3W9VA

Crystal structure of refolded ding protein
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
376
structure length
376
Chain Sequence
DINGGGATLPQKLYLTPDVLTAGFAPYIGVGSGKGKIAFLENKYNQFGTDTTKNVHWAGSDSKLTATELATYAADKEPGWGKLIQVPSVATSVAIPFRKAGANAVDLSVKELCGVFSGRIADWSGITGAGRSGPIQVVYRAESSGTTELFTRFLNAKCTTEPGTFAVTTTFANSYSLGLTPLAGAVAATGSDGVMAALNDTTVAEGRITYMSPDFAAPTLAGLDDATKVARVGKGVVNGVAVEGKSPAAANVSAAISVVPLPAAADRGNPDVWVPVFGATTGGGVVAYPDSGYPILGFTNLIFSQCYANATQTGQVRDFFTKHYGTSANNDAAIEANAFVPLPSNWKAAVRASFLTASNALSIGNTNVCNGKGRPQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure analysis, overexpression and refolding behaviour of a DING protein with single mutation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Unidentified prokaryotic organism
molecule keywords Phosphate-binding protein
total genus 117
structure length 376
sequence length 376
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF12849 PBP_like_2 PBP superfamily domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3w9vA02
3.40.190.260 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 3w9vA01
4ZEKA 4GXAA 3PPNA 4ESWA 2DXYA 4NF5A 4Q8RA 2XXQA 2ZNTA 1D3KA 3G3KA 1AMFA 4JBZA 1P1OA 3RLFE 2F8DA 2G29A 1JEUA 1B05A 3FV2A 4NF5B 3UK4A 3ZS6A 4LATA 4GQOA 4OERA 3EN3A 3FXQA 3PD8A 1A8EA 3ECRA 3TELA 4N07A 2DE3A 2DVCA 2F36A 2REJA 2Y7RA 1BIYA 1NL5A 2DQVA 1A40A 2DXRA 1LB9A 3VLWA 3O28A 3D4CA 2QRYA 4OESA 4FECA 1B1XA 4DXBA 3MZ9A 1HSJA 1SW4A 5EYFA 3T9HB 4EQBA 5KDTA 2XD2A 5DVJA 3LSWA 4ZEFA 4ZEBA 3L6HA 3E13X 3FJMA 2R71A 2XXWA 3S9EA 3SEVA 3B6WA 1DTZA 5KDTB 3EQ1A 1Y4CA 3Q26A 2RCAA 4RNSA 4RK2A 3JZJA 1EU8A 3VVEA 1GGGA 5I2KA 2OCUA 1N3WA 1AH5A 1T0KA 4F3GA 3S9NC 1SDXA 1Y1MA 3G7WA 3CFZA 3IX1A 5I2KB 1NNFA 2DE2A 2FA7A 3MUQA 4FJPA 3MC2A 3IORA 2CZLA 1DPEA 5M2VA 4EUOA 1MG1A 1OIBA 3IOTA 4F3PA 1MQHA 1BKAA 2NUVA 4Z0IA 2HZLA 3QAXA 1FTMA 4Q5TA 4ZECA 1D9YA 3K1MA 2YPNA 3G3FA 3OD7A 2QL3A 4HW8A 4O3BA 4XKRA 5I2NA 1JVXA 1QUKA 5H8FB 4FE8A 3RTFB 2Z23A 3HO7A 4C1TA 2W7YA 2X26A 4IY5A 5AA2D 1A55A 5I2NB 2HFBA 4NEDA 1D4NA 1B4HA 3FASA 1LLSA 