3VQQA

Hiv-1 integrase core domain in complex with 2,1,3-benzothiadiazol-4-amine
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
152
structure length
144
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPYNPMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
molecule keywords POL polyprotein
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 53
structure length 144
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vqqA00
1JL2A 4FLZA 4DS5A 1CZ9A 4OLAA 3ASMA 1SUQA 4DMNA 3OJUA 4I9QA 1BCMA 1SKSA 3ZT0A 4CJSA 3VQPA 3QEVA 1WAJA 3SUNA 4CJ5A 1LAWA 4KI6A 2P1JA 4FK4A 4EP4A 1ASVA 2HHSA 4CECA 5C42A 3AO1A 4CEAA 4CF0A 4ZTJA 1RBRA 1D8YA 3QNOA 1ZYQA 4Y1CA 1SKRA 4EP5A 4NCAA 4DG1A 3F73A 3KKSA 3QLHA 3OYHA 2OA8A 3KK3A 3AO2A 3RMCA 5DK5A 3NF6A 4DU1A 3TANA 4KHUA 3LANA 3O4NA 4GVMA 1C1CA 1NOZA 1S6PA 1VRTA 2ATQA 3QEXA 2HHUA 1HMVA 1NJWA 3SUOA 1IKXA 4O44A 4OGCA 3UIQA 4KI4A 4EZ9A 3V81A 4BACA 3G0ZA 1T03A 1QHTA 2D0BA 3HXMA 4F2SA 5CZ2A 1IO2A 3KLEA 4KHSA 1WSGA 4J2BA 1BQMA 1WN7A 1BCOA 2HNDA 3NGIA 3AO3A 4I2PA 2PYLA 4FJ8A 4CEBA 1JLGA 4CK2A 3SQ2A 2XY7A 3ULDA 1SL1A 1D5AA 4IG3A 5HRPA 1LAVA 4HUFA 4BWMA 4E19A 1JLFA 4CHNA 4KRFA 3V9WA 4DSIA 1C1BA 3OS0A 3TR8A 1TL1A 1HNIA 2YNFA 3QINA 3OYIA 1X1PA 4AHCA 3TAQA 1WNSA 3VA0A 1BQNA 3AVIA 4FLXA 5HBMA 5SZTA 4M3YA 2F8SA 4I2QA 1XC9A 1D9FA 2IAJA 4HCBA 1JLQA 3HVRA 4CIEA 3O3HA 3RRHA 1X9MA 4CESA 4JS4A 3AV9A 3NF8A 1QTMA 4W5RA 3DOLA 2O4GA 3SQ4A 3QO9A 1NK4A 3CM5A 3ZSZA 1U04A 3SUPA 2QXFA 3ZSRA 4E7IA 4FXDA 1N6QA 1TK5A 3NGYA 2IDOA 1C1AA 3C6TA 4E7KA 1CZBA 4F4KA 3P1GA 4CJPA 1RDCA 2XO7A 2VWKA 3HPGA 1VSFA 2BGGA 1NKCA 5EU7A 5DMRA 1FXXA 2HHVA 4CHQA 1JLAA 3WNHA 1RNHA 3TAPA 2FBYA 3K5LA 2YHAA 1X9WA 1BHLA 1RTHA 1Q8IA 2G8WA 