3VXCA

Crystal structure of xylobiose-bxle complex from streptomyces thermoviolaceus opc-520
Total Genus 145
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
145
sequence length
398
structure length
398
Chain Sequence
TITAMVYGDDAVKVQDKAASRFNASAEAKKANAKVKMERIPASDYPAKLRTAMGSPNAPDIFFNWGGGSIKAYKEAGQLVDLTDVIKSDEVLSTGFLPSVVAAGSLDGHEYGIPMRGMQPVLLFYNKSVFAEHKLTPPTTWDQLLDNVAKLKKAGVTPFALGGVEIWPELMWLEYLVDRIGGPQVFDKIRNGDASGWGDPAVLKAAQTVKQLVDEGAFGKGFSSVSYNNGGAPALLAKGKAGMHLMGSWEYSTQLGKFPDFAKKDLGWCAFPSFEGGAGDIRNVVGNPCNYWSVNARTGNKDGAIAFLRDCASEAYTKDLIDNGDVPTTTIAENMLDSSPNPEFAKFQYQLVQKAPNFTLSWDQAVDPDWQQPMLTEINKLFVGKSSPEQFVSALKGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Putative sugar-binding lipoprotein
publication title Crystal Structure of Xylooligosaccharide-Binding Protein from Streptomyces thermoviolaceus OPC-520: Dramatic Conformational Change with Ligand binding
rcsb
source organism Streptomyces thermoviolaceus
molecule tags Sugar binding protein
total genus 145
structure length 398
sequence length 398
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vxcA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vxcA02
2PT1A 2H98A 4O3BA 3QAXA 3V8XB 3G3HA 3ZKKA 4Z7EA 3CG3A 3V89B 3S9EA 3H03A 1H76A 2DVCA 3KEIA 4JWYA 3ODBA 4GVOA 4DLDA 4G68A 3TPAA 3FVNA 1PC3A 3HV1A 4AB6A 1YPNA 4LONB 3MPLA 1NNKA 4U1ZA 3MVXA 3U94A 5HBCA 4R72A 1NFTA 4F19A 4MH5A 1VFEA 4DDDA 3KZGA 1URDA 3A3CA 4YAHX 2ZNSA 1M5DA 3W15C 3ONMA 3S9NC 2NOOA 5TP9A 1Y3QA 4C1TA 4G2ZA 3QSLA 2DWIA 3C34A 4G8NA 4TQUQ 5A5XA 3KJ7A 3UK4A 4LA9A 3K02A 1LB8A 1MH4A 2QS4A 4AQ4A 2VP1A 4DZ1A 4PFWA 4GL8A 4GXSB 3VFJA 3MZBA 4GL0A 2Y7RA 4OEUA 2DQVA 1A40A 3W9WA 4DCYA 1MRPA 4ECFA 4NF5A 4NF4A 3OEKA 1SBPA 5B7DA 