3W8JA

Crystal structure of p5 a0 in a complex with prx4 c-term
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
121
structure length
121
Chain Sequence
LYSSSDDVIELTPSNFNREVIQSDSLWLVEFYAPWCGHAQRLTPEWKKAATALKDVVKVGAVDADKHHSLGGQYGVQGFPTIKIFGSNKNRPEDYQGGRTGEAIVDAALSALRQLVKDRLG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Synergistic cooperation of PDI family members in peroxiredoxin 4-driven oxidative protein folding
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protein disulfide-isomerase A6
molecule tags Oxidoreductase/isomerase
source organism Homo sapiens
total genus 38
structure length 121
sequence length 121
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.4.1: Protein disulfide-isomerase.
pdb deposition date 2013-03-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3w8jA01
3ZFLA 3A2XA 4V1Ap 4TXOA 2F8FA 1M7TA 2L5OA 4CHSA 2VL9A 1Z7RA 2V2GA 1YKCA 3ZLPA 1FB6A 4HOJA 5JWOB 22GSA 1JZOA 1BQ7A 3VWUA 1MDKA 3EMXA 4K8MA 3CTFA 1IYIA 4EUYA 1QK8A 4MZWA 2A4VA 1T1VA 2TIRA 1TRWA 3OR5A 2H6ZA 2V41A 3I69A 3LXZA 5LNKe 5D8IA 4YAVA 1HYUA 2J23A 4N0VA 4KH7A 1EWXA 1B4PA 1RK4A 4IJ3A 2ON7A 4XCSA 1XWKA 2R2JA 4TXOB 4P3YB 2VM2A 1G0TA 2QGVA 2VLUA 2VIMA 3HZ4A 3HVVA 2MYGA 4O92A 3EURA 1GLPA 3O3TA 1PX7A 3CRTA 4KUNA 1YJ6A 3H93A 1I9DA 2HFDA 4BVYA 4I2TA 4G2EA 4TOPA 3UJ1A 2YWIA 6GSSA 1RW1A 4RI7A 5D73A 2DJ3A 1HQOA 1JZDA 4NHZA 1X5CA 1SYXA 2YWMA 3QCPA 7GSSA 9GSSA 5DBQA 5A4UA 2IMDA 5CREA 4N30A 3UIWA 2R4VA 2B1KA 4F0CA 5J9CA 3TJKA 5ECNB 2XPEA 4Q5QA 1QFNA 4MJBA 6GSVA 2DIZA 5DJMA 1FVJA 2WJUA 2K18A 2H76A 3ZL5A 4L5LA 4MDCA 1OC3A 4TR3A 1G7EA 3Q74A 1B8XA 2IMIA 2JZTA 5IMZA 5F0GA 1T3BA 2AUVA 3E0UA 2JADA 1UC7A 2ZUPA 1H4OA 4KGIA 1NHYA 4IP1A 4FYCA 