3W9VA

Crystal structure of refolded ding protein
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
376
structure length
376
Chain Sequence
DINGGGATLPQKLYLTPDVLTAGFAPYIGVGSGKGKIAFLENKYNQFGTDTTKNVHWAGSDSKLTATELATYAADKEPGWGKLIQVPSVATSVAIPFRKAGANAVDLSVKELCGVFSGRIADWSGITGAGRSGPIQVVYRAESSGTTELFTRFLNAKCTTEPGTFAVTTTFANSYSLGLTPLAGAVAATGSDGVMAALNDTTVAEGRITYMSPDFAAPTLAGLDDATKVARVGKGVVNGVAVEGKSPAAANVSAAISVVPLPAAADRGNPDVWVPVFGATTGGGVVAYPDSGYPILGFTNLIFSQCYANATQTGQVRDFFTKHYGTSANNDAAIEANAFVPLPSNWKAAVRASFLTASNALSIGNTNVCNGKGRPQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Phosphate-binding protein
publication title Crystal structure analysis, overexpression and refolding behaviour of a DING protein with single mutation.
pubmed doi rcsb
source organism Unidentified prokaryotic organism
molecule tags Transport protein
total genus 117
structure length 376
sequence length 376
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF12849 PBP_like_2 PBP superfamily domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3w9vA02
3.40.190.260 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 3w9vA01
1TWYA 4HTGA 1LB8A 1B3LA 4GQOA 4OFJA 4P0IA 4G77A 3TZAA 3DP4A 3O97A 3SESA 1FQDA 2F78A 1H45A 2I49A 2ZYOA 3R7XA 3PUXE 3G3JA 1P1QA 1QW0A 5H8QB 1Q1KA 3SETA 2XXVA 3D4CA 1D4NA 4UACA 3T22A 3ODBA 2ZNSA 3BBRA 2QSXA 2ALUA 1BLFA 1R6ZA 2O68A 1DTGA 1PDAA 4IO2A 1FQAA 4OEVA 1H43A 4R9GA 2F6PA 1N04A 2FYIA 5HM4B 2E0SA 3CSBA 2ZXTA 4R75A 3DM0A 1MM7A 4LVQA 4NF5A 3FATA 3SEUA 2HFBA 3MC2A 4QFLA 5I2NB 5KDTA 1D3KA 3R6UA 3OO7A 1POY1 4LP2B 1M5DA 4C1UA 5CC2A 3QUJA 1CE2A 2GH9A 4KCCA 4LATA 1SW1A 2XXHA 3K6XA 3FGSA 5I84A 1IZ1A 1P1NA 5FHNA 1FTLA 2DE2A 4ZZEA 1IIWA 4TLMB 3CIJA 3ILUB 3O6IA 5AA3A 5M2VA 3UA8A 4JWOA 1MXYA 1ANFA 4EQ7A 3EHSA 4JSDA 3HSTA 2GHBA 3IOUA 4DCXA 1N0TA 2PVUA 2XD3A 3H6WA 4G68B 1URSA 1NFTA 5AA4A 3T96B 1MY2A 1UTHB 3EF7A 3C33A 1OLAA 3VXBA 2UXAA 3FVOA 1PB7A 2V3TA 1DTZA 2IEEA 2B3BA 2B3FA 3PPQA 3LBSA 1ZLQA 4E0WA 4XIGQ 3QAXA 4XKQA 5CI5A 2FA7A 3BKIB 4U22A 1JEUA 3G3GA 3JYRA 4OESA 3D4GA 4QSCA 2OCUA 