5H8NA 1MDP1 1OVBA 4O3CA 3OXNA 4GIZA 3OO6A 3MVWA 1FTJA 2ZYMA 2RF1A 2ZNSA 5IKBA 3R6UA 1M5BA 5H8NB 2RC9A 1IZ1A 3PUYE 4F29A 3T9VA 1Q35A 2Y7PA 1B2HA 3PMVA 3O6IA 3TAJA 1MRPA 3MZBA 3BKIB 1YTVA 3UN6A 3FVNA 1BLFA 1B52A 2DP8A 3MVYA 4DCXA 3CSGA 1P1WA 3MAMA 3HCQA 4U1OA 2G93A 3BFTA 2XXUA 4YB6A 1LAHE 3LR1A 3KBRA 4U21A 3VFJA 3USDA 3IOUA 4GFRA 5I59A 4OFOA 2R6GE 1OQGA 4JB7A 3SEUA 5I57A 4ZZAA 4FEDA 2QPQA 3ILTB 4M4GA 3KGCA 4H8JA 5I59B 4I1DA 2E1SA 1JETA 5K2YA 1SVXB 1A7LA 3PMXA 5I57B 2F7BA 1Y20A 4ELOA 1VSOA 1CE2A 5F7VA 2PT2A 1Y3QA 3THIA 1D9VA 4ZEDA 1N7XA 4BDRA 4HCYA 1B7UA 2HEUA 4X1BA 3CG1A 4AB5A 1NMUA 4NF6A 3S2VA 1UIUA 3A3UA 2IA4A 1URSA 4F3SA 3KOTA 1TXFA 4KCDA 4QFNA 1SW2A 4NF6B 4ESXA 2UXAA 1XVYA 2I49A 4ELQA 2OWSA 4WEPA 3K2DA 4G8MA 1FQBA 1JQFA 1YAEA 4KD5A 2I0BA 5L9OA 3P7IA 2VD3A 5IAIA 4LQ5A 2O1MA 4LONB 2Q9TA 3LSFB 5I84A 2I3WA 3VXBA 2PMSA 3M8UA 4NTLA 1B3EA 3AXFA 4IO4A 4IY6A 3C32A 4FAJA 2Q2AA 4JSDA 3VVDA 4WXJA 3K6VA 4PP0A 1MXVA 3DP6A 2F6PA 1URDA 4QFOA 4F3BA 2O1LA 4YB5A 4C0RA 4TOZA 4FIMA 3LSLA 1II5A 3FJGA 3K1NA 2O68A 4C1UA 3H6VA 1N3XA 1MS7A 3A09A 3C31A 3OOAA 1ZBMA 2DWHA 5AA1A 4XKNA 5I58B 3K6WA 1MXWA 3K6XA 1M5DA 2QMXA 3U93A 1MH3A 3KJ7A 2YLNA 3MPKA 4G77A 4DZ1A 1GTKA 1SYIA 4WEDA 3UA8A 4NE4A 1M5FA 1DOTA 1XVXA 4TLMB 2R9JA 4Q0CA 3OO7A 4OQOA 1TFAA 1GV8A 1B5IA 2Z8FA 1VFDA 3K01A 2H9BA 2V93A 1B4ZA 3HPIA 4RA1A 1OQHA 4QSCA 2GH9A 2PT1A 5DVFA 3TTNA 1P1QA 3N6UA 5CMKA 2F35A 3SKPA 3E9XA 2PX1A 5EHSA 2Q2CA 4OEVA 3D4GA 4QFPA 3PGFA 2O7IA 2I0CA 5H8HA 1GVCA 4AB6A 4RJZA 2B65A 4OENA 3V5AA 4O3AA 2IEEA 3FXRA 2ONSA 4PE5B 2AYSA 1NNTA 5L9MA 4F1VA 3PPPA 3KZGA 3TCFA 5DVIA 2QS4A 1MM7A 4LVQA 3T96B 3DM0A 1MXUA 5TU0A 4JWXA 4ELPA 2Y7KA 1XT8A 3KN8A 4GOTA 4NWCA 4P11A 4NWDA 1POY1 2OLBA 3IL1B 5LOMA 3MBPA 2OZZA 3IB1A 4U4SA 4PQJA 1FTKA 3PU5A 3MWBA 2NXOA 1F9BA 3CR9A 1MXXA 1I69A 5ICQA 4U2RA 3N26A 2P1SA 3U94A 1LCTA 4K3FA 2NWJA 4F22A 2XX9A 2HXWA 3PPOA 4U4XA 3FZVA 2XXTA 4PFTA 3TQWA 2D3IA 1B0LA 4ZEIA 4YZZA 3TDJA 4ISUA 1Z7ME 1QUIA 2VOZA 1MY0A 1FQDA 4DE8A 4U1ZA 2I48A 2ABHA 5H8QA 4JXIA 1SQYA 3MW0A 1H3DA 4Z7EA 2O6AA 4ZZEA 2H98A 