3VYDA

Human renin in complex with inhibitor 6
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
340
structure length
337
Chain Sequence
LTLGNTTSSVILTNYMDTQYYGEIGIGTPPQTFKVVFDTGSSNVWVPSSKCSRLYTACVYHKLFDASDSSSYKHNGTELTLRYSTGTVSGFLSQDIITVGGITVTQMFGEVTEMPALPFMLAEFDGVVGMGFIEQAIGRVTPIFDNIISQGVLKEDVFSFYYNRDSQSLGGQIVLGGSDPQHYEGNFHYINLIKTGVWQIQMKGVSVGSSTLLCEDGCLALVDTGASYISGSTSSIEKLMEALGAKKRLFDYVVKCNEGPTLPDISFHLGGKEYTLTSADYVFQESYSSKKLCTLAIHAMDIPPPTGPTWALGATFIRKFYTEFDRRNNRIGFALAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Renin
publication title Design and discovery of new (3S,5R)-5-[4-(2-chlorophenyl)-2,2-dimethyl-5-oxopiperazin-1-yl]piperidine-3-carboxamides as potent renin inhibitors
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 88
structure length 337
sequence length 340
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.15: Renin.
pdb deposition date 2012-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vydA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3vydA01
2V12C 3PVKA 1G2KA 3EL1A 4QJAA 4EQJA 5COKA 3TOHA 3NDTA 3FIVA 3PEPA 1MTRA 3UDKA 2JXRA 2QK5A 2ER7E 1B6KA 1HVHA 4I12A 4EXGA 2WL0A 3OXVA 3PBZA 4PYVA 5P06A 4OBDA 4K4PA 4DQCA 2NXDA 2FDEA 1G0VA 2QU3A 2QI5A 3HVPA 3SAAA 3IA9A 4Y56A 4Y44A 4Y4GA 5P0BA 5P4GA 5P0EA 5DQ5A 2B8LA 5P57A 5P0ZA 4CPWA 3PM4A 1YX9A 4FS4A 4FSLA 5P83A 3HW1A 1ENTE 2RENA 3Q4BA 1M43A 2HB4A 3UFNA 3T11A 1D4YA 3KDBA 5P63A 4LXAA 3TPPA 3QRMA 5P5FA 1LS5A 5P6WA 3NU5A 2HB3A 3IXJA 2JYSA 1APTE 5P4UA 1HPOA 4YCKA 2HB2A 3WZ6A 3JW2A 1B6MA 3N4LA 3OUDA 4B00A 3LNKA 3C9XA 5P8GA 5OZ9A 4B70A 4YD6A 3OUAA 5T4SA 5P72A 5P69A 3NU6A 4J0VA 1QBRA 5P8TA 4APEA 5P4WA 1TZSA 2B7ZA 3QI1A 1HSHA 3S8IA 4NJVA 3UQPA 3SLZA 4Y37A 5P6JA 4AZYA 5P1BA 5P3SA 2PWRA 5OZAA 3FSMA 5EZXA 1ZPAA 1YTJA 5P2XA 2I4WA 4Q1WA 5P6XA 4Y5NA 5P2QA 1EPPE 4Z22A 2P3BB 2MIPA 2QI0A 4I0EA 3QP0A 6UPJA 3OHFA 5DR1A 4B1EA 1D4KA 3PMUA 5COOA 5P65A 3LZVA 1A8GA 4F74A 4EPJA 4TRYA 4OBJA 2JJJA 5P29A 4J55A 5AH9A 5P02A 5P8AA 5P0TA 5P1QA 1LYWB 3DV5A 5P4PA 2G27A 2AQUA 4A6BA 5P27A 2QNPA 4J1IA 4J17A 1RV7A 4Y3ZA 1IDAA 2QD7A 4RVIA 4GJBA 4FRJA 