2I0BA 4F3SA 3ILUB 4MBPA 4GXAA 1P1NA 2OZZA 1B3LA 2XXYA 2DYXA 3IOUA 1UIUA 1N3XA 3FXUA 5CM6A 1N0TA 1UTHB 1ZTYA 4PP0A 3IK6B 3K6UA 2DVZA 3DELB 2I3VA 3RT6B 2H5YA 3KSXA 2X26A 2XHDA 4FEDA 5I56A 1QKAA 1P1UA 4ELPA 4IO2A 2F5XA 3VLVA 3IX1A 4RNSA 1P1WA 5AA1A 2P2AA 1I6QA 3DM0A 2UVHA 1B52A 3FJ7A 4LATA 4ESXA 1A55A 2RC9A 3LSLA 1IQ7A 4RK2A 3K2DA 4JB7A 4R74A 2B65A 5DYHA 5K2YA 3W9VA 4KR5A 4EF1A 3E3KA 1A8EA 2A5SA 4ZS9A 2QL3A 5ITPA 4POWA 3PUVE 5I59A 1PB7A 4NE4A 1H45A 1OIBA 4GWOA 3THIA 2M8CA 1KWHA 4F2QA 1B3EA 3VVDA 1IIWA 3K1PA 2O6AA 3O29A 1US4A 3IJOB 3UORA 2A5TB 4XIGQ 1EH3A 4R6KA 2XXRA 2YJPA 2Z8DA 4H67A 2I6EA 5TU0A 1LSTA 5I2NA 1TFDA 2NWJA 4OXVA 3UN6A 3TYHA 1JW1A 1AOVA 1B5HA 2OK2A 3H7MA 1FQAA 1NMUA 2ONKE 4F3PA 4H8IA 4OFJA 3K01A 2IEEA 4RJZA 5IAIA 5ELVA 2XXIA 4Q5TA 2PBWA 3R26A 3LSWA 2I48A 5L9OA 1GTKA 4XXUA 2VD3A 4R9FA 1MG1A 4ZE8A 3U93A 1ELJA 3PMWA 4FJPA 5AA4B 1LAXA 5FTIA 4YKKA 2PMSA 3A3UA 1IZ1A 2OWTA 4KQPA 1MQHA 4JWXA 3OXNA 4KYEA 4NMYA 1B1HA 5EYFA 2O1MA 1TXFA 5ICQA 4F1VA 2XXWA 2VD2A 3SEXA 2P1SA 3K1NA 1RKMA 5TPAA 1B7UA 3RT8A 4EF2A 3TTRA 4U23A 1DTZA 3R6UA 2Z22A 2O84X 1A8FA 3DP4A 4THIA 2DS9A 4LZ8A 3CIJA 2PT2A 4MFIA 4NWDA 3OENA 2DE3A 4ZEKA 4HCWA 3G3IA 3PV0E 3OO8A 3FV1A 2NVUB 3G3FA 2HXWA 1URSA 4O3AA 1MXUA 1SYIA 3D4GA 4OENA 4KFQA 5DVFA 4E0WA 2ZMBA 4ELOA 1PBQA 1M5FA 3SEUA 4U21A 4HCYA 1II5A 2DWAA 4AB5A 1XT8A 2UXAA 1JQFA 3FVKA 5H8HA 4FE8A 3TTNA 1ZMGA 3UA8A 3LC8A 5EHMA 1AH5A 2KLFA 4DIGA 3SKPA 1B4HA 2DE2A 2F6PA 1N04A 4ZE9A 1GVCA 2AYSA 5KCJA 4JBZA 2LAOA 1I6AA 3OEMA 5CI5A 4FATA 3O6GA 1RYXA 1NL5A 2DWJA 5AA2A 1MQJA 2I58A 3B7DA 1IITA 2GH9A 1DSNA 2P0SA 4ZEIA 4K3FA 2H9BA 1VSOA 3LSXA 1LAFE 2V3TA 5H8NA 4OZ9A 3IO6A 3PPRA 1RYOA 3HSTA 3VLUA 4F2OA 4H8JA 5L9MA 4NEDA 3RTFB 4FIMA 1LAHE 