3W9VA

Crystal structure of refolded ding protein
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
376
structure length
376
Chain Sequence
DINGGGATLPQKLYLTPDVLTAGFAPYIGVGSGKGKIAFLENKYNQFGTDTTKNVHWAGSDSKLTATELATYAADKEPGWGKLIQVPSVATSVAIPFRKAGANAVDLSVKELCGVFSGRIADWSGITGAGRSGPIQVVYRAESSGTTELFTRFLNAKCTTEPGTFAVTTTFANSYSLGLTPLAGAVAATGSDGVMAALNDTTVAEGRITYMSPDFAAPTLAGLDDATKVARVGKGVVNGVAVEGKSPAAANVSAAISVVPLPAAADRGNPDVWVPVFGATTGGGVVAYPDSGYPILGFTNLIFSQCYANATQTGQVRDFFTKHYGTSANNDAAIEANAFVPLPSNWKAAVRASFLTASNALSIGNTNVCNGKGRPQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Phosphate-binding protein
publication title Crystal structure analysis, overexpression and refolding behaviour of a DING protein with single mutation.
pubmed doi rcsb
source organism Unidentified prokaryotic organism
molecule tags Transport protein
total genus 117
structure length 376
sequence length 376
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF12849 PBP_like_2 PBP superfamily domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3w9vA02
3.40.190.260 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 3w9vA01
4HCWA 4RJZA 4U1ZA 1RKMA 3PPRA 1UIVA 4O3BA 2XX8A 3VVDA 4QSDA 5ITPA 4NTLA 1DPPA 3QUFA 1B52A 3LSFB 3TZAA 4IO7A 3TQWA 1GTKA 1D4NA 2QS3A 3O9PA 4EQ7A 3MUQA 2I6EA 5TPAB 1B7HA 2DYXA 4DXUA 3O6IA 3IL1B 3K00A 4X1DA 4JBZA 1URDA 4XKQA 4OZ9A 3JV9A 4I8CA 4OQOA 5AE4A 2VGQA 2G29A 4DZ1A 4OESA 1NFTA 5H8SA 1B4HA 3GLBA 2QPQA 1PC3A 3VFJA 3QUJA 3O6HA 2ZYMA 4FORA 4PP0A 2B3FA 1IEJA 3OXNA 3HSTA 5H8FB 3OSRA 1SI1A 3W9WA 4RPNA 4UACA 1S9TA 1MXXA 1ATGA 3OELA 4ZZEA 2F7BA 4G68A 3TTRA 1IXGA 2Z8FA 4U22A 4IY5A 2IA4A 3K01A 1S7YA 2XXXA 2Q89A 1PB9A 1MDQA 1F9BA 4E0WA 1B51A 5I59B 2DVCA 2ZXTA 2X7PA 4EQBA 3QXMA 5HM4B 5A5XB 2H4IA 2YPNA 4M1VA 1MH4A 2DVZA 1MXWA 4BDMA 3RPWA 1IXIA 5L8DA 2A5TA 3PD9A 4BDNA 2HQ0A 2VD3A 1FTOA 4WEPA 1XVXA 3FVGA 1H3DA 2XXYA 1GVCA 2RCAA 1USYE 2H25A 1QULA 4F19A 2I3VA 1MQGA 3VV5A 2UXAA 1LLSA 3CI8A 5L9MA 5CBSA 3MVWA 3C34A 4H5FA 3LR1A 1D9VA 3IX1A 2I4BA 2OWSA 1NNPA 1VE4A 4UA8A 4R6KA 3MP1A 4Q30B 