5DQCA 4TVGA 4XX4A 3ER3E 1TSUA 4R95A 5P1PA 4RYCA 1FMBA 1TW7A 3VFBA 3KFPA 1K6PA 2QD8A 3AIDA 4Y5KA 4DPFA 2FNTA 5P05A 2NPHA 5P3ZA 4NPUA 1GNOA 1FFFC 3O9IA 4I1CA 3O9FA 1EC0A 5P3FA 5P3TA 2ZJHA 3TPRA 5P18A 3OGQA 5P87A 3EKXA 4RRNA 4Y39A 2AOGA 4Y4TA 4YBIA 3DUYA 2QP8A 3NU9A 1APWE 3VSWA 4Y9WA 5OZOA 2FGVA 3HDKA 5P8LA 3PGIA 1GVXA 1SDTA 5P1UA 2QMGA 3WSJA 3ZMGA 1DP5A 5P31A 5P2ZA 4FIVA 4R5NA 2V00A 1QS8A 3U71A 1MIQA 3ZKGA 1AXAA 3TOGA 2I1AA 3VLAA 3PRSA 5C9BA 1YG9A 4GJAA 1IZHA 2QHYA 3L5DA 3PCZA 5P7YA 3IXKA 4D89A 3LZYA 5BS4A 2HC0A 2WKZA 5P81A 2B8VA 3H5BA 3HLOA 3HZCA 4I11A 2PMAA 4Y3AA 2NXMA 1NSOA 4U8WA 1SIPA 1FG6C 3KA2A 3QPJA 2PC0A 5P5QA 1N49A 2ZHTA 5P3YA 5P5EA 4PEPA 2BKSA 3G6ZA 5B18A 1XL5A 5P2EA 2QZKA 5P4XA 5P6VA 7UPJA 5P8VA 5ER1E 1FQ5A 3FKTA 3OTSA 1T6EX 3CIBA 2ZHVA 1LF3A 5OZQA 4ER1E 2Q3KA 3B7VA 2AOIA 3UDQA 3NLSA 2XYEA 4OC6B 2R3WA 5P41A 1HVJA 1MEUA 4DVFA 5KR8A 4YD4A 4ZPFA 5P3PA 3DK1A 4YOBA 2J9JB 5P0RA 5C9FA 2IL2A 1DW6C 2B42A 5OZNA 1HVCA 1MT9A 2ASIA 3NUJA 2ZYEA 2VIJA 2VJ7A 2FLEA 3S2OA 1HVIA 2R9BA 1ZAPA 3F9QA 3OADA 3OU1B 3CICA 5P0DA 2WEAA 1CPIA 4I8WA 1Q9PA 2V10C 3SA7A 4GB2A 2AOFA 3EKYA 1TQFA 1BWBA 3LINA 3OQ7A 4A6CA 2XFIA 2AVVA 5BRYA 5P14A 1Z1RA 4ZIPA 5P6OA 1XN2A 2PWCA 5SZ9A 4BFDA 3PWMA 2EWYA 5HE5A 2XYFA 2HPFA 1MESA 1AJXA 5P20A 4RCFA 5AHCA 5P0PA 4GJ6A 5P6RA 5P26A 5OZIA 3JVWA 2G1YA 4Y3HA 5P0XA 2I4QA 1EPLE 3RSVA 3NSHA 1BWAA 2WEBA 4F76A 5P8SA 4TRZA 2IDWA 5P4YA 5P4SA 3GI6A 5P6SA 4IVTA 3BUFA 5JFUA 1BV9A 1XN3A 4EJLA 3OGPA 1ODWA 2RKFA 4KE0A 1FKNA 5P8PA 3NWXA 4YCTA 1W5XA 4BEKA 3QVCA 2QMFA 3PLLA 4NKKA 2ZHSA 5P5TA 5P71A 2QAKA 4CPRA 3CYWA 1HTFA 1RPIA 3IXOA 2PSGA 3S56A 1KJHA 5KOSA 4I0GA 5P33A 3IAWA 1DAZC 4NJTA 5P7AA 2O4SA 1HVSA 5P3QA 1MPPA 5ISJA 1FLHA 5P35A 5P1SA 4EP3A 1IVPA 3APPA 4Y4UA 4EXHA 2AZBA 2I4VA 6APRE 3T7PA 3O9CA 3Q6YA 2I0AA 2FNSA 4K9HA 5P0UA 2NNKA 5P5ZA 1HEGE 1CZIE 2AVQA 1MSNA 5P8KA 3UQRA 1KJ7A 1T7JA 1IVQA 4B1DA 3URIA 3VLBA 1QRPE 1OEWA 2P3CA 2HAHA 3O9EA 5P3LA 3INEA 1WBMA 1LV1A 4COEA 1FB7A 5P3OA 2CEJA 3G72A 4R91A 4FM7A 1A30A 4LBTA 3PHVA 1C6XA 1E80E 5P1MA 5P7FA 3A2OA 2P4JA 5DR0A 3S43A 5DR4A 1SP5A 3SA3A 3L5FA 1EEDP 1T7IA 