3W9VA

Crystal structure of refolded ding protein
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
376
structure length
376
Chain Sequence
b'DINGGGATLPQKLYLTPDVLTAGFAPYIGVGSGKGKIAFLENKYNQFGTDTTKNVHWAGSDSKLTATELATYAADKEPGWGKLIQVPSVATSVAIPFRKAGANAVDLSVKELCGVFSGRIADWSGITGAGRSGPIQVVYRAESSGTTELFTRFLNAKCTTEPGTFAVTTTFANSYSLGLTPLAGAVAATGSDGVMAALNDTTVAEGRITYMSPDFAAPTLAGLDDATKVARVGKGVVNGVAVEGKSPAAANVSAAISVVPLPAAADRGNPDVWVPVFGATTGGGVVAYPDSGYPILGFTNLIFSQCYANATQTGQVRDFFTKHYGTSANNDAAIEANAFVPLPSNWKAAVRASFLTASNALSIGNTNVCNGKGRPQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Phosphate-binding protein
publication title Crystal structure analysis, overexpression and refolding behaviour of a DING protein with single mutation.
pubmed doi rcsb
source organism Unidentified prokaryotic organism
molecule tags Transport protein
total genus 117
structure length 376
sequence length 376
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF12849 PBP_like_2 PBP superfamily domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3w9vA02
3.40.190.260 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 3w9vA01
2YJPA 1TFDA 1USYE 3VE1B 4OEVA 4HS7A 3PMXA 1UIUA 3QIMA 5JEIA 3MVWA 3OSRA 3OO7A 3OO6A 1S7YA 3S9LC 2XHDA 1N7WA 1KWHA 1JVXA 5L9SA 5KDTB 4JWOA 3E13X 3K6UA 4H5FA 4ECFA 3PPQA 4F31B 4ELRA 5KZTA 1AIVA 2PMSA 3MJNA 3EF7A 4KPTA 3PD8A 4PP0A 1SW4A 4F39A 1GGGA 2OZZA 1OVBA 4OXVA 4BDQA 2XXRA 2VP1A 4F3GA 2H9BA 1QUKA 2OK2A 1JVYA 3W9VA 1JEUA 5TU0A 1SDXA 2ONRA 1IXIA 4NE4A 2Q2AA 3QXMA 4F1UA 3E3KA 3B6QA 3C35A 3ZKKA 1XC1A 4LZ5A 1O64A 1J1NA 3O97A 5CI5A 1Q1KA 4HW8A 4G8HA 1B58A 2G29A 3HO7A 4OFJA 4C1TA 3ZS6A 2IA4A 4MH5A 2HZLA 5IKBA 3MP8A 1DMBA 4QFPA 1LAGE 3TPAA 4BDOA 1ZBMA 3D4CA 1B32A 4P11A 2QRYA 3O6HA 5CMKA 2ZNTA 2I0CA 5AA2D 4RJZA 4F18A 2QPQA 3MVXA 3VXBA 1BTJA 4RK2A 4ND9A 4TLMB 1A54A 4R9GA 1II5A 3TTLA 3FASA 3FVNA 1TFAA 3DELB 3B6WA 4G2ZA 2VGQA 1JETA 1EH3A 2O1MA 3OO8A 4THIA 3PUYE 4OFLA 3UP9A 4U4SA 3UORA 4GXAA 5FTIA 3VFJA 4F2QA 5H8QB 4ONYA 2YPNA 3G3IA 3PPNA 2QS2A 1ZKBA 3V89B 5ITOA 4RK9A 3LUYA 1NNPA 