3VXCA

Crystal structure of xylobiose-bxle complex from streptomyces thermoviolaceus opc-520
Total Genus 145
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
145
sequence length
398
structure length
398
Chain Sequence
TITAMVYGDDAVKVQDKAASRFNASAEAKKANAKVKMERIPASDYPAKLRTAMGSPNAPDIFFNWGGGSIKAYKEAGQLVDLTDVIKSDEVLSTGFLPSVVAAGSLDGHEYGIPMRGMQPVLLFYNKSVFAEHKLTPPTTWDQLLDNVAKLKKAGVTPFALGGVEIWPELMWLEYLVDRIGGPQVFDKIRNGDASGWGDPAVLKAAQTVKQLVDEGAFGKGFSSVSYNNGGAPALLAKGKAGMHLMGSWEYSTQLGKFPDFAKKDLGWCAFPSFEGGAGDIRNVVGNPCNYWSVNARTGNKDGAIAFLRDCASEAYTKDLIDNGDVPTTTIAENMLDSSPNPEFAKFQYQLVQKAPNFTLSWDQAVDPDWQQPMLTEINKLFVGKSSPEQFVSALKGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Sugar binding protein
source organism Streptomyces thermoviolaceus
publication title Crystal Structure of Xylooligosaccharide-Binding Protein from Streptomyces thermoviolaceus OPC-520: Dramatic Conformational Change with Ligand binding
rcsb
molecule keywords Putative sugar-binding lipoprotein
total genus 145
structure length 398
sequence length 398
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vxcA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vxcA02
2NVUB 1N3WA 3S2VA 4FJPA 2H98A 3C34A 4ZEKA 1DPEA 5JTYB 1MPBA 4HTGA 4GL0A 3MAMA 4RPNA 4NF4B 3T22A 3CG3A 1MXYA 4HS7A 4OMBA 1A7LA 1JW1A 5DYHA 2OK2A 3WAFA 3KN3A 2V3TA 4OVJA 3CVGA 3M8UA 4PQJA 4DXUA 3LSLA 3DM0A 4JSDA 4JXIA 3A09A 4PFYA 1B6HA 4F1VA 1N04A 2XX7A 3GZGA 4NF4A 4FIMA 4OEUA 1XT8A 2I3WA 3DP4A 3FV1A 1IZ1A 5J1DA 2VOZA 3FXUA 1I69A 3E3KA 3UP9A 4WXJA 1D4NA 4YU0A 4FATA 3ZKKA 4F1YA 4G4PA 4LQ2A 5H8SA 1MM6A 2R71A 5DVIA 3RTWB 1RYOA 1FQBA 1B3FA 1XVYA 4OFLA 4ONYA 3PMVA 4K3FA 4HCWA 1O64A 3TODA 4I9DA 3SEVA 3T9XB 3TPAA 2XHDA 4WKMA 4RJZA 2D3IA 1H44A 4POXA 2O68A 3VLVA 2I4CA 4U22A 3KOSA 4F2OA 2W7YA 1US5A 3OEMA 4YMBA 1B5HA 2ZYMA 1IEJA 1S9TA 4EQBA 4GWOA 4KHZE 