1IUDA 2XXXA 5H8QB 1B58A 1RYXA 4XKQA 5I56A 3FXUA 1ANFA 1QULA 2OWTA 1LCFA 1M5CA 3CVGA 1DPPA 1SI0A 2CMOA 4WKMA 4QRZA 1WVJA 2DWJA 3PMWA 4YICA 3RN8A 2YJPA 3K1PA 1USYH 4ONYA 1MPCA 4F2OA 3E4RA 1O64A 1P99A 2B3BA 1DSNA 3R7XA 3IAZA 1S7YA 1BTJA 3KN3A 2ZYNA 1B32A 1Y9UA 3FUZA 1B3LA 2QJEA 2H4IA 2OJTA 4IGTA 4YAHX 3MP6A 3IR1A 3UGWA 1EH3A 3EHSA 1SW5A 3PUWE 4H5GA 2ZXTA 2KLFA 2A5TA 2E0SA 2THIA 3PUVE 1Q1KA 1LFGA 2VGQA 1MXZA 3DP4A 3JYRA 1ZIUA 2ESNA 2A5TB 1MY1A 3FD3A 5CC2A 4BDNA 3LBSA 2RINA 3DLNA 3U72A 2RKMA 4GL0A 3Q27A 2ONKE 1MQIA 4POXA 2Q8JA 1ATGA 3O29A 4HTGA 3O6HA 3ZKKA 1LFHA 5J1DA 1R1NA 5B70A 1TT1A 4G68C 3GBAA 1FQAA 2AIXA 1B7HA 2Z8DA 4F18A 2QS2A 3Q25A 4LA9A 1S50A 1MY4A 1OLCA 5ICTA 3TCGA 2UVGA 4IO7A 1HSLA 4LZ5A 2RC7A 5FTIA 1I6AA 3T93B 4PFUA 1EZ9A 4IB2A 3IO6A 4BLAA 4IO5A 1S9TA 2XXIA 4KI0E 3UP9A 3FGSA 3S9LC 1MQDA 3OELA 3EHUA 3MP8A 4XXUA 3H6WA 2FNCA 3MP1A 4R2BA 1FTLA 3IOVA 4X1DA 3G3IA 3TFLA 1H44A 1NNKA 3C35A 1FQFA 3K0VA 4EDPA 3QUJA 1B0HA 4ZE8A 1B40A 1IXHA 3M3FA 2I58A 2H5YA 5A5XA 4OFJA 3OSQA 4ZDMA 1P1UA 4RPOA 3SEYA 3C34A 4IO6A 4R6YA 3QIMA 3CI8A 4ELRA 5FHOA 3OEKA 2DS9A 5A5XB 1B3HA 4X48A 4DCYA 4ECFA 4M1VA 4OZ9A 5TPAA 4POWA 5AA2A 3EPEA 4R9FA 1A99A 3C9HA 2XXVA 1CB6A 1M5EA 2AL4A 1B9JA 4KYEA 2D21A 1IXCA 2V84A 3IB2A 5TPAB 5AA2B 4OYVA 2GHBA 3ODBA 3KEIA 4OTEA 1UIVA 3PD9A 4F2QA 1FW0A 2V25A 3E3KA 3HSTA 5ITPA 1Y4TA 3M3LA 3TPAA 2UYFA 4EXLA 1MY2A 3O2AA 4QSEA 2PBWA 5CRYA 4MLQA 1Y1ZA 4OFLA 2QMWA 3ZSFA 4G2ZA 3RGYA 2V3TA 4F1UA 4NF4A 4R6HA 2UVIA 1ZKBA 2F78A 4KHZE 3H3GA 5CMBA 4IGRA 3TTRA 3CFLA 1URGA 4UA8A 2M8CA 2XD3A 3DELB 4NF4B 2ZMBA 2XHDA 2REGA 5BUUA 4MBPA 3CFXA 1MM6A 1P1NA 5DYHA 1EZOA 1JNFA 5KZTA 2ZYOA 3UORA 1TWYA 4QFLA 3O66A 3W9VA 4DIGA 3KSXA 1UTBA 1FQCA 3GBBA 4H65A 3SDFA 2UYEA 2F6GA 1N0TA 2F7CA 1PDAA 2DSFA 4PETA 2HZKA 1UTBB 1SD3A 2RCBA 4XIGQ 5ISUA 5DTBA 4YMAA 1QW0A 4FORA 3CRBA 3VLUA 3SEXA 3V89B 1IXGA 4GL8A 2P2AA 3PUZE 1UTHA 5F1QA 1VR5A 4F39A 3UIFA 4LZ8A 4KYSA 3Q28A 2Z22A 2H25A 1POTA 2VHAA 3K4UA 1UTHB 2B3FA 3RT6B 4R72A 1KWHA 2O69A 4JWOA 1MPBA 1UQWA 2H99A 3RTWB 5AE4A 1R9QA 3BBRA 3FV1A 5CMCA 