4MZCA 5GZZB 2CVBA 3N9JA 5JCUA 3KM6A 4MH3A 3ZITA 4BVXA 3PINA 2HRNA 3HCZA 3H4KA 4DSRA 3I6AA 2GSRA 4MZBA 4K7IA 2K9FA 3L9SA 5IM9A 5E59A 2FA4A 4PNGA 1THXA 4DSQA 4JEDA 2JSYA 13GSA 5FWGA 2DJKA 3FW2A 2ALBA 1YZXA 5F07A 4GWRA 5E4WA 2B1LA 1S3CA 4KSOA 5DCHA 2H8LA 2V1MA 2HNLA 3QAGA 4GQFA 3HJOA 4GLTA 1K0CA 2IMEA 4J56E 1DE2A 2FWGA 1FO5A 4X43A 2WGRA 2MMNA 4OD7A 10GSA 2KHPA 3P90A 1CQHA 1MD3A 4DVCA 2IIYA 2X64A 3M9KA 3KJYA 3QFBC 5C00A 1M2DA 2RUEA 1X5EA 3M1GA 2JZSA 4ZB9A 1OC9A 3DYRA 4CW9A 2WS2A 2DJJA 3KTLA 1K0BA 3E3EA 2A2SA 3IR4A 2R6KA 1V40A 2B5XA 3UMAA 1V98A 4EE0A 4JRRA 2KP1A 3TKPA 3GL3A 3HDCA 4MA9A 1JZRA 2OE0A 2O89A 1NHOA 1VGLA 2X8HA 4NWYA 3FZAA 5D9VA 3QR6A 5KN0A 4D73A 5HFGA 3WGDA 3H1NA 1ERWA 1OC9B 1V9WA 2NDOA 2ES7A 3GN3A 5CYYA 5DDLA 1PKZA 5D9WA 3KTBA 1ZZYA 3KMNA 3PR8A 2C3QA 4GTUA 4ZXGA 1E6BA 3FRCA 1PMTA 2VO4A 1AQWA 2NPBA 1FW1A 1SJZA 1LU4A 1X0RA 1Z6MA 1XBSA 2IL3A 4ECBA 2GVPA 4ZIJA 4YH2A 1TRSA 3O76A 4Q5NA 3ZTLA 3BBYA 1ZYEA 2WRTA 1F2EA 2BTOT 4OO5A 5ELAA 4ECCA 3ERGA 3FKFA 1R7HA 3LQ7A 1SKRB 3F3RA 4ECIA 4D73B 3I43A 2EIQA 4F03A 4HZ4A 20GSA 3UBKA 1V58A 4IKHA 1X9SB 3GX0A 3QAWA 2F3MA 4N10A 2R37A 3KZQA 3TRXA 3MNGA 6GSTA 1WP0A 2RM6A 4AJ8A 3HA9A 2VLTA 4GSSA 1OE7A 1ERVA 3D4TA 1FAAA 3Q19A 4BL7A 3GKKA 4HEA2 4PURA 2GZYA 2DIYA 3FHKA 2L59A 2FGXA 1SD8A 3GNJA 5EL8A 1W4VA 4HJ2A 1CQGA 2XPDA 5ECRB 4MF7A 1GUMA 1XWGA 1G6YA 2PUKC 1K0AA 2VCTA 1PGTA 4WR4A 4LL1B 3TDGA 4JU5A 2KLXA 4K7OA 2YP6A 5AGYA 5IMFA 1SK2A 2P0GA 5J9BA 2I1UA 5IPHA 5HQPA 3ERWA 4IQ1A 4K1FA 3L0HA 3RPPA 3BJ5A 1FG4A 3TKRA 5ID2A 1U88A 4I8BA 3W8SA 3Q6OA 1WMJA 1A23A 4LA1A 2MBSA 1TI3A 2QC7A 3TJFA 2L6DA 3WYWA 3FR3A 5B6MA 1VF2A 2DJ1A 3CSHA 2I4AA 2EIRA 1K3YA 3I9V2 3PH9A 2N5BA 4OFMA 3CRUA 4IJIA 3TKSC 1K3OA 