3VW7A

Crystal structure of human protease-activated receptor 1 (par1) bound with antagonist vorapaxar at 2.2 angstrom
Total Genus 165
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
165
sequence length
447
structure length
442
Chain Sequence
DASGYLTSSWLTLFVPSVYTGVFVVSLPLNIMAIVVFILKMKVKKPAVVYMLHLATADVLFVSVLPFKISYYFSGSDWQFGSELCRFVTAAFYCNMYASILLMTVISIDRFLAVVYPMRTLGRASFTCLAIWALAIAGVVPLLLKEQTIQVPGLGITTCHDVLSETLLEGYYAYYFSAFSAVFFFVPLIISTVCYVSIIRCLSSSANIFEMLRIDEGLRLKIYKNTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYANRSKKSRALFLSAAVFCIFIICFGPTNVLLIAHYSFLSHTSTTEAAYFAYLLCVCVSSISCCIDPLIYYYASSEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Signaling protein/antagonist
source organism Homo sapiens
publication title High-resolution crystal structure of human protease-activated receptor 1
pubmed doi rcsb
molecule keywords Proteinase-activated receptor 1, Lysozyme
total genus 165
structure length 442
sequence length 447
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-08-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3vw7A02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3vw7A01
5H2HA 1DYBA 1L56A 4G70B 4JKVA 4MQSA 3HAQA 1C6IA 1X0I1 3FI5A 1C63A 4I7MA 1DYEA 1GUEA 2NTUA 4W51A 2ZIYA 2YCZA 141LA 4AQNA 3HH4A 4GRVA 1L79A 1QKPA 1CTWA 4N4YB 3HTBA 138LA 1L66A 3HH3A 2M3GA 2O4WA 1MGYA 1P8IA 1C6LA 2R4RA 2YDVA 1L17A 1NHBA 246LA 3SBBC 3EH5B 4GPOA 4HWLA 4JQ6A 163LA 1JV7A 2ZZLA 5AX0A 3HH5A 4OO9A 147LA 1CV5A 1L12A 140LA 166LA 3GUKA 4MBSA 4MQTA 4EXMA 1C6JA 1LYEA 1L67A 1PXSA 170LA 4PXFA 3HTGA 3HTFA 1S52A 1TN0A 5I14A 1C6EA 1G1VA 1IW6A 1C65A 1DYCA 2F2QA 4X31A 1T8AA 1L09A 3UONA 4LZMA 4FBZA 2WJKA 2RB0X 164LA 1S8LA 183LA 4I7JA 2F95A 2RBQA 3UG9A 3HTDA 4UHRA 112LA 1L0JA 1P2LA 3C9MA 1L55A 3L2XA 201LA 1D3NA 1CUPA 2B75A 1L25A 228LA 1P8HA 253LA 3HU8A 1ZURA 176LA 3K2RA 4S0WA 1CU2A 2Y03A 223LA 1L89A 1CV0A 1LI6A 1LI2A 234LA 1OV7A 1PXRA 1LGWA 2LCBA 4EPFA 3UTVA 104LA 190LA 3C7YA 4I7RA 5LZMA 1H2SA 1M0MA 1DYFA 4I7SA 1E0PA 1QTBA 1X0SA 1L69A 5F8UA 184LA 1C6TA 4MD2A 4EKPA 1IXFA 3UTYA 238LA 5AX1A 1L19A 3UZAA 128LA 1L77A 252LA 1KGBA 3VVKA 3HDFA 4XT1A 244LA 2O7AA 4ARQA 1G0PA 4BUOA 1L33A 4FAAB 1QTCA 187LA 1L05A 5DHGA 2Y01A 3VHZA 119LA 1C6DA 1SSWA 2AT9A 5H2LA 5B6VA 1XJIA 5KKHA 1L13A 1P3NA 1L95A 4EJ4A 5TGZA 243LA 3CDQA 2RB2X 3G3WA 1P36A 3HAOA 5JJJA 5AHZA 5H2NA 1KY0A 3F9LA 3F8VA 5ITCA 3PWHA 1OV5A 1QUGA 3OE8A 