3VQQA

Hiv-1 integrase core domain in complex with 2,1,3-benzothiadiazol-4-amine
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
152
structure length
144
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPYNPMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
total genus 53
structure length 144
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vqqA00
4KHQA 4HCBA 4K8ZA 2RF2A 2P1JA 4UQGA 1QTMA 2PZSA 1FXXA 3ZSQA 3VQ7A 3OYGA 1RT5A 3SV3A 3HVTA 4ID5A 1KRPA 4FLZA 4OPKA 5DMRA 1W0HA 3ALYA 4EP4A 1BI4A 3AVBA 3VA3A 3AA4A 1SL0A 1NKBA 3BDPA 2I5JA 3T1AA 3ZSWA 4AILC 4W5NA 4B9UA 1BCOA 4CHOA 2VWKA 1QQCA 4LH4A 4DFMA 4BWMA 4CEBA 4BWJA 1L3VA 1SV5A 1EX4A 1JKHA 1Q8IA 1U45A 3ULDA 5T7BA 3KJVA 4FLXA 5HBMA 1CXQA 3LP3A 4CF8A 2KZMA 3OJUA 4YNQA 4W5OA 1ASUA 4Q5VA 2P5OA 3TAGA 3EYZA 3OYDA 1KVCA 4N76A 3V4IA 3S3OA 4OJRA 1Z26A 1CZ9A 1W9HA 3AVLA 1TKXA 3ZT4A 4I2QA 2ITGA 3AO4A 3QIPA 1TL1A 4CF9A 4HVJA 2P5GA 3CFPA 2ZE2A 3HPGA 4CGDA 4M3UA 2F96A 5CZ1A 1KLNA 1J5OA 2YV0X 4CF1A 3PO4A 3ZSXA 3THVA 4KKOA 1B9DA 3HPHA 3RMAA 4DSLA 4KHUA 2HHVA 1IKVA 3VQ9A 4M3XA 1WLJA 2GBZA 1D8YA 3AVJA 4AH9A 3LDSA 1SL2A 4M3YA 1JLEA 4B3OA 5KGWA 3HT3A 1WSIA 3L2RA 4C8LA 4E0DA 4IKFA 3V9UA 1HYVA 4B8AB 3QIOA 2BGGA 2O4GA 4FCYA 4FM0A 2QK9A 5C42A 4W5QA 1ZBLA 4H8KA 2OYQA 3MAQA 1KLMA 3KKSA 3P1GA 1HYSA 5JS1A 3K59A 4C8NA 1RDBA 4N5SA 4E7KA 2D0CA 3OY9A 3DLBA 1GOBA 3K2PA 4XIUA 3OYJA 4KI6A 4DSJA 1BGXT 4E3SA 3SUNA 3IAYA 3SI6A 1JLQA 2GV9A 4K8XA 3D0PA 4DSIA 4FK4A 4FK2A 5HRRA 1WSFA 4JRQA 4Z4HA 2HHSA 1WNSA 3QINA 3T19A 3RMBA 3AO5A 3DRRA 4B9MA 4DWIA 1T05A 4LD0A 1EXQA 1FK9A 3QNNA 1J53A 1C1CA 3VQAA 1N6QA 4Z4GA 3CQ8A 1JLBA 1NOYA 1A5VA 4N56A 1S5JA 3NGYA 2HMIA 3HYFA 3VN5A 1HMVA 1JL1A 