4L8RB 1A5XA 3F9KA 1NJWA 4B9VA 1I3AA 3OY9A 2HNDA 4LSNA 4BE2A 1DLOA 4AHVA 4O0JA 5HRNA 2F8SA 3O4NA 5J2QA 1Q8IA 1CZ9A 3KJVA 3V1QA 2B6AA 2O4GA 3T3FA 4FZZA 1I39A 4CEFA 1VRUA 2B4JA 1VSEA 4ID5A 1KCFA 1JLGA 4CERA 2AJQA 4CEAA 3P83D 1D5AA 4DU1A 1S9GA 4Q5VA 3KLHA 3L2UA 1U45A 4ELUA 4DSIA 1LW2A 1S1UA 2HHVA 4M3ZA 3VQ4A 3ZSZA 4FJIA 2HVHA 1NK7A 3HVTA 3KIOA 3KK3A 3NGZA 2PY5A 3S3OA 3OJSA 4LH5A 5KGWA 1JLAA 3EY1A 1LW0A 1VSMA 3SQ0A 1UOCA 5J2MA 3HT3A 3I0SA 3O3HA 3KKSA 1KFSA 2VG7A 3DRRA 3KK1A 4PWDA 1TVRA 4CJSA 4DFJA 3C6UA 4KREA 4HUGA 4C8NA 3HP9A 1WSJA 4FW1A 3HYFA 3LANA 3CYMA 4DQIA 3DLEA 3VQ6A 4LD0A 3BGRA 1XI1A 2OZSA 4EZ9A 4M3XA 1X9SA 4KHWA 3OYNA 1TK0A 4OLBA 1EETA 4J2AA 3OYCA 3E01A 3HO1A 3OYHA 3ZSVA 3DLGA 4F2SA 2X6NA 3ITHA 3WNFA 4J2EA 4Z4IA 4CJVA 3QIPA 4CJEA 3RMCA 4CCHA 1HRHA 4FLZA 1KLNA 4B08A 4FJXA 1DTTA 1TKTA 1YTAA 4KO0A 3EYZA 4C8OA 1D9FA 3TARA 4MFBA 2YNHA 4FW2A 1NJZA 5KRSA 4CJRA 1RTIA 4GVMA 3AO2A 4LSLA 4O0IA 4AHSA 1ASUA 2WONA 2X78A 1Y97A 3AO5A 4I2PA 3HVRA 4FLWA 1N5YA 1XHZA 2PZSA 4DFMA 4N41A 1VSKA 1R0AA 3WNGA 4OPKA 3NGIA 4FLXA 3SZ2A 2GV9A 4AHTA 4AHCA 3K5OA 4CIGA 1HYSA 4DSLA 4IDKA 3B6OA 5EU7A 1TKXA 1XC9A 3PY8A 1HQUA 3QO9A 1W0HA 4ELVA 2E6MA 4IFYA 5K14A 4CHQA 4E7KA 1RTDA 3V1RA 4IG0A 4DS5A 1JLCA 3SQ2A 3NFAA 4DSFA 4DQSA 4RW4A 3ZT0A 3NCIA 1LWFA 2XY5A 1U48A 2YKMA 3O4QA 5CY4A 3VQ5A 4DTOA 4H8KA 4JRPA 3SUQA 3SPYA 3TAPA 1TK5A 4FJGA 4B9TA 2O4IA 4OGEA 3QETA 5I3UA 4JS4A 2I5JA 4DQRA 3V81A 1VK0A 1A5WA 1RBVA 2IOCA 4B9SA 4QCLA 3DOKA 4CIEA 4KHYA 5CZ2A 2RKIA 2FBXA 3VA3A 2KZMA 3AA5X 4DMNA 1HNIA 1JLQA 3AA4A 3DRSA 3ZSWA 3RRHA 1IKVA 3WNHA 3ZSQA 3V9UA 3RMDA 4IG3A 3CFRA 1NK9A 1QHTA 1BCMA 2BE2A 1VSHA 1T8EA 2OZMA 3QEWA 4M3UA 4AHRA 4FK4A 5CZ1A 2Z1IA 5CYMA 4FK2A 2F96A 1O1WA 4OGCA 3PO5A 3K5NA 2IGIA 3LP0A 3QESA 2G8WA 4KTZA 4CK1A 4FJHA 3CG7A 1U4BA 1QSLA 1X1PA 3NBPA 4CIFA 4DU4A 3U6FA 2OPSA 4RG8A 1LAVA 3SQ1A 3I0RA 3L8BA 4KB1A 3VQPA 4E0DA 4E7IA 1HJRA 3AVGA 4EP5A 5JS1A 2NUBA 1BGXT 3AVMA 1KVCA 2XO7A 1RCHA 2EX3A 3AVIA 3LWMA 4MQ3A 4C8LA 4E89A 3SPZA 3OYEA 3WNEA 4E7HA 1UA1A 4Z4GA 3ALYA 3LP2A 1WSFA 1UAXA 2ETJA 3SNNA 2RF2A 4F4KA 1XHXA 3PUFA 4PQUA 4KRFA 4CGFA 4DLGA 3KK2A 3S3NA 4CEQA 4FCYA 3ZSXA 4DTSA 