3VQQA

Hiv-1 integrase core domain in complex with 2,1,3-benzothiadiazol-4-amine
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
152
structure length
144
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPYNPMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords POL polyprotein
total genus 53
structure length 144
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vqqA00
1Q9YA 4CEZA 3OYIA 4GVMA 4E7KA 2P1JA 4FLTA 3HPGA 2QK9A 3P83D 4CHZA 1QTMA 3LP1A 4KB0A 2HNDA 4W5NA 2QKBA 4DQSA 4E89A 2VG7A 2YNHA 4CEDA 1WSEA 2HB5A 3KD1E 4F3OA 4FJXA 3ULDA 3ZT3A 1HQUA 2HNZA 1RT2A 4CIEA 4LSLA 2KTQA 1TKZA 2D5RA 3DMJA 1S5JA 1T8EA 4M42A 4M3TA 4YFUA 4E1NA 4CFAA 3D45A 3L8BA 3AO1A 3KK1A 1LWFA 3M8PA 4KKOA 1XHZA 2F8SA 4BDZA 4B08A 3THVA 4CJ4A 2OPSA 4H4MA 2Y1JA 4MQ3A 4CIGA 4Z4HA 3TAQA 1NOYA 1KLNA 1C1AA 5HRRA 4M3XA 3AVFA 3AVKA 3OYEA 5I42A 1NK6A 1XWLA 4EP5A 5SZTA 4AHVA 1JL2A 4W5QA 1R0AA 4O0IA 3OYNA 4OKJA 3SPZA 1VK0A 4MFBA 3FFIA 4FLXA 4FLVA 4LD0A 3HSTB 1NJYA 4CHNA 4E7IA 4FJ8A 1TGOA 1S6PA 3KLEA 3KJVA 1C6VA 3WNFA 2KQ2A 2HHXA 1LW2A 4C8KA 1EXQA 4CHOA 3DLKA 1S6QA 3AVIA 3OYMA 4JS4A 4J2AA 3T1AA 1NK7A 3PX4A 3MAQA 4RG8A 3V1RA 4IG3A 2IOCA 4CEBA 3SV4A 4L8RB 3ISNC 1XI1A 1LWEA 1X9SA 4I9QA 4HCCA 4FLUA 1EKEA 4FJHA 1Q8IA 1QQCA 1S1UA 1FKPA 3AVNA 3HP9A 3O4NA 1TV6A 3DI6A 3BDPA 4O0JA 2XHBA 1U49A 3ZSYA 3AA5X 4HVJA 4DU3A 1L3SA 2G8FA 3HYFA 3DRPA 4E7HA 1U48A 4FK0A 5HRNA 4FJ7A 1B9DA 3LWMA 3KIOA 4RW4A 5SWMA 3LPTA 1QHTA 3VQCA 3VQEA 4ELTA 1BHLA 3JYTA 4CHPA 3U3GA 1BI4A 4M41A 4DSKA 4Q0BA 5J1EA 3RMDA 4KHQA 1RBSA 4DTJA 1UAXA 1SV5A 3IG1A 4IFYA 3ZT1A 5HRPA 3QEPA 3NFAA 1BIUA 2VWJA 2X6NA 1S1XA 3SUPA 4FM0A 3MEDA 3B6OA 3OYCA 5I3UA 3VQ5A 4CEQA 3OYDA 4CF9A 4DQQA 