3OYAA 3QEWA 2G8VA 1RTDA 4DQPA 2KQ2A 4E7IA 5I3UA 3OS0A 1RBVA 1VK0A 2X6SA 4CFBA 4DTRA 3OYMA 2E6MA 4KO0A 3LZJA 3QERA 2Z1HA 3DLGA 1Y97A 3ITHA 4B8CA 3HM9A 3MXMA 4L8RB 4DQRA 1RTHA 4F3OA 4I7FA 2O4IA 3VA0A 1VSLA 2ZD1A 1TVRA 1ZBIA 4F3TA 3DMJA 1HYZA 2Z1GA 3SQ0A 4DTNA 1UA0A 3NHGA 4DSEA 1IKXA 1UOCA 3AA2A 3MECA 4E7JA 3NE6A 3AVGA 1XC9A 1RT6A 3JSMA 1RILA 3HK2A 4I9QA 4BE1A 2HVHA 1O1WA 4Y1CA 1LV5A 5KGXA 4DS4A 4CJ3A 1J54A 1REVA 3FFIA 3TAMA 1ZBHA 1C1BA 3VQ8A 3K5NA 2QKKA 3NBPA 3CM5A 1WSGA 4Y1DA 4FW2A 2D5RA 3IG1A 3U6FA 1JLFA 1XWLA 3LZIA 3WNGA 1ASVA 4CK1A 1ZYQA 1NK8A 2ETJA 4CJ4A 4DTMA 3SUQA 1B92A 3VQ6A 3AVKA 1VSJA 3I0RA 4HTUA 3O3FA 1SKRA 3I0SA 1S1XA 3T3FA 3C94A 3SQ4A 2OPQA 3QEXA 4NYFA 3M8RA 1VRTA 2XY6A 1BISA 1K6YA 3OYKA 3SQ1A 2KZZA 1CLQA 1JL2A 1BL3A 1IKWA 3PUFA 3OYEA 3K58A 4M3ZA 2VG5A 4OKEA 1D9FA 2KW4A 2OZSA 4QAGA 3V6DA 2XRIA 1VSHA 3F9KA 3NGIA 3QETA 4DSKA 1HPZA 4FJ7A 1CZBA 4JRPA 3AA3A 3MEEA 3CYMA 3VQ4A 2X74A 3ZSRA 3V9XA 3KD1E 2HHUA 3K5MA 2E4LA 1NOZA 3AA5X 1EP4A 2PYJA 2NUBA 4BE2A 1HQEA 2X78A 3AVAA 1B9FA 3HL8A 4I2PA 5SZTA 3NAEA 3CFRA 3QEVA 4FJ9A 2E6LA 2IOCA 4ICLA 4Z4IA 3NDKA 4DF8A 3OS1A 5J2MA 5I42A 1TV6A 4RG8A 4AHVA 4CEAA 2KFNA 4HUGA 1NK7A 1C1AA 1JLCA 1G15A 2JLEA 3JYTA 4M45A 3TAQA 3NH1A 4KV8A 1S6PA 3OYIA 3E01A 3A2FA 3V9SA 2F8TA 4BDPA 1RBUA 3UIQA 3DLKA 4IG0A 4DU1A 3PX6A 3IS9A 3TI0A 2JGUA 2YNHA 4OPJA 1L3UA 4O0JA 2Y1JA 1TK8A 2PY5A 4CE9A 1XI1A 4FJHA 1NK6A 4KHWA 1J9AA 3AVMA 4IDKA 3KK3A 4KREA 4OLAA 5HRNA 4DQIA 4FZXC 1TGOA 2D0AA 2DFEA 1C0UA 2A1RA 1UA1A 4C8KA 4FJNA 5KRTA 4ELUA 1KFSA 3PV8A 4FZZA 4BE0A 4DS5A 1L3TA 1RT3A 3V9ZA 5EU7A 1DLOA 2B5JA 3VQ5A 3ISNC 4H4MA 3OYLA 4Q0BA 2FBYA 3WNFA 3PX0A 2IAJA 3M8QA 5CYQA 1UAXA 1VSDA 2XO7A 4DQQA 2G8HA 