3OXNA 1PB9A 2AL5A 3W15C 3TFLA 1B58A 2P0SA 2H25A 1OVBA 5KCJA 3RTFB 4GWOA 3CG3A 2VP1A 1M5FA 4JSOA 3S9NC 2RC7A 4C0RA 2QS4A 1FCKA 3K6VA 4UA8A 1R9QA 4ZE9A 4RXLA 2YLNA 3G3IA 2DWIA 1ZBMA 3K01A 5H8HA 5I57B 1OQHA 4ZDMA 4RJZA 4Q8RA 1A40A 4ZZAA 4C1TA 2UVGA 4Q30B 1MDP1 4NMYA 3MZ1A 4EXLA 4ONYA 4G68C 3QIMA 4F31B 1QJMA 4N13A 1B7ZA 3HN0A 1VFDA 1ZJLA 5FHOA 3O6HA 1MQHA 4IY6A 2F7BA 5J1DA 3IOTA 1EH3A 1MY0A 3ZKKA 3TTKA 2Z8DA 3T9XB 4YB5A 3IAZA 1N76A 3G3FA 3MVYA 5FTHA 3M8UA 2DVCA 1YCJA 3EPEA 4HW8A 1UTBB 2YPNA 3FIRA 1A99A 4THIA 5A5XA 1M5BA 5ISUA 2XX9A 1XOCA 2OWTA 3B6QA 1B05A 2A5TB 4OVJA 3M3KA 4DLDA 3H3GA 2D5WA 4DCYA 4MLQA 2V93A 1MQGA 1B3HA 1P99A 4FATA 3QUFA 2R9JA 2VHAA 2DE3A 4LA9A 3MPKA 4GL8A 3FJMA 1MRPA 4PQJA 2XXQA 3FXUA 4QFPA 2PT2A 4LZ8A 1B5HA 4X9TA 1NH7A 3IO6A 2ONSA 1TXFA 3HCQA 4XTCQ 4OFOA 3OEMA 3VV5A 2D21A 3ECRA 1B3FA 4LZ7A 1DPEA 1NNTA 4MFIA 4OEUA 1ATGA 3O9PA 3K0VA 2Z8FA 3C32A 2X7QA 3H6TA 4NF8A 1MXZA 1VE4A 1J1NA 2Q9TA 3IJXB 4Z0IA 1B9JA 2V84A 4YKPA 5L9OA 4R9FA 2DWAA 2F7AA 1EZPA 1AOVA 4POXA 3TKDA 2XD2A 4DXUA 1MY1A 4KR5A 1XVXA 4BDRA 2XX7A 1MPBA 2QS2A 1XS5A 1SBPA 5L8DA 5HBCA 1A55A 4ZECA 1PBPA 1IEJA 4R73A 3MQ9A 3MVWA 3SEYA 3RGYA 1PEBA 1Y3QA 2XXUA 2ZNUA 5AA2A 3LSXA 3WAEA 4MH5A 3FVGA 4R2FA 4KD5A 4F29A 5CM6A 4TQUQ 1MH3A 5FTIA 2O1MA 4O3BA 4AB5A 3USDA 1LFIA 3E3KA 1US4A 5TU0A 3S2VA 5ICTA 1B3GA 1RYOA 2Y7KA 2PX1A 3OD7A 1US5A 2DOJA 4N07A 1B40A 3TTRA 1FTJA 5I58A 3VFJA 3HPIA 4F1UA 1B1XA 5JTYB 4P11A 4H65A 2V3UA 3SEVA 5EYFA 5I56A 3U93A 2ZMBA 3DP6A 4F3PA 1EU8A 4GXAA 2RKMA 3N26A 3OSQA 1B5IA 1Q35A 1FTKA 4DXCA 2DWHA 3CVGA 4U1OA 3VLVA 3CI8A 1B6HA 1IXHA 1UQWA 2R71A 1B32A 2RCAA 4OTEA 1JETA 1ZKBA 4Q5TA 3KBRA 4U2RA 1I69A 3W9VA 4ESXA 4GF8A 3FASA 1URDA 1QVSA 5CRYA 1MPDA 1Y4TA 2F7CA 3MBPA 4HCYA 3OOAA 1QULA 2O7IA 4EQBA 2DWJA 3E13X 3RT6B 1SW5A 3G7WA 3VVDA 3LSLA 4YB6A 1A8EA 3ILTB 4WEDA 4F2QA 3PGFA 4F3SA 5B70A 4H1XA 4E0XA 4H67A 3IOVA 2P1SA 3S9EA 2PMSA 2XXWA 4KYDA 4AB6A 4OZ9A 1VR5A 2ESNA 3CFZA 4NF5B 2BJJX 3JV9A 1Y1ZA 5I59A 5EHMA 3MP8A 3L6GA 4NWDA 1Y3PA 1XVYA 3EHTA 2G93A 3K2DA 4NF4B 3N6UA 5DYHA 3FVKA 4NF6A 4XXUA 