4CJRA 1HQUA 4DSKA 5JS1A 4N5SA 3OYBA 3ZSQA 1TVRA 1RBVA 3C94A 1D9DA 3O4QA 3SCXA 4XIUA 2KZZA 1HJRA 4FLWA 3L2QA 2E6MA 2WONA 4N56A 3ZSYA 4RW7A 3KTQA 4B9TA 2QK9A 1VSEA 1VK0A 4DQSA 3RMDA 1J54A 1BIZA 1BL3A 4CJQA 4E3SA 3MEGA 4FW2A 5J2PA 3PY8A 1RBUA 4CEDA 3VN5A 3VQ4A 5J2QA 4CGGA 4M3TA 1HPZA 4IG0A 3RMAA 1LW0A 3BDPA 4E0DA 4O55A 1EETA 2HNZA 4PWDA 1VSJA 3LP2A 4OPJA 4CJTA 1NK0A 1TKXA 1HYZA 4CF9A 1Y97A 1YT3A 5KTQA 3LZIA 3CYMA 1J9AA 5FRMA 2A1SA 2WOMA 3AVNA 1IKVA 1XHXA 3PUFA 4M45A 3K59A 4HHTA 4R5PA 3OYDA 1L3VA 4F3OA 4B9NA 4CJKA 3RWUA 4DU3A 1RCHA 3KLIA 4DSEA 4OJRA 3OYCA 2Z1HA 1WSFA 1TKTA 3LP1A 3KLFA 4CF1A 1TGOA 4OKJA 1SKWA 1NKEA 1L3TA 1LWFA 3PO5A 1UOCA 5KGWA 1ITGA 1VSLA 4IBNA 4CK1A 4DTRA 1GOAA 4QCLA 3JSMA 3K57A 1NJZA 3VQ5A 1HQEA 3SV4A 3HPHA 4CF8A 1N5YA 2HHWA 1JXEA 4PUOA 1JXBA 1RT1A 1GOCA 3QETA 3HO1A 1O1WA 5JS2A 3NE6A 1NJYA 1TV6A 3V1OA 2BE2A 1LW2A 1C0TA 4O4GA 3HPOA 4E1NA 3MXJA 1LV5A 2VG5A 1W0HA 3U3GA 3O3FA 4DTXA 1U49A 3WNGA 2Z1IA 3S9HA 4BDYA 2G8HA 1S1XA 2IC3A 4B08A 3OYAA 2Y1JA 1Z25A 4FJNA 3C95A 1BI4B 4LH5A 1SV5A 3NF7A 4M3WA 2P5GA 4HUGA 1JLCA 3LZJA 3DRPA 3A2FA 3B6PA 1U45A 1NK8A 1T8EA 4O5BA 1RTDA 4ELUA 1REVA 2O4IA 1T7PA 2I5JA 3VQ7A 2HHXA 3MAQA 3AVGA 3T19A 3EYZA 1SL2A 3BGRA 2F8TA 4Z4IA 3LAKA 4Q5VA 3LP3A 3TAEA 4L8RB 4C8LA 1C0UA 2YNHA 3HYFA 4J2DA 1RT5A 4E7JA 3SPYA 4FZXC 4KTZA 3L8BA 4FLYA 3QEWA 4AHSA 3DLGA 2D5RA 4DTNA 2YNGA 4FCYA 4DFMA 3AA4A 5KGXA 5K14A 1CXQA 3QESA 3SJJA 3KIOA 1TKZA 4DF4A 1B92A 1TAQA 4B9LA 4RW4A 1S9GA 4RW9A 1RT2A 2BDPA 2PYJA 2DFFA 3D0PA 4CJWA 2G8VA 4QAGA 4PY5A 4DFPA 3SQ0A 1WSEA 1ZBUA 3H08A 4DQIA 2OPQA 1QQCA 4JRQA 3DLRA 4M42A 4Z0UA 4CHOA 4FJ9A 2KZMA 3KK1A 3KJVA 3LWMA 1RBTA 3LWLA 3RMBA 5J2NA 3NDKA 3DLHA 2ZD1A 1KVCA 1VSIA 1ASWA 