1WJKA 1PL2A 3F3QA 2L4CA 2BJXA 1GL8A 5DQSA 1XWCA 3NZNA 1ML6A 5G2ZA 5LD0A 3ERFA 4XS1A 1YF0A 4WR5A 5ECQB 1TW9A 1DBYA 5A4WA 1USBA 4MF5A 3VWXA 2H1GA 4KA0A 5ID2B 2VL2A 1A24A 3E9JB 3H8QA 5G1KA 1BYEA 1OKDA 4TR1A 4POBA 4NV5A 1BJXA 2XBIA 3LEFA 2FWFA 4ZL9A 4XTSA 2NBSA 2HE3A 3ZFBA 5HFKA 2FD3A 5CRGA 3RAZA 3FR6A 5J3RA 1ERTA 4F9ZA 4J57E 4GSNA 12GSA 1S3AA 3EINA 1QQ2A 1SKSB 4JE1A 1Z9HA 1U3IA 3GUSA 1SL1B 1JHBA 1SD9A 2LRCA 2PN8A 3ME7A 3K8NA 2V32A 3LYKA 3LXTA 2O8VB 3ZYWA 3LJRA 2HZEA 1O73A 5H5SA 4HUAA 2C0GA 4GSTA 4KE3A 4TR1B 3GYKA 2C80A 3DRNA 3GIXA 3KGKA 4K7NA 6GSWA 4F82A 3IRAA 5GAND 2F8AA 1U6TA 2YN1A 5CAXA 4OCEA 4HDEA 2L4QA 4OFTA 3HJPA 11GSA 3L9UA 3TKSE 3APSA 2H72A 4JR4A 3HXSA 3D6IA 1A2MA 2H0GA 4L0WA 3TGZA 4QL9A 1AQXA 1PKWA 2K8VA 4XRDA 1JZWA 1Y25A 3VI5A 1JLVA 2X8GA 1ZL9A 2HZEB 3GL5A 2GZZA 1J9BA 5G5FA 2YANA 5CNWA 2IMFA 3U5RE 4ZB8A 4I2UA 1OYJA 2PVOC 4EKZA 1THOA 4I5QA 1TOFA 3LGCA 5G30A 1TRVA 5A5KA 4X0XA 3FZ5A 3BOAA 3G7IA 2AV4A 3GRXA 4LMWA 2LRNA 4XHMA 4KCEA 3LFLA 1GLQA 1WWJA 2DJ0A 1RQMA 3VLNA 1MDJA 2PVQA 1GWCA 5ECLB 3C1RA 2VUPA 1GH2A 4RQXA 1SENA 2VCVA 5DVBA 5AIVA 1ZYQB 2O87A 1ON4A 2CAQA 3FEUA 1XXUA 3G9BA 2ZNMA 4MCUA 3A3TA 3L9VA 4OFNA 5G5EA 3ZIJA 3TOUA 2BMXA 1EV4A 2TRXA 4FIWA 4K6XA 1F3AA 1Q4JA 2DC5A 5HR3A 4L5OA 1GUHA 1ILOA 2E7PA 3WT1A 4PX1A 2FNOA 2QKEA 3UVTA 1XW9A 4RI6A 3QFAC 1DSBA 2FA8A 1MD4A 5J41A 1AUCA 2CAIA 4ZL8A 2LUSA 4IVFA 4JR6A 2M80A 1SJ6A 1EGOA 2XBQA 1QMVA 1G7OA 2WULA 3IAS2 3UARA 1GUKA 1ACVA 2VAFA 3C73A 3DVXA 4QQ7A 2F51A 5KN1A 2LRTA 2FY6A 3P2AA 3HD5A 2YCDA 2GS3A 6GSYA 4POKA 3IDVA 4XIHA 4IP6A 4XS6A 4EC0A 3NIVA 2RUFA 2O85A 5B8AA 4DEJA 2KP2A 4X1UA 4Q5RA 3M0FA 3EC3A 3ED3A 3IBHA 3V1WA 4WBRD 1LJRA 2YJ7A 1GSUA 3W8JA 5IO2A 1B9YC 3ZIVA 3C1SA 1ZCPA 