2PK6A 2QI7A 3D1ZA 3K5DA 3UDYA 3EKVA 3OXCA 3KYRA 3VFAA 2ZJIA 3GGAA 5P7PA 4Y36A 4H1EA 5OZUA 4DJUA 4YHQA 5P42A 5EZZA 1B5FA 4I8ZA 5P1OA 5OZ6A 5P62A 3KM4A 4YD5A 3MXDA 4DQGA 4U7QA 5HVPA 1C6YA 3LIYA 2Q54A 5P2JA 1G35A 3ZKMA 1PSOE 3D1YA 1DIFA 4E43A 3EL0A 3CYXA 4FLGA 3R2FA 1XS7D 4GMIA 2FGUA 1B6JA 1UH8A 4YD3A 2Q15A 4ZE6A 1MERA 1AZ5A 1HXBA 3D3TA 3OOZA 2V16C 3ZKIA 3GGVA 3UDPA 3UPJA 3SO9A 1W5YA 4Y5EA 5HE4A 3LIQA 3S85A 1FQ8A 3KFSA 5P0NA 1HIVA 3INDA 3TKGA 3IVIA 4B05A 5KQZA 2UY0A 5P7TA 4GJ7A 5HCOA 1B6PA 5P2VA 1CMSA 5P3CA 4FSEA 2JE4A 4NJSA 4Z50A 1B11A 4HDBA 2ER6E 1SH9A 2ZJKA 3S53A 5OYYA 5P6MA 2AZ8A 3UHLA 2Q63A 1ZP8A 2CENA 5P2SA 1WBKA 2OHUA 3TPLA 5P7LA 1GNMA 2O4PA 1LYBB 4FRIA 2OAHA 1EBWA 2G1RA 5P3NA 1BXOA 3RVIA 4Y4WA 4J1HA 4PZWA 3BUGA 2G22A 5P8CA 1LZQA 4J5JA 1KZKA 2G1OA 1AAQA 5P8FA 1HPSA 4EYRA 5P5WA 2BPZA 2G24A 4L6BA 5P2LA 5P11A 2QZWA 3PWRA 3SABA 2FS4A 5OZ2A 4J0TA 1GVTA 3L38A 1EC1A 3KDDA 3APRE 3K5CA 1EC2A 3QRSA 1FG8C 5P60A 1YTGA 4Y3RA 3OHHA 3OOTA 5P1AA 3O9LA 5CONA 4OBKA 3HBOA 3EC0A 3GI5A 3O9HA 4ZPGA 5IVTA 4QGIA 2WJOA 3T7XA 2RMPA 4JPEA 2F80A 5OZCA 5P09A 2WEZA 1B6LA 5OZGA 4RVJA 5OYWA 4FAEA 4R93A 4Y38A 4Y3FA 5P0LA 4ACXA 5P0GA 4FE6A 3OQDA 4ZSQA 3EBZA 3OADB 1OEXA 3CKPA 3L5CA 4ER4E 5KR0A 2HPEA 3I7EA 4Z2ZA 1SGZA 2QZXA 3CKRA 4XKXA 3TL9A 2R5PA 3T6IA 1W51A 1XE6A 5P6HA 5OZWA 3BGBA 4Y5BA 2FDDA 1A9MA 4GIDA 5P56A 5P61A 5P2KA 2AVSA 3VCMA 3VV7A 2WF1A 3DCKA 1FQ6A 5OYUA 3NU4A 3QROA 2OHPA 1E5OE 3FNSA 4J0PA 2BKTA 4Y3QA 3I25A 5P28A 2AODA 3VEUA 5JODA 1FQXA 5P6AA 5P88A 1MT7A 2UPJA 3UDHA 4B72A 3WB5A 4LXKA 3VF3A 2O4NA 5OYTA 1GVUA 5HDUA 3SA4A 4KE1A 5P8MA 3OUBA 5P43A 5P7HA 4Y50A 4Y47A 5P8DA 4AUCA 3O99A 3NXEA 3URLA 5CLMA 5P0SA 4YBFA 2FIVA 5P7VA 3UTLA 2VJ6A 2XFKA 1DMPA 1K6TA 5P10A 5OZ1A 2QD6A 4ZEAA 5KQXA 4L7HA 4OBZA 1HIHA 2IKOA 3UQXA 2PYMA 5P4JA 5P5PA 3WZ7A 4S1GA 3CIDA 3R4BA 5P4HA 3PI5A 5P2FA 1PPKE 2PSVA 4IVSA 5OZEA 3OTYA 5P23A 5P52A 2Q5KA 3FNTA 4Y53A 5P53A 1AVFA 4Y35A 1M0BA 5P38A 5P8BA 5OZBA 2CEMA 4ZLSA 5F00A 3DM6A 1IZIA 4OD9A 5HDZA 4CPTA 5KR2A 5OZ5A 3ECGA 4D85A 5P00A 4H3JA 5P6QA 3TLHA 3TKWA 3BXRA 5P89A 5P76A 5P13A 5P5SA 4Y5AA 3ZL7A 2OHNA 