4IO3A 2CZLA 1P1OA 2Y7WA 3LSWA 4BDOA 3IORA 2QRYA 3FUZA 4PFWA 3PU5A 2Y84A 4MBPA 4R74A 3KFMA 3OO9A 4FAJA 3UP9A 3OENA 5B7DA 4X1DA 2QJEA 1POTA 1YTVA 4IB2A 1P1WA 1SVXB 5H8FA 4U4SA 2I3WA 1FQBA 1FTMA 3C35A 1H3DA 4BDLA 2WKYA 2I0CA 2Z8EA 1XT8A 3Q26A 1FQEA 4YB7A 1AMFA 3G3KA 3OELA 4I9DA 3HV1A 4GD5A 3KN8A 4U1ZA 4ZEKA 3FJGA 1MXWA 1B52A 3F11A 4KI0E 3SEXA 1QUIA 3KOTA 1LAGE 1AIVA 1URGA 4JBZA 2HCAA 4TLLB 4H5FA 3TTLA 3KSJA 4PETA 1JVXA 4RPNA 3FJ7A 3UIFA 3N6TA 1VSOA 4WEPA 5DEXA 4IO5A 3TQLA 4DXBA 1LFGA 2I6EA 4F39A 4JWXA 5CBSA 1IITA 3IB0A 4QFKA 1LAHE 2H5YA 1SYHA 3DP8A 3MAMA 4PFUA 3N5LA 4F1YA 4G4PA 2UVIA 3HO7A 4IGRA 1LCTA 5I57A 1GV8A 3U92A 3QSLA 4YKKA 4YMAA 1JW1A 2ZYNA 3K6UA 2CMOA 5L9SA 4OHNA 3PV0E 1B0LA 5ELVA 4RNSA 5KCJB 1GGGA 3CR9A 4DZ1A 3KGCA 2ZYKA 3VLUA 3IR1A 1N7XA 4YICA 1B7UA 4M1VA 1QKBA 5DVFA 4LZ5A 3VXCA 3RQTA 5AE4A 1JW4A 5H8HB 4F2OA 1F9BA 4H0WA 1O63A 3KN3A 4F19A 1SQYA 1NH8A 4GLIA 3O66A 4GFRA 1MY3A 3V83A 3OEKA 2Y7RA 3PUZE 3QK6A 2H99A 1SW4A 3PPOA 3MUQA 1A54A 1FQCA 1IUDA 4OWDA 3ZS6A 2DVZA 1OLCA 4WKMA 3CG1A 2Q8JA 4NE4A 4QRZA 2NXOA 2A5TA 3CFLA 4U21A 4PE5B 3FV1A 3TAJA 4YZZA 3VE1B 1B5JA 4M4GA 4ELQA 2Y7IA 2QPQA 4GIZA 5H8SA 2HAVA 1ZIUA 3MJNA 3TPAA 1I6QA 2O6AA 1RYXA 3OO8A 1DSNA 1P1UA 4R6YA 5A5XB 1B4ZA 2H98A 3MPLA 3C34A 3UN6A 5IAIA 3MZ9A 3KJ7A 2E1SA 2GFEA 3RTWB 1O7TA 2HAUA 3SEWA 4FEBA 1JQFA 1LAXA 2W7YA 4H8JA 2XXXA 1N3WA 4G8HA 4DDDA 3B7DA 3A3UA 2V3QA 3SDFA 2M8CA 2AYSA 2I4CA 4G8NA 4RA1A 3H06B 1Y20A 2XXYA 4YU0A 3U72A 5DVJA 3PUWE 5F1QA 2PBWA 2I48A 4PFYA 3A3CA 1MXUA 1BP5A 1H76A 2PT1A 3T9VA 3SERA 3H4ZA 3TODA 4NWCA 2GRVA 5TP9A 4YMBA 4XKPA 3V8XB 2F35A 3CRBA 2A5SA 5H8NB 1TFDA 4ND9A 2IA4A 4IO7A 3VLWA 2HXWA 3K1NA 3KJTA 4F1VA 4OMBA 3U94A 3PD8A 3THIA 4NF8B 3Q28A 2XXTA 3H6VA 2RC8A 2XXIA 3UK4A 3G3HA 3TEPA 1UIVA 1Z7ME 1MH4A 1R9LA 3FXQA 3MP1A 5JK4A 3OSRA 2VD2A 5TPAA 3HHGA 4GXSB 4FIMA 2XX8A 4K3FA 2DS9A 4KYSA 1M5CA 3W9WA 5I2KA 1YPNA 3KG2A 3TELA 3O28A 1S7YA 1SDXA 2REJA 4GVOA 4PP0A 3K00A 5IKBA 2PYYA 3Q27A 3KOSA 4P0GA 1DMBA 4LQ2A 3IX1A 1HSEA 4OENA 5AA2B 3MVZA 1B2HA 4RK9A 3O2AA 3KEIA 3E4RA 3LUYA 2UVHA 1JW5A 