3NF8A 4B9LA 3SUOA 1WSEA 3B6OA 3TR8A 2KTQA 4CEOA 4DTSA 4W5RA 3KD5E 3DLHA 1YVUA 4EZ9A 4M41A 3LP0A 3DM2A 3RMCA 3HP9A 5CZ2A 4O0IA 3M8PA 3HP6A 4QCLA 4J2BA 3VQDA 4RW8A 3G10A 3VQQA 3WNEA 4CJWA 2DFFA 1BIZA 4CCHA 4CEEA 1X1PA 1BHLA 2RPIA 2XHBA 4DU3A 1XHXA 3OS2A 4FJ5A 5CYMA 1RBRA 5HROA 3DLRA 3MEDA 2G8IA 1TKTA 1VSMA 4CJPA 3AO1A 1X9SA 3VQCA 1HJRA 4FM2A 1TAUA 4CIFA 3V1OA 3SPZA 4NCGA 4CHZA 3KK1A 3L2VA 2EX3A 2IGIA 1KCFA 3HJFA 1I3AA 3NFAA 3L3VA 4GW6A 2BANA 4JLHA 1RT2A 4DTPA 2IDOA 1LWFA 5J1EA 3QNOA 3SJJA 4CGHA 4OKJA 1L5UA 4FJLA 3PY8A 3V9WA 2OPSA 4F8RA 2HVIA 4RW4A 3DI6A 2VWJA 3C95A 3EZ5A 3L2UA 4AHSA 4CEFA 2Z1IA 4ELTA 1S9GA 2OPRA 3DOKA 1VRUA 4O44A 2XY7A 3SNNA 1RCHA 3V81A 4E19A 1Q9YA 3V1QA 3AV9A 3DRSA 4IBNA 1TKDA 3KLFA 4AHUA 3S9HA 4O4GA 4EP5A 4CJSA 1BIUA 4J2EA 2FBXA 2OZMA 4CK2A 2IC3A 4KB1A 2YNIA 3L2QA 1LW0A 3NF9A 4DMNA 3QEIA 3SCXA 3KK2A 1YTUA 1RTIA 3I8DA 1RBSA 3NGZA 2HW3A 3KLGA 5JS2A 3NCIA 3B6PA 2ZQBA 3IRXA 4O55A 4JS4A 4DU4A 1QS4A 3AVCA 4DTJA 4FK0A 4Z4EA 4DG1A 3RRHA 3LAKA 3HVRA 3TANA 3P83D 1S1WA 1VSFA 3DRPA 5E41A 4HHTA 3U3YA 1WSJA 4IFYA 3RTVA 1LAVA 3SPYA 1QSSA 2AJQA 4DSFA 5KRSA 4RW6A 5C25A 1D5AA 4TSXA 1X9MA 1SKWA 3VQEA 1RDDA 4FW1A 4KHSA 4KTWA 1U47A 5FRNA 1RDCA 4Z4CA 4F2RA 4MQ3A 1RT4A 1RBTA 3P5JA 5HRSA 2YKMA 1EETA 4CJVA 4ZHRA 3KIOA 1S9EA 1WN7A 4CHPA 1C0MA 3L8BA 2FC0A 2X6NA 4KPYA 3KKRA 4OGCA 4RW9A 4CFCA 1S6QA 2QKBA 1HQUA 1VSKA 2DY4A 4FJXA 4PQUA 4J2DA 2BE2A 3L2WA 3QESA 3SQ2A 4WE1A 3ZSVA 4HUFA 4BDZA 1NK5A 2D0BA 4ID1A 4B9SA 4C8OA 2BDPA 4E1NA 3MXIA 2G8KA 1MU2A 2YHAA 3HSTB 3NH2A 2WOMA 3K5OA 3KLHA 4CF0A 3ZSOA 1U48A 2HHWA 1S1TA 1TKZA 4DTOA 5J2PA 3KLEA 1SL1A 4HCCA 5FRMA 4ZTJA 2B4JA 5KTQA 5D3GA 1YTAA 2LSNA 4OGEA 2RN2A 3TAPA 3AVIA 