4CIFA 1B9DA 3I0SA 1S5JA 5HRRA 1L3UA 3F9KA 1RT4A 5I3UA 4DFJA 3V4IA 3HM9A 3S3OA 1HYSA 1TAUA 4FJHA 4IFYA 4BE0A 4ID5A 3PX4A 4DU4A 1KFDA 1TL3A 2P51A 1RT3A 2X6SA 3SV3A 3AVAA 1S1WA 4ICLA 2QKBA 1KVBA 1RDBA 3L2UA 3WNFA 4KTQA 3NF9A 3L2RA 1RTJA 3M8RA 3IG1A 3VQEA 4YNQA 2DTUA 2OPPA 3OJSA 2IS3A 3CFRA 4DTMA 2LSNA 5HLFA 3L2VA 4KB0A 2HB5A 3DRSA 4NCGA 1XWLA 3CFPA 3SZ2A 5SWMA 2B4JA 3G10A 4CF2A 3RRGA 3LPUA 1J53A 1NJXA 2D0CA 3SYZA 4OGEA 4ZTFA 4KFBA 3V9XA 2AJQA 1NKBA 2EX3A 2FBXA 4KHQA 1J5OA 3VQAA 1F21A 2DFHA 4CHYA 2FBTA 3IRXA 3HJFA 3AA2A 4AHRA 4CJVA 3RTVA 3OYLA 1T05A 1TKDA 4KB1A 2A1RA 4C8KA 1UWBA 2PY5A 4CJFA 1CXUA 3M8QA 3DLKA 4FJIA 1R0AA 1YVUA 3B6OA 4H4OA 4C8MA 3THVA 4IDKA 2D0AA 1EP4A 1X9SA 4K8XA 4AH9A 1KRPA 4CGFA 5FDLA 2R7YA 2Y1IA 4HVJA 1WLJA 2IGIA 4RG8A 4G1QA 4CK3A 3D45A 4JRPA 4DWIA 2G8UA 2ITGA 3AO5A 3DRRA 3OYFA 1WSHA 3DLEA 4DSFA 4F2RA 4M3RA 4BDZA 4FJKA 1C6VA 4KO0A 2F96A 4I9LA 4DFKA 1BIUA 4H4MA 2ETJA 2OYQA 3U6FA 4NYFA 1KFSA 1LWCA 2JGUA 3ALYA 4DS4A 3AVJA 4KV8A 3AA5X 1YTAA 1IKYA 2E4LA 3AVBA 5CZ1A 5CYMA 3TABA 1A5XA 4F8RA 3VQDA 3AA3A 2RF2A 4GW6A 3MECA 3V6DA 2OPRA 4F3TA 1Z26A 1QS4A 1WSIA 3TAMA 2XY8A 4CERA 3AVFA 4RW8A 1EX4A 4PQUA 2YKMA 4LSLA 1VSMA 4O0JA 3OYMA 4B8CA 3K5MA 1SL0A 1G15A 1NK5A 4CGDA 4B9MA 1ZBLA 1A5WA 2RKIA 3HVTA 1UAXA 3ZSXA 3ZT2A 4CJLA 3E01A 1BGXT 3NH1A 2XHBA 4CEFA 2OZSA 1FKPA 3KK2A 1RT7A 1HRHA 4MQ3A 4CEEA 1LWEA 1TK8A 4AILC 3V1QA 3VQ9A 4LY7A 2Q3SA 4OPKA 1KLNA 3DI6A 2PZSA 1JL1A 3ZSVA 1C0MA 1I39A 3C6UA 3L2WA 3V9SA 3ZSWA 1U47A 1QSLA 3PV8A 3CFOA 3VQBA 1XI1A 3DOKA 3RR7A 4OKKA 3OYJA 1UA0A 4M3UA 5KRTA 4BE2A 4M41A 4W5TA 1EXQA 3NFAA 5I42A 3M8SA 4FW1A 2W42A 4JS5A 2GV9A 3ITHA 4MFBA 4FLTA 2NUBA 2OPSA 4CFBA 4K8ZA 1KSPA 2B5JA 2RN2A 3HSTB 3K5OA 