2O84X 3PGFA 3LSFB 2W7YA 1WDNA 2B3FA 5L8DA 4DDDA 4H67A 2XD3A 1UTHA 3SETA 3PPOA 3TKDA 1SI0A 1L5TA 3IOVA 4ESWA 4BDMA 2XXYA 2ABHA 4N07A 4ZE8A 2RCAA 1MM6A 3IB2A 4R2FA 3MW0A 4QFKA 1PEBA 2HQ0A 1MXUA 5KCJB 3KFMA 4FAJA 2E1SA 3V83A 2Y7KA 1MDQA 1H44A 3TCGA 4DCXA 4EF2A 3IO4A 3ILUB 1R9QA 1MY3A 1B46A 4F22A 4ZDMA 3KEIA 3C32A 1SW2A 4KCCA 4RXLA 4Q5TA 1UTHB 2XX8A 1MPCA 3CG3A 1LSTA 1LAXA 1H45A 4NWDA 2AYSA 1LB8A 2OWTA 1O63A 1N3WA 1TT1A 1Y1ZA 2XX9A 3N5LA 1MG1A 1OQGA 3M3FA 3MP6A 1YCJA 3VXCA 3MQ9A 5JK4A 4IO7A 4IGTA 1PB8A 3KBRA 1YTVA 4RNSA 1SW5A 3RPWA 2I4BA 4WXJA 3KZGA 1UTBA 4F3BA 2DE2A 1MY1A 4GL0A 4GRKA 3S9NC 4IY5A 4EQ9A 1FQEA 5L9OA 4X1DA 5I57A 4EQ7A 1Z7ME 3OELA 2ZYNA 5TP9A 2UYEA 1IUDA 4DE8A 4XXUA 1PB9A 4QFNA 4DLDA 5HBCA 1N04A 3S9MC 2F7BA 4XKRA 3C4MA 2OWSA 2Z23A 3TTNA 3CFXA 1OLAA 3CIJA 3QAXA 3PMVA 4PFWA 2DWAA 1R9LA 5B7DA 4GXSB 2ZNUA 4FE8A 3PUVE 1P1QA 3PPPA 2A5TA 1UTBB 1GR2A 1QUIA 4JBZA 1US4A 1B7ZA 1ZTYA 2ONKE 3IX1A 3F11A 2ZYKA 3FGSA 2AIXA 2DVCA 4QHQA 5I57B 4R74A 4ZE9A 2DP8A 3KN7A 4U22A 2E0SA 3GXAA 5TP9B 3KJ7A 1MXZA 2DWIA 4U2RA 3TZAA 1JQFA 4RPNA 4DIGA 5FHOA 3PUXE 4LONB 5L9MA 4DXBA 5AA1A 3FZVA 4GIZA 3S4UA 2DE4A 3VLWA 3TFLA 4F1YA 1XOCA 2O6AA 2OJTA 4R73A 3ODBA 1I6QA 1LBCA 5H8HA 1R6ZA 4MLVA 1ATGA 4ZEBA 3K4UA 1DTGA 3FXUA 5EHSA 1EZ9A 1B5JA 4KD5A 3TTRA 1A8FA 2FNCA 2Y7WA 1MXYA 1DOTA 4ZEDA 4ZECA 1IITA 2D21A 3BBRA 4U23A 4WEPA 2F5XA 1XVYA 3RTFB 4PE5B 3DP6A 2H25A 3W15C 3K0VA 4O3BA 1QW0A 1B0LA 4OHNA 3H6VA 3HSTA 1P1WA 3IJXB 4YZZA 3G3GA 2QS1A 1D4NA 1A40A 3H3GA 4GL8A 3FJ7A 1MXXA 1F9BA 3TTMA 2UVHA 4GOTA 5JTYB 3RGYA 2ESNA 2V3QA 2XX7A 4YKIA 4G4PA 4ZEFA 4Q0CA 3PPRA 4EXKA 1B3EA 3C31A 4QF9A 1HSJA 2UVJA 3IO6A 3U94A 4M4GA 3CSGA 3CFLA 1NH8A 4Z0IA 2LAOA 1B7UA 3SKPA 2OLBA 4RA1A 2PT1A 4ELQA 1MY4A 1CE2A 4GLIA 2IEEA 4YB5A 1N84A 2I3WA 1I6BA 1S9TA 1GV8A 1B3GA 1FW0A 4OQOA 1IIWA 1NNFA 4Q30B 2PBWA 1A99A 4ISUA 1H76A 4X1BA 1LGBC 1SYIA 2V25A 4ELOA 3RNNA 1N76A 4HCYA 2NXOA 1SQYA 1LBBA 2P0SA 1DTZA 1B9JA 2DS9A 5H8FB 1BKAA 4X48A 4PETA 2I49A 4KHZE 1JW5A 4H5GA 3GZGA 4OFOA 3QUJA 4GD5A 3DP4A 1VFDA 4AQ4A 1QKBA 4IO3A 5FHMA 4KCDA 