3VXCA

Crystal structure of xylobiose-bxle complex from streptomyces thermoviolaceus opc-520
Total Genus 145
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
145
sequence length
398
structure length
398
Chain Sequence
TITAMVYGDDAVKVQDKAASRFNASAEAKKANAKVKMERIPASDYPAKLRTAMGSPNAPDIFFNWGGGSIKAYKEAGQLVDLTDVIKSDEVLSTGFLPSVVAAGSLDGHEYGIPMRGMQPVLLFYNKSVFAEHKLTPPTTWDQLLDNVAKLKKAGVTPFALGGVEIWPELMWLEYLVDRIGGPQVFDKIRNGDASGWGDPAVLKAAQTVKQLVDEGAFGKGFSSVSYNNGGAPALLAKGKAGMHLMGSWEYSTQLGKFPDFAKKDLGWCAFPSFEGGAGDIRNVVGNPCNYWSVNARTGNKDGAIAFLRDCASEAYTKDLIDNGDVPTTTIAENMLDSSPNPEFAKFQYQLVQKAPNFTLSWDQAVDPDWQQPMLTEINKLFVGKSSPEQFVSALKGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Xylooligosaccharide-Binding Protein from Streptomyces thermoviolaceus OPC-520: Dramatic Conformational Change with Ligand binding
rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Streptomyces thermoviolaceus
molecule keywords Putative sugar-binding lipoprotein
total genus 145
structure length 398
sequence length 398
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vxcA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vxcA02
3IOVA 4F29A 4POWA 2Y7KA 3S2VA 1QKAA 1OQGA 4BDMA 1B3HA 1OLCA 4R74A 3V8XB 1OVBA 3PUWE 3CRBA 5ITOA 4BDNA 3G3HA 4I8CA 1DTZA 1JQFA 2QS1A 2RC9A 3HHFA 2Y7PA 5A5XA 1TXFA 3F11A 4C0RA 2DQVA 3FJ7A 1ATGA 2H5YA 3P7IA 1SW4A 4ISUA 1LCFA 1B05A 3TPAA 3OSQA 1MY0A 4X1DA 3KFMA 1MPCA 3PPOA 4I9DA 2IEEA 3ILTB 3PUZE 4F1UA 5KCJA 1H43A 2ZYMA 2QMXA 3OENA 2I3WA 2VP1A 3KEIA 2OJTA 3A09A 3K6XA 1FTMA 3T9VA 4C1TA 1LAXA 2PMSA 3K00A 1JEUA 1DPPA 5CMBA 3PPNA 2ONKE 1YTVA 3K0VA 3CSBA 4H5GA 3OSRA 4UA8A 2H99A 2HAVA 1WODA 1MXUA 3T9XB 1R9LA 4EQBA 1NNFA 1Y20A 3CR9A 5TP9B 3LBSA 3HV1A 3PUYE 1S7YA 1IXHA 2E1SA 4FECA 3MVXA 3IORA 4THIA 2F5XA 2IA4A 1I6AA 3C36A 1F9BA 4LATA 5KZTA 3MQ9A 1Y9UA 3E4RA 5I59A 1USYH 4Q5TA 5FHMA 4OQOA 2QRYA 4IO5A 3OXNA 5CMCA 3E3KA 2VD2A 4QSEA 5EYFA 1A54A 3OO8A 4FJPA 3QXMA 4RK2A 2DWIA 3W9WA 2ABHA 1LGBC 2PVUA 5L8DA 3VLWA 3FIRA 3O29A 4JXIA 4ONYA 1LFHA 4ELPA 2DWJA 2Q88A 3H6UA 2XHDA 4ZS9A 4QFPA 