1IQ7A 1QW0A 2A5SA 4ZEBA 5CC2A 2ZYNA 3FVOA 1B9JA 4NWDA 1N7XA 2F97A 2GRVA 3E13X 4ISUA 2AL5A 2I0CA 4ZEKA 2UVJA 1ZIUA 4PQJA 1LB9A 3KSJA 3H6VA 1URGA 2VOZA 3U94A 1SBPA 4OENA 1Z7ME 1FQBA 1R9LA 1VFEA 5HPQA 2H9BA 3PPOA 4KI0E 3TDJA 4AB6A 3IK6B 3TYHA 2CZLA 2VHAA 3PUWE 1LFIA 3Q25A 3MVXA 4GL0A 2V93A 1IITA 3LSLA 3LBSA 4R73A 5I2NA 1MXYA 5CI5A 3M3KA 4XKRA 3OMBA 1NNKA 2G93A 2XXWA 1MPBA 2H99A 5HBCA 3PMXA 4G68B 4DE8A 4EF1A 1FCKA 4KR5A 1TWYA 3VXCA 2HXWA 2HFBA 4IO6A 4R72A 4GL8A 1QUKA 4TOZA 1LBBA 1PB8A 3TCHA 3IAZA 5TU0A 2F7AA 1I6BA 4LQ2A 3K6XA 3D4GA 5FHOA 4LUBA 2V84A 4U1OA 1FQDA 1QKAA 4NF6A 4X48A 1P1OA 1R9QA 1XS5A 4IY6A 1I6AA 2A5TB 3H6WA 2F8DA 1B0HA 4P0IA 4IO3A 1O64A 1MPCA 4BLAA 4DCXA 1ZLQA 3SEVA 3CR9A 3PUYE 3KEIA 3G7WA 3KSXA 4ZZAA 1RYOA 4R6YA 3C36A 3FJMA 4IGRA 1NH7A 4GXSB 1B3EA 1M5DA 3MQ9A 3TTKA 2GH9A 4ELOA 3PPPA 1FQEA 2NOOA 1D9YA 1LBCA 1POTA 2Q8JA 4H67A 1OLAA 3Q29A 2RC7A 2AIXA 5J1DA 1FTJA 3CG3A 4ND9A 5KZTA 4R6HA 3FGSA 4QFNA 3T9XB 1FQAA 3T22A 4H6DA 4L17A 4F18A 3U1OA 1MQHA 2F35A 3B7DA 2O51A 3EN3A 4F2QA 1URSA 2I4CA 3RTWB 3F11A 4OVJA 1SYHA 4RA1A 2F78A 4C1UA 2PYYA 1B5IA 1AL3A 1R1NA 5JTYA 3MC2A 4KPTA 1ZMGA 1LCTA 4BDQA 4JWXA 5AA3A 5I2NB 4POWA 1LFGA 5F1QA 3L6GA 3KG2A 3EPEA 4PETA 4QHQA 2FA7A 4X9TA 3ODBA 1Y4TA 1Y1ZA 2ONRA 4LONB 3HPIA 2P2AA 1XVYA 2OJTA 4ZECA 4WEDA 3PGFA 5CMMA 1TT1A 3N5LA 3FV2A 3USDA 4R75A 2RC9A 1B4ZA 1NH8A 4MH5A 2GFEA 4R9GA 2O7IA 3HN0A 3HV1A 4NF6B 4JSDA 3K2DA 4F1YA 3SDFA 2FYIA 4MLQA 3TFLA 1SW4A 1FTMA 2D3IA 4O3CA 2XXVA 1DTGA 4NE4A 1OQGA 2LAOA 1B7UA 5DYHA 4IO2A 1JW1A 1PBQA 2IEEA 1P1WA 3K6UA 3CFLA 1O63A 4KCDA 2THIA 3GXAA 3N6TA 4H0WA 5I58A 3RTFB 1O7TA 3VE1B 3ECRA 1M5CA 1SQYA 4M4GA 4G8NA 3RLFE 2V3UA 3TPAA 5DT6A 4OEUA 3EHTA 1H44A 3TKDA 3K1MA 3V5AA 4EXLA 3H6TA 1ELJA 3I5OA 3OENA 3SETA 4RXLA 4DIGA 1UTHA 4YMBA 3EF7A 4YICA 4LVQA 3MZBA 2XXQA 2HEUA 2ZNTA 1Y4CA 3FXRA 2HCAA 4ZE9A 3H7MA 2Z8EA 1LAFE 1POY1 2XXTA 3CG1A 3I6VA 4H65A 3RT8A 1SD3A 3PUZE 1B2HA 3EHUA 2O84X 5JTYB 2BJJX 4NWCA 3G3HA 2F36A 3U93A 1Y1MA 2RC8A 4NF5A 2Q9TA 4RY1A 3M3LA 4K3FA 3EHSA 4ZDMA 3HHFA 3ZKLA 2PVUA 3CFXA 1SYIA 1B5JA 