3QK6A 1Z7ME 3MPLA 3SEUA 1RKMA 1EZOA 4DCXA 4ND9A 4YKJA 4QFPA 1M5FA 4GIZA 3VLWA 2HEUA 5ITOA 1PEBA 2V93A 3T66A 1JQFA 4U21A 3FGSA 2I48A 4I62A 3H7MA 1IITA 1XC1A 2AL5A 4H67A 3OSQA 3EHUA 2O7IA 2E1SA 1AMFA 4R2BA 3KFMA 1UQWA 3K4UA 4LZ7A 1D9YA 3O97A 3QIMA 1HSLA 1M5DA 1SD3A 4LZ5A 5M2VA 1L5TA 4F31B 1B1HA 3MZBA 1WVJA 3EHTA 1D3KA 1VSOA 3PV0E 1B7UA 4QFNA 2B65A 1FTMA 3Q26A 2AYSA 3TQWA 4R6YA 1GVCA 4PFTA 3HHGA 5FHMA 4P0IA 1OVBA 1FQEA 3B6TA 2ONSA 1VR5A 3CFLA 3K6WA 4R74A 5I2NB 1GTKA 3LBSA 3TCHA 3C4MA 4RK2A 4ISUA 1MXVA 4QF9A 2XD2A 1QUJA 4U4XA 5F1QA 3GBBA 5H8HB 2Q2CA 5FHOA 1USYE 3KGCA 1LBBA 3U93A 1MQGA 1B5IA 2Q8JA 4C1UA 1MPDA 1YPNA 2GH9A 5I2NA 4NWCA 2D21A 1B7HA 4XTCQ 1DMBA 1MS7A 5ICTA 4QSDA 3FVGA 2R9JA 3C9HA 1MG1A 1ZIUA 4NF6A 5H8HA 4R2FA 1SW5A 3SEXA 2B3BA 2B3FA 3CSGA 3K1PA 4F29A 1Y3NA 2G29A 2O1LA 2A5TB 4MLQA 2O6AA 2DE4A 3DP6A 2G93A 3UORA 2F6GA 2H25A 1DOTA 5CRYA 5KZTA 5I58B 1JEUA 4X1DA 1B3HA 3G3HA 1NMUA 2H9BA 2F6PA 1B5JA 1S7YA 3PGFA 3MC2A 3IAZA 3IJOB 2I4BA 4RXLA 3EF7A 2ZYNA 2XXXA 3M3FA 3T96B 2A5TA 3VDFA 5A5XB 4R72A 1A55A 3S4UA 1LCTA 3SDFA 3O66A 2H5YA 4ZE9A 3S9LC 3N6UA 1P1NA 4ELRA 2F35A 3UN6A 4QFLA 5I58A 4RNSA 3GLBA 3G7WA 3FZVA 4N13A 3H06B 3BBRA 4OFOA 2DE2A 2F78A 4QSEA 2CMOA 4IY5A 5DVFA 4F3BA 1SW1A 1BIYA 4PP0A 1YAEA 2PX1A 3MUQA 3OSRA 3VV5A 2LAOA 5A5XA 2VHAA 5I2KB 3QAXA 2UVIA 4F1UA 5CBSA 5DEXB 4F2QA 4IO6A 3PMXA 1JEVA 1QULA 3HV1A 3TTRA 1PB9A 5FTHA 1JNFA 2A5SA 4XKQA 1URSA 3U8QA 4U4SA 3RT8A 4TOZA 2PBWA 4G8MA 2HCAA 5I2KA 4FEBA 4GXAA 4LVQA 3HHFA 5DEXA 4ELPA 3CFZA 1Q1KA 1II5A 2OWTA 1FQAA 3SKPA 2X7PA 5BWJA 2P0SA 3IO4A 2PYYA 1MY1A 1FTLA 1POY1 2QJEA 1LSTA 3I6VA 4JB7A 3TAJA 4GFRA 1B51A 2X7QA 3PUZE 3CSBA 3Q25A 3TTMA 4X1BA 1ZKBA 3K2DA 3SEWA 2Q89A 3VVDA 3EN3A 4RA1A 1TFAA 2YJPA 2XXVA 4EUOA 3OEKA 1GGGA 4NTLA 5EHMA 1SW2A 3IO6A 2F97A 4F3SA 2F8DA 2V25A 3CR9A 4F3GA 1M5EA 5AA3A 4HW8A 1LCFA 1QJMA 4PE5B 