1C0TA 3BGRA 4B9TA 1T8EA 1T03A 4KRFA 3LAMA 1Z25A 4LY7A 3ASMA 4CECA 1EKEA 1KTQA 5J2QA 1D9DA 3AVFA 1FKOA 3C6UA 3KLIA 4FLTA 4DQSA 5HP1A 1N5YA 4FZYA 3H08A 3ZSYA 4W5TA 5HLFA 4M42A 3C6TA 5DK5A 4CEDA 3OYBA 1RT1A 5KI6A 3LWLA 2DFHA 2YHBA 3S3NA 4CK3A 4B08A 3LWMA 1U49A 3SUPA 3ZT1A 3K5LA 1NK9A 4LH5A 3LANA 4G1QA 3KTQA 4HUEA 3AVNA 3DLEA 4BACA 4NCBA 5FDLA 4FJKA 4FJ8A 1ZBUA 5SWMA 4KTQA 1R0AA 4LSNA 1DTTA 1SUQA 4FLUA 3TARA 1ITGA 3OJSA 4FJIA 4ZTFA 3L3UA 2HNYA 4CEQA 3SYZA 1L3SA 1LWEA 1NK4A 1SKSA 4QOZB 4R5PA 1NK0A 1U04A 2Z1JA 3CG7A 1IO2A 4E89A 2P51A 4CHNA 5HRPA 3ZT2A 3SZ2A 2DTUA 3LPUA 3LPTA 4CJEA 3O3HA 3DYAA 1FKPA 4N41A 1QE1A 3NF7A 3RRGA 1UWBA 4CJRA 4GVMA 2W42A 4F2SA 3RWUA 1LWCA 4KHYA 3LALA 4FM1A 2Y1IA 4YFUA 4FJMA 3QLHA 2A1SA 1A5WA 2YNGA 4LSLA 1KVBA 4AHCA 4I9LA 2G8WA 1T7PA 2YKNA 2GUIA 3VQPA 1DTQA 3LP1A 4Z0UA 1BCMA 4PWDA 2F8SA 5K14A 1KVAA 1NJWA 4IFVA 3O4QA 3QEPA 3EY1A 3AO3A 2G8FA 2B6AA 5FROA 1LW2A 4DF4A 4KFBA 4KHNA 2HB5A 4CFAA 1BI4B 4KTZA 1YT3A 3WNHA 1IG9A 4PUOA 3RR7A 1RNHA 4CJKA 2VG7A 1IKYA 1JXBA 3ZT3A 3HPOA 3TWHA 1IH7A 5J2NA 4DTXA 1TAQA 1VSEA 3PX4A 1TK0A 2YNFA 2HNZA 4M3RA 1C6VA 3RR8A 3AVHA 1QSYA 3VQBA 1NJZA 1A5XA 3TAEA 2HNDA 4CHYA 4AHRA 2ATQA 4FJGA 4DLEA 4E7HA 1TL3A 2FBVA 1WSHA 2EHGA 4FLVA 4DFJA 3OVNA 4CIEA 4DFPA 4J2AA 1GOCA 1KSPA 1JXEA 1JLAA 3OYCA 2PYLA 2HHTA 1RTJA 2XY8A 2Q3SA 3NF6A 1JLGA 1WAFA 2WONA 4CF2A 1XHZA 1S1VA 3D45A 4H4OA 3ZT0A 1RDAA 2IS3A 1WAJA 4IG3A 4E1MA 4CHQA 3HXMA 1F21A 4M3WA 4PY5A 2RKIA 3O4NA 4OVLA 4JS5A 4FYDA 4CFDA 2VG6A 3TAFA 1NKCA 2HHQA 4CJTA 3PO5A 3OYHA 4FXDA 3ZSZA 4E7LA 3V1RA 4CESA 4DTUA 4CGGA 4CJUA 4CIGA 1Q9XA 3O3GA 4C8MA 4FLWA 1BQMA 3CM6A 1HRHA 3MEGA 1GOAA 3K57A 3QO9A 4MFBA 1NKEA 1NJXA 4KI4A 4B9VA 1KFDA 