3VV8A

Crystal structure of beta secetase in complex with 2-amino-3-methyl-6-((1s,2r)-2-(3'-methylbiphenyl-4-yl)cyclopropyl)pyrimidin-4(3h)-one
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
387
structure length
358
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTFPDGFWLGEQLVCWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Conformational restriction approach to beta-secretase (BACE1) inhibitors: effect of a cyclopropane ring to induce an alternative binding mode.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 89
structure length 358
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-07-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vv8A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vv8A02
5P6HA 4YDGA 4GJCA 5P6KA 1T7KA 4Y3ZA 5P3IA 4BEKA 4J0YA 5P4PA 5P4LA 1ZSRA 3I7EA 5P7HA 1FQ4A 3VF5A 5P3EA 4ZEAA 5P8BA 1OEXA 3M9FA 5P82A 5OZNA 2B8LA 4Y3SA 1EPNE 1YM4A 4ACUA 4H3FA 3ECGA 1T7JA 3TPJA 5P4IA 3DCRA 4QJ6A 4TVGA 3PBZA 3PMYA 3SM1A 1XS7D 3EKWA 4HDPA 4OBGA 1RV7A 2IENA 4MC6A 2QNNA 1D4HA 1META 4LXMA 1MVPA 1EPPE 3T7PA 4ACXA 1MEUA 5P5MA 3IXJA 5P89A 2BQVA 3NDUA 5P6DA 3CKPA 2B8VA 1HEGE 4Z4XA 3BXSA 1C6XA 2Q54A 1OD1A 2P3CA 1WBMA 5P7YA 1W50A 5DR3A 4DV9A 5HU1A 1ODYA 3BGBA 3I6OA 2Q15A 3SA8A 3D1YA 4J17A 5P6ZA 1SH9A 5P6NA 2QNPA 4D85A 4RVXA 3UPJA 4OBFA 5SY2A 1DMPA 4M8XA 5UPJA 5AHBA 3NU4A 4J0VA 3OU4B 1D4YA 1DP5A 2BPXA 3T3CA 5P77A 5P4YA 3OHHA 3R0YA 5OZCA 4YD7A 4I11A 1D4LA 3EXOA 4GIDA 5P6WA 5P3JA 5P8GA 5P2CA 5OZJA 5P1CA 3EKVA 3L58A 4APRE 4F76A 1G2KA 1XN2A 3S7MA 2G1RA 4HLAA 4FAEA 1G0VA 2Q5KA 5OZAA 1D4IA 5P41A 4D89A 4D83A 4OC6A 3Q70A 2R43A 5KOQA 5P5CA 5P7MA 3L5EA 5APRE 4TRWA 4RRNA 5JG1A 5P4OA 3SABA 5OZMA 4PHVA 5P4ZA 4YD4A 3KFRA 2WF1A 1TSQA 5OZVA 5OZWA 1Q9PA 4FM8A 4QLHA 3SKGA 5I3YA 3OQFA 2FDDA 5P38A 5P5IA 3LIVA 7HVPA 5P3LA 1TCXA 1FFFC 5OZGA 4B72A 5P33A 5P54A 5P6UA 3L5BA 3S45A 4FSEA 1QBUA 1VIKA 2QMGA 2FDPA 5P34A 2HB3A 4YBIA 3LITA 1NPVA 2Q63A 3S85A 3EM4A 3K5FA 1HRNA 3INEA 3SFCA 2AQUA 5P3KA 4Y38A 1B6PA 4Y5EA 3SA5A 5P3SA 4XX4A 3CIDA 1GNNA 