4WEDA 1JW4A 2FYIA 2V3UA 3HCQA 2F7AA 3IL1B 4F3PA 1NH8A 1MQIA 3HN0A 3C32A 2I0BA 3RGYA 2UVHA 3H4ZA 1EU8A 5B70A 1CB6A 4OENA 4ELQA 1MY3A 3O28A 1MXWA 1A40A 3CRBA 1MXXA 4UA8A 4ESXA 2XXUA 4P11A 4Q8RA 5H8NB 4OXVA 1BP5A 3IORA 3Q29A 3EHSA 5JTYA 1AL3A 3MVWA 1CE2A 3QXMA 1OMPA 1N7XA 1BLFA 2DVCA 3B6QA 5K2YA 3FIRA 3KN7A 2CZLA 3K6VA 1MXZA 3GBAA 5H8NA 4YB6A 4DE8A 3HPIA 1B52A 4YKIA 2O84X 1NKXA 2HZKA 4IB2A 4QHQA 3LC8A 2DQVA 5CMKA 1B9JA 2QRYA 3VXCA 4ZEFA 2F5XA 4GLIA 5AA4B 2XX9A 4NWDA 4DDDA 4ELOA 1N76A 4DXCA 2WKYA 3TMGA 3OMBA 2Y7PA 4U1OA 2ANJA 1ZJLA 1D9VA 3O29A 1MH3A 2ABHA 2H4IA 3MJNA 1R1NA 1NNTA 3PPQA 3O9PA 2GFEA 4MBPA 1R9LA 1LFGA 4IO7A 3H6VA 4FEDA 4GVOA 4U23A 3B7DA 1I6AA 4KR5A 2UYEA 3SEYA 3FJ7A 2XXHA 3PMWA 4ZEIA 3TZAA 1J1NA 3KZGA 2PT2A 3LSWA 2V3QA 4ZE8A 1YCJA 3FV2A 3IB2A 3G3JA 4H8IA 5I84A 2ONRA 4NF5B 3A3UA 4Q30B 1M5BA 2Z23A 4Z0IA 2Z8EA 5JEIA 3BKIB 3H6WA 3H03A 1Z7NE 2M8CA 4I1DA 4H65A 1MDP1 3QUJA 2DE3A 1IIWA 1QUKA 3K6UA 1A8FA 3K1MA 2QMXA 3DP8A 3IOUA 2DWIA 4F18A 1UTBB 1Y1MA 3VXBA 2RCAA 4NF5A 3SETA 2ZMBA 1QKBA 5L8DA 3P7IA 3PU5A 3FVKA 3G3IA 1AIVA 2ONKE 4OYVA 1FQCA 4BDMA 4YZZA 3LR1A 4H5GA 5CC2A 5I57B 2XXIA 1FCKA 4LONB 4G68B 1UTBA 4P0GA 2XX8A 4DXBA 1P1QA 1IUDA 3TCGA 2NWJA 1JETA 1SI0A 3OOAA 2DS9A 4NEDA 3TFLA 2ZNTA 1JVYA 1DPPA 3IR1A 3B6WA 4R75A 3HSTA 4KYSA 1B05A 5I57A 3S9NC 1NNKA 3DELB 2OBGA 2X26A 3FVNA 2Z8DA 4G68A 1MQJA 1N0TA 1PBQA 2HAUA 3PPPA 2UXAA 4X9TA 5EYFA 1LB8A 4G77A 2I6EA 3MBPA 4KPTA 1NNPA 3PD8A 1LLSA 2ZXTA 1MXUA 3F11A 2RC7A 3MQ9A 1M5CA 1OIBA 2XXTA 5JK4A 3T9VA 1H43A 4FECA 2OJTA 3RN8A 3JZJA 3RTFB 3H6TA 2ZYOA 3PUWE 1LBCA 1P99A 2AIXA 4G8NA 2FA7A 3OO7A 5CBRA 1ZLQA 2GHBA 4H0WA 3ZKLA 2VP1A 3RLFE 1FTKA 1B32A 3N26A 4BLAA 4R6HA 4AB6A 2Z22A 4H8JA 5TPAB 4JWOA 3T93B 4AQ4A 3MZ9A 3FUZA 3OXNA 2F7CA 3FJMA 5IAIA 5H8FB 1XVXA 5CI5A 2Y84A 3DLNA 3KEIA 1B58A 2I49A 2OWSA 4XKNA 3OO9A 4IO3A 1Q35A 2RKMA 