4P0IA 3MVZA 4FEBA 2VP1A 3F11A 4JWYA 1PBQA 4G68A 3FJ7A 2AL5A 3Q29A 5FTHA 2Y7WA 3RNNA 4G8NA 1EZPA 4IO2A 5H8HB 4EF2A 4G68B 1J1NA 4GD5A 3G3JA 3TEPA 1TFDA 1QKAA 3MJNA 3TMGA 2QSXA 1USYE 5ITOA 1US4A 4R75A 4EQ7A 1SYHA 5CBSA 1I6BA 1PEBA 5HM4B 4MH5A 2HAUA 4QSDA 3HHGA 4U22A 2NVUB 3QXMA 2VD2A 2Q89A 3IJOB 1RYOA 4H8IA 1B46A 3TUSA 2PVUA 3RT8A 1SBPA 5L9SA 5DEXA 1IQ7A 4GRKA 5CMMA 4X9TA 1O63A 3C4MA 1B3GA 2Y84A 4LP2B 5DEXB 1FCKA 4L17A 3PPRA 3RUMA 1H45A 4XTCQ 2OK2A 4R9GA 1FTOA 3FVGA 1ZU0A 2NOOA 4OHNA 2DE4A 3MPLA 4E0XA 4DXCA 1O7TA 1DTGA 2GRVA 3VLVA 1IIWA 3EHTA 2WKYA 4H67A 3O6GA 3WAEA 3QK6A 4P0GA 5FHNA 4G4PA 4JDFA 3T22A 4JSOA 2RC8A 2QS1A 3OO9A 2I4CA 1ZJLA 4YB7A 3SEWA 1Z7NE 3PV0E 1BP5A 4QF9A 4F31B 1IITA 5CM6A 2GFEA 2V3UA 4OVJA 2X7QA 3SESA 3W15C 1LAFE 2I4BA 4LZ7A 2HQ0A 5I56B 3QUFA 3U92A 2P0SA 4YU0A 3H06B 1H76A 2UVHA 3B6TA 1VFEA 2Z8EA 4TQUQ 2DWAA 4LQ2A 3VVFA 5AA4A 1WODA 3TCHA 1QKBA 3HV1A 3KN7A 3H4ZA 2ZNUA 4BDOA 1N84A 5BWJA 1MXYA 1FQEA 4HS7A 4EQ9A 1LB8A 5AA4B 4THIA 4F1YA 3CIJA 3VV5A 4OXVA 3V83A 3R26A 5EHMA 4H0WA 3FVKA 2F5XA 5JK4A 3KG2A 2ALUA 4KQPA 1L5TA 3T66A 3I5OA 3HHFA 2HCAA 4RY1A 3KOSA 1MQJA 3S9MC 3VDFA 2DYXA 5H8FA 2ZYKA 4YKPA 5HBCA 4KR5A 4KYDA 4YMBA 2ANJA 4EXKA 3SERA 3KFMA 5AA3A 3QYTA 3VXCA 3M3KA 2O7UA 1ZTYA 1B1HA 2O51A 3T9UA 4R6KA 3IOWA 3N5LA 2D5WA 5DT6A 3I3VA 1R6ZA 1LGBC 3LSXA 1MQGA 3PUXE 1B6HA 1ELJA 4RXLA 1LBCA 1PBPA 1NH8A 1AIVA 4KFQA 4NMYA 5JEIA 3PPQA 1MDQA 1Y3NA 2DVZA 1QUJA 1B51A 2F34A 1NFTA 1HSEA 2ONRA 4R73A 5B7DA 1N04A 1NKXA 4ZS9A 3FIRA 4N6PA 3ONMA 2Y7IA 4OWDA 1LAXA 3A3CA 3GXAA 4PFWA 3TTMA 3C36A 3IO4A 3B6QA 4FATA 1H43A 1AOVA 3U1OA 1LBBA 3OO8A 4MF3A 5L8DA 4G8HA 1ZMGA 2DWIA 3CSBA 2OBGA 1DMBA 1OVTA 1WDNA 1I6QA 3H6UA 4BDMA 3IK6B 4YKIA 3H7MA 1NNPA 4H1XA 4GWOA 3TODA 1B5JA 4IO3A 3OMBA 4GVOA 3IJXB 1XHYA 3WAFA 4NF8A 3OENA 1N76A 5ELVA 3VE1B 1JW4A 5JTYA 2V3QA 4OEUA 4I9DA 3QSLA 3O97A 4QHQA 4NF8B 3O9PA 3K02A 4KPTA 3SETA 4F19A 2XXRA 4H6DA 5JTYB 3T9XB 2LAOA 4RK9A 1GR2A 3TTKA 4GXSB 3TQLA 2PYYA 4BDQA 3LC8A 1MY3A 1N7WA 3W9WA 1ZLQA 1SI1A 2Q88A 1US5A 1A8FA 3DP8A 1OLAA 1IEJA 1LAGE 