4YKJA 3BFUA 5EHSA 3TTNA 4NTLA 2OJTA 2KLFA 3MZBA 3C4MA 1MQJA 1TT1A 1DPPA 3GZGA 3K6WA 2UYEA 4OXVA 4ZEFA 1A8FA 1D9YA 2DP8A 4F3BA 5I58B 5H8QA 1LBBA 4ELOA 3IOWA 2I58A 5I56B 3TCFA 4RY1A 2ZYMA 1Y4CA 3U1OA 1UIUA 3MW0A 4KPTA 2DE4A 1HSLA 3E9XA 4FEDA 1MY4A 1S9TA 3LC8A 1EZOA 2Q89A 3FD3A 5DT6A 3I6VA 1OMPA 1NNFA 3MWBA 4FJPA 4IO6A 5I2NA 4IY5A 4EXKA 3UORA 3S9MC 2F34A 1MDQA 3IB1A 3S4UA 1D9VA 1N84A 2P2AA 1WDNA 4R6KA 1WVJA 3FXRA 5F7VA 4N6PA 2F97A 1II5A 1QKAA 4ZEBA 2DXRA 2O7UA 5CMBA 1VFEA 3SKPA 3GXAA 3IK6B 3AXFA 5AA2D 4Q0CA 2I0BA 1BIYA 5K2XA 3PPNA 1AH5A 2GHAA 4NF4A 3V89B 1JEVA 5KDTB 1L5TA 4ESWA 3S9LC 1NKXA 1AL3A 3O29A 1SI0A 3C31A 3M3LA 3IO4A 1DOTA 3O6GA 1RKMA 3GLBA 2HZLA 2VOZA 3IJOB 3ZSFA 3T93B 4EUOA 3RNNA 4G68A 4JB7A 2DSFA 4F18A 4JXIA 1MXXA 1LFHA 4IO4A 1I6BA 5CBRA 2RINA 3TDJA 1UTHA 5I59B 3I3VA 4FORA 2QS3A 3ZKLA 5KZTA 4NF6B 2DYXA 3RN8A 5AA1A 3VVFA 1B1HA 3K4UA 3P7IA 3H6UA 1R1NA 5CMCA 2OWSA 3RUMA 1XHYA 4QFNA 3RLFE 1GTKA 1USYH 5BWJA 1MS7A 3VVEA 3MP6A 3Q25A 4KQPA 1HSJA 2AIXA 5H8FB 4DE8A 4EF1A 1MQIA 4I62A 5AA4B 3PPRA 1MXVA 4LUBA 2DXYA 3K1MA 2OZZA 3HHFA 1T0KA 4LQ5A 3M3FA 1XC1A 4KFQA 1QUJA 1SI1A 1KWHA 3CFXA 4POWA 1LAFE 1B7HA 4O3AA 1ZMGA 4OQOA 3BFTA 4X48A 3PUYE 2O1LA 1BTJA 3I5OA 3PUVE 2RF1A 2H4IA 3EQ1A 1YAEA 4BLAA 2UVJA 1IXCA 1M5EA 4LONB 4NEDA 1Y9UA 1A7LA 4ECFA 1SW2A 2ANJA 4ZE8A 2XHDA 5DEXB 5HPQA 4U23A 3RY3A 2F6GA 4MLVA 2LAOA 3PPPA 3LSFB 4RK2A 3GBBA 1TFAA 3Q29A 2Y7PA 2HQ0A 3RT8A 3C36A 2NWJA 4RYAA 1ZU0A 3ONMA 3C9HA 2QMWA 3IB2A 1LB9A 2YJPA 2G29A 1IXGA 1NMUA 3RPWA 4QF9A 4U4XA 4RPOA 1NL5A 3PD9A 4F3GA 4I8CA 2OLBA 4HS7A 2NVUB 1UTBA 1IXIA 4DIGA 2OK2A 4IGTA 1SD3A 4KYEA 3PMXA 1GR2A 4O3CA 2QL3A 3U8QA 1PC3A 2H9BA 3IL1B 2O51A 2XXPA 4AQ4A 3WAFA 1OVTA 1B3EA 3UGWA 3TCHA 3FVNA 3EN3A 2DQVA 3MVXA 4XKRA 1NNPA 3K02A 3TUSA 2VGQA 5L9MA 2Q2AA 1LCFA 4ELPA 2FNCA 3OO6A 2ONRA 5ICQA 2R6GE 3JZJA 4HCWA 3FV2A 4KHZE 2I3VA 4EF2A 2HZKA 2O69A 1Y3NA 3PMVA 3TTMA 1JNFA 4G8MA 4H8IA 4R72A 4JWYA 4BDQA 5K2YA 3H7MA 3R26A 4GL0A 3DELB 1ELJA 4EQ9A 4G2ZA 2O84X 4L17A 2ABHA 2HEUA 1I6AA 2RCBA 2ZNTA 2NUVA 5LOMA 3LR1A 2X7PA 4TOZA 