3F11A 5HPQA 4WKMA 1D4NA 4HTGA 1LAGE 3C36A 2REGA 1B7HA 3TFLA 1MXXA 2WKYA 2DXRA 4QHQA 4OYVA 1FTLA 2QS2A 3FJGA 5I2KA 3MAMA 1HSJA 2FNCA 2QJEA 3K00A 2DP8A 1FQDA 2V93A 2CZLA 1MXWA 4ESWA 1BKAA 3BFTA 3EQ1A 3O97A 1FTOA 3KG2A 1JW5A 4F1YA 1NNTA 4ND9A 5KDTA 1WODA 2XXHA 5H8QA 3WAEA 5L9SA 1B3FA 3IL1B 2Q89A 4WEDA 2THIA 2H99A 3PPPA 1FTJA 2I4CA 2O68A 3H6WA 4JSDA 1US5A 2F7AA 1JVYA 4YKPA 4YKJA 1IXGA 1QKBA 4LQ5A 1MY0A 3KGCA 4LZ7A 4RA1A 3S2VA 1BP5A 4G68C 3IORA 1O64A 4IO4A 3K6XA 1SI0A 3N5LA 4OFOA 4JDFA 3S9LC 4UACA 5DEXA 1LCTA 4GQOA 3CI8A 1P99A 2VHAA 4IB2A 3CSBA 2V84A 5A5XB 4ONYA 1B2HA 2Y7WA 1SW5A 3PUYE 2VGQA 1LCFA 2W7YA 1QVSA 3IOWA 4M1VA 3KJTA 1D9YA 3G7WA 1UTBA 3BFUA 3TCGA 4LUBA 1EZOA 4NF5B 3C4MA 4NF4B 1WDNA 3TQLA 3FZVA 2YLNA 2H25A 3Q27A 2VOZA 5ISUA 4BDMA 2ZYMA 3VV5A 3QXMA 1B7ZA 1OLCA 1MXVA 1MXYA 1NH7A 5AA2D 1AMFA 4R9GA 5AE4A 4H5GA 4GRKA 4BDNA 5I56B 1IUDA 3LUYA 4H6DA 1B4ZA 2QS3A 3CFZA 4GFRA 4ZDMA 3SEWA 5I84A 2XD2A 2QMWA 3LBSA 3TMGA 1SDXA 4NF8A 1SW4A 4RK9A 3TAJA 2Y7PA 3S4UA 5I58A 1BLFA 3K6VA 2XXQA 4YB5A 3TZAA 1LGBC 5LOMA 2RCBA 2ZNUA 1A7LA 1LBBA 1OMPA 3BKIB 4PFYA 2HFBA 1LBCA 4QSCA 1FQBA 5L8DA 5J1DA 4YB6A 3H6VA 4PETA 2XD3A 4ZZEA 3T9HB 1Y3PA 1VR5A 3O6HA 5I59B 2Q88A 5EHSA 3GBBA 1B6HA 1N3WA 5CMMA 2OBGA 4NF6A 4U2RA 3U8QA 1N7XA 4RXLA 3RGYA 1BTJA 2FYIA 1DMBA 1OLAA 3OO6A 3QK6A 1FW0A 3FASA 1SQYA 4KYSA 2NUVA 1IXHA 1MDP1 2GRVA 5CMKA 3PMVA 1NH8A 3SESA 2Y84A 3CFXA 4R73A 2A5TA 1F9BA 1SD3A 1ZJLA 4IO5A 3U92A 2QRYA 2QS1A 1R9LA 1UQWA 3RUMA 2QSXA 3RN8A 1B0HA 3IJXB 4FECA 4O3CA 5I2NB 4EXLA 2XX9A 5I57B 4DCXA 4G77A 3RTWB 3VVFA 2Z8EA 3RNNA 4QSEA 2DOJA 2XX7A 3K1MA 5DTBA 4G8HA 1Q1KA 3C9HA 4IO3A 3OO7A 2Z8FA 3H4ZA 4R75A 4U22A 4MF3A 1NKXA 2FA7A 4F22A 3TELA 3TKDA 3SEYA 2HZKA 2X7QA 5IKBA 