4DSFA 3SJJA 1ITGA 1LAWA 1JL1A 4CEFA 4EP4A 3L2WA 4RW7A 2X78A 4CJKA 3VQPA 1IO2A 3VQQA 3EYZA 3NGIA 2KFZA 1ZBLA 4CJWA 1KVCA 1A5WA 3ITHA 4LH5A 1U04A 1B92A 1QSLA 4J2EA 1X9WA 1X9MA 1HPZA 3IS9A 3ZT2A 2G8WA 1RBVA 1J53A 4FLYA 4DTNA 2JLEA 3OYAA 1G15A 3VQBA 4CJUA 1BI4B 1YVUA 3LZIA 5C24A 2JGUA 2BE2A 3KLIA 4DS5A 4C8NA 1RBUA 4CK2A 4HUEA 4B9SA 1VSMA 3KLGA 2RPIA 3M8SA 4DTPA 3S9HA 3S3NA 4CJ3A 1GOAA 2E6MA 1DTQA 1BQMA 2X74A 3K2PA 4CJ5A 2R7YA 2HHQA 2RN2A 2Z1GA 4KTWA 4E7JA 2IS3A 3OYLA 1HNVA 3SPYA 2QKKA 2F8TA 3DRSA 3DM2A 3VA0A 1S9GA 1TK5A 4Z0UA 4RW6A 1F21A 3PX0A 4O4GA 4W5TA 4DSEA 3SZ2A 3ALYA 3TWHA 4DS4A 1BL3A 5KGXA 3RRHA 3OJUA 3D0PA 1WLJA 4DTXA 3A2FA 4DFPA 1HYVA 4CEEA 4B9LA 4CF1A 4CFDA 3OVNA 3HP6A 4PQUA 3HO1A 2E4LA 4CGDA 4FJ9A 4DLEA 1IKVA 4M3WA 4ZHRA 4DSLA 3VQ8A 1K6YA 1CXUA 4FM2A 3KD5E 3MECA 2HVHA 1L3VA 4NCAA 4IG0A 3IRXA 2OZMA 3CQ8A 3SV3A 3ASMA 3PO5A 3P5JA 4CGJA 3SNNA 2FBXA 3QIPA 4FZYA 4CFBA 4CJTA 2XY6A 1NKBA 4FYDA 3K5MA 3CFOA 3T19A 2YV0X 4HHTA 5J2PA 1IG9A 2IC3A 3U3YA 4O5BA 2O4GA 4B9UA 3TAEA 3LAMA 3JSMA 4CJPA 5J2MA 3C94A 3HPHA 3NDKA 3V9SA 4ZTFA 4Z4IA 4KI4A 4WE1A 1TAQA 1TL3A 3NH1A 3QINA 2OYQA 4TSXA 3ZT4A 5HP1A 5KRSA 1JLEA 1QSYA 4B9VA 3AA4A 1YTAA 3OS0A 4DU4A 3RMCA 3CG7A 4FW2A 2YNIA 3M8QA 5KRTA 1GOCA 1FKOA 4DQPA 4FLWA 2KZZA 4B9TA 1QE1A 4Y1CA 3HT3A 4BE0A 2P5GA 2VG6A 1LAVA 4GW6A 4OKKA 1VSKA 2PYJA 2DFHA 4GMJB 3O3FA 4ELVA 2WONA 3V9XA 1UA1A 4CCHA 3ZSZA 3EY1A 5FRMA 3PX6A 1O1WA 1SL2A 1LW0A 4F4KA 3CFRA 1W0HA 1RTDA 1SL1A 4E7LA 3K58A 1D9DA 1S1WA 1RT4A 4BE2A 1KSPA 4KREA 4RW8A 1XHXA 2ITGA 2I5JA 3ZSQA 4AHRA 4DFKA 2BDPA 1VSJA 4H8KA 4DTMA 3RMAA 2P51A 4OPJA 4NYFA 1VSFA 2YHBA 4DF4A 4KPYA 3AO2A 4W5RA 3ZSXA 3SQ2A 2G8HA 3KLHA 1ZYQA 4M3ZA 3L2QA 4DTSA 4XIUA 