3ILTB 2DS9A 2REJA 2E0SA 2O1LA 2OLBA 3UN6A 1OIBA 1LAXA 3ZKKA 1UQWA 4YU0A 2VD2A 4GFRA 4QFKA 2DE3A 1XHYA 2R9JA 3H03A 5H8NA 4PFWA 4YKIA 4EQ9A 4I9DA 4FECA 4X1BA 4ECFA 1CE2A 4YZZA 3K4UA 4OYVA 3MPKA 1OMPA 2XX9A 3TUSA 3C31A 1TXFA 4Q0CA 3IORA 3VLUA 1T0KA 2Q88A 2CMOA 2HAUA 3OO8A 3RNNA 2UYEA 4JB7A 5EHSA 4OETA 4ZEFA 3TTLA 4TLMB 2KLFA 3SESA 4QF9A 3PUVE 4GVOA 2DE2A 5I58B 3MP8A 5AA2D 3K1PA 4JWOA 3G3KA 3DLNA 3DM0A 3K1NA 1NNFA 5K2XA 1N7WA 2R71A 4RYAA 3FZVA 3M3FA 3BFTA 4OMBA 1P1NA 1NKXA 3A3CA 4HW8A 2QS2A 3LUYA 1UTHB 3IO4A 2AYSA 3IB1A 3VLWA 3IB0A 3QYTA 1OQHA 3KFMA 1IUDA 1SDXA 4OERA 3R6UA 4NMYA 1Y20A 4G8HA 4KCCA 1B58A 4DXCA 5BUUA 1R6ZA 1B3GA 5L9SA 1MPDA 2Z23A 3C33A 4OHNA 3MZ9A 3TCFA 2E1SA 3A3UA 2ALUA 2F34A 2XXHA 4NF5B 2PX1A 3C4MA 1MQJA 4YMAA 4FEBA 1VR5A 3T9UA 1GR2A 1FW0A 4R9FA 4XTCQ 2OZZA 5ICTA 3S2VA 3MVYA 2UYFA 3MVZA 5KDTA 3T9HB 1QUIA 3GBBA 3RY3A 5H8NB 1YAEA 3FUZA 3GZGA 3IOTA 4IB2A 3MWBA 5BWJA 1Q35A 5CRYA 3TTMA 3PUXE 2Y7PA 3UGWA 3N94A 4OTEA 3O6GA 1HSEA 4LATA 1B3FA 5I57A 1MY0A 3T66A 1J1NA 3PU5A 3HO7A 3MP6A 1QJMA 3I3VA 1B6HA 1B7ZA 3Q26A 1JEUA 5DVIA 1P1QA 3E3KA 2OK2A 4LZ5A 3KZGA 4FATA 1FQFA 1JNFA 3VLVA 2Y7IA 2XHDA 2DQVA 4GXAA 3CRBA 3H6UA 3VVEA 1WVJA 1DOTA 4OXVA 5ITOA 3UA8A 3VXBA 2O68A 1EZOA 1LGBC 2DWIA 2ZYKA 5JK4A 2XD3A 4LP2B 3QAXA 2O6AA 1B5HA 4LQ5A 5DEXA 2Z8DA 4OFOA 3T9VA 2F5XA 3IB2A 5I84A 3OD7A 4F39A 4C1TA 3MJNA 4TLLB 4U23A 4YB5A 1I69A 4Q5TA 3SEXA 3V83A 4F1UA 4HS7A 1I6QA 1AOVA 4IO5A 1DSNA 1LCFA 2R6GE 4HTGA 4NF4A 3E9XA 4EXKA 1PDAA 1SW5A 2HZKA 1II5A 2WKYA 4PFUA 3P7IA 4XIGQ 5I56A 1A55A 4JDFA 1XT8A 5L9OA 1FTLA 2F6GA 3MW0A 1BP5A 2ZNSA 3DP4A 4KYEA 1MY2A 4G8MA 2XXIA 3PMVA 3WAEA 3FJ7A 5KCJA 3CSGA 2DWAA 3EQ1A 3CSBA 5KDTB 4G2ZA 2F7CA 3JYRA 4R2FA 1AH5A 3OO9A 1BIYA 1N76A 2XX7A 2DWHA 4KQPA 4RK2A 2Z22A 1HSLA 3Q28A 1Y3NA 4NF8A 2ZNUA 4RK9A 5I57B 1N84A 1VFDA 3OEKA 3WAFA 4GF8A 1B05A 2GHBA 2B3BA 5ICQA 3U92A 4TQUQ 4F3BA 5AA2A 1MS7A 1N3XA 4DCYA 1OVBA 4H1XA 1QVSA 1B32A 1TFDA 1OVTA 2XXRA 4DXBA 2D5WA 2QMWA 1ANFA 3B6WA 1XC1A 4ZE8A 1KWHA 1ZJLA 3KGCA 1IXCA 1EU8A 2XXPA 3C9HA 3UP9A 3IJOB 3FASA 4FE8A 4RNSA 