5HU0A 2AOEA 4J1CA 4OBGA 3UQWA 2NMZA 5P4RA 5P6PA 3O9DA 3U6AA 4EJDA 3S43B 1GNNA 1W6HA 5P8UA 5OZKA 1YTIA 5P5MA 5P75A 5OZ7A 1LYBA 4F73A 4NPTA 1IIQA 3TTPA 2V13A 5OZZA 4ZSMA 5IS4A 2QU2A 1BXQA 5SXNA 1GVWA 4Y51A 1FMXA 1QBTA 4Y3LA 1J71A 1SMEA 1B5FB 5OZDA 3M9FA 5IVSA 3GI4A 2OHTA 2QMPA 3TOFA 1TSQA 3GGUA 1K1UA 2Z4OA 5ENKA 4MC2A 3EM4A 3NXNA 4Y3XA 1GKTA 3L59A 5TOLA 2G1SA 2R5QA 1PPLE 2G1NA 3UDNA 5HTZA 2VIYA 4DI2A 5P8IA 5P8EA 4EJKA 2BB9A 4LXMA 3NR6A 1BDLA 1A8KA 1IBQA 5P0QA 2OHQA 2QHCA 4X2LA 5AHBA 5P5RA 5P1TA 3VF7A 5AGZA 3PWWA 1FQ7A 3AUPA 4MC9A 3EXOA 2B7FA 4QJ6A 4YOAA 2OHKA 3EM3A 1PFZA 3N3IA 2AVMA 4Z4XA 5P7EA 2R3TA 1ZSRA 3SM1A 3OXWA 3Q3TA 5P70A 3OQKA 5P08A 5P0WA 5DPZA 5P3EA 4I0FA 5DQ2A 4GJ9A 3NDUA 4Y58A 2PSUA 2VA5A 5P1IA 1VIKA 1EPOE 1SDVA 4Q1YA 2ER9E 4CPXA 1MUIA 2B60A 7HVPA 5P7SA 3LIZA 4FRKA 3ZKSA 3K5GA 2PQZA 2ZJLA 5IVRA 5P1DA 2PH6A 1T3RA 5P5OA 1Z8CA 5IE1A 3ZPUA 5P58A 2G94A 4DUSA 3ZPSA 3OQFA 4DJWA 3QN8A 1HTGA 5P1CA 4L1AB 2IS0A 4Y3JA 3EL9A 1C70A 5OYRA 1K1TA 3I6OA 4LC7A 2A1EA 4I0DA 2H6TA 1BDRA 3O9LB 1HWRA 5OZJA 5P3MA 1FEJC 2OHRA 3PSUA 3KDCA 2I0DA 5P59A 5P8OA 2PYNA 4JP9A 5P3VA 4Y4BA 2AZCA 1ZJ7A 5P01A 5P4AA 1ODYA 5OZ0A 4I10A 3S7MA 4X7IA 1HXWA 4KUPA 5OZXA 2F3KA 2ZHRA 4HZTA 3S45A 5P4QA 5P5YA 4QJ8A 3OU4A 4CKUA 1LEEA 3EKPA 2P3DA 4GJ8A 4Y4AA 5P5KA 3L58A 4RGHA 4Y3GA 5P5VA 2VKMA 3BGCA 4I0ZA 2F3FA 4HA5A 1KJGA 5P39A 5P17A 4UPJA 4TRWA 5P1FA 5P40A 3UQUA 1HOSA 5P0JA 3GGXA 4DJYA 5P4KA 4Y5MA 3R0WA 4ER2E 5P32A 1IZDA 1G6LA 1AIDA 3OY4A 5P4DA 2PK5A 2ZJNA 2I4UA 5P0KA 3VUCA 1QBUA 2BPVA 4RLDA 3KFNA 5OYZA 5P8JA 5OZPA 2BPXA 1K2BA 4CPSA 4H3GA 1EPRE 5P1YA 4DV9A 4CPQA 1K6CA 4DQFA 3UF3A 5DQ1A 4RRSA 1FMUA 3OAGA 1XL2A 3OWNA 5P4FA 3K4VC 1ZBGA 5AH6A 2IGYA 2WEDA 2QZLA 1HVRA 4K8SA 5P25A 4OBFA 3FX5A 5P3DA 5HDVA 5P0OA 5P1JA 5DGWA 2AZ9A 3KT5A 3D1XA 3OUCA 1D4JA 1QDMA 1EBZA 5P5AA 3SM2A 4Y6MA 2UXZA 5OZMA 2NR6A 4OBZB 3L5BA 1K2CA 3DCRA 3DOXA 3SPKA 4FGXA 4Y4XA 5P5HA 5P6ZA 5P7UA 5KAOA 5P3HA 4QLHA 2VNNA 4Y3DA 5P86A 3ZKQA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2V12 C;  3PVK A;  1G2K A;  3EL1 A;  4QJA A;  4EQJ A;  5COK A;  3TOH A;  3NDT A;  3FIV