3LPTA 3OYEA 1QSSA 1VSDA 4RW6A 1RTIA 4IKFA 4E7LA 1VSHA 4JLHA 3I8DA 3VQ8A 3NHGA 2XY5A 2ZE2A 1L5UA 4FJJA 1I3AA 2RPIA 4B8AB 2YHBA 3TI0A 4DSJA 3HT3A 3ZT1A 1S1TA 2XRIA 2JLEA 2VG7A 1GOBA 4CJ3A 4CFAA 2EHGA 5C24A 4HTUA 3U3YA 1HYVA 5HRSA 5HRNA 1Q9XA 3IS9A 3WNEA 4CEOA 2Z1GA 4C8NA 4I7FA 1IH7A 1QE1A 3QEPA 4CGHA 4CJEA 3HP9A 3M8PA 3NCIA 4C8OA 3AVCA 2KQ2A 2QKKA 3L3UA 4Y1DA 5J2MA 4CEZA 1HNVA 3SI6A 3K58A 1DTQA 5KI6A 3TARA 4NYNA 4N47A 4FZYA 4Z4GA 3T3FA 4BWJA 2GUIA 5HROA 2P5OA 3NAEA 2YV0X 1FKOA 3ZT3A 3VQCA 3V9ZA 2XY6A 1Q9YA 2YKNA 5CY4A 3ZT4A 4W5OA 4Z4CA 4CEQA 2VWJA 4FM2A 4DTOA 1JLBA 1CLQA 4Q0BA 1NOYA 1S1VA 2VG6A 4O0IA 2X74A 3EZ5A 3PX0A 2G8IA 4IFVA 4PA1A 3PO4A 3HP6A 4FVMA 4OKEA 5C25A 1BISA 4YFUA 1XHZA 4CGIA 3OS1A 4EZ6A 1NK6A 1IG9A 3O3GA 4DSLA 3OY9A 5T7BA 4FJXA 3AVMA 3S3MA 3DYAA 2FBVA 4TSXA 4J2EA 3V1RA 4NCBA 2HW3A 3SQ1A 3NH2A 3MXMA 3MXIA 3TAGA 4UQGA 2X78A 1KLMA 4DQPA 4CHZA 3QEIA 1KCFA 4CJ4A 4FJ5A 3KLGA 1W9HA 3LP0A 4AHUA 1RT6A 4FK2A 1ASUA 3LALA 1RBSA 4CGJA 1VRUA 4WE1A 3QIPA 5J1EA 3K5NA 4DQQA 4OLBA 2KTQA 3QERA 4FK0A 4B9VA 3LDSA 1U48A 1K6YA 1FK9A 3MEEA 3NBPA 4AHVA 4B3OA 5FRNA 3EY1A 2KFNA 4KTWA 4KHNA 3TAFA 3OS2A 1A5VA 2FC0A 1TK0A 2HMIA 5KRSA 1BI4A 3OYGA 4E7HA 4HCCA 4KKOA 3QIOA 3NH0A 2Z1JA 3DMJA 4DTPA 3PX6A 4FJLA 1DTTA 1MU2A 4CHPA 1ZBHA 3P83D 3OYNA 4AHTA 3VA3A 3ISNC 4KAZA 4CE9A 3DM2A 4OVLA 1B9FA 4H8KA 1UA1A 3TWHA 3V9UA 1RDAA 4B9SA 1S1UA 3CQ8A 1S6QA 3L3VA 4LD0A 4FJMA 3KD5E 3NGZA 3KD1E 2OZMA 2HNYA 1U4BA 2YNIA 1L3SA 4J2AA 4B9UA 2HVHA 4DTJA 1KTQA 3LAMA 3VQQA 3KLHA 1RILA 2B6AA 2DFEA 1EKEA 1JKHA 3P5JA 3S3NA 4KREA 1JLEA 4M3XA 1IKWA 5FROA 1VSKA 4Z4HA 3FFIA 2KW4A 4E89A 4DQRA 3HL8A 2G8KA 4DLEA 4BDPA 4CCHA 2HHQA 4FYDA 3HK2A 5CYQA 3CG7A 3ZCMA 4LSNA 1QSYA 