4G7SB 1G0GA 1L24A 1QT7A 1C6CA 1LW9A 3CDRA 3UTWA 1PQIA 2B6TA 1L57A 3QJUB 1L26A 1JGJA 3C8SA 3QDCA 3D4SA 5A45A 1PQJA 2RBRA 3LZMA 4PK0A 1C69A 2KSYA 1F50A 200LA 3DN1A 1L10A 3DN6A 2KSAA 4PJZA 2EI4A 3UTXA 2Z73A 1L87A 211LA 4KNFA 1L64A 239LA 4WAVA 1QTZA 1L35A 1T8GA 111LA 5JJNA 4BEYA 173LA 1L08A 1L31A 2B73A 4FA7B 1P7SA 1CU0A 1M0LA 1JV6A 1C67A 175LA 3HUKA 3OE9A 236LA 2RH1A 1D3JA 3HANA 5H2IA 4YX7C 130LA 4ARMA 114LA 3EH3B 4BEZA 3RUNA 4GP4B 3X3BA 1L37A 1LGUA 251LA 5G36A 3C80A 1L65A 2Q9DA 1QT3A 1L68A 3SB8A 4G7QB 4AMJA 1L53A 5ITEA 142LA 3ZPQA 1C64A 4I7KA 127LA 4WW3A 215LA 1L15A 3QAKA 1L06A 1L14A 2NTHA 1D9WA 4I7TA 4EIYA 1L70A 1LYGA 2OU8A 2HPYA 212LA 5G53A 4IAPA 110LA 1KS3A 108LA 233LA 1L18A 181LA 3AYNA 1LYJA 4GBRA 232LA 3COCA 129LA 1LPYA 1D3MA 222LA 1SX7A 3GUJA 168LA 4I7PA 1KG9A 2B70A 2CUUA 1L54A 3GULA 1L85A 169LA 2Z6BA 4BVNA 5B35A 1CV3A 1L00A 2RAZX 1O0AA 5DHHA 214LA 2O79A 3MBVA 1L99A 137LA 4GYCA 122LA 2RAYX 3DN4A 5H2OA 5B6YA 1C6NA 3C8QA 1L86A 3PDSA 1L45A 3DN0A 3HARA 3NSBA 4ZPUA 3HUAA 4X1HA 5H2KA 1CX6A 1L34A 4W52A 4ARJA 5AZDA 205LA 1XJTA 3HWLA 3GUIA 7LZMA 3PXOA 3CDOA 4NC3A 3S8GB 196LA 1L73A 171LA 1G1WA 118LA 1UAZA 1L43A 3QAPA 1G0JA 1L30A 3SB7A 1VJMA 1X0K1 1L90A 1FBKA 3QJVB 3ZPRA 2YDOA 1TLAA 1L50A 3DMVA 159LA 3ABWA 3EH4B 260LA 1L03A 4W56A 1Q5IA 1KY1A 1AP9A 3C7WA 1L04A 4DAJA 1OVKA 195LA 1HZXA 5JJEA 3GUNA 1QS5A 5J7AA 2Y02A 4PXKA 4DKLA 4EKRA 178LA 2OE7X 4BWBA 151LA 185LA 2R4SA 240LA 1LYDA 3GUOA 4G7RB 3A7KA 1BRDA 3VGAA 1L02A 199LA 1BRRA 1L97A 2JAGA 4L35A 1QSQA 1P64A 1L63A 2L6XA 1IW9A 4IB4A 1C3WA 2HULA 1XIOA 1R84A 161LA 1QHJA 1AT9A 162LA 1C61A 2I21A 3QBLA 1QSBA 1CU5A 4EA3A 2YCYA 3QBIA 4W59A 1L84A 4XTNA 5FJGA 1B6IA 2QARC 188LA 242LA 5H2MA 1L23A 1L28A 1L81A 1PQMA 3S3BB 5B6ZA 1SWZA 3ODUA 1F4ZA 2RBSA 4I7NA 1OWZA 1P8UA 3L64A 1F88A 1L07A 156LA 1OVHA 1CV4A 1L21A 1L41A 189LA 221LA 2HUKA 103LA 4K5YA 2VT4A 4GP5B 2B6WA 1G0QA 3HH6A 1C6FA 1L44A 3EMLA 1L16A 4W57A 4ARPA 1L9HA 1CV6A 4TL3A 5BR5A 1L47A 1ZYTA 3QBGA 2I1XA 1C6QA 4W55A 1L20A 1L62A 1LI3A 1G0MA 209LA 1U19A 1XMEB 2B72A 4Y9HA 1L98A 4MD1A 1LYFA 3T45A 5B6XA 1CU3A 5C1MA 4OV0A 198LA 231LA 2OTZX 1L59A 5A8EA 1SSYA 1L60A 2OE9X 186LA 109LA 2LC9A 1L42A 2A4TA 3PQRA 3DN2A 3BVDB 2KSBA 1CU6A 1L27A 5ETZA 3V2YA 3CDTA 6LZMA 247LA 145LA 4X32A 4W53A 4ARLA 249LA 2L78A 3HASA 1OYUA 4EKQA 4HYJA 1S51A 2X72A 5B0WA 155LA 1C6PA 150LA 1CVKA 1T6HA 1L74A 123LA 3CDVA 139LA 218LA 3JR6A 3RZEA 1G0KA 