A;  3PEP A;  1MTR A;  3UDK A;  2JXR A;  2QK5 A;  2ER7 E;  1B6K A;  1HVH A;  4I12 A;  4EXG A;  2WL0 A;  3OXV A;  3PBZ A;  4PYV A;  5P06 A;  4OBD A;  4K4P A;  4DQC A;  2NXD A;  2FDE A;  1G0V A;  2QU3 A;  2QI5 A;  3HVP A;  3SAA A;  3IA9 A;  4Y56 A;  4Y44 A;  4Y4G A;  5P0B A;  5P4G A;  5P0E A;  5DQ5 A;  2B8L A;  5P57 A;  5P0Z A;  4CPW A;  3PM4 A;  1YX9 A;  4FS4 A;  4FSL A;  5P83 A;  3HW1 A;  1ENT E;  2REN A;  3Q4B A;  1M43 A;  2HB4 A;  3UFN A;  3T11 A;  1D4Y A;  3KDB A;  5P63 A;  4LXA A;  3TPP A;  3QRM A;  5P5F A;  1LS5 A;  5P6W A;  3NU5 A;  2HB3 A;  3IXJ A;  2JYS A;  1APT E;  5P4U A;  1HPO A;  4YCK A;  2HB2 A;  3WZ6 A;  3JW2 A;  1B6M A;  3N4L A;  3OUD A;  4B00 A;  3LNK A;  3C9X A;  5P8G A;  5OZ9 A;  4B70 A;  4YD6 A;  3OUA A;  5T4S A;  5P72 A;  5P69 A;  3NU6 A;  4J0V A;  1QBR A;  5P8T A;  4APE A;  5P4W A;  1TZS A;  2B7Z A;  3QI1 A;  1HSH A;  3S8I A;  4NJV A;  3UQP A;  3SLZ A;  4Y37 A;  5P6J A;  4AZY A;  5P1B A;  5P3S A;  2PWR A;  5OZA A;  3FSM A;  5EZX A;  1ZPA A;  1YTJ A;  5P2X A;  2I4W A;  4Q1W A;  5P6X A;  4Y5N A;  5P2Q A;  1EPP E;  4Z22 A;  2P3B B;  2MIP A;  2QI0 A;  4I0E A;  3QP0 A;  6UPJ A;  3OHF A;  5DR1 A;  4B1E A;  1D4K A;  3PMU A;  5COO A;  5P65 A;  3LZV A;  1A8G A;  4F74 A;  4EPJ A;  4TRY A;  4OBJ A;  2JJJ A;  5P29 A;  4J55 A;  5AH9 A;  5P02 A;  5P8A A;  5P0T A;  5P1Q A;  1LYW B;  3DV5 A;  5P4P A;  2G27 A;  2AQU A;  4A6B A;  5P27 A;  2QNP A;  4J1I A;  4J17 A;  1RV7 A;  4Y3Z A;  1IDA A;  2QD7 A;  4RVI A;  4GJB A;  4FRJ A;  5DQC A;  4TVG A;  4XX4 A;  3ER3 E;  1TSU A;  4R95 A;  5P1P A;  4RYC A;  1FMB A;  1TW7 A;  3VFB A;  3KFP A;  1K6P A;  2QD8 A;  3AID A;  4Y5K A;  4DPF A;  2FNT A;  5P05 A;  2NPH A;  5P3Z A;  4NPU A;  1GNO A;  1FFF C;  3O9I A;  4I1C A;  3O9F A;  1EC0 A;  5P3F A;  5P3T A;  2ZJH A;  3TPR A;  5P18 A;  3OGQ A;  5P87 A;  3EKX A;  4RRN A;  4Y39 A;  2AOG A;  4Y4T A;  4YBI A;  3DUY A;  2QP8 A;  3NU9 A;  1APW E;  3VSW A;  4Y9W A;  5OZO A;  2FGV A;  3HDK A;  5P8L A;  3PGI A;  1GVX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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