1U47A 3QINA 4HUEA 3HP6A 1RNHA 4M3RA 1TV6A 1C1CA 3AVJA 2XHBA 4C8KA 3FFIA 4FXDA 3SUNA 2FBTA 3SV4A 1J54A 4FLUA 3V1OA 4CK2A 5HRRA 5JS2A 2G8VA 4HCBA 4OKJA 4CEEA 4DTPA 4CEZA 2YNIA 4Y1CA 4XIUA 1QS4A 4N47A 4LY7A 4BWMA 4HTUA 3THVA 4DU3A 4PY5A 3D45A 3LPUA 3S9HA 3QEIA 3DOLA 2IS3A 3DM2A 3CFOA 2XY7A 3C6TA 4IKFA 1G15A 5T7BA 1RDBA 3KLEA 3NAEA 2DFEA 3D0PA 2R7YA 4DQQA 2HHXA 1SL0A 3AVHA 1KVAA 1CXQA 3EZ5A 3DLKA 4KTQA 1ASVA 2HHSA 5J2PA 1BI4A 1IO2A 1WSGA 3TR8A 4CFCA 4JS5A 1JKHA 1HYVA 2JGUA 4R5PA 1VSDA 4BE0A 4AILC 2FBYA 2HNYA 1B9DA 1WNSA 3K5MA 3SUPA 4KHQA 5DMRA 1FKPA 1C0UA 2D0CA 2VG6A 3AVNA 2HHQA 2IC3A 3ZSYA 1K6YA 1DTQA 4Q0BA 1S1TA 3QNNA 2VG5A 3DYAA 3RMBA 1TL3A 3K58A 3VQCA 4CGDA 3RTVA 2A1RA 4B9LA 2OPQA 4CGHA 3CFPA 4BACA 3NH1A 1T7PA 3KD1E 3K59A 2KW4A 5I42A 4KI6A 1ZBUA 1GOCA 1T05A 2Z1JA 1IG9A 1YTUA 5KGXA 2Y1JA 4H4MA 2ZE2A 3VQ8A 2XRIA 3V4IA 4F3OA 5CYQA 1ITGA 2D0AA 4O44A 1IKYA 1QTMA 1RTHA 2Z1HA 3AA3A 4CF8A 5SWMA 4DTUA 3UIQA 1ZBHA 4AHUA 5C42A 1TKZA 2E4LA 4E19A 1RBTA 3HPOA 2QKBA 1RBSA 4B8CA 4ZTFA 4I2QA 1NK4A 2YKNA 3VQAA 1N6QA 1TAUA 1HYZA 2PYJA 1UA0A 1Z25A 1ZBFA 4GW6A 3U3GA 2LSNA 3ISNC 3AVLA 1SKWA 3VQ9A 3LALA 1KSPA 3OYBA 4B9MA 4CF9A 4DTMA 2GBZA 4CJKA 2DY4A 4O4GA 4W5RA 1VSJA 3HPHA 1EKEA 4OJRA 1QQCA 3NF8A 4CK3A 4KHSA 2OPRA 2QK9A 1SUQA 4CF2A 4DQPA 4C8MA 4W5NA 1IKXA 1BIZA 2BDPA 5FRNA 1BISA 1LAWA 2Q3SA 4I9QA 3RWUA 2HHTA 1BL3A 2EHGA 3HPGA 4JLHA 4HUFA 3MECA 5HLFA 1NOZA 3AVCA 3HL8A 3LP3A 5KRTA 1U49A 4TSXA 3B6PA 3OYGA 4I9LA 3TI0A 4FJ9A 5D3GA 4F8RA 4HHTA 4CFBA 1REVA 1WLJA 4K8ZA 4OKEA 2QXFA 1WN7A 3BDPA 3MXIA 4OLAA 1L3SA 4DSJA 4DF8A 1BIUA 4FK0A 4CJWA 3KD5E 1RILA 1YVUA 1RT1A 1B9FA 5HBMA 3OYDA 3LAMA 2YNFA 4ICLA 4M41A 3VQEA 1HMVA 3HSTB 4CHZA 4CJUA 1C1BA 4M45A 4J2BA 4N5SA 1RTJA 3KTQA 3TABA 1L3VA 3RR7A 1JXBA 3T19A 3TAQA 1TAQA 1TK8A 1ZBIA 4CGIA 1B92A 2P5OA 1L5UA 4Z4FA 2HHWA 3K5LA 1NKBA 4F3TA 3ULDA 3M8QA 3C95A 4CGGA 2ZQBA 4M42A 4RW7A 4OPJA 2P1JA 3OS0A 1RT7A 1X9WA 3LP1A 4DTJA 4B9UA 3ZT4A 2X74A 1J9AA 2A1SA 3LWLA 5J2NA 4QAGA 1NK0A 4FZXC 4RW6A 2W42A 3AVAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HUXA 1RBRA 1D8YA 4ELTA 1SKSA 3H46O 3IRXA 5EOYA 1RT3A 4FJKA 4W5OA 3LZIA 4F2RA 3EKSA 