3Q26A 1MQDA 2V25A 4QRZA 1IEJA 2Z23A 2F78A 4R2BA 1MY2A 1T0KA 3TDJA 3N26A 2F34A 3IO4A 3B6TA 1QW0A 3PPOA 3EN3A 1M5EA 2AIXA 1AIVA 4LZ5A 5TPAB 3ZKLA 1Y1MA 3OELA 3MW0A 1L5TA 1MPCA 1MH3A 3C33A 2UVIA 2NXOA 4U1OA 3CSGA 3K6WA 3H6UA 2O69A 5M2VA 1P1QA 1MM7A 4U4SA 1FQEA 3CFLA 2I4BA 4ZECA 1I6BA 3FGSA 1XC1A 4BDOA 4OMBA 3ZSFA 1QULA 1VFDA 3FIRA 1XOCA 3USDA 3N6TA 3QUJA 3OSQA 3N6UA 2XXVA 2X7PA 1Y9UA 4IGRA 3I6VA 1H43A 2ZXTA 1MPBA 4H0WA 3HO7A 4F29A 2Y7KA 4LVQA 4KD5A 2RC8A 2B3BA 4HS7A 5H8HB 3R7XA 4EUOA 3IOTA 3L6HA 3TUSA 1PBPA 2D21A 2UVJA 4PFUA 1FTMA 4P11A 5FHMA 4OERA 3KOTA 5K2XA 4Q30B 3M8UA 4Q0CA 1Z7ME 4EQ7A 4G4PA 5F1QA 2ALUA 1JETA 5H8FA 3B6QA 3SETA 1CB6A 1USYE 1TT1A 3HN0A 3JV9A 4YKIA 3E9XA 1SW1A 1O7TA 4GF8A 3OO9A 4JWOA 2ESNA 2GHAA 3SDFA 5AA2B 1ZIUA 4KI0E 4BDRA 3G3GA 1DPEA 4F3GA 2XXUA 4PFTA 3RPWA 4F31B 1DOTA 3UIFA 4EQBA 1YCJA 4EXKA 3UP9A 2I49A 1M5BA 2RC7A 4IGTA 3IB1A 5H8NB 2Q2AA 1Y4CA 1S7YA 4X1DA 3GLBA 3MP1A 3PD9A 4XTCQ 5JEIA 3K0VA 4I9DA 1FQFA 3FVGA 2ABHA 5CBSA 3KN7A 4YMBA 3KOSA 3O2AA 2DXYA 3C35A 2G29A 3VE1B 3FD3A 2V3UA 4QFOA 2QMXA 4TLMB 1A99A 3MVZA 5I2KB 5JTYA 4X9TA 4X1BA 3WAFA 5FHOA 3B6WA 3C31A 1CE2A 4R2FA 5DVIA 2F35A 4LP2B 3IAZA 3PMXA 4BDLA 3VXCA 1IXCA 2V3QA 4EDPA 2O7UA 3TEPA 1XVXA 3HCQA 5CC2A 2ZNTA 5JK4A 1PB8A 1I69A 5KDTB 1PB9A 5KZTA 2UYFA 5H8QB 4DE8A 4YU0A 2F7BA 1N76A 4G68B 3FXQA 3U1OA 3T22A 2D5WA 3GZGA 1LFHA 4I62A 4C0RA 3T9XB 1FCKA 1ZKBA 4JXIA 1Y3NA 4WEPA 4KHZE 3UGWA 3Q28A 4RY1A 3TTMA 4R6HA 1EZPA 1B05A 5TP9B 5CBRA 4GIZA 2DSFA 3M3FA 4YB7A 4FORA 2F7CA 4POXA 4FAJA 3OMBA 5DEXB 1QUKA 2XX8A 4UA8A 3PGFA 3RLFE 4ELRA 3MVWA 3QYTA 1R1NA 4X48A 4Q8RA 2ZYOA 2R9JA 1URGA 3IR1A 3OSRA 3GBAA 3PD8A 1MY4A 4JSOA 1Z7NE 2REJA 1OQHA 3KSJA 1B51A 3L6GA 3MP6A 2BJJX 1UTBB 4ZZAA 