4QHQA 3E13X 1HSLA 1XHYA 1PBPA 3PD9A 1N76A 4PFYA 1IXIA 4R9GA 1YPNA 1QW0A 4GXAA 4GL8A 3HO7A 3MVWA 3DP8A 3M8UA 1A99A 1N3WA 3QAXA 4JSOA 3O66A 3KN7A 3GXAA 4N07A 1FTKA 3T22A 3PMWA 1MQGA 2DP8A 3HPIA 3Q25A 2DVZA 3FXQA 2O6AA 5H8QB 5HM4B 4KD5A 4DCXA 1MPDA 4H5FA 1H76A 4G4PA 3FVKA 2Q2AA 4AQ4A 4X1BA 3MAMA 4PFUA 4ZEDA 3EPEA 3U92A 3MPLA 4N13A 1B1HA 1PB7A 1VE4A 2QMWA 5K2YA 4DDDA 2QJEA 2Z8FA 1A40A 3SEWA 3IOWA 4EXKA 5J1DA 3MJNA 3EHUA 2ZNUA 2M8CA 5FHNA 4P0GA 1LBBA 1Q35A 2ZNSA 3JV9A 3PD8A 1IXCA 3EQ1A 2ZYKA 3TAJA 4ZDMA 1TFAA 3IB0A 3TODA 2I0BA 1M5DA 5AE4A 1QUKA 4U21A 3B6QA 3K2DA 3PUXE 1VFEA 1JNFA 2DXRA 1GV8A 1LFGA 1P1NA 2ZXTA 3BKIB 3TQWA 3IJXB 2PT2A 4R9FA 2OBGA 4DZ1A 3KOSA 1RKMA 1JEVA 4NF8A 3ZSFA 3SEXA 1MXWA 2X7PA 1HSJA 1SW5A 2I0CA 4F3PA 3VDFA 1P99A 3TUSA 1XVXA 2QPQA 3TDJA 5EHSA 5I58A 4P11A 4M4GA 1UTBA 4FIMA 3TELA 5AA4B 2BJJX 4NWDA 4P0IA 5DEXA 1GTKA 3H6WA 4BDRA 1SI0A 3U93A 3H6TA 3T96B 4KYSA 3SERA 3VXBA 1YAEA 4ZEKA 3M3LA 4O3BA 3WAFA 2ZMBA 1B0HA 3OO9A 1GVCA 1SD3A 3JZJA 1EZPA 3K4UA 2F7CA 1SVXB 3OOAA 3QSLA 5F1QA 3PMXA 3CSGA 4HCYA 4IGRA 3W15C 3N94A 4OWDA 5AA3A 1B7ZA 4RY1A 4GQOA 4JB7A 1II5A 2Q9TA 3O28A 4GRKA 4KFQA 1AMFA 1JW4A 2F6PA 1WVJA 4ZZAA 2ONRA 2PT1A 1MXXA 3IOTA 5JK4A 1SW1A 1B46A 1Y1ZA 1AL3A 4G77A 3GBBA 4QF9A 3UP9A 2X7QA 5HBCA 2THIA 4MLQA 5AA2B 1NNKA 1UIUA 1I6BA 3QYTA 3S9LC 1XOCA 2Z22A 1FQBA 4OFLA 1EH3A 1XT8A 4KYEA 4LA9A 2XXUA 5I84A 3HN0A 4H1XA 3TCGA 2F36A 3D4CA 3Q26A 3EHTA 3QUFA 4RYAA 3FJMA 4DIGA 1DMBA 3MZ9A 1R9QA 3MW0A 3QIMA 2D21A 2F97A 1DPEA 4U4XA 4JWYA 2G29A 4G2ZA 2XX7A 2ALUA 3IX1A 4EF1A 3HHGA 4MBPA 2XXHA 3O6HA 3OO6A 3R26A 4YKIA 3OELA 4FE8A 1MM7A 3A3UA 1Y4TA 3SESA 4ELOA 2I6EA 1OMPA 4WKMA 4AB6A 4PFWA 2H9BA 3K1PA 4R75A 3ZS6A 3FUZA 4OETA 1H44A 1MQHA 1ZLQA 3G3FA 1NH8A 4OHNA 4Z0IA 3U72A 2REJA 1P1QA 4HTGA 2I48A 2R6GE 3IR1A 3CFLA 3KJTA 1B5HA 4TQUQ 2P1SA 4DCYA 2PBWA 2AYSA 2DWAA 2V25A 2Y7IA 4R2BA 2DVCA 2RKMA 4IO6A 2V93A 5TP9A 2O7IA 4KPTA 2XXWA 5IAIA 3G3GA 2O1LA 4QRZA 4TOZA 3W9VA 5CMMA 4YICA 1B5JA 1N7XA 2VD3A 2E0SA 5CI5A 3B6WA 3MVZA 1Y3PA 4GXSB 1QUJA 3RPWA 3RNNA 2LAOA 1ZBMA 3RUMA 4ZEFA 