1XVQA 1X9WB 3TOTA 2HI7A 3IA1A 3TCOA 1BEDA 2GLRA 3GKMA 2C3TA 1SU9A 1TRUA 5ECOB 3GMFA 1TTZA 1YEXA 1OE8A 1M9AA 2GQKA 3M8NA 3P8WA 4BA7A 2CV4A 5IMDA 5ABRA 2VCXA 1XFLA 2H73A 1GULA 1K0NA 3IPZA 3RHCA 2H19A 2K8SA 2CZ2A 3IAM2 1XWBA 4POMA 3HY2A 1Z6NA 4GQCA 2KUCA 2PGTA 4ZBBA 2VM1A 2PMTA 3CSJA 1OVNA 5IMCA 2IN3A 3QDNA 5IPGA 2H75A 4CDOA 3KH9A 2WFCA 3CMIA 1YF1A 2L57A 2VD1A 2CX3A 1KNGA 4TR4A 2YPMA 3FR9A 2MMOA 2X8CA 3EU4A 4K0NA 2CZ3A 1EEMA 2L6CA 5J5NA 1XCCA 1MTCA 3TUEA 3IXRA 3GFKA 4EDYA 2EIOA 1NSWA 1VRSD 4N0ZA 2TRCP 3GURA 4LLRA 3VWVA 4TKYA 3TJGA 3HVXA 4GRFA 4N11A 2YNXA 1H75A 2GSTA 4RUVA 1O7UA 1VF1A 1GSEA 3IOSA 4L8EA 2CVKA 1TK5B 1IYHA 1SYRA 1TKDB 3F63A 5DALA 2FLSA 18GSA 5HR2A 1R26A 1SL2B 2HSHA 4WEYA 4PUFC 3DGQA 2CVDA 1SJIA 5CP1A 3KCMA 2C0EA 2J9HA 4GF0A 2LNSA 2H74A 2M72A 3TRQA 4HQSA 3WT2A 3HVSA 3ZREA 4H86A 2CA8A 3CTGA 1R5PA 1EV9A 2FHEA 3VPQA 4O32A 3EWLA 3UL3A 3SWLA 4XRAA 3DMLA 4WF5A 5DJLA 2H1DA 1NM3A 1WPIA 4OCFA 3HZ8A 2GSQA 5IQYA 1XPVA 3BCIA 3NOFA 3ZVJD 2YWOA 2OADA 4EO3A 2M46A 4YQMA 5DALB 3DEXA 4MLYA 2PU9C 2B5YA 4EF0A 5J4UA 1AIUA 3ZMKA 4O7HA 2VL2C 4IELA 3ISOA 2C4JA 3MWHA 5JCGA 3DKSA 1N2AA 4IGJA 1O85A 1PA3A 2REMA 3KP8A 2CT6A 2YZUA 4PQHA 2GGTA 2K6VA 3VI7A 3GV1A 4ILFA 2A2RA 4L0UA 1XVWA 4YAPA 5G1LA 2LV3A 5GSTA 1T8EB 5JCWA 2DMLA 2AAWA 1ABAA 3LSZA 2IJYA 3DVWA 1TU7A 1XZOA 2OBKA 1O6JA 3SBCA 1DE1A 2H6XA 4GXZA 4KB3A 1WE0A 1B4QA 2JACA 3M9JA 3MAKA 4PQIA 5F05A 3LG6A 2MMZA 3GSTA 3EYTA 2H30A 3WD6A 1QXHA 4TVEA 2EC4A 3C71A 4ACSA 3VFIA 5B7CA 2HZFA 3APOA 1G6WA 4ML6A 4K9ZA 2MZCA 1UVZA 1PD21 3KH7A 1HNCA 3GSSA 4MJEA 2WB9A 5IO0A 3A2WA 3US3A 5LCZA 1U3AA 3VK9A 1UA5A 3GX8A 1SKWB 1GTAA 1K0OA 2E0QA 4ZBAA 3F4RA 2QSIA 4MPGA 3TJJA 4OWYA 3UVHA 4FO5A 1PL1A 3D0ZA 1OC8A 