4CEZA 4DLGA 1TK5A 4NCAA 4NYNA 1VSIA 3OYFA 1X9WA 3MXJA 4Z4FA 4BDYA 5C24A 3OYNA 3TABA 4GMJB 1RT7A 2FBTA 4OKKA 3SV4A 3S3MA 2OPPA 2R7YA 4M3TA 3NH0A 1QHTA 1NJYA 4B9NA 4CJ5A 4CGFA 4FVMA 3AO2A 3F73A 3RMDA 4KB0A 1U4BA 4EZ6A 4O5BA 4OLBA 4ELVA 3ZCMA 3U3GA 1QSLA 3M8SA 5CY4A 3LP2A 3CFOA 4CJLA 1HNIA 4FLYA 4RW7A 4DFKA 4CGIA 1S1UA 4KAZA 2XY5A 3DOLA 4CERA 2HHXA 4FJJA 2QXFA 1BQNA 1I39A 1ZBFA 3G0ZA 4CJFA 2G8UA 1CXUA 2OA8A 4F4KA 2KFZA 1ASWA 1HNVA 4PA1A 4N47A 4CGJA 4CJQA 3HO1A 1LAWA 4AHTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4UQGA 2P1JA 3J7AP 1FXXA 1TUYA 4AQYK 1RT5A 4FLZA 5F2RA 4YOWA 4OPKA 5DMRA 4EP4A 1GLFO 3AVBA 1NKBA 4M7XA 3BDPA 3T1AA 4AILC 5CR4A 3G71N 1JKHA 5T7BA 4FWKA 4YOXA 2JWLA 2IVPA 3LP3A 2KZMA 4OX9K 2D0PA 4W5OA 4N76A 3V4IA 2QWOA 1Z26A 4EHTA 3U9DA 3CCVN 2P9PA 4U7BA 2ITGA 3QIPA 5CE3A 3EKSA 3DXKB 4KKOA 1B9DA 3HPHA 4DSLA 1V4TA 4JD2A 4KHUA 2HHVA 3SMPA 3LDSA 3L2RA 1WSIA 3AGKA 5AZJA 2BGGA 4H8KA 5KPRA 4JEPA 3CETA 1HYSA 4JI2K 4N5SA 3OY9A 3DLBA 4C1NK 1GOBA 3Q7CA 4NB4A 5KPZA 4KI6A 1BGXT 4E3SA 3IAYA 4K8XA 3SMSA 1YUWA 4Z4HA 3T19A 1IBLK 1T05A 1EXQA 3QNNA 3CC7N 3UKRA 4DR4K 4Z4GA 3QDKA 4GV3A 1NMNA 3C6AA 3QBWA 4DQPA 4E7IA 4FSVA 3BUZB 3OS0A 1VK0A 4JKAA 3U8XA 3ULEB 4DTRA 1QHAA 1JCGA 1XUPO 2BH1A 3LZJA 1BDGA 3QERA 2Z1HA 3DLGA 4CZGA 1YXQA 4I7FA 1TYQA 4DTNA 5AQZA 3VETA 1IKXA 1UOCA 3AA2A 3MECA 4DSEA 3CPEA 3AVGA 3NE6A 3QICA 3HK2A 3LDQA 3KWGA 2QWLA 2D1KA 3SK3A 2Q1NA 3KZBA 3H46O 5EY4A 3FFIA 1K8AO 4JI3K 1VQMN 3VPZA 1C1BA 3CPWM 3BEXA 3K5NA 1NLVA 1SAZA 4Y1DA 2D5RA 2GWJA 3IG1A 1XWLA 1C0GA 3WNGA 1ZYQA 3BF1A 2ETJA 3SUQA 1B92A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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