1B7HA 2QS2A 2QS3A 2QSXA 5KDTB 1SQYA 1N04A 1URGA 3PPRA 4F3SA 2VOZA 4YB7A 5M2VA 4F3GA 2OK2A 4Q30B 4FEDA 4K3FA 3SEVA 4FAJA 2P2AA 1ZJLA 3HCQA 1OQHA 3PMVA 2DE3A 3S9MC 3OEKA 1DSNA 4TLMB 4DXUA 3CG1A 2F78A 4QSDA 4QFLA 3R6UA 5F7VA 2DOJA 2V84A 4F2OA 3KN3A 4QFOA 1QKBA 3FV2A 4TLLB 3CFZA 2NVUB 2V3QA 3PV0E 1USYE 1JETA 3PGFA 1JW5A 3RT8A 3MP8A 1SDXA 2UYFA 3EHSA 4G8NA 1NL5A 1NNPA 1D9YA 5H8FB 4OXVA 4XTCQ 4QSCA 3CG3A 1N0TA 4NF4B 4EF2A 4F1VA 4JBZA 4QFNA 4U4SA 4QFKA 4FORA 1S50A 3RY3A 3LUYA 4OERA 3TKDA 1MM6A 3KBRA 3ONMA 4EQ9A 3U8QA 4NE4A 3FXUA 4NEDA 3N6TA 3RN8A 2D5WA 4ECFA 2RCAA 1ZTYA 1RYXA 3TTKA 3IK6B 4BDLA 3MC2A 3IO6A 1BTJA 1Y1MA 3ODBA 2DS9A 3IO4A 2Q89A 3L6HA 2XXVA 4U23A 4JWXA 1MPBA 2UXAA 3LC8A 5ELVA 3TQLA 3N26A 3C35A 3FVGA 3UN6A 1MQJA 3MBPA 2RF1A 2NUVA 2NXOA 2PX1A 5HPQA 1NFTA 2KLFA 1B4ZA 3LR1A 3CFXA 4ZECA 2RC7A 3RLFE 1MS7A 1H45A 3OEMA 3G3JA 4OEVA 2Y84A 2YPNA 4DLDA 3MP6A 1NKXA 4H6DA 2Y7WA 3TTMA 3LSWA 3M3FA 4YKJA 1FTLA 5AA1A 2FA7A 3I5OA 4YU0A 3FJGA 5BUUA 4LZ8A 4MLVA 1IZ1A 4PETA 4F2QA 2ESNA 4ZZEA 3OD7A 1M5BA 3BFUA 3SEUA 1B3GA 3T66A 1H3DA 3PU5A 3OMBA 3DP4A 4JWOA 5I56B 3ZKLA 4LQ5A 3N6UA 4KCDA 5FTHA 4NF6B 1B52A 1UIVA 3UIFA 1P1OA 4F3BA 3MZBA 3I3VA 2YJPA 1PEBA 4IO4A 3TTRA 5CMKA 1PB8A 1B7UA 2HAUA 3C4MA 3TTNA 1ZU0A 2HZKA 2OWTA 3THIA 1Z7ME 5AA4A 5B7DA 1FCKA 1VR5A 4IY6A 1GR2A 3VVDA 2RCBA 4LZ7A 4MH5A 2ONSA 4R6KA 4AB5A 4RPNA 4RNSA 4GWOA 4XKPA 1N3XA 5CRYA 1UTHB 4FEBA 1OVTA 1Y3QA 5H8HB 2AL5A 4XXUA 2B3BA 1MQIA 1QULA 5TPAB 1POTA 3Q28A 4ESWA 1OLAA 2OZZA 4ZEBA 2P0SA 5FHOA 5I2KB 2B3FA 3H4ZA 5DTBA 3C31A 4GVOA 3MPKA 4ELQA 4L17A 4GD5A 1Y4CA 2DWHA 1MY1A 4O3CA 4OZ9A 4G68A 3RTWB 4JSDA 5DT6A 3BFTA 3RGYA 1VFDA 5EHMA 3G7WA 1R1NA 3Q29A 1O7TA 3DELB 5AA2A 1LBCA 5JTYA 3D4GA 4POXA 4U1OA 3QK6A 4R6YA 5I57B 1N7WA 4RA1A 2XD2A 2I4BA 5I2NA 3IJOB 1P1WA 3FXRA 3VV5A 1PC3A 3PUVE 4LONB 1NNTA 3LSXA 2FYIA 1B5IA 3L6GA 4EXLA 4RXLA 4RJZA 1Q1KA 4OESA 2WKYA 2UVHA 5DYHA 2I4CA 3CVGA 3VXCA 4YKPA 4GIZA 4G8HA 3U94A 4LUBA 3RT6B 4C1UA 3LSFB 2UVGA 5CM6A 4XKRA 3K1NA 1B3LA 2GH9A 3H03A 2O51A 2O68A 2F7BA 2A5TB 5AA2D 1B51A 1LB8A 4WEDA 3TZAA 