4CFCA 1C1BA 4QCLA 4QAGA 4DQRA 1RILA 1DLOA 1A5XA 1KTQA 3UIQA 4UQGA 3I8DA 4FJMA 3TAMA 1WSJA 4N47A 2YNFA 2VWKA 4B9NA 3L2VA 4FZZA 4CHYA 1ASUA 5CY4A 1D9FA 1NK9A 3TARA 4K8XA 4KB1A 4IBNA 3TAFA 4KRFA 1WAFA 3HXMA 4DSIA 3AVLA 2B5JA 3TABA 4NCBA 4PUOA 5D3GA 5CZ2A 1SL0A 5CYQA 1Y97A 4HUGA 4NCGA 3VQAA 1SKRA 4IFVA 5FROA 4C8LA 4BACA 4RW9A 3KK2A 4BDPA 1JLFA 1A5VA 1TKTA 4M3RA 1EP4A 3NH2A 3O3GA 3L2RA 4AH9A 2VG5A 2XO7A 3SYZA 3VA3A 1NK0A 1L3UA 1RNHA 4FM1A 1N6QA 1HYSA 4PY5A 4CGGA 4FJNA 1NJXA 3DOLA 1RT6A 4N41A 3K57A 4OGCA 3OYHA 2IAJA 3PV8A 2A1SA 1SUQA 4AILC 1TKDA 3F9KA 4KHUA 3RMBA 3I0RA 4N5SA 3AVGA 4O55A 1JLCA 2DY4A 1LWCA 3HM9A 2NUBA 4CF8A 2AJQA 1S1TA 2ZE2A 2YKNA 3T3FA 3SI6A 1S1VA 3L3UA 3L3VA 1RCHA 1RBRA 4DFJA 2PYLA 2KZMA 2G8UA 4DWIA 3OS1A 4FK2A 3DOKA 3K5NA 3NF7A 1BQNA 2WOMA 3LDSA 2P5OA 5J2QA 1WN7A 4CIFA 1I3AA 5KTQA 4E3SA 4AHUA 4LH4A 1CZBA 4IDKA 3RRGA 1MU2A 2D0AA 3G0ZA 3LP0A 4CJRA 4FJKA 3O4QA 2FBYA 3DLHA 4CK3A 4CGFA 4M45A 4CGHA 1ZBUA 4AHCA 4CEOA 3QERA 3QEWA 1C0MA 4BE1A 4JRQA 1NKEA 2BANA 1REVA 4KHYA 1Z25A 4FVMA 4OVLA 4AHSA 5DMRA 3RWUA 3OYFA 3SQ1A 1KRPA 4KAZA 3NH0A 1J54A 1U45A 4DTUA 4OKEA 4EZ9A 1RT1A 3HJFA 3DLRA 1RTJA 3AV9A 4CF2A 2HHWA 3QIOA 4KTZA 1RT3A 5C25A 4I9LA 4ZTJA 4B3OA 4W5OA 4F2RA 3VQ6A 4CECA 4FJIA 1RTHA 2RKIA 1XC9A 2IGIA 2OZSA 2HHUA 1S9EA 1UWBA 1WNSA 3DRRA 3AA2A 3ZCMA 3V81A 2W42A 4F8RA 3LP3A 2Y1IA 2ATQA 4N76A 4KI6A 4DG1A 3HL8A 3V4IA 3M8RA 3OY9A 3QEIA 3MEGA 2HNYA 2YKMA 1WSIA 3VQ4A 5HROA 4KHSA 4OLAA 2ZD1A 3CYMA 4DTRA 1HJRA 1TKXA 1TAUA 4E0DA 4FJGA 3DLEA 3VN5A 3NF9A 4B8CA 3V6DA 4LSNA 3EZ5A 3AO3A 3OYGA 3LZJA 3QEXA 3SQ4A 2OA8A 4J2BA 1VSLA 3NGYA 3MXIA 3O3HA 5CYMA 2GBZA 2OPRA 5C42A 1ZBHA 3MXMA 4BWMA 3OJSA 4EZ6A 4B8AB 3ZT0A 3H08A 