3WZ6A 4E43A 5BWYA 3LPIA 6UPJA 2R3TA 4JPCA 5OZHA 2FS4A 4ER2E 3GGXA 1FG6C 4Y5BA 2IEOA 1LZQA 5P4JA 2VA7A 5OZIA 1ODWA 5P0KA 4N00A 3EM6A 3Q6YA 3I8WA 2NNKA 3EL5A 5IS4A 1FMBA 3QP0A 4DJQA 1APWE 4QJ9A 1BVEA 5P8DA 3OXVA 5IVTA 2V10C 4LC7A 2ZDZA 4AA9A 3PLLA 3WB5A 2ER6E 1HPOA 1K2BA 2Q64A 4RCFA 2Q3KA 3O99A 5P73A 2PK6A 2SAMA 5P4FA 5EZXA 1PSAA 3KFSA 5P44A 3UDHA 2QZXA 3ZKMA 5P7FA 1JLDA 5P5YA 4A6CA 1FIVA 5P5HA 4MC9A 4NPTA 5P1JA 1NPAA 2G1OA 3O9EA 4CPQA 3D20A 4J1FA 3FIVA 5P3VA 4WY1A 3SM2A 3VF3A 1EEDP 1A8GA 3UQXA 5P7VA 3EKYA 4Z50A 3K4VC 2QI4A 4J5JA 5P2FA 1EC3A 3KM4A 4Q1WA 1IDAA 4RCEA 1IBQA 2BB9A 1EPRE 6APRE 3HW1A 4I8ZA 4CKUA 4Y5AA 4A4QA 2ZHRA 2G24A 2Q55A 4DJVA 4FRSA 4OBZB 5I3VA 3IGBA 5P8SA 3VCMA 3TOFA 3AUPA 3VYDA 4APEA 3HBOA 4DQFA 4FL8A 5P1FA 4DUSA 4I10A 5BRYA 4Y47A 2P3BB 1E80E 1VIJA 5P1TA 4Y3PA 3EBZA 5P04A 5P6LA 2AOEA 4EP2A 2JYSA 3GGAA 5P23A 2PWRA 2IL2A 1M4HA 4B1EA 1AM5A 4B00A 4OBHA 2BPVA 3URLA 3ZKXA 5P0BA 1DPJA 1LYAB 5P31A 1HVIA 1IVPA 3CYXA 4WTUA 4F73A 5HE4A 1A8KA 1EBWA 1HVHA 4RYGA 4Y5CA 4RVIA 3R1GB 5P3MA 4MC1A 5P4MA 5P5DA 2AIDA 2NXMA 3ZKGA 2WEBA 4FRKA 4X7IA 3EC0A 2NXDA 1EC0A 1CPIA 2I0AA 5P7JA 1SGUA 4Y3MA 5P5EA 5P35A 1BV7A 2HS2A 1C70A 4YCTA 3MSLA 4Y3FA 1BIMA 4RVJA 1FMUA 2FLEA 3QN8A 5P10A 1IVQA 1DAZC 3PWMA 3BGCA 2PWCA 3LIQA 1HXBA 3OQAA 4DQEA 5OZ3A 4DJPA 3JVWA 5P0NA 2ASIA 4YD5A 1SP5A 2OHQA 1FQ8A 4QGIA 5OYRA 4R91A 4Y4UA 5OZKA 1KJ4A 3TL9A 4EJ8A 3PSUA 4I1CA 4J1EA 4WY6A 3TLHA 3UDRA 5P7PA 1C6ZA 4LXKA 2NXLA 5P8NA 5HE7A 3PI5A 3GI6A 5P8QA 2NR6A 4FSLA 1Z1RA 4Y4XA 1LYWB 1HVSA 5P28A 1SMEA 2H6SA 3MSJA 5P0JA 5OZRA 2I4DA 5P8EA 4CPWA 2WKZA 4QJAA 1UH7A 3ST5A 3OU1B 1FQ6A 5P1AA 5KQFA 2F80A 2ZJMA 3OXCA 3URIA 2G27A 3PCZA 1B11A 5P83A 2I4XA 4DPFA 3QAAA 1WBKA 1HTEA 3S43A 5P6SA 2F3FA 5FIVA 5P14A 3EL4A 4L7GA 5P3AA 3L38A 5JFUA 5KQXA 5P86A 3T7XA 1FEJC 2QI0A 1SBGA 2NMYA 5P7IA 4F75A 3K5CA 3FV3A 3IA9A 1Z1HA 2V13A 4HDFA 1TZSA 3NYGA 3B80A 2AVQA 4I0IA 5P8KA 4DJWA 2XFJA 1QRPE 5B18A 3Q3TA 5P71A 2FXEA 5OZ4A 3UQRA 1LYWA 5P5WA 1YTHA 3KFPA 5OYQA 1A94A 3FX5A 1XE5A 5IE1A 3PSYA 2R9BA 4PZWA 5P6YA 5P64A 3OU1A 