4H6DA 2HAUA 2YLNA 3OENA 3G3JA 2HCAA 4P0GA 1XHYA 3IAZA 4OEUA 1LFIA 4H8IA 4JDFA 3MZ9A 2DE3A 1SVXB 1JW4A 5A5XB 2DXRA 3C36A 2X26A 5I56B 1QULA 3T9HB 4WKMA 3C33A 1B4HA 1MY2A 3P7IA 1IXHA 5H8QA 3KGCA 3KOSA 3KJTA 2DWJA 3TUSA 1MRPA 4AB6A 2F36A 2D3IA 1ZU0A 2QL3A 3TDJA 2Q8JA 4IO2A 4K3FA 2F6GA 2I6EA 2Z8DA 1Y3QA 4GFRA 2I4CA 1P99A 1PC3A 2VD3A 3N6TA 1OQHA 3PD9A 1SI1A 4L17A 3FXRA 4OVJA 3M3KA 3KN8A 5KCJA 1B52A 4QSEA 2F8DA 1B40A 3FJGA 3VV5A 1M5DA 4UACA 4M1VA 1N0TA 2XXWA 4KYSA 3FV1A 3S2VA 2XXQA 2REGA 3SEWA 1ANFA 3TTKA 3UGWA 2DSFA 1B7HA 2HZKA 3DP8A 1FCKA 1AH5A 4PQJA 5DEXA 1EU8A 3I5OA 3HHGA 1PB7A 3CI8A 3H4ZA 4TOZA 2QS4A 4XIGQ 2GH9A 5H8NB 5B70A 2PT2A 4MF3A 3DLNA 3RLFE 2O7UA 1URGA 1Z7NE 3O2AA 3IK6B 2RF1A 3PMWA 1YAEA 2P2AA 2ONSA 4BLAA 3RUMA 1IXGA 1SD3A 4FJPA 3CFZA 1FTKA 5ICTA 5J1DA 4JWXA 2F34A 3AXFA 5HM4B 5I58A 1VSOA 1MM7A 5DEXB 2I0BA 4LQ5A 1LFGA 1DPPA 4ZEIA 4H8JA 2PVUA 1FTMA 4OETA 1MQDA 2HXWA 1FQFA 5FHNA 3A09A 5AA2A 3IJOB 1MH3A 3H03A 2I48A 2Q88A 2RC7A 4NF4A 3TELA 4POXA 4POWA 1MDP1 4OTEA 2UVGA 3U93A 4N13A 1BLFA 3M8UA 1MXVA 1RYOA 2OCUA 1LCTA 1B4ZA 5I58B 1B5HA 3FJMA 1PDAA 4WEDA 2B65A 1OIBA 4U1ZA 3TCHA 3WAFA 1QVSA 3E4RA 3OSQA 3V5AA 2XXXA 3C9HA 2Z22A 5CM6A 2QMXA 5AA2B 3G7WA 3EHSA 3SEXA 5AA4A 4NEDA 4NF4B 2QMWA 4C1UA 3C34A 5FTHA 5I84A 3TODA 4JXIA 4Z7EA 5DVFA 1NKXA 5LOMA 4LA9A 3HHFA 4LZ8A 5ICQA 3TCFA 2F6PA 4YU0A 3IORA 1BP5A 1CB6A 1JW1A 5TPAB 4OMBA 4IY6A 2RC8A 4YKJA 2V3UA 4YAHX 3JYRA 5F7VA 3OO9A 4I1DA 3UN6A 3MWBA 3K01A 5AA4B 2DYXA 1LLSA 4JSOA 3CG1A 4TLLB 1TWYA 3FV2A 3EHTA 1SW1A 3PUZE 2R6GE 5JTYA 4KYDA 2OBGA 4XKNA 3FXQA 2CMOA 3IB0A 4ZZEA 5BWJA 1D9YA 1GTKA 1VE4A 3Q28A 3VVFA 3IOTA 5CBRA 3O6GA 3IR1A 4F3SA 3W9WA 4HCWA 3IB1A 1FQDA 2A5SA 4LZ7A 4YMAA 2O1LA 2ALUA 2V93A 4FORA 2QSXA 1B51A 1URDA 3E9XA 1H3DA 4H65A 1B0HA 4KI0E 2ZYMA 1P1NA 1IZ1A 3MZ1A 4NWCA 3EHUA 1B5IA 3UA8A 2HEUA 3ILTB 2V3TA 3GLBA 3O9PA 5DYHA 1URSA 4OERA 1LAHE 1ZJLA 4NTLA 1M5BA 3BKIB 3LSLA 1PBPA 3OMBA 4YMBA 3JZJA 2REJA 4NF8A 3LSWA 3Q26A 3S9EA 1M5CA 5F1QA 2PYYA 4FECA 1H43A 2HAVA 3TAJA 3T9UA 3CR9A 4IO5A 3O28A 2M8CA 5DVJA 4XKQA 3EPEA 