2HMIA 2G8IA 1VSEA 3NHGA 3KLFA 4DSJA 3ZSVA 3RR7A 3V9UA 2Z1JA 4M3UA 3L2UA 2F96A 1VSIA 1HRHA 2GUIA 4CEAA 3WNGA 4I2PA 4NYNA 4HTUA 3TI0A 3QO9A 4K8ZA 1TL1A 3I0SA 2XY7A 1UOCA 2B4JA 3QESA 5HLFA 1JXBA 2PZSA 5KI6A 3PO4A 2FC0A 3QETA 2Q3SA 1VRTA 3AO4A 3KKSA 1T7PA 4ICLA 3NBPA 3AVCA 3MXJA 2YNGA 1HNIA 1KVAA 1CZ9A 1RBTA 3ZSWA 3LALA 4DF8A 3ZSRA 1ZBIA 4F2SA 3S3MA 2HVIA 4JRPA 1KCFA 1FXXA 3V9ZA 3SUNA 3QNNA 2D0BA 3AA3A 5J2NA 3RR8A 4HCBA 4DTOA 4CJFA 3AVBA 2A1RA 4C8OA 4CE9A 4CJQA 1RDAA 1WSHA 3NGZA 3NAEA 3S3OA 1C1CA 3AVMA 1L5UA 2HHTA 3NE6A 1UA0A 1QS4A 4Y1DA 1KFDA 1YT3A 3KKRA 3PUFA 3V9WA 3C6UA 1U4BA 4FJJA 3LANA 3VQDA 3OS2A 4M3YA 4KFBA 4C8MA 1TVRA 3NF8A 2X6SA 2ZQBA 1CXQA 4DU1A 4DFMA 1NJWA 3OYBA 1KLMA 1D5AA 1C0UA 4Q5VA 4B9MA 1GOBA 2Z1IA 4FW1A 3TAGA 1JLAA 1EX4A 3QNOA 2D0CA 3SQ0A 4O44A 4CJEA 3WNEA 4KHNA 3QLHA 3OYKA 2G8KA 1RT7A 4HUFA 3K5OA 1DTTA 3PY8A 4Z4FA 2HHSA 1L3TA 4F3TA 4QOZB 4ID5A 1LV5A 2OPPA 4I7FA 5JS1A 1RDBA 1ASWA 1RDDA 2XY8A 3V1OA 3TR8A 4CESA 5JS2A 1VSDA 2PY5A 3VQ7A 5EU7A 2EHGA 5HBMA 1NK8A 4CGIA 4FJ5A 4PWDA 2FBVA 3LP2A 3V1QA 4DMNA 4E1MA 1N5YA 4DLGA 2RF2A 4JLHA 4YNQA 3TAPA 3HK2A 1BISA 3RTVA 4FJLA 4CHQA 3F73A 1JLQA 4FZXC 2KFNA 4G1QA 3NCIA 4IKFA 5FDLA 4CJVA 1JLBA 2Z1HA 1I39A 3HPOA 5FRNA 1WSFA 2EX3A 3U6FA 1KFSA 3LPUA 4R5PA 2HHVA 1HMVA 2LSNA 1IKXA 4FCYA 4JS5A 1U47A 5DK5A 2QXFA 4KHWA 3E01A 2OPQA 1IKWA 3AVHA 3K5LA 1NJZA 1TK0A 1BCMA 3G10A 1KVBA 3SUQA 1RDCA 2BGGA 1RTIA 1RT5A 1C0TA 3WNHA 2DTUA 3VQ9A 3B6PA 4CERA 4N56A 4KO0A 4I2QA 5E41A 5K14A 3AVJA 3CFPA 1HQEA 3DYAA 1JXEA 4KV8A 1X1PA 1J9AA 1EETA 3KK3A 2XRIA 5T7BA 1HYZA 3HVRA 4CK1A 1SKWA 5KGWA 3C95A 2XY5A 1BIZA 2DFEA 2DFFA 3P1GA 4Z4EA 3KTQA 5CZ1A 1WSGA 3AVAA 1D8YA 1VSHA 4FXDA 3HVTA 1IH7A 