2Q2CA 1J1NA 4R72A 1B40A 1AIVA 1B3EA 3TYHA 4DXBA 5L9SA 1FQCA 5H8NB 2Y7RA 5IKBA 2Z23A 3B6TA 1ZMGA 4BDOA 1A8FA 5DVFA 2A5SA 4OEUA 4ND9A 3KN8A 1MY4A 3G3IA 1Z7NE 2HXWA 1PBQA 4XIGQ 1JVYA 4EDPA 2YLNA 4HCWA 1D3KA 3KGCA 5KDTA 2XX8A 3C9HA 4RK9A 3FVOA 1B32A 1TFDA 4NF5B 2HFBA 4F22A 4BLAA 4YKKA 4YZZA 2DYXA 3K1MA 4EUOA 3TTLA 4ZE9A 3MVYA 1B4HA 3K01A 4ZE8A 4LZ5A 4IB2A 2XXRA 3UGWA 3CIJA 4R2FA 1MDP1 4F39A 3FZVA 5L9OA 2VGQA 3JYRA 3MP1A 4H67A 1FTOA 3ZKKA 4BDQA 1B0LA 3KOTA 2XXYA 3EN3A 3H7MA 2REGA 5CBRA 1IIWA 3RQTA 1A8EA 2FNCA 3A3CA 4MF3A 4YB6A 1O64A 4YB5A 3WAEA 2G93A 1IITA 5ICTA 3S9NC 3SETA 3IL1B 1MQDA 3U1OA 5H8FA 2QS4A 3FASA 4NF4A 1LSTA 3RTFB 3MZ1A 4GFRA 5A5XB 2XD3A 4OENA 1EZ9A 4E0WA 1BIYA 5DVIA 4X48A 2UYEA 2RC8A 4PE5B 1B3FA 4F18A 2ZNTA 3M3KA 2OWSA 4DE8A 3KJ7A 1US4A 2CZLA 1B1XA 3S4UA 1MY2A 1R6ZA 3HSTA 4HS7A 5KCJB 2X26A 1NMUA 3BBRA 1B6HA 2QL3A 3I6VA 2H25A 2GHBA 1D9VA 2GFEA 3KSJA 2DXYA 2I49A 1VSOA 3C34A 1FQFA 3GZGA 1O63A 3O6GA 4N6PA 2NOOA 5ITPA 1D4NA 3EF7A 4ESXA 3TFLA 5H8SA 2H4IA 3IAZA 3FGSA 5H8QA 4WEPA 1OIBA 3IOUA 1M5CA 4JDFA 2DE2A 1S9TA 1RYOA 2F35A 4DXCA 2ZYNA 5B70A 2XX9A 1B58A 1URDA 3H6VA 1TWYA 3S9EA 2V3TA 3KZGA 2XXQA 4G8MA 4Z7EA 2XXXA 3K6UA 4GOTA 2OLBA 1Y3NA 1I6QA 4LP2B 1JVXA 3DP6A 4RPOA 1LAGE 1MY3A 3T93B 1N84A 3KG2A 1T0KA 1SI1A 3TMGA 3O6IA 5L9MA 5I56A 4H8IA 1EZOA 3K6VA 3UORA 3K02A 3O2AA 5I59B 3MWBA 4NF6A 4Q0CA 3O9PA 1PDAA 1ZIUA 1HSEA 1SBPA 1MXZA 2UVIA 2Q8JA 3SDFA 4KR5A 1WDNA 2R9JA 4I1DA 4PFTA 3R7XA 4IO2A 4GLIA 3MUQA 4E0XA 1SW2A 4ZEIA 1FW0A 4YAHX 1LCTA 3LSLA 3SEYA 1AH5A 4U22A 1M5EA 2HQ0A 1XC1A 1FQEA 4OTEA 1LB9A 1LFIA 4IY5A 4PQJA 1UTHA 5H8HA 3QUJA 2H98A 1EU8A 1AOVA 5TPAA 1NH7A 2DE4A 1L5TA 5TU0A 3CI8A 2O7UA 5I2KA 5BWJA 2HZLA 4XKQA 1KWHA 4R6HA 4H8JA 2ANJA 1POY1 4XKNA 4UACA 5JEIA 1MRPA 5ICQA 1GGGA 1MH4A 2HCAA 3V89B 5CC2A 1FQAA 1URSA 4OFOA 3UA8A 2B65A 3FATA 1IQ7A 2O84X 5DVJA 1TT1A 2UVJA 2Z8DA 1BP5A 1IXGA 4IO7A 5K2XA 3T9UA 3IB1A 4Q8RA 2F7AA 3VFJA 3TCHA 5I57A 2R71A 4KI0E 2O1MA 4OMBA 3USDA 3VLUA 1QJMA 4KQPA 1FTJA 4OFJA 1P1UA 3DLNA 2D3IA 3KSXA 1A7LA 1XVYA 2PYYA 3TEPA 3O97A 3K6WA 1UQWA 