2XXRA 1ZTYA 3TMGA 4BDNA 2NOOA 3H03A 1B46A 2UYFA 1JVYA 4OYVA 1S50A 1H44A 1B0HA 4QHQA 3DLNA 1BKAA 2ONKE 3K1PA 3TCGA 5H8NA 4OERA 5CMMA 4QSDA 4WXJA 4QSEA 1USYE 4ISUA 1SYIA 3T9UA 3VDFA 3L6HA 4R6HA 1OQGA 5CMKA 3GBAA 4H5GA 4JDFA 3TYHA 4OETA 1CB6A 3QXMA 1MM6A 4R2BA 1PB8A 5DVIA 3A09A 4F22A 2AL4A 3B6TA 4BDMA 1MG1A 3EHUA 2REGA 1IQ7A 4ELRA 1LLSA 1FW0A 4FECA 1LBCA 3OMBA 4H6DA 2Q2CA 4MF3A 2QMXA 5TP9B 1O64A 2D3IA 3B6WA 1GVCA 4Z7EA 2Q88A 4YAHX 1B4HA 1MQDA 2B65A 2OBGA 1N3XA 3N94A 4ZEDA 3KZGA 4GOTA 2V25A 3T9HB 1WODA 4QFOA 2RC9A 2THIA 2I4BA 5TPAB 3CSGA 4EDPA 2F8DA 5JTYA 5ITPA 5DTBA 2Z23A 3KN7A 4X1BA 4OFLA 5ITOA 2F36A 2Z22A 3T66A 1NNKA 5I2KB 4FE8A 3QYTA 3FZVA 1OIBA 5JEIA 1EZ9A 1Z7NE 3PMWA 4YKIA 5BUUA 1LSTA 2VD3A 1Y1MA 4I1DA 1FTOA 1FQFA 3KSXA 1B51A 1N7WA 4PFTA 1QUKA 4GRKA 2QS1A 1LGBC 1PBQA 5FHMA 3V5AA 4KCDA 3TQWA 4XKNA 1MPCA 4ZEIA 4ZS9A 2F5XA 2X26A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TWYA 4HTGA 1LB8A 4N6DA 1B3LA 4GQOA 4OFJA 4P0IA 4G77A 3TZAA 3DP4A 3O97A 3SESA 1FQDA 2F78A 1H45A 2I49A 2ZYOA 3R7XA 3PUXE 3G3JA 1P1QA 1QW0A 5H8QB 1Q1KA 3SETA 2XXVA 3D4CA 1D4NA 2Q74A 4UACA 3T22A 3MSTA 3ODBA 2ZNSA 3BBRA 2QSXA 2ALUA 5IZZA 1BLFA 1R6ZA 2O68A 1DTGA 1PDAA 4IO2A 1FQAA 4OEVA 1H43A 4R9GA 2F6PA 1N04A 2FYIA 5HM4B 2E0SA 3CSBA 1G0IA 2ZXTA 4R75A 3DM0A 1MM7A 4MIJA 4LVQA 4NF5A 4PDHA 3FATA 1NV0A 3SEUA 1FBPA 2HFBA 3MC2A 4P1EA 5I5PA 4QFLA 5I2NB 5KDTA 1D3KA 1NV2A 1NV3A 3R6UA 4GWWA 3OO7A 1FPFA 4H45A 1POY1 4LP2B 1M5DA 4C1UA 5CC2A 3QUJA 1CE2A 2GH9A 4KCCA 4LATA 1SW1A 2XXHA 3K6XA 1NI9A 3FGSA 5I84A 1IZ1A 1P1NA 5FHNA 1FTLA 2DE2A 4ZZEA 1IIWA 1DK4A 4TLMB 3CIJA 3ILUB 3O6IA 5AA3A 2QVVA 2FVZA 5M2VA 3UA8A 4JWOA 5I3SA 1MXYA 4P9KA 4MHFA 1ANFA 4EQ7A 1FPKA 3EHSA 4JSDA 3HSTA 2GHBA 4NQ8A 3IOUA 4DCXA 1N0TA 2PVUA 1IMDA 2XD3A 3H6WA 4G68B 1URSA 1NFTA 5AA4A 3T96B 1MY2A 1UTHB 2QVUA 3EF7A 3C33A 1OLAA 3VXBA 2UXAA 3FVOA 1PB7A 2V3TA 1DTZA 2IEEA 2B3BA 2B3FA 3PPQA 3LBSA 1ZLQA 4E0WA 4XIGQ 3QAXA 3KC0A 4XKQA 5CI5A 4GBWA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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