4IO6A 2O7IA 1QJMA 4MLVA 2R6GE 1MQIA 2UVGA 3MZ1A 4XKNA 5DT6A 3OOAA 1SVXB 1D3KA 4N6PA 4NTLA 3ZS6A 2RKMA 2QPQA 3A09A 1UTHA 2ZYNA 3TTKA 3VXBA 4KCCA 1ZBMA 1AL3A 4YZZA 1P1OA 3VDFA 1JNFA 4R6YA 4ZEBA 3FXRA 1Y20A 4NF8B 3MJNA 4ELQA 1R9QA 4M4GA 5I58B 3MUQA 4BDQA 1FTKA 2I0CA 3T93B 2XXXA 3FUZA 1JEUA 4QSDA 3RQTA 4EQ9A 2RINA 2GHBA 5F7VA 3PU5A 3EHUA 3TTLA 4OESA 3G3KA 2O51A 3ILTB 3TQWA 2G93A 2HZLA 4P0GA 4XKQA 1XHYA 1B5IA 3KN3A 3MWBA 2ZYKA 2AL4A 1VE4A 3PPQA 3TCFA 4H1XA 4OEVA 4QFLA 3DP6A 2HQ0A 3ECRA 4GLIA 1POTA 4NF6B 1A54A 1ZU0A 1USYH 2F97A 3N94A 3EPEA 4H5FA 3MZ9A 3TCHA 3T9VA 3EHTA 4ISUA 3E4RA 3G3JA 3O9PA 1BIYA 3AXFA 5CRYA 3Q25A 2UYEA 2HCAA 3HPIA 3IB0A 4OFLA 1POY1 3MQ9A 4TLLB 3EF7A 1DPPA 1M5CA 3GXAA 1NNPA 3D4CA 1GV8A 5CMCA 3FV2A 1H44A 5ICTA 3KN8A 1YAEA 1FQCA 2E0SA 3O28A 2E1SA 4RPOA 1SW2A 2YPNA 2O1LA 1QUJA 1MPDA 1S9TA 3T9UA 5B70A 3CG1A 5I57A 2Q2CA 1GR2A 1WVJA 2D3IA 3CRBA 1ANFA 2HEUA 1Y1ZA 3PUWE 5FTHA 3MP8A 1HSEA 3K4UA 2PYYA 4OTEA 4DXBA 4FEBA 3KBRA 4U4XA 2ONSA 1SI1A 2R71A 3Q29A 5AA4A 3E13X 4LQ2A 4YMAA 1JW4A 1JEVA 1B0LA 4QF9A 3HHGA 1Q35A 2AL5A 3O66A 4GD5A 4IO7A 2H4IA 4GOTA 3MVYA 4KCDA 1Y4TA 3P7IA 1B1XA 1ZLQA 3VVEA 3RY3A 4TOZA 4I1DA 4ZEFA 1B9JA 4NWCA 1MS7A 1PEBA 1B32A 2HAVA 5ITOA 1TWYA 4P0IA 5DVJA 4QFNA 2ANJA 1SYHA 4KYDA 4DXCA 5H8SA 4QFPA 2I3WA 1B46A 2OWSA 1EZ9A 4IY6A 3H3GA 2RCAA 4F1UA 1B58A 3I3VA 4E0XA 2DWHA 5CMBA 3PUXE 1DTGA 1OQGA 5BUUA 1EU8A 4OVJA 3FATA 3H06B 4OETA 3OD7A 4L17A 4RYAA 3V5AA 1IXIA 3LSFB 1PDAA 1MY3A 4Z0IA 3KFMA 3PUZE 2Y7IA 1XS5A 2PX1A 4PE5B 4N13A 3SERA 3IB2A 4ZEDA 3MPKA 3TODA 2Q8JA 1GGGA 3JYRA 3PPNA 4G8MA 2IA4A 1B3GA 2HAUA 1QUIA 3O6IA 4QFKA 3I5OA 1HSLA 5FHNA 3DLNA 2OJTA 2CMOA 3U72A 3HHFA 2F6GA 5KCJB 2XXTA 5H8FB 2OCUA 2XXPA 1J1NA 5HM4B 3CR9A 3EHSA 