1QVSA 2W7YA 3ECRA 2AL4A 3GLBA 1SYIA 4WXJA 1LLSA 3TCFA 1PB9A 2XXIA 4KYDA 1ELJA 2Z8EA 1MG1A 2HEUA 1MH3A 4NTLA 4NWCA 1BKAA 4U2RA 3G3KA 2F6GA 2F8DA 3N5LA 3FV1A 3B7DA 2RINA 4OYVA 4PP0A 1US5A 3SKPA 4LVQA 4F1YA 4H65A 5CBSA 4H0WA 3V83A 1BLFA 2I3VA 4IGTA 3E9XA 2OCUA 2F34A 3FVNA 3Q27A 4R73A 1MXYA 4NF8B 3T9HB 2V3UA 2A5TA 4F19A 1LAFE 3DM0A 2O69A 3VLVA 4U1ZA 1DOTA 3VE1B 5H8NA 1IUDA 4MFIA 5I58B 3ILUB 3C33A 1IEJA 1A55A 4IO3A 1UTBB 1MDQA 2I58A 3H06B 1XS5A 5ISUA 4I62A 1M5FA 5DEXB 4G68B 3IB2A 3UK4A 4GL0A 1ANFA 1FQDA 2ZYOA 2NWJA 1DTGA 2AIXA 3GBAA 2VHAA 3PPQA 4HW8A 2GRVA 4YMBA 5JTYB 1CE2A 4NMYA 3AXFA 4ELRA 1ZKBA 4NF5A 3C32A 1B2HA 4O3AA 1CB6A 5I2NB 4EQ7A 2DSFA 1I69A 5FTIA 4LQ2A 1LAHE 4G68C 2XXPA 1JW1A 3OO7A 2CMOA 1SYHA 1YCJA 4KHZE 4GF8A 3VVEA 4YMAA 4KCCA 3FD3A 1MXVA 3PPPA 4FATA 3VVFA 3H3GA 4OVJA 2GHAA 1QUIA 1B9JA 5LOMA 4X9TA 4F31B 2XXTA 4M1VA 3V5AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5EYHA 3IOVA 4F29A 4POWA 2Y7KA 3S2VA 1QKAA 1OQGA 2Y5LA 4BDMA 1B3HA 1OLCA 4R74A 3V8XB 1OVBA 3PUWE 3CRBA 4NF0A 5ITOA 4BDNA 3G3HA 4I8CA 4N91A 2WYKA 1DTZA 1JQFA 2QS1A 2RC9A 3HHFA 2XA5A 2Y7PA 4N4UA 4O7IA 5A5XA 1TXFA 4N15A 3F11A 4C0RA 4O8MA 2DQVA 1XI6A 2FHYA 3FJ7A 4N6KA 3NOHA 5A5LA 1ATGA 2H5YA 3MSTA 3P7IA 1SW4A 4ISUA 1LCFA 4PCDA 1B05A 3TPAA 2XXKA 3OSQA 4GBWA 1MY0A 4X1DA 3KFMA 1MPCA 1LBVA 2XWKA 1NV7A 2QFLA 4MAGA 3PPOA 2Q74A 4I9DA 2IEEA 3ILTB 3PUZE 4F1UA 5KCJA 1H43A 2ZYMA 2QMXA 3OENA 2I3WA 2VP1A 3KEIA 4GWZA 2OJTA 3A09A 3K6XA 1FTMA 1CNQA 3T9VA 4C1TA 1INPA 1LAXA 2PMSA 3K00A 1JEUA 1DPPA 5CMBA 3PPNA 2ONKE 1YTVA 3K0VA 3CSBA 4H5GA 3OSRA 1IMEA 1YXIA 4UA8A 2H99A 2HAVA 1WODA 1MXUA 4X8RA 1KA1A 4FBPA 3T9XB 1R9LA 2XWOA 4EQBA 1NNFA 1Y20A 3CR9A 5TP9B 3LBSA 3HV1A 3PUYE 1S7YA 1IXHA 4PAKA 2E1SA 4FECA 3MVXA 3IORA 2XWVA 4THIA 2F5XA 2IA4A 1I6AA 3C36A 1F9BA 4LATA 5KZTA 3MQ9A 1IMCA 3CHGA 1Y9UA 3E4RA 1K9YA 2FVZA 5I59A 5I7IA 1FJ9A 1USYH 1FPBA 3RPLB 4Q5TA 5FHMA 4NHBA 4OQOA 4N17A 2QRYA 4IO5A 3OXNA 5CMCA 3E3KA 2VD2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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