3CM5A 1FK9A 1Q9XA 1JKHA 4LY7A 1NK4A 1W9HA 4CJSA 3IAYA 4BDYA 3SCXA 2GV9A 1QSSA 4KTQA 1B9FA 3QEVA 1IKYA 1VRUA 1TK8A 4Z4CA 4OLBA 2HW3A 3DLGA 1T03A 1CLQA 2E6LA 3C6TA 4Z4GA 4PA1A 4H4OA 2YHAA 2O4IA 4ELUA 4AHTA 4E19A 1BGXT 2FBTA 3SUOA 2IDOA 3DLBA 4ID1A 3ZSOA 1YTUA 3NF6A 1SKSA 4OGEA 1J5OA 3MEEA 4CJLA 3K59A 3BGRA 4BWJA 3AO5A 2B6AA 3OYJA 1NK5A 1NOZA 2G8VA 4FK4A 4OJRA 4J2DA 2KW4A 3TANA 1NKCA 3CM6A 4OPKA 4CF0A 3LWLA 1Z26A 1ZBFA 2ETJA 1BCOA 1JLGA 4FLZA 4DQIA 1ASVA 3LAKA 5HRSA 1T05A 1WAJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4E7KA 2FSJA 4GVMA 2YHXA 3CF5L 3LP1A 2QKBA 4DQSA 2VG7A 3VESA 4FJXA 3N4PA 3ULDA 2FXUA 3Q7CA 4LSLA 5H1SQ 2D5RA 4M42A 1S5JA 4YFUA 4E1NA 4CFAA 3D45A 1ATSA 2BH1A 3KK1A 1LWFA 1HX1A 3H46O 4MQ3A 4CI6A 1C1AA 1OH8A 4M3XA 3OYEA 5I42A 3W0LA 5BR8K 1N8RO 3FFIA 1TAUA 4CHNA 1TGOA 3KJVA 3WNFA 5JMVA 3VF6A 2KQ2A 1GLDG 3DAWA 3PX4A 5AQNA 3MAQA 1OVYA 5F1XA 3SV4A 4I6MB 4BC5A 4H0XB 1RGIA 4HCCA 1Q8IA 3HP9A 4PL8A 3DI6A 4PL7A 4AM6A 4M7XA 2G8FA 3DRPA 4JI8K 4E7HA 4KBOA 4RW4A 1GLBG 4X62K 3VQCA 1QHTA 3VQEA 4XH4A 1BHLA 4CHPA 4DV1K 1BI4A 5AQGA 3ZEUB 4U67L 4DSKA 1RBSA 1IBMK 1SV5A 2P9PB 4IFYA 5HRPA 3QEPA 3CJ7A 1BIUA 3SAFA 2X6NA 4FWKA 3OYCA 3VQ5A 2O8CA 1LAWA 4CJKA 4WFBL 2KFZA 2WFBA 1KVCA 2FLOA 1WOQA 4A2AA 1QSLA 1X9WA 1X9MA 3ZT2A 1YXQA 4QS8A 3C7NA 4FLYA 1JJ2M 5JLHA 4DTNA 3OYAA 4RTFD 3KLGA 4LC9B 2R7YA 3OYLA 3CJAA 1HNVA 1S9GA 5M1PA 5DM6L 3IDHA 4IEEA 5TKYA 3PX0A 2NZTA 2GUPA 3SZ2A 3ALYA 4DS4A 1BL3A 2ASMA 4M7YA 5BPLA 3OJUA 3D0PA 2YHYA 4DFPA 3A2FA 1HYVA 4PQUA 3OVNA 3HO1A 3G25A 1U2VB 1K6YA 3O9TA 4CZGA 4NCAA 4ISFA 2OZMA 3CQ8A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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