107LA 1SX2A 4QI1A 1LYIA 1XJUA 2WJLA 197LA 5A44A 220LA 4XXJA 167LA 1VGOA 1L0KA 1LN6A 1L29A 1C6MA 3VW7A 1C60A 3V2WA 2B74A 5H2PA 3OE6A 1L96A 1G06A 1PQKA 257LA 172LA 1P2RA 1QT4A 1LWGA 4FPDA 237LA 225LA 1E12A 210LA 1JQUA 2F32A 4J4QA 5AHYA 3S3DB 1G07A 1L76A 1OWYA 1D2WA 1KW5A 1C6BA 5G2DA 3C8RA 4I7OA 3UZCA 1KW7A 1CUQA 3NYAA 1KMEA 2I35A 1QM8A 120LA 146LA 3QJQB 1LWKA 3DQBA 241LA 2ANXA 3SBAA 4XT3A 3X3CA 1L92A 1H68A 2YCXA 191LA 2LNLA 3CODA 1KNIA 2B6ZA 5EN0A 245LA 1P46A 1DYAA 1L38A 1P6YA 1PQOA 1XEPA 2B6YA 1FBBA 2I20A 2YCWA 1L80A 1JTNA 2BRDA 102LA 255LA 1EPYA 229LA 226LA 2F47A 1LGXA 3GUPA 4EPIA 1L94A 4IARA 3QJTB 258LA 5DYSA 3C82A 230LA 1QUDA 4LDEA 3NY9A 1QT5A 3FADA 1JFPA 1QUHA 3G3VA 1M0KA 4IAQA 4JR8A 1L48A 3C7ZA 4L6RA 4BV0A 113LA 1DZEA 2PEDA 2ANVA 5G2CA 2Y00A 174LA 1BM1A 1L36A 4ARQB 1ZWNA 254LA 1C8RA 2Z55A 1L51A 158LA 1TN5A 1C6KA 3G3XA 3OAXA 4XTOA 4W54A 259LA 2J4YA 1I6SA 4I7QA 3C9LA 1QTDA 1GU8A 1LLHA 1P5CA 3QBKA 2IGCA 4KLYA 3DDLA 143LA 1QTHA 2RBPA 1C8SA 1L39A 3HAPA 2RBOA 2HUMA 3SN6R 1D2YA 2B7XA 1PY6A 1P56A 148LE 1WTHA 4GP8B 2OEAX 1C62A 2LZMA 1QT8A 1L32A 1L40A 1L91A 160LA 1R2NA 2QPEB 248LA 3OE0A 2QPDB 1C6HA 227LA 1T8FA 1QT6A 3DMZA 3PBLA 2OU9A 149LA 152LA 1L11A 3NS0A 1KG8A 2Y04A 2B6XA 4HYXA 5LWEA 1QS9A 1L71A 3SB9A 1G0LA 1CX7A 1L22A 1L58A 3P0GA 4AMIA 177LA 1S54A 5B6WA 144LA 3RFMA 2QB0B 5G28A 1QUOA 4XTLA 1L93A 1L0MA 4G71B 3CAPA 1Q5JA 4G72B 3QJSB 3WQJA 250LA 2Q9EA 1LYHA 4A4MA 2ZFEA 2KS9A 1L01A 2RBNA 3SB5A 2RB1X 1DYGA 3S3CB 2JAFA 3DNAA 2NTGA 1BRXA 3DKEX 1UCQA 2OTYX 5G2AA 4ARMB 3AYMA 5G54A 3ZEVA 1CV1A 4W58A 2OE4X 1CWQA 4UG2A 4QRYA 1S8JA 180LA 1PQDA 1L83A 4LDLA 1C6AA 5B34A 1DYDA 1C6GA 126LA 1S53A 3C81A 115LA 219LA 3HUQA 1L49A 3DMXA 3NY8A 206LA 3DN3A 4I7LA 5H2JA 3VG9A 5B2NA 3HDEA 3AM6A 1T97A 1L88A 3REYA 1QTVA 3HT8A 213LA 3SB6A 4E97A 1GZMA 1L72A 3HT6A 1L46A 1L82A 217LA 1L61A 261LA 1D3FA 3HT9A 262LA 3HT7A 3KJ6A 1C68A 3FA0A 165LA 4GBRB 2F93A 235LA 3QJRB 256LA 1OVJA 4N6HA 1K28A 192LA 3S8FB 1L75A 4DJHA 1SWYA 2NTWA 4QIDA 125LA 1C66A 1JTMA 4LDOA 4EKSA 5AWZA 1QKOA 157LA 216LA 3C83A 182LA 224LA 4N4WA 3HU9A 3GUMA 2G87A 1EHKB 2OU0X 4YXAC 3VI0A 1L52A 1P37A 4YXCA 5BR2A 3DN8A 131LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5H2HA 4JKVA 1YAPA 2NTUA 4PGJB 1KIRC 141LA 4GRVA 1QKPA 1IP5A 3HTBA 1L66A 4GPOA 4HWLA 4NG1A 4M6DA 1LJNA 163LA 5AX0A 3HH5A 3AZ6A 3N9EA 140LA 4MBSA 4MQTA 1P2CC 1L67A 170LA 1D0KA 2BQBA 1GE2A 1C65A 