4PE5B 3MPLA 3RN8A 4F29A 3BBRA 4U4XA 5AA1A 2DOJA 5M2VA 3O29A 2ZYOA 1LB8A 3OO7A 3TEPA 2Y7KA 3PPNA 4FAJA 1CB6A 3KJ7A 3LSXA 5I2KA 1H43A 2F6PA 1MDP1 3Q27A 3TELA 4NF4B 3MZ1A 3O97A 1MRPA 4OFJA 2I49A 3PPQA 3JZJA 1ZTYA 4F1VA 1AIVA 4LA9A 4G77A 4U2RA 5I56B 4JXIA 3S9EA 1NNTA 3FJGA 1B0LA 1M5FA 3V8XB 1OLCA 1FQCA 2RCBA 5B7DA 3TQLA 3M8UA 5KCJB 5JEIA 3L6HA 3PD8A 2HZLA 3G3JA 4YKPA 2W7YA 3TMGA 1S50A 3G3IA 5DVFA 3FIRA 5CM6A 1H45A 4BDLA 4XXUA 1SI0A 3K02A 4EF2A 3R26A 1LFHA 1BTJA 3T93B 1A7LA 2VP1A 4YAHX 5FTIA 1A40A 2NUVA 4GLIA 4NF8B 2ESNA 4FIMA 1PBPA 1ZKBA 5CMKA 3AXFA 4GIZA 5ELVA 2YLNA 1US5A 4ESXA 3TAJA 1GGGA 2DWJA 3QSLA 2ANJA 5AA2B 3HHGA 3S9NC 1USYH 4O3AA 3IOVA 4F3PA 3G3GA 1MQIA 1B1XA 4XKNA 3D4CA 1MY4A 2PT2A 4H8JA 3S4UA 1N3WA 4LZ7A 4OEVA 1H76A 4R74A 3A09A 1M5BA 3SEWA 4IO4A 1US4A 2DP8A 3BKIB 2X26A 4OFLA 1JQFA 3W9VA 2ONSA 2DSFA 4WKMA 3OSQA 4F31B 3IO6A 4WXJA 2I58A 4YKKA 3C32A 5B70A 1MG1A 2M8CA 3K0VA 1IIWA 3FD3A 1B1HA 1B3LA 5I2KB 1JEVA 3IOWA 1IZ1A 2Y7WA 1MM7A 4ESWA 4EUOA 3UORA 3N6UA 5DVJA 1DTZA 1UTBA 3CVGA 5LOMA 4OWDA 1Q1KA 1JW5A 4KD5A 2D21A 3SKPA 3IOUA 5ISUA 4Z0IA 2NVUB 1MY1A 4BDOA 3KN8A 3HCQA 4F3GA 4G68C 5IKBA 3PMWA 3S9MC 1MQDA 3LC8A 4E0XA 1YTVA 3E4RA 4AQ4A 4ONYA 4YB7A 1DMBA 1N0TA 5CMCA 1MY3A 1Y3PA 1UIUA 3KN3A 3RT6B 4DLDA 2O69A 1GV8A 4JSOA 3O28A 2OWTA 3V89B 3C35A 1XOCA 4P11A 3LSWA 3S9LC 3TCGA 1LAGE 3FXQA 1QUJA 4THIA 4IGTA 5CMBA 5H8QA 4FEDA 2XD2A 4QSEA 3B6QA 1B46A 4MF3A 3ZS6A 3OO6A 3FV1A 2RF1A 4KFQA 1JVYA 2QS4A 1B40A 4N6PA 4JWYA 1PB7A 2PBWA 1WDNA 3VVFA 3FVNA 2I0BA 2ZMBA 1JW4A 2H98A 3UK4A 4POXA 1D3KA 3KOTA 4DDDA 5TP9A 2ONKE 3G3FA 3ILUB 3K6WA 3GBAA 1VSOA 3BFUA 4YB6A 3SERA 5EYFA 1SW1A 1P99A 5K2YA 2UVGA 5H8HA 3FATA 1A8FA 5F7VA 2OCUA 4GRKA 2QJEA 4YKJA 3QK6A 5IAIA 3ONMA 4MLVA 1NMUA 4NEDA 4LZ8A 4ZEDA 5CBRA 4AB5A 2REGA 3RQTA 3T96B 1Z7NE 1LSTA 4HCYA 1MM6A 1MXZA 2QSXA 2Y84A 2O1MA 1FTKA 1SVXB 3H3GA 3B6TA 2QL3A 4GQOA 4ELPA 2NWJA 2PMSA 3THIA 4C0RA 1N04A 4GOTA 3SEUA 1B3HA 4ZS9A 4RPOA 1UTBB 4R2BA 3CFZA 4FJPA 1ZU0A 2PT1A 5AA4A 2X7QA 1MXUA 5FHNA 1M5EA 1IXHA 4QSCA 1RYXA 3MAMA 4EDPA 4QFLA 2GHAA 