2RC9A 4GVOA 1IQ7A 4ZZAA 1Y4TA 4NF6B 1HSLA 1M5FA 2Q9TA 3OEKA 4IB2A 4F3PA 5H8FA 2O68A 3U92A 3CRBA 1M5EA 1LAFE 3HN0A 1LB9A 4Q8RA 1Y3NA 1IXCA 1T0KA 1XS5A 4RPOA 5CMBA 4R75A 2Z8FA 2AL4A 5ISUA 5BUUA 2NOOA 4NF8B 2GHBA 1Y1MA 2Y7PA 1B1XA 3K6WA 1NNKA 4YKKA 4FEBA 1XT8A 3Q27A 1NH7A 3FVKA 4DXCA 2G93A 2V84A 2O7IA 3G3HA 4E0XA 3RTWB 3A3CA 1B3LA 2XXIA 4YB6A 5A5XA 5I59B 1N7XA 3R6UA 4F1VA 4IO4A 1NL5A 1XVXA 5I56A 3DM0A 2RCBA 1RKMA 3PUWE 1FTLA 3OD7A 3VVEA 2DXYA 2HFBA 3H7MA 2F97A 1P1OA 4GF8A 1FQBA 1SYHA 2H5YA 2AL5A 2DVZA 2ZXTA 4OENA 2DQVA 3UIFA 4IO6A 1EZPA 3MPLA 3LR1A 4ZEKA 2VHAA 4EDPA 3JV9A 3L6HA 2Y84A 2O51A 3H06B 4BDNA 2DOJA 2UXAA 1Y20A 5K2YA 2NVUB 5I2NA 3I3VA 4KR5A 3RN8A 2I58A 4XTCQ 1B6HA 1OMPA 3KSXA 3CSBA 4EXLA 3FD3A 3O6IA 3QSLA 3MZBA 3H6WA 2F7AA 1GVCA 3MVZA 4JB7A 1QUJA 1LCFA 4AB5A 2ANJA 1LFHA 4JSDA 4QSCA 5H8SA 1OLCA 1BIYA 3RT8A 3U1OA 4U21A 3B6TA 4OESA 4F29A 2XXUA 4LATA 3LC8A 4RYAA 3LSXA 4FIMA 1Y9UA 1B2HA 4QFOA 4EUOA 5I2NB 5H8NA 1A7LA 5DVIA 2X7PA 3ZKLA 3SEYA 4BDRA 1FQCA 4R72A 1ELJA 1WODA 3CVGA 3K1NA 4BDLA 3BFUA 3D4GA 2WKYA 1OVTA 3RQTA 2RINA 4FEDA 1JEVA 4ELPA 3HCQA 3V8XB 3R26A 1POY1 3T93B 3GBAA 4C0RA 1JNFA 4P0IA 4OWDA 1YPNA 1IEJA 4EF1A 3IL1B 4TQUQ 5ELVA 1USYH 1P1UA 2KLFA 3PV0E 1ZMGA 1RYXA 4EQBA 1US5A 2THIA 4N6PA 1Y4CA 4JWYA 2QS3A 3H6UA 1UQWA 1DSNA 4LUBA 2O69A 3TMGA 4G68C 4F2OA 5CMCA 3T22A 3IOUA 3N94A 3VLVA 4QSDA 3OOAA 1FQAA 2ZMBA 3VDFA 3WAEA 1EZOA 4XKPA 4I9DA 3QUFA 3K1MA 3K1PA 4KQPA 1PBQA 3M3LA 3GBBA 4QFLA 3L6GA 1ZLQA 4R6YA 4LVQA 1O7TA 1A55A 3K00A 1FTOA 1NNTA 3TQLA 2Q89A 4G8NA 3SESA 1AL3A 1Q35A 4I8CA 5HPQA 3A3UA 3PU5A 1VFEA 3H6TA 1R1NA 4GWOA 2VD2A 2PX1A 3MC2A 3VVDA 3THIA 2P1SA 3MPKA 2VOZA 3Q29A 4HTGA 4X9TA 3BFTA 3OEMA 2GRVA 2ZYOA 3O66A 4PFTA 1B05A 3MVYA 1MS7A 3MP1A 4KFQA 3SEVA 5TPAA 3T96B 1NFTA 4DZ1A 1VR5A 3QYTA 3G3FA 3QK6A 3FIRA 1B1HA 1MQGA 3U72A 1MH4A 1QKAA 5M2VA 2NWJA 1Y3PA 3TYHA 2Z8EA 3N26A 2Q2CA 4DXUA 1POTA 3KN3A 2UVIA 4RY1A 3USDA 2FYIA 2UYFA 4QRZA 1D9VA 4YKPA 3TQWA 1AOVA 5ITPA 5IAIA 3OXNA 3K2DA 3EN3A 5CBSA 5CC2A 4FATA 1NMUA 3T66A 2FA7A 2CZLA 3TEPA 3MUQA 3FATA 4NF5A 4O3CA 