1DYCA 4X31A 1IC7Y 3UONA 4NHTA 164LA 5J7CA 183LA 3WW6A 3CB7A 2YBLA 2YSSC 4OWEA 5HQ1A 1DI5A 3L2XA 5L9JA 1IY4A 201LA 2Z19A 1CJ8A 1P8HA 253LA 4KT3A 176LA 4S0WA 4DS7E 1B7MA 1GEZA 1LKRA 223LA 234LA 4WM2A 4DDAA 1LSYA 1NBYC 1BQLY 1H2SA 1DYFA 1UCOA 1NWGA 5F8UA 1L69A 2XJWA 4BAPA 4MD2A 4EKPA 1IXFA 238LA 1LZEA 5LXWA 3UZAA 1B5XA 4XT1A 4ARQA 4M4OA 4YF2A 1L05A 4WLDA 1C6DA 4I8SA 1LJEA 5KKHA 1L13A 5TGZA 2RB2X 2ZYPA 1P36A 3PWHA 4P2EA 2BQNA 1B7QA 1FKQA 2HU3A 1G0GA 1L24A 3EXDA 1GB9A 3WUAA 4RLNA 1LW9A 2B6TA 4NFVA 1QSWA 1L26A 2N5ZA 3FE0A 1KXXA 2RBRA 4PK0A 1JTPL 4H92A 200LA 1LMNA 4L41A 1UIFA 1LOZA 3DN6A 5I54A 1LMQA 3A8ZA 4HTQA 4PJZA 1D0LA 1L87A 4NHSA 111LA 173LA 3TXEA 1BWIA 4GN3A 4LZTA 1BVKC 236LA 4H9CA 2RH1A 1D3JA 1FBIX 4YX7C 3EH3B 4BEZA 1GBXA 1LZNA 1LGUA 1LSPA 3TMVA 5G36A 4TUNA 4RDSA 4H91A 2BPUA 1L68A 4NY5A 4R0FA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1KG8 A;  2Y04 A;  2B6X A;  4HYX A;  5LWE A;  1QS9 A;  1L71 A;  3SB9 A;  1G0L A;  1CX7 A;  1L22 A;  1L58 A;  3P0G A;  4AMI A;  177L A;  1S54 A;  5B6W A;  144L A;  3RFM A;  2QB0 B;  5G28 A;  1QUO A;  4XTL A;  1L93 A;  1L0M A;  4G71 B;  3CAP A;  1Q5J A;  4G72 B;  3QJS B;  3WQJ A;  250L A;  2Q9E A;  1LYH A;  4A4M A;  2ZFE A;  2KS9 A;  1L01 A;  2RBN A;  3SB5 A;  2RB1 X;  1DYG A;  3S3C B;  2JAF A;  3DNA A;  2NTG A;  1BRX A;  3DKE X;  1UCQ A;  2OTY X;  5G2A A;  4ARM B;  3AYM A;  5G54 A;  3ZEV A;  1CV1 A;  4W58 A;  2OE4 X;  1CWQ A;  4UG2 A;  4QRY A;  1S8J A;  180L A;  1PQD A;  1L83 A;  4LDL A;  1C6A A;  5B34 A;  1DYD A;  1C6G A;  126L A;  1S53 A;  3C81 A;  115L A;  219L A;  3HUQ A;  1L49 A;  3DMX A;  3NY8 A;  206L A;  3DN3 A;  4I7L A;  5H2J A;  3VG9 A;  5B2N A;  3HDE A;  3AM6 A;  1T97 A;  1L88 A;  3REY A;  1QTV A;  3HT8 A;  213L A;  3SB6 A;  4E97 A;  1GZM A;  1L72 A;  3HT6 A;  1L46 A;  1L82 A;  217L A;  1L61 A;  261L A;  1D3F A;  3HT9 A;  262L A;  3HT7 A;  3KJ6 A;  1C68 A;  3FA0 A;  165L A;  4GBR B;  2F93 A;  235L A;  3QJR B;  256L A;  1OVJ A;  4N6H A;  1K28 A;  192L A;  3S8F B;  1L75 A;  4DJH A;  1SWY A;  2NTW A;  4QID A;  125L A;  1C66 A;  1JTM A;  4LDO A;  4EKS A;  5AWZ A;  1QKO A;  157L A;  216L A;  3C83 A;  182L A;  224L A;  4N4W A;  3HU9 A;  3GUM A;  2G87 A;  1EHK B;  2OU0 X;  4YXA C;  3VI0 A;  1L52 A;  1P37 A;  4YXC A;  5BR2 A;  3DN8 A;  131L A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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