3IOVA 4XKPA 3CVGA 3S9MC 3T96B 3MC2A 3LR1A 4YICA 5AA3A 4C1UA 1MY1A 4WXJA 2PVUA 3C32A 1R6ZA 2RF1A 4OWDA 1N84A 3T66A 1UIVA 4PQJA 4F18A 3H6TA 1OVBA 4HW8A 1N7WA 3V83A 1NNFA 3BBRA 3QIMA 1B40A 3JZJA 1ATGA 4N07A 1JVXA 2GFEA 2Q9TA 1LFIA 5BWJA 4BLAA 1LLSA 2B3FA 1MDQA 1S50A 1MM6A 1LFGA 2DE4A 3SEVA 1B5JA 3FJMA 4F39A 4OHNA 4IY5A 4RPNA 1MXZA 3VLWA 1TFAA 4MLQA 4KPTA 1OVTA 3M3LA 5JTYB 1O63A 1D9VA 3DP8A 2OLBA 1YTVA 2F8DA 2ONRA 1H3DA 3QUFA 4OQOA 3MBPA 1LB9A 3FVOA 1MQGA 3M3KA 4F3BA 4H65A 2F36A 4DXUA 4I8CA 1XVYA 1B3HA 4XKRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2PT1A 2H98A 4XFEA 4O3BA 3QAXA 5EQ8A 3V8XB 3G3HA 3KC1A 3ZKKA 4Z7EA 3CG3A 3V89B 3S9EA 3H03A 1H76A 2DVCA 3KEIA 4JWYA 3ODBA 4GVOA 4DLDA 1FTAA 4G68A 3TPAA 3FVNA 1PC3A 3HV1A 4AB6A 1YPNA 4LONB 3MPLA 1NNKA 4U1ZA 3MVXA 3U94A 5HBCA 3PTYA 1KA1A 4R72A 3U65A 1NFTA 4F19A 2HXRA 4MH5A 1VFEA 4DDDA 3KZGA 1URDA 3A3CA 2JJKA 4YAHX 2ZNSA 1M5DA 3W15C 3ONMA 1G0IA 3S9NC 2NOOA 5TP9A 1Y3QA 4C1TA 4G2ZA 3QSLA 2DWIA 3C34A 4G8NA 4TQUQ 5A5XA 3KJ7A 3UK4A 4LA9A 3K02A 1LB8A 1MH4A 5LTCA 2QS4A 4AQ4A 2VP1A 4DZ1A 4N8YA 4PFWA 4GWUA 4GL8A 4GXSB 3VFJA 3MZBA 4GL0A 4QBAA 3GYYA 2Y7RA 4OEUA 3KC0A 2DQVA 1A40A 3W9WA 2XXKA 4DCYA 1MRPA 4AS5A 4ECFA 4NF5A 4NF4A 2WYKA 1SBPA 3OEKA 5B7DA 2I0BA 4F3SA 3ILUB 4MBPA 4GXAA 1P1NA 4N15A 2OZZA 1B3LA 2XXYA 4MAGA 2DYXA 3IOUA 1UIUA 1N3XA 3FXUA 5CM6A 1N0TA 1UTHB 5EYGA 3QMFA 5IZ3B 1ZTYA 4PP0A 3IK6B 3K6UA 2DVZA 3DELB 2I3VA 3RT6B 2H5YA 3KSXA 2X26A 2XHDA 4FEDA 4LN5A 5I56A 1QKAA 1P1UA 4ELPA 4IO2A 2F5XA 1NV4A 3VLVA 3IX1A 4RNSA 1P1WA 5AA1A 2P2AA 4NAPA 1I6QA 3DM0A 2UVHA 1INPA 3B8BA 1B52A 3FJ7A 4H46A 4JVIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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