1GP1A 5D9TA 2MBTA 2PWJA 2P5RA 2NVLA 2PBJA 1XW5A 5F8BA 2PERA 1QGVA 3DIEA 2ON5A 1PQNA 2RM5A 3R2QA 17GSA 2VCWA 1FOVA 2L5LA 4LMVA 2AB6A 4RQRA 1URMA 5G31A 2HYXA 1QUWA 4V2LA 4NXIA 5DAKA 2H6YA 4HQZA 4PNFA 5HR1A 1EOHA 2VOCA 4F2IA 1GTBA 2DJ2A 5JWRB 4IS0A 1C72A 1YY7A 3KMOA 1GTIA 2C0DA 1M2BA 4HS1A 2AJQB 3P7XA 1FVKA 2IFQA 4PQ1A 2D2ZA 3A2VA 2V6KA 1TK8B 1M9BA 4HZ2A 4ECJA 4NV2A 3G7YA 5H5RA 1YEPA 4AJ7A 3D4MA 5EPFA 3ZVJA 1HD2A 5B6NA 1AC1A 3S9FA 1EOGA 1O8WA 2X99A 5IOXA 2N5FA 3RPNA 4FH8A 1AQVA 2VLVA 4HU9A 5GAPD 5EY6A 1EP8A 2HSYA 3J7Yb 2GDRA 2LJRA 5DAKB 3J7Yk 1M0UA 2LEGA 1ZOFA 3GH9A 4MK3A 2E2GA 3QPMA 3QOUA 2IFQB 1F6MC 4IBPA 2OKAA 2H1BA 2NTOA 1PSQA 2WCIA 1AW9A 3BCKA 1ST9A 1YQ1A 3UBLA 3TRPA 4KCAA 1M99A 3TJBA 1B9XC 4DSSA 1SK0A 1HNBA 4WXTA 4BWQA 3ME8A 3IC4A 3LORA 1K0MA 1AXDA 1GSDA 2N5AA 4AJ6A 3LWAA 5D93A 4YQUA 1GTUA 4TXVA 4HU7A 2Z9SA 5KN2A 2OA7A 4KSMA 4FYBA 2H70A 4MJCA 4O5RA 5KEJA 1YDKA 3VWWA 2YWNA 1Z5YE 2R5GA 3A5WA 1SK1A 2P5QA 3TKQA 3FYGA 4PUAA 3MDKA 1A0FA 1TP9A 3QD9A 4AGSA 1GNEA 1Z3EA 2B6MA 2OE1A 3FZ9A 5ENUA 4DSSB 4PGTA 5JWQB 5HFIA 2YOIA 1A2JA 3VURA 3GHAA 2G2QA 2B7JA 4G10A 2IWTA 4GCIA 3IHQA 3L4NA 4WETA 4KW6A 1TJDA 1AAZA 2HT9A 2OBIA 1R4WA 1GSQA 4WF4A 5ECHB 1O81A 3EU3A 1EGRA 3GKNA 3APQA 3VPTA 3O6TA 3D21A 4MJAA 1X5DA 2H1AA 3QAVA 1BX9A 2ZCTA 4EXJA 3L78A 2B7KA 1VF4A 4YQVA 4E8EA 4MP4A 3IK7A 4POLA 5AISA 4EL1A 2AYTA 2GQMA 5C04A 3JCML 2H0HA 3CBUA 1Q98A 4KDXA 5CRDA 2RLIA 2VCQA 1Z7PA 5F06A 4XS4A 4NPBA 2LTKA 3KXOA 1S3DA 3F9UA 2JZRA 3AY8A 2FWHA 3GTUA 3F4TA 4HJMA 1XWAA 3UAPA 2H0IA 4NAXA 1EP7A 1V2AA 3HYPA 5B8BA 3QMXA 4IN0A 4JBBA 1X9MB 2FCHA 5CRHA 1E2YA 1GRXA 4V1Ag 4KNDA 2CQ9A 3ZMLA 3UEMA 4TR0A 1BAYA 3M3MA 4XS4B 2E2MA 1N8JA 5CO3A 2I9HA 4PXOA 5FHIA 2YV9A 3GA4A 