3IAYA 2E6LA 4ELTA 4FJGA 1ZBIA 4KHWA 4DTUA 2HHTA 3T1AA 2DY4A 4Z4EA 2ZQBA 3I0RA 2GBZA 2G8FA 3MEDA 1NK7A 1S9EA 4HUEA 3RR8A 4DTSA 2KFZA 3JYTA 1WAFA 3SUQA 4FLUA 3VQ6A 4KHYA 4FLVA 5D3GA 4CFDA 4ID1A 4LH4A 4ZHRA 1WSJA 4FM0A 3QNNA 3SNNA 1NK9A 1KVAA 4W5NA 4ELVA 4W5QA 4M3ZA 3K2PA 5E41A 2X6NA 3ZSOA 4E1MA 1YTUA 4FZZA 4QOZB 1DLOA 3AVLA 5HP1A 3OYKA 4FM1A 4CFCA 3SPZA 4FJ7A 3AVKA 4DLGA 3AO4A 1RDDA 3AVHA 4BE1A 4DF8A 4N41A 4Z4FA 4CJUA 3OVNA 2IOCA 2HVIA 2BANA 3DLBA 3CM6A 4GMJB 3KKRA 4KPYA 4N76A 1ZBFA 4CIGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QWOA 3GG4A 1CZ9A 3ASMA 3OJUA 2WTUA 1Y64A 1SKSA 3BZCA 1YXQA 1ATSA 4DR3K 2P1JA 3A0IX 1RBRA 5JLFA 4Y1CA 3RVCA 3KKSA 3QLHA 3OYHA 4KHUA 3NF6A 4DU1A 3TANA 2ATQA 3QEXA 2HHUA 3JAMO 5KQ8A 1NJWA 1W2BM 4KI4A 4PKIA 3G0ZA 3HXMA 2D0BA 3F9MA 1BQMA 2HNDA 5EVZA 3NGIA 4JI7K 1XNRK 3BY5A 2PYLA 4JI0K 3ULDA 2UUBK 1KAYA 3VTHA 1LAVA 1QZ5A 4BWMA 4KRFA 3LDNA 4DSIA 1C1BA 4YY3K 1P8ZA 1GLCG 1X1PA 4YDUA 4CBWA 4FLXA 4O8KA 3VF6A 1D9FA 5AQLA 4FL9A 3ZX2A 3RRHA 4JS4A 3EN9A 3SMPA 3DOLA 2O4GA 3QO9A 2QI2A 4GKJK 3SUPA 3A5NC 4CZGA 1N6QA 4MO5A 1TK5A 1KD1O 4E7KA 4F4KA 3VPZA 3P1GA 1HX1A 5GAHP 2VWKA 3PIOL 1HKBA 3CJBA 3CJAA 3ENOA 2VGMA 2I7NA 3WT0A 4CHQA 5AQOA 1JLAA 1RDWX 3EZWA 1RNHA 2O8BB 3TAPA 2FBYA 2O8CA 5A2QO 5JS1A 2EWSA 3OYBA 5JVHL 3T1YK 1D9DA 2WONA 4N56A 4RW7A 3KTQA 1KXPA 1VK0A 5H1SQ 1BL3A 2IVNA 5J2PA 3PY8A 1OKJA 4M3TA 3RMAA 1LW0A 3U8XA 4O55A 4PWDA 1VSJA 3MMVA 4FPBA 1HYZA 4CF9A 3AGRA 4JI8K 4R5PA 4GVEA 4AQYK 4OJRA 2FLOA 2Z1HA 3Q7CA 1TGOA 2E1YA 2UYTA 1GOAA 2UXDK 2FSJA 3VQ5A 3GL1A 4H03B 4YHHK 3HPHA 3A5LC 2NZTA 3DWLA 1WB9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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