4H0WA 3K02A 2RKMA 4NMYA 5I2KA 2QJEA 3KG2A 4H1XA 1FTJA 1MQHA 4PFYA 2F78A 5DT6A 2XXPA 4IGRA 3Q25A 2R71A 4ZS9A 3ECRA 3SEUA 5DTBA 2B3BA 1A8EA 2DWHA 4YB7A 1N3XA 4LQ2A 2D5WA 4MLQA 3O29A 5EHMA 3EQ1A 2I3VA 1I6AA 3FVGA 3FVOA 1MQJA 1SBPA 3MAMA 4R6KA 1MPDA 4R2BA 3SERA 3N6UA 3I6VA 4OYVA 3K6VA 1UIVA 3RT6B 1S50A 4MFIA 3HPIA 4NF5B 1HSEA 2XXHA 5I2KB 3G3KA 4G77A 1AMFA 4KYEA 3R7XA 4G8MA 4U1OA 5CMMA 3ONMA 3ZSFA 1WVJA 2X7QA 2ZNSA 3IOWA 3UK4A 2H98A 2A5TB 3K6XA 1MY0A 4F19A 4G68A 3MBPA 1MXWA 4R9FA 1I69A 4NF6A 4MBPA 3HV1A 1B3FA 2BJJX 2R9JA 3FUZA 4PFUA 4UA8A 5AE4A 3SDFA 3B7DA 3KOTA 5CRYA 5K2XA 4O3AA 1ZIUA 1MPBA 2XXVA 2F35A 1B3HA 4LP2B 3U8QA 1TXFA 1D3KA 2GFEA 2Y7IA 3T9XB 3KSJA 1QJMA 3LBSA 2XD2A 4DCYA 2H4IA 2NUVA 2F7CA 4YICA 3T9VA 1DPEA 5H8HB 4E0WA 2GHAA 5EYFA 2XXTA 5KDTA 4G68B 4ESXA 2Y7RA 5I59A 4U4XA 1MQIA 3VLUA 2H99A 4OZ9A 4R6HA 4I62A 5AA3A 4GQOA 3RY3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I3EA 2YJPA 3CHGA 1TFDA 1USYE 3VE1B 4OEVA 4HS7A 3PMXA 1UIUA 3QIMA 5JEIA 3MVWA 3OSRA 2HHMA 3OO7A 3OO6A 1S7YA 5ET5A 3S9LC 2XHDA 1N7WA 1KWHA 1JVXA 5L9SA 4JVDA 5KDTB 4JWOA 3E13X 3K6UA 4H5FA 4ECFA 3PPQA 4F31B 4ELRA 5KZTA 1AIVA 2PMSA 3MJNA 3EF7A 4KPTA 3PD8A 4PP0A 1NUWA 1SW4A 4F39A 1GGGA 2OZZA 1OVBA 4OXVA 4OVQA 4BDQA 1FBGA 2XXRA 2VP1A 4F3GA 2H9BA 1QUKA 2OK2A 1JVYA 1FPKA 3W9VA 1IMBA 1JEUA 1NV5A 5TU0A 1SDXA 2ONRA 1IXIA 5EYHA 4NE4A 2Q2AA 3QXMA 1BK4A 4F1UA 3E3KA 3B6QA 3C35A 4GX4A 3ZKKA 1XC1A 4LZ5A 1O64A 1J1NA 5IZ3B 3O97A 5CI5A 2Q8MA 1Q1KA 4HW8A 4G8HA 1B58A 2G29A 3HO7A 4OFJA 4C1TA 3ZS6A 2IA4A 4MH5A 2HZLA 5IKBA 3MP8A 1IMEA 1DMBA 4MX6A 4QFPA 1LAGE 3TPAA 4MNPA 4BDOA 1ZBMA 4DI4B 1FPLA 3D4CA 1FPJA 1B32A 4P11A 2QRYA 3O6HA 5CMKA 4MHFA 2ZNTA 2I0CA 5AA2D 1G0HA 4RJZA 4F18A 2QPQA 1IMAA 3MVXA 4HXVA 3VXBA 1BTJA 4RK2A 4ND9A 4TLMB 1A54A 4R9GA 1II5A 3TTLA 3FASA 4HE2A 4MIJA 3FVNA 1TFAA 3DELB 3B6WA 4G2ZA 2VGQA 1JETA 1EH3A 2O1MA 3OO8A 4THIA 3PUYE 4OFLA 3UP9A 4U4SA 4UABA 3UORA 1IMCA 1QGXA 4N6DA 4GXAA 5FTIA 3VFJA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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