1TWYA 5DTBA 1MY4A 2RF1A 2ZNUA 2Y7KA 5CMBA 5TPAA 3L6HA 1Y4TA 1SYHA 2VGQA 4Z7EA 1ANFA 3RUMA 1B46A 1FTOA 1MM7A 2NUVA 5H8FA 3D4CA 1LFHA 4RY1A 1HSJA 2RCBA 1SI1A 2OCUA 3O6IA 4RYAA 3LSFB 1N7WA 1NNFA 3TEPA 3OO6A 3N5LA 2PVUA 4U2RA 3KSXA 1USYH 4BDOA 3N94A 1UIVA 1EZPA 1B7ZA 1ZMGA 4BDQA 4JWYA 4GF8A 1DTGA 5TU0A 3OELA 2DXRA 4RPOA 4ZZEA 1LB9A 3D4GA 3QSLA 1A54A 2AL4A 1T0KA 4OTEA 5H8QB 1H76A 4H1XA 5I56B 3MP6A 1Y20A 3IOVA 3T9UA 1LAGE 3R26A 3USDA 3ONMA 1PB8A 4YKKA 3MPKA 3RNNA 3UK4A 1DSNA 4LA9A 3PUYE 5AE4A 1POTA 4M4GA 2I58A 1MQDA 2DSFA 1VFEA 2H99A 4KCDA 4JBZA 1Y3QA 4IGTA 1MRPA 3HO7A 1B0LA 4OETA 1ZU0A 1ELJA 5HBCA 1SDXA 1UTHB 1PB7A 3MW0A 4G2ZA 4QFOA 3CFXA 3L6GA 2FNCA 1FQFA 5HM4B 3LUYA 4MF3A 3S9MC 3KJTA 4C1TA 2E0SA 1TT1A 3U72A 3O6GA 5EHSA 1RYXA 4MH5A 3IOWA 4Q0CA 2Y7IA 3VFJA 1EZ9A 2KLFA 3KN8A 4I8CA 3CIJA 3SERA 4OEVA 1B4HA 4FORA 4F39A 3KG2A 3ODBA 1B3GA 3FD3A 2ESNA 3K00A 1OVTA 1JW5A 5BUUA 5L9MA 4KQPA 1MH4A 1FQDA 3MWBA 5B7DA 2DWJA 1Y9UA 3IB1A 1BKAA 3MVZA 1AH5A 4IO2A 5AA1A 5CM6A 3E9XA 3IB0A 1NH7A 4TLMB 5AA2B 1XOCA 5ISUA 4GXSB 3QUFA 4QFKA 3M3LA 2UVJA 3MP1A 5CMCA 2HAVA 3PUVE 5DT6A 4YB7A 4OERA 2XXQA 4DLDA 3I3VA 3U94A 3V89B 1B2HA 4ZECA 1KWHA 1AOVA 4EXKA 5L9OA 1B3EA 4R9GA 5AA2A 2O51A 1IXIA 4LQ5A 4TLLB 3G3GA 1NFTA 2PT1A 4IO4A 2P2AA 3FASA 3EQ1A 3O6HA 4THIA 1EH3A 2VD3A 3V8XB 1QUIA 3FVOA 4H5FA 3A3CA 4AB5A 4N07A 4OWDA 4GL8A 2NXOA 2DWHA 3OD7A 4XKPA 1N84A 1Y3PA 3C31A 1VFDA 4DZ1A 2OZZA 4NE4A 2GHAA 4NMYA 2DOJA 4OFJA 5AA4A 4OQOA 5F7VA 3W9WA 1A99A 2I0CA 5ICQA 1I6BA 3I5OA 4FE8A 3JYRA 2XD3A 3Q27A 3VVEA 3FXQA 4RK9A 3IJXB 3C35A 1OLAA 3LSXA 1I6QA 2ZNSA 4WEPA 5AA2D 2IEEA 3TYHA 4PFUA 3RPWA 4LUBA 2DWAA 3C36A 1SBPA 2RC8A 3ECRA 4QRZA 4O3AA 4O3CA 4YICA 2XXPA 2O69A 1SQYA 2OLBA 1R9QA 3U92A 4XIGQ 4OHNA 2XXYA 3MZ1A 2P1SA 2IA4A 3EPEA 1UIUA 3R6UA 3CI8A 3IK6B 1P1UA 2Q88A 4R6KA 4E0WA 4EF2A 3U1OA 1A8EA 3Q28A 4ZDMA 