3MVXA 5H8SA 3OSRA 1XS5A 2BJJX 4H5FA 3TKDA 2XXHA 2O84X 1YPNA 2XX7A 1PC3A 3TZAA 4AQ4A 3K6UA 4E0WA 5CI5A 1QJMA 4YKJA 3K00A 3ZKLA 3JV9A 4BDLA 3FATA 3ILUB 1AL3A 5I58A 1JEVA 4DXUA 1MH4A 3L6GA 3MZ1A 5KCJA 3RY3A 4QFKA 1PB7A 2F97A 1PB9A 4KCCA 5CBRA 1RKMA 1JW1A 1XC1A 2FYIA 1SW1A 3BFUA 3I6VA 2F7AA 3LUYA 4OETA 4ZE9A 5HPQA 4HCWA 5KCJB 3V8XB 1MPDA 3CG3A 3G3GA 4LUBA 1OMPA 2XX8A 3IB0A 1JVYA 2DOJA 3H6TA 3OEMA 3TTLA 1A54A 3GZGA 3H03A 4Q30B 3FVOA 4MLVA 3G3HA 3HN0A 3MQ9A 1XOCA 1JW5A 4PFYA 2I6EA 3C33A 2UVJA 1B7ZA 4ND9A 1Y3PA 3B7DA 3U8QA 3KSJA 3GLBA 3TYHA 2A5SA 2XXYA 3S4UA 1YCJA 4EF1A 4I62A 3N94A 2I3VA 1PB8A 3KJTA 1NH7A 3N6TA 1B3FA 2GHAA 4YKKA 1LFIA 1QVSA 4GF8A 4DDDA 4UACA 4MFIA 3RQTA 3RPWA 4XKPA 4RYAA 1LSTA 4R2FA 1VE4A 5FHMA 1R9LA 2XXPA 4U23A 5TP9A 4RPNA 4DLDA 4OMBA 2X7PA 4R74A 1B5HA 4GLIA 4I8CA 4N13A 3EF7A 2QS3A 1IXIA 2HAVA 4TLLB 5K2XA 5TP9B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ZEKA 4GXAA 3PPNA 4ESWA 2DXYA 4NF5A 4Q8RA 4PDDA 2XXQA 4XFEA 4NG7A 2ZNTA 1D3KA 3G3KA 1AMFA 4JBZA 1P1OA 3RLFE 2F8DA 2G29A 1JEUA 1B05A 3FV2A 4NF5B 3UK4A 3ZS6A 4LATA 4GQOA 2F3DA 4OERA 3EN3A 3FXQA 3PD8A 1A8EA 4PF6A 5I3SA 3ECRA 3TELA 4N07A 2DE3A 2DVCA 2F36A 2REJA 2Y7RA 1BIYA 1NL5A 4X8RA 2DQVA 1A40A 2DXRA 1LB9A 3VLWA 3O28A 3D4CA 2QRYA 4GX4A 4FECA 4OESA 3KC1A 1B1XA 4DXBA 3MZ9A 1HSJA 1SW4A 5EYFA 3T9HB 4EQBA 5KDTA 2XD2A 5DVJA 3LSWA 4ZEFA 4ZEBA 3L6HA 1DCUA 3E13X 2DDKA 3FJMA 2R71A 2XXWA 1AWBA 3SEVA 3S9EA 3B6WA 1DTZA 1RDYA 5KDTB 3EQ1A 1Y4CA 3Q26A 2RCAA 3B8BA 4RNSA 4RK2A 1RDZA 3JZJA 1EU8A 3VVEA 1GGGA 5I2KA 1LBXA 2OCUA 1N3WA 1AH5A 1T0KA 4F3GA 3S9NC 1SDXA 1FRPA 2ZZWA 1Y1MA 3G7WA 3CFZA 3IX1A 5I2KB 1NNFA 2DE2A 2FA7A 3MUQA 4FJPA 3MC2A 3IORA 2CZLA 1DPEA 5M2VA 4EUOA 1MG1A 1FPFA 4OVQA 1OIBA 3IOTA 4F3PA 1MQHA 1BKAA 2NUVA 4Z0IA 2HZLA 2PFZA 3QAXA 1FTMA 4Q5TA 1NV1A 4ZECA 1D9YA 3K1MA 2YPNA 3G3FA 4NX1A 3OD7A 2QL3A 4DI3D 4HW8A 4O3BA 4XKRA 5I2NA 1JVXA 1QUKA 5H8FB 4FE8A 5DW8A 3B50A 3RTFB 2Z23A 3HO7A 4C1TA 2W7YA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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