1AIDA 1AJXA 4F74A 2RKFA 5P6CA 1A30A 3TTPA 5HVPA 1IZDA 1XE6A 3RSVA 1F34A 4EJDA 2ZHTA 3WZ8A 4GJ9A 1HTFA 2WJOA 1AZ5A 5P5TA 1HVJA 1XL2A 3UFNA 4HDBA 1W5YA 4Y50A 5P8VA 2WEDA 4EJKA 4Y5NA 4EPJA 2QP8A 1RNEA 1RL8A 2OHNA 2HAHA 4YOAA 3TKWA 2B7FA 2BPWA 3VLAA 3O9BA 4B1DA 2OHMA 3ER5E 1EPOE 2ZJIA 3ZPUA 2QD8A 5P1PA 5P2DA 3TOGA 2WEZA 3DV1A 3VFBA 3KMYA 5DR4A 4GJDA 1SMRA 5OZSA 3UDYA 1HPXA 5AHCA 3IVHA 4EHCA 2QMFA 4FIVA 4NJVA 5P27A 5OZ5A 3ZPSA 5P2LA 3BRAA 4GB2A 4Y4TA 5DR0A 3BUHA 5P4UA 3QBFA 5P40A 1MERA 3GGUA 5P66A 5P5QA 3N3IA 3K5GA 5P6AA 4J0ZA 3O9IA 3OQKA 5KOSA 5P7BA 3ZKNA 2OHPA 3PWRA 2V12C 4XXSA 2J9KA 2AZ9A 3HD8A 1HIIA 1TSUA 5E5JA 1QBTA 2FNTA 5P45A 5OZ9A 3PCWA 5P2IA 4OC6B 5F00A 4R93A 5C9FA 1M43A 1PROA 3SA9A 5P1VA 1ZP8A 5P0GA 5P1WA 1UH8A 3DM6A 3URJA 2VIZA 5P2SA 5P2EA 3SPKA 2PH6A 1GVTA 1FF0C 4YE3A 5P8RA 3T6IA 4Z22A 4FS4A 3QPJA 5P2ZA 2RENA 1LF2A 1PSNA 3RTHA 1HEFE 3KDDA 4EXGA 5P0CA 5KQZA 1DIFA 4R92A 5P6IA 5P7EA 1B5FB 5IVQA 3O9AA 4LAPA 4OBDA 4GMIA 5OZPA 2NNPA 2OHKA 3OXXA 5OZ1A 1N49A 9HVPA 3NU6A 2VA6A 3OUCA 5P1IA 1YT9A 5P62A 1NH0A 4R5NA 4Y35A 3BVAA 5KR0A 2WHHA 5OZYA 3VEUA 1W5VA 3WZ7A 3NR6A 5P01A 3EL9A 4OBJA 1FMXA 2PMAA 3OGQA 4B05A 4RYCA 1T6EX 2O4LA 1HBVA 3PI0A 4TVHA 3RTMA 4Y3LA 5P2TA 5P2BA 5P3NA 3PM4A 2CENA 2P3AA 5P48A 1BXQA 4DH6A 3VFAA 4B1CA 2AVMA 5P00A 5P20A 1SGZA 4AMTA 5P7NA 2PSUA 1G6LA 4ZSRA 5P5AA 4Y36A 2VIEA 3INFA 4U7QA 5P2KA 5P4GA 2XYEA 1D4JA 4FLGA 3KDCA 3L5FA 3QBHA 1B5FA 2ZJKA 2V0ZC 5COKA 2V11C 5P8CA 2HM1A 5P1HA 5P12A 3LZVA 3A2OA 1QBSA 1B6JA 3KN0A 5P3GA 5P4TA 2ZE1A 4Y3QA 5OZZA 5P3XA 2UPJA 3SKFA 4CPSA 3HZCA 4Y57A 3VUCA 4Y51A 1HXWA 1LF4A 4Y5PA 1KJHA 5P6MA 2FIVA 3QRSA 5OYVA 5P6QA 2QI6A 4EYRA 3UDJA 1ENTE 3OY4A 2A4FA 3CICA 4Y4WA 2PYMA 4Y3NA 1EC1A 4LL3A 5P37A 3SQFA 5DQ4A 1K6VA 1MRWA 2FXDA 1AJVA 2OHSA 3PGIA 3TOHA 5I3XA 5P1DA 1LF3A 1K6TA 2AOFA 3MXEA 2JJIA 5P0XA 4ZIPA 5AH8A 3PBDA 5OZTA 5HDVA 5P7OA 1GNOA 5P5OA 4COEA 3LNKA 4GJ8A 1W5WA 1LEEA 2OAHA 4EWOA 5P4AA 5P7CA 4Y48A 3NU5A 3TKGA 5P4QA 1T6GA 2G69A 3EKQA 1FG8C 3FSMA 1BBSA 3PLDA 5P8FA 4Y37A 1FKNA 4K4PA 4Y3AA 3WSJA 2QAKA 