3JSMA 2B5JA 2W41A 4N56A 3SI6A 1RT2A 3VGMA 2KHOA 1KFDA 5C12A 1RDCA 4KV8A 4CFDA 4K8XA 5BN8A 1YT3A 3DWLA 1FK9A 1IG8A 3A5OC 4DF4A 5HP1A 1NJYA 1OVQA 4CESA 1C1AA 5FPMA 2GEMA 2GX9A 5KPZA 2ZM6K 1NKCA 4KKOA 1C0TA 1EX4A 4DR2K 3VEOA 4DHYA 1XUPO 1TKDA 3NH0A 1NG9A 2G8FA 4N76A 2P9KA 4UQGA 3PLAA 1J6ZA 1GLEG 4BR2A 4DV4K 1IBKK 2E5LK 3TTFA 3AO3A 4IO8A 1JL2A 4B1XB 3MN9A 4FVMA 1NK5A 1D9DA 3VQQA 4A61A 1MDUB 1SKRA 4BREA 2PZSA 4BC4A 3DLBA 3K2PA 5FDLA 3CM5A 3E9PA 4M7YA 2X6SA 4YOTA 4ID1A 1LWCA 4FLTA 2XY6A 5HRSA 5GIOA 1C0GA 3VQ7A 2O8FB 4FWNA 4B1UB 4H0VB 1ASWA 2YJEA 3KWIA 3PX0A 1WUAA 3ULEB 3LPTA 4BGAA 4Z4CA 3L2VA 4CF1A 3DMJA 3F73A 5AJ3K 4FJNA 3VETA 4CZLA 1SZ2A 5H1SQ 3FZKA 4KHNA 4EAHD 1NLVA 3V9XA 2QKKA 4CECA 5B8HA 2FSKA 3PX4A 4W5TA 2OA8A 2DFHA 3QLHA 1BA1A 1KRPA 2BGGA 4DSEA 1RT6A 2QA4N 3SAHA 5KQ8A 2E8AA 3OYMA 1S6QA 2RPIA 3N4QA 1LV5A 4JK9A 4RW9A 5KTQA 4CJTA 3SJJA 2UUCK 4FOIA 3QIOA 3WXIA 1VQMN 4E7LA 3RRGA 3CM6A 4BC5A 4JI1K 3QEXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HUX A;  1RBR A;  1D8Y A;  4ELT A;  1SKS A;  3H46 O;  3IRX A;  5EOY A;  1RT3 A;  4FJK A;  4W5O A;  3LZI A;  4F2R A;  3EKS A;  3JSM A;  2B5J A;  2W41 A;  4N56 A;  3SI6 A;  1RT2 A;  3VGM A;  2KHO A;  1KFD A;  5C12 A;  1RDC A;  4KV8 A;  4CFD A;  4K8X A;  5BN8 A;  1YT3 A;  3DWL A;  1FK9 A;  1IG8 A;  3A5O C;  4DF4 A;  5HP1 A;  1NJY A;  1OVQ A;  4CES A;  1C1A A;  5FPM A;  2GEM A;  2GX9 A;  5KPZ A;  2ZM6 K;  1NKC A;  4KKO A;  1C0T A;  1EX4 A;  4DR2 K;  3VEO A;  4DHY A;  1XUP O;  1TKD A;  3NH0 A;  1NG9 A;  2G8F A;  4N76 A;  2P9K A;  4UQG A;  3PLA A;  1J6Z A;  1GLE G;  4BR2 A;  4DV4 K;  1IBK K;  2E5L K;  3TTF A;  3AO3 A;  4IO8 A;  1JL2 A;  4B1X B;  3MN9 A;  4FVM A;  1NK5 A;  1D9D A;  3VQQ A;  4A61 A;  1MDU B;  1SKR A;  4BRE A;  2PZS A;  4BC4 A;  3DLB A;  3K2P A;  5FDL A;  3CM5 A;  3E9P A;  4M7Y A;  2X6S A;  4YOT A;  4ID1 A;  1LWC A;  4FLT A;  2XY6 A;  5HRS A;  5GIO A;  1C0G A;  3VQ7 A;  2O8F B;  4FWN A;  4B1U B;  4H0V B;  1ASW A;  2YJE A;  3KWI A;  3PX0 A;  1WUA A;  3ULE B;  3LPT A;  4BGA A;  4Z4C A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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