1LFIA 1B0HA 4LATA 3TCFA 3WAEA 2REGA 3FATA 3OO8A 3IX1A 3KOTA 1IQ7A 3GXAA 5TP9B 3PPOA 4BDLA 3RT6B 2HFBA 2DYXA 2F7BA 2XXWA 3O2AA 2RINA 2QS4A 3BFUA 2V84A 5KDTB 1XS5A 1BTJA 4OZ9A 3CG1A 3OENA 2ALUA 2Y7RA 4Q5TA 2XXRA 4PETA 4ESWA 1MDQA 1Y1ZA 3K01A 3T9HB 4DCYA 5TP9A 1SW4A 1IXHA 3KBRA 2NOOA 1B40A 3VE1B 4NF6B 4KYEA 3TELA 1OLCA 3E13X 1XHYA 3ZSFA 2ZYKA 4DIGA 3TQLA 5FTIA 3RY3A 1OQGA 4KD5A 3MP8A 2F36A 5KDTA 1DTZA 4ECFA 1N3XA 3H6UA 3ILUB 1LAHE 3W9VA 1ZBMA 2Z8FA 1MPCA 4GQOA 2DXYA 5HPQA 1URGA 2PMSA 1P1OA 1OQHA 1LAFE 4QSCA 4L17A 4GRKA 1WDNA 5CMMA 5ELVA 3VVFA 2HXWA 1US4A 1PBPA 2YLNA 1R6ZA 4R9FA 3E4RA 4KI0E 2O7UA 4POWA 4XKRA 2I3VA 5DVJA 1O63A 4C0RA 4GOTA 4TQUQ 1H3DA 3ZS6A 1FTJA 3FJGA 2Y7WA 4JDFA 3PD9A 3N6TA 5L9SA 2QS2A 4EQ7A 5I59B 1YTVA 5ITPA 3UA8A 1MQHA 2HQ0A 3KJ7A 3PUXE 2BJJX 4EF1A 1O7TA 2Q9TA 3TKDA 4NF8B 2QSXA 3TUSA 3FXRA 1B1XA 1IXCA 4XXUA 4YB5A 3QYTA 3RQTA 3V83A 4G68C 3M3KA 3AXFA 1GR2A 4YKPA 4F19A 1JVXA 3TTNA 1LGBC 4LZ8A 3SESA 5I59A 1F9BA 4IY6A 4ZS9A 1IXGA 5IKBA 3R7XA 3PPRA 3BFTA 2UYFA 4NF8A 3H3GA 2UVGA 2DVZA 4JWXA 3TTLA 4ZEDA 1PC3A 4EXLA 1B3LA 2QL3A 1TFDA 4ZZAA 3UGWA 1NL5A 4BDNA 3K02A 1ATGA 4YAHX 4U1ZA 2YPNA 2GRVA 3K0VA 4EDPA 3UIFA 5K2XA 4O3BA 1GV8A 4H6DA 2DP8A 3V5AA 3JV9A 4IO5A 1MY0A 2RC9A 1H45A 1SVXB 1URDA 4KCCA 3K1NA 3TTKA 2O1MA 3MVYA 5FHNA 5KCJB 4BDRA 3MVXA 2VD2A 2THIA 2QS3A 4MLVA 4EQ9A 1SYIA 3VLUA 4PFWA 2R6GE 4ZEBA 3THIA 3K6XA 4UACA 4YMAA 3KSJA 1S50A 1VE4A 4X48A 4KYDA 4LP2B 5KCJA 1B4ZA 4MFIA 4IGRA 4OESA 4KFQA 5H8QA 2QPQA 1P1WA 2D5WA 2HZLA 5I56A 3S9EA 3G3FA 4N6PA 2Q2AA 4JSOA 1HSEA 1QW0A 4HCYA 4FAJA 3ILTB 4R73A 3IOTA 1ZTYA 1FW0A 1LAXA 1TXFA 1PDAA 4E0XA 4GD5A 3W15C 2REJA 4F22A 1QKAA 4G8HA 5LOMA 3C33A 1WODA 1MY2A 2QS1A 1Y4CA 3TDJA 3G3KA 2F34A 2QMWA 3PPNA 4M1VA 1QVSA 1UTHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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