5IMVA 4TW5A 3GTUB 3CXGA 3ZZXA 4KAEA 3F6DA 5D96A 4BPYA 3BD2A 2C0FA 3W6GA 2DBCA 1V57A 2LNTA 1DUGA 5EVOA 3N5OA 5ECSA 4TRXA 3FY7A 14GSA 4EDZA 1YKAA 2LQOA 3DD3A 3KIJA 3U6VA 1JFUA 2LQQA 5IMAA 2WZ9A 1WIKA 1MDIA 4F0BA 2VCZA 2GZPA 1T4ZA 1T00A 2G0FA 3MSZA 4Z7XA 2LKUA 3C8EA 4JZQA 1JLWA 1GSYA 4ULXA 5L71A 5A4VA 2OACA 2XC2A 1J0FA 6GSUA 1K0DA 2C3NA 2GSSA 2H01A 2FWEA 1OKTA 3EVIA 4NHWA 1ZGNA 4K0GA 1F37A 2O7KA 2LJAA 4ML1A 1ERUA 5AN1A 3WGXA 3D22A 1TDIA 3HKRA 1O8XA 1J08A 4ZL7A 4MPFA 2LSTA 2OJLA 3HJMA 4IQAA 3DWVA 1KBNA 2GTUA 1B48A 5D9XA 1TK0B 2XHFA 5INYA 3F6FA 1NW2A 3H79A 3F8UA 5KN3A 2C1YA 4WBJA 6GSXA 3FK8A 3LYPA 3CYNA 4FYUA 2IMKA 2YJHA 4Q5FA 3RDWA 3TB2A 1A2LA 1FB0A 4LL4B 1GSSA 5H5QA 3PGTA 1WRYA 2YV7A 1K3LA 4ZILA 4KX4A 3ZRDA 2R3XA 5AIXA 5IIZA 3RBTA 4ID0A 2OE3A 4TN8A 1XOBA 2HXKA 2JL4A 4I6XA 2DSAA 3UOMA 4KDUA 1Y6EA 1EEJA 2MMAA 4ZB6A 2VL3A 1R5AA 4V2MA 1VF3A 2IPAA 4AF2A 2HRFA 4MH2A 5ECIB 1PX6A 1TU8A 1TXXA 2DMMA 1WOUA 3DXBA 4MMMA 5ECMB 1I5GA 1LBKA 4OO4A 1M2AA 1ZMAA 5COHA 5HR0A 5ECKB 1A0RP 3IV4A 1OAZA 4ZBDA 1BG5A 2LJKA 2JSZA 1XIYA 3F4SA 5GSSA 2V6OA 3Q18A 1HNAA 3KEBA 2I3YA 19GSA 4G9HA 5DCGA 2GT5A 1KEBA 1T7PB 2I81A 3CSIA 2DLXA 3EE2A 2HLSA 1PN9A 4MABA 3KD0A 2H66A 2CX4A 4IW9A 3HHVA 2B5EA 1U87A 3IE3A 3WGEA 4OMVA 1GSFA 16GSA 1A8LA 3FZ4A 4I97A 3GKXA 3F0IA 1MEKA 1KTEA 3EMPA 2LS5A 5FT3A 3GH6A 3KP9A 3RHBA 1GNWA 4E8HA 4G19A 3C7MA 5ELGA 3D5JA 1TI1A 4MF6A 2VD0A 2KOKA 4BWSA 8GSSA 2C8UA 4ISDA 1UN2A 2H71A 4V2NA 1F3BA 5ECPB 1T4YA 4J2FA 3G7JA 4K2DA 1XW6A 5CRWA 1SL0B 4HI7A 4QL7A 1A8YA 2JU5A 2F9SA 5IOWA 1W89A 2GQLA 2YZHA 1PRXA 4WKWA 2PPTA 2B3SA 1FHEA 2GT6A 2AHEA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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