1HSJA 1LAHE 4U4SA 4I62A 4QRZA 4G4PA 1EH3A 4H5GA 2DXYA 1JETA 3DELB 3PV0E 2QMXA 4Q8RA 1YCJA 3RUMA 1BKAA 3CIJA 2NXOA 4MBPA 1A99A 4F3SA 3U8QA 4Z7EA 2P1SA 3DP8A 1ZBMA 2P0SA 3O2AA 2QRYA 3H4ZA 2YJPA 5EHMA 1EZPA 4ELRA 1EZ9A 5H8QB 5TPAA 1QKBA 3VDFA 1L5TA 4PFTA 2H5YA 2Q2CA 3KBRA 3OOAA 3KOSA 4BDRA 3QIMA 5TP9B 3IJXB 4KHZE 2UVIA 3DP6A 1A54A 5FTHA 1Y9UA 4KYSA 5H8HB 2DXRA 1NL5A 1WODA 2O7UA 2V25A 3UIFA 4QFOA 1TFAA 1P1UA 1JVXA 4P0GA 2UVHA 3TODA 3OEMA 5H8FA 2B65A 5FHMA 4GD5A 3W15C 2OBGA 2DE4A 4XKPA 3FXUA 1YPNA 2Q2AA 1PEBA 2RINA 3MBPA 3SEYA 3N26A 4F2OA 4QFPA 1DPEA 1A8EA 4N07A 1BLFA 3ZSFA 1AMFA 1MH3A 5I59A 4U21A 5DEXB 4N13A 2QS1A 4I1DA 5A5XA 2ABHA 1MXVA 3O66A 4ZEIA 2HAVA 3KJTA 4MFIA 3RGYA 2I48A 3TTNA 4F22A 1SW2A 4GWOA 4ELQA 5DTBA 2V3QA 2I3WA 3KN7A 5AA4B 4KYDA 1Y3QA 4H8IA 3K6VA 3R7XA 2XXUA 2V3TA 4PFYA 2AL4A 3H06B 2FNCA 2Y7RA 3U72A 2RKMA 3IR1A 3FVKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HCWA 4MNIA 4RJZA 4U1ZA 1RKMA 3PPRA 1UIVA 4O3BA 2XX8A 3VVDA 4QSDA 5ITPA 5IZ1A 4NTLA 1DPPA 3QUFA 1B52A 4N6DA 3LSFB 3TZAA 4IO7A 3TQWA 1DBZA 4NGUA 4PFBA 1GTKA 2PFZA 1D4NA 2QS3A 3O9PA 4EQ7A 2Q74A 2Q8MA 3MUQA 2I6EA 5TPAB 4MMPA 4PE3A 1FPKA 1B7HA 2DYXA 4DXUA 3O6IA 3IL1B 3K00A 4X1DA 4JBZA 1URDA 4XKQA 4OZ9A 3JV9A 4P1EA 4PF6A 4I8CA 4OQOA 5AE4A 2OWZA 2G29A 2VGQA 4DZ1A 4OESA 1NFTA 5H8SA 1B4HA 1NV0A 3GLBA 2QPQA 1PC3A 3VFJA 3QUJA 3O6HA 4GWXA 2ZYMA 4FORA 4PP0A 1IMFA 2B3FA 1IEJA 3OXNA 1FPLA 3HSTA 1LEVA 1EYJA 5H8FB 3OSRA 1SI1A 3W9WA 4RPNA 4UACA 1S9TA 1MXXA 1ATGA 1FBCA 3OELA 4ZZEA 2F7BA 4G68A 3TTRA 1IXGA 2Z8FA 4U22A 4IY5A 2IA4A 4N8YA 3K01A 4GWUA 1S7YA 2XXXA 2Q89A 1PB9A 4GX4A 4N81A 4GWYA 1MDQA 2CEXA 5ET8A 1F9BA 4E0WA 1B51A 5I59B 2DVCA 2ZXTA 2X7PA 4EQBA 3QXMA 5HM4B 5A5XB 2H4IA 2JJKA 2YPNA 4M1VA 1MH4A 4O7IA 2DVZA 1MXWA 4BDMA 5ET7A 3RPWA 1IXIA 5L8DA 2A5TA 3PD9A 4BDNA 2HQ0A 2VD3A 3NOHA 1FTOA 4WEPA 1XVXA 3FVGA 1H3DA 2XXYA 1GVCA 2RCAA 1USYE 1EYKA 2H25A 1QULA 4F19A 4HE1A 2I3VA 1MQGA 4N15A 3VV5A 2UXAA 1LLSA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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