4I12A 1HVKA 2HPEA 5P4EA 5P3HA 5OZBA 5P4XA 1YTIA 5P63A 4HE9A 3ZL7A 1W6IA 1EPLE 3KMXA 4I0FA 4J1KA 5P3ZA 5T4SA 4FE6A 3LHGA 3VSWA 2IQGA 5P79A 2NPHA 2QNQA 5P52A 2NMZA 3INHA 5P61A 4GJBA 2ER7E 4GJ7A 1YG9A 3LIZA 5P4DA 3PEPA 1GNMA 5P85A 4Y3XA 1A9MA 4EP3A 1XDHA 5P30A 3G72A 2UY0A 5P26A 4Y43A 5P1EA 5P8OA 2QMPA 5OZ8A 4NPUA 2FGUA 1G35A 1TW7A 2O40A 5P4KA 5P74A 1YX9A 5P58A 3GGVA 3U7SA 3D91A 5ISJA 4GJ5A 4NJSA 1FFIC 3UDNA 3SACA 3TH9A 1E82E 2I4WA 5P5UA 5P2JA 5P3CA 5P3UA 2Q11A 5P1NA 1EBZA 3OUBA 1PFZA 3TPLA 5SXNA 4DVFA 3OUAA 3PSGA 4ER4E 3O9LB 5P0ZA 1MESA 1BV9A 7UPJA 3EM3A 5AGZA 1AXAA 4EXHA 4RCDA 5P1LA 3PB5A 5OZUA 4I0JA 1IZEA 4RRSA 5P8HA 5P7RA 4LP9A 4B78A 5P2VA 2V00A 2QI5A 2ZHVA 4AUCA 4ZLSA 4CPUA 3RU1A 4HZTA 5HCTA 1QBRA 1GKTA 2ZGAA 5P2RA 1ZTZA 4J1CA 4XKXA 3OADA 1B6LA 5OYZA 5P0LA 4JP9A 3UDKA 2MIPA 3VYEA 2XFKA 5P51A 4BFDA 2BPYA 5P6BA 1KZKA 5OYWA 5P24A 5P3PA 5P0WA 5AH6A 3R2FA 3S43B 5P5BA 4NJTA 5P05A 5P2NA 2G1SA 5P8UA 3EKXA 4Y5KA 2I4VA 5P1RA 5DR7A 1SIPA 3VF7A 2RKGA 1E81E 2XFIA 2NTRA 3S54A 3O9LA 2G21A 5CLMA 5BS4A 3OU3A 2HC0A 5OZDA 4Y56A 3U71A 5P5NA 3UHLA 5P1YA 3MSKA 5OYYA 4K4RA 2AZ8A 1F7AA 5P87A 4ZPFA 5P1GA 5P6GA 5P1ZA 4TRYA 5P0FA 4Q5MA 4X2LA 3LPKA 2P8HA 3UQUA 5P0RA 3SA4A 3H5BA 1HHPA 3QS1A 5P8IA 5P39A 1HOSA 5P3OA 4XX3A 1HSHA 3IXOA 3S56A 4FM7A 2QZLA 5P46A 2OHRA 1SIVA 5OYUA 1FQ7A 3OQDA 5DQ1A 1PPKE 5P5JA 2AVSA 5P8MA 4DQHA 3H0BA 4KUPA 2I4QA 2WEAA 1BWAA 3O9DA 4J1HA 5P59A 2WF4A 3UCBA 5P2HA 5J25A 3SO9A 5P8LA 2APRA 5P32A 3IN4A 2O4KA 5P2UA 2R5PA 4J55A 3PHVA 5P6XA 5IVRA 2HIZA 3PMUA 5P2AA 1ZLFA 5P3WA 3OWNA 1CZIE 3FNTA 5EZZA 2VIJA 1BXOA 2P83A 4GZFA 1EAGA 4Y3DA 3NSHA 1GVVA 4Y41A 5SZ9A 1APTE 2B60A 3QIHA 5P7KA 3WB4A 3VSXA 4L7JA 5KR2A 1IIQA 5OZEA 3S8IA 5P15A 5P4NA 5P8PA 4J0TA 5JODA 5P84A 3ZMGA 1FB7A 4JPEA 2AOHA 2VIYA 3UFLA 5P65A 2IS0A 3HVGA 5P6OA 4Y54A 5P5KA 1HSGA 2VNNA 5P4CA 5P4RA 3UF3A 5P6EA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P6H A;  4YDG A;  4GJC A;  5P6K A;  1T7K A;  4Y3Z A;  5P3I A;  4BEK A;  4J0Y A;  5P4P A;  5P4L A;  1ZSR A;  3I7E A;  5P7H A;  1FQ4 A;  3VF5 A;  5P3E A;  4ZEA A;  5P8B A;  1OEX A;  3M9F A;  5P82 A;  5OZN A;  2B8L A;  4Y3S A;  1EPN E;  1YM4 A;  4ACU A;  4H3F A;  3ECG A;  1T7J A;  3TPJ A;  5P4I A;  3DCR A;  4QJ6 A;  4TVG A;  3PBZ A;  3PMY A;  3SM1 A;  1XS7 D;  3EKW A;  4HDP A;  4OBG A;  1RV7 A;  2IEN A;  4MC6 A;  2QNN A;  1D4H A;  1MET A;  4LXM A;  1MVP A;  1EPP E;  3T7P A;  4ACX A;  1MEU A;  5P5M A;  3IXJ A;  5P89 A;  2BQV A;  3NDU A;  5P6D A;  3CKP A;  2B8V A;  1HEG E;  4Z4X A;  3BXS A;  1C6X A;  2Q54 A;  1OD1 A;  2P3C A;  1WBM A;  5P7Y A;  1W50 A;  5DR3 A;  4DV9 A;  5HU1 A;  1ODY A;  3BGB A;  3I6O A;  2Q15 A;  3SA8 A;  3D1Y A;  4J17 A;  5P6Z A;  1SH9 A;  5P6N A;  2QNP A;  4D85 A;  4RVX A;  3UPJ A;  4OBF A;  5SY2 A;  1DMP A;  4M8X A;  5UPJ A;  5AHB A;  3NU4 A;  4J0V A;  3OU4 B;  1D4Y A;  1DP5 A;  2BPX A;  3T3C A;  5P77 A;  5P4Y A;  3OHH A;  3R0Y A;  5OZC A;  4YD7 A;  4I11 A;  1D4L A;  3EXO A;  4GID A;  5P6W A;  5P3J A;  5P8G A;  5P2C A;  5OZJ A;  5P1C A;  3EKV A;  3L58 A;  4APR E;  4F76 A;  1G2K A;  1XN2 A;  3S7M A;  2G1R A;  4HLA A;  4FAE A;  1G0V A;  2Q5K A;  5OZA A;  1D4I A;  5P41 A;  4D89 A;  4D83 A;  4OC6 A;  3Q70 A;  2R43 A;  5KOQ A;  5P5C A;  5P7M A;  3L5E A;  5APR E;  4TRW A;  4RRN A;  5JG1 A;  5P4O A;  3SAB A;  5OZM A;  4PHV A;  5P4Z A;  4YD4 A;  3KFR A;  2WF1 A;  1TSQ A;  5OZV A;  5OZW A;  1Q9P A;  4FM8 A;  4QLH A;  3SKG A;  5I3Y A;  3OQF A;  2FDD A;  5P38 A;  5P5I A;  3LIV A;  7HVP A;  5P3L A;  1TCX A;  1FFF C;  5OZG A;  4B72 A;  5P33 A;  5P54 A;  5P6U A;  3L5B A;  3S45 A;  4FSE A;  1QBU A;  1VIK A;  2QMG A;  2FDP A;  5P34 A;  2HB3 A;  4YBI A;  3LIT A;  1NPV A;  2Q63 A;  3S85 A;  3EM4 A;  3K5F A;  1HRN A;  3INE A;  3SFC A;  2AQU A;  5P3K A;  4Y38 A;  1B6P A;  4Y5E A;  3SA5 A;  5P3S A;  4XX4 A;  3CID A;  1GNN A;  3WZ6 A;  4E43 A;  5BWY A;  3LPI A;  6UPJ A;  2R3T A;  4JPC A;  5OZH A;  2FS4 A;  4ER2 E;  3